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一种基于关键字树的DNA数据库搜索算法
1
作者
邹权
郭茂祖
+1 位作者
刘扬
王春宇
《小型微型计算机系统》
CSCD
北大核心
2009年第10期1944-1947,共4页
针对BLAST等软件在生物数据库中搜索DNA分子序列时,不能兼顾时间开销和搜索敏感性的问题,提出一种基于关键字树的多种子搜索算法。首先将查询序列分割成多个种子并将它们构建成一棵关键字树;然后利用Aho-Corasick算法在数据库中搜索,找...
针对BLAST等软件在生物数据库中搜索DNA分子序列时,不能兼顾时间开销和搜索敏感性的问题,提出一种基于关键字树的多种子搜索算法。首先将查询序列分割成多个种子并将它们构建成一棵关键字树;然后利用Aho-Corasick算法在数据库中搜索,找到每个种子的所有完全匹配;最后检查种子匹配密度大的区域,确定其是否是查询序列的近似出现。实验表明算法兼顾了时间开销和搜索的敏感性,而且能发现基因序列中的移位现象.
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关键词
dna数据库搜索
种子
关键字树
Aho—Corasick算法
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职称材料
题名
一种基于关键字树的DNA数据库搜索算法
1
作者
邹权
郭茂祖
刘扬
王春宇
机构
哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院
出处
《小型微型计算机系统》
CSCD
北大核心
2009年第10期1944-1947,共4页
基金
国家自然科学基金项目(60741001
60871092
+2 种基金
60671011)资助
黑龙江省杰出青年科学基金项目(JC200611)资助
黑龙江省自然科学重点项目(ZJG0705)资助
文摘
针对BLAST等软件在生物数据库中搜索DNA分子序列时,不能兼顾时间开销和搜索敏感性的问题,提出一种基于关键字树的多种子搜索算法。首先将查询序列分割成多个种子并将它们构建成一棵关键字树;然后利用Aho-Corasick算法在数据库中搜索,找到每个种子的所有完全匹配;最后检查种子匹配密度大的区域,确定其是否是查询序列的近似出现。实验表明算法兼顾了时间开销和搜索的敏感性,而且能发现基因序列中的移位现象.
关键词
dna数据库搜索
种子
关键字树
Aho—Corasick算法
Keywords
dna
database search
seed
keywords tree
Aho-corasick algorithm
分类号
TP311 [自动化与计算机技术—计算机软件与理论]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
一种基于关键字树的DNA数据库搜索算法
邹权
郭茂祖
刘扬
王春宇
《小型微型计算机系统》
CSCD
北大核心
2009
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