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磁珠法半自动提取全血基因组DNA条件的优化
被引量：
15
1
作者
凌洁
王昊
+3 位作者
张帅
张丹丹
来茂德
朱益民
《浙江大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第3期320-326,共7页
目的:探讨磁珠法提取基因组DNA的影响因素,建立快速、高效、批量提取全血基因组DNA的优化方案。方法:使用磁珠法核酸自动提取系统从全血中提取基因组DNA,紫外分光光度计测定DNA浓度和纯度。采用正交试验设计分析裂解时间、全血量、磁珠...
目的:探讨磁珠法提取基因组DNA的影响因素,建立快速、高效、批量提取全血基因组DNA的优化方案。方法:使用磁珠法核酸自动提取系统从全血中提取基因组DNA,紫外分光光度计测定DNA浓度和纯度。采用正交试验设计分析裂解时间、全血量、磁珠量和乙醇浓度4个因素的主效应和全血量与裂解时间、磁珠量,裂解时间与磁珠量的二阶交互作用对所提取DNA浓度和纯度的影响。结果:裂解时间、全血量、磁珠量和乙醇浓度4个主效应对DNA浓度的影响均存在统计学差异(P<0.05),当裂解时间为15 min,全血量为100μl,磁珠量为80μl,乙醇浓度为80%时,DNA平均浓度最高。磁珠量、裂解时间和全血量的交互作用对DNA OD260/OD280的比值有影响(P=0.008和P=0.013)。当磁珠量为40μl,裂解时间为15 min,全血量为100μl时,OD260/OD280的比值较好。磁珠量和乙醇浓度影响DNA OD260/OD230的比值(P=0.017和P<0.05),磁珠量为40μl,乙醇浓度为80%时,OD260/OD230的比值更好。结论:当DNA得率优先考虑时,可以选择裂解时间15 min、全血量100μl、磁珠量80μl、乙醇浓度80%的提取条件;而对DNA纯度要求较高时,可以将磁珠量改为40μl,以获得最优DNA提取效果。
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关键词
自动化
磁石
dna/分离和提纯
血液
基因组文库
正交试验
乙醇
细胞
培养的
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职称材料
两种微量DNA提取方法的比较
被引量：
3
2
作者
张萱
王珍琦
+4 位作者
史杰萍
赵景春
于雅琴
刘树铮
尉军
《吉林大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2005年第4期636-639,共4页
目的:比较PromegaWizardGenomicDNA纯化试剂盒(PWGDPK)和国产星普液体微量DNA提取试剂盒(SLDPK)提取DNA的效果,探讨从冷冻保存的人外周血中提取基因组DNA的最佳方案。方法:采用反复冻融3次并在-20℃冻存1年的12例健康成人外周血样品,分...
目的:比较PromegaWizardGenomicDNA纯化试剂盒(PWGDPK)和国产星普液体微量DNA提取试剂盒(SLDPK)提取DNA的效果,探讨从冷冻保存的人外周血中提取基因组DNA的最佳方案。方法:采用反复冻融3次并在-20℃冻存1年的12例健康成人外周血样品,分别应用两种试剂盒提取基因组DNA,并采用吸收光谱法、琼脂糖凝胶电泳和PCR扩增等方法分别对提取的基因组DNA进行对比鉴定。结果:PWGDPK提取的DNA浓度为15.0～130.0mg·L-1[(74.8±39.3)mg·L-1],而SLDPK为15.5～37.0mg·L-1[(26.6±6.2)mg·L-1],前者显著高于后者(t=4.119,df=11,P<0.005)。但两种试剂盒提取的基因组DNA纯度都不高,大多数样品A260/A280比值偏离了1.8～2.0范围。PWGDPK提取的12个基因组DNA样品,琼脂糖凝胶电泳后都可见电泳带,9个条带较深,3个条带较浅。SLDPK提取的样品中,只有7个可见较浅的电泳带。应用两种试剂盒提取的12个基因组DNA样品作为模板进行PCR反应后,在rs1171558SNP位点均有11个样品(91.7%)获得目的片段;在rs2248745SNP位点,应用SLDPK只有4个样品(33.3%)获得目的片段,应用PWGDPK有10个样品(83.3%)获得目的片段,后者明显优于前者。结论:PWGDPK比SLDPK更适合于从长期冷冻保存且反复冻融过的全血中提取基因组DNA。
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关键词
dna/分离和提纯
聚合酶链反应
基因组
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职称材料
题名
磁珠法半自动提取全血基因组DNA条件的优化
被引量：
15
1
作者
凌洁
王昊
张帅
张丹丹
来茂德
朱益民
机构
浙江大学医学院流行病与卫生统计学系
浙江大学医学院病理学与病理生理学系
出处
《浙江大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第3期320-326,共7页
基金
