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基于线粒体DNAD-loop全序列的麒麟鸡遗传多样性研究 被引量:4
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作者 李威娜 郭美慧 +4 位作者 温锦添 翁茁先 陈洁波 杜炳旺 黄勋和 《广东农业科学》 CAS 2023年第4期100-107,共8页
【目的】从线粒体DNA(mtDNA)D-loop全序列角度评估麒麟鸡的遗传多样性水平,以期阐明麒麟鸡的品种形成。【方法】通过PCR产物直接测序法对麒麟鸡保种群的黄羽、白羽和黑羽3个资源群及8个地方鸡品种进行mtDNA D-loop全序列测定,分析遗传变... 【目的】从线粒体DNA(mtDNA)D-loop全序列角度评估麒麟鸡的遗传多样性水平,以期阐明麒麟鸡的品种形成。【方法】通过PCR产物直接测序法对麒麟鸡保种群的黄羽、白羽和黑羽3个资源群及8个地方鸡品种进行mtDNA D-loop全序列测定,分析遗传变异,并进行中性检测,构建单倍型中介网络图,探究麒麟鸡的群体历史。【结果】麒麟鸡mtDNAD-loop全序列为1231~1232bp,C+G含量(39.8%)低于T+A含量(60.2%),总体核苷酸多样性为0.00630±0.00054,明显高于其他8个地方鸡品种。3个资源群黄羽、白羽和黑羽麒麟鸡的单倍型多样性分别为0.777±0.076、0.816±0.060、0.710±0.057,核苷酸多样性分别为0.00699±0.00115、0.00662±0.00090、0.00546±0.00062,遗传多样性水平基本上与群体规模呈正相关。麒麟鸡与8个地方鸡的双参数遗传距离为0.008~0.009,净遗传距离为0.003~0.005,均大于其他地方鸡之间的遗传距离。90份麒麟鸡样本共检测到45个突变位点,定义了17个单倍型,其中独享型单倍型9个,单倍型多样性为0.773±0.039。黄羽、白羽和黑羽麒麟鸡的单倍型数量分别为12、7、5个。8个地方鸡品种定义了19个单倍型,其中河田鸡的单倍型数量最多(8个),宁都黄鸡的最少(3个),没有与麒麟鸡共享的单倍型。中性检测结果显示,除了黑羽麒麟鸡外,供试鸡种在品种水平上近期均未经历明显的种群扩张。麒麟鸡单倍型类群主要分布在进化枝A、B、C和E,优势单倍型类群是B(30.0%)和E(64.4%);8个地方鸡单倍型类群主要为A和B。【结论】独特的单倍型提示麒麟鸡具有独立的品种形成历史,相对较高的遗传多样性水平将有利于其保护和利用工作的开展。 展开更多
关键词 麒麟鸡 线粒体DNA(mtDNA) d-loop全序列 遗传多样性 系统进化
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假肠膜明串珠菌HL64中关键D-乳酸脱氢酶的鉴定及其酶学性质研究
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作者 李鹏 刘兰 +1 位作者 王通 黄筱萍 《食品工业科技》 北大核心 2025年第12期165-172,共8页
假肠膜明串珠菌HL64合成高光学纯度D-乳酸,然而,关键D-乳酸脱氢酶尚不明晰。本文旨在通过全基因组测序,鉴定关键D-乳酸脱氢酶及其酶学性质,为进一步改造假肠膜明串珠菌HL64合成D-乳酸提供理论依据。半定量PCR初步确定关键D-乳酸脱氢酶,... 假肠膜明串珠菌HL64合成高光学纯度D-乳酸,然而,关键D-乳酸脱氢酶尚不明晰。本文旨在通过全基因组测序,鉴定关键D-乳酸脱氢酶及其酶学性质,为进一步改造假肠膜明串珠菌HL64合成D-乳酸提供理论依据。半定量PCR初步确定关键D-乳酸脱氢酶,克隆该基因,进行体外表达与纯化,深入研究相关酶学性质。结果表明LDH2(OYT93_08575)编码关键D-乳酸脱氢酶,其最适pH和反应温度分别是pH8和30℃。LDH2对丙酮酸及烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)的K_(m)值分别为0.578 mmol/L及0.275 mmol/L,对丙酮酸的K_(cat)及K_(cat)/K_(m)值分别为45.04 s^(-1)及7.88×10^(4) L/(mol·s),表明LDH2对丙酮酸具有较高催化效率。除了将丙酮酸作为底物以外,LDH2对草酰乙酸及苯丙酮酸也具备一定的催化能力。 展开更多
关键词 假肠膜明串珠菌 全基因组测序 D-乳酸 D-乳酸脱氢酶 酶学性质 酶动力学
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生防贝莱斯芽胞杆菌JS6-1定殖动态与全基因组测序分析
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作者 吴梓菲 林胜楠 +7 位作者 史芳芳 王兴雯 王志慧 王宁 史应武 罗明 郭文超 包慧芳 《中国生物防治学报》 北大核心 2025年第2期335-346,共12页
