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B_(el)亚型新等位基因(c.803G>T,p.Gly268Val)的家系研究
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作者 马晓莉 董文安 +3 位作者 杨贺才 耿明璐 王丽萍 于洋 《中国实验血液学杂志》 北大核心 2025年第2期504-510,共7页
目的:分析1个家系B_(el)亚型基因突变及其遗传机制。方法:通过血清学试验鉴定ABO血型,采用聚合酶链反应序列特异性引物(PCR-SSP)进行ABO基因分型,对ABO基因1-7外显子、侧翼内含子区域进行Sanger测序,7外显子单链测序确认突变点位置。利... 目的:分析1个家系B_(el)亚型基因突变及其遗传机制。方法:通过血清学试验鉴定ABO血型,采用聚合酶链反应序列特异性引物(PCR-SSP)进行ABO基因分型,对ABO基因1-7外显子、侧翼内含子区域进行Sanger测序,7外显子单链测序确认突变点位置。利用Missense3D软件预测该突变点导致的蛋白质结构改变。结果:常规血清学试验未能检测到先证者及其3个家族成员的红细胞B抗原,只能通过吸收放散试验发现有微量的B抗原表达。DNA分析显示,在正常ABO基因基础上,第7外显子803位置出现G>T替换,导致第268位氨基酸由Gly转变为Val。进一步单链测序分析发现该突变位点位于B基因上。结论:该家系中先证者及其父、其子、其女均因B基因第7外显子发生c.803G>T新的点突变导致B型糖基转移酶活性降低,B抗原只能通过吸收放散的方法才能够被检出,该点突变能够稳定遗传给子代。 展开更多
关键词 B_(el)亚型 ABO亚型 血清学 等位基因 测序
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应用三代测序技术鉴定NGS方法检出的新等位基因HLA-B*54:01:11
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作者 陈男英 何亿镇 +3 位作者 皮雯雯 李奇 董丽娜 章伟 《中国实验血液学杂志》 北大核心 2025年第2期565-568,共4页
目的:区分人类白细胞抗原(HLA)模棱两可的基因分型结果,鉴定HLA-B新等位基因,并分析其核苷酸序列。方法:利用基于Ion Torrent S5平台的二代测序技术(NGS)对2022年2076例浙江省脐带血库样本进行HLA入库分型检测,发现1例含碱基突变的模棱... 目的:区分人类白细胞抗原(HLA)模棱两可的基因分型结果,鉴定HLA-B新等位基因,并分析其核苷酸序列。方法:利用基于Ion Torrent S5平台的二代测序技术(NGS)对2022年2076例浙江省脐带血库样本进行HLA入库分型检测,发现1例含碱基突变的模棱两可组合样本,选择基于纳米孔技术平台的三代测序技术(TGS)对其进行鉴定。结果:HLA-B位点经NGS检测分型结果显示为HLA-B*46:18,54:06/46:01,54:XX(含碱基突变)组合,经纳米孔测序鉴定结果为HLA-B*46:01,54:XX(含碱基突变)。HLA-B*54:XX与同源性最高的HLA-B*54:01:01:01相比,第6外显子1014位碱基T>C,并未引起任何氨基酸的改变。新等位基因序列已递交给GenBank数据库(OP853532)。结论:应用纳米孔测序技术区分了1例NGS方法产生的模棱两可结果,并成功鉴定了HLA-B新等位基因。该新等位基因被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*54:01:11。 展开更多
关键词 HLA-B 等位基因 二代测序 纳米孔测序 碱基突变
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水稻穗粒数基因Gn1a的等位基因挖掘与育种应用 被引量:1
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作者 刘智超 常龙学 +9 位作者 艾鑫 金龙 张丰勇 李志永 王以锋 童晓红 黄捷 张健 金健 应杰政 《中国水稻科学》 北大核心 2025年第2期220-230,共11页
【目的】基于水稻功能基因组学的快速发展,通过全基因组关联分析和等位基因挖掘,鉴定出调控每穗粒数的关键基因Gn1a的优异等位变异,为现代水稻高产分子育种策略提供了理论依据与靶点资源。【方法】通过构建高世代回交自交系遗传群体开展... 【目的】基于水稻功能基因组学的快速发展,通过全基因组关联分析和等位基因挖掘,鉴定出调控每穗粒数的关键基因Gn1a的优异等位变异,为现代水稻高产分子育种策略提供了理论依据与靶点资源。【方法】通过构建高世代回交自交系遗传群体开展QTL精细定位;基于近等基因系(NILs)验证目标QTL的遗传效应;结合目标基因的PCR扩增、高通量测序及多序列比对解析功能变异位点;进一步开发功能分子标记并应用于水稻种质资源的基因型精准鉴定。