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枣DCL基因家族注释及其在枣疯病发生中的表达模式分析
被引量：
1
1
作者
张亚婕
黄玉静
+6 位作者
姚佳
曹懂懂
李君毅
王梦丽
李萌
李继东
冯建灿
《河南农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第6期936-945,共10页
【目的】从枣基因组中注释枣DCL(dicer-like)基因家族成员,对其在枣疯病发生过程中的表达模式进行分析,研究枣DCL基因家族在响应植原体侵染中的作用。【方法】从NCBI网站下载冬枣基因组(Genebank号JREP00000000)数据,以拟南芥DCL蛋白序...
【目的】从枣基因组中注释枣DCL(dicer-like)基因家族成员,对其在枣疯病发生过程中的表达模式进行分析,研究枣DCL基因家族在响应植原体侵染中的作用。【方法】从NCBI网站下载冬枣基因组(Genebank号JREP00000000)数据,以拟南芥DCL蛋白序列为探针,使用生物信息学方法筛选得到枣DCL家族成员,分析其染色体位置、基因及蛋白结构、系统进化和保守基序特征,对枣DCL基因家族成员在枣疯病发生过程中的转录组数据进行分析,并对各成员在枣疯病发生过程中的动态进行实时定量反转录聚合酶链反应(qRT-PCR)定量。【结果】以4个拟南芥DCL蛋白为探针,注释了11个枣DCL成员(ZjDCLs),其蛋白分子质量范围为15 217.48~225 623.49 D,等电点为5.82~9.05。11个枣DCL基因不均匀分布在6条枣染色体上,其中1号染色体上的最多。根据和拟南芥4个DCL的进化关系可将11个枣DCL成员分为4类。基因结构分析表明,ZjDCL3和ZjDCL7外显子数量最多为25个,保守基序分析表明,枣DCL的结构较为保守。转录组数据分析表明,10个枣DCL基因在枣疯病发生过程中有表达,ZjDCL6在第Ⅳ个时期的表达量最高,qRT-PCR定量分析表明,ZjDCL6,ZjDCL8和ZjDCL10在不同时期健康树和病树之间差异变化较大。【结论】枣基因组中有11个DCL基因家族成员,结构较为保守,其中ZjDCL6,ZjDCL8和ZjDCL10在枣响应植原体侵染中起重要作用。
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关键词
枣疯病
植原体
dcl基因家族
植物防御
表达模式
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职称材料
番茄Dicer-like蛋白基因家族生物信息学与表达分析
被引量：
1
2
作者
高振华
李漾漾
+3 位作者
王峰
齐明芳
李天来
刘玉凤
《沈阳农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第4期385-393,共9页
Dicer-like蛋白(DCLs)是RNA沉默机制中的重要参与者,通过miRNA进行基因调控和植物的抗病毒保护,并且还与其他生物和非生物胁迫有关。研究番茄中DCLs的蛋白质基本功能以及SlDCLs对环境的响应,可以为DCLs参与抗逆途径及其在逆境中的作用...
Dicer-like蛋白(DCLs)是RNA沉默机制中的重要参与者,通过miRNA进行基因调控和植物的抗病毒保护,并且还与其他生物和非生物胁迫有关。研究番茄中DCLs的蛋白质基本功能以及SlDCLs对环境的响应,可以为DCLs参与抗逆途径及其在逆境中的作用提供理论依据。为深入了解番茄中RNase Ⅲ核酸内切酶Dicer-like蛋白基因家族的特征,利用生物信息学的方法对番茄DCL蛋白基因家族成员进行染色体定位,分析蛋白质基本理化性质、系统发育进化、启动子顺式作用元件、蛋白质结构域等。并通过qRT-PCR方法检测基因在组织中的表达模式和对激素、低温、盐、干旱等胁迫的响应。结果表明:番茄DCL基因有7个,分为4个家族;主要蛋白结构域有5个,启动子区域有响应各类激素、光信号、干旱等逆境的顺式作用元件,包括SlDCL1启动子区域的响应低温作用元件,SlDCL2a的SA、ABA响应元件,SlDCL2b的光响应元件,SlDCL2c的ABA,Me-JA响应元件,SlDCL2d的赤霉素响应元件,SlDCL3的Me-JA、SA响应元件,SlDCL4的干旱响应元件。结果表明:DCL家族基因在不同组织中具有不同的表达模式;激素、低温和渗透胁迫处理可以抑制或激活该家族成员的表达。SlDCL1直接响应低夜温,SlDCL2a对渗透胁迫响应明显;SlDCL2b的转录水平受到NACl的负调控;SlDCL2c受到低温以及ABA的正调控;SlDCL2d受NACl与PEG的负调控;PEG可以促进SlDCL3和SlDCL4的表达。
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关键词
番茄
dcl基因家族
生物信息学分析
基因
表达
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职称材料
题名
枣DCL基因家族注释及其在枣疯病发生中的表达模式分析
被引量：
1
1
作者
张亚婕
黄玉静
姚佳
曹懂懂
李君毅
王梦丽
李萌
李继东
冯建灿
机构
河南农业大学林学院
河南省科学技术情报中心
国家林业和草原局农田防护林工程技术研究中心
河南农业大学园艺学院
出处
《河南农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第6期936-945,共10页
