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基于网络药理学和实验验证研究黄芪-党参药对干预动脉粥样硬化的作用机制 被引量:4
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作者 陈晶晶 贺粤 +1 位作者 张文风 黄超 《天然产物研究与开发》 北大核心 2025年第1期143-155,共13页
基于网络药理学、分子对接及实验验证探究中药药对黄芪-党参(Astragali Radix-Codonopsis Radix,AR-CR)治疗动脉粥样硬化(atherosclerosis,AS)的分子作用机制。首先通过检索TCMSP、PubChem、SwissTargetPrediction、UniProt、GeneCards... 基于网络药理学、分子对接及实验验证探究中药药对黄芪-党参(Astragali Radix-Codonopsis Radix,AR-CR)治疗动脉粥样硬化(atherosclerosis,AS)的分子作用机制。首先通过检索TCMSP、PubChem、SwissTargetPrediction、UniProt、GeneCards等数据库,获取中药药对AR-CR的活性成分,预测该药对的作用靶点,筛选动脉粥样硬化的相关靶点基因,然后利用Venny平台、STRING数据库、Cytoscape(Version 3.8.2)软件进行拓扑分析获取AR-CR治疗动脉粥样硬化的关键靶点,使用DAVID数据库对所获得的关键靶点进行GO和KEGG富集分析,并借助Auto Dock tools、Auto Dock cina对核心蛋白与活性成分完成分子对接,最后,利用氧化型低密度脂蛋白(oxidized low density lipoprotein,ox-LDL)诱导人脐静脉内皮细胞,建立AS细胞模型进行体外生物学验证。AR-CR共检索到34个活性化合物,并预测潜在化合物靶点426个,通过与875个AS靶点进行交际映射,获得AR-CR治疗AS关键靶点69个,筛选出3,9-二邻甲基苯胺、7-甲氧基-2-甲基异黄酮、5α-豆甾烷-3,6-二酮、木犀草素4个主要活性化合物,丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(serine/threonine-protein kinase,AKT1)、肿瘤蛋白p53(tumor protein p53,TP53)、丝裂原激活蛋白激酶3(mitogen-activated protein kinase 3,MAPK3)等25个核心靶点。KEGG通路富集分析得到关键通路为糖基化终末产物(advanced glycation end-product,AGE)/糖基化终末产物受体(receptor for advanced glycation endproduct,RAGE)信号通路和脂质与动脉粥样硬化信号通路等。分子对接结果显示4个主要活性化合物与核心靶点蛋白均能连接,其中与TP53的结合活性最强。体外实验结果表明低、中、高剂量的AR-CR能够促进动脉粥样硬化模型细胞增殖,抑制其凋亡,并促进TP53 mRNA及TP53蛋白表达。综上,该研究初步揭示AR-CR治疗AS的作用机制,与网络药理学及分子对接预测的TP53因子相关,通过调控TP53因子促进AS模型细胞增殖,抑制其凋亡,为临床治疗AS提供了理论基础。 展开更多
关键词 黄芪-党参 动脉粥样硬化 网络药理学 分子对接 TP53 实验验证
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基于网络药理学预测胡桃醌抗黑色素瘤的作用机制及实验验证
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作者 张锦瑞 张娟 苗明三 《世界中医药》 北大核心 2025年第11期1836-1842,共7页
目的:通过网络药理学和实验验证探讨胡桃醌潜在抗黑色素瘤的作用机制。方法:通过比较毒理基因组学数据库(CTD)、疗效药靶数据库(TTD)、人类孟德尔遗传病数据库(OMIM)、GeneCards、DisGeNET数据库,分别筛选出胡桃醌和黑色素瘤的作用靶点... 目的:通过网络药理学和实验验证探讨胡桃醌潜在抗黑色素瘤的作用机制。方法:通过比较毒理基因组学数据库(CTD)、疗效药靶数据库(TTD)、人类孟德尔遗传病数据库(OMIM)、GeneCards、DisGeNET数据库,分别筛选出胡桃醌和黑色素瘤的作用靶点。基于STRING数据库对交集靶点进行分析,通过Cytoscape建立蛋白互作网络。利用Metascape平台分析基因本体(GO)富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集。进行细胞实验,验证胡桃醌对B16F10细胞的细胞活力、细胞侵袭能力、细胞上清液炎症介质白细胞介素-1β(IL-1β)、白细胞介素-6(IL-6)和肿瘤坏死因子-α(TNF-α)水平及肿瘤蛋白p53(p53)表达水平的影响。结果:筛选出交集靶37个;得到核心靶点基因前3位为肿瘤蛋白p53、胱天蛋白酶3(CASP3)、TNF;KEGG通路富集分析表明与癌症通路等信号通路密切相关;GO富集分析生物过程涉及异种生物刺激反应等。细胞实验结果显示,胡桃醌能够通过抑制B16F10细胞增殖及侵袭,抑制细胞炎症介质表达,上调p53及Phospho-p53(p-p53)蛋白表达。结论:胡桃醌治疗黑色素瘤具有多靶点、多通路作用的特点,为进一步研究其侵袭转移作用机制提供科学依据和实验支撑。 展开更多