【结果】在中嘉早17、中早39(常规早籼主推品种)、华占、R173(杂交晚籼核心恢复系)4个背景与粳稻吉资1560构建的BC_(3)F_(3)群体中,1号染色体短臂Gn1a位点共同定位到控制穗粒数与二次枝梗数的QTL。Gn1a测序分析揭示,中嘉早17与中早39携带新型Gn1a等位变异(命名为Gn1a-i),与粳型等位基因Gn1a-j相比,在5'UTR区存在16-bp缺失。4套近等基因系的分析结果表明Gn1a-i增加每穗粒数和籽粒产量。基于该InDel位点开发的共显性功能标记ZC51,对9类39份水稻材料(涵盖常规早籼、常规晚籼、三系保持系、两系不育系、三系恢复系、北方粳稻、南方粳稻、农家品种及野生稻)进行Gn1a等位基因分型检测,结果显示:籼型群体(常规早/晚籼、三系保持系、两系不育系、三系恢复系)100%携带Gn1a-i等位基因;野生稻与农家品种携带Gn1a-j等位基因;粳稻群体(南/北方)携带Gn1a-i和Gn1a-j双等位基因。【结论】明确了Gn1a-i等位基因通过增加二次枝梗数和每穗粒数来提高籽粒产量,Gn1a-i有利等位基因在当前粳稻品种的改良中具有较大利用潜力,Gn1a功能基因标记ZC51能直接用于分子标记辅助选择育种。 展开更多
关键词 每穗粒数 等位基因 数量性状座位 分子标记辅助选择
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碱基插入产生HLA无效等位基因的序列分析及确认
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作者 全湛柔 钟艳平 +2 位作者 何柳媚 杨冰娜 邹红岩 《中国实验血液学杂志》 北大核心 2025年第1期276-279,共4页
目的:确认1例碱基插入产生无效等位基因HLA-C*08:127N的序列。方法:应用PCR-SSOP及PCR-SBT进行HLA常规检测,发现1例急性髓系白血病患者HLA-C的序列图谱均存在异常。应用二代测序技术对该位点序列进行确认。结果:HLA-C位点SSOP分型结果为... 目的:确认1例碱基插入产生无效等位基因HLA-C*08:127N的序列。方法:应用PCR-SSOP及PCR-SBT进行HLA常规检测,发现1例急性髓系白血病患者HLA-C的序列图谱均存在异常。应用二代测序技术对该位点序列进行确认。结果:HLA-C位点SSOP分型结果为C*03:04,C*08:01;SBT结果分析时发现序列在第3外显子疑似插入或缺失,二代测序确认结果为C*03:04,C*08:127N。结论:碱基插入产生HLA无效等位基因,SBT分析软件无法给出正确的结果,而二代测序技术可以更直观得到准确的HLA分型结果。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原 无效等位基因 碱基插入 移码突变 二代测序
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牛FOXP2基因的单等位基因表达和DNA甲基化状态分析
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作者 郑云畅 侯睿霖 +6 位作者 梁晓贺 杨利丹 张银蛟 霍浩楠 陈玮娜 张萃 李世杰 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第9期4369-4378,共10页
旨在研究叉头框P2(forkhead box P2,FOXP2)基因在牛组织和胎盘中的单等位基因表达和DNA甲基化状态。本研究采集了2个不同时期(出生0 d犊牛和4~5岁成年牛)的健康雌性荷斯坦奶牛的组织和自然分娩的足月胎盘,通过荧光定量PCR方法分析FOXP2... 旨在研究叉头框P2(forkhead box P2,FOXP2)基因在牛组织和胎盘中的单等位基因表达和DNA甲基化状态。本研究采集了2个不同时期(出生0 d犊牛和4~5岁成年牛)的健康雌性荷斯坦奶牛的组织和自然分娩的足月胎盘,通过荧光定量PCR方法分析FOXP2基因牛6个组织(心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏和大脑)和胎盘中的表达;应用基于单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)的RT-PCR产物直接测序的方法分析FOXP2基因在牛组织和胎盘中单等位基因表达状态;采用亚硫酸盐测序法对牛组织、精子和胎盘的DNA甲基化状态进行分析。结果表明,FOXP2基因在成年牛6个组织(心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏和大脑)中的表达水平均高于犊牛组织。基于FOXP2基因3'非编码区的1个SNP位点(g.53771685G>A),发现FOXP2基因在犊牛的6个组织中为单等位基因表达;而在成年牛中仅大脑组织中为单等位基因表达,其余的5个组织(心脏、肝脏、脾脏、肺脏和肾脏)中为双等位基因表达;在胎盘中,FOXP2基因呈现为母源等位基因表达。FOXP2基因X1剪接体的启动子区和5'端在犊牛和成年牛组织、胎盘和精子均处于低甲基化状态。以上研究结果表明,FOXP2基因在牛胎盘中为母源等位基因表达的印记基因,而其在组织中的单等位基因表达呈现生长时期和组织特异性,基因启动子和5'端处于低甲基化状态,提示DNA甲基化未参与调控牛FOXP2基因的单等位基因表达。 展开更多
