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小剂量X射线对小鼠全基因组CpG岛甲基化水平的影响
被引量：
9
1
作者
王静子
冒晓蓓
+7 位作者
张有为
薛利军
刘小北
耿建
任丽丽
郁红菊
陈龙邦
褚晓源
《南方医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第2期228-231,共4页
目的探讨小剂量X射线(LDR)暴露对小鼠启动子CpG岛甲基化水平的影响。方法 BALB/c雄性小鼠20只按随机数字表法均分为2组:对照组和分次0.5 Gy(0.05 Gy/d×10 d)照射组。末次照射后2 h摘除眼球取血。采用Roche-NimbleGen小鼠甲基化DNA...
目的探讨小剂量X射线(LDR)暴露对小鼠启动子CpG岛甲基化水平的影响。方法 BALB/c雄性小鼠20只按随机数字表法均分为2组:对照组和分次0.5 Gy(0.05 Gy/d×10 d)照射组。末次照射后2 h摘除眼球取血。采用Roche-NimbleGen小鼠甲基化DNA免疫共沉淀-芯片(MeDIP-chip),分析小鼠全血基因组启动子CpG岛甲基化改变,并利用MeDIP-qPCR(甲基化DNA免疫共沉淀—实时定量PCR)方法检测目的基因启动子区域DNA甲基化水平。结果与对照组相比较,分次照射组全血基因组共筛选出811个基因启动子区甲基化水平存在显著差异(P<0.05)。这些基因涉及几乎所有主要生物学过程。经MeDIP-qPCR验证,挑选出的8个基因(Rad23b、Tdg、Ccnd1、Ddit3、Llgl1、Rasl11a、Tbx2、Slc6a15)的甲基化水平与芯片结果一致。结论 LDR诱导特定基因的CpG岛发生高甲基化,可能参与LDR损伤的分子机制。
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关键词
低剂量辐射
甲基化
dna免疫共沉淀-芯片
在线阅读
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职称材料
乙酸胁迫条件下酿酒酵母全基因组启动子区组蛋白H4 K16乙酰化修饰分析
被引量：
1
2
作者
马田
王玉婧
+2 位作者
程爽
张小华
刘向勇
《河南农业科学》
北大核心
2022年第1期71-78,共8页
为探究酵母乙酸耐受性的表观遗传调控新机制,采用染色质免疫共沉淀-芯片(Chromatin immunoprecipitation-chip,ChIP-chip)技术,分析乙酸胁迫条件下酿酒酵母全基因组启动子区组蛋白H4 K16乙酰化修饰的变化。结果表明,酵母细胞经乙酸胁迫...
为探究酵母乙酸耐受性的表观遗传调控新机制,采用染色质免疫共沉淀-芯片(Chromatin immunoprecipitation-chip,ChIP-chip)技术,分析乙酸胁迫条件下酿酒酵母全基因组启动子区组蛋白H4 K16乙酰化修饰的变化。结果表明,酵母细胞经乙酸胁迫处理(60 mmol/L、30 min)后,与对照组(添加等体积无菌水)相比,73个酵母基因的启动子区域组蛋白H4 K16位点乙酰化修饰发生了改变,乙酰化修饰上升基因19个,主要分布在2、4、5、7、13、15、16号染色体上;乙酰化修饰下降基因54个,主要分布在1、2、4、5、6、7、8、10、11、12、13、14、15、16号染色体上。基因功能分析结果表明,按生物学过程分类乙酰化修饰改变基因主要富集在碱基切除修复、细胞骨架组装、细胞周期进程和含蛋白质的复合物组装;按细胞组分分类乙酰化修饰改变基因主要富集在液泡质子转运V-型ATP酶、DNA聚合酶复合体、质子转运双扇区ATP酶复合物/质子转运域、有丝分裂纺锤体和核染色体;按分子功能分类乙酰化修饰改变基因主要富集在单链DNA 3′—5′外脱氧核糖核酸酶活性、蛋白酶体结合、ATP酶活性/耦联离子跨膜运动。随机选取3个启动子区组蛋白H4 K16乙酰化修饰发生差异变化的基因(ATP12、VPS55、DLT1)进行染色质免疫沉淀-实时定量PCR检测,结果与ChIP-chip分析结果一致,验证了ChIP-chip试验的准确性。综上,酿酒酵母基因启动子区组蛋白H4 K16乙酰化修饰与乙酸耐受性密切相关。
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关键词
酿酒酵母
乙酸胁迫
组蛋白H4
乙酰化
染色质
免疫
共沉淀
-
芯片
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职称材料
血管生成素基因组结合序列的筛选与鉴定
3
作者
盛静浩
许正平
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第12期1294-1301,共8页
血管生成素(angiogenin,ANG)调控细胞增殖、迁移、分化等生物学过程,但其作用的分子机制尚未完全明了.目前认为,ANG可结合到r DNA区域促进r RNA转录,也可能与m RNA有结合.为全面鉴定细胞内可结合ANG的基因组序列,我们利用染色质免疫共...
