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DAP-seq和RNA-seq揭示转录因子APETALA3-3调控铁皮石斛花型变化机理
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作者 宋雅蓉 朱洪凤 +3 位作者 敖叠 刘安祺 陆德银 和凤美 《热带作物学报》 北大核心 2025年第5期1052-1063,共12页
兰花唇瓣是特化的花瓣,因其多样性具有极大观赏价值和生物学价值,但其形成机理迄今仍未解决。APETALA3-3(AP3-3)是花器官身份基因,与兰花唇瓣形成有关,但其如何调控兰花唇瓣多样性形成机理目前未见报道。本研究以铁皮石斛野生型植株和... 兰花唇瓣是特化的花瓣,因其多样性具有极大观赏价值和生物学价值,但其形成机理迄今仍未解决。APETALA3-3(AP3-3)是花器官身份基因,与兰花唇瓣形成有关,但其如何调控兰花唇瓣多样性形成机理目前未见报道。本研究以铁皮石斛野生型植株和铁皮石斛DoAP3-3过表达植株的花器官为研究对象,通过DAP-seq和RNA-seq联合分析,从铁皮石斛转录因子DoAP3-3调控下游靶基因的角度探讨唇瓣多样性形成机制。结果表明:共鉴定出MADS6、NAC029、NAC054、WOX3、AS2、ERECTA、AG等7个关键候选靶基因,这些靶基因可能通过特异性调控或在DoAP3-3的作用下与其他基因互作调控花器官发育和花型发育。酵母单杂交实验验证表明转录因子DoAP3-3与MADS6之间存在相互作用,影响花型发育。该研究为初步解析花器官特征基因DoAP3-3与其靶基因之间的调控机制,探究兰科植物中高度特化和多样化的花形态形成机理奠定基础。 展开更多
关键词 APETALA3-3 铁皮石斛 DNA亲和纯化测序 dap-seq 转录组测序 花型发育
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木薯MeTGA9.3转录因子鉴定及其下游调控基因预测
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作者 张宏图 熊华 +4 位作者 江李伟 张圆雷 于晓玲 曾长英 阮孟斌 《南京农业大学学报》 北大核心 2025年第4期781-789,共9页
[目的]本文旨在鉴定木薯TGA转录因子(TGACG motif-binding transcription factor)MeTGA9.3调控的靶基因,为进一步研究该转录因子在调控木薯水分和氮营养协同高效利用方面的功能奠定基础。[方法]基于亚细胞定位和转录自激活试验确定MeTGA... [目的]本文旨在鉴定木薯TGA转录因子(TGACG motif-binding transcription factor)MeTGA9.3调控的靶基因,为进一步研究该转录因子在调控木薯水分和氮营养协同高效利用方面的功能奠定基础。[方法]基于亚细胞定位和转录自激活试验确定MeTGA9.3的转录因子特性;利用DAP-Seq技术在全基因组水平上分析MeTGA9.3转录因子识别并结合的DNA元件和下游基因。[结果]木薯MeTGA9.3蛋白定位于细胞核中,且该蛋白在酵母中具有明显的转录自激活活性。MeTGA9.3启动子可驱动GUS报告基因在转基因拟南芥根部显著表达。MeTGA9.3转录因子识别并结合的优势DNA元件为TGACGTCA,在预测的下游靶基因中发现与逆境胁迫相关的LEA、ERF、MYC等家族成员,以及3个氮转运蛋白(NRT1)家族成员。[结论]本研究鉴定了木薯MeTGA9.3的转录因子特性,发现MeTGA9.3可能具有协同调控干旱胁迫响应和氮素转运的潜在功能。 展开更多
关键词 木薯 TGA 转录因子 dap-seq 干旱胁迫 氮素转运蛋白
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山茶CjRAV1调控开花延迟的功能研究
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作者 郭涛 艾丽皎 +2 位作者 邹世慧 周玲 李学梅 《生物技术通报》 北大核心 2025年第6期208-217,共10页