关键词 叉头框P2(FOXP2)基因 等位基因表达 DNA甲基化
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D13S317基因座侧翼序列突变及稀有等位基因4确认1例
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作者 刘志勇 任贺 +7 位作者 陈冲 高知枭 石妍 李林 贾莉 杨倩 刘雅诚 严江伟 《法医学杂志》 北大核心 2025年第3期294-296,共3页
1案例1.1简要案情因申报户口,要求鉴定父母与两个孩子是否存在亲子关系。按照知情同意原则,采集父亲(F)、母亲(M)和两个孩子(C1:女;C2:男)的血样。
关键词 法医遗传学 亲子鉴定 稀有等位基因 侧翼序列突变 D13S317基因
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玉米ZmKL1优异等位基因调控籽粒大小的效应评估及分子机制解析
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作者 杨晓慧 晏宣军 +3 位作者 杨文妍 付俊杰 杨琴 谢玉心 《作物学报》 北大核心 2025年第6期1501-1513,共13页
为评估玉米籽粒大小调控基因ZmKL1不同等位基因对农艺性状的效应,解析其调控籽粒大小的分子机制,本研究构建了近等基因系(NIL),在2个地点调查其田间表型、穗部及籽粒表型,并进行转录组与蛋白组测序,共同解析不同等位基因对籽粒大小的调... 为评估玉米籽粒大小调控基因ZmKL1不同等位基因对农艺性状的效应,解析其调控籽粒大小的分子机制,本研究构建了近等基因系(NIL),在2个地点调查其田间表型、穗部及籽粒表型,并进行转录组与蛋白组测序,共同解析不同等位基因对籽粒大小的调控效应。结果显示,NIL群体在粒长、粒宽、百粒重、株高及穗位高方面存在显著差异,花期及穗部表型等方面无差异。2组NIL间差异表达基因总数为744个、差异表达蛋白总数为152个。GO分析发现差异表达基因富集于蛋白结合、氧化还原酶活性等途径,差异表达蛋白则与转录、基因表达调控、RNA生物合成及代谢调控过程密切相关。进一步利用荧光定量PCR试验对8个关键基因的表达差异进行了验证。本研究对ZmKL1等位基因进行了表型评估,发现ZmKL1优异等位基因在玉米产量性状改良方面具有一定的应用潜力;同时联合转录组与蛋白组初步解析了其调控籽粒大小的机制,为进一步挖掘影响籽粒大小关键基因及通路提供了思路。 展开更多
关键词 玉米籽粒 转录组 蛋白组 等位基因 近等基因
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基于二代测序的HLA-Ⅱ类等位基因多态性研究及等位基因丢失防范策略 被引量:1
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作者 高素青 全湛柔 +4 位作者 钟艳平 陈浩 何柳媚 邹红岩 邓志辉 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期603-609,共7页
目的:研究二代测序技术(NGS)检测深圳地区随机健康无关汉族人群HLA-DRB1、DQB1、DQA1、DRB3、DRB4、DRB5、DPA1、DPB1等位基因多态性的精确性,探讨HLA-DRB1等位基因丢失的原因及室内关键质控体系建立策略。方法:采用Mi Seq DxTM NGS平台... 目的:研究二代测序技术(NGS)检测深圳地区随机健康无关汉族人群HLA-DRB1、DQB1、DQA1、DRB3、DRB4、DRB5、DPA1、DPB1等位基因多态性的精确性,探讨HLA-DRB1等位基因丢失的原因及室内关键质控体系建立策略。方法:采用Mi Seq DxTM NGS平台对1012例样本完成HLA-II类等位基因分型。对质控体系软件提示的疑难样本和HLA-DRB1纯合子样本采用PCR-SSOP法或PCR-SBT法进行确认。结果:检出HLA-DRB1、DRB3、DRB4、DRB5、DQA1、DQB1、DPA1、DPB1等位基因分别有45、7、5、7、17、21、10、27种。常见等位基因(频率>10%)有HLA-DRB1*09:01(17.09%)、15:01(10.72%);DRB3*02:02(25.99%)、03:01(10.18%);DRB4*01:03(36.46%);DRB5*01:01(15.42%);DQA1*01:02(20.01%)、03:02(17.19%);DQB1*03:01(19.47%)、03:03(17.98%)、05:02(11.66%)、06:01(10.67%);DPA1*02:02(54.45%)、01:03(31.18%);DPB1*05:01(39.13%)、02:01(16.90%)。HLA-DRB1和DQB1位点基因频率与中国常见及确认的HLA等位基因表(CWD2.4)进行统计学比较,差异无统计学意义(χ^(2)=12.68,P>0.05)。对NGS检出的94例HLA-DRB1纯合子样本采用PCR-SSOP法进行复检,检出HLA-DRB1位点漏检等位基因1例,通过SBT法确认为漏检DRB1*04:03等位基因,为此建立了本实验室室内质控体系。检出新等位基因2例,获WHO HLA系统因素命名委员会命名。结论:基于NGS-HLA分型方案的HLA分型结果,模棱两可结果比率更低。HLA-II类等位基因在深圳地区无关健康供者汉族人群中存在遗传多态性。在临床组织相容性试验中独立使用NGS方法存在局限性,需要内部质量控制策略来防范偶发的等位基因丢失事件。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原 基因频率 二代测序 等位基因丢失