血管生成素(angiogenin,ANG)调控细胞增殖、迁移、分化等生物学过程,但其作用的分子机制尚未完全明了.目前认为,ANG可结合到r DNA区域促进r RNA转录,也可能与m RNA有结合.为全面鉴定细胞内可结合ANG的基因组序列,我们利用染色质免疫共沉淀结合DNA芯片技术(Ch IP-chip)对He La细胞的基因组DNA进行了筛选,共获得了1 248个结合片段.我们进一步分析了这些结合片段附近分布的基因,发现有699个可能受ANG结合调控的基因.基因注释和聚类分析显示,这些可能受ANG调控的基因主要与肿瘤发生发展有关(特别是结直肠癌和前列腺癌),并且与TGF-β和Wnt信号通路相关.最后,我们验证了ANG不仅与WNT6、CCNE1、APC2、FZD8和EGFR基因的启动子区域有直接结合,而且调控其表达.以上研究结果为深入研究ANG的功能机制提供了线索.
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关键词
血管生成素
染色质
免疫
共沉淀
dna
芯片
转录调控
细胞核转位
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职称材料
题名
小剂量X射线对小鼠全基因组CpG岛甲基化水平的影响
被引量：
9
1
作者
王静子
冒晓蓓
张有为
薛利军
刘小北
耿建
任丽丽
郁红菊
陈龙邦
褚晓源
机构
南方医科大学南京临床学院
南京军区南京总医院肿瘤内科
出处
《南方医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第2期228-231,共4页
基金
南京军区医药卫生科研基金(11MA092)
文摘
目的探讨小剂量X射线(LDR)暴露对小鼠启动子CpG岛甲基化水平的影响。方法 BALB/c雄性小鼠20只按随机数字表法均分为2组:对照组和分次0.5 Gy(0.05 Gy/d×10 d)照射组。末次照射后2 h摘除眼球取血。采用Roche-NimbleGen小鼠甲基化DNA免疫共沉淀-芯片(MeDIP-chip),分析小鼠全血基因组启动子CpG岛甲基化改变,并利用MeDIP-qPCR(甲基化DNA免疫共沉淀—实时定量PCR)方法检测目的基因启动子区域DNA甲基化水平。结果与对照组相比较,分次照射组全血基因组共筛选出811个基因启动子区甲基化水平存在显著差异(P<0.05)。这些基因涉及几乎所有主要生物学过程。经MeDIP-qPCR验证,挑选出的8个基因(Rad23b、Tdg、Ccnd1、Ddit3、Llgl1、Rasl11a、Tbx2、Slc6a15)的甲基化水平与芯片结果一致。结论 LDR诱导特定基因的CpG岛发生高甲基化,可能参与LDR损伤的分子机制。
关键词
低剂量辐射
甲基化
dna免疫共沉淀-芯片
Keywords
low
-
dose X
-
ray
methylation
MeDIP
-
chip
分类号
R818 [医药卫生—放射医学]
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职称材料
题名
乙酸胁迫条件下酿酒酵母全基因组启动子区组蛋白H4 K16乙酰化修饰分析
被引量：
1
2
作者
马田
王玉婧
程爽
张小华
刘向勇
机构
滨州医学院药学院
出处
《河南农业科学》
北大核心
2022年第1期71-78,共8页
基金
山东省自然科学基金项目(ZR2012CQ041)
滨州医学院青年骨干教师培养计划经费资助项目。
文摘
为探究酵母乙酸耐受性的表观遗传调控新机制,采用染色质免疫共沉淀-芯片(Chromatin immunoprecipitation-chip,ChIP-chip)技术,分析乙酸胁迫条件下酿酒酵母全基因组启动子区组蛋白H4 K16乙酰化修饰的变化。结果表明,酵母细胞经乙酸胁迫处理(60 mmol/L、30 min)后,与对照组(添加等体积无菌水)相比,73个酵母基因的启动子区域组蛋白H4 K16位点乙酰化修饰发生了改变,乙酰化修饰上升基因19个,主要分布在2、4、5、7、13、15、16号染色体上;乙酰化修饰下降基因54个,主要分布在1、2、4、5、6、7、8、10、11、12、13、14、15、16号染色体上。