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线粒体Cyt b基因对九种穿山甲鉴别力的分析
1
作者 韩松霖 马跃 +4 位作者 李波 刘微 穆佳童 徐艳春 杨淑慧 《野生动物学报》 北大核心 2025年第1期50-62,共13页
为优化穿山甲的分子鉴定方法,采用9种穿山甲54条Cyt b基因完整序列,评估了MEGA11软件中的7种模型和23种碱基替换类型所估算的遗传距离的物种分辨率、Cyt b基因全序列及各区域鉴别力。结果表明:K2P模型和p-distance模型基于颠换(T_(V))... 为优化穿山甲的分子鉴定方法,采用9种穿山甲54条Cyt b基因完整序列,评估了MEGA11软件中的7种模型和23种碱基替换类型所估算的遗传距离的物种分辨率、Cyt b基因全序列及各区域鉴别力。结果表明:K2P模型和p-distance模型基于颠换(T_(V))计算的遗传距离具有最优的物种分辨率;Cyt b基因全序列有较好的物种鉴别能力,其中,第301~400号和第851~950号的2个碱基序位片段组合时具有最高的物种分辨率,是鉴别9种穿山甲的最佳理论区段。现有的方法中推荐使用Kocher等的引物。今后在研发中采用多重PCR结合高通量测序对多片段组合进行分析,将会提高穿山甲的鉴别力。 展开更多
关键词 穿山甲 细胞色素b基因(cyt b) 遗传距离 物种鉴定
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基于线粒体cyt b基因的华南沿海地区5个大刺鳅地理种群的群体遗传多样性研究
2
作者 陈锭娴 林胜跃 +7 位作者 王凯丰 刘兰苑 叶树政 蓝昭军 韩崇 龚剑 桂林 李强 《四川动物》 北大核心 2025年第5期505-514,共10页
为探究华南沿海地区5个大刺鳅Mastacembelus armatus种群的群体遗传多样性和遗传结构,测定分析了155个样本的线粒体cyt b基因。结果显示,cyt b基因序列长1138 bp,包含48个变异位点和28个单倍型,单倍型多样性为0.77200,核苷酸多样性为0.0... 为探究华南沿海地区5个大刺鳅Mastacembelus armatus种群的群体遗传多样性和遗传结构,测定分析了155个样本的线粒体cyt b基因。结果显示,cyt b基因序列长1138 bp,包含48个变异位点和28个单倍型,单倍型多样性为0.77200,核苷酸多样性为0.00590。AMOVA分析显示,其遗传变异主要来源于群体内(62.85%)。系统发育分析显示,所有群体聚成2支:支系Ⅰ包括南流江和红河水系的全部样本,以及郁江、南渡江和鉴江的部分样本;支系Ⅱ则主要由南渡江、郁江和鉴江的另一部分样本组成。由单倍型网络关系图可知,南渡江、郁江、南流江和鉴江种群共享单倍型H5的个体数量最多,推测H5可能是该地区最古老的单倍型,其他单倍型可能由其逐步进化而来。种群核苷酸错配分析和中性检验结果表明,除红河和南流江种群外,其他种群近期未发生过种群扩张事件。本研究结果为华南沿海地区大刺鳅种质资源的保护和合理开发利用提供了参考资料。 展开更多
关键词 大刺鳅 cyt b基因 遗传多样性 遗传结构
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基于Cyt b基因序列的黄斑蓝子鱼群体遗传多样性分析
3
作者 郑鹏 李文俊 +7 位作者 陈锭娴 黄小林 王凯丰 刘兰苑 韩崇 李强 杨育凯 黄忠 《南方水产科学》 北大核心 2025年第4期109-118,共10页
黄斑蓝子鱼(Siganus oramin)养殖群体已出现经济性状衰退和遗传多样性下降问题。为保护野生种质资源,对采自中国东南沿海7个地理群体(湛江北部湾BB、海南文昌WC、阳江沙扒湾SB、深圳大鹏湾DP、深圳大亚湾DY、漳州东山湾DS和宁德三沙湾SS... 黄斑蓝子鱼(Siganus oramin)养殖群体已出现经济性状衰退和遗传多样性下降问题。为保护野生种质资源,对采自中国东南沿海7个地理群体(湛江北部湾BB、海南文昌WC、阳江沙扒湾SB、深圳大鹏湾DP、深圳大亚湾DY、漳州东山湾DS和宁德三沙湾SS)的197尾样本进行线粒体Cyt b基因测序分析,旨在评估野生群体的遗传多样性状况。结果显示,黄斑蓝子鱼的线粒体Cyt b基因全序列长度为1141 bp,包含140个变异位点,81个单倍型,表现出高单倍型多样性(Hd=0.921±0.014)和低核苷酸多样性(Pi=0.0064±0.0010)的特点。遗传距离和遗传分化结果均显示黄斑蓝子鱼群体间未发生明显分化,各地理群体亲缘关系较近。基于Cyt b基因序列构建的NJ树显示,81个单倍型散落分布在一个支系,各群体均未形成明显单系群。单倍型网络分析结果亦表明不同地理区的黄斑蓝子鱼群体间未发生明显分化。AMOVA分析表明,黄斑蓝子鱼遗传分化主要来自群体内部(99.83%)。中性检验结果显示,Fu's Fs值为显著的负值(−24.605,p<0.05);贝叶斯天际线图表明黄斑蓝子鱼短时间内经历了瓶颈效应以及种群扩张事件,推测其扩张时间约为1.577万年前。 展开更多