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黄淮麦区小麦中类燕麦蛋白的分类、等位基因及质量评价 被引量:1
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作者 晁岳恩 李文旭 +3 位作者 王沙沙 王亚欢 汪庆昌 黄超 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期1238-1244,共7页
类燕麦蛋白(ALPs,avenin-like proteins)是一类富含半胱氨酸残基的非典型面筋蛋白,对小麦面团强度具有重要作用。为明确ALPs在黄淮麦区小麦品种中的表达类型、等位基因数量及可能的面粉品质效应,本研究以黄淮麦区的40个栽培品种为研究对... 类燕麦蛋白(ALPs,avenin-like proteins)是一类富含半胱氨酸残基的非典型面筋蛋白,对小麦面团强度具有重要作用。为明确ALPs在黄淮麦区小麦品种中的表达类型、等位基因数量及可能的面粉品质效应,本研究以黄淮麦区的40个栽培品种为研究对象,选取灌浆中期的籽粒并根据品质不同分别组成2个混合池进行转录组测序。结果表明,在40个品种的转录产物中,鉴定到14个ALPs基因和24个ALPs的等位基因;14个ALPs基因在4AL、7DS和7AS染色体分别有5个、5个和4个。聚类分析表明,14个ALPs蛋白可以分为A、B两个大类,细分为A1、A2、B1、B2和B3五个亚类。ALP基因的表达水平在强筋群体和中筋群体间存在差异,两个A类ALPs基因在强筋群体中显著上调表达,B3亚类ALP显著下调。面粉品质效应评估表明,14个ALPs对面团强度性状的贡献存在差异,但除B1亚类外,其他所有蛋白对面筋强度贡献值都不低于高分子麦谷蛋白,推测ALPs可能也是影响中国黄淮麦区面团强度的重要蛋白类型。 展开更多
关键词 小麦 燕麦类似蛋白 面团强度 等位基因
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陆地棉主要株型性状关联分析及优异等位基因挖掘
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作者 王娟 王新 +4 位作者 田琴 马晓梅 周小凤 李保成 董承光 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期146-154,共9页
【目的】株型是影响棉花机械化和产量的关键因素,开展陆地棉主要株型性状的关联分析研究,可为棉花株型分子育种提供标记及材料来源。【方法】以403份陆地棉种质资源为材料,利用覆盖全基因组的201对多态性SSR标记,对6个环境4个株型性状... 【目的】株型是影响棉花机械化和产量的关键因素,开展陆地棉主要株型性状的关联分析研究,可为棉花株型分子育种提供标记及材料来源。【方法】以403份陆地棉种质资源为材料,利用覆盖全基因组的201对多态性SSR标记,对6个环境4个株型性状进行了关联分析,挖掘株型性状优异等位基因。【结果】6个环境中株高、果枝始节高、果枝始节位和果枝数的平均变异系数分别为13.70%、21.51%、14.18%和11.51%,广义遗传率为46.24%-74.15%;201对标记共产生394个多态性等位变异位点;能同时在最佳线性无偏预测值(best linear unbiased prediction, BLUP)(P<0.01)和2个以上环境中检测到显著(P<0.05)关联的位点共38个,包括与株高关联的位点16个、与果枝始节高关联的位点6个、与果枝始节位关联的位点11个、与果枝数关联的位点5个,5个位点同时与多个性状关联;鉴定到含有目标性状优异等位基因的材料31份,其中6份材料同时携带多个优异等位基因。【结论】在403份陆地棉自然群体中,鉴定到38个与4个株型性状关联的标记位点,发掘出31份含有优异等位基因的典型材料。 展开更多
关键词 陆地棉 株型性状 关联分析 优异等位基因
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优质多抗恢复系桂恢581的选育与应用及优良等位基因鉴定
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作者 李孝琼 齐金岗 +6 位作者 陈颖 王小姣 刘开强 李林娟 陈炜坚 韦宇 郭嗣斌 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期1274-1283,共10页