基因功能分析结果表明,按生物学过程分类乙酰化修饰改变基因主要富集在碱基切除修复、细胞骨架组装、细胞周期进程和含蛋白质的复合物组装;按细胞组分分类乙酰化修饰改变基因主要富集在液泡质子转运V-型ATP酶、DNA聚合酶复合体、质子转运双扇区ATP酶复合物/质子转运域、有丝分裂纺锤体和核染色体;按分子功能分类乙酰化修饰改变基因主要富集在单链DNA 3′—5′外脱氧核糖核酸酶活性、蛋白酶体结合、ATP酶活性/耦联离子跨膜运动。随机选取3个启动子区组蛋白H4 K16乙酰化修饰发生差异变化的基因(ATP12、VPS55、DLT1)进行染色质免疫沉淀-实时定量PCR检测,结果与ChIP-chip分析结果一致,验证了ChIP-chip试验的准确性。综上,酿酒酵母基因启动子区组蛋白H4 K16乙酰化修饰与乙酸耐受性密切相关。
关键词
酿酒酵母
乙酸胁迫
组蛋白H4
乙酰化
染色质
免疫
共沉淀
-
芯片
Keywords
Saccharomyces cerevisiae
Acetic acid stress
Histone H4
Acetylation
Chromatin immunoprecipitation
-
chip
分类号
S141 [农业科学—肥料学]
TS261.11 [轻工技术与工程—发酵工程]
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职称材料
题名
血管生成素基因组结合序列的筛选与鉴定
3
作者
盛静浩
许正平
机构
浙江大学医学院环境医学研究所
浙江大学医学院分子医学研究中心
出处
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第12期1294-1301,共8页
基金
国家自然科学基金资助项目(No.81372303
No.31400648)资助~~
文摘
血管生成素(angiogenin,ANG)调控细胞增殖、迁移、分化等生物学过程,但其作用的分子机制尚未完全明了.目前认为,ANG可结合到r DNA区域促进r RNA转录,也可能与m RNA有结合.为全面鉴定细胞内可结合ANG的基因组序列,我们利用染色质免疫共沉淀结合DNA芯片技术(Ch IP-chip)对He La细胞的基因组DNA进行了筛选,共获得了1 248个结合片段.我们进一步分析了这些结合片段附近分布的基因,发现有699个可能受ANG结合调控的基因.基因注释和聚类分析显示,这些可能受ANG调控的基因主要与肿瘤发生发展有关(特别是结直肠癌和前列腺癌),并且与TGF-β和Wnt信号通路相关.最后,我们验证了ANG不仅与WNT6、CCNE1、APC2、FZD8和EGFR基因的启动子区域有直接结合,而且调控其表达.以上研究结果为深入研究ANG的功能机制提供了线索.
关键词
血管生成素
染色质
免疫
共沉淀
dna
芯片
转录调控
细胞核转位
Keywords
angiogenin
chromatin immunoprecipitation （CHIP）
dna
microarray
transcription regulation
nuclear translocation
分类号
Q71 [生物学—分子生物学]
Q75 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
小剂量X射线对小鼠全基因组CpG岛甲基化水平的影响
王静子
冒晓蓓
张有为
薛利军
刘小北
耿建
任丽丽
郁红菊
陈龙邦
褚晓源
《南方医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014
9
在线阅读
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职称材料
2
乙酸胁迫条件下酿酒酵母全基因组启动子区组蛋白H4 K16乙酰化修饰分析
马田
王玉婧
程爽
张小华
刘向勇
《河南农业科学》
北大核心
2022
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
血管生成素基因组结合序列的筛选与鉴定
盛静浩
许正平
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2015
0
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职称材料
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