关键词 线粒体cyt b基因 黄斑蓝子鱼 遗传多样性 种群扩张
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长江流域中华沙塘鳢与河川沙塘鳢基于线粒体Cyt b基因的种群遗传及形态分化研究
4
作者 王雪 刘怡然 +5 位作者 任艳 谢德兵 周莉 李波 王守荣 朱思华 《水生生物学报》 北大核心 2025年第11期28-39,共12页
研究基于线粒体Cyt b基因,对中华沙塘鳢和河川沙塘鳢进行群体遗传学研究,并利用传统形态学参数与框架结构数据相结合的方法探究二者间的形态差异。遗传多样性分析结果表明,采自永州、咸宁及潜江共计3个地点128尾中华沙塘鳢共检测到21个... 研究基于线粒体Cyt b基因,对中华沙塘鳢和河川沙塘鳢进行群体遗传学研究,并利用传统形态学参数与框架结构数据相结合的方法探究二者间的形态差异。遗传多样性分析结果表明,采自永州、咸宁及潜江共计3个地点128尾中华沙塘鳢共检测到21个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.868和0.00407;采自湖州、宣城、南京及安庆共计4个地点195尾河川沙塘鳢共检测到28个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.910和0.02000。基于BI法和ML法构建的单倍型分子系统发育树结果显示,所有沙塘鳢属鱼类聚为1个单系,两物种也各自构成1个单系,且得到较强的支持。中华沙塘鳢识别出2个谱系,河川沙塘鳢识别出3个谱系,二者均呈现明显的地理格局分布。AMOVA结果显示中华沙塘鳢各地理群体间的遗传分化指数为0.463—0.845;河川沙塘鳢各地理群体间的遗传分化指数为0.653—0.930,种群间表现为高度的遗传分化,群体间均存在广泛的地理隔离。中性检验和错配分析表明,中华沙塘鳢咸宁(XN)种群经历过近期的扩张,时间为0.20 Ma,其余群体历史动态分析各方法的结果稍有差异,显示种群历史相对复杂。综合形态分析结果,中华沙塘鳢和河川沙塘鳢存在明显形态差异。主成分分析结果显示二者间仅少量个体有重叠,绝大部分个体能较好分开。判别分析获得综合判别准确率为95.7%,判别效果极显著(P<0.01),研究建立的判别公式可以进行两种鱼类的简单判别。通过主成分分析和判别分析识别出对种间差异最具贡献的8个形态特征变量,分别是眼后头长、第一背鳍长、第一背鳍基长、胸鳍长、BH、BI、CD、CG,大多与鳍条和躯干部的特征相关。本研究中,形态分化(Q_(ST))与遗传分化(F_(ST))之间没有显著相关性,但统计分析表明两种沙塘鳢属鱼类种间以及种群间的遗传分化程度显著大于其形态分化程度,表明表型在不同的群体中受到偏向的选择。 展开更多
关键词 形态分化 cyt b 遗传多样性 主成分分析 判别分析 中华沙塘鳢 河川沙塘鳢
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基于线粒体Cyt b基因序列的4个黄尾鲴养殖群体遗传多样性分析
5
作者 刘士力 陈大伟 +7 位作者 朱鹏灿 郑建波 夏冯博 程顺 蒋文枰 迟美丽 杭小英 李飞 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第2期342-347,共6页
黄尾鲴(Xenocypris davidi)是浙江省自然水域增殖放流的主要鱼类,为了解人工繁育对黄尾鲴遗传多样性的影响,利用线粒体DNA细胞色素b基因(Cyt b)对4个养殖群体的遗传多样性进行研究,旨在为黄尾鲴增殖放流策略制定和实施提供基础数据。结... 黄尾鲴(Xenocypris davidi)是浙江省自然水域增殖放流的主要鱼类,为了解人工繁育对黄尾鲴遗传多样性的影响,利用线粒体DNA细胞色素b基因(Cyt b)对4个养殖群体的遗传多样性进行研究,旨在为黄尾鲴增殖放流策略制定和实施提供基础数据。结果显示,在编码Cyt b的1 140 bp序列中,检测到157个变异位点,界定了21种单倍型,其中长兴、双浦、八里店和醴陵群体的单倍型数目分别为10个、11个、7个和2个,单倍型多样性介于0.226~0.794,核苷酸多样性介于0.006 14~0.023 86。除醴陵群体遗传多样性较低外,其余3个养殖群体的遗传多样性具有高单倍型数和高核苷酸多样性的特点。4个黄尾鲴养殖群体间的遗传距离为0.018 74~0.092 74,遗传分化指数为0.808 63(P<0.01),其中长兴和八里店群体的分化程度较低,双浦和醴陵群体的分化程度较高,且遗传变异主要发生在群体间。本研究结果可从分子水平为黄尾鲴的资源保护和人工增殖放流提供参考依据。 展开更多
关键词 黄尾鲴 养殖群体 cyt b基因 遗传多样性
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基于Cyt b基因的江苏省湖泊鳙群体遗传多样性和遗传结构研究
6
作者 李大命 刘燕山 +3 位作者 唐晟凯 谷先坤 殷稼雯 朱凛 《水产养殖》 CAS 2024年第6期11-16,共6页
