基于DNA宏条形码技术分析布氏田鼠的食物组成及其季节差异

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作者 刘涛 明明 +5 位作者 袁帅 付和平 那顺孟克 格根塔娜 杨文蕾 武晓东 《草地学报》 北大核心 2025年第8期2474-2481,共8页

布氏田鼠(Lasiopodomys brandtii)是典型草原的主要鼠种,针对其开展食性分析能够加深对布氏田鼠采食策略的理解,为合理管理布氏田鼠种群提供一定的参考。本研究在内蒙古锡林郭勒盟东乌珠穆沁旗典型草原,分别于2022年5、7、9、11月,每月... 布氏田鼠(Lasiopodomys brandtii)是典型草原的主要鼠种,针对其开展食性分析能够加深对布氏田鼠采食策略的理解,为合理管理布氏田鼠种群提供一定的参考。本研究在内蒙古锡林郭勒盟东乌珠穆沁旗典型草原,分别于2022年5、7、9、11月,每月采集布氏田鼠成体胃内容物20份(10♀,10♂),共计80份(40♀,40♂)胃内容物。利用DNA宏条形码技术进行食性鉴别,分析其季节性差异。结果发现:(1)布氏田鼠胃内容物中共鉴定出植物9科14属16种;(2)布氏田鼠食物多样性无显著的季节间差异,但秋季食物丰富度显著高于夏季(P<0.01)和冬季(P<0.05);(3)布氏田鼠对黄芪(Astragalus membranaceus)、多根葱(Allium polyrhizum)、糙隐子草(Cleistogenes squarrosa)、虎尾草(Chloris virgata)、二裂委陵菜(Potentilla bifurca)和地锦(Parthenocissus tricuspidata)的取食比例存在显著的季节差异(P<0.05)。对灰绿藜(Oxybasis glauca)、羊草(Leymus chinensis)、小画眉草(Eragrostis minor)和野韭(Allium ramosum)的取食存在极显著的季节差异(P<0.01)。 展开更多

关键词 布氏田鼠 食性 dna宏条形码 季节差异

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基于环境DNA宏条形码的三峡水库变动回水区鱼类多样性研究

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作者 杨威 舒政博 +3 位作者 张先炳 王丽 杨胜发 李文杰 《水生态学杂志》 北大核心 2025年第2期122-133,共12页

应用环境DNA宏条形码(eDNA metabarcoding)检测三峡水库变动回水区鱼类多样性,为区域鱼类多样性监测和保护提供新方法。2021年8月在三峡水库变动回水区5个典型江段共26个采样区域进行水样采集,应用e DNA宏条形码标准化分析流程共检测分... 应用环境DNA宏条形码(eDNA metabarcoding)检测三峡水库变动回水区鱼类多样性,为区域鱼类多样性监测和保护提供新方法。2021年8月在三峡水库变动回水区5个典型江段共26个采样区域进行水样采集,应用e DNA宏条形码标准化分析流程共检测分析出鱼类68种,隶属于8目18科56属,包括国家一级重点保护鱼类1种,国家二级重点保护鱼类3种,长江上游特有鱼类15种,重庆市重点保护鱼类3种,外来鱼类1种,鲤(Cyprinus carpio)、草鱼(Ctenopharyngodon idella)、鲇(Silurus asotus)、鳙(Aristichthys nobilis)、波氏吻虾虎鱼(Rhinogobius cliffordpopei)等为优势种且具有较高的操作分类单元(OTU)序列数。5个典型江段的鱼类组成存在差异,且在平绥坝—丝瓜碛等重点淤积的江段检测出较高的鱼类丰度,库区新形成的边滩生境可能是鱼类重要的育幼场。研究结果表明eDNA宏条形码可用于快速检测三峡水库变动回水区鱼类多样性及其空间分布,可作为关键技术组建无损伤性的鱼类资源监测体系。 展开更多

关键词 环境dna宏条形码 鱼类多样性 变动回水区 三峡水库

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基于DNA宏条形码技术的河道斑鳠食性初步分析

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作者 蒙庆米 杨立 +3 位作者 马兰 姚俊杰 莫显义 陈继位 《水产科学》 北大核心 2025年第3期394-402,共9页

