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一种基于遗传算法的DNA多序列比对方法
被引量：
6
1
作者
龚道雄
阮晓钢
《北京工业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2003年第1期19-22,共4页
为了克服遗传算法应用于多序列比对时所遇到的比对序列数受限制以及比对寻优速度慢的缺点,提出了一种基于遗传算法的DNA多序列比对方法(GAMA);针对DNA多序列比对的特点,指出了传统遗传算法中的交叉操作将为序列比对带来沉重的计算负担;...
为了克服遗传算法应用于多序列比对时所遇到的比对序列数受限制以及比对寻优速度慢的缺点,提出了一种基于遗传算法的DNA多序列比对方法(GAMA);针对DNA多序列比对的特点,指出了传统遗传算法中的交叉操作将为序列比对带来沉重的计算负担;避开遗传算法通常所采用的遗传操作算子,设计了独特的遗传算子(插入删除算子和合并分离算子)、基于BLAST相似度评分方法和完全比对块加权的个体适应度值评价函数,采用了便于插入和删除操作以及相似度评分的基于字符和空位矩阵的染色体编码方案。本算法具有操作算子数量少,算子调用机制简明的特点。最后,给出了将GAMA应用于DNA多序列比对的算例,实验结果验证了本算法的可行性。
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关键词
遗传算法
dna多序列比对
遗传算子
GAMA
离散优化
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职称材料
基于遗传算法和模拟退火算法的DNA多序列比对算法研究
被引量：
4
2
作者
龚道雄
阮晓钢
《中国生物医学工程学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2004年第1期73-78,共6页
提出了一种基于遗传算法和模拟退火算法的DNA多序列比对算法。针对多序列比对的具体特点 ,指出交叉操作是导致比对计算复杂度提高的原因之一 ,因而在本研究所提出的多序列比对算法中 ,取消了遗传算法中通常采用的交叉操作算子 ,设计了...
提出了一种基于遗传算法和模拟退火算法的DNA多序列比对算法。针对多序列比对的具体特点 ,指出交叉操作是导致比对计算复杂度提高的原因之一 ,因而在本研究所提出的多序列比对算法中 ,取消了遗传算法中通常采用的交叉操作算子 ,设计了适合多序列比对特点的插入删除算子和合并分离算子 ,同时在多序列比对的总对数评分规则的基础上提出了完全比对块的概念 ,采用了完全比对块加权的个体适应度值评价函数以引导遗传算法寻优局部比对。本研究还引入了基于模拟退火算法的遗传操作算子调用机制 ,以便在避免完全比对块过多的被遗传操作所破坏的同时防止遗传算法陷入局部极小 ,达到兼顾算法寻优质量和效率的目的。最后通过一个DNA多序列比对的算例验证了算法的可行性。
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关键词
遗传算法
模拟退火
dna多序列比对
交叉操作算子
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职称材料
题名
一种基于遗传算法的DNA多序列比对方法
被引量：
6
1
作者
龚道雄
阮晓钢
机构
北京工业大学电子信息与控制工程学院
出处
《北京工业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2003年第1期19-22,共4页
基金
国家自然科学基金资助重点项目(60234020)
国家自然科学基金资助项目(50274003)
文摘
为了克服遗传算法应用于多序列比对时所遇到的比对序列数受限制以及比对寻优速度慢的缺点,提出了一种基于遗传算法的DNA多序列比对方法(GAMA);针对DNA多序列比对的特点,指出了传统遗传算法中的交叉操作将为序列比对带来沉重的计算负担;避开遗传算法通常所采用的遗传操作算子,设计了独特的遗传算子(插入删除算子和合并分离算子)、基于BLAST相似度评分方法和完全比对块加权的个体适应度值评价函数,采用了便于插入和删除操作以及相似度评分的基于字符和空位矩阵的染色体编码方案。本算法具有操作算子数量少,算子调用机制简明的特点。最后,给出了将GAMA应用于DNA多序列比对的算例,实验结果验证了本算法的可行性。
关键词
遗传算法
dna多序列比对
遗传算子
GAMA
离散优化
Keywords
genetic algorithm
dna
multiple sequence alignment
genetic operators
分类号
TP18 [自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]
O242.23 [理学—计算数学]
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职称材料
题名
基于遗传算法和模拟退火算法的DNA多序列比对算法研究
被引量：
4
2
作者
龚道雄
阮晓钢
机构
北京工业大学电子信息与控制工程学院
出处
《中国生物医学工程学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2004年第1期73-78,共6页
基金
国家自然科学基金重点资助项目 ( 60 2 3 40 2 0 )
文摘
提出了一种基于遗传算法和模拟退火算法的DNA多序列比对算法。针对多序列比对的具体特点 ,指出交叉操作是导致比对计算复杂度提高的原因之一 ,因而在本研究所提出的多序列比对算法中 ,取消了遗传算法中通常采用的交叉操作算子 ,设计了适合多序列比对特点的插入删除算子和合并分离算子 ,同时在多序列比对的总对数评分规则的基础上提出了完全比对块的概念 ,采用了完全比对块加权的个体适应度值评价函数以引导遗传算法寻优局部比对。本研究还引入了基于模拟退火算法的遗传操作算子调用机制 ,以便在避免完全比对块过多的被遗传操作所破坏的同时防止遗传算法陷入局部极小 ,达到兼顾算法寻优质量和效率的目的。最后通过一个DNA多序列比对的算例验证了算法的可行性。
关键词
遗传算法
模拟退火
dna多序列比对
交叉操作算子
Keywords
Genetic algorithm
Simulated annealing
Multiple alignment
Crossover operator
分类号
TP18 [自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]
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作者
出处
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1
一种基于遗传算法的DNA多序列比对方法
龚道雄
阮晓钢
《北京工业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2003
6
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职称材料
2
基于遗传算法和模拟退火算法的DNA多序列比对算法研究
龚道雄
阮晓钢
《中国生物医学工程学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2004
4
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