为了解江苏省湖泊鳙群体遗传资源现状,科学地开展鳙增殖放流,采用线粒体Cyt b基因,分析了6个湖泊群体、223个个体的遗传多样性和遗传结构。结果表明,223条Cyt b序列共有10个变异位点,定义9个单倍型,单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)... 为了解江苏省湖泊鳙群体遗传资源现状,科学地开展鳙增殖放流,采用线粒体Cyt b基因,分析了6个湖泊群体、223个个体的遗传多样性和遗传结构。结果表明,223条Cyt b序列共有10个变异位点,定义9个单倍型,单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为(0.725±0.017)和(0.00191±0.00080),整个鳙群体呈现出高Hd和低Pi的遗传多样性模式。6个群体的单倍型多样性为(0.625±0.077)~(0.771±0.032),核苷酸多样性为(0.00159±0.00027)~(0.00221±0.00011)。分子方差分析结果显示,遗传变异主要来源于群体内部(97.17%),总遗传分化系数(Fst)为0.0283。群体间Fst为-0.0258~0.0907,遗传距离为0.0016~0.0022,表明6个群体间遗传分化水平较低。中性检验结果和错配分布分析表明,鳙群体保持稳定,未经历群体扩张。指出,鳙群体遗传多样性较低,遗传结构趋于同质化,需要采取措施,提高湖泊鳙群体遗传多样性。 展开更多
关键词 鳙 cyt b基因 遗传多样性 遗传结构 增殖放流 江苏省湖泊
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基于线粒体Cyt b基因和D-loop区分析元江鲤和杞麓鲤群体遗传结构 被引量：2
7
作者 张铭枭 赵玉姣 +6 位作者 姚创 刘霄 黄松茂 李红涛 代忠礼 武祥伟 孔令富 《水产学杂志》 CAS 2024年第3期13-21,共9页
本文利用线粒体Cyt b基因和D-loop区部分序列,分析元江鲤(Cyprinus carpio yuankiang)和杞麓鲤(Cyprinus carpio chilia)群体的遗传结构。结果表明,在两个鲤群体中均获得929 bp的Cyt b基因序列和650 bp的D-Loop区序列。两个群体间平均... 本文利用线粒体Cyt b基因和D-loop区部分序列,分析元江鲤(Cyprinus carpio yuankiang)和杞麓鲤(Cyprinus carpio chilia)群体的遗传结构。结果表明,在两个鲤群体中均获得929 bp的Cyt b基因序列和650 bp的D-Loop区序列。两个群体间平均遗传距离为0.00595(Cyt b)、0.00852(D-loop)。Cyt b基因共检测出元江鲤3种、杞麓鲤15种单倍型,两个群体共享两个单倍型(C-Hap1和C-Hap3);D-loop区序列共检测出元江鲤3种、杞麓鲤6种单倍型,两个群体共享两个单倍型(D-Hap1和D-Hap2)。元江鲤和杞麓鲤群体单倍型多样性(Hd)分别为0.30±0.10(Cyt b)、0.25±0.10(D-loop)和0.89±0.04(Cyt b)、0.73±0.05(D-loop)。元江鲤和杞麓鲤群体核苷酸多样性(π)分别为0.12±0.04(Cyt b)、0.12±0.09(D-loop)和0.77±0.09(Cyt b)、0.87±0.07(D-loop),杞麓鲤遗传多样性水平明显高于元江鲤群体。分子方差分析(AMOVA)显示,两个群体间有明显的遗传分化,且遗传变异主要来源于群体间。系统发育分析显示,元江鲤群体单倍型较少,类型较单一,与杞麓鲤群体差异大,多数元江鲤样本单倍型属于华南鲤(Cyprinus carpio rubrofuscus)类型;多数杞麓鲤样本具特有单倍型,部分属于华南鲤、远东鲤(Cyprinus carpio haematopterus)类型。结果表明,杞麓鲤与元江鲤群体遗传分化明显,元江鲤线粒体遗传多样性较低。 展开更多
关键词 元江鲤 杞麓鲤 cyt b基因 D-LOOP区 群体遗传结构 遗传多样性
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基于cyt b基因序列的花斑副沙鳅种群遗传多样性比较研究
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作者 胡西庚 崔韵文 +2 位作者 黎明政 谢碧文 张富铁 《四川动物》 北大核心 2024年第3期241-250,共10页