【目的】选育优质多抗恢复系桂恢581,并对优良等位基因进行鉴定,为利用异源四倍体小粒野生稻优良基因培育优质多抗水稻新品种提供参考。【方法】以IR24为母本,小粒野生稻为父本进行回交、自交,结合分子标记辅助选择及田间稻瘟病和稻飞... 【目的】选育优质多抗恢复系桂恢581,并对优良等位基因进行鉴定,为利用异源四倍体小粒野生稻优良基因培育优质多抗水稻新品种提供参考。【方法】以IR24为母本,小粒野生稻为父本进行回交、自交,结合分子标记辅助选择及田间稻瘟病和稻飞虱抗性鉴定,从小粒野生稻渗入系中选育优良恢复系,再与华浙2A、丰田A、天丰A和龙丰A等不育系测交配组测定桂恢581的恢复能力。利用五引物扩增受阻突变体系(PARMS)技术检测桂恢581、华浙2A和华浙优581携带的主要病虫害抗性基因和稻米品质基因。【结果】获得371份小粒野生稻渗入系,从中筛选出农艺性状基本整齐一致的材料R981,经加代提纯选育出强优恢复系桂恢581,2018年获植物新品种权(品种权号:CNA20171712.4)。桂恢581的稻飞虱的抗性水平为3.7级,稻瘟病抗性综合指数为5.0,该恢复系所配组合表现株叶型好、结实率高、杂种优势强,其中华浙2A/桂恢581杂交组合因表现适应性强、生育期适中、长势繁茂、后期熟色好、产量高、米质优、抗性强而入选参试品种。2019-2020年华浙优581参加广西桂南稻作区感光晚籼组区域试验和生产试验,2022年6月通过广西农作物品种审定委员会审定(审定编号:桂审稻2022149号)。PARMS检测发现,桂恢581携带稻瘟病抗性基因Pi5、Pi54、Pib和Pia,稻米品质优良等位基因GS2、GS3、GS5、GL7、GW5和Chalk5;华浙2A携带稻瘟病抗性基因Pita、Pi54、Pib和Pi46,白叶枯病抗性基因Xa7,稻飞虱抗性基因Bph15,稻米品质基因GS2、GS3、GS5、GL7、GW5、fgr、ALK和Chalk5。【结论】利用小粒野生稻资源成功培育出桂恢581,其丰产性好,适应性广,抗逆性强,携带稻飞虱抗性新基因,可作为优质多抗的恢复系应用于杂交水稻育种中。华浙优581的成功选育不仅丰富了水稻品种的类型,也对我国野生稻资源的开发利用具有借鉴价值。 展开更多
关键词 小粒野生稻 恢复系 优质 多抗 优良等位基因
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TP53突变变异等位基因频率在弥漫性大B细胞淋巴瘤中的预后价值研究
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作者 张玲珑 安利 +6 位作者 漆小龙 热那古力·阿不来提 寇珍 谭巍 聂玉玲 木合拜尔·阿布都尔 李燕 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期1719-1725,共7页
目的:探索TP53突变变异等位基因频率(VAF)对DLBCL患者预后的影响。方法:回顾性分析2009年3月至2022年3月在新疆维吾尔自治区人民医院初次诊断的155例DLBCL患者,获取完整的临床资料及石蜡包埋的肿瘤组织标本,肿瘤组织中提取DNA,利用二代... 目的:探索TP53突变变异等位基因频率(VAF)对DLBCL患者预后的影响。方法:回顾性分析2009年3月至2022年3月在新疆维吾尔自治区人民医院初次诊断的155例DLBCL患者,获取完整的临床资料及石蜡包埋的肿瘤组织标本,肿瘤组织中提取DNA,利用二代测序技术检测并分析DLBCL患者基因突变谱。Kaplan-Meier法分析TP53基因突变状态及突变VAF与OS的关系。Cox回归单因素和多因素预后分析影响OS的独立因素。建立预测DLBCL患者1、3和5年OS的列线图,通过C-指数及校准曲线预测模型的预测性能。结果:男性患者DLBCL的TP53突变VAF平均值明显高于女性患者(P<0.05)。TP53突变型患者较野生型的患者的OS缩短(P=0.030);基于OS分层的TP53突变的最佳VAF临界值为33.61%(P<0.001),且TP53突变VAF≥34%患者OS的显著短于TP53突变VAF<34%及TP53野生型患者(P<0.001)。多因素Cox分析发现TP53突变VAF≥34%(HR=4.05,P<0.001)、IPI评分≥3(HR=2.27,P=0.008)是DLBCL患者OS的独立不良预测因素。结合多因素分析得到的具有独立预后意义的因素,构建了DLBCL患者1年、3年、5年OS的诺模列线图模型,TP53突变VAF联合IPI模型的C指数为0.743,该模型预测DLBCL患者1、3和5年OS具有较高的预测准确性。校准曲线分析表明该模型在预测DLBCL患者1、3和5年OS方面与实际生存之间具有良好的一致性。结论:TP53突变VAF在DLBCL患者中具有预后预测价值,TP53突变VAF≥34%是影响DLBCL患者OS的独立危险因素。本研究构建的TP53突变VAF联合IPI列线图预后模型对DLBCL患者预后具有较好的预测性能。 展开更多
关键词 弥漫性大B细胞淋巴瘤 基因突变 变异等位基因频率 预后
