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单细胞DNA甲基化测序数据处理流程与分析方法被引量：1: 1; 作者王艳妮李佳《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期807-819,共13页; 单细胞DNA甲基化测序技术近年来取得了飞速发展,在揭示细胞间异质性及表观遗传学调控机制方面发挥着重要作用。随着测序技术的进步,单细胞甲基化数据的质量与数量也在不断提高,标准化的预处理流程与合适的分析方法对确保数据的可比性与... 展开更多; 关键词单细胞dna甲基化测序表观遗传学预处理数据分析; 在线阅读下载PDF 职称材料

游离二氧化硅所致肺成纤维细胞转分化过程中DNA甲基化差异基因的MeDIP-seq检测被引量：3: 2; 作者侯建永姚武郝长付《郑州大学学报（医学版）》 CAS 北大核心 2017年第1期5-8,共4页; 目的:检测游离二氧化硅所致肺成纤维细胞转分化过程中可能存在的DNA甲基化差异基因并探讨其可能作用机制。方法:原代培养肺成纤维细胞和肺泡巨噬细胞,建立共培养的矽肺体外模型,采用甲基化DNA免疫共沉淀测序技术检测分析不同染毒时间(0... 展开更多; 关键词矽肺 dna甲基化甲基化dna免疫共沉淀测序; 在线阅读下载PDF 职称材料

舌黏膜癌变基因组甲基化分析: 3; 作者刘华岳万远 +3 位作者邵帅孙家平杨莹代晓明《华西口腔医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期319-328,共10页; 目的研究舌黏膜癌变过程中基因组甲基化特征,探讨舌癌中DNA甲基化的规律。方法用50 mg/L的4-硝基喹啉-1-氧化物(4NQO)饮水诱导C57BL/6J小鼠舌黏膜癌变,分别取第0、12、28周的舌黏膜(分别代表正常、癌前病变和癌变)进行基因芯片检测和甲... 展开更多; 关键词舌癌发病机制甲基化动物模型甲基化dna免疫沉淀测序差异表达基因; 在线阅读下载PDF 职称材料