【目的】探究山茶Related to ABI3 and VP1(CjRAV1)基因在开花调控中的功能及其分子机制,为四季山茶的分子育种提供理论依据。【方法】采用生物信息学分析、基因表达模式分析、转基因技术和DAP-seq等多种实验手段,系统研究CjRAV1的功能... 【目的】探究山茶Related to ABI3 and VP1(CjRAV1)基因在开花调控中的功能及其分子机制,为四季山茶的分子育种提供理论依据。【方法】采用生物信息学分析、基因表达模式分析、转基因技术和DAP-seq等多种实验手段,系统研究CjRAV1的功能及其调控机制。生物信息学分析鉴定CjRAV1的基因结构、保守结构域及其系统进化关系。利用RT-qPCR技术分析CjRAV1在外源激素诱导下、不同组织以及花苞不同发育时期的表达模式。构建CjRAV1过表达转基因拟南芥植株,观察其表型变化,尤其是开花时间的改变。最后,采用DAP-seq技术筛选CjRAV1下游潜在的DNA结合位点及其调控基因,揭示CjRAV1的分子调控网络。【结果】生物信息学分析表明,CjRAV1的开放阅读框长度为1101 bp,共编码366个氨基酸,具有AP2和B3保守结构域。系统进化分析显示,山茶CjRAV1蛋白与茶树CsRAV蛋白的亲缘关系最近,表明两者可能具有相似的功能。亚细胞定位分析证实,CjRAV1转录因子定位于细胞核,提示其可能在转录调控中发挥直接作用。表达模式分析显示,CjRAV1在山茶叶中表达量最高;在花苞成熟过程中,CjRAV1的表达量总体呈现逐步下降的趋势。CjRAV1的过表达转基因拟南芥表现出晚花的表型。通过DAP-seq筛选出潜在的下游调控基因CjERF。【结论】CjRAV1过表达导致转基因拟南芥植株表现出晚花的表型,且这一功能可能与潜在的调控基因CjERF协作完成。 展开更多
关键词 山茶 RAV转录因子 基因功能 花期调控 转基因 dap-seq 晚花表型
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马铃薯转录因子StMYB96的克隆及功能研究
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作者 李霞 张泽伟 +5 位作者 刘泽军 王楠 郭江波 辛翠花 张彤 简磊 《生物技术通报》 北大核心 2025年第7期181-192,共12页
【目的】MYB转录因子通过调控逆境响应基因,在植物抵御非生物胁迫中发挥着重要作用。旨在探究马铃薯转录因子StMYB96在响应非生物胁迫中的功能。【方法】克隆StMYB96基因,对其进行生物信息学分析、亚细胞定位和表达模式分析。通过体外表... 【目的】MYB转录因子通过调控逆境响应基因,在植物抵御非生物胁迫中发挥着重要作用。旨在探究马铃薯转录因子StMYB96在响应非生物胁迫中的功能。【方法】克隆StMYB96基因,对其进行生物信息学分析、亚细胞定位和表达模式分析。通过体外表达StMYB96并结合DNA亲和纯化测序技术(DNA affinity purification sequencing,DAP-seq),在全基因组范围内鉴定StMYB96的靶基因及其参与的非生物胁迫响应途径。【结果】StMYB96的开放阅读框为1002 bp,编码333个氨基酸。多序列比对结果显示,StMYB96与番茄(Solanum lycopersicum)SlMYB306、辣椒(Capsicum annuum)CaMYB306和枸杞(Lycium barbarum)LbMYB306的亲缘关系较近。亚细胞定位结果表明,StMYB96定位于细胞核中。RT-qPCR分析显示,StMYB96在马铃薯幼苗的根、茎和叶中均有表达,其中,在茎中表达量最高。在模拟干旱胁迫下,StMYB96的表达量显著上调;而在低温处理下,其表达量持续下调。通过DAP-seq技术,鉴定出StMYB96的3个结合位点,在全基因组范围内鉴定到8837个靶基因,其启动子区域包含StMYB96的结合位点,这些靶基因广泛参与多种代谢途径。其中,类黄酮生物合成途径相关基因和脂肪酸延伸途径相关基因均受StMYB96直接调控。【结论】StMYB96可能通过调控不同的代谢途径参与马铃薯对干旱和低温胁迫的响应。 展开更多
关键词 马铃薯 转录因子 非生物胁迫 DNA亲和纯化测序 StMYB96
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