国家科技支撑项目(2009BAI80B02)
中央高校基本科研业务费专项资金(2010QNA7022)
文摘
目的:探讨磁珠法提取基因组DNA的影响因素,建立快速、高效、批量提取全血基因组DNA的优化方案。方法:使用磁珠法核酸自动提取系统从全血中提取基因组DNA,紫外分光光度计测定DNA浓度和纯度。采用正交试验设计分析裂解时间、全血量、磁珠量和乙醇浓度4个因素的主效应和全血量与裂解时间、磁珠量,裂解时间与磁珠量的二阶交互作用对所提取DNA浓度和纯度的影响。结果:裂解时间、全血量、磁珠量和乙醇浓度4个主效应对DNA浓度的影响均存在统计学差异(P<0.05),当裂解时间为15 min,全血量为100μl,磁珠量为80μl,乙醇浓度为80%时,DNA平均浓度最高。磁珠量、裂解时间和全血量的交互作用对DNA OD260/OD280的比值有影响(P=0.008和P=0.013)。当磁珠量为40μl,裂解时间为15 min,全血量为100μl时,OD260/OD280的比值较好。磁珠量和乙醇浓度影响DNA OD260/OD230的比值(P=0.017和P<0.05),磁珠量为40μl,乙醇浓度为80%时,OD260/OD230的比值更好。结论:当DNA得率优先考虑时,可以选择裂解时间15 min、全血量100μl、磁珠量80μl、乙醇浓度80%的提取条件;而对DNA纯度要求较高时,可以将磁珠量改为40μl,以获得最优DNA提取效果。
关键词
自动化
磁石
dna/分离和提纯
血液
基因组文库
正交试验
乙醇
细胞
培养的
Keywords
Automation
MAGNETITUM
dna/
isolation ＆ purification
Blood
Genomic library
ORTHOGONAL TEST
Ethanol
Cells,cultured
分类号
R440 [医药卫生—诊断学]
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职称材料
题名
两种微量DNA提取方法的比较
被引量：
3
2
作者
张萱
王珍琦
史杰萍
赵景春
于雅琴
刘树铮
尉军
机构
吉林大学基因组医学研究中心卫生部放射生物学重点实验室
出处
《吉林大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2005年第4期636-639,共4页
基金
国家自然科学基金资助课题(30170343)
吉林大学创新基金课题
文摘
目的:比较PromegaWizardGenomicDNA纯化试剂盒(PWGDPK)和国产星普液体微量DNA提取试剂盒(SLDPK)提取DNA的效果,探讨从冷冻保存的人外周血中提取基因组DNA的最佳方案。方法:采用反复冻融3次并在-20℃冻存1年的12例健康成人外周血样品,分别应用两种试剂盒提取基因组DNA,并采用吸收光谱法、琼脂糖凝胶电泳和PCR扩增等方法分别对提取的基因组DNA进行对比鉴定。结果:PWGDPK提取的DNA浓度为15.0～130.0mg·L-1[(74.8±39.3)mg·L-1],而SLDPK为15.5～37.0mg·L-1[(26.6±6.2)mg·L-1],前者显著高于后者(t=4.119,df=11,P<0.005)。但两种试剂盒提取的基因组DNA纯度都不高,大多数样品A260/A280比值偏离了1.8～2.0范围。PWGDPK提取的12个基因组DNA样品,琼脂糖凝胶电泳后都可见电泳带,9个条带较深,3个条带较浅。SLDPK提取的样品中,只有7个可见较浅的电泳带。应用两种试剂盒提取的12个基因组DNA样品作为模板进行PCR反应后,在rs1171558SNP位点均有11个样品(91.7%)获得目的片段;在rs2248745SNP位点,应用SLDPK只有4个样品(33.3%)获得目的片段,应用PWGDPK有10个样品(83.3%)获得目的片段,后者明显优于前者。结论:PWGDPK比SLDPK更适合于从长期冷冻保存且反复冻融过的全血中提取基因组DNA。
关键词
dna/分离和提纯
聚合酶链反应
基因组
分类号
Q523 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
磁珠法半自动提取全血基因组DNA条件的优化
凌洁
王昊
张帅
张丹丹
来茂德
朱益民
《浙江大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2012
15
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职称材料
2
两种微量DNA提取方法的比较
张萱
王珍琦
史杰萍
赵景春
于雅琴
刘树铮
尉军
《吉林大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2005
3
在线阅读
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职称材料
已选择
0
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参考文献
引证文献
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