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烟酰胺酶催化水解脱氨反应的QM/MM分子动力学模拟: 1; 作者段新丽张欣雷鸣《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2015年第12期2491-2496,共6页; 采用QM(PM3)/MM分子动力学(MD)方法模拟了烟酰胺酶催化烟酰胺水解脱氨形成烟碱酸的反应过程.计算结果表明,硫的亲核进攻是整个反应的速率控制步骤.当改变Ala155所在Loop区的位置,在亲核进攻时,底物能够自由旋转,可以加速亲核进攻过程并... 展开更多; 关键词烟酰胺酶脱氨反应机理 qm/mm方法分子动力学模拟; 在线阅读下载PDF 职称材料

HY分子筛催化异丁烷/丁烯烷基化反应中加成反应的模拟研究被引量：4: 2; 作者任奎龙军 +2 位作者任强李永祥代振宇《石油学报（石油加工）》 EI CAS CSCD 北大核心 2018年第1期24-33,共10页; 建立了120T HY分子筛模型,采用量子力学与分子力学(QM/MM)相结合的方法,揭示了叔丁基烷氧基团(TBA)与异丁烯/2-丁烯发生加成反应的细节,并比较了二者的异同。结果表明,叔丁基碳正离子是加成反应的过渡态,且TBA与2-丁烯分子发生加成反应... 展开更多; 关键词 HY分子筛烷基化分子模拟量子力学与分子力学(qm/mm) 加成反应; 在线阅读下载PDF 职称材料

双铂核药物与DNA作用的理论研究被引量：5: 3; 作者黄素兰郝兰 +1 位作者谭宏伟陈光巨《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2006年第3期531-534,共4页; 利用分子力学和量子化学方法研究了双铂核药物[{transPtCl(NH_(3))_(2)}_(2)(μNH_(2)(CH_(2))_(n)NH_(2))]^(2+)与寡聚DNA片段d(ATATGTACATAT)·d(ATGTGTACATAT)复合物的几何构型和电子结构.计算结果表明,Pt配合物与DNA中碱基G的N... 展开更多; 关键词双铂核药物[{trans-PtCl(NH_(3))_(2)}_(2)(μ-NH_(2)(CH_(2))nNH_(2))]^(2+) DNA片段分子力学量子化学方法; 在线阅读下载PDF 职称材料

L1 β-Lactamase催化反应机理研究被引量：1: 4; 作者徐定国鄢国森《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2008年第12期2453-2456,共4页; 用混合量子力学和分子力学(QM/MM)方法和密度泛函理论讨论了L1β-Lactamase催化Nitrocefin水解的过程,研究结果表明,反应为多步反应:第一步亲核进攻反应为反应的决速步骤,并且伴随着酰胺键的断裂,第二步反应为质子迁移反应.同时讨论了... 展开更多; 关键词混合量子力学和分子力学(qm/mm) 密度泛函理论 Β-LACTAMASE 水解反应; 在线阅读下载PDF 职称材料

人工设计逆醛缩酶RA95.5-8F催化β-羟基酮C-C裂解的理论研究: 5; 作者李心怡刘永军《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2021年第7期2306-2312,共7页; 采用量子力学与分子力学组合(QM/MM)方法对人工设计逆醛缩酶RA95.5-8F催化β-羟基酮化合物裂解反应的机理进行了研究.结果表明,裂解反应主要包括赖氨酸Lys1083对底物的亲核进攻、Schiff碱形成、烯胺水解及C—N断裂等过程,C—N键裂解生... 展开更多; 关键词量子力学与分子力学组合方法逆醛缩酶酶催化反应反应机理; 在线阅读下载PDF 职称材料

萘乙酸溶剂效应的静态模拟: 6; 作者曾秀琳居学海 +1 位作者潘向萍颜守保《原子与分子物理学报》 CAS 北大核心 2022年第2期15-21,共7页; 运用量子力学的DFT-B3LYP/6-311+G^(**)方法,结合极化连续介质模型(PCM),模拟萘乙酸(NAA)的气相结构以及分别在水、乙醇和丙酮溶液中的结构.键长、Mulliken布居和原子电荷的计算结果表明水、乙醇和丙酮都是极性溶剂,使得溶液中NAA的O-H... 展开更多; 关键词萘乙酸溶剂效应量子力学分子动力学径向分布函数; 在线阅读下载PDF 职称材料