贝莱斯芽胞杆菌JS6-1对梨火疫病、葡萄霜霉病、葡萄白粉病等作物病害均具有较好预防效果。为明确贝莱斯芽胞杆菌JS6-1的定殖特性和主要功能基因,采用抗生素标记法,研究其在杜梨、葡萄茎叶及根围土壤中的定殖动态,采用全基因组测序对其... 贝莱斯芽胞杆菌JS6-1对梨火疫病、葡萄霜霉病、葡萄白粉病等作物病害均具有较好预防效果。为明确贝莱斯芽胞杆菌JS6-1的定殖特性和主要功能基因,采用抗生素标记法,研究其在杜梨、葡萄茎叶及根围土壤中的定殖动态,采用全基因组测序对其进行基因预测与功能注释。结果表明,在杜梨盆栽试验中,贝莱斯芽胞杆菌JS6-1喷施后,先呈下降趋势,3 d后呈上升趋势,7~45 d呈下降趋势,至喷施后45 d,菌株在茎叶上定殖密度为6.00×10^(5)CFU/g;灌根后,在土壤中定殖密度整体呈下降趋势,在7~15 d时略有回升,随后下降,至灌根45 d,菌株定殖密度为3.10×10^(5)CFU/g。在葡萄盆栽试验中,喷施和灌根后,菌株定殖量均呈下降趋势,施用45 d后,茎叶与根际土中菌株的定殖密度分别为3×10^(2)CFU/g和1.32×10^(4)CFU/g。全基因组测序结果显示,贝莱斯芽胞杆菌JS6-1全基因组长为4014208 bp,共编码3885个ORF,含有86个tRNA基因、27个rRNA、82个sRNA、76个串联重复序列;COG注释到氨基酸转运和代谢、编码多药转运蛋白等可能与抑菌能力有关的基因,GO数据库注释到跨膜转运蛋白活性基因有96个,KEGG数据库注释到有45个萜类和聚酮类化合物的代谢途径。综上,菌株JS6-1在室内盆栽杜梨和葡萄茎叶及根围土壤中均具有稳定的定殖能力,含有多种抗性基因,具有进一步研究和研发的价值。 展开更多
关键词 贝莱斯芽胞杆菌 定殖动态 全基因组 基因注释
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东江水系大刺鳅线粒体基因组研究
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作者 王凯丰 陈锭娴 +5 位作者 刘兰苑 林胜跃 张杰铭 梁巍骞 李强 桂林 《湖南农业科学》 2025年第2期73-80,共8页
采用PCR和DNA基因测序技术对东江大刺鳅线粒体基因组(mtDNA)测序,使用DNAstar、MEGA 11.0、MITOS Webserver、tRNAscan SE 1.21、Clustal Omega等软件对所测得序列进行分析、比对,了解其mtDNA结构与组成等特征。结果表明:东江大刺鳅mtDN... 采用PCR和DNA基因测序技术对东江大刺鳅线粒体基因组(mtDNA)测序,使用DNAstar、MEGA 11.0、MITOS Webserver、tRNAscan SE 1.21、Clustal Omega等软件对所测得序列进行分析、比对,了解其mtDNA结构与组成等特征。结果表明:东江大刺鳅mtDNA总长度为16493 bp,具有明显的AT碱基偏好性(54.4%),共37个编码基因(蛋白编码基因13个、rRNA基因2个和tRNA基因22个)和2个非编码区(O_(L)区和D-loop区),9个编码基因分布在轻链(L链)上、28个编码基因位于重链(H链)上;存在9处不同长度的基因间隔区,间隔长度为1~5 bp不等;存在6处基因重叠,位于ATP8和ATP6间的基因重叠最大,长度为10 bp;O_(L)区位于tRNA^(Asn)和tRNA^(Cys)之间,长度为30 bp可以折叠成茎环二级结构,其茎区序列(5'-3')为TCCCCGCC/AGGGGCGG,环区长度为13 bp;D-loop区位于tRNA^(Pro)和tRNA^(Phe)基因之间,序列长度为871 bp,分为终止序列区(TAS)、中央保守区(CD)和保守序列区(CSB)3个区域;13个蛋白编码基因中,COI的起始密码子为GTG,其他均为ATG,终止密码子包括TAG(COI)、TAA(ATP8、ND1、ND4L、ND5、ND6)和不完整终止密码子TA(COIII、ND2、ATP6)、T(COII、ND3、ND4、Cyt b)4种;22个tRNA基因中,除了tRNA^(Ser)(AGC)外其余都能折叠成典型的三叶草结构。系统发育分析表明,东江大刺鳅与北江大刺鳅亲缘关系较近。 展开更多
关键词 线粒体基因组 全序列分析 系统发育 东江大刺鳅
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周氏啮小蜂线粒体基因组测定与分析
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作者 饶何燕 李响亮 +3 位作者 卫欣怡 孙季豪 王旭 黄羿鑫 《浙江林业科技》 2025年第1期87-95,共9页
本文通过Illumina二代测序技术对周氏啮小蜂Chouioia cunea线粒体基因组进行测序、组装和注释,并分析其结构特点和碱基组成;使用最大似然法重建系统发育树,分析姬小蜂科Eulophidae内的系统发育关系。结果表明,周氏啮小蜂线粒体基因组序... 本文通过Illumina二代测序技术对周氏啮小蜂Chouioia cunea线粒体基因组进行测序、组装和注释,并分析其结构特点和碱基组成;使用最大似然法重建系统发育树,分析姬小蜂科Eulophidae内的系统发育关系。结果表明,周氏啮小蜂线粒体基因组序列全长14704 bp,包含13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因和2个rRNA基因。基因组全序列的AT含量为85.0%,表现出明显的AT偏向性。13个蛋白质编码基因均以典型的ATN为起始密码子,以TAA为终止密码子。除trnS1和trnP基因外,其余20个tRNAs的二级结构均为典型的三叶草结构,二级结构中有U-U碱基错配现象。系统发育分析显示,姬小蜂科的所有物种聚在同一分支,支持该科的单系性;周氏啮小蜂与亮腹釉小蜂Tamarixia radiata聚为一支,在系统发育树上关系最近。本研究在线粒体基因组水平探讨周氏啮小蜂的线粒体基因组结构特征,分析其在姬小蜂科内的分类地位,为揭示姬小蜂科昆虫的系统发育和进化关系提供理论依据。 展开更多
