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DCA在DNA序列处理上的应用研究
1
作者
黄海滨
杨路明
+1 位作者
李绍华
王建新
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2006年第8期46-49,共4页
DNA序列处理是生物计算非常重要的内容,但序列问题的规模往往很大因而很难直接求解。DCA(Divide-and-ConquerAlgorithm)因擅长于将一个难以直接解决的大规模问题分割成若干小规模问题以各个击破而在序列处理上有重要意义,文中主要从序...
DNA序列处理是生物计算非常重要的内容,但序列问题的规模往往很大因而很难直接求解。DCA(Divide-and-ConquerAlgorithm)因擅长于将一个难以直接解决的大规模问题分割成若干小规模问题以各个击破而在序列处理上有重要意义,文中主要从序列比对及片段组装等方面阐述其应用。
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关键词
dna
dca
序列处理
生物计算
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职称材料
卷积神经网络在核小体定位识别中的应用
被引量：
1
2
作者
崔颖
施丹丹
+2 位作者
徐泽龙
张兆功
李建中
《哈尔滨工程大学学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2021年第5期751-758,共8页
为更准确识别核小体定位,本文提出一种基于Z曲线理论(Z-Curve)的卷积神经网络(CNN)方法,称为ZCN方法。ZCN方法以Z曲线三维坐标矩阵表示核小体序列特征,通过十倍交叉验证,进行卷积神经网络方法进行模型训练和验证,使用标准评估指标进行...
为更准确识别核小体定位,本文提出一种基于Z曲线理论(Z-Curve)的卷积神经网络(CNN)方法,称为ZCN方法。ZCN方法以Z曲线三维坐标矩阵表示核小体序列特征,通过十倍交叉验证,进行卷积神经网络方法进行模型训练和验证,使用标准评估指标进行性能评价。结果表明:ZCN方法在酵母中具有良好的识别效能,敏感性Sn、准确性Sp、ROC曲线面积分别为92.4%、90.2%和0.9704,可推广到人类、线虫和果蝇的核小体定位识别中,其ROC曲线面积分别为0.796、0.940和0.772,与其他方法比较,进一步证实ZCN方法具有较好的识别效能和可推广性。在酵母全基因组进行核小体定位预测,发现16条染色体的预测准确率均值为78.83%,在基因GAL和GAL10中进行核小体定位预测,研究了降低假阳性的方法,给出了预测核小体定位的图谱。ZCN方法为研究核小体定位识别、预测及功能分析提供了有价值的方法和指导。
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关键词
计算生物学
卷积神经网络
Z曲线理论
核小体
dna
序列
连接区
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职称材料
恩替卡韦耐药乙型肝炎病毒稳定复制细胞系的转录组学分析
被引量：
5
3
作者
张孝璐
杨兰
+4 位作者
孙岩松
徐东平
李晓峰
刘妍
李浩
《解放军医学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第5期448-455,共8页
目的分析恩替卡韦耐药乙型肝炎病毒(ETV-r HBV)稳定转染前后宿主细胞转录组水平的基因差异表达,为后续开展HBV感染相关机制研究提供基础数据和参考。方法对ETV-r HBV稳定转染细胞株(HepG2.A64)及其原始背景细胞株(HepG2)进行转录组测序(...
目的分析恩替卡韦耐药乙型肝炎病毒(ETV-r HBV)稳定转染前后宿主细胞转录组水平的基因差异表达,为后续开展HBV感染相关机制研究提供基础数据和参考。方法对ETV-r HBV稳定转染细胞株(HepG2.A64)及其原始背景细胞株(HepG2)进行转录组测序(n=3),利用DESeq2软件以|log2 Fold Change|>2、padj<0.05为差异基因筛选条件对测序结果进行差异基因筛选;利用clusterProfiler软件对差异基因进行GO功能富集分析和KEGG功能富集分析。采用RT-qPCR及Western blotting分别检测HBV稳定转染前后宿主细胞DNA修复相关基因mRNA及蛋白的表达水平。结果转录组测序结果显示,与HepG2细胞系相比,ETV-r HBV稳定转染的HepG2.A64细胞系共有613个基因存在差异表达,其中401个上调,212个下调(padj<0.05),GO和KEGG富集分析结果显示,差异表达基因主要参与炎症反应、PI3K/Akt信号通路、PPAR信号通路、NF-κB信号通路以及免疫相关的生物学过程。RT-qPCR及Western blotting检测结果显示,与HepG2细胞系相比,HepG2.A64细胞系中RAD52和XRCC2 mRNA表达量分别下降68.96%±7.59%、69.58%±6.32%,RAD52和XRCC2蛋白表达量分别下降69.93%±3.88%、26.47%±12.7%,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论与原始细胞系HepG2相比,ETV-r HBV稳定转染的HepG2.A64细胞系在转录水平出现大量差异表达基因,同时HepG2.A64细胞系中DNA修复相关基因表达量出现下调。
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关键词
乙型肝炎病毒
dna
修复
计算生物学
转录组测序
恩替卡韦
HepG2.A64细胞系
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职称材料
题名
DCA在DNA序列处理上的应用研究
1
作者
黄海滨
杨路明
李绍华
王建新
机构
中南大学信息科学与工程学院
玉林师范学院数学与计算机科学系
广东商学院计算机科学与技术系
出处
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2006年第8期46-49,共4页
基金
国家自然科学基金资助项目(编号:60433020/F020103)
文摘
DNA序列处理是生物计算非常重要的内容,但序列问题的规模往往很大因而很难直接求解。DCA(Divide-and-ConquerAlgorithm)因擅长于将一个难以直接解决的大规模问题分割成若干小规模问题以各个击破而在序列处理上有重要意义,文中主要从序列比对及片段组装等方面阐述其应用。
关键词
dna
dca
序列处理
生物计算
Keywords
dna
,
dca
,
sequence processing
,
computational biology
分类号
TP301.6 [自动化与计算机技术—计算机系统结构]
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职称材料
题名
卷积神经网络在核小体定位识别中的应用
被引量：
1
2
作者
崔颖
施丹丹
徐泽龙
张兆功
李建中
机构
哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院
黑龙江大学计算机科学与技术学院
出处
《哈尔滨工程大学学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2021年第5期751-758,共8页
基金
国家自然科学基金重点项目(61832003).