关键词 胡桃醌 黑色素瘤 网络药理 实验验证 炎症介质 P53 p-p53 肿瘤坏死因子
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基于网络药理学和动物实验研究复元益肾方治疗阿尔茨海默病机制
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作者 杜若飞 马慧芬 +3 位作者 王自闯 贾亚泉 张振强 宋军营 《世界中医药》 北大核心 2025年第10期1661-1671,共11页
目的:基于网络药理学结合动物实验探讨复元益肾方治疗阿尔茨海默病(AD)的作用机制。方法:动物实验通过水迷宫评价携带5个转基因突变的转基因小鼠(5×FAD)小鼠学习功能,苏木精-伊红(HE)染色、免疫组织化学检测脑组织病理,透射电镜观... 目的:基于网络药理学结合动物实验探讨复元益肾方治疗阿尔茨海默病(AD)的作用机制。方法:动物实验通过水迷宫评价携带5个转基因突变的转基因小鼠(5×FAD)小鼠学习功能,苏木精-伊红(HE)染色、免疫组织化学检测脑组织病理,透射电镜观察神经元超微结构。用超高效液相色谱-四极杆-轨道阱高分辨质谱联用技术(LC-MS)表征复元益肾方化学成分,筛选其与AD共有靶点,构建京都基因和基因组百科全书(KEGG)、基因本体(GO)富集分析。蛋白质印迹法(WB)检测哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(p-mTOR/mTOR)、低氧诱导因子-1α(HIF-1α)、己糖激酶2(HK2)、抑癌基因P53蛋白表达情况。结果:与模型组比较,复元益肾方组可明显缩短逃避潜伏期(P<0.05),增加穿越平台次数(P<0.01)和目标象限时间(P<0.01),明显下调海马区和皮质区β-淀粉样蛋白(Aβ)表达(P<0.01),增加神经元数量,减少Aβ斑块沉积,改善神经元和小胶质细胞胞质形态。复元益肾方经LC-MS检测得到145种成分,与AD共有靶点320个;GO富集分析得到2 832条生物过程、152条细胞组分、293条分子功能;KEGG富集分析得到198条信号通路,涉及HIF-1α通路、P53通路、mTOR通路等。WB结果显示,与模型组比较,复元益肾方组p-mTOR/mTOR、HIF-1α、HK2、P53蛋白表达显著降低。结论:复元益肾方减少Aβ斑块沉积,改善神经元损伤和小胶质细胞形态,发挥治疗AD作用,其机制可能与调控p-mTOR/mTOR、HIF-1α、HK2、P53等蛋白表达有关。 展开更多
关键词 阿尔茨海默病 复元益肾方 网络药理学 小胶质细胞 低氧诱导因子-1Α 抑癌基因53 哺乳动物雷帕霉素靶蛋白 己糖激酶2
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双术汤通过P53/SLC7A11/GPX4通路诱导胃癌细胞铁死亡
4
作者 陈鑫源 吴成挺 +4 位作者 李瑞迪 潘雪芹 张耀丹 陶俊宇 林才志 《南方医科大学学报》 北大核心 2025年第7期1363-1371,共9页
目的 探讨双术汤调控胃癌铁死亡的机制。方法 基于网络药理学筛选双术汤与胃癌铁死亡的共同靶点,通过生物信息学分析(差异基因、HPA数据库、生存分析)及分子对接验证核心靶点。细胞实验分为对照组(未经任何干预的AGS细胞)、双术汤组(经... 目的 探讨双术汤调控胃癌铁死亡的机制。方法 基于网络药理学筛选双术汤与胃癌铁死亡的共同靶点,通过生物信息学分析(差异基因、HPA数据库、生存分析)及分子对接验证核心靶点。细胞实验分为对照组(未经任何干预的AGS细胞)、双术汤组(经双术汤含药血清干预的AGS细胞)、双术汤+铁死亡抑制剂组Fer-1(经双术汤含药血清和铁死亡抑制剂Fer-1共同干预的AGS细胞)、铁死亡抑制剂组(仅经Fer-1干预的AGS细胞)4组,检测细胞活力、铁死亡相关指标(活性氧、铁离子、谷胱甘肽)、P53/SLC7A11/GPX4表达水平及线粒体形态的改变。动物实验分为对照组(生理盐水灌胃)、双术汤组(双术汤灌胃)、双术汤+Fer-1组(双术汤灌胃+腹腔注射Fer-1)、Fer-1组(腹腔注射Fer-1),检测裸鼠肿瘤体积与质量、HE染色评估肿瘤病理情况,评估P53/SLC7A11/GPX4表达水平。结果 双术汤主要活性成分为槲皮素、汉黄芩素,与核心靶点P53结合紧密。