为了解花斑副沙鳅Parabotia fasciata的种质资源现状,基于cyt b基因序列比较分析了长江水系4个野生群体和5个养殖群体的遗传多样性水平。结果显示,208个样本共检测到29个单倍型,38个多态位点。群体总体单倍型多态性较高(Hd=0.711),核苷... 为了解花斑副沙鳅Parabotia fasciata的种质资源现状,基于cyt b基因序列比较分析了长江水系4个野生群体和5个养殖群体的遗传多样性水平。结果显示,208个样本共检测到29个单倍型,38个多态位点。群体总体单倍型多态性较高(Hd=0.711),核苷酸多态性较低(Pi=0.00235),但野生群体(Hd=0.602,Pi=0.00374)的遗传多样性显著大于养殖群体(Hd=0.381,Pi=0.00091),说明养殖群体需要增加亲本资源。中性检验、错配分布和贝叶斯天际图结果表明,野生群体在历史上经历了种群扩张。赤水群体的单倍型最多,遗传多样性最高(Hd=0.836,Pi=0.00899),与其他群体遗传距离大,说明赤水河的花斑副沙鳅资源较丰富,且已形成相对独立、稳定的地理种群,种质优良,适合用作人工繁殖和新品系创制的种源。 展开更多
关键词 花斑副沙鳅 cyt b基因 遗传多样性
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基于cyt b基因序列的光唇鱼群体遗传多样性和遗传结构分析
9
作者 钟天星 袁一鑫 +7 位作者 王逸飞 杨金权 周佳俊 汪勇翔 张渝 涂晓贤 李家乐 任建峰 《四川动物》 北大核心 2024年第6期656-663,共8页
为了解光唇鱼Acrossocheilus fasciatus自然分布的不同地理群体遗传多样性和遗传结构,基于cyt b基因序列,对浙江省的苕溪、金华江、曹娥江、椒江和安徽省的新安江、青弋江共6个水系的116尾光唇鱼进行分析。结果显示,116条cyt b基因序列... 为了解光唇鱼Acrossocheilus fasciatus自然分布的不同地理群体遗传多样性和遗传结构,基于cyt b基因序列,对浙江省的苕溪、金华江、曹娥江、椒江和安徽省的新安江、青弋江共6个水系的116尾光唇鱼进行分析。结果显示,116条cyt b基因序列定义了12个单倍型,光唇鱼6个群体的单倍型多样性为0~0.648,核苷酸多样性为0~0.004 35,除曹娥江群体呈现高单倍型多样性和低核苷酸多样性的特点外,其他群体均呈现出低单倍型多样性和低核苷酸多样性的特点。遗传分化指数分析显示,除苕溪与椒江群体间属中度遗传分化外,其余各群体间均属于极大的遗传分化(P<0.01)。基于单倍型序列构建的系统发育树显示,新安江、金华江、曹娥江、苕溪和椒江5个群体的单倍型混杂在一起聚为一支,青弋江群体不同单倍型聚为一支。遗传距离分析结果显示,青弋江群体与其他群体间的遗传距离均大于0.03。综合遗传距离、遗传分化指数和单倍型系统发育树结果,青弋江群体与其他群体间产生了明显的遗传分化。核苷酸错配分布和中性检验结果显示,光唇鱼近期并未经历种群扩张事件。本研究结果为光唇鱼种质资源保护与利用、增殖放流和良种选育等相关工作提供了理论依据。 展开更多
关键词 光唇鱼 cyt b基因 遗传多样性 遗传结构
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基于cyt b基因分析河南省4大水系红鳍原鲌种群的遗传多样性 被引量：1
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作者 吕海敏 冯慧敏 +4 位作者 汤永涛 刘如垚 丁琪琪 聂国兴 周传江 《四川动物》 北大核心 2024年第2期163-171,共9页
选用长江、黄河、淮河、海河4大水系的红鳍原鲌Cultrichthys erythropterus样本共100尾,基于cyt b基因分析其种群的遗传多样性、遗传结构及种群历史动态等。结果显示:河南省4大水系红鳍原鲌种群整体单倍型多态性为0.909,整体核苷酸多样... 选用长江、黄河、淮河、海河4大水系的红鳍原鲌Cultrichthys erythropterus样本共100尾,基于cyt b基因分析其种群的遗传多样性、遗传结构及种群历史动态等。结果显示:河南省4大水系红鳍原鲌种群整体单倍型多态性为0.909,整体核苷酸多样性为0.004 88,具有较高的遗传多样性;4个水系均有特有单倍型,这表明红鳍原鲌种群的遗传分化数值较大,遗传分化程度较高;通过构建和分析系统发育树、贝叶斯系统发生树和单倍型网络图,发现河南省4大水系红鳍原鲌种群间谱系分化不明显,且无明显的地理结构;AMOVA分析显示,种群内的变异占72.11%,组间的变异占4.63%,表明变异主要发生在种群内;Tajima’s D和Fu’s F_S分析结果表明,河南省红鳍原鲌种群近期未发生过种群扩张事件。本文研究和分析了河南省境内红鳍原鲌种群遗传多样性和遗传结构,为河南省红鳍原鲌种质资源的保护和合理开发利用提供了参考。 展开更多
关键词 红鳍原鲌 cyt b基因 遗传多样性 遗传结构
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赤眼鳟线粒体D-loop和Cyt b基因序列的对比分析 被引量：19
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作者 杨慧荣 赵会宏 +2 位作者 蒙子宁 刘丽 林权卓 《中山大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期100-106,136,共8页