关键词 周氏啮小蜂 线粒体基因组 全序列测定 系统发育关系
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一株产细菌素植物乳杆菌MX1的全基因组测序分析
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作者 华文静 李文洁 +3 位作者 刘咪咪 苏惠 李国江 董文龙 《家畜生态学报》 北大核心 2025年第1期44-49,共6页
该研究旨在对一株产抗奶牛乳房炎主要病原菌细菌素植物乳杆菌MX1全基因组序列进行分析,进一步挖掘该菌的功能特性基因,为开发奶牛乳房炎新型替抗产品提供理论基础。采用三代高通量测序技术对MX1进行全基因组测序,利用生物信息学软件对... 该研究旨在对一株产抗奶牛乳房炎主要病原菌细菌素植物乳杆菌MX1全基因组序列进行分析,进一步挖掘该菌的功能特性基因,为开发奶牛乳房炎新型替抗产品提供理论基础。采用三代高通量测序技术对MX1进行全基因组测序,利用生物信息学软件对基因组的序列进行组装及其基因预测与功能注释分析,并深入探究细菌素合成基因簇的信息。共预测到3024个编码基因,编码基因总长度为2759157 bp。MX1含有可协助细菌素运输的ABC转运蛋白基因以及6种细菌素(PlantaricinK、PlantaricinJ、PlantaricinN、PlantaricinA、PlantaricinF、PlantaricinE),表明该菌能合成并分泌细菌素,保证了菌株的抑菌特性。MX1全基因组测序及分析为开发植物乳杆菌MX1作为抗生素替代品应用于奶牛乳房炎的防治方面提供了重要的参考依据。 展开更多
关键词 植物乳杆菌 细菌素 基因簇 全基因组测序 奶牛乳房炎
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一株鹅源细小病毒的分离鉴定与遗传进化分析
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作者 彭珊 王超 +2 位作者 朱婉君 张济培 陈济铛 《广东畜牧兽医科技》 2025年第4期94-104,共11页
小鹅瘟是由鹅细小病毒(Goose parvovirus,GPV)引发的传染病,20日龄内雏鹅具有高致死性,而青年鹅常表现为隐性感染,易被忽视。2024年11月,广东揭阳某地养鹅场青年鹅群(56日龄)急性发病,为明确病因,针对送检的病死鹅进行剖检并无菌采集肝... 小鹅瘟是由鹅细小病毒(Goose parvovirus,GPV)引发的传染病,20日龄内雏鹅具有高致死性,而青年鹅常表现为隐性感染,易被忽视。2024年11月,广东揭阳某地养鹅场青年鹅群(56日龄)急性发病,为明确病因,针对送检的病死鹅进行剖检并无菌采集肝、脾和肠组织样本,通过PCR/RT-PCR方法对常见鹅病毒性传染病病原核酸进行检测。将GPV阳性组织样本研磨处理后接种至鹅胚,随后对PCR阳性尿囊液样本进行全基因组克隆测序,并基于获得的序列数据开展系统发育与分子进化分析。结果显示,送检组织样品中鹅细小病毒核酸呈阳性,鹅圆环病毒(Goose circovirus,GoCV)、鹅星状病毒(Goose astrovirus,GoAstV)、新城疫病毒(Newcastle Disease Virus,NDV)和坦布苏病毒(Tembusu virus,TMUV)核酸均为阴性。阳性病料组织悬液接种鹅胚后,鹅胚死亡且胚体严重出血,鹅胚尿囊液PCR检测为GPV阳性。测序结果显示,毒株基因组全长为5028 bp,由ITR区域和NS、VP基因构成,将该毒株命名为GPV/GD/3121/2024株。相似性分析显示,该分离株与DY16株的NS1和VP1基因相似性最高,分别达到99.4%和95.9%。GPV/GD/3121/2024株与国内近年GPV分离株(DY16株、RC16株和HB-2019株)全基因序列相似性高达97.5%。基于全基因组序列、非结构蛋白NS1和结构蛋白VP1序列的遗传演化分析均显示,分离株与欧洲疫苗株(VG32/1)、中国大陆疫苗株(GDaGPV、SYG61v)和台湾疫苗株(82-0321V)均同属一个大分支,遗传关系较近。此外,与经典GPV毒株相比,GPV/GD/3121/2024株VP1基因含有3个特有的碱基突变位点,分别为A2496T、G2515C、A2772G,这些突变导致VP1结构蛋白发生V38L、S178T和Y491H氨基酸位点改变。该研究确定了该场青年鹅发病致死系感染GPV所致,并对毒株进行分离鉴定和遗传进化分析,同时简要比较了国内GPV的分子特征,为该病毒的生物学特性研究和科学防控提供了参考信息。 展开更多
关键词 鹅细小病毒 全基因 遗传进化分析 氨基酸序列比对