文摘
为更准确识别核小体定位,本文提出一种基于Z曲线理论(Z-Curve)的卷积神经网络(CNN)方法,称为ZCN方法。ZCN方法以Z曲线三维坐标矩阵表示核小体序列特征,通过十倍交叉验证,进行卷积神经网络方法进行模型训练和验证,使用标准评估指标进行性能评价。结果表明:ZCN方法在酵母中具有良好的识别效能,敏感性Sn、准确性Sp、ROC曲线面积分别为92.4%、90.2%和0.9704,可推广到人类、线虫和果蝇的核小体定位识别中,其ROC曲线面积分别为0.796、0.940和0.772,与其他方法比较,进一步证实ZCN方法具有较好的识别效能和可推广性。在酵母全基因组进行核小体定位预测,发现16条染色体的预测准确率均值为78.83%,在基因GAL和GAL10中进行核小体定位预测,研究了降低假阳性的方法,给出了预测核小体定位的图谱。ZCN方法为研究核小体定位识别、预测及功能分析提供了有价值的方法和指导。
关键词
计算生物学
卷积神经网络
Z曲线理论
核小体
dna
序列
连接区
Keywords
computational biology
convolutional neural network
Z-curve theory
nucleosome
dna
sequence
linker
分类号
TP391 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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职称材料
题名
恩替卡韦耐药乙型肝炎病毒稳定复制细胞系的转录组学分析
被引量：
5
3
作者
张孝璐
杨兰
孙岩松
徐东平
李晓峰
刘妍
李浩
机构
病原微生物生物安全国家重点实验室
解放军总医院第五医学中心感染病医学部
出处
《解放军医学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第5期448-455,共8页
基金
国家自然科学基金(81573676)
北京市自然科学基金(7194302)。
文摘
目的分析恩替卡韦耐药乙型肝炎病毒(ETV-r HBV)稳定转染前后宿主细胞转录组水平的基因差异表达,为后续开展HBV感染相关机制研究提供基础数据和参考。方法对ETV-r HBV稳定转染细胞株(HepG2.A64)及其原始背景细胞株(HepG2)进行转录组测序(n=3),利用DESeq2软件以|log2 Fold Change|>2、padj<0.05为差异基因筛选条件对测序结果进行差异基因筛选;利用clusterProfiler软件对差异基因进行GO功能富集分析和KEGG功能富集分析。采用RT-qPCR及Western blotting分别检测HBV稳定转染前后宿主细胞DNA修复相关基因mRNA及蛋白的表达水平。结果转录组测序结果显示,与HepG2细胞系相比,ETV-r HBV稳定转染的HepG2.A64细胞系共有613个基因存在差异表达,其中401个上调,212个下调(padj<0.05),GO和KEGG富集分析结果显示,差异表达基因主要参与炎症反应、PI3K/Akt信号通路、PPAR信号通路、NF-κB信号通路以及免疫相关的生物学过程。RT-qPCR及Western blotting检测结果显示,与HepG2细胞系相比,HepG2.A64细胞系中RAD52和XRCC2 mRNA表达量分别下降68.96%±7.59%、69.58%±6.32%,RAD52和XRCC2蛋白表达量分别下降69.93%±3.88%、26.47%±12.7%,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论与原始细胞系HepG2相比,ETV-r HBV稳定转染的HepG2.A64细胞系在转录水平出现大量差异表达基因,同时HepG2.A64细胞系中DNA修复相关基因表达量出现下调。
关键词
乙型肝炎病毒
dna
修复
计算生物学
转录组测序
恩替卡韦
HepG2.A64细胞系
Keywords
hepatitis B virus
dna
repair
computational biology
transcriptome sequencing
entecavir
HepG2.A64 cell line
分类号
R373 [医药卫生—病原生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
DCA在DNA序列处理上的应用研究
黄海滨
杨路明
李绍华
王建新
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2006
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
卷积神经网络在核小体定位识别中的应用
崔颖
施丹丹
徐泽龙
张兆功
李建中
《哈尔滨工程大学学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2021
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
恩替卡韦耐药乙型肝炎病毒稳定复制细胞系的转录组学分析
张孝璐
杨兰
孙岩松
徐东平
李晓峰
刘妍
李浩
《解放军医学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2021
5
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职称材料
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