研究了长江和珠江野生赤眼鳟Squaliobarbus curriculus共4个群体24个个体的线粒体控制区(D-loop)和细胞色素b(Cyt b)基因序列,通过PCR扩增与测序,分别获得了长度为598 bp和752 bp的D-loop和Cyt b基因片段。分析表明,D-loop序列共定义了1... 研究了长江和珠江野生赤眼鳟Squaliobarbus curriculus共4个群体24个个体的线粒体控制区(D-loop)和细胞色素b(Cyt b)基因序列,通过PCR扩增与测序,分别获得了长度为598 bp和752 bp的D-loop和Cyt b基因片段。分析表明,D-loop序列共定义了18个单倍型,存在34个简约信息位点,67个多态性位点,发生转换40次,颠换15次,插入/缺失14次。A、T、C、G平均含量分别为33.7%、35.1%、17.5%、13.7%。Cyt b序列共定义了18个单倍型,存在68个简约信息位点,72个多态性位点,发生转换60次,颠换15次,无插入/缺失位点。A、T、C、G平均含量分别为29.3%、26.4%、29.8%、14.5%。Cyt b除简约信息位点百分比大于D-loop外,多态位点百分比和单突变位点百分比均小于D-loop,说明D-loop具有较快的进化速率。D-loop序列的单倍型多样性(H)、平均核苷酸差异数(K)、核苷酸多样性(π)分别0.963 8、16.543 5和0.028 4,Cyt b的H、K和π分别为0.971 0、31.855 1和0.042 6,显示赤眼鳟具有较高的遗传多样性水平,且遗传变异主要存在于群体间。分析群体间的遗传距离和FST值,D-loop和Cyt b都一致表明:长江和珠江水系间存在明显的遗传分化,系统树和分子变异等级分析(AMOVA)也支持这一观点。同一水系群体间的遗传差异较小,Cyt b则更小;不同水系群体间的遗传差异较大,Cyt b则更大。故,Cyt b呈现出"小则越小,大则越大"的态势。分析其原因,可能与D-loop和Cyt b进化速率密切相关。 展开更多
关键词 赤眼鳟 线粒体 D-LOOP cyt b 遗传变异 对比分析
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黄河裸裂尻鱼群体遗传结构和Cyt b序列变异 被引量：30
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作者 赵凯 杨公社 +1 位作者 李俊兵 何舜平 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期129-133,共5页
测定了来自黄河上游和柴达木盆地托索湖的裸裂尻鱼共16个个体的Cytb基因全序列(1141bp),探讨了种群结构和遗传多样性。用MEGA2.1软件分析了碱基组成和序列变异;以青海湖裸鲤、花斑裸鲤和极边扁咽齿鱼为外类群,用PAUP*4.0b10程序构建了... 测定了来自黄河上游和柴达木盆地托索湖的裸裂尻鱼共16个个体的Cytb基因全序列(1141bp),探讨了种群结构和遗传多样性。用MEGA2.1软件分析了碱基组成和序列变异;以青海湖裸鲤、花斑裸鲤和极边扁咽齿鱼为外类群,用PAUP*4.0b10程序构建了单倍型NJ树;用Arlequin Ver.2000程序计算了群体间遗传变异值(Fst)和Nm值以及群体分化概率值。结果显示,来自柴达木水系托索湖的裸裂尻鱼没有形成单系群,Fst=0.204(P<0.05),Nm=1.95。初步判断,黄河和柴达木水系托索湖的裸裂尻鱼未显著分化,支持将柴达木裸裂尻鱼(Schizopygopsis kessleri)归并入黄河裸裂尻鱼(Schizopygopsis pylzovi)的形态学结果。两种群核苷酸多样度(π)分别为0.0012和0.0026,表现为较低水平。根据校正的分子钟推测,黄河和托索湖裸裂尻鱼群体分歧时间为距今7万年左右的更新世末期,结合地理分布的资料和古地质事件,对黄河裸裂尻鱼群体分布水系间的历史联系进行了分析。 展开更多
关键词 黄河裸裂尻鱼 柴达木裸裂尻鱼 遗传结构 遗传多样性 cyt b
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基于线粒体cox1和Cyt b基因对四川地区多头带绦虫的种群遗传多样性研究 被引量：22
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作者 郝桂英 杨应东 +1 位作者 周英姿 杨光友 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期631-638,共8页