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三角鲤线粒体基因组全序列测定及分析 被引量:3
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作者 李强 李文俊 +3 位作者 韩崇 鲁同富 龚剑 桂林 《安徽农业科学》 CAS 2024年第5期108-111,120,共5页
[目的]三角鲤(Cyprinus multitaeniata)是我国具有重要经济价值的鱼类之一,了解三角鲤线粒体基因的结构和特点,为三角鲤的种群遗传多样性研究提供基础资料。[方法]采用26对引物扩增三角鲤的线粒体全基因,通过生物软件识别和分析各基因... [目的]三角鲤(Cyprinus multitaeniata)是我国具有重要经济价值的鱼类之一,了解三角鲤线粒体基因的结构和特点,为三角鲤的种群遗传多样性研究提供基础资料。[方法]采用26对引物扩增三角鲤的线粒体全基因,通过生物软件识别和分析各基因和非编码序列的位置和特点,并通过与GeneBank数据库已发表鲤科鱼类序列进行比较和构建系统发育树进行分析。[结果]三角鲤线粒体全基因总长度为16 573 bp,碱基含量A为32.2%、T为24.9%、C为27.3%、G为15.6%;包括37个编码基因(编码蛋白基因13个、tRNA基因22个和rRNA基因2个)和2个非编码序列区(OL区和控制区)。13个蛋白编码基因中,COX1的起始密码子为GTG,其他均为ATG;终止密码子包括TAG(ATP8)、TA(COX3、ATP6)、T(ND2、COX2、ND3、ND4、Cty b)和TAA(ND1、COX1、ND4L、ND5、ND6)3种。22个tRNA基因中,除了tRNASer(AGC)外其余都能折叠成典型的三叶草结构;三角鲤控制区序列可以识别出3个典型保守区域;系统发育分析表明,三角鲤与大眼鲤(C.megalophthalmus)亲缘关系较近。[结论]三角鲤线粒体基因组成、长度和排列顺序与典型的脊椎动物相同,在亲缘关系上与大眼鲤最近;线粒体基因组序列适用于三角鲤的系统发育分析。 展开更多
关键词 三角鲤 线粒体基因组 全序列分析 系统发育
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2个分离自新疆不同枣树样本的花叶伴随病毒基因组测定 被引量:1
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作者 单佳祁 刘保军 +3 位作者 张李娅 王澍 李克梅 白剑宇 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期108-117,142,共11页
近几年来,新疆南部红枣各种植区大面积发生疑似枣树花叶伴随病毒病症状的病害,造成枣树叶片出现花叶卷曲,枣果畸形失去商品价值,甚至大量落果,造成绝收绝产。对于引起此病害的病原现在尚未完全明确。本文从新疆南部红枣种植区采集病叶,... 近几年来,新疆南部红枣各种植区大面积发生疑似枣树花叶伴随病毒病症状的病害,造成枣树叶片出现花叶卷曲,枣果畸形失去商品价值,甚至大量落果,造成绝收绝产。对于引起此病害的病原现在尚未完全明确。本文从新疆南部红枣种植区采集病叶,通过高通量测序证实病叶中存在枣树花叶伴随病毒(jujube mosaic-associated virus,JuMaV),将JuMaV的2个分离株AKS和YPH的全序列(登录号分别为MW892537和OL739568),与已发表的枣树枣花叶伴随病毒(JuMaV-Z6)的全序列(登录号:KX852476.1)进行了比较,结果显示,JuMaV-AKS和JuMaV-YPH与JuMaV-Z6的核苷酸一致性分别为99.54%和95.93%,氨基酸一致性分别为100%和98.48%。JuMaV-AKS和JuMaV-YPH与JuMaV-Z6在反转录酶(RT)和RNA酶H(RNase H)编码区有较大差异,表明枣树花叶伴随病毒在新疆的红枣上正在发生变异,但还未成为新的种,暂时统一称为枣树花叶伴随病毒XJ分离株(JuMaVXJ)。上述结果为新疆红枣花叶病病原的确认并为该病害的精准防控奠定了基础。 展开更多
关键词 高通量测序 枣树 枣树花叶伴随病毒 全核苷酸序列
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我国新分离芒市病毒基因组特征与细胞感染特性研究
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作者 杨恒 李占鸿 +5 位作者 肖雷 李卓然 谢佳蕊 廖德芳 高林 李华春 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期504-511,528,共9页
