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沙门氏菌CTX-M型超广谱β-内酰胺酶基因分型及变异研究 被引量:4
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作者 余菊 徐红红 +5 位作者 申永秀 王艳 张小荣 曹永忠 吴艳涛 巢国祥 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期594-598,共5页
目的通过对不同血清型中沙门氏菌中CTX-M型超广谱β-内酰胺酶分子基因型别、脉冲场凝胶电泳(PFGE)溯源分析及CTX-M氨基酸位点变异情况,研究CTX-M各型别流行特征及在超级耐药克隆中的作用。方法对来源于江苏及周围地区的61株CTX-M阳性的... 目的通过对不同血清型中沙门氏菌中CTX-M型超广谱β-内酰胺酶分子基因型别、脉冲场凝胶电泳(PFGE)溯源分析及CTX-M氨基酸位点变异情况,研究CTX-M各型别流行特征及在超级耐药克隆中的作用。方法对来源于江苏及周围地区的61株CTX-M阳性的肠炎沙门氏菌(S.enteritidis)、印第安纳沙门氏菌(S.indiana)、汤卜逊沙门氏菌(S.thompson)等进行CTX-M型别鉴定、PFGE分子分型、全基因测序对不同型别CTX-M氨基酸位点变异分析。结果61株菌株分为3个CTX-M群6个型。S.indiana含有6种CTX-M基因型,主要型别是CTX-M-65和CTX-M-55;S.enteritidis和S.thompson主要型分别为CTX-M-55、CTX-M-65。PFGE聚类分型有19个型。A2型是携带CTX-M-55型S.enteritidis;B4、B8、B9型是携带CTX-M-55型或CTX-M-65型的S.indiana;D2为携带CTX-M-65型的S.thompson。CTX基因组序列分析显示,在CTX-M-1群、CTX-M-9群、CTX-M-64群易变化氨基酸位点分别是4、3、12个。结论本地区主要CTX型别为CTX-M-55型或CTX-M-65型,S.indiana是CTX基因主要来源。位于质粒上的CTX-M基因复杂且多变是S.indiana超级耐药克隆形成并广泛流行重要原因之一。 展开更多
关键词 沙门氏菌 PFGE分型 ctx-m基因型 ctx-m氨基酸序列变异
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猪繁殖与呼吸综合征病毒缺失变异株的基因组特征 被引量:92
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作者 高志强 郭鑫 +2 位作者 杨汉春 陈艳红 查振林 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第6期578-584,共7页
对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)分离株HB-2(sh)/2002的全基因组序列进行了测定与分析.该毒株基因组全长为15 373 nt(不包括PolyA尾),与国内外美洲型PRRSV分离株全序列相似性介于88.7%~95.1%之间.序列分析表明,该毒株是1个天然存在缺... 对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)分离株HB-2(sh)/2002的全基因组序列进行了测定与分析.该毒株基因组全长为15 373 nt(不包括PolyA尾),与国内外美洲型PRRSV分离株全序列相似性介于88.7%~95.1%之间.序列分析表明,该毒株是1个天然存在缺失的变异毒株,其ORF1a的Nsp2存在编码12个氨基酸的连续36个核苷酸的缺失,ORF3存在编码1个氨基酸的3个核苷酸的缺失.这是国内外首次发现PRRSV存在缺失变异现象,研究结果补充和丰富了PRRSV毒株的基因组信息数据,为深入研究该毒株的遗传与变异及其与生物学特性的关系奠定了基础. 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 基因组特征 缺失 变异 PRRSV 全基因组序列 序列相似性 生物学特性 变异毒株 首次发现 信息数据 研究结果 分离株 国内外 核苷酸 氨基酸 分析表 编码 全长 遗传
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广西猪瘟病毒E2基因克隆及序列分析 被引量:5
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作者 陆增荣 张民秀 +9 位作者 肖雄 王艺 刘芳 刘欢 卢冰霞 刘磊 郭旋 黎木兰 黄福标 黄伟坚 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期528-531,共4页
【目的】了解广西猪瘟病毒(CSFV)流行毒株的变异规律及其与疫苗株的基因差异,为正确选择猪瘟疫苗和防制广西猪瘟提供参考依据。【方法】以广西本地的阳性猪瘟病料为研究对象,应用RT-PCR扩增CSFV的E2基因,经克隆、测序后用DNASTAR软件对... 【目的】了解广西猪瘟病毒(CSFV)流行毒株的变异规律及其与疫苗株的基因差异,为正确选择猪瘟疫苗和防制广西猪瘟提供参考依据。【方法】以广西本地的阳性猪瘟病料为研究对象,应用RT-PCR扩增CSFV的E2基因,经克隆、测序后用DNASTAR软件对其序列进行比对分析,并绘制遗传进化树。【结果】从41份疑似猪瘟病料中共扩增出4个阳性样品的E2基因(1140bp),经序列比对分析发现,扩增获得的4株CSFV毒株(GXGG1、GXLC1、GXLC2和GXNN1)与兔化弱毒株(HCLV)、Shimen强毒株的核苷酸同源性为82.1%~82.3%和82.9%~83.4%、其推导氨基酸同源性为88.4%~89.2%和88.9%~90.0%,4株毒株间的E2基因核苷酸及其推导氨基酸同源性分别为90.8%~99.6%和94.2%~99.5%,且均属于基因群Ⅱ;E2基因推导的氨基酸表明,E2蛋白空间结构及抗原结构的氨基酸位点693Cys、737Cys、792Cys、818Cys、828Cys、856Cys、833Pro、834Thr、837Arg均未发生变异,但其单抗识别位点G713E、N729D、K734R发生变异。【结论】近年来广西CSFV流行毒株的变异未出现较大差异,与HCLV株、Shimen强毒株亲缘关系较远,但与Paderborn株、GXWZ02株亲缘关系较近。 展开更多