为研究四川地区多头带绦虫的种群遗传多样性和系统发生关系,用线粒体cox1基因和Cyt b基因全序列分析了20株四川山羊源多头蚴(11株寄生于脑,9株寄生于肌间)的遗传变异,并构建了系统发育树。结果显示:20株多头蚴cox1和Cyt b基因全序列长... 为研究四川地区多头带绦虫的种群遗传多样性和系统发生关系,用线粒体cox1基因和Cyt b基因全序列分析了20株四川山羊源多头蚴(11株寄生于脑,9株寄生于肌间)的遗传变异,并构建了系统发育树。结果显示:20株多头蚴cox1和Cyt b基因全序列长度分别为1 623和1 068bp,分别有59个和9个变异位点,其碱基变异率分别为0.1%~2.5%和0.1%~0.7%;分别检测到17个和6个单倍型,总的单倍型多样性分别为0.968±0.033和0.737±0.068,核苷酸多样性分别为0.005 98±0.001 33和0.003 06±0.000 79,平均遗传距离分别为0.006和0.003。构建的系统进化树均显示来源于脑部和肌间的20株四川山羊源多头蚴与多头带绦虫同在一个支系,均为多头带绦虫,且多头带绦虫四川分离株与伊朗、土耳其分离株亲缘关系较近,而与中国甘肃、中国广州、意大利分离株亲缘关系较远。研究结果表明线粒体cox1和Cyt b基因均可作为检测多头带绦虫种群遗传多样性的有效分子标记,且Cyt b基因的多样性水平低于cox1基因。 展开更多
关键词 多头带绦虫 cox1基因 cyt B基因 遗传多样性 四川
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中国3个不同地域藏族群体线粒体ATP6、ATP8和Cyt b基因的比较：探查自然选择在基因组的印记 被引量：9
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作者 顾明亮 汪业军 +2 位作者 史磊 张永彪 褚嘉祐 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期147-152,共6页
线粒体基因组(Mitochondrial DNA,mtDNA)具有区别于核基因组的诸多特性(例如缺乏重组等),在人类进化历史的研究领域具有巨大的应用价值。文章通过对3个不同地域藏族群体线粒体基因组的ATP6、ATP8和Cytb基因约2kb区域的测序研究发现:随... 线粒体基因组(Mitochondrial DNA,mtDNA)具有区别于核基因组的诸多特性(例如缺乏重组等),在人类进化历史的研究领域具有巨大的应用价值。文章通过对3个不同地域藏族群体线粒体基因组的ATP6、ATP8和Cytb基因约2kb区域的测序研究发现:随着海拔的增加,3个基因的全序列、ATP6和ATP8基因逐渐偏离中性模式,但未呈现显著性差异;随着海拔的降低,Cytb基因受到纯化选择的作用逐渐增大;ATP6基因可能存在适应性选择,并且随着海拔的增高呈现出适应性选择增强的趋势;选择的主要因素应该是该群体所处的特殊的地理环境,即不同的地理环境具有直接的选择作用。 展开更多
关键词 藏族群体 线粒体基因 ATP6 ATP8 cyt b 自然选择
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4种鳕鱼线粒体16SrRNA、COI和Cytb基因片段序列的比较研究 被引量：50
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作者 毕潇潇 高天翔 +1 位作者 肖永双 李永振 《南方水产》 2009年第3期46-52,共7页
对狭鳕(Theragra chalcogramma)、太平洋鳕(Gadus macrocephalus)、蓝鳕(Micromesistius poutassou)和远东宽突鳕(Eleginus gracilis)4种不同属鳕鱼的线粒体16S rRNA、Cytochrome oxidase subunit I(COI)和细胞色素b(Cytb)基因片段序列... 对狭鳕(Theragra chalcogramma)、太平洋鳕(Gadus macrocephalus)、蓝鳕(Micromesistius poutassou)和远东宽突鳕(Eleginus gracilis)4种不同属鳕鱼的线粒体16S rRNA、Cytochrome oxidase subunit I(COI)和细胞色素b(Cytb)基因片段序列进行了测定,分析比较了不同鳕鱼种间的序列差异。通过PCR扩增和序列测定,得到4种鳕鱼线粒体3个基因片段的总长度分别为539bp(16S rRNA)、601bp(COI)和385bp(Cytb),其基因片段的A+T含量都较高。4种鳕鱼种内个体间序列变异较小,3个基因片段的核苷酸替代速率依次为Cytb>COI>16S rRNA。Cytb基因片段序列的分析结果显示太平洋鳕和狭鳕间分歧时间约为219万年,发生于中新世(Mio-cene);宽突鳕与蓝鳕间分歧时间约为653万年,发生在上新世(Pliocene)。根据遗传距离构建的NJ系统树表明,狭鳕与太平洋鳕的亲缘关系较近,与蓝鳕的亲缘关系较远。 展开更多
关键词 鳕鱼 16S rRNA基因 COI基因 cyt b基因 序列分析
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中国3个牛种cyt b基因多态性及其系统发育研究 被引量：13