为了探究河道斑鳠的食性,以贵州省罗甸县斑鳠保种场河道中的斑鳠为对象,提取其胃含物及水环境样品DNA,选用18S rDNA V4区作为分子标记进行扩增,通过DNA宏条形码技术分析其食物组成及摄食选择性。结果显示:在斑鳠胃含物中共鉴定出14个门... 为了探究河道斑鳠的食性,以贵州省罗甸县斑鳠保种场河道中的斑鳠为对象,提取其胃含物及水环境样品DNA,选用18S rDNA V4区作为分子标记进行扩增,通过DNA宏条形码技术分析其食物组成及摄食选择性。结果显示:在斑鳠胃含物中共鉴定出14个门,分别为节肢动物门、脊索动物门、轮虫动物门、绿藻门、硅藻门、纤毛虫门、丝足虫门、链型植物门、Imbricatea、扁形动物门、线虫动物门、腹毛动物门、环节动物门、Haptista。从门水平来看,斑鳠胃含物中节肢动物门相对丰度最高,其次是脊索动物门;从属水平来看,脊索动物门的鲃属相对丰度最高,其次是轮虫动物门的臂尾轮虫属和节肢动物门的中镖水蚤属。斑鳠对脊索动物门有最高的主动摄食选择性;对丝足虫门、轮虫动物门、硅藻门具有较高的摄食偏好;对纤毛虫门、节肢动物门和绿藻门则表现出随机摄食。试验结果表明,斑鳠是底栖肉食性鱼类,其主要食物来源于脊索动物门、节肢动物门,从属的角度来看,主要食物是脊索动物门硬骨鱼纲鲃属和节肢动物门甲壳纲中镖水蚤属、沼虾属。节肢动物门是斑鳠易得的食物,而脊索动物门是斑鳠喜好的食物。因此,斑鳠食性选择受到两方面的影响,即受该水域环境食物易得性和喜好性的影响。 展开更多

关键词 dna宏条形码技术 斑鳠 食性

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3组常用鱼类eDNA宏条形码通用引物对三亚水环境样品的物种检出效果比较

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作者 郭瑶杰 万武波 +2 位作者 王海山 叶乐 陈治 《南方水产科学》 北大核心 2025年第1期66-76,共11页

环境DNA (Environmental DNA, eDNA)宏条形码技术是一种高效率、高灵敏度且无侵入性的物种调查工具。目前基于eDNA宏条形码技术调查鱼类多样性的研究众多,但是该技术发展尚不完善,对不同引物的实际使用效果缺乏共识。为降低测序成本、... 环境DNA (Environmental DNA, eDNA)宏条形码技术是一种高效率、高灵敏度且无侵入性的物种调查工具。目前基于eDNA宏条形码技术调查鱼类多样性的研究众多,但是该技术发展尚不完善,对不同引物的实际使用效果缺乏共识。为降低测序成本、筛选出实际使用效果最优的通用引物,选取三亚市鱼市场和亚特兰蒂斯水族馆共8个站位的水样,比较了3组常用鱼类eDNA宏条形码通用引物(MiFish-U、AcMDB07、Ac12S)在检测鱼类多样性方面的差异。结果表明:1) 3组引物在质控后总序列数、鱼类序列数、总可操作分类单元(Operational taxonomic units, OTUs)数、鱼类OTUs数和鱼类序列占比方面均存在极显著性差异(p<0.01),MiFish-U的扩增成功率和对鱼类物种的靶向性最高;2) MiFish-U检出的物种数最多(140种),AcMDB07和Ac12S则分别检出128和97种;3) Ac12S和AcMDB07的参考数据库尚不完善,两者分别有72.76%和42.11%的OTUs无法注释到种水平;4) Ac12S检出的特有鱼类很少(仅4种),暗示在实际使用过程中更容易被另外2组引物替代,而MiFish-U的可替代性最低;5) 3组引物反映鱼类丰度的总趋势相似,但对具体物种却存在一定差异。结果表明,综合OTUs注释等多种因素,特别是现有参考数据条件下,MiFish-U的物种检出效果优于AcMDB07和Ac12S。 展开更多

关键词 环境dna宏条形码 鱼类多样性 通用引物 MiFish-U 海南

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渔业生物环境DNA宏条形码数据库研究进展

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作者 杨艳 蓝一 +1 位作者 刘佳敏 王茜 《湖北农业科学》 2025年第1期174-180,共7页

利用宏条形码技术可以对环境中的DNA物种信息进行识别,从而实现生物群落分类监测和生物多样性的快速评估。该方法被广泛应用于渔业生物研究领域,借助大量的DNA条形码数据材料,数据库可以将其按照一定的标准保存整理,整合多种数据库形成... 利用宏条形码技术可以对环境中的DNA物种信息进行识别,从而实现生物群落分类监测和生物多样性的快速评估。该方法被广泛应用于渔业生物研究领域,借助大量的DNA条形码数据材料,数据库可以将其按照一定的标准保存整理,整合多种数据库形成共享平台,实现数据的共享和交换。渔业生物环境DNA宏条形码数据库的构建可以为渔业生物的研究和开发提供基础数据资料和科学依据。综述了鱼类、浮游植物、底栖动物的环境DNA宏条形码数据库研究进展,并对该方法应用于渔业生物研究领域的前景进行了展望。 展开更多

关键词 渔业生物 环境dna宏条形码 数据库 研究进展

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基于DNA宏条形码技术的斑海豹食性分析

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作者 高祥刚 夏莹 +3 位作者 王震 邢衍阔 鹿志创 田甲申 《野生动物学报》 北大核心 2024年第3期498-503,共6页