双术汤能够抑制AGS细胞增殖,以高剂量浓度的抑制作用最明显(P<0.05);与对照组及双术汤+Fer-1组比较,双术汤组ROS和Fe2+均升高(P<0.05),P53蛋白及mRNA表达水平升高,SLC7A11、GPX4蛋白及基因水平降低(P<0.05);与双术汤组相比,Fer-1组ROS和Fe2+均降低(P<0.05),P53蛋白及mRNA表达水平降低(P<0.05),SLC7A11、GPX4蛋白、基因水平升高(P<0.05)。对照组线粒体形态正常,双术汤组线粒体皱缩、嵴模糊甚至消失、膜密度升高;双术汤+Fer-1组线粒体损伤程度较前减轻,Fer-1组线粒体形态与对照组相似。双术汤组肿瘤体积和质量低于对照组(P<0.05),肿瘤排列紊乱并出现坏死,而联合Fer-1后坏死减轻。与对照组相比,双术汤组P53蛋白及mRNA表达升高,SLC7A11和GPX4蛋白及基因表达降低(P<0.05);与双术汤组相比,双术汤+Fer-1组ROS和Fe2+水平降低(P<0.05),P53表达下降,SLC7A11和GPX4表达升高(P<0.05)。结论 双术汤能够抑制胃癌皮下移植瘤及胃癌细胞生长,其机制与P53/SLC7A11/GPX4轴诱导胃癌铁死亡有关。 展开更多
关键词 胃癌 网络药理学 生物信息学 分子对接 双术汤 铁死亡 P53/SLC7A11/GPX4通路
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槲皮素通过调控TP53基因抑制肾透明细胞癌的增殖和迁移
5
作者 高俊杰 叶开 吴竞 《南方医科大学学报》 北大核心 2025年第2期313-321,共9页
目的筛选槲皮素治疗肾透明细胞癌(ccRCC)的潜在分子靶点。方法运用网络药理学方法从多个数据库中筛选槲皮素的治疗靶点,运用孟德尔随机化方法从4907种血浆蛋白中筛选与ccRCC显著相关的靶点,构建药物-疾病网络模型,筛选出潜在的关键靶点... 目的筛选槲皮素治疗肾透明细胞癌(ccRCC)的潜在分子靶点。方法运用网络药理学方法从多个数据库中筛选槲皮素的治疗靶点,运用孟德尔随机化方法从4907种血浆蛋白中筛选与ccRCC显著相关的靶点,构建药物-疾病网络模型,筛选出潜在的关键靶点,运用生物信息学技术评估这些靶点的作用,培养ccRCC细胞并用不用浓度槲皮素处理,行CCK-8实验、创伤愈合实验、RT-qPCR和Western blotting对筛选靶点进行验证。结果网络药理学和孟德尔随机化综合分析筛选出了TP53(OR=3.325,95%CI:1.805-6.124,P=0.0001)、ARF4(OR=0.173,95%CI:0.065-0.456,P=0.0003)和DPP4(OR=0.463,95%CI:0.302-0.711,P=0.0004)3个槲皮素治疗ccRCC的核心靶点。生物信息学分析表明TP53在肾透明细胞癌中表达增高(P<0.001);生存分析显示高表达TP53的肾癌患者预后更差(P<0.001);分子对接显示槲皮素与TP53的结合能为-5.83 kcal/mol;CCK-8实验和创伤愈合实验显示槲皮素在体外抑制786-O细胞的增殖和迁移(P<0.05);RT-qPCR和Western blotting显示槲皮素在体外抑制TP53 mRNA和蛋白的表达(P<0.05)。结论TP53可能是槲皮素治疗ccRCC的关键靶点,为槲皮素治疗肾透明细胞癌的分子机制研究奠定了基础。 展开更多
关键词 槲皮素 肾透明细胞癌 网络药理学 孟德尔随机化 TP53基因 分子靶点
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基于DarkNet-53和YOLOv3的水果图像识别 被引量:23
6
作者 王辉 张帆 +1 位作者 刘晓凤 李潜 《东北师大学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2020年第4期60-65,共6页
为实现复杂背景下准确、快速地识别多种水果,提出了基于改进DarkNet-53卷积神经网络的水果分类识别模型.该模型在DarkNet-53网络模型基础上,用组归一化方法替换原有的批量归一化方法,改进模型结构、优化参数.在此基础上,引入YOLOv3算法... 为实现复杂背景下准确、快速地识别多种水果,提出了基于改进DarkNet-53卷积神经网络的水果分类识别模型.该模型在DarkNet-53网络模型基础上,用组归一化方法替换原有的批量归一化方法,改进模型结构、优化参数.在此基础上,引入YOLOv3算法对图像全局信息进行目标预测,构建水果目标检测模型.从建立的水果图像库中随机抽取样本作为训练集和测试集,测试该方法性能.结果表明:所构建模型能够有效提取水果图像的不同层特征,与原模型相比不依赖于批量大小,准确率达到95.6%;使用改进的DarkNet-53作为主干网络的水果目标检测模型,平均识别精度达到85.91%. 展开更多
关键词 图像识别 卷积神经网络 darknet-53 组归一化 YOLOv3