睡眠剥夺致雌性大鼠生育力下降及其机制被引量：1: 4; 作者许雅琦金治平 +2 位作者张倩李炜张癸荣《中山大学学报（自然科学版）（中英文）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期51-59,共9页; 睡眠是人体维持时辰节律稳态的关键生理过程,主客观原因导致的睡眠剥夺(SD,sleep deprivation)十分常见。SD与生育相关研究正日益引起重视。本研究采用改良多平台睡眠剥夺法(MMPM)建立雌性Wistar大鼠的睡眠剥夺模型,考察大鼠一般情况、... 展开更多; 关键词睡眠剥夺生育力卵巢 RNA测序 dna甲基化测序; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名单细胞DNA甲基化测序数据处理流程与分析方法被引量：1: 1; 作者王艳妮李佳; 机构广州实验室广州医科大学广州医科大学附属肿瘤医院; 出处《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期807-819,共13页; 基金国家自然科学基金项目(编号:82370148) 农村和社会发展科技处/广州医科大学/广州医科大学附属第一医院重点研发计划(编号:2024B03J0046) +3 种基金呼吸疾病全国重点实验室自主课题基金(编号:SKLRD-Z-202307)资助。; 文摘单细胞DNA甲基化测序技术近年来取得了飞速发展,在揭示细胞间异质性及表观遗传学调控机制方面发挥着重要作用。随着测序技术的进步,单细胞甲基化数据的质量与数量也在不断提高,标准化的预处理流程与合适的分析方法对确保数据的可比性与结果的可靠性尤为关键。然而,目前尚未形成一套完整的数据分析流程来指导研究人员对现有数据进行挖掘。本文系统综述了单细胞甲基化数据预处理步骤和分析方法,简要介绍了相关算法和工具,并探讨了单细胞甲基化技术在脑科学、血细胞分化及癌症研究中的应用前景,旨在为研究人员分析数据时提供指导,推动单细胞甲基化测序技术的发展和应用。; 关键词单细胞dna甲基化测序表观遗传学预处理数据分析; Keywords single-cell methylation sequencing epigenetics data preprocessing data analysis; 分类号 Q811.4 [生物学—生物工程]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名游离二氧化硅所致肺成纤维细胞转分化过程中DNA甲基化差异基因的MeDIP-seq检测被引量：3: 2; 作者侯建永姚武郝长付; 机构郑州大学公共卫生学院劳动卫生学教研室; 出处《郑州大学学报（医学版）》 CAS 北大核心 2017年第1期5-8,共4页; 基金国家自然科学基金资助项目81102109 81472954; 文摘目的:检测游离二氧化硅所致肺成纤维细胞转分化过程中可能存在的DNA甲基化差异基因并探讨其可能作用机制。方法:原代培养肺成纤维细胞和肺泡巨噬细胞,建立共培养的矽肺体外模型,采用甲基化DNA免疫共沉淀测序技术检测分析不同染毒时间(0、24、48 h)的肺成纤维细胞之间的DNA甲基化差异基因,并采用DAVID工具对检测到的甲基化差异基因进行KEGG的通路富集分析。结果:共发现8 791个基因的DNA甲基化程度在3个染毒时间组中均存在差异,DAVID工具分析发现这些差异主要集中在代谢、环境信息过程、细胞过程、生物体系统、人类疾病相关通路等通路中。结论:矽肺形成过程中存在大量DNA甲基化程度发生改变的基因,且这些基因涉及多个通路。; 关键词矽肺 dna甲基化甲基化dna免疫共沉淀测序; Keywords silicosis dna methylation MeDIP-seq; 分类号 R135.2 [医药卫生—劳动卫生]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名舌黏膜癌变基因组甲基化分析: 3; 作者刘华岳万远邵帅孙家平杨莹代晓明; 机构云南大学附属医院口腔颌面外科昆明医科大学第一附属医院病理科昆明医科大学第一附属医院整形外科颌面组; 出处《华西口腔医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期319-328,共10页; 基金云南省科技厅-昆医联合专项[202001AY070001-253,2018FE001(-216)]。; 文摘目的研究舌黏膜癌变过程中基因组甲基化特征,探讨舌癌中DNA甲基化的规律。方法用50 mg/L的4-硝基喹啉-1-氧化物(4NQO)饮水诱导C57BL/6J小鼠舌黏膜癌变,分别取第0、12、28周的舌黏膜(分别代表正常、癌前病变和癌变)进行基因芯片检测和甲基化DNA免疫沉淀测序(MeDIP-Seq),在人舌黏膜组织和人舌癌细胞系中,用实时定量逆转录聚合酶链反应(qRT-PCR)和飞行质谱检测验证转化生长因子贝塔信号蛋白1(SMAD1)的表达和启动子的甲基化。结果28周较12周和0周舌黏膜的胞嘧啶鸟嘌呤岛(CGI)甲基化水平均升高,12周时启动子甲基化水平高于0周。在0、12和28周期间,208个差异表达基因与启动子中的差异甲基化呈负相关。与正常黏膜相比,细胞系中SMAD1的mRNA上调,同时启动子甲基化水平降低。结论舌黏膜癌变中伴随DNA甲基化修饰异常,舌癌中SMAD1高表达伴启动子低甲基化。; 关键词舌癌发病机制甲基化动物模型甲基化dna免疫沉淀测序差异表达基因; Keywords tongue cancer pathogenesis methylation animal model methylated dna immunoprecipitation sequencing differentially expressed genes; 分类号 R739.86 [医药卫生—肿瘤]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名睡眠剥夺致雌性大鼠生育力下降及其机制被引量：1: 4; 作者许雅琦金治平张倩李炜张癸荣; 机构河北北方学院药学系河北省神经药理学重点实验室北京中科遗传与生殖医学研究院; 出处《中山大学学报（自然科学版）（中英文）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期51-59,共9页; 基金河北省自然科学基金(H2020405298)。; 文摘睡眠是人体维持时辰节律稳态的关键生理过程,主客观原因导致的睡眠剥夺(SD,sleep deprivation)十分常见。SD与生育相关研究正日益引起重视。本研究采用改良多平台睡眠剥夺法(MMPM)建立雌性Wistar大鼠的睡眠剥夺模型,考察大鼠一般情况、卵巢病理、动情周期、交配率和妊娠率,判断SD对雌性大鼠生育力的影响情况;应用新一代测序(NGS)技术,通过RNA测序(RNA-Seq,RNA sequencing)和DNA甲基化测序,研究SD雌性大鼠卵巢转录组及表观遗传的差异。研究结果表明SD导致雌性大鼠动情周期异常、妊娠率下降、卵巢病理结构改变;SD大鼠卵巢组织发现了101个显著差异表达基因(52个上调基因和49个下调基因),SD50组与对照组之间发现26个甲基化显著差异区域,但上述101个差异基因的所有位点,均未检测到甲基化水平变化。SD雌性大鼠的生育指标差异表明SD导致雌性Wistar大鼠生育力下降;SD大鼠卵巢的差异表达基因及甲基化差异显示SD可能通过基因转录、表观遗传调控来影响雌性动物性腺功能。; 关键词睡眠剥夺生育力卵巢 RNA测序 dna甲基化测序; Keywords sleep deprivation fertility ovary RNA sequencing dna methylation sequencing; 分类号 Q7 [生物学—分子生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	单细胞DNA甲基化测序数据处理流程与分析方法	王艳妮李佳	《遗传》 CAS CSCD 北大核心	2024	1	在线阅读下载PDF 职称材料
2	游离二氧化硅所致肺成纤维细胞转分化过程中DNA甲基化差异基因的MeDIP-seq检测	侯建永姚武郝长付	《郑州大学学报（医学版）》 CAS 北大核心	2017	3	在线阅读下载PDF 职称材料
3	舌黏膜癌变基因组甲基化分析	刘华岳万远邵帅孙家平杨莹代晓明	《华西口腔医学杂志》 CAS CSCD 北大核心	2024	0	在线阅读下载PDF 职称材料
4	睡眠剥夺致雌性大鼠生育力下降及其机制	许雅琦金治平张倩李炜张癸荣	《中山大学学报（自然科学版）（中英文）》 CAS CSCD 北大核心	2023	1	在线阅读下载PDF 职称材料