野生动物食性研究是掌握动物生境需求的核心内容,对野生动物的保护和管理具有重要意义。在我国辽东湾斑海豹(Phoca largha)传统繁殖地和盘锦栖息地海域采集其粪便,选用12S rRNA作为分子标记进行粪便DNA扩增,利用高通量测序鉴定其食物组... 野生动物食性研究是掌握动物生境需求的核心内容,对野生动物的保护和管理具有重要意义。在我国辽东湾斑海豹(Phoca largha)传统繁殖地和盘锦栖息地海域采集其粪便,选用12S rRNA作为分子标记进行粪便DNA扩增,利用高通量测序鉴定其食物组成。结果发现:在斑海豹粪便中共鉴定出鱼类16种,隶属5目8科13属。食物组成的相对丰度显示:梭鱼(Liza haematocheilus)为绝对优势的饵料食物(40.72%),其次为鰕虎科(Gobiidae)种类(23.18%)。属水平不同采样群体的相对丰度显示:2021年、2023年辽东湾北部冰区和2023年盘锦辽河口栖息地排在前3位的种类分别是梭属(Liza)31.91%、矛尾鰕虎属(Chaeturichthys)14.06%和缟鰕虎属(Tri⁃dentiger)8.39%,梭属42.37%、复鰕虎属(Acanthogobius)14.06%和矛尾鰕虎属11.17%,及梭属47.93%、矛尾鰕虎属13.93%和绵鳚属(Zoarces)12.18%,分别合计占斑海豹3个群体食物组成相对丰度的54.36%、67.60%和74.04%。研究结果与辽东湾北部的渔业资源优势物种一致,表明斑海豹为广食性物种,其食物组成主要取决于栖息海域、季节及主要猎物种类的丰度。 展开更多

关键词 斑海豹 dna宏条形码 12S rRNA 食性分析 繁育期

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淡水鱼类环境DNA宏条形码引物的筛选及其在千岛湖的应用 被引量：4

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作者 周严 童璐 +4 位作者 胡文静 李志力 郝雷 刘其根 胡忠军 《湖泊科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第1期187-199,共13页

基于环境DNA(eDNA)技术的鱼类多样性监测方法因具有灵敏度高、对目标生物无伤害以及成本低等特点,近年来在国内外得到了广泛应用。eDNA方法的有效性往往取决于宏条形码引物的选择,尽管目前已经有一些鱼类环境DNA宏条形码引物,但较少有... 基于环境DNA(eDNA)技术的鱼类多样性监测方法因具有灵敏度高、对目标生物无伤害以及成本低等特点,近年来在国内外得到了广泛应用。eDNA方法的有效性往往取决于宏条形码引物的选择,尽管目前已经有一些鱼类环境DNA宏条形码引物,但较少有研究综合评估这些引物的检出效果。本研究评估了来自COI、Cytb、12S rRNA和16S rRNA基因的29对鱼类e DNA宏条形码引物(包括本研究设计的2对和从国内外文献中引用的27对引物),首先基于计算机模拟PCR(in silico PCR)进行了初步分析,随后通过高通量测序对其中效果较好的17对引物开展了更进一步的验证,结果显示:计算机模拟PCR结果良好的引物在进行高通量测序时并非全部表现良好,表明引物的筛选不能仅仅依靠计算机模拟PCR;具有更长扩增片段长度的宏条形码引物并没有获得理想中更好的扩增效果,表现效果好的引物大多是扩增片段长度处于200~300 bp之间的引物;相对于COI和Cytb而言,12S rRNA引物与16S rRNA引物均具有良好的扩增效果,适宜作为鱼类环境DNA宏条形码而用于鱼类多样性研究;同时,鉴于当前的鱼类DNA条形码数据库尚不完备以及不同引物的特性不同,使用多对引物将大大增加物种的检出概率和e DNA研究的可信性。本研究展示了eDNA在评估生物多样性方面的潜力,有助于将来的鱼类eDNA研究,从而为鱼类多样性的保护提供参考。 展开更多

关键词 Edna dna宏条形码 生物多样性 计算机模拟PCR 引物 千岛湖

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基于环境DNA宏条形码的青岚湖自然保护区鱼类组成及分布特征 被引量：1

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作者 史艳萍 屈婵娟 +10 位作者 许旺 周春花 梁璐 王宇翔 任文伟 戴年华 徐晓娟 黎栩霞 计勇 吴小平 金斌松 《中国环境监测》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期235-246,共12页

为探究在不同引物、不同参考数据库下环境DNA技术检测结果的差异,于2021年4月,采用环境DNA宏条形码技术分析了青岚湖鱼类多样性。选取16S rRNA及Cytb 2种引物,NCBI及本地数据库2种数据库,分别进行比对注释。结果表明:在青岚湖29个采样点... 为探究在不同引物、不同参考数据库下环境DNA技术检测结果的差异,于2021年4月,采用环境DNA宏条形码技术分析了青岚湖鱼类多样性。选取16S rRNA及Cytb 2种引物,NCBI及本地数据库2种数据库,分别进行比对注释。结果表明:在青岚湖29个采样点中,共检测到7目15科43属64种鱼类,其中在16S-NCBI情形下获得4目9科19属20种鱼类,在16S-本地数据库情形下获得6目13科27属38种鱼类,在Cytb-NCBI情形下获得4目6科16属19种鱼类,在Cytb-本地数据库情形下获得2目5科15属20种鱼类。在青岚湖29个采样点中,鱼类更多地分布于湖面宽阔的中间地带(如S31附近),且南部较北部更少,鱼种的分布呈现一定的空间相似性。就研究区域而言,选择16S rRNA引物及本地数据库可以获得更全面的鱼类物种。通过与青岚湖鱼类历史数据比对发现,环境DNA技术在研究区域具有较强的适用性,如能选择适当的引物和本地数据库,可以更全面地反映研究区域的物种组成情况。 展开更多