基金
国家自然科学基金项目(32071803)
河南省自然科学基金项目(232300420007)
河南省科技兴林项目(2023008)。
文摘
【目的】从枣基因组中注释枣DCL(dicer-like)基因家族成员,对其在枣疯病发生过程中的表达模式进行分析,研究枣DCL基因家族在响应植原体侵染中的作用。【方法】从NCBI网站下载冬枣基因组(Genebank号JREP00000000)数据,以拟南芥DCL蛋白序列为探针,使用生物信息学方法筛选得到枣DCL家族成员,分析其染色体位置、基因及蛋白结构、系统进化和保守基序特征,对枣DCL基因家族成员在枣疯病发生过程中的转录组数据进行分析,并对各成员在枣疯病发生过程中的动态进行实时定量反转录聚合酶链反应(qRT-PCR)定量。【结果】以4个拟南芥DCL蛋白为探针,注释了11个枣DCL成员(ZjDCLs),其蛋白分子质量范围为15 217.48~225 623.49 D,等电点为5.82~9.05。11个枣DCL基因不均匀分布在6条枣染色体上,其中1号染色体上的最多。根据和拟南芥4个DCL的进化关系可将11个枣DCL成员分为4类。基因结构分析表明,ZjDCL3和ZjDCL7外显子数量最多为25个,保守基序分析表明,枣DCL的结构较为保守。转录组数据分析表明,10个枣DCL基因在枣疯病发生过程中有表达,ZjDCL6在第Ⅳ个时期的表达量最高,qRT-PCR定量分析表明,ZjDCL6,ZjDCL8和ZjDCL10在不同时期健康树和病树之间差异变化较大。【结论】枣基因组中有11个DCL基因家族成员,结构较为保守,其中ZjDCL6,ZjDCL8和ZjDCL10在枣响应植原体侵染中起重要作用。
关键词
枣疯病
植原体
dcl基因家族
植物防御
表达模式
Keywords
jujube witches’broom disease
phytoplasma
dcl
gene family
plant defense
expression pattern
分类号
S723 [农业科学—林木遗传育种]
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职称材料
题名
番茄Dicer-like蛋白基因家族生物信息学与表达分析
被引量：
1
2
作者
高振华
李漾漾
王峰
齐明芳
李天来
刘玉凤
机构
沈阳农业大学园艺学院/设施园艺省部共建教育部重点实验室/北方园艺设施设计与应用技术国家地方联合工程研究中心(辽宁)
出处
《沈阳农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第4期385-393,共9页
基金
国家自然科学基金项目(31772356)
国家现代农业产业体系建设专项项目(CARS-25)。
文摘
Dicer-like蛋白(DCLs)是RNA沉默机制中的重要参与者,通过miRNA进行基因调控和植物的抗病毒保护,并且还与其他生物和非生物胁迫有关。研究番茄中DCLs的蛋白质基本功能以及SlDCLs对环境的响应,可以为DCLs参与抗逆途径及其在逆境中的作用提供理论依据。为深入了解番茄中RNase Ⅲ核酸内切酶Dicer-like蛋白基因家族的特征,利用生物信息学的方法对番茄DCL蛋白基因家族成员进行染色体定位,分析蛋白质基本理化性质、系统发育进化、启动子顺式作用元件、蛋白质结构域等。并通过qRT-PCR方法检测基因在组织中的表达模式和对激素、低温、盐、干旱等胁迫的响应。结果表明:番茄DCL基因有7个,分为4个家族;主要蛋白结构域有5个,启动子区域有响应各类激素、光信号、干旱等逆境的顺式作用元件,包括SlDCL1启动子区域的响应低温作用元件,SlDCL2a的SA、ABA响应元件,SlDCL2b的光响应元件,SlDCL2c的ABA,Me-JA响应元件,SlDCL2d的赤霉素响应元件,SlDCL3的Me-JA、SA响应元件,SlDCL4的干旱响应元件。结果表明:DCL家族基因在不同组织中具有不同的表达模式;激素、低温和渗透胁迫处理可以抑制或激活该家族成员的表达。SlDCL1直接响应低夜温,SlDCL2a对渗透胁迫响应明显;SlDCL2b的转录水平受到NACl的负调控;SlDCL2c受到低温以及ABA的正调控;SlDCL2d受NACl与PEG的负调控;PEG可以促进SlDCL3和SlDCL4的表达。
关键词
番茄
dcl基因家族
生物信息学分析
基因
表达
Keywords
tomato
dcl
gene family
bioinformatics analysis
gene expression
分类号
Q945.11 [生物学—植物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
枣DCL基因家族注释及其在枣疯病发生中的表达模式分析
张亚婕
黄玉静
姚佳
曹懂懂
李君毅
王梦丽
李萌
李继东
冯建灿
《河南农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
1
在线阅读
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职称材料
2
番茄Dicer-like蛋白基因家族生物信息学与表达分析
高振华
李漾漾
王峰
齐明芳
李天来
刘玉凤
《沈阳农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
1
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