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题名口蹄疫病毒3′UTR负链互作的宿主蛋白筛选
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作者
潘红
周赛赛
袁红根
宋云峰
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机构
华中农业大学动物医学院
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出处
《畜牧兽医学报》
北大核心
2025年第5期2279-2291,共13页
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基金
国家重点研发计划(2021YFD1800303)。
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文摘
本研究旨在筛选口蹄疫病毒(foot and mouth disease,FMDV)负链RNA复制过程中与3′UTR结合的宿主蛋白。首先,通过RNA pull down结合质谱,鉴定出与3′UTR负链结合的宿主蛋白。对质谱鉴定到的蛋白结果进行GO功能注释分析、KEGG通路富集分析和互作网络筛选分析,并构建真核表达质粒以及原核表达质粒,表达该互作蛋白来验证RNA与蛋白的互作特异性。其次,截短3′UTR探究RNA与蛋白的互作区域,最后利用Co-IP探究宿主互作蛋白与病毒蛋白的互作关系。结果发现与3′UTR互作结合的蛋白多为核仁蛋白,其中以DEAD-box RNA解旋酶蛋白家族的Ddx18蛋白作为重点研究对象。通过构建该蛋白的真核表达载体,利用RNA pull down、RIP,以及EMSA证实Ddx18确实与3′UTR负链互作。转录出截短的3′UTR负链RNA,利用RNA pull down试验得出Ddx18与3′UTR负链的互作不依赖poly(U),且不与截短后的SL1和SL2互作。利用Co-IP试验证明2C病毒蛋白能与Ddx18蛋白互作。综上,3′UTR与Ddx18蛋白的互作可能基于RNA的空间结构,而2C病毒蛋白与Ddx18蛋白结合,提示2C可能间接结合3′UTR而共同形成复制复合物参与到FMDV的复制中。通过筛选与3′UTR负链互作的宿主蛋白,为进一步探究FMDV复制相关机制从而研究相关药物靶点奠定实验基础。
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关键词
口蹄疫病毒
3′非编码RNA负链
互作宿主蛋白
ddx18
2C
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Keywords
foot and mouth disease virus
the negative-strand of 3′UTR
interacting host proteins
ddx18
2C
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分类号
S852.659.6
[农业科学—基础兽医学]
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