关键词 环境dna宏条形码 鄱阳湖 鱼类多样性 引物 参考数据库

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基于水体及胃含物DNA宏条形码技术的斑鳠幼鱼食性分析 被引量：2

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作者 蒙庆米 马兰 +3 位作者 陈继位 莫显义 姚俊杰 杨立 《南方水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期149-158,共10页

为摸清斑鳠(Mystus guttatus)幼鱼的食性和生物学特征,为其资源保护和种群恢复提供科学依据,采用DNA宏条形码技术分析了贵州省罗甸县斑鳠保种场河道中的斑鳠幼鱼胃含物及水体的物种特征。结果显示:1)在斑鳠幼鱼胃含物中共鉴定出109种生... 为摸清斑鳠(Mystus guttatus)幼鱼的食性和生物学特征,为其资源保护和种群恢复提供科学依据,采用DNA宏条形码技术分析了贵州省罗甸县斑鳠保种场河道中的斑鳠幼鱼胃含物及水体的物种特征。结果显示:1)在斑鳠幼鱼胃含物中共鉴定出109种生物,分属于15个门,12大类。从门水平看,节肢动物门相对丰度最高,其次是轮虫动物门、绿藻门、脊索动物门。从属水平看,中镖水蚤属(Sinodiaptomus)相对丰度最高,其次是臂尾轮虫属(Brachionus)、鲃属(Barbus)和Paralamyctes。2)在斑鳠幼鱼生存的河道中,共获得193个物种,分属于18个门。从门水平来看,节肢动物门相对丰度最高,其次是绿藻门。从属水平来看,中镖水蚤属的相对丰度最高,其次是衣藻属(Chlamydomonas),占比较高的还有臂尾轮虫属、筒壳虫属(Tintinnidium)和单壳缝藻属(Monoraphidium)。节肢动物门、轮虫动物门和绿藻门在斑鳠幼鱼胃含物中和水体中都是相对丰度较高的类群。在水体中,脊索动物门相对丰度较低(第15位),而在胃含物中列第4位。研究揭示了斑鳠幼鱼食性选择受水域环境食物的易得性及其喜好性两方面的影响。从能量收支效益的角度来看,斑鳠幼鱼在摄食过程中遵循以最小的能量投入获取最大收益的原则,利于幼鱼存活与生长。 展开更多

关键词 斑鳠 幼鱼 胃含物 食性 dna宏条形码技术

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基于环境DNA宏条形码的汉江上游黄金峡段鱼类多样性研究 被引量：1

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作者 丁洋 李艳艳 +3 位作者 赵进勇 彭文启 张晶 任锦豪 《北京大学学报（自然科学版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第1期157-164,共8页

2020年,采用环境DNA宏条形码对汉江上游黄金峡鱼类多样性进行研究,并对比历史调查数据,构建汉江上游黄金峡段鱼类名录。从9个采样点中共检测出20种鱼类,占名录的45.45%;鲤鱼(Cyprinus_car-pio)、鲫鱼(Carassius_auratus)、圆吻鲴(Distoe... 2020年,采用环境DNA宏条形码对汉江上游黄金峡鱼类多样性进行研究,并对比历史调查数据,构建汉江上游黄金峡段鱼类名录。从9个采样点中共检测出20种鱼类,占名录的45.45%;鲤鱼(Cyprinus_car-pio)、鲫鱼(Carassius_auratus)、圆吻鲴(Distoechodon_tumirostris)和银鮈(Squalidus_argentatus)为优势种;黄金峡上、下游Shannon指数存在显著性差异(P<0.01,n=9),上游鱼类Shannon指数明显大于下游,黄金峡水利枢纽是造成鱼类多样性空间差异的主要原因。环境DNA检测出的鱼类组成与过去传统方法监测的结果相近。环境DNA宏条形码技术是一种新兴的生物监测手段,可以辅助传统鱼类监测方法,快速检测汉江上游鱼类多样性及其空间分布。 展开更多

关键词 环境dna宏条形码 鱼类多样性 汉江上游黄金峡段

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浮游藻类环境DNA宏条形码监测引物的比较与验证 被引量：1

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作者 母亚雯 杨江华 +2 位作者 张丽娟 张咏 张效伟 《中国环境监测》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期167-176,共10页