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基于新型高保真Taq酶的多重等位基因特异性PCR方法的建立与应用
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作者 沈泽嘉 徐逸梦 +3 位作者 时景景 周宇荀 李凯 肖君华 《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期103-109,115,共8页
在8号染色体存在部分替换片段的小鼠上挑选3个SNP位点进行初步方案检验,包括高保真Taq酶的特异性测试以及引物浓度对分型结果的影响,并评价该方法的灵敏度;之后应用该技术检测野生1号染色体替换系小鼠上的9个SNP的不同样本。对Taq酶的... 在8号染色体存在部分替换片段的小鼠上挑选3个SNP位点进行初步方案检验,包括高保真Taq酶的特异性测试以及引物浓度对分型结果的影响,并评价该方法的灵敏度;之后应用该技术检测野生1号染色体替换系小鼠上的9个SNP的不同样本。对Taq酶的特异性研究表明:引物在未引入突变的前提下检测结果与测序结果保持一致;引物稀释实验说明浓度最低为0.003~0.006μmol/L,灵敏度的检测结果表示最低浓度检测限可达0.07 ng/μL以下。最后检测得到5种标准样本的基因型,其代表9个SNP的组合。成功验证并建立该新型高特异性Taq酶应用于多重等位基因特异性PCR实验的总体流程。提供一套具备高特异性、能够针对多个SNP位点进行检测的低成本方案,对多重等位基因特异性PCR技术的开发同样具有参考价值。 展开更多
关键词 等位基因特异性PCR 多重PCR 高保真Taq酶 基因分型 染色体替换系小鼠
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基于金观音(Camellia sinensis)单体型基因组CsUGT等位基因的鉴定及表达 被引量:1
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作者 雷小梅 张宇航 +2 位作者 谷梦雅 郑玉成 叶乃兴 《茶叶学报》 2024年第3期11-33,共23页
【目的】植物的尿苷二磷酸糖基转移酶(UGT)是催化次生代谢物糖基化的关键酶,UGT基因主要参与植物逆境胁迫的响应。对CsUGT等位基因进行鉴定与表达分析,为其在茶树抗性及乌龙茶加工中香气形成的作用提供理论参考。【方法】基于金观音(Cam... 【目的】植物的尿苷二磷酸糖基转移酶(UGT)是催化次生代谢物糖基化的关键酶,UGT基因主要参与植物逆境胁迫的响应。对CsUGT等位基因进行鉴定与表达分析,为其在茶树抗性及乌龙茶加工中香气形成的作用提供理论参考。【方法】基于金观音(Camellia sinensis‘Jinguanyin’)单体型基因组,利用生物信息学方法分析,并通过实时荧光定量PCR技术分析CsUGT基因在低温(4℃)、干旱(10%PEG-6000溶液)和激素(100μmol·L^(−1)MeJA溶液)处理下0、3、6、12和24 h的表达,以及CsUGT基因在金观音乌龙茶加工过程中鲜叶、萎凋、一摇、二摇、三摇和杀青前的表达。【结果】生物信息学分析结果表明,从金观音单体型基因组中鉴定出了142对等位基因,多数定位于叶绿体中,并基于进化树将这些基因分为5个亚家族。CsUGT等位基因的结构较保守,相同基因的亲本等位基因的结构相似。转录组数据分析表明,发现多数CsUGT等位基因具有组织表达特性。实时荧光定量PCR检测发现,在MeJA处理下,CsUGT002、CsUGT047和CsUGT091的表达量在6 h达到峰值;在低温和干旱处理下,部分CsUGT基因的表达量分别在3或24 h时达到峰值。此外,在金观音乌龙茶加工过程中,CsUGT115的表达量显著上调,部分CsUGT基因在三摇时的表达量达到峰值。【结论】CsUGT蛋白多数为酸性和亲水性蛋白,并定位于叶绿体中;CsUGT等位基因结构较保守具有组织表达特性,部分CsUGT基因参与调控茶树的逆境胁迫及乌龙茶加工工艺中摇青时的香气合成。 展开更多
关键词 茶树 金观音 尿苷二磷酸糖基转移酶 等位基因 逆境胁迫 香气 生物信息学
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TP53等位基因状态对骨髓增生异常综合征患者临床表现和预后的影响
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作者 沈凯 胡德媛 陈苏宁 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期811-818,共8页