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DNA损伤下的P53基因调控网络建模与仿真 被引量:1
7
作者 齐金鹏 邵世煌 +1 位作者 谢锦丽 朱莹 《系统仿真学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第14期3321-3323,3357,共4页
作为关键调控因子之一,P53在响应DNA损伤期间通过启动下游基因及其调控通路实现细胞周期捕获,促进病变细胞凋亡等系统功能。P53基因调控网络对于肿瘤形成与治疗研究都起到了积极的促进作用。旨在通过数学模型对单细胞内部响应外界干扰... 作为关键调控因子之一,P53在响应DNA损伤期间通过启动下游基因及其调控通路实现细胞周期捕获,促进病变细胞凋亡等系统功能。P53基因调控网络对于肿瘤形成与治疗研究都起到了积极的促进作用。旨在通过数学模型对单细胞内部响应外界干扰而产生的复杂调控机制进行研究,建立了DNA损伤下的P53基因调控网络动力学模型,利用微分方程方法分别实现了各子模块响应离子辐射的详细过程;通过Matlab7.0仿真平台实现了DNA损伤修复,ATM(ataxia telangiectasia mutated)激活以及P53-MDM2等模块间的动态调控过程;通过仿真结果简要分析了ATM激活时间阈值以及P53与MDM2(Mouse double minute two)基因响应离子辐射而产生的周期震荡等特性。 展开更多
关键词 P53 ATM MDM2 DNA损伤 离子辐射 基因调控网络 微分方程
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野生型p53诱导的磷酸酶1与肿瘤发生发展及耐药关系的研究进展 被引量:2
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作者 杨臻 田晓琳 +1 位作者 王建英 许亚梅 《中国全科医学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期605-610,共6页
野生型p53诱导的磷酸酶1(Wip1)属于丝氨酸/苏氨酸蛋白磷酸酶,是PP2C家族成员。Wip1基因是一种原癌基因,可协同其他癌基因及致癌信号通路促进肿瘤形成,在肿瘤的发生发展中发挥重要作用。本文从抑制DNA损伤应答、抑制INK4a/ARF信号通路及... 野生型p53诱导的磷酸酶1(Wip1)属于丝氨酸/苏氨酸蛋白磷酸酶,是PP2C家族成员。Wip1基因是一种原癌基因,可协同其他癌基因及致癌信号通路促进肿瘤形成,在肿瘤的发生发展中发挥重要作用。本文从抑制DNA损伤应答、抑制INK4a/ARF信号通路及调控肿瘤细胞侵袭、转移和凋亡相关蛋白表达等方面阐述Wip1基因促进肿瘤发生发展的机制,指出Wip1基因促进肿瘤发生发展过程涉及的相关信号转导分子,分析Wip1基因在肿瘤细胞化疗耐药、放疗抵抗中的作用。 展开更多
关键词 Wip1基因 肿瘤形成过程 基因 p53 DNA损伤 基因调控网络 抗药性 肿瘤
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基于网络药理学和动物实验探讨小续命汤治疗缺血性卒中的作用机制 被引量:7
9
作者 王飞 徐莉莉 +3 位作者 张雅珍 兰瑞 向军 李祥婷 《中成药》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期2398-2402,共5页
目的基于网络药理学和动物实验探讨小续命汤治疗缺血性卒中的作用机制。方法采用网络数据库获取小续命汤的成分及其对应的作用靶点、缺血性卒中的疾病靶点,Venny 2.1.0软件获取成分-疾病靶点交集,STRING数据库进行蛋白互作(PPI)分析获... 目的基于网络药理学和动物实验探讨小续命汤治疗缺血性卒中的作用机制。方法采用网络数据库获取小续命汤的成分及其对应的作用靶点、缺血性卒中的疾病靶点,Venny 2.1.0软件获取成分-疾病靶点交集,STRING数据库进行蛋白互作(PPI)分析获得核心靶点,Bioconductor软件包进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。以脑缺血再灌注大鼠模型观察小续命汤对脑梗死面积、神经功能缺损评分、关键靶点的影响。结果数据库检索获得126种活性成分和57个关键靶点,GO富集分析得到细胞因子受体结合、细胞因子活性、磷酸酶结合等74个分子功能条目,KEGG富集分析得到流体剪切应力和动脉粥样硬化、糖尿病并发症的AGE-RAGE信号通路、IL-17等124条信号通路。动物实验表明,小续命汤可减少大鼠脑梗死面积百分比,减轻神经功能缺损,下调IL-6、VEGFA、TP53表达。结论小续命汤具有多种活性成分,通过调控IL-6、VEGFA、TP53等多靶点,减少脑梗死面积,减轻神经功能缺损,进而发挥治疗缺血性卒中的作用。 展开更多