环境DNA(eDNA)宏条形码技术通量高、重复性好,在未来生态环境监测中有巨大的应用潜力。目前,浮游藻类环境DNA监测仍处在发展阶段,尚缺乏统一的浮游藻类扩增引物。利用同一个野外环境样本,比较8对通用引物在浮游藻类环境DNA监测中的差异... 环境DNA(eDNA)宏条形码技术通量高、重复性好,在未来生态环境监测中有巨大的应用潜力。目前,浮游藻类环境DNA监测仍处在发展阶段,尚缺乏统一的浮游藻类扩增引物。利用同一个野外环境样本,比较8对通用引物在浮游藻类环境DNA监测中的差异,为初步建立规范化的浮游藻类环境DNA监测方法提供支撑。结果表明,不同引物对浮游藻类扩增存在明显偏好性,靶向扩增16S rDNA的引物主要检出硅藻,其次是隐藻和绿藻;靶向扩增18S rDNA的1391、AD3和ANF 3对引物具有较高的浮游藻类扩增效率和物种辨识度,分别检出67、62、63个浮游藻属,其检出的浮游藻类的相对丰度排序均为硅藻>绿藻>隐藻>金藻>甲藻,可以作为通用引物用于浮游藻类环境DNA宏条形码监测。 展开更多

关键词 浮游藻类 环境dna宏条形码 通用引物 淡水生物多样性 生物监测

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基于环境DNA宏条形码的辽东半岛重要河口鱼类多样性特征 被引量：1

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作者 崔晓玉 张云雷 +3 位作者 张金勇 孙艺 王媛 李宏俊 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期578-588,共11页

为了从分子技术水平探讨渤海与北黄海重要河口鱼类构成及多样性分布情况,利用环境DNA宏条形码技术对渤海与北黄海的12个重要河口进行了鱼类群落多样性研究。结果表明:渤海海域共检测出鱼类74种,隶属于2纲19目41科57属,其中,鲈形目(45%)... 为了从分子技术水平探讨渤海与北黄海重要河口鱼类构成及多样性分布情况,利用环境DNA宏条形码技术对渤海与北黄海的12个重要河口进行了鱼类群落多样性研究。结果表明:渤海海域共检测出鱼类74种,隶属于2纲19目41科57属,其中,鲈形目(45%)占比最大,北黄海共检测出鱼类76种,隶属于2纲19目42科59属,其中鲈形目(42%)占比最大;渤海与北黄海鱼类多样性指数变化趋势相似,但渤海的多样性指数低于北黄海,表明北黄海具有较丰富的鱼类多样性;基于Bray-Curtis距离的NMDS分析和ANOSIM检验显示,渤海与北黄海鱼类群落组间差异大于组内差异(P=0.001);相比于传统鱼类多样性调查方法,环境DNA宏条形码调查在灵敏性、非破坏性和成本效益方面具有显著优势,适用于鱼类多样性调查。研究表明,北黄海相较于渤海具有更高的鱼类多样性;环境DNA宏条形码技术适用于鱼类多样性调查,可对渔业资源调查结果进行补充,在鱼类多样性调查中具备大范围业务化应用前景。 展开更多

关键词 环境dna宏条形码 渤海 北黄海 鱼类多样性 辽东半岛河口

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基于环境DNA宏条形码技术的黄河三角洲典型潮沟单元秋季无脊椎动物多样性及共现网络分析

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作者 符清露 董志远 +5 位作者 李宝泉 陈莉 孙德斌 倪艳梅 唐永政 陈琳琳 《海洋学报》 CSCD 北大核心 2024年第11期75-90,共16页

潮沟系统作为滨海湿地中活跃的地貌单元,不同级别潮沟水文环境变化显著,进而导致生物群落的空间分布出现差异。本研究选取黄河三角洲典型潮沟单元,利用环境DNA宏条形码(environmental DNA metabarcoding,eDNA)技术检测不同级别潮沟无脊... 潮沟系统作为滨海湿地中活跃的地貌单元,不同级别潮沟水文环境变化显著,进而导致生物群落的空间分布出现差异。本研究选取黄河三角洲典型潮沟单元,利用环境DNA宏条形码(environmental DNA metabarcoding,eDNA)技术检测不同级别潮沟无脊椎动物多样性,采用生物共现网络分析和冗余分析(RDA)分别揭示典型潮沟无脊椎动物关键种与驱动因素。结果表明:该潮沟单元共检测到无脊椎动物127个分类操作单元(Operational Taxonomic Units,OTUs),隶属于9门24纲53目103科87属90种。无脊椎动物门水平和属水平分别以节肢动物门(43.9%)和围沙蚕属(Perinereis)(25.2%)为优势类群。群落综合多样性指标(Comprehensive diversity index,CD)分析显示,三级潮沟综合多样性最高,一级潮沟无脊椎动物综合多样性最低。生物共现网络分析显示,线围沙蚕(Perinereis linea)和双枝薮枝螅(Obelia dichotoma)为关键种,对维持该潮沟无脊椎动物群落结构稳定起关键作用。RDA显示,水体的硅酸盐含量、温度和沉积物的粉砂、黏土占比是影响该潮沟无脊椎动物群落特征的主要环境因子。相关性网络分析显示,关键种受硅酸盐含量、黏土和水体氮元素含量的显著影响(P <0.05)。研究结果有助于了解黄河三角洲典型潮沟无脊椎动物群落结构,揭示典型潮沟无脊椎动物关键种,并为无脊椎动物多样性监测与保护提供数据支持与理论参考。 展开更多