目的:探讨TP53等位基因状态在骨髓增生异常综合征(MDS)患者中的临床意义。方法:回顾性分析2019年1月至2021年12月在苏州大学附属第一医院进行二代测序的858例MDS患者的临床资料。结果:患者中位年龄为52岁,中位随访时间为23.8(0.4-109.6... 目的:探讨TP53等位基因状态在骨髓增生异常综合征(MDS)患者中的临床意义。方法:回顾性分析2019年1月至2021年12月在苏州大学附属第一医院进行二代测序的858例MDS患者的临床资料。结果:患者中位年龄为52岁,中位随访时间为23.8(0.4-109.6)个月。401例患者(46.7%)至少有一个染色体异常,其中,复杂核型106例,单体核型78例。共发现103例TP53突变,突变率为12%。与TP53野生型患者相比,各种类型的染色体异常情况明显更多见于TP53突变型患者(均P<0.001)。TP53突变型患者相比野生型具有更低的血红蛋白含量、更低的血小板计数和更高的骨髓原始细胞比例(均P<0.05),总生存期(OS)也明显更短。在97例可评估的患者中,33例(34%)为单等位基因TP53突变,64例是双等位基因突变。与单等位基因相比,双等位基因TP53突变亚组中患者的染色体异常比例更高,共突变数目更少。单等位基因患者的中位OS为33.6个月,而双等位基因患者仅为11.4个月(HR=2.138,95%CI:1.053-4.343,P>0.05)。TP53野生型患者的中位OS未达到,野生型、单等位基因和双等位基因TP53突变患者中位OS比较存在明显差异(P<0.001)。多因素Cox回归分析结果显示,双等位基因TP53突变为患者不良预后的独立预测因子(HR=2.808,95%CI:1.487-5.003,P=0.001),而单等位基因TP53突变与野生型TP53不是。结论:伴TP53突变的患者预后不良,双等位基因TP53突变相比单等位基因TP53突变预后更差,并且独立地影响MDS患者的预后。 展开更多
关键词 骨髓增生异常综合征 TP53突变 等位基因状态 预后
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利用等位基因特异扩增快速检测水稻香味基因 被引量:35
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作者 陆艳婷 刘庆龙 +3 位作者 王俊敏 严文潮 俞法明 金庆生 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期243-246,共4页
水稻香味受隐性基因控制,杂合材料不表现出香味,因此在香稻选育中需要寻找一种快速、简便的香味基因检测方法。本试验通过等位基因特异扩增(ASA)方法对9个香稻和3个非香稻品种(品系),以及3个香稻/非香稻组合的F1的香味基因,进行快速检... 水稻香味受隐性基因控制,杂合材料不表现出香味,因此在香稻选育中需要寻找一种快速、简便的香味基因检测方法。本试验通过等位基因特异扩增(ASA)方法对9个香稻和3个非香稻品种(品系),以及3个香稻/非香稻组合的F1的香味基因,进行快速检测。结果显示,纯合非香稻可获得长度为585和355bp的两条带,纯合香稻可获得长度为577和257bp的两条带,杂种F1可获得长度为355、257和580bp左右的3条带。供试材料的分子检测结果与香味基因型完全相符,所用方法快速有效,可应用于香稻育种实践。 展开更多
关键词 水稻 香味基因 等位基因特异扩增
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HLA-DRB1*14和*15等位基因与肝癌的相关性 被引量:12
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作者 黄爱春 吴继周 +5 位作者 吴健林 陈务卿 韦颖华 罗双艳 宁秋悦 李兰兰 《临床肝胆病杂志》 CAS 2010年第4期420-422,共3页
目的探讨HLA-DRB1*14和*15等位基因与肝癌发生的相关性。方法以40例原发性肝癌患者作为病例组,以135例健康人作为对照组,应用PCR-SSP方法对研究对象外周血的HLA-DRB1等位基因进行检测,分析其表达与原发性肝癌的相关性。结果 HLA-DRB1*1... 目的探讨HLA-DRB1*14和*15等位基因与肝癌发生的相关性。方法以40例原发性肝癌患者作为病例组,以135例健康人作为对照组,应用PCR-SSP方法对研究对象外周血的HLA-DRB1等位基因进行检测,分析其表达与原发性肝癌的相关性。结果 HLA-DRB1*14在病例组中的分布频率较对照组显著增高(χ2=9.925,P=0.002,OR=3.450,95%CI:1.555~7.655),HLA-DRB1*15在病例组和对照组中的分布频率的差异无统计学意义(χ2=1.260,P=0.262,OR=1.538,95%CI:0.723~3.274)。结论 HLA-DRB1*14可能是原发性肝癌的易感基因,HLA-DRB1*15可能与原发性肝癌的发生无明显关系。 展开更多
关键词 等位基因 肝肿瘤 HLA-DR抗原
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人肺癌中nm23等位基因缺失的研究 被引量:25
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作者 陈军 周清华 +3 位作者 覃扬 孙芝琳 孙泽芳 刘伦旭 《中国肺癌杂志》 CAS 2000年第1期8-13,共6页
