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基于线粒体COI和18S rRNA基因构建舟山海域浮游动物DNA宏条形码数据库
1
作者
冼华琳
汤昌盛
+5 位作者
张杨阳
张晓林
廖智
周钰琴
谢舒烨
严小军
《南方水产科学》
北大核心
2025年第4期85-97,共13页
为构建舟山海域浮游动物本地条形码数据库,从而为该海域浮游动物的种类鉴定、系统进化关系及种群遗传学研究提供科学依据。基于过去14年的文献报道,编制了收录23目64科96属155种浮游动物的舟山海域浮游动物物种名录,通过从NCBI GenBank...
为构建舟山海域浮游动物本地条形码数据库,从而为该海域浮游动物的种类鉴定、系统进化关系及种群遗传学研究提供科学依据。基于过去14年的文献报道,编制了收录23目64科96属155种浮游动物的舟山海域浮游动物物种名录,通过从NCBI GenBank参考数据库获取相关数据,共收集浮游动物线粒体COI基因序列195条和核糖体18S rRNA基因序列134条,初步建立了舟山海域浮游动物条形码数据库。对最优势类群桡足类进行了种间和种内遗传距离的计算分析。结果显示:桡足类COI基因序列种间平均遗传距离为0.3136,是种内平均遗传距离的34.09倍;18S rRNA基因序列的种间平均遗传距离为0.2628,是种内平均遗传距离的26.82倍。COI基因序列的种间和种内遗传距离存在明显的条形码间隔,而18S rRNA基因序列的种间和种内遗传距离存在重叠,没有明显的条形码间隔。基于COI和18S rRNA基因序列构建的系统发育树表明,2种条形码基因在目和科水平上均能有效区分不同的浮游动物类群。舟山海域浮游动物DNA宏条形码数据库的建立,有利于浮游动物种类鉴定及多样性评估,并为该海域海洋生态环境状况评价提供科学依据。
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关键词
浮游动物
COI基因
18S
rRNA基因
dna条形码数据库
舟山海域
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职称材料
基于线粒体COI和12S rDNA基因构建珠江河口鱼类DNA宏条形码数据库
被引量：
11
2
作者
蒋佩文
李敏
+2 位作者
张帅
陈作志
徐姗楠
《南方水产科学》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第3期13-21,共9页
为建立珠江河口鱼类本底DNA条形码数据库,为珠江河口鱼类种类识别和多样性研究提供信息化基础,于2020—2021年在珠江河口采集鱼类样本251尾,测定了6目10科41属99种鱼类的219条线粒体COI基因5'端的652 bp序列和247条线粒体12S rDNA基...
为建立珠江河口鱼类本底DNA条形码数据库,为珠江河口鱼类种类识别和多样性研究提供信息化基础,于2020—2021年在珠江河口采集鱼类样本251尾,测定了6目10科41属99种鱼类的219条线粒体COI基因5'端的652 bp序列和247条线粒体12S rDNA基因5'端的163~185 bp序列。同时,从GenBank数据库下载珠江河口鱼类COI序列165条和12S rDNA序列128条,共获得172种鱼类的384条COI序列与375条12S rDNA序列,初步构建了珠江河口鱼类条形码数据库。研究发现:COI序列种内平均遗传距离为0.20%,种间平均遗传距离为25.54%;12S rDNA序列种内平均遗传距离为0.12%,种间平均遗传距离为34.39%。基于COI基因的DNA条形码可形成明显的条形码间隙;而基于12S rDNA基因的DNA条形码不能形成明显的条形码间隙,11个物种(占总种类的6.4%)存在区分困难的情况。珠江河口鱼类DNA条形码数据库的建立,有利于推进该河口鱼类生态系统的环境DNA分析,并为珠江河口鱼类生物多样性的保护和种群动态监测提供可靠的技术支持。
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关键词
鱼类
COI基因
12S
r
dna
基因
dna条形码数据库
珠江河口
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职称材料
题名
基于线粒体COI和18S rRNA基因构建舟山海域浮游动物DNA宏条形码数据库
1
作者
冼华琳
汤昌盛
张杨阳
张晓林
廖智
周钰琴
谢舒烨
严小军
机构
浙江海洋大学海洋科学与技术学院
出处
《南方水产科学》
北大核心
2025年第4期85-97,共13页
基金
国家自然科学基金国际(地区)合作研究与交流项目(42020104009)
国家自然科学基金青年科学基金项目(32200083)
+1 种基金
浙江省基础公益研究计划项目(LTGS23C010001)
浙江海洋大学人才引进基金项目(JX6311104324)。
文摘
