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DAP-seq和RNA-seq揭示转录因子APETALA3-3调控铁皮石斛花型变化机理
1
作者
宋雅蓉
朱洪凤
+3 位作者
敖叠
刘安祺
陆德银
和凤美
《热带作物学报》
北大核心
2025年第5期1052-1063,共12页
兰花唇瓣是特化的花瓣,因其多样性具有极大观赏价值和生物学价值,但其形成机理迄今仍未解决。APETALA3-3(AP3-3)是花器官身份基因,与兰花唇瓣形成有关,但其如何调控兰花唇瓣多样性形成机理目前未见报道。本研究以铁皮石斛野生型植株和...
兰花唇瓣是特化的花瓣,因其多样性具有极大观赏价值和生物学价值,但其形成机理迄今仍未解决。APETALA3-3(AP3-3)是花器官身份基因,与兰花唇瓣形成有关,但其如何调控兰花唇瓣多样性形成机理目前未见报道。本研究以铁皮石斛野生型植株和铁皮石斛DoAP3-3过表达植株的花器官为研究对象,通过DAP-seq和RNA-seq联合分析,从铁皮石斛转录因子DoAP3-3调控下游靶基因的角度探讨唇瓣多样性形成机制。结果表明:共鉴定出MADS6、NAC029、NAC054、WOX3、AS2、ERECTA、AG等7个关键候选靶基因,这些靶基因可能通过特异性调控或在DoAP3-3的作用下与其他基因互作调控花器官发育和花型发育。酵母单杂交实验验证表明转录因子DoAP3-3与MADS6之间存在相互作用,影响花型发育。该研究为初步解析花器官特征基因DoAP3-3与其靶基因之间的调控机制,探究兰科植物中高度特化和多样化的花形态形成机理奠定基础。
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关键词
APETALA3-3
铁皮石斛
dna亲和纯化测序
DAP-seq
转录组
测
序
花型发育
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职称材料
马铃薯转录因子StMYB96的克隆及功能研究
2
作者
李霞
张泽伟
+5 位作者
刘泽军
王楠
郭江波
辛翠花
张彤
简磊
《生物技术通报》
北大核心
2025年第7期181-192,共12页
【目的】MYB转录因子通过调控逆境响应基因,在植物抵御非生物胁迫中发挥着重要作用。旨在探究马铃薯转录因子StMYB96在响应非生物胁迫中的功能。【方法】克隆StMYB96基因,对其进行生物信息学分析、亚细胞定位和表达模式分析。通过体外表...
【目的】MYB转录因子通过调控逆境响应基因,在植物抵御非生物胁迫中发挥着重要作用。旨在探究马铃薯转录因子StMYB96在响应非生物胁迫中的功能。【方法】克隆StMYB96基因,对其进行生物信息学分析、亚细胞定位和表达模式分析。通过体外表达StMYB96并结合DNA亲和纯化测序技术(DNA affinity purification sequencing,DAP-seq),在全基因组范围内鉴定StMYB96的靶基因及其参与的非生物胁迫响应途径。【结果】StMYB96的开放阅读框为1002 bp,编码333个氨基酸。多序列比对结果显示,StMYB96与番茄(Solanum lycopersicum)SlMYB306、辣椒(Capsicum annuum)CaMYB306和枸杞(Lycium barbarum)LbMYB306的亲缘关系较近。亚细胞定位结果表明,StMYB96定位于细胞核中。RT-qPCR分析显示,StMYB96在马铃薯幼苗的根、茎和叶中均有表达,其中,在茎中表达量最高。在模拟干旱胁迫下,StMYB96的表达量显著上调;而在低温处理下,其表达量持续下调。通过DAP-seq技术,鉴定出StMYB96的3个结合位点,在全基因组范围内鉴定到8837个靶基因,其启动子区域包含StMYB96的结合位点,这些靶基因广泛参与多种代谢途径。其中,类黄酮生物合成途径相关基因和脂肪酸延伸途径相关基因均受StMYB96直接调控。【结论】StMYB96可能通过调控不同的代谢途径参与马铃薯对干旱和低温胁迫的响应。
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关键词
马铃薯
转录因子
非生物胁迫
dna亲和纯化测序
StMYB96
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职称材料
真核生物转录因子与DNA互作的研究方法进展
3
作者
杜晓悦
刘淑英
《动物医学进展》
北大核心
2023年第1期97-101,共5页
转录水平的调控是真核生物基因表达中的重要环节,转录因子通过识别特定的DNA序列控制染色质和转录以指导基因表达。论文对研究真核生物转录因子与DNA相互作用的传统方法和新兴技术进行阐述,传统的研究方法包括转录因子结合位点预测、双...