关键词 小续命汤 缺血性卒中 网络药理学 IL-6 VEGF P53
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基于拟比对CNN方法的人类p53癌症基因二级数据库构建及分析 被引量:2
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作者 王丹丹 李晨鸿 +2 位作者 徐海阳 蔡蓉 朱平 《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期15-20,共6页
以NCBI维护的一级数据库为数据源建立人类癌症p53核苷酸序列二级数据库,该数据库设计主要包括4个方面:癌症信息、p53序列信息、样本信息和参考文献信息。以XML格式为中间格式保存一级数据库数据,并通过解析提交到二级数据库,初步实现数... 以NCBI维护的一级数据库为数据源建立人类癌症p53核苷酸序列二级数据库,该数据库设计主要包括4个方面:癌症信息、p53序列信息、样本信息和参考文献信息。以XML格式为中间格式保存一级数据库数据,并通过解析提交到二级数据库,初步实现数据的检索、链接和统计分析等功能。本文提出一种拟比对CNN方法对p53癌症基因序列进行比对分析,通过改善传统CNN相似度评估公式,增强两序列全局比对相似度的敏感性和可靠性。结果表明,将改进的序列比对算法应用于乳腺癌和非小细胞肺癌p53外显子基因序列比对,发现外显子5突变后序列比对结果存在较大差异,可以作为区别这两种癌症的参考。此外,通过将一级数据库以XML形式转化成二级数据库,实现了网络数据与本地数据的动态交换。 展开更多
关键词 二级数据库 癌症 p53基因序列 细胞神经网络 序列比对
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基于网络药理学探究凉膈散对急性胰腺炎肺损伤大鼠的保护作用 被引量:3
11
作者 葛鹏 罗亚岚 +3 位作者 徐秋实 许才明 张桂信 陈海龙 《中成药》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期3091-3096,共6页
目的基于网络药理学探究凉膈散对急性胰腺炎肺损伤(AP-ALI)大鼠的保护作用。方法利用TCMSP、TCMID、GeneCards、DisGeNET及STRING数据库建立药物与疾病的靶点网络,使用Cytoscape筛选靶点,借助GO和KEGG富集分析阐释生物学机制,使用Autodo... 目的基于网络药理学探究凉膈散对急性胰腺炎肺损伤(AP-ALI)大鼠的保护作用。方法利用TCMSP、TCMID、GeneCards、DisGeNET及STRING数据库建立药物与疾病的靶点网络,使用Cytoscape筛选靶点,借助GO和KEGG富集分析阐释生物学机制,使用Autodock Vina 1.1.2和PyMOL计算并可视化成分和靶标的结合情况。大鼠随机分为对照组、模型组和凉膈散组,除对照组外,其余组大鼠经胰胆管逆行注射5%牛磺胆酸钠(50 mg/kg)制备AP-ALI模型,凉膈散组于造模后2、12 h灌胃给予10 g/kg凉膈散。造模后24 h收集血浆、血清和胰腺、肺组织,测定肺组织湿/干重比,血浆PaO_(2)和PaCO_(2)值,血清淀粉酶活性和炎症因子TNF-α、IL-6水平,肺组织MDA、GSH水平和MPO活性,HE染色观察胰腺和肺组织病理损伤,TUNEL染色检测肺组织细胞凋亡情况,Western blot法检测肺组织PTGS2、cleaved caspase-3、HO-1、P53蛋白表达。结果网络药理学分析筛得凉膈散活性成分155个,靶点网络确定了41个关键靶点(TNF、IL6、MMP9、HO-1、PTGS2、P53、STAT3、MAPK8、CASP3、FOS等),涉及TNF、MAPK、HIF-1、TLRs和癌症等信号通路。动物实验表明,与对照组比较,模型组大鼠肺组织湿/干重比、血浆PaCO_(2)值、血清淀粉酶活性和TNF-α、IL-6水平、肺组织MDA水平和MPO活性、肺组织细胞凋亡率及PTGS2、cleaved caspase-3、HO-1、P53蛋白表达均升高(P<0.05,P<0.01),血浆PaO_(2)值、血清GSH水平均降低(P<0.01),胰腺、肺组织出现严重病理损伤,病理评分升高(P<0.01);与模型组比较,凉膈散组上述指标均有改善(P<0.05,P<0.01)。结论凉膈散可能通过促进HO-1通路活化缓解AP-ALI的氧化应激损伤,并调控P53/caspase-3通路发挥抗凋亡作用。 展开更多
关键词 凉膈散 急性胰腺炎 肺损伤 网络药理学 分子对接 PTGS2 HO-1 P53 CASPASE-3
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基于连续-离散扩展卡尔曼建模的p53-Mdm2调控关系研究 被引量:3