目的 获取我国新发现芒市病毒(Mangshi virus, MSV)基因组特征以及在细胞上的感染特性,为开展MSV进化与致病性方面研究奠定基础。方法 通过高通量测序技术获取MSV毒株V301/YNJH/2019全基因组序列,使用IQtree、RPD4与Simplot等软件进行... 目的 获取我国新发现芒市病毒(Mangshi virus, MSV)基因组特征以及在细胞上的感染特性,为开展MSV进化与致病性方面研究奠定基础。方法 通过高通量测序技术获取MSV毒株V301/YNJH/2019全基因组序列,使用IQtree、RPD4与Simplot等软件进行系统发育树的构建与基因重配分析;测定病毒在白伊蚊细胞(C6/36)、非洲绿猴肾细胞(Vero)与仓鼠肾细胞细(BHK)上的增殖特性,通过血清中和试验调查当地牛羊上病毒的感染情况。结果 病毒基因组全长20 623 bp,由12节段的双链RNA(Seg-1至Seg-12)组成。序列分析显示V301/YNJH/2019为基因重配毒株,病毒的Seg-1与Seg-11与我国湖水沉积物中发现的MSV对应基因节段序列高度相似,而Seg-2至Seg-10以及Seg-12则与我国蚊上分离的MSV毒株具有最近的亲缘关系。病毒在C6/36与BHK细胞上可高效增殖并引起细胞明显的细胞病变,在Vero细胞上可低水平复制但不引起细胞病变。在芒市采集的20份羊血清样本中未检测到MSV的中和抗体,但在采集20份牛血清中检测到2份阳性样本,其中和抗体效价分别为1∶128与1∶54。结论 V301/YNJH/2019为基因重配毒株,病毒可感染C6/36、BHK与Vero细胞,在芒市牛群中检测到感染动物。 展开更多
关键词 芒市病毒 全基因组测序 基因重配 细胞感染特性 流行病学调查
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泡桐卷野螟(草螟科:斑野螟亚科)线粒体全基因组测序与分析 被引量:1
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作者 汪瑞涵 雷子逸 +3 位作者 匡明珠 刘豫 王宇 荣华 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期1355-1365,共11页
【目的】明确泡桐卷野螟[Pycnarmon cribrata(Fabricius,1794)]的线粒体基因组结构特征,分析其系统发育关系,为揭示泡桐卷野螟的分类地位及进化关系研究提供分子依据。【方法】利用Illumina Nova 6000高通量测序平台测定泡桐卷野螟的线... 【目的】明确泡桐卷野螟[Pycnarmon cribrata(Fabricius,1794)]的线粒体基因组结构特征,分析其系统发育关系,为揭示泡桐卷野螟的分类地位及进化关系研究提供分子依据。【方法】利用Illumina Nova 6000高通量测序平台测定泡桐卷野螟的线粒体基因组,对基因组序列进行注释和分析;基于草螟科8个亚科21种昆虫及2种夜蛾总科昆虫的线粒体蛋白编码基因(Protein-coding genes,PCGs),采用最大似然法和贝叶斯法构建系统发育进化树。【结果】泡桐卷野螟线粒体基因组为双链闭合环状结构,全长15125 bp,共编码37个基因(13个PCGs、22个tRNA基因和2个rRNA基因)和1个A+T富含区,共有14个基因间隔区,10个基因重叠区。泡桐卷野螟线粒体全基因组序列中AT碱基的含量为81.1%,表现出明显的AT偏好性。13个PCGs中除cox1基因以TTG为起始密码子外,其余均以ATN作为起始密码子;除cox1和cox2基因以不完全密码子T作为终止密码子外,其余均以TAA结尾。在tRNA二级结构中,trnS1基因缺少DHU臂和DHU环,trnT基因缺少TφC环,并存在U-U和G-U碱基错配现象。系统发育分析结果显示,斑野螟亚科的所有物种聚在同一分支,支持该亚科的单系性;泡桐卷野螟与卷野螟属的乳翅卷野螟(P.lactiferalis)和豹纹卷野螟(P.pantherata)聚为一个分支,构成姐妹群关系。【结论】获得了泡桐卷野螟的线粒体全基因组序列,其线粒体基因组符合草螟科线粒体基因组的一般特征。 展开更多
关键词 泡桐卷野螟 线粒体全基因组 全序列测定 系统发育分析
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新的柑橘叶斑驳病毒桑树分离株的基因组克隆及传播方式分析
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作者 唐佳璇 方苗 +5 位作者 张健 尹珍妮 韩沛羽 韩涛涛 张朋 卢全有 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期1-8,共8页
柑橘叶斑驳病毒(citrus leaf blotch virus,CLBV)可侵染多种植物。2018年,通过对叶片表现为皱缩、变窄症状的桑叶样品进行高通量测序后发现,桑树中存在CLBV的侵染。通过RT-PCR、5′-和3′-RACE等方法确定了CLBV桑树分离株(CLBV-MA)的全... 柑橘叶斑驳病毒(citrus leaf blotch virus,CLBV)可侵染多种植物。2018年,通过对叶片表现为皱缩、变窄症状的桑叶样品进行高通量测序后发现,桑树中存在CLBV的侵染。通过RT-PCR、5′-和3′-RACE等方法确定了CLBV桑树分离株(CLBV-MA)的全基因组序列。CLBV-MA基因组全长8617 nt(不包含3′polyA尾),共包含3个开放阅读框,分别编码复制酶蛋白、运动蛋白和外壳蛋白。CLBV-MA与其他CLBV分离株编码的复制酶蛋白以及外壳蛋白的氨基酸序列相似性分别为79.0%~89.1%、87.6%~94.7%,是一个新分离株。基于全基因组核苷酸序列的系统进化分析显示,CLBV-MA与CLBV-Actinidia、CLBV-HZ、CLBV-XL、CLBV-Actinidia-V20以及CLBV-ML聚类到一个分支,亲缘关系最近,并且CLBV-MA更为原始。根据桑树的繁殖方式、修剪管理方式、树龄以及CLBV-MA在桑园中的分布情况分析,CLBV-MA主要通过嫁接传播,也可以通过被污染的刀具传播,但传播效率低下。CLBV-MA全基因组序列及其传播方式的确定,为建立CLBV-MA分子检测方法及制定有效的防控措施奠定了基础。 展开更多
