By the observation of chloroplast ultrastructure in different period of bract colors of Euphorbia pulcherrima, the paper studied the change of chloroplast ultrastructural in the transition process of bract colors, ide...By the observation of chloroplast ultrastructure in different period of bract colors of Euphorbia pulcherrima, the paper studied the change of chloroplast ultrastructural in the transition process of bract colors, identified the relationship between E.pulcherrima color change and the chloroplast ultrastructure to provide theorical bases for the cultivation management and further study of E. pulcherrima. Ultrastructural study showed that in the process of change from green to red, the chloroplast of bracts disintegrated gradually, lamellar structure was destroyed gradually, and the content of chloroplasts in mesophyll cells was also reduced gradually. When bracts color resumed to turn green gradually, the content of chloroplasts in mesophyll cells was also increased gradually.展开更多
The availability of the plastid genome sequences is one of the bases for comparative,functional,and structural genomic studies of plastid-containing living organisms,in addition to the application
翻白叶树是中国南方的常绿树种,具有重要的经济和药用价值。通过Illumina HiSeq X ten高通量测序平台,对翻白叶树叶绿体基因组进行测序、组装和注释,分析翻白叶树的叶绿体基因组特征及系统发育关系。结果表明,翻白叶树叶绿体全基因组具...翻白叶树是中国南方的常绿树种,具有重要的经济和药用价值。通过Illumina HiSeq X ten高通量测序平台,对翻白叶树叶绿体基因组进行测序、组装和注释,分析翻白叶树的叶绿体基因组特征及系统发育关系。结果表明,翻白叶树叶绿体全基因组具有典型的四分体结构,全长为162843 bp,共注释126个基因,其中包括81个蛋白编码基因、37个tRNA和8个rRNA。密码子偏好性分析表明,翻白叶树的密码子使用模式偏向以A或U结尾,亮氨酸(Leu)密码子使用频率最高,半胱氨酸(Cys)使用率最低。重复序列分析共检测到284个SSR位点,其中单碱基重复的SSR位点最多,有171个,6碱基重复最少,仅有2个。翅子树属叶绿体基因组比较分析显示,反向重复区域的位置和边界区域的基因分布存在收缩与扩张的现象。系统发育分析表明,翻白叶树与景东翅子树、勐仑翅子树、截裂翅子树和蚬木亲缘关系较近。该研究为翻白叶树的分子标记开发、物种鉴定以及遗传多样性评估等研究提供重要的理论依据。展开更多
【目的】研究小果油茶和越南油茶中叶绿体基因组密码子的使用模式,分析并揭示两个物种密码子使用偏好性产生的原因,明确两个物种叶绿体基因组中的最优密码子,为油茶基因组研究和良种培育提供理论依据。【方法】运用Codon W 1.4.2和在线...【目的】研究小果油茶和越南油茶中叶绿体基因组密码子的使用模式,分析并揭示两个物种密码子使用偏好性产生的原因,明确两个物种叶绿体基因组中的最优密码子,为油茶基因组研究和良种培育提供理论依据。【方法】运用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP、MEGA软件等,分析筛选后的小果油茶和越南油茶各52条CDS序列,获得相对同义密码子使用度(RSCU)、有效密码子数(ENC)、密码子适应指数(CAI)、GC碱基含量等参数,再进行相关性分析、中性绘图分析、ENC-plot分析和PR2-plot偏倚分析,并通过RSCU、△RSCU预测两物种高频、高表达的最优密码子。【结果】(1)小果油茶GC含量、ENC和CAI值分别为37.49%、48.561、0.158,越南油茶GC含量、ENC和CAI值分别为37.50%、48.529、0.160,小果油茶中GC_(1)(45.81%)>GC_(2)(38.00%)>GC_(3)(28.64%),越南油茶中GC_(1)(45.88%)>GC_(2)(38.02%)>GC_(3)(28.59%),两物种密码子中GC分布不均,均呈现出偏好首位的特点。(2)小果油茶和越南油茶中分别有23和11个最优密码子,其中分别有22和11个密码子以A或U结尾,表明最优密码子第3位偏好A/U。(3)小果油茶与越南油茶的ENC值分布均在35.64~61.00之间,且均值相差不大,表明两个油茶品种在密码子的使用上有一定的相似性。(4)中性绘图分析、ENC-plot分析和PR2-plot分析表明:两个油茶物种中叶绿体基因组密码子偏好性主要受到自然选择的影响。【结论】小果油茶和越南油茶叶绿体基因组密码子碱基使用偏好性不强,且偏好性主要受到自然选择的影响。小果油茶有23个最优密码子,越南油茶有11个最优密码子,研究结果为进一步探索油茶基因组和良种培育提供理论依据和数据支撑。展开更多
文摘By the observation of chloroplast ultrastructure in different period of bract colors of Euphorbia pulcherrima, the paper studied the change of chloroplast ultrastructural in the transition process of bract colors, identified the relationship between E.pulcherrima color change and the chloroplast ultrastructure to provide theorical bases for the cultivation management and further study of E. pulcherrima. Ultrastructural study showed that in the process of change from green to red, the chloroplast of bracts disintegrated gradually, lamellar structure was destroyed gradually, and the content of chloroplasts in mesophyll cells was also reduced gradually. When bracts color resumed to turn green gradually, the content of chloroplasts in mesophyll cells was also increased gradually.