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作者 姜莉 李玉榕 《中国生物医学工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期180-186,共7页
生物医学研究揭示,肿瘤抑制基因p53的表达水平与肿瘤的形成相关。p53相关的信号转导网络研究为揭示癌症、肿瘤的发病机制和寻找其治疗方法提供新思路,而p53和癌基因Mdm2的负反馈关系是该信号转导网络的核心部分。因此,研究p53-Mdm2的调... 生物医学研究揭示,肿瘤抑制基因p53的表达水平与肿瘤的形成相关。p53相关的信号转导网络研究为揭示癌症、肿瘤的发病机制和寻找其治疗方法提供新思路,而p53和癌基因Mdm2的负反馈关系是该信号转导网络的核心部分。因此,研究p53-Mdm2的调控关系意义重大。基于电离辐射后人类白血病细胞中测得的时间序列基因表达数据,利用连续-离散的扩展卡尔曼(EKF)算法,建立带有延迟特性的非线性动态连续随机生物网络模型,模拟电离辐射后的p53-Mdm2动态调控过程。同时,对所建立网络的准确性进行验证,可得模型的误差率为0.85%。结果表明:所提出的算法是收敛的,可以预测基因的表达水平,准确地模拟p53-Mdm2调控网络受到电离辐射后的衰减震荡响应过程,该过程和生物实验结果一致。所提出的算法为生物学实验建模提供一种有效的方法,并可以为网络系统动力学特性的研究提供条件。 展开更多
关键词 p53-Mdm2网络 连续-离散扩展卡尔曼(EKF)算法 时间序列数据 延迟
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基于生物信息学和网络药理学研究独活寄生汤治疗绝经后骨质疏松症的分子机制 被引量:13
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作者 管世兵 陈春燕 +1 位作者 涂楚 陆忠杰 《中成药》 CAS CSCD 北大核心 2021年第9期2551-2557,共7页
目的基于生物信息学和网络药理学筛查独活寄生汤治疗绝经后骨质疏松症(PMOP)分子机制。方法利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选独活寄生汤的有效活性成分和基因靶点,并利用GEO数据库分析得到骨质疏松症相关靶基因。利用R语言对独活... 目的基于生物信息学和网络药理学筛查独活寄生汤治疗绝经后骨质疏松症(PMOP)分子机制。方法利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选独活寄生汤的有效活性成分和基因靶点,并利用GEO数据库分析得到骨质疏松症相关靶基因。利用R语言对独活寄生汤与骨质疏松症相关靶基因取交集,筛选出独活寄生汤活性化合物治疗骨质疏松症的基因靶点,通过Cytoscape软件绘制基因网络,并采用String数据库构建独活寄生汤-骨质疏松症相关蛋白互助图,筛选出核心靶基因,最后采用R语言对筛选基因靶点进行GO及KEGG通路分析。在体动物实验验证独活寄生汤对绝经后大鼠骨质疏松症的机制。结果独活寄生汤包含24味中药,涉及334个有效化合物,潜在基因靶点313个。独活寄生汤治疗PMOP涉及靶点19个,GO和KEGG富集分析涉及25条信号通路,主要涉及细胞凋亡p53信号通路等。与假手术组比较,模型组骨密度、刚度和最大载荷均降低(P<0.01),caspase-3、p53、p21表达均上调(P<0.01),Bcl-2表达下调(P<0.01);与模型组比较,独活寄生汤组能增加骨密度、刚度和最大载荷(P<0.05,P<0.01),caspase-3、p53、p21表达均下调(P<0.05,P<0.01),Bcl-2表达上调(P<0.05)。结论独活寄生汤治疗PMOP具有多组分-多靶点特点,可通过p53信号通路抑制细胞衰老和凋亡并最终改善骨质疏松症状。 展开更多
关键词 独活寄生汤 绝经后骨质疏松 生物信息学 网络药理学 p53/p21 凋亡
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单细胞中P53和Mdm2蛋白活性的不同振动行为研究
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作者 杨莉荣 袁芳 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2008年第11期4386-4387,共2页
综述了p53基因及Mdm2基因的生物学特征,介绍了P53-Mdm2网络。
关键词 P53基因 MDM2基因 p53-Mdm2网络 自动调节
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不平衡样本下的SA-YOLO自适应损失目标检测算法 被引量:2