为构建舟山海域浮游动物本地条形码数据库,从而为该海域浮游动物的种类鉴定、系统进化关系及种群遗传学研究提供科学依据。基于过去14年的文献报道,编制了收录23目64科96属155种浮游动物的舟山海域浮游动物物种名录,通过从NCBI GenBank参考数据库获取相关数据,共收集浮游动物线粒体COI基因序列195条和核糖体18S rRNA基因序列134条,初步建立了舟山海域浮游动物条形码数据库。对最优势类群桡足类进行了种间和种内遗传距离的计算分析。结果显示:桡足类COI基因序列种间平均遗传距离为0.3136,是种内平均遗传距离的34.09倍;18S rRNA基因序列的种间平均遗传距离为0.2628,是种内平均遗传距离的26.82倍。COI基因序列的种间和种内遗传距离存在明显的条形码间隔,而18S rRNA基因序列的种间和种内遗传距离存在重叠,没有明显的条形码间隔。基于COI和18S rRNA基因序列构建的系统发育树表明,2种条形码基因在目和科水平上均能有效区分不同的浮游动物类群。舟山海域浮游动物DNA宏条形码数据库的建立,有利于浮游动物种类鉴定及多样性评估,并为该海域海洋生态环境状况评价提供科学依据。
关键词
浮游动物
COI基因
18S
rRNA基因
dna条形码数据库
舟山海域
Keywords
Zooplankton
COI gene
18S rRNA gene
dna
barcoding database
Zhoushan sea area
分类号
Q953 [生物学—动物学]
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职称材料
题名
基于线粒体COI和12S rDNA基因构建珠江河口鱼类DNA宏条形码数据库
被引量：
11
2
作者
蒋佩文
李敏
张帅
陈作志
徐姗楠
机构
上海海洋大学水产与生命学院
中国水产科学研究院南海水产研究所/农业农村部外海渔业可持续利用重点实验室/广东省渔业生态环境重点实验室
南方海洋科学与工程广东省实验室(广州)
出处
《南方水产科学》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第3期13-21,共9页
基金
广东省基础与应用基础研究重大项目(2019B030302004-05)
广东省科技计划项目(2019B121201001)
+1 种基金
南方海洋科学与工程广东省实验室(广州)人才团队引进重大专项(GML2019ZD0605)
中国水产科学研究院南海水产研究所中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金资助(2019TS13,2021SD18)。
文摘
为建立珠江河口鱼类本底DNA条形码数据库,为珠江河口鱼类种类识别和多样性研究提供信息化基础,于2020—2021年在珠江河口采集鱼类样本251尾,测定了6目10科41属99种鱼类的219条线粒体COI基因5'端的652 bp序列和247条线粒体12S rDNA基因5'端的163~185 bp序列。同时,从GenBank数据库下载珠江河口鱼类COI序列165条和12S rDNA序列128条,共获得172种鱼类的384条COI序列与375条12S rDNA序列,初步构建了珠江河口鱼类条形码数据库。研究发现:COI序列种内平均遗传距离为0.20%,种间平均遗传距离为25.54%;12S rDNA序列种内平均遗传距离为0.12%,种间平均遗传距离为34.39%。基于COI基因的DNA条形码可形成明显的条形码间隙;而基于12S rDNA基因的DNA条形码不能形成明显的条形码间隙,11个物种(占总种类的6.4%)存在区分困难的情况。珠江河口鱼类DNA条形码数据库的建立,有利于推进该河口鱼类生态系统的环境DNA分析,并为珠江河口鱼类生物多样性的保护和种群动态监测提供可靠的技术支持。
关键词
鱼类
COI基因
12S
r
dna
基因
dna条形码数据库
珠江河口
Keywords
Fish
COI gene
12S r
dna
gene
dna
barcode database
Pearl River Estuary
分类号
S917.4 [农业科学—水产科学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于线粒体COI和18S rRNA基因构建舟山海域浮游动物DNA宏条形码数据库
冼华琳
汤昌盛
张杨阳
张晓林
廖智
周钰琴
谢舒烨
严小军
《南方水产科学》
北大核心
2025
0
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职称材料
2
基于线粒体COI和12S rDNA基因构建珠江河口鱼类DNA宏条形码数据库
蒋佩文
李敏
张帅
陈作志
徐姗楠
《南方水产科学》
CAS
CSCD
北大核心
2022
11
在线阅读
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职称材料
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