关键词 环境dna宏条形码 共现网络 生物多样性 无脊椎动物 黄河三角洲

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基于粪便DNA宏条形码的人工草地放牧绵羊采食组分研究

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作者 郭艳萍 王月君 +3 位作者 彭思嘉 左淑贤 张英俊 罗海玲 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期3043-3051,共9页

准确获取食草动物食性数据有助于了解草地放牧家畜的营养状况,同时也对掌握草地植物群落的动态变化具有重要意义。本研究通过从滩羊粪便样本中提取DNA,利用ITS2条形码和粪便DNA宏条形码技术(fDNA metabarcoding),基于出现频率(Frequency... 准确获取食草动物食性数据有助于了解草地放牧家畜的营养状况,同时也对掌握草地植物群落的动态变化具有重要意义。本研究通过从滩羊粪便样本中提取DNA,利用ITS2条形码和粪便DNA宏条形码技术(fDNA metabarcoding),基于出现频率(Frequency of occurrence,FO)和相对序列丰度(Relative read abundance,RRA)两个指标快速分析获得粪便中的物种组成。分析获得的滩羊食物组成包含28个植物类群,主要有藜属(Chenopodium sp.)、苜蓿属(Medicago sp.)、蒿属(Artemisia sp.)等隶属于13科23属,其中27个鉴定到种水平,物种鉴定分辨率高达96%。藜属FO和RRA均最高,分别为100.0%和31.5%,其次为紫花苜蓿(Medicago sativa),分别为100.0%和26.9%。基于两种算法分析得到的食物比例具有差异性和一致性,其中紫花苜蓿是放牧滩羊的主要采食来源,但摄入比例需要校正。研究证明了基于ITS2片段的粪便DNA宏条形码技术在食草家畜快速准确食性分析中的可行性,为此类研究提供了有力借鉴。建议采用该技术时应完善潜在摄食植物DNA条形码数据库,准确分析目标家畜在特定区域内的采食种类。 展开更多

关键词 绵羊 食性 dna宏条形码 ITS2 物种鉴定

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基于DNA宏条形码技术的杭州萧山国际机场家燕春夏食性分析及防治策略

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作者 覃世迪 冯开道 +4 位作者 孙佳祺 沈建 钟国恒 吕淼品 何珂 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第19期8854-8864,共11页

2022—2023年期间,杭州萧山国际机场累计鉴定鸟击残留物样本154例,涉及54种鸟类,其中家燕(Hirundo rustica)为出现频率最高的鸟种,共检测到9次,鸟击风险较高。为降低家燕对飞行安全的威胁,利用DNA宏条形码技术(DNA metabarcoding techno... 2022—2023年期间,杭州萧山国际机场累计鉴定鸟击残留物样本154例,涉及54种鸟类,其中家燕(Hirundo rustica)为出现频率最高的鸟种,共检测到9次,鸟击风险较高。为降低家燕对飞行安全的威胁,利用DNA宏条形码技术(DNA metabarcoding technology)检测肠道内容物,对机场春夏两季的家燕进行食性分析。同时结合机场调查数据,有效地掌握了家燕的食源分布。结合机场实地调研数据,研究结果发现麻蝇科、果蝇科、蚊科、丽蝇科、蝇科和灰蝶科都属于动物性食物,其中麻蝇科为主要食物,而滋养食源的相关植物有蔷薇科、禾本科、伞形科、千屈菜科、桑科、榆科、百合科和柏科,蔷薇科则是主要滋养物。通过α多样性指数比较发现,动物性食物多样性在夏季显著高于春季(Shannon指数,P<0.05),群落物种分布更均匀,而与家燕食源相关的植物丰富度在春季则显著高于夏季(Chao1和Observed_species指数,P<0.05),造成这种差异动态的因素可能是机场区域温度变化。通过β多样性指数比较发现,动物性食物和食物链相关植物组成差异在春、夏季不明显。针对家燕的食性组成以及食物资源的分布模式,我们建议机场应提高收割植物籽实频率,扩大收割面积,排查家燕营巢区域,规范水稻、大豆等作物种植,妥善处理机场垃圾,定期喷洒杀虫剂,设立昆虫诱捕装置,清理植草区虫卵虫蛹,以降低家燕鸟击事件的发生概率。与传统食性分析相比,通过DNA宏条形码技术比较了不同季节食性,补充了目前发现的家燕食物组成,并且对机场的鸟击防范政策实施具有指导意义。 展开更多

关键词 家燕 dna宏条形码 肠道内容物 食性分析 机场鸟击

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长江中下游环境DNA宏条形码生物多样性检测技术初步研究 被引量：28

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作者 徐念 熊美华 +2 位作者 邵科 阙延福 李键庸 《环境科学研究》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第5期1187-1196,共10页