文摘The availability of the plastid genome sequences is one of the bases for comparative,functional,and structural genomic studies of plastid-containing living organisms,in addition to the application
文摘翻白叶树是中国南方的常绿树种,具有重要的经济和药用价值。通过Illumina HiSeq X ten高通量测序平台,对翻白叶树叶绿体基因组进行测序、组装和注释,分析翻白叶树的叶绿体基因组特征及系统发育关系。结果表明,翻白叶树叶绿体全基因组具有典型的四分体结构,全长为162843 bp,共注释126个基因,其中包括81个蛋白编码基因、37个tRNA和8个rRNA。密码子偏好性分析表明,翻白叶树的密码子使用模式偏向以A或U结尾,亮氨酸(Leu)密码子使用频率最高,半胱氨酸(Cys)使用率最低。重复序列分析共检测到284个SSR位点,其中单碱基重复的SSR位点最多,有171个,6碱基重复最少,仅有2个。翅子树属叶绿体基因组比较分析显示,反向重复区域的位置和边界区域的基因分布存在收缩与扩张的现象。系统发育分析表明,翻白叶树与景东翅子树、勐仑翅子树、截裂翅子树和蚬木亲缘关系较近。该研究为翻白叶树的分子标记开发、物种鉴定以及遗传多样性评估等研究提供重要的理论依据。
文摘【目的】研究小果油茶和越南油茶中叶绿体基因组密码子的使用模式,分析并揭示两个物种密码子使用偏好性产生的原因,明确两个物种叶绿体基因组中的最优密码子,为油茶基因组研究和良种培育提供理论依据。【方法】运用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP、MEGA软件等,分析筛选后的小果油茶和越南油茶各52条CDS序列,获得相对同义密码子使用度(RSCU)、有效密码子数(ENC)、密码子适应指数(CAI)、GC碱基含量等参数,再进行相关性分析、中性绘图分析、ENC-plot分析和PR2-plot偏倚分析,并通过RSCU、△RSCU预测两物种高频、高表达的最优密码子。【结果】(1)小果油茶GC含量、ENC和CAI值分别为37.49%、48.561、0.158,越南油茶GC含量、ENC和CAI值分别为37.50%、48.529、0.160,小果油茶中GC_(1)(45.81%)>GC_(2)(38.00%)>GC_(3)(28.64%),越南油茶中GC_(1)(45.88%)>GC_(2)(38.02%)>GC_(3)(28.59%),两物种密码子中GC分布不均,均呈现出偏好首位的特点。(2)小果油茶和越南油茶中分别有23和11个最优密码子,其中分别有22和11个密码子以A或U结尾,表明最优密码子第3位偏好A/U。(3)小果油茶与越南油茶的ENC值分布均在35.64~61.00之间,且均值相差不大,表明两个油茶品种在密码子的使用上有一定的相似性。(4)中性绘图分析、ENC-plot分析和PR2-plot分析表明:两个油茶物种中叶绿体基因组密码子偏好性主要受到自然选择的影响。【结论】小果油茶和越南油茶叶绿体基因组密码子碱基使用偏好性不强,且偏好性主要受到自然选择的影响。小果油茶有23个最优密码子,越南油茶有11个最优密码子,研究结果为进一步探索油茶基因组和良种培育提供理论依据和数据支撑。