关键词 桑树 柑橘叶斑驳病毒 全基因组序列 传播方式
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欧洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒GD2022株的分离鉴定及遗传进化分析
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作者 邓可辉 王修武 +3 位作者 郭智轩 韩淑杰 孙守湖 贺东生 《动物医学进展》 北大核心 2024年第3期34-41,共8页
为了解广东省欧洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV-1)流行情况,将RT-PCR检测PRRSV-1阳性的病料(肺脏和淋巴结)接种猪肺泡巨噬细胞(PAMs)进行病原分离鉴定,以分离毒株核酸作为模板,对分离的PRRSV-1进行全基因克隆和测序,并与国内外PRRSV-... 为了解广东省欧洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV-1)流行情况,将RT-PCR检测PRRSV-1阳性的病料(肺脏和淋巴结)接种猪肺泡巨噬细胞(PAMs)进行病原分离鉴定,以分离毒株核酸作为模板,对分离的PRRSV-1进行全基因克隆和测序,并与国内外PRRSV-1和PRRSV-2参考毒株序列进行同源性及遗传进化分析。结果显示,成功分离1株PRRSV-1,命名为GD2022株,其接种PAMs可引起典型的细胞病变,从出现病变的F5细胞中提取核酸,用PCR分段扩增出PRRSV-1 GD2022株10个基因组片段,分别连接到pCE2 TA/Blunt-Zero载体进行测序,拼接后获得PRRSV-1 GD2022株全基因组长15058个核苷酸(不包含polyA尾)。同源性分析显示,该分离株全基因组序列与PRRSV-1参考毒株(LV株)和PRRSV-2参考毒株(VR2333株)核苷酸序列同源性分别为87%和59.7%。遗传进化树分析显示,全基因序列和ORF5基因与国内外PRRSV-1毒株为同一进化分支,且与疫苗毒分支较远,推断分离株为1株PRRSV-1,属于基因亚型1。氨基酸序列比对分析显示,ORF3和ORF4重叠区域缺失3个核苷酸,导致GP3蛋白和GP4蛋白分别在第245和第65氨基酸位点缺失了1个氨基酸,且与LV株比对,GD2022毒株GP5的氨基酸序列在中和抗原表位第33氨基酸位点(D→A)出现点突变,在高变区第56氨基酸位点(D→A)和第63氨基酸位点(G→D)出现两处突变。重组分析显示,GD2022毒株未发生重组事件。成功分离鉴定1株PRRSV-1毒株,为国内PRRSV-1生物学特性研究提供了材料,也为了解广东省内PRRSV-1流行情况及变异特点提供参考依据。 展开更多
关键词 欧洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒 分离鉴定 全基因组测序 遗传进化分析
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有机物存在时全程自养脱氮工艺启动及微生物群落结构演变
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作者 翟方帅 孙雅萍 +3 位作者 司光超 张馨文 乔壮明 魏东 《济南大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2024年第2期156-161,共6页
为了实现全程自养脱氮工艺在处理含有机物废水中的应用,考察有机物存在时全程自养脱氮工艺的启动、运行工况与微生物群落结构演变,通过低溶解氧和生物膜菌种富集的控制策略,缓解有机物对厌氧氨氧化菌的抑制,实现全程自养脱氮工艺启动和... 为了实现全程自养脱氮工艺在处理含有机物废水中的应用,考察有机物存在时全程自养脱氮工艺的启动、运行工况与微生物群落结构演变,通过低溶解氧和生物膜菌种富集的控制策略,缓解有机物对厌氧氨氧化菌的抑制,实现全程自养脱氮工艺启动和功能微生物的富集。结果表明,当进水化学需氧量质量浓度为600 mg/L时,全程自养脱氮工艺启动,在反应器稳定运行期间总无机氮去除率最高达到79.46%;三维荧光光谱显示腐殖酸类和富里酸类物质是主要的微生物代谢产物;微生物高通量测序显示厌氧氨氧化菌的优势属Candidatus Kuenenia和Candidatus Brocadia的相对丰度分别从0.02%和0.01%增加到10.47%和4.45%,成功实现厌氧氨氧化菌的富集。 展开更多
