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小麦DBB基因家族的生物信息学与表达分析
1
作者
连少英
姜晓君
+5 位作者
张修引
郭灿
李磊
张庆琛
史国礼
倪永静
《江苏农业科学》
北大核心
2024年第18期59-67,共9页
为了解小麦DBB转录因子基因家族成员的基本特征,分析其在基因结构、蛋白结构、系统发育进化树、染色体定位、不同物种间的进化情况,并对小麦DBB基因家族成员在小麦不同组织中的表达水平进行分析。基于小麦中国春的基因组数据,共鉴定得...
为了解小麦DBB转录因子基因家族成员的基本特征,分析其在基因结构、蛋白结构、系统发育进化树、染色体定位、不同物种间的进化情况,并对小麦DBB基因家族成员在小麦不同组织中的表达水平进行分析。基于小麦中国春的基因组数据,共鉴定得到29个DBB基因家族成员,它们不均匀地分布在小麦15条染色体上;系统发育进化树将小麦DBB蛋白分为4个亚族,其中拟南芥DBB基因家族成员在聚类中显示出明显的特异性,与其他物种具有较远的进化关系;motif1位于小麦DBB蛋白的保守结构域,大部分TaDBB基因含有2~3个外显子,最多为5个外显子;小麦DBB基因的启动子区域具有丰富的调控植物生长发育、响应激素以及非生物胁迫的顺式作用元件,暗示TaDBB基因在调控小麦生长发育和胁迫响应中发挥着多种潜在作用;小麦DBB基因在基因组内的进化主要是通过基因片段复制完成的,且同源基因间的片段复制在进化过程中发挥着主导作用;不同物种间的进化结果表明,小麦DBB基因与玉米具有更近的亲缘关系;转录组数据的基因表达谱分析显示,TaDBB1、TaDBB15和TaDBB21基因的表达具有明显的组织特异性。该结果将为后续解析DBB基因在小麦中的生物学功能奠定基础。
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关键词
小麦
dbb基因家族
生物信息学
表达分析
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职称材料
水稻DBB基因家族的生物信息学分析
被引量：
2
2
作者
郝爱平
韩雪杨
+2 位作者
薛巨坤
魏继承
任如意
《西南农业学报》
CSCD
北大核心
2023年第10期2135-2143,共9页
【目的】系统地鉴定和分析水稻DBB基因家族,为水稻DBB基因家族的功能研究奠定基础。【方法】基于水稻的全基因组数据,利用生物信息学方法综合分析水稻DBB基因家族的染色体位置、蛋白质的理化性质、进化关系、保守基序、顺式调控元件和...
【目的】系统地鉴定和分析水稻DBB基因家族,为水稻DBB基因家族的功能研究奠定基础。【方法】基于水稻的全基因组数据,利用生物信息学方法综合分析水稻DBB基因家族的染色体位置、蛋白质的理化性质、进化关系、保守基序、顺式调控元件和表达模式。【结果】从水稻中共鉴定出13个DBB基因,命名为OsDBB1~OsDBB13,这些OsDBB基因在12条水稻染色体中的7条上分布不均。系统发育分析发现,水稻DBB基因家族可分为4个亚族:Group 1~Group 4,并且同一亚族中DBB基因的内含子和外显子具有相似的数量和排列。水稻的13个OsDBB基因包含10个保守基序,其中Motif 1是这些基因共有的保守基序,推测其与保守结构域相关。OsDBB基因的启动子序列含有与生长发育、激素、应激反应以及光响应有关的调控元件。不同的OsDBB基因在不同组织中表达各不相同,具有一定的特异性。【结论】水稻OsDBB基因在植物生长发育和响应非生物胁迫具有重要作用。
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关键词
水稻
dbb基因家族
生物信息学分析
组织表达
非生物胁迫
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职称材料
题名
小麦DBB基因家族的生物信息学与表达分析
1
作者
连少英
姜晓君
张修引
郭灿
李磊
张庆琛
史国礼
倪永静
机构
商丘市农林科学院
河南省小麦春季冻害鉴定工程技术研究中心