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作者 苏亚鹏 陈高曙 赵彤 《中国科学院大学学报(中英文)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期411-426,共16页
样本不平衡现象是指在数据集中以背景为主的易样本数量较大,而以前景为主的难样本数量过少,即样本存在类间不平衡与难易不平衡问题。现有目标检测算法大多是基于候选区域的两阶段算法或基于回归的单阶段算法,当应用于不平衡样本时无法... 样本不平衡现象是指在数据集中以背景为主的易样本数量较大,而以前景为主的难样本数量过少,即样本存在类间不平衡与难易不平衡问题。现有目标检测算法大多是基于候选区域的两阶段算法或基于回归的单阶段算法,当应用于不平衡样本时无法避免训练中产生的预测框对大量样本过度依赖,从而导致模型过拟合且检测精度低,准确性、泛化性差。为了在不平衡样本下实现高效精准的目标检测,提出一种全新的SA-YOLO自适应损失目标检测算法。(1)针对样本不平衡问题,提出SA-Focal Loss函数,能够针对不同数据集与训练阶段对损失进行自适应调节,以达到平衡类间样本与难易样本的效果。(2)在多尺度特征预测机制下构造CSPDarknet53-SP网络架构,增强困难小目标样本全局特征的提取能力,达到提升难样本检测精度的效果。为验证SA-YOLO算法的性能,分别在样本不平衡数据集与COCO数据集上进行了大量仿真实验。结果表明:相较于现有YOLO系列算法最优指标值,SA-YOLO在不平衡数据集中mAP可达91.46%,提升10.87%,各类目标AP 50提升均在2%以上,有极强的专精性;在COCO数据集中mAP 50提升1.58%,各项指标均不低于最优值,有良好的有效性。 展开更多
关键词 不平衡样本 自适应损失 SA-YOLO算法 SA-Focal Loss函数 CSPDarknet53-SP网络架构
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改进YOLO网络的光学遥感图像动态目标实时检测
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作者 蔡友林 《现代电子技术》 2025年第19期36-40,共5页
为应对光学遥感图像中动态目标被遮挡的情况,实现微小目标运动状态检测,从而推动遥感技术发展,文中提出改进YOLO网络的光学遥感图像动态目标实时检测方法。获取卫星采集光学遥感图像,通过初步剪切处理实现图像尺寸调整,有效增大动态目... 为应对光学遥感图像中动态目标被遮挡的情况,实现微小目标运动状态检测,从而推动遥感技术发展,文中提出改进YOLO网络的光学遥感图像动态目标实时检测方法。获取卫星采集光学遥感图像,通过初步剪切处理实现图像尺寸调整,有效增大动态目标在光学遥感图像中的占比,将尺寸调整后包含动态目标光学遥感图像输入到引入注意力机制改进的YOLOv3网络中,最终得到动态目标类别得分情况及预测边界框,实现光学遥感图像动态目标实时检测。通过实验验证,该方法能够通过标识框标注动态目标,实现较为精准的动态目标种类识别,在目标受不同遮挡面积情况下,动态目标种类实时检测得分均高于95%,检测偏差均小于1.6%,证明文中方法能够精准实现动态目标实时检测,有效提升遥感技术实际应用性。 展开更多
关键词 YOLOv3网络 光学遥感图像 动态目标检测 尺寸调整 darknet-53网络 预测边界框 目标类别得分 注意力机制
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改进YOLOv3算法的车辆信息检测 被引量:9
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作者 冯加明 储茂祥 +1 位作者 杨永辉 巩荣芬 《重庆大学学报》 CSCD 北大核心 2021年第12期71-79,共9页
车辆信息检测是车型识别在智慧交通领域中的首要任务。针对现有的车辆信息检测技术在检测速度、精度以及稳定性方面存在的问题,提出了基于YOLOv3的深度学习目标检测算法——YOLOv3-fass。该算法以DarkNet-53网络结构为基础,删减了部分... 车辆信息检测是车型识别在智慧交通领域中的首要任务。针对现有的车辆信息检测技术在检测速度、精度以及稳定性方面存在的问题,提出了基于YOLOv3的深度学习目标检测算法——YOLOv3-fass。该算法以DarkNet-53网络结构为基础,删减了部分残差结构,降低了卷积层的通道数,添加了1条下采样支路和3个尺度跳连结构,增加了一个检测尺度,并通过K-均值聚类与手动调节相结合的方法计算出12组锚框值。最后通过迁移学习机制对YOLOv3-fass算法进行微调。在自研的车辆数据集上,YOLOv3-fass算法与YOLOv3、YOLOv3-tiny、YOLOv3-spp算法以及具有ResNet50和DenseNet201经典网络结构的算法做了对比实验,结果表明YOLOv3-fass算法能够更精准、高效、稳定地检测到车辆信息。 展开更多