关键词 全程自养脱氮工艺 有机物 微生物 三维荧光光谱 高通量测序
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基于线粒体Cytb基因全序列的松江鲈群体遗传结构分析 被引量:39
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作者 高天翔 毕潇潇 +1 位作者 赵林林 李创举 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期199-207,共9页
对松江鲈(Trachidermus fasciatus Heckel)中国沿海7个群体和日本有明海群体的线粒体Cytb基因全序列进行了测定、分析。结果显示:47个个体共检测到31个单倍型,8个群体均呈现出较高的单倍型多样性(0.60—1.00)和较低的核苷酸多样性(0.000... 对松江鲈(Trachidermus fasciatus Heckel)中国沿海7个群体和日本有明海群体的线粒体Cytb基因全序列进行了测定、分析。结果显示:47个个体共检测到31个单倍型,8个群体均呈现出较高的单倍型多样性(0.60—1.00)和较低的核苷酸多样性(0.0005—0.0041)的特点。AMOVA分析结果及单倍型邻接关系树和单倍型网络关系图均显示松江鲈分为中国和日本两个世系,而中国世系的7个群体未呈现出明显的地理遗传结构。基于核苷酸Kimura双参数替代模型计算得出的中国和日本两个世系的净遗传距离,再参照其他硬骨鱼类线粒体Cytb基因2%/Ma(百万年)的分歧速率,推测松江鲈中日两个世系间分化时间约为41万年前。对中国世系进行群体历史动态分析,中性检验结果均为负值且显著,核苷酸不配对分布呈单峰型,表明松江鲈中国世系曾发生过群体扩张,其扩张时间大约为12万年前。 展开更多
关键词 松江鲈 CYTB基因 全序列 遗传结构 群体扩张
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猪瘟病毒石门株基因组全长cDNA的克隆与序列分析 被引量:11
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作者 李国新 李娜 +5 位作者 仇华吉 朱庆虎 李艳 王明杰 李继昌 童光志 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期275-278,共4页
参照已发表的猪瘟病毒基因组序列设计合成了9对引物,通过RT-PCR从感染猪瘟病毒的猪全血中扩增得到了覆盖猪瘟病毒石门株基因组全长的9个cDNA片段,将所得片段分别克隆至pOK12载体和pMD18-T载体,经测序和拼接后,获得了猪瘟病毒石门株基因... 参照已发表的猪瘟病毒基因组序列设计合成了9对引物,通过RT-PCR从感染猪瘟病毒的猪全血中扩增得到了覆盖猪瘟病毒石门株基因组全长的9个cDNA片段,将所得片段分别克隆至pOK12载体和pMD18-T载体,经测序和拼接后,获得了猪瘟病毒石门株基因组全序列。序列分析表明,猪瘟病毒石门株基因组全长12297个碱基,含有一个大的开放阅读框架,编码1个由3898个氨基酸残基组成的聚合蛋白,其5'非编码区(5'UTR)和3'非编码区3'(UTR)分别由373和227个碱基组成,与已发表的2个猪瘟病毒石门株的全序列相比,核苷酸同源性分别为99.4%和99.6%,氨基酸同源性分别为99.4%和99.7%,在3'末端第12133位T碱基发生缺失。比较了27个猪瘟病毒全序列的3'UTR,结果提示12133位碱基T缺失区域可能是猪瘟病毒的高变异区。 展开更多
关键词 猪瘟病毒 基因组序列 同源性分析 序列分析
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中华绒螯蟹线粒体COⅡ基因全序列测定 被引量:7
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作者 孙红英 周开亚 +1 位作者 龚美蓉 童宗中 《南京师大学报(自然科学版)》 CAS CSCD 2001年第4期88-92,共5页
通过克隆测序方法 ,报道了中华绒螯蟹 (Eriocheirjaponicasinensis)线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅱ (COⅡ )基因全序列 .与已知甲壳动物线粒体同源序列的比较显示 ,绒螯蟹COⅡ基因的核苷酸组成及其编码的氨基酸组成与软甲类甲壳动物最相近... 通过克隆测序方法 ,报道了中华绒螯蟹 (Eriocheirjaponicasinensis)线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅱ (COⅡ )基因全序列 .与已知甲壳动物线粒体同源序列的比较显示 ,绒螯蟹COⅡ基因的核苷酸组成及其编码的氨基酸组成与软甲类甲壳动物最相近似 .其序列组成与密码子使用对A、T核苷酸没有明显的偏倚 .对中华绒螯蟹COⅡ全序列及其序列特征的研究 。 展开更多
关键词 中华绒螯蟹 COⅡ基因 全序列 克隆测序方法 核苷酸组成 氨基酸组成 节肢动物