河南农业大学国家小麦工程技术研究中心/河南省小麦技术创新中心
商丘师范学院
出处
《江苏农业科学》
北大核心
2024年第18期59-67,共9页
基金
国家重点研发计划(编号:2017YFD0301101、2023YFD2301502)
河南省科技攻关项目(编号:232102110018)。
文摘
为了解小麦DBB转录因子基因家族成员的基本特征,分析其在基因结构、蛋白结构、系统发育进化树、染色体定位、不同物种间的进化情况,并对小麦DBB基因家族成员在小麦不同组织中的表达水平进行分析。基于小麦中国春的基因组数据,共鉴定得到29个DBB基因家族成员,它们不均匀地分布在小麦15条染色体上;系统发育进化树将小麦DBB蛋白分为4个亚族,其中拟南芥DBB基因家族成员在聚类中显示出明显的特异性,与其他物种具有较远的进化关系;motif1位于小麦DBB蛋白的保守结构域,大部分TaDBB基因含有2~3个外显子,最多为5个外显子;小麦DBB基因的启动子区域具有丰富的调控植物生长发育、响应激素以及非生物胁迫的顺式作用元件,暗示TaDBB基因在调控小麦生长发育和胁迫响应中发挥着多种潜在作用;小麦DBB基因在基因组内的进化主要是通过基因片段复制完成的,且同源基因间的片段复制在进化过程中发挥着主导作用;不同物种间的进化结果表明,小麦DBB基因与玉米具有更近的亲缘关系;转录组数据的基因表达谱分析显示,TaDBB1、TaDBB15和TaDBB21基因的表达具有明显的组织特异性。该结果将为后续解析DBB基因在小麦中的生物学功能奠定基础。
关键词
小麦
dbb基因家族
生物信息学
表达分析
分类号
S512.103 [农业科学—作物学]
S330 [农业科学—作物遗传育种]
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职称材料
题名
水稻DBB基因家族的生物信息学分析
被引量：
2
2
作者
郝爱平
韩雪杨
薛巨坤
魏继承
任如意
机构
牡丹江师范学院生命科学与技术学院
出处
《西南农业学报》
CSCD
北大核心
2023年第10期2135-2143,共9页
基金
黑龙江省省属高等学校基本科研业务费科研项目(1451ZD004)。
文摘
【目的】系统地鉴定和分析水稻DBB基因家族,为水稻DBB基因家族的功能研究奠定基础。【方法】基于水稻的全基因组数据,利用生物信息学方法综合分析水稻DBB基因家族的染色体位置、蛋白质的理化性质、进化关系、保守基序、顺式调控元件和表达模式。【结果】从水稻中共鉴定出13个DBB基因,命名为OsDBB1~OsDBB13,这些OsDBB基因在12条水稻染色体中的7条上分布不均。系统发育分析发现,水稻DBB基因家族可分为4个亚族:Group 1~Group 4,并且同一亚族中DBB基因的内含子和外显子具有相似的数量和排列。水稻的13个OsDBB基因包含10个保守基序,其中Motif 1是这些基因共有的保守基序,推测其与保守结构域相关。OsDBB基因的启动子序列含有与生长发育、激素、应激反应以及光响应有关的调控元件。不同的OsDBB基因在不同组织中表达各不相同,具有一定的特异性。【结论】水稻OsDBB基因在植物生长发育和响应非生物胁迫具有重要作用。
关键词
水稻
dbb基因家族
生物信息学分析
组织表达
非生物胁迫
Keywords
Rice
dbb
gene family
Bioinformatics analysis
Tissue expression
Abiotic stress
分类号
S511 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
小麦DBB基因家族的生物信息学与表达分析
连少英
姜晓君
张修引
郭灿
李磊
张庆琛
史国礼
倪永静
《江苏农业科学》
北大核心
2024
0
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职称材料
2
水稻DBB基因家族的生物信息学分析
郝爱平
韩雪杨
薛巨坤
魏继承
任如意
《西南农业学报》
CSCD
北大核心
2023
2
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