热活化延迟荧光分子取代基位置对发光性质影响的理论研究: 7; 作者沈钰张晴曹泽星《厦门大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期792-800,共9页; 热活化延迟荧光(TADF)材料具有较高的激子利用率,在有机发光二极管(OLED)研究中备受关注.与蓝色和绿色TADF分子相比,红色TADF分子发光能隙窄,其激发态很容易以不发光的非辐射方式失活回到基态,因此,实验上很难获得发光效率较高的红色TAD... 展开更多; 关键词热活化延迟荧光激发态取代基位置效应含时密度泛函理论量子力学/分子力学组合方法; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名烟酰胺酶催化水解脱氨反应的QM/MM分子动力学模拟: 1; 作者段新丽张欣雷鸣; 机构化工资源有效利用国家重点实验室; 出处《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2015年第12期2491-2496,共6页; 基金国家自然科学基金(批准号:21203006,21373023)资助~~; 文摘采用QM(PM3)/MM分子动力学(MD)方法模拟了烟酰胺酶催化烟酰胺水解脱氨形成烟碱酸的反应过程.计算结果表明,硫的亲核进攻是整个反应的速率控制步骤.当改变Ala155所在Loop区的位置,在亲核进攻时,底物能够自由旋转,可以加速亲核进攻过程并降低整个催化反应的能垒.讨论了氨分子的离去过程和质子传递过程的相关细节.为烟酰胺酶的定点突变以及脱氨酶的设计提供了有益的参考.; 关键词烟酰胺酶脱氨反应机理 qm/mm方法分子动力学模拟; Keywords Nicotinamidase Deamination mechanism quantum mechanics/molecular mechanics （ qm/mm） method molecular dynamics simulation; 分类号 O641 [理学—物理化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名HY分子筛催化异丁烷/丁烯烷基化反应中加成反应的模拟研究被引量：4: 2; 作者任奎龙军任强李永祥代振宇; 机构中国石化石油化工科学研究院催化材料与反应工程国家重点实验室; 出处《石油学报（石油加工）》 EI CAS CSCD 北大核心 2018年第1期24-33,共10页; 基金北京市科技计划项目(Z151100002815026) 中国石油化工股份有限公司项目(115114)资助; 文摘建立了120T HY分子筛模型,采用量子力学与分子力学(QM/MM)相结合的方法,揭示了叔丁基烷氧基团(TBA)与异丁烯/2-丁烯发生加成反应的细节,并比较了二者的异同。结果表明,叔丁基碳正离子是加成反应的过渡态,且TBA与2-丁烯分子发生加成反应的能垒值是与异丁烯反应的2倍左右。这是由于过渡态的碳正离子与异丁烯之间的电荷转移明显大于与2-丁烯的,二者之间的相互作用力更强,故过渡态能量更低。另外,由于TBA与2-丁烯发生加成反应后中心C原子稳定性降低,故需要首先生成"三角形结构"中间产物,再形成C8碳正离子,最终形成C8烷氧基团完成加成反应。; 关键词 HY分子筛烷基化分子模拟量子力学与分子力学(qm/mm) 加成反应; Keywords HY zeolite alkylation molecular simulation quantum mechanics and molecular mechanics(qm/mm) addition reaction; 分类号 TE624.4 [石油与天然气工程—油气加工工程]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名双铂核药物与DNA作用的理论研究被引量：5: 3; 作者黄素兰郝兰谭宏伟陈光巨; 机构北京师范大学化学系; 出处《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2006年第3期531-534,共4页; 基金国家自然科学基金(批准号:20231010,20271009) 国家重点基础研究发展计划(批准号:G2004CB719900,G2000078101)资助.; 文摘利用分子力学和量子化学方法研究了双铂核药物[{transPtCl(NH_(3))_(2)}_(2)(μNH_(2)(CH_(2))_(n)NH_(2))]^(2+)与寡聚DNA片段d(ATATGTACATAT)·d(ATGTGTACATAT)复合物的几何构型和电子结构.计算结果表明,Pt配合物与DNA中碱基G的N7原子形成了较强的配位键,并与O6原子之间存在较强的静电作用,使药物与DNA产生稳定作用,药物中的烃链的伸缩性使得DNA在键合药物后其构型并未发生大的变化.