长江生物多样性在人为影响下面临严重威胁,物种监测是生物多样性保护的基础,为完善长江水生态监测体系,实现高效无损伤的物种监测,在长江中下游干流3个江段(新滩、安庆和芜湖)采集水样,建立长江水样环境DNA宏条形码物种检测体系并评估... 长江生物多样性在人为影响下面临严重威胁,物种监测是生物多样性保护的基础,为完善长江水生态监测体系,实现高效无损伤的物种监测,在长江中下游干流3个江段(新滩、安庆和芜湖)采集水样,建立长江水样环境DNA宏条形码物种检测体系并评估其有效性.结果表明:①长江中下游环境DNA宏条形码检测到32个物种,包括20种鱼类、1种水生哺乳动物(长江江豚)和11种陆生动物,其中鱼类物种包括鲤形目、鲇形目、鲈形目和鲱形目,其种数占鱼类总种数的比例分别为60%、25%、10%和5%.②长江中下游渔获物中资源量居首位的鲤形目在环境DNA调查中序列数最多,占鱼类总序列的96. 2%,其次为鲱形目(占比为3. 5%),鲇形目和鲈形目占比较低,分别为0. 2%和0. 1%,4个类目序列相对丰度与渔获物种资源量组成差异较大.③环境DNA调查次数约占传统渔获物调查次数的几十至几百分之一,采样时间不足努力量最少的渔获物调查的1%,检测到的鱼类种数为传统调查总数的31%~49%.④安庆采样点位于长江中下游长江江豚密度最高的江段,其环境DNA检出率和序列相对丰度在3个采样点中均最高.研究显示:长江水样环境DNA包含水陆复合生态系统的生物多样性信息,利用水样环境DNA宏条形码可检测不同类群的水生和陆生物种;对于鱼类物种检测,环境DNA宏条形码比传统调查方法效率更高,可对传统调查结果进行补充;环境DNA宏条形码生物多样性检测主要受分子标记体系和核酸序列数据库限制,获取全面的物种多样性和资源量信息需要对检测分析方法进行进一步完善. 展开更多

关键词 环境dna宏条形码 生物多样性 长江中下游 鱼类种类组成 长江江豚

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基于环境DNA宏条形码技术的赣江下游(南昌段)鱼类多样性 被引量：8

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作者 周春花 王蓉蓉 +3 位作者 王生 郭婷 欧阳珊 吴小平 《湖泊科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2023年第4期1423-1432,I0023-I0030,共18页

随着人类活动对自然生态系统的负面影响不断加剧,无创性生物多样性评估变得越来越重要。本研究旨在利用环境DNA宏条形码技术研究赣江下游南昌段鱼类多样性,并从不同季节(春、夏、秋、冬)、不同水层(上层、中层和下层)和不同取样位置(近... 随着人类活动对自然生态系统的负面影响不断加剧,无创性生物多样性评估变得越来越重要。本研究旨在利用环境DNA宏条形码技术研究赣江下游南昌段鱼类多样性,并从不同季节(春、夏、秋、冬)、不同水层(上层、中层和下层)和不同取样位置(近岸和离岸)比较鱼类环境DNA信息的物种组成和多样性。结果表明:利用环境DNA宏条形码技术在赣江下游南昌段检测到鱼类114种,其中83种为历史记录种。不同季节的鱼类环境DNA信息的多样性和组成显示出极显著差异。上层水检测到的鱼类物种数分别显著多于中层水和下层水,且中层水和下层水检测到的鱼类在上层水中绝大多数都被检测到。上层水、中层水和下层水的鱼类环境DNA信息的多样性和组成不具有显著性差异。近岸检测到鱼类物种数多于离岸的,鱼类多样性指数无显著性差异,但群落结构具有显著性差异。RDA分析表明,赣江下游鱼类环境DNA受温度和pH的影响较大。本研究能够为基于环境DNA宏条形码的赣江鱼类资源的调查提供基线数据,并对后续赣江鱼类资源环境DNA宏条形码监测实施不同目的的采样策略提供依据;可为使用环境DNA宏条形码技术研究流水系统鱼类多样性提供技术参考,为环境DNA宏条形码技术应用的标准化流程提供依据。 展开更多

关键词 环境dna宏条形码技术 赣江鱼类 多样性 群落结构 取样策略

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基于环境DNA宏条形码技术的辽东湾典型围海养殖池塘内水母多样性研究 被引量：1

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作者 李玉龙 鲍相渤 +5 位作者 李轶平 周遵春 付杰 高祥刚 陈百灵 李云峰 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第13期5303-5313,共11页

研究使用环境DNA宏条形码技术(eDNA metabarcoding)检测辽东湾东北部河口区围海养殖池塘水母种类多样性,探索适用于水母种类物种鉴定和监测的新方法。利用环境DNA宏条形码技术,分别基于18S rDNA和COI宏条形码检测了辽东湾东北部河口区... 研究使用环境DNA宏条形码技术(eDNA metabarcoding)检测辽东湾东北部河口区围海养殖池塘水母种类多样性,探索适用于水母种类物种鉴定和监测的新方法。利用环境DNA宏条形码技术,分别基于18S rDNA和COI宏条形码检测了辽东湾东北部河口区围海养殖池塘水母种类多样性,通过水样采集、过滤、eDNA提取、遗传标记扩增、测序与生物信息分析的环境DNA宏条形码标准化分析流程,从围海养殖池塘7个采样点中获得可检测的采样点数据。结果显示,基于18S rDNA宏条形码检测出8种水母种类,其中钵水母纲大型水母2种、水螅水母总纲小型水母6种;基于COI宏条形码技术共检测出19种水母种类,其中钵水母纲大型水母5种、水螅水母总纲小型水母14种;两种DNA条形码标记都显示养殖种类海蜇(Rhopilema esculentum)为优势种。研究结果表明,环境DNA宏条形码技术作为一种新兴的生物多样性监测手段可用于快速检测水母种类多样性,在水母类物种鉴定、监测及早期预警中有较大的应用潜能。 展开更多