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作者 蔡欣 陈宏 +2 位作者 雷初朝 胡沈荣 苏利红 《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2007年第2期43-46,52,共5页
基于mtDNA cyt b基因全长序列,对中国黄牛、牦牛和水牛的遗传多态性和系统发育关系进行了分析。结果表明,中国黄牛、牦牛和水牛cyt b基因序列中碱基A和T的含量均比较高,A+T的平均含量分别为56.6%,58.2%和56.0%。黄牛在cyt b基因全长序... 基于mtDNA cyt b基因全长序列,对中国黄牛、牦牛和水牛的遗传多态性和系统发育关系进行了分析。结果表明,中国黄牛、牦牛和水牛cyt b基因序列中碱基A和T的含量均比较高,A+T的平均含量分别为56.6%,58.2%和56.0%。黄牛在cyt b基因全长序列具有较丰富的核苷酸多样性(Pi=0.016 84),水牛的核苷酸多样性相对贫乏(Pi=0.003 51),牦牛的核苷酸多样性介于二者之间(Pi=0.012 28)。中国黄牛与牦牛和欧洲野牛之间的亲缘关系相对较近,而与水牛间的亲缘关系则相对较远,黄牛有普通牛和瘤牛2个母系起源;中国牦牛和斑腾牛以及羯牛的亲缘关系相对较近;中国水牛和沼泽型水牛具有较近的亲缘关系,也可能有2个或者2个以上的母系起源。 展开更多
关键词 中国黄牛 中国牦牛 中国水牛 cyt b基因 遗传多态性
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基于线粒体COI和Cyt b基因序列对新疆两水系斑重唇鱼遗传结构的分析 被引量：12
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作者 杨天燕 孟玮 +2 位作者 马燕武 蔡林钢 郭焱 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2014年第4期41-47,共7页
采用线粒体COI和Cyt b基因序列分析相结合的方法,对伊犁河和塔里木河水系6个斑重唇鱼(Diptychus maculates)群体遗传差异和分化水平进行了比较研究。AMOVA分析结果显示,斑重唇鱼群体间遗传差异显著大于群体内,群体平均遗传分化指数ΦST... 采用线粒体COI和Cyt b基因序列分析相结合的方法,对伊犁河和塔里木河水系6个斑重唇鱼(Diptychus maculates)群体遗传差异和分化水平进行了比较研究。AMOVA分析结果显示,斑重唇鱼群体间遗传差异显著大于群体内,群体平均遗传分化指数ΦST分别为0.980 2(COI)和0.886 3(Cyt b),除伊犁河水系两群体差异不显著外(P>0.05),其他两两群体间遗传差异均显著。基于Kimura双参数法计算群体间平均遗传距离发现,不仅两水系间群体存在差异,塔里木河水系内部群体也产生了较大的遗传分化。单倍型网络图和系统关系树显示库玛拉克河群体存在两组不同单倍型类群,分别与伊犁河和塔里木河水系单倍型聚类。根据分子钟假说,基于Cyt b基因序列推算斑重唇鱼两支系发生分歧的时间大约在2.41 Ma年的上新世末到更新世初。天山第四纪构造运动第一幕可能是两水系斑重唇鱼发生遗传分化的重要原因,而塔里木河水系群体发生遗传分化可能与塔克拉玛干沙漠的阻隔有关。 展开更多
关键词 斑重唇鱼( Diptychus maculates) 伊犁河 塔里木河 COI基因 cyt B基因 遗传结构
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从Cyt b基因全序列分析中国10个黄牛品种的系统进化关系 被引量：21
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作者 蔡欣 陈宏 +4 位作者 雷初朝 王珊 张志清 薛恺 王新庄 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期168-171,共4页
基于Cyt b基因全长序列,对我国10个地方黄牛品种的遗传多态性和系统发育关系进行了分析.中国黄牛Cyt b基因序列富含碱基A和T,A+T平均含量为56.7%,密码子第3位点核苷酸表现出较强的碱基组成偏倚,该位点上G的含量最低,为3.5%,而A的含量最... 基于Cyt b基因全长序列,对我国10个地方黄牛品种的遗传多态性和系统发育关系进行了分析.中国黄牛Cyt b基因序列富含碱基A和T,A+T平均含量为56.7%,密码子第3位点核苷酸表现出较强的碱基组成偏倚,该位点上G的含量最低,为3.5%,而A的含量最高,为44.6%,核苷酸组成偏差指数为0.45.在47个个体1 140 bp的序列中检测到30个变异位点,约占核苷酸总数的2.63%,密码子第3位点的突变率(76.7%)远高于第1位点(16.7%)和第2位点(6.6%),第2位点的非同义替代率(100%)远高于第1位点(40%)和第3位点(4.3%).定义了15种单倍型.将10个品种作为一个大的种群分析时,发现中国黄牛Cyt b基因具有较高的单倍型多样性(Hd=0.783±0.046)和一定程度的核苷酸多样性(Pi=0.00828±0.00030),这与中国黄牛地理分布广、种群庞大和起源复杂有关系.基于Kimura 2-parameter距离采用UPGMA法构建的10个黄牛品种分子系统树中将47个个体分别与瘤牛和普通牛聚在一起,说明中国黄牛主要起源于瘤牛和普通牛.北方牛受普通牛的影响较大,南方牛受瘤牛的影响较大,但是对于亲缘关系复杂的中原地区黄牛而言,瘤牛和普通牛对它们的影响力大小因品种而异,因而它们分别和北方牛和南方牛之间的亲缘关系远近程度也存在差异.不同品种之间的亲缘关系差异可能与它们的地理分布差异具有一定的关系. 展开更多