关键词 深度学习 YOLOv3算法 darknet-53网络结构 车辆信息检测 目标检测
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基于改进YOLOv3模型的玉米叶片病虫害检测与识别研究 被引量:36
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作者 徐会杰 黄仪龙 刘曼 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期1276-1285,共10页
[目的]本文针对传统农作物叶片病虫害识别模型YOLOv3存在的检测实时性与鲁棒性差以及漏检率高的问题,提出了一种改进的玉米叶片病虫害检测模型——YOLOv3-Corn。[方法]该模型采用Darknet-53作为特征提取网络,将网络输出的8倍特征图与新... [目的]本文针对传统农作物叶片病虫害识别模型YOLOv3存在的检测实时性与鲁棒性差以及漏检率高的问题,提出了一种改进的玉米叶片病虫害检测模型——YOLOv3-Corn。[方法]该模型采用Darknet-53作为特征提取网络,将网络输出的8倍特征图与新加入的4倍下采样特征图进行拼接,建立了104104尺度的检测层;在前期构建的包含6个类别玉米常见病虫害数据集中,利用K-means++聚类算法选取12个先验框并分别匹配到4个不同尺度的检测层中进行目标识别。[结果]在YOLOv3系列模型中,YOLOv3-Corn模型的检测精度均值(mAP)、召回率(Recall)达到了93.31%和93.08%,与YOLOv3模型相比分别提高了4.03%和9.78%。在非YOLO系列模型中,YOLOv3-Corn模型平衡了Faster R-CNN模型的检测速度不足和RetinaNet模型的召回率、精确度不足的问题。[结论]在保证提取相同特征参数、检测时效性好的前提下,YOLOv3-Corn模型有效提高了识别精度。 展开更多
关键词 玉米叶片 病虫害检测 目标检测 YOLOv3模型 darknet-53
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基于改进YOLOv3的车辆目标检测 被引量:1
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作者 潘卫华 罗裕坤 《计算机应用与软件》 北大核心 2023年第1期167-172,204,共7页
为提高交通背景下车辆检测的速度和准确率,拟将YOLOv3算法进行改进。将YOLOv3算法的特征提取网络进行改进,减少不必要的计算以提高算法检测的实时性,并与密集连接网络结合在满足实时性的基础上提升其检测精度,使用参数修正单元PReLU来... 为提高交通背景下车辆检测的速度和准确率,拟将YOLOv3算法进行改进。将YOLOv3算法的特征提取网络进行改进,减少不必要的计算以提高算法检测的实时性,并与密集连接网络结合在满足实时性的基础上提升其检测精度,使用参数修正单元PReLU来替代原有损失函数,改善了在复杂环境检测不佳的情况。实验结果表明,提出的改进在准确性和实时性方面皆优于其他算法。 展开更多
关键词 YOLOv3算法 darknet-53 车辆检测 DenseNet 损失函数
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基于YOLO改进算法的远程塔台运动目标检测 被引量:18
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作者 徐国标 侯明利 熊辉 《科学技术与工程》 北大核心 2019年第14期377-383,共7页
远程塔台由于其低成本高时效远程实时控制技术正越来越受到民航业界的青睐,其中运动目标自动检测和显示是远程塔台的核心技术,作为增强现实技术更好地为管制员提供服务。在分析远程塔台机场场面背景复杂、场面目标多为远场景、小目标等... 远程塔台由于其低成本高时效远程实时控制技术正越来越受到民航业界的青睐,其中运动目标自动检测和显示是远程塔台的核心技术,作为增强现实技术更好地为管制员提供服务。在分析远程塔台机场场面背景复杂、场面目标多为远场景、小目标等特点基础上,提出了一种改进的You Only Look Once(YOLO)算法来实现远程塔台运动目标的检测,算法核心思想以Darknet-53为基础网络,多尺度预测边界框,以运动目标图像坐标的偏移量作为边框长宽的线性变换来实现边框的回归,改善了传统YOLO算法损失函数不同大小的边框未做区分的问题,提高了检测准确性和速度。机场真实数据实验表明,该算法能快速、准确的检测出远程塔台的运动目标,并准确的回归运动目标边框及分类。 展开更多
关键词 远程塔台 You ONLY Look Once(YOLO)改进算法 darknet-53 运动目标检测
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