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人博卡病毒全基因组序列测定与种系分析 被引量:7
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作者 修文琼 刘光华 +5 位作者 康玉兰 沈晓娜 谢剑锋 王美爱 张文清 郑奎城 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期158-162,共5页
目的了解福州地区人博卡病毒(HBoV)在儿童呼吸道感染中的检出情况,并对其进行全基因组序列测定和种系分析。方法收集2007年11月至2008年10月在福建省妇幼保健院因下呼吸道感染住院的重症监护病房的57例小儿鼻咽抽取物标本,用一对特异引... 目的了解福州地区人博卡病毒(HBoV)在儿童呼吸道感染中的检出情况,并对其进行全基因组序列测定和种系分析。方法收集2007年11月至2008年10月在福建省妇幼保健院因下呼吸道感染住院的重症监护病房的57例小儿鼻咽抽取物标本,用一对特异引物通过PCR扩增法对HBoV基因片段进行检测,对检测出的2例HBoV(FZ1和FZ40)用7对全序列引物进行扩增和拼接,获得这两株病毒全基因组序列,上传GenBank并与基因库中国内外其它10株HBoV的全基因组序列和各氨基酸序列进行比对,并做种系分析。结果FZ1株基因组序列全长为5299bp,与HBoV参考株st2株序列长度相同;而FZ40株的基因组序列全长少2bp。病毒全基因组编码4种蛋白,分别是非结构蛋白NS1、核蛋白NP-1和衣壳蛋白VP1、VP2。结论种系分析显示福州的FZ40株与浙江温岭的WLL-1株关系较近,而FZ1株与北京的两株及泰国的CU6株关系较近。 展开更多
关键词 人博卡病毒 全基因组 序列测定 种系分析
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1株鼠源狂犬病毒野毒株全基因组序列测定与分析 被引量:8
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作者 赵云蛟 郭利 +2 位作者 黄莹 张立世 钱爱东 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第7期651-654,658,共5页
目的对1株分离自牛狂犬病疫区野鼠脑内的狂犬病毒野毒株(MRV)进行全基因组测序,并对其分子变异和进化特点进行分析。方法RT-PCR扩增克隆覆盖全基因组9个重叠基因片段,基因组3′末端和5′末端采取3′-RACE和5′-RACE方法。结果9个重叠基... 目的对1株分离自牛狂犬病疫区野鼠脑内的狂犬病毒野毒株(MRV)进行全基因组测序,并对其分子变异和进化特点进行分析。方法RT-PCR扩增克隆覆盖全基因组9个重叠基因片段,基因组3′末端和5′末端采取3′-RACE和5′-RACE方法。结果9个重叠基因片段序列拼接得到MRV全基因组序列,共11869个核苷酸。MRV毒株全基因组构成与其他狂犬病毒基因组构成相似,由5个编码区组成,基因起始位点和终止位点高度保守,在核蛋白和糖蛋白的重要抗原位点有个别氨基酸发生变异。选择有代表性的狂犬病毒株,构建了N基因分子系统进化树。结论MRV毒株属于狂犬病毒基因1型,与AV01和CVS同源性最高为99%,与分类位置未确定的北高加索毒株(WCBV)的同源性最低为72%。 展开更多
关键词 狂犬病毒 全基因组 序列分析
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猫杯状病毒全基因组的克隆及序列分析 被引量:9
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作者 郑翠玲 向华 +2 位作者 宣华 王延树 严悌昆 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2010年第3期109-111,共3页
采用RT-PCR和重组PCR扩增了猫杯状病毒(feline calicivirus,FCV)CH-GD株的全基因,并进行了序列测定,用DNAStar软件对其核苷酸序列和氨基酸序列进行比较分析。结果表明,首次分离于中国广东的CH-GD株与各参考毒株有较大的差异。CH-GD株与... 采用RT-PCR和重组PCR扩增了猫杯状病毒(feline calicivirus,FCV)CH-GD株的全基因,并进行了序列测定,用DNAStar软件对其核苷酸序列和氨基酸序列进行比较分析。结果表明,首次分离于中国广东的CH-GD株与各参考毒株有较大的差异。CH-GD株与各参考毒株之间的同源性仅为75.4%~77.1%,明显低于各参考毒株之间的同源性(78.9%~99.9%)。同时遗传进化树显示,14个分离株形成两大分支,CH-GD株独自在一分支,各分离株无明显的地域性差异。对FCV衣壳蛋白6个区(A^F)的分析结果发现,CH-GD株中A^F区的特点与报道的相符。此外还发现,CH-GD株有3个区域的3个连续的氨基酸发生了变异,与参考毒株相比,CH-GD株在这3个区域的抗原性和亲水性也都发生了相应的变化。 展开更多
关键词 猫杯状病毒 全基因组 克隆 序列分析
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