同时,铂配合物中配体NH3上的H与其邻近的鸟嘌呤的O6,DNA中磷酸根上的O以及与其邻近的碱基T上的O或N等电负性较大的原子间形成的氢键及弱氢键也是影响Pt配合物与DNA键合及其几何结构变化的重要因素.这些化学键和氢键是药物分子能够对DNA进行识别的重要基础.因此,可以认为药物结合后所引起DNA的变形较小可能是药物与顺铂产生不同的抗癌机理的主要原因.; 关键词双铂核药物[{trans-PtCl(NH_(3))_(2)}_(2)(μ-NH_(2)(CH_(2))nNH_(2))]^(2+) DNA片段分子力学量子化学方法; Keywords Di-nuclear platinum drug[{trans-PtCl(NH3)_(2)}_(2)(μ-NH_(2)(CH_(2))nNH_(2))]^^(2+) molecular mechanics(mm) quantum chemistry method; 分类号 O641 [理学—物理化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名L1 β-Lactamase催化反应机理研究被引量：1: 4; 作者徐定国鄢国森; 机构四川大学化学学院; 出处《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2008年第12期2453-2456,共4页; 基金国家自然科学基金(批准号:20803048)资助; 文摘用混合量子力学和分子力学(QM/MM)方法和密度泛函理论讨论了L1β-Lactamase催化Nitrocefin水解的过程,研究结果表明,反应为多步反应:第一步亲核进攻反应为反应的决速步骤,并且伴随着酰胺键的断裂,第二步反应为质子迁移反应.同时讨论了金属锌在反应中的作用.; 关键词混合量子力学和分子力学(qm/mm) 密度泛函理论 Β-LACTAMASE 水解反应; Keywords combined quantum mechanics and molecular mechanics（qm/mm） Density functional theory β-Lactamase Hydrolysis reaction; 分类号 O643.12 [理学—物理化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名人工设计逆醛缩酶RA95.5-8F催化β-羟基酮C-C裂解的理论研究: 5; 作者李心怡刘永军; 机构山东大学化学与化工学院; 出处《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2021年第7期2306-2312,共7页; 基金国家自然科学基金(批准号:22073056)资助.; 文摘采用量子力学与分子力学组合(QM/MM)方法对人工设计逆醛缩酶RA95.5-8F催化β-羟基酮化合物裂解反应的机理进行了研究.结果表明,裂解反应主要包括赖氨酸Lys1083对底物的亲核进攻、Schiff碱形成、烯胺水解及C—N断裂等过程,C—N键裂解生成丙酮为整个反应的决速步骤,能垒为106.27 kJ/mol;活性中心的赖氨酸Lys1083、酪氨酸Tyr1051、天冬酰胺Asn1110和酪氨酸Tyr1180构成一个催化四联体,Lys1083通过与底物形成席夫碱对底物进行活化,Tyr1051作为催化酸碱参与质子转移过程,催化四联体的氢键网络有利于反应过渡态的稳定并使R-构型的底物更容易结合在活性位点,导致RA95.5-8F对R构型底物具有高的选择性和催化活性.; 关键词量子力学与分子力学组合方法逆醛缩酶酶催化反应反应机理; Keywords combined quantum mechanics/molecular mechanics(qm/mm)method Retro-aldolase Enzy⁃matic reaction Reaction mechanism; 分类号 O641 [理学—物理化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名萘乙酸溶剂效应的静态模拟: 6; 作者曾秀琳居学海潘向萍颜守保; 机构淮南师范学院化学与材料工程学院淮南师范学院生物工程学院南京理工大学化工学院; 出处《原子与分子物理学报》 CAS 北大核心 2022年第2期15-21,共7页; 基金安徽省重点研究与开发计划项目(1804a07020122)。; 文摘运用量子力学的DFT-B3LYP/6-311+G^(**)方法,结合极化连续介质模型(PCM),模拟萘乙酸(NAA)的气相结构以及分别在水、乙醇和丙酮溶液中的结构.键长、Mulliken布居和原子电荷的计算结果表明水、乙醇和丙酮都是极性溶剂,使得溶液中NAA的O-H键变弱,酸性增强.