目的 探讨人肺癌中nm2 3等位基因缺失与肺癌转移的关系。方法 应用Southern印迹杂交对 5 2例人肺癌组织中nm2 3 H1 和nm2 3 H2 等位基因缺失进行了研究 ,并以自身远离癌灶的肺组织作对照。结果  5 2例肺癌中 14例存在nm2 3 H1 等... 目的 探讨人肺癌中nm2 3等位基因缺失与肺癌转移的关系。方法 应用Southern印迹杂交对 5 2例人肺癌组织中nm2 3 H1 和nm2 3 H2 等位基因缺失进行了研究 ,并以自身远离癌灶的肺组织作对照。结果  5 2例肺癌中 14例存在nm2 3 H1 等位基因的杂合缺失 ( 2 6.92 % )。 47例有nm2 3 H2 杂交信号的肺癌中 ,2例存在nm2 3 H2 等位基因缺失 ( 4 .2 6% )。伴有淋巴结和 /或远处转移的肺癌中 ,nm2 3 H1等位基因缺失率 ( 4 2 .86% )明显高于不伴有转移的肺癌 ( 8.3 3 % ) (P <0 .0 1) ;低分化和未分化癌nm2 3 H1等位基因缺失率 ( 4 5 .45 % )亦明显高于中~高分化癌 ( 13 .3 3 % ) (P <0 .0 5 )。nm2 3 H1 等位基因缺失与肺癌组织学类型、P TNM分期、原发肿瘤大小、部位 ,以及患者年龄等无明显关系 (P >0 .0 5 )。结论 本研究结果表明nm2 3基因可能参与调控肺癌的细胞分化和转移过程 ,且nm2 3 H1 基因在肺癌转移和细胞分化中的调节作用较nm2 3 H2 展开更多
关键词 NM23基因 肺肿瘤 等位基因缺失
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ahFAD2A等位基因在中国花生小核心种质中的分布及其与种子油酸含量的相关性分析 被引量:14
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作者 雷永 姜慧芳 +3 位作者 文奇根 黄家权 晏立英 廖伯寿 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第11期1864-1869,共6页
在中国小核心花生种质中发掘出油酰PC脱氢酶的2个等位基因(ahFAD2A-wt和ahFAD2A-m)。研究结果表明:(1)突变型等位基因(ahFAD2A-m)与野生型等位基因(ahFAD2A-wt)在编码区442bp的SNP(448bpG>A)可导致编码氨基酸的替换(D150N);(2)突变... 在中国小核心花生种质中发掘出油酰PC脱氢酶的2个等位基因(ahFAD2A-wt和ahFAD2A-m)。研究结果表明:(1)突变型等位基因(ahFAD2A-m)与野生型等位基因(ahFAD2A-wt)在编码区442bp的SNP(448bpG>A)可导致编码氨基酸的替换(D150N);(2)突变型基因ahFAD2A-m在中国花生小核心种质中广泛存在,出现的频率为53.1%,野生型基因ahFAD2A-wt出现的频率为46.9%;(3)突变型基因ahFAD2A-m在密枝亚种(普通型和龙生型变种)中出现的频率(82.8%)显著高于其在疏枝亚种(珍珠豆型和多粒型变种)材料中出现的频率(15.4%),卡方测验结果表明,核心种质的油酸含量与其携带的等位基因类型密切相关(χ2=98.71,χ20.01,3=11.34,P<0.01),携带突变型基因(ahFAD2A-m)材料的油酸平均值显著高于野生型基因的材料(t=18.48>t0.01=2.62,P<0.01);(4)ahFAD2A等位基因的存在与种子油酸含量密切相关。 展开更多
关键词 花生 小核心种质 ahFAD2A 等位基因 油酸含量
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强直性脊椎炎与HLA-B27等位基因研究 被引量:22
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作者 蒋黎华 范丽安 +4 位作者 杨珏琴 姚芳娟 周嘉陵 许荣 高培娣 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 1997年第6期345-348,共4页
为探索强直性脊椎炎与HLA-B27关联机理,建立非同位素地高辛标记的PCR/SSO方法对中国上海地区68例HLA-B27阳性的强直性脊椎炎病人和7例HLA-B27阳性正常对照进行了HLA-B27等位基因的检测,结果显... 为探索强直性脊椎炎与HLA-B27关联机理,建立非同位素地高辛标记的PCR/SSO方法对中国上海地区68例HLA-B27阳性的强直性脊椎炎病人和7例HLA-B27阳性正常对照进行了HLA-B27等位基因的检测,结果显示在病人和正常对照组中B*2704都是最常见的等位基因,各占76.8%和71.4%,B*2705亦是常见的等位基因,分别占20.3%和28.6%,两组间比较差异无显著性;在病人组还检出B*2706和B*2707各1例,提示此两等位基因可能也与AS关联。此结果为研究强直性脊椎炎与HLA-B27关联的机制提供了有用的资料。 展开更多
关键词 强直性脊椎炎 HLA-B27 等位基因
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