转录水平的调控是真核生物基因表达中的重要环节,转录因子通过识别特定的DNA序列控制染色质和转录以指导基因表达。论文对研究真核生物转录因子与DNA相互作用的传统方法和新兴技术进行阐述,传统的研究方法包括转录因子结合位点预测、双荧光素酶报告基因系统、电泳迁移率变动分析和染色质免疫共沉淀测序等,其中染色质免疫共沉淀测序是基于生物体内的研究方法,对抗体特异性要求高且试验背景较大,限制了对非模式物种的研究,对此,开发了新兴技术如DNA亲和纯化测序和染色质靶向切割与标签化试验。结合上述方法可有效进行转录因子和DNA互作分析,对研究基因转录调控机制具有重要意义。
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关键词
转录因子
dna
染色质免疫共沉淀
测
序
dna亲和纯化测序
染色质靶向切割与标签化
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职称材料
题名
DAP-seq和RNA-seq揭示转录因子APETALA3-3调控铁皮石斛花型变化机理
1
作者
宋雅蓉
朱洪凤
敖叠
刘安祺
陆德银
和凤美
机构
云南农业大学园林园艺学院
出处
《热带作物学报》
北大核心
2025年第5期1052-1063,共12页
基金
国家自然科学基金项目(No.32260419)
云南省教育厅项目(No.A3032024393)。
文摘
兰花唇瓣是特化的花瓣,因其多样性具有极大观赏价值和生物学价值,但其形成机理迄今仍未解决。APETALA3-3(AP3-3)是花器官身份基因,与兰花唇瓣形成有关,但其如何调控兰花唇瓣多样性形成机理目前未见报道。本研究以铁皮石斛野生型植株和铁皮石斛DoAP3-3过表达植株的花器官为研究对象,通过DAP-seq和RNA-seq联合分析,从铁皮石斛转录因子DoAP3-3调控下游靶基因的角度探讨唇瓣多样性形成机制。结果表明:共鉴定出MADS6、NAC029、NAC054、WOX3、AS2、ERECTA、AG等7个关键候选靶基因,这些靶基因可能通过特异性调控或在DoAP3-3的作用下与其他基因互作调控花器官发育和花型发育。酵母单杂交实验验证表明转录因子DoAP3-3与MADS6之间存在相互作用,影响花型发育。该研究为初步解析花器官特征基因DoAP3-3与其靶基因之间的调控机制,探究兰科植物中高度特化和多样化的花形态形成机理奠定基础。
关键词
APETALA3-3
铁皮石斛
dna亲和纯化测序
DAP-seq
转录组
测
序
花型发育
Keywords
APETALA3-3
Dendrobium officinale
dna
affinity purification sequencing
DAP-seq
RNA-seq
flower morphologies development
分类号
S682.31 [农业科学—观赏园艺]
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职称材料
题名
马铃薯转录因子StMYB96的克隆及功能研究
2
作者
李霞
张泽伟
刘泽军
王楠
郭江波
辛翠花
张彤
简磊
机构
内蒙古科技大学生命科学与技术学院
出处
《生物技术通报》
北大核心
2025年第7期181-192,共12页
基金
内蒙古自治区自然科学基金青年基金项目(2023QN03023)
内蒙古自治区直属高校基本科研业务费项目(2023QNJS151)。
文摘
【目的】MYB转录因子通过调控逆境响应基因,在植物抵御非生物胁迫中发挥着重要作用。旨在探究马铃薯转录因子StMYB96在响应非生物胁迫中的功能。【方法】克隆StMYB96基因,对其进行生物信息学分析、亚细胞定位和表达模式分析。通过体外表达StMYB96并结合DNA亲和纯化测序技术(DNA affinity purification sequencing,DAP-seq),在全基因组范围内鉴定StMYB96的靶基因及其参与的非生物胁迫响应途径。【结果】StMYB96的开放阅读框为1002 bp,编码333个氨基酸。