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题名矩阵相乘Cannon并行算法在工作站机群上的实现
被引量：7
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作者
李小洲
李庆华
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机构
华中科技大学计算机科学学院
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出处
《计算机工程》
CAS
CSCD
北大核心
2002年第6期102-103,107,共3页
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基金
国家高性能基金资助项目(00305)
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文摘
矩阵相乘Cannon并行算法是一个基于分布式存储多处理机模型的并行数值算法,文章研究了它在工作站机群上的实现。在满足负载平衡和减少网络间数据传输的条件下,主要探讨了子任务在工作站上的优化分配策略,最后给出了在PVM并行编程环境下的具体实现方法。
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关键词
矩阵相乘
cannon并行算法
工作站机群
PVM
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Keywords
Matrix multiplecannon parallel algorithmCluster of workstationsPVM
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分类号
TP301.6
[自动化与计算机技术—计算机系统结构]
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题名大规模生物网络马尔可夫聚类的并行化算法
被引量：1
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作者
孙佳敏
朱嘉富
杨伏长
谢江
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机构
上海大学计算机工程与科学学院
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出处
《计算机应用》
CSCD
北大核心
2019年第1期66-71,共6页
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基金
国家重点研发计划重点专项(2016YFC1401900)
上海市自然科学基金资助项目(17ZR1409900)~~
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文摘
马尔可夫聚类算法(MCL)是在大规模生物网络中寻找模块的一个有效方法,能够挖掘网络结构和功能影响力较大的模块。算法涉及到大规模矩阵计算,因此复杂度可达立方阶次。针对复杂度高的问题,提出了基于消息传递接口(MPI)的并行化马尔可夫聚类算法以提高算法的计算性能。首先,生物网络转化成邻接矩阵;然后,根据算法的特性,按照矩阵的规模判断并重新生成新矩阵以处理非平方倍数矩阵的计算;其次,并行计算通过按块分配的方式能够有效地实现任意规模矩阵的运算;最后,循环并行计算直至收敛,得到网络聚类结果。通过模拟网络和真实生物网络数据集的实验结果表明,与全块集体式通信(FCC)并行方法相比,平均并行效率提升了10个百分点以上,因此可以将该优化算法应用在不同类型的大规模生物网络中。
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关键词
消息传递接口
并行化
马尔可夫聚类
cannon算法
大规模生物网络
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Keywords
Message Passing Interface(MPI)
parallelization
Markov clustering
cannon algorithm
large-scale biological network
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分类号
TP301.6
[自动化与计算机技术—计算机系统结构]
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题名关于多核系统并行程序效率的编程因素及其研究
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作者
王文义
冉晓龙
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机构
中原工学院并行处理技术研究所
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出处
《计算机科学》
CSCD
北大核心
2015年第8期28-31,59,共5页
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基金
国家自然科学基金项目(61379079)
河南省基础与前沿技术研究项目(082300410300)资助
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文摘
着重分析了多核架构系统中内存对齐技术与cache利用率等因素对并行程序性能的影响。用共享存储环境OpenMP分析了并行计算量与处理器核心数目之间的关系,通过用MPI编程实现的矩阵相乘的行划分和CANNON算法等实例分析,指出了只有综合考虑了多核系统的结构特征、系统软件、多核编程语言环境以及正确运用算法等,才能设计出高效且能耗又小的并行应用程序。
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关键词
绿色计算
内存对齐
OPENMP
cannon算法
多核处理器
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Keywords
Green computing, Memory alignment, OpenMP, cannon algorithm, Multi-core processor
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分类号
TP302
[自动化与计算机技术—计算机系统结构]
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