关键词 黄牛 cyt B基因 遗传多态性 系统进化
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苏云金杆菌Bt-59菌株Cry/Cyt毒素蛋白鉴定及杀虫活性 被引量：7
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作者 韩光杰 徐灵环 +5 位作者 李传明 刘琴 彭琦 徐彬 宋福平 徐健 《中国生物防治学报》 CSCD 北大核心 2020年第3期458-464,共7页
苏云金杆菌以色列亚种(Bacillus thuringiensis subsp. israelensis,Bti)是防治蚊幼虫的重要病原细菌,不同菌株间毒素蛋白种类和分布不尽相同。本研究利用苏云金杆菌以色列亚种Bt-59菌株的全基因组数据,对潜在的毒素基因种类、分布及菌... 苏云金杆菌以色列亚种(Bacillus thuringiensis subsp. israelensis,Bti)是防治蚊幼虫的重要病原细菌,不同菌株间毒素蛋白种类和分布不尽相同。本研究利用苏云金杆菌以色列亚种Bt-59菌株的全基因组数据,对潜在的毒素基因种类、分布及菌株杀虫活性进行了分析。结果表明,Bt-59菌株除了含有Bti标准菌株主要毒素基因外,还含有Cry4-like基因,且Cry10Aa和Cyt1Ca基因在质粒4上发生了易位。质粒5上的Cry60Aa和Cry60Ba基因编码的毒素蛋白含有ETXMTX2结构域,并与苏云金杆菌jegathesan亚种的同源蛋白一致性为100%。Cyt1Ca蛋白除了含有Bacthurtoxin结构域外,还含有2个串联的RicinBlectin2结构域。菌株Bt-59对蚊幼虫具有较高的杀虫活性,对白纹伊蚊Aedes albopictus和淡色库蚊Culex pipiens pallens的LC50分别为1.239μL/L和0.341μL/L。研究结果明确了菌株Bt-59毒素蛋白的种类和特征,为菌株遗传改良提供理论基础。 展开更多
关键词 苏云金杆菌 Cry蛋白 cyt蛋白 蚊子 生物防治
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缺氧缺血性脑病新生大鼠心肌Caspase-3、Cyt C蛋白表达与心肌细胞凋亡的关系 被引量：7
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作者 刘英 郭世杰 +1 位作者 韩军 周文莉 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第9期844-847,854,共5页
目的：探讨缺氧缺血性脑病（HIE）新生大鼠心肌Caspase-3、Cyt C蛋白的表达及其与心肌细胞凋亡的关系。方法：7日龄新生大鼠制备HIE经典模型。分为HIE组和假手术对照（NC）组,两组分别于HIE后1小时、4小时、12小时、24小时、48小时、72... 目的：探讨缺氧缺血性脑病（HIE）新生大鼠心肌Caspase-3、Cyt C蛋白的表达及其与心肌细胞凋亡的关系。方法：7日龄新生大鼠制备HIE经典模型。分为HIE组和假手术对照（NC）组,两组分别于HIE后1小时、4小时、12小时、24小时、48小时、72小时、7天取心脏组织,应用免疫组织化学法检测心肌组织Caspase-3、Cyt C蛋白的表达;应用TUNEL法检测心肌细胞凋亡。结果：HIE组24小时Caspase-3出现阳性细胞表达增多,48小时达高峰,24小时~7天Caspase-3的表达均明显高于NC组（P〈0.05）。HIE组24小时Cyt C出现较多的阳性细胞表达,72小时达高峰,至7天时仍高于NC组（P〈0.05）。HIE组12小时心肌阳性凋亡细胞开始增多,72小时达高峰,12~72小时各时间点阳性凋亡细胞明显高于NC组（P〈0.05）。Cas-pase-3、Cyt C蛋白表达与凋亡细胞数二者之间均呈直线正相关。结论：HIE新生大鼠心肌细胞Caspase-3、Cyt C蛋白表达增加,提示Caspase-3、Cyt C蛋白表达对心肌细胞凋亡起促进作用。 展开更多
关键词 CASPASE-3 cyt C 凋亡 缺氧缺血性脑病 新生 大鼠 心肌细胞
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