多序列比对结果显示,StMYB96与番茄(Solanum lycopersicum)SlMYB306、辣椒(Capsicum annuum)CaMYB306和枸杞(Lycium barbarum)LbMYB306的亲缘关系较近。亚细胞定位结果表明,StMYB96定位于细胞核中。RT-qPCR分析显示,StMYB96在马铃薯幼苗的根、茎和叶中均有表达,其中,在茎中表达量最高。在模拟干旱胁迫下,StMYB96的表达量显著上调;而在低温处理下,其表达量持续下调。通过DAP-seq技术,鉴定出StMYB96的3个结合位点,在全基因组范围内鉴定到8837个靶基因,其启动子区域包含StMYB96的结合位点,这些靶基因广泛参与多种代谢途径。其中,类黄酮生物合成途径相关基因和脂肪酸延伸途径相关基因均受StMYB96直接调控。【结论】StMYB96可能通过调控不同的代谢途径参与马铃薯对干旱和低温胁迫的响应。
关键词
马铃薯
转录因子
非生物胁迫
dna亲和纯化测序
StMYB96
Keywords
potato
transcription factors
abiotic stress
DAP-seq
StMYB96
分类号
S532 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
真核生物转录因子与DNA互作的研究方法进展
3
作者
杜晓悦
刘淑英
机构
内蒙古农业大学兽医学院/农业部动物临床诊疗技术重点实验室/内蒙古自治区基础兽医学重点实验室
出处
《动物医学进展》
北大核心
2023年第1期97-101,共5页
基金
国家自然科学基金项目(32072819)
内蒙古科技重大专项计划项目(2021ZD0010)
+1 种基金
内蒙古应用研究项目(2019GG240)
内蒙古草原英才创新团队项目(20151031)。
文摘
转录水平的调控是真核生物基因表达中的重要环节,转录因子通过识别特定的DNA序列控制染色质和转录以指导基因表达。论文对研究真核生物转录因子与DNA相互作用的传统方法和新兴技术进行阐述,传统的研究方法包括转录因子结合位点预测、双荧光素酶报告基因系统、电泳迁移率变动分析和染色质免疫共沉淀测序等,其中染色质免疫共沉淀测序是基于生物体内的研究方法,对抗体特异性要求高且试验背景较大,限制了对非模式物种的研究,对此,开发了新兴技术如DNA亲和纯化测序和染色质靶向切割与标签化试验。结合上述方法可有效进行转录因子和DNA互作分析,对研究基因转录调控机制具有重要意义。
关键词
转录因子
dna
染色质免疫共沉淀
测
序
dna亲和纯化测序
染色质靶向切割与标签化
Keywords
transcription factor
dna
chromatin immunoprecipitation followed by sequencing
dna
affinity purification sequencing
cleavage under target and tagmentation
分类号
S852.33 [农业科学—基础兽医学]
Q789 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
DAP-seq和RNA-seq揭示转录因子APETALA3-3调控铁皮石斛花型变化机理
宋雅蓉
朱洪凤
敖叠
刘安祺
陆德银
和凤美
《热带作物学报》
北大核心
2025
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
马铃薯转录因子StMYB96的克隆及功能研究
李霞
张泽伟
刘泽军
王楠
郭江波
辛翠花
张彤
简磊
《生物技术通报》
北大核心
2025
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
真核生物转录因子与DNA互作的研究方法进展
杜晓悦
刘淑英
《动物医学进展》
北大核心
2023
0
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职称材料
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