在NAA/H_(2)O、NAA/EtOH和NAA/Acetone体系中,用分子动力学方法模拟NAA羧基氧原子与周围溶剂氢原子之间的径向分布函数和NAA的均方位移.研究结果表明溶质-溶剂分子间的相互作用既有近程作用(氢键作用),也有远程作用(范德华作用).其中NAA/EtOH体系中的作用较强,且以氢键作用为主;NAA/H_(2)O体系中的作用较弱.NAA在水溶液中的扩散性较小,在乙醇溶液中的扩散性较大.; 关键词萘乙酸溶剂效应量子力学分子动力学径向分布函数; Keywords Naphthalene acetic acid(NAA) Solvent effect quantum mechanics(qm) molecular mechanics(mm) Radial distribution function(RDF); 分类号 O641 [理学—物理化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名热活化延迟荧光分子取代基位置对发光性质影响的理论研究: 7; 作者沈钰张晴曹泽星; 机构厦门大学化学化工学院湖州师范学院工学院; 出处《厦门大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期792-800,共9页; 基金国家自然科学基金(21873078,21933009)。; 文摘热活化延迟荧光(TADF)材料具有较高的激子利用率,在有机发光二极管(OLED)研究中备受关注.与蓝色和绿色TADF分子相比,红色TADF分子发光能隙窄,其激发态很容易以不发光的非辐射方式失活回到基态,因此,实验上很难获得发光效率较高的红色TADF材料.本文应用密度泛函理论(DFT)和含时密度泛函理论(TD-DFT)方法,研究了互为异构体的T-DA-2和C-DA-2分子的电子吸收光谱、延迟荧光性质及光物理过程机制.结果表明,T-DA-2和C-DA-2分子的电子吸收谱主要来自基态到较高能级激发态的电子跃迁,并且其荧光发射遵循反-Kasha规则.和C-DA-2分子相比,异构体T-DA-2分子因其更小的内转换速率和更有效的反系间窜越过程而具有更好的荧光和延时荧光特性,表现出显著的取代基位置效应.; 关键词热活化延迟荧光激发态取代基位置效应含时密度泛函理论量子力学/分子力学组合方法; Keywords thermally activated delayed fluorescence excited state the substituent position effect time-dependent density functional theory quantum mechanics/molecular mechanics combined method; 分类号 O644.17 [理学—物理化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	烟酰胺酶催化水解脱氨反应的QM/MM分子动力学模拟	段新丽张欣雷鸣	《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心	2015	0	在线阅读下载PDF 职称材料
2	HY分子筛催化异丁烷/丁烯烷基化反应中加成反应的模拟研究	任奎龙军任强李永祥代振宇	《石油学报（石油加工）》 EI CAS CSCD 北大核心	2018	4	在线阅读下载PDF 职称材料
3	双铂核药物与DNA作用的理论研究	黄素兰郝兰谭宏伟陈光巨	《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心	2006	5	在线阅读下载PDF 职称材料
4	L1 β-Lactamase催化反应机理研究	徐定国鄢国森	《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心	2008	1	在线阅读下载PDF 职称材料
5	人工设计逆醛缩酶RA95.5-8F催化β-羟基酮C-C裂解的理论研究	李心怡刘永军	《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心	2021	0	在线阅读下载PDF 职称材料
6	萘乙酸溶剂效应的静态模拟	曾秀琳居学海潘向萍颜守保	《原子与分子物理学报》 CAS 北大核心	2022	0	在线阅读下载PDF 职称材料
7	热活化延迟荧光分子取代基位置对发光性质影响的理论研究	沈钰张晴曹泽星	《厦门大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心	2023	0	在线阅读下载PDF 职称材料