关键词 水母 环境dna宏条形码 18S rdna 细胞色素C氧化酶亚基I(COI) 物种检测 早期监测与预警

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用DNA宏条形码技术分析鹄沼枝额虫的食性

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作者 陈江 吴俣学 +2 位作者 王艳艳 姚俊杰 何浩宇 《水产学杂志》 CAS 北大核心 2023年第5期27-31,41,共6页

为了认识野生鹄沼枝额虫(Branchinella kugenumaensis)的食性生物学特性,采样DNA宏条形码技术分析了贵州省都匀市甲登村池塘中鹄沼枝额虫的食性。结果显示:从肠道中共鉴定出151个物种,分属于10个门类,即节肢动物门(Arthropoda)、刺胞动... 为了认识野生鹄沼枝额虫(Branchinella kugenumaensis)的食性生物学特性,采样DNA宏条形码技术分析了贵州省都匀市甲登村池塘中鹄沼枝额虫的食性。结果显示:从肠道中共鉴定出151个物种,分属于10个门类,即节肢动物门(Arthropoda)、刺胞动物门(Cnidaria)、脊索动物门(Chordata)、线虫动物门(Nematoda)、软体动物门(Mollusca)、半索动物门(Hemichordata)、环节动物门(Annelida)、扁形动物门(Platyhelminthes)、被子植物门(Angiospermae)和绿藻门(Chlorophyta)。节肢动物门共83种,占食物种类总数的70%,是食物中最丰富的类群;其次是脊索动物门,有27种,占11%;绿藻门占据食物的比例最低,仅为0.3%。结果表明,鹄沼枝额虫主动滤食水体中的有机颗粒,对有机颗粒的滤食无选择性;有机颗粒主要来源于大型溞、蚤状溞、水螅、顶切叶蚁和跳镰猛蚁。 展开更多

关键词 dna宏条形码技术 鹄沼枝额虫 食性

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基于环境DNA宏条形码技术的秦淮河生物多样性研究 被引量：39

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作者 王晨 陶孟 +4 位作者 李爱民 施鹏 杨江华 王志浩 张效伟 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期611-624,共14页

秦淮河是南京的母亲河,其生物多样性受城市化进程影响面临严重威胁,而物种资源调研是生物多样性保护的基础。环境DNA宏条形码技术较形态学监测是一种简单高效、灵敏度高的新型监测技术。为探究秦淮河浮游生物、底栖动物及鱼类的生物多样... 秦淮河是南京的母亲河,其生物多样性受城市化进程影响面临严重威胁,而物种资源调研是生物多样性保护的基础。环境DNA宏条形码技术较形态学监测是一种简单高效、灵敏度高的新型监测技术。为探究秦淮河浮游生物、底栖动物及鱼类的生物多样性,于2019年7月,采用环境DNA宏条形码技术对其进行了探究,并分析了秦淮河上下游间的差异及环境因子对其群落结构的影响。结果表明:秦淮河共监测到浮游动物13属22种407个操作分类单元(Operational Taxonomic Units,OTUs),浮游植物85属60种4445个OTUs,底栖动物16属17种212个OTUs,鱼类53属44种1663个OTUs。其中浮游动物以游泳轮虫目(Ploima)和双甲目(Diplostraca)为主,共占浮游动物63.37%,浮游植物以隐藻门(Cryptomonas)和褐藻门(Ochrophyta)为主,共占浮游植物88.11%,底栖动物中节肢动物门(Arthropoda)占比最高,达91.67%,鱼类中鲤形目(Cypriniformes)占比最高,达69.99%。与秦淮河历史形态学监测数据相比,环境DNA宏条形码技术在物种丰度鉴定方面显著高于传统形态学鉴定的物种丰度。通过主坐标分析和PERMANOVA检验,发现秦淮河下游、上游南支和上游北支间有极显著差异(P<0.001)。其中浮游动物、浮游植物和底栖动物受分组影响更大,分组对鱼类的影响相对较小。下游α多样性较上游更为贫乏,上游南支(南京)α多样性较上游北支(句容)更丰富。浮游生物和底栖动物均表现出了明显的随距离增加而衰减的趋势。冗余分析表明,较低营养级的生物对环境因子的变化更为敏感,浮游生物和底栖动物的主要影响因子为总氮、总有机碳、总磷、氨氮、化学需氧量和溶解氧。鱼类的影响因子为溶解氧、总有机碳、总氮、总磷和化学需氧量。研究通过对秦淮河生物多样性的调研,可为秦淮河的生物多样性保护提供理论参考。 展开更多

关键词 秦淮河 环境dna宏条形码 生物多样性 环境因子

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