关键词 猪瘟病毒 E2基因 序列分析 同源性 氨基酸变异 广西
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广西地区猪瘟流行毒株E2基因的序列测定与分析 被引量:2
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作者 吴军 袁小宁 +6 位作者 杨可妍 欧莹 曹佳媛 孙翔翔 曾咏芳 覃雨阳 熊毅 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第11期2065-2070,共6页
【目的】了解广西地区流行猪瘟病毒(CSFV)E2基因的变异规律与趋势,及其与疫苗毒株基因的差异性,为制定猪瘟防控措施提供科学依据。【方法】对广西地区流行CSFV毒株的E2基因进行克隆及序列测定,并与兔化弱毒(HCLV)、石门(Shimen)... 【目的】了解广西地区流行猪瘟病毒(CSFV)E2基因的变异规律与趋势,及其与疫苗毒株基因的差异性,为制定猪瘟防控措施提供科学依据。【方法】对广西地区流行CSFV毒株的E2基因进行克隆及序列测定,并与兔化弱毒(HCLV)、石门(Shimen)毒株的E2基因进行同源性比对分析,绘制遗传进化树。【结果】广西地区流行CSFV毒株与HCLV株、Shimen株的核苷酸序列同源性为81.9%~83.3%和81.1%~82.4%,推导氨基酸序列同源性为89.3%~90.6%和87.9%~89.5%;不同广西地区流行毒株间的核苷酸序列及其推导氨基酸序列同源性分别为90.8%~99.5%和94.1%~99.5%,且均属于S2基因群的S2.1亚群,其中广西玉林株GXYL1、GXYL2、GXYL3、GXYL4、GXYL5均属于S2.1b子群,而广西贺州株GXHZ1、GXHZ2与广西北海株GXBH1、GXBH2株属于S2.1c子群。与HCLV株、Shimen株的E2基因编码氨基酸序列相比,9株广西地区流行CSFV毒株共有49处氨基酸发生变异,其中与抗原特性有关的变异有5处,分别为G713E、T724Y、E727H、I732S和S734R位点。【结论】广西地区流行CSFV毒株随时间推移的变异不明显,但其遗传变异总趋势朝着偏离疫苗株的方向发展。 展开更多
关键词 猪瘟病毒 E2基因 序列分析 同源性 氨基酸变异
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变链素研究进展 被引量:5
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作者 李颂 刘天佳 《国外医学(口腔医学分册)》 CAS 2003年第5期341-343,共3页
细菌素是由某些细菌产生的一种抗菌性多肽,变异链球菌产生的细菌素称变链素。目前已有多种变链素被分离纯化,并完成氨基酸序列和基因序列分析。本文介绍了细菌素的新概念和6种不同变链素的研究现状。
关键词 变链素 细菌素 变异链球菌 氨基酸序列分析 基因序列分析
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人胎盘G-蛋白Rab3a cDNA的克隆
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作者 康巧华 季清洲 茹炳根 《北京大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2002年第2期271-275,共5页
为了获取全长的小分子G 蛋白Rab3a ,以用于研究Rab3a与其他蛋白相互作用关系 ,本实验以人胎盘总cDNA为模板 ,PCR扩增到人Rab3acDNA全编码区。产物回收后克隆于质粒pYESTrp2的BamHI XhoI位点 ,测序结果表明 ,本实验获得的Rab3acDNA包含... 为了获取全长的小分子G 蛋白Rab3a ,以用于研究Rab3a与其他蛋白相互作用关系 ,本实验以人胎盘总cDNA为模板 ,PCR扩增到人Rab3acDNA全编码区。产物回收后克隆于质粒pYESTrp2的BamHI XhoI位点 ,测序结果表明 ,本实验获得的Rab3acDNA包含了起始和终止密码子。与PCR引物设计的参照Rab3a比较有 5个核苷酸变异 ,与翻译的氨基酸序列完全一致。 展开更多
关键词 G-蛋白 RAB3A CDNA PCR法 人胎盘 基因克隆 氨基酸序列 核苷酸变异
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新月细柱藻(Cylindrotheca closterium)种复合体研究
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作者 李海涛 杨官品 +2 位作者 孙颖 吴岁寒 张秀芳 《中国海洋大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期287-287,共1页
研究并建立采自胶州湾的11株大小存在差异的新月细柱藻单克隆培养体系。对其核编码的SSU rDNA基因和叶绿体编码的rbcL基因进行了克隆和测序。序列分析表明,11株C.closterium的SSU rDNA基因和rbcL基因存在很大的序列变异。依据rhcL基... 研究并建立采自胶州湾的11株大小存在差异的新月细柱藻单克隆培养体系。对其核编码的SSU rDNA基因和叶绿体编码的rbcL基因进行了克隆和测序。序列分析表明,11株C.closterium的SSU rDNA基因和rbcL基因存在很大的序列变异。依据rhcL基因核苷酸序列推导的氨基酸残基变异则明显小于核苷酸变异。分别通过两基因核苷酸序列构建的邻接(Neighbor joining,NJ)系统发育树将11株C.closterium分成相同的6个分支(clade)。通过SSU rDNA基因构建的NJ树将所有的细柱藻聚为一支。SSU rDNA基因NJ树将细柱藻分为2个明显的支系(lineage):支系Ⅰ由12株C.closterium组成,包括本实验分离到的全部11株C.closterium,该支系中部分节点没有得到较高的支持率(〈50%);支系Ⅱ包括2株C.closterium和1株C.fusiformis。在rbcL基因NJ树中细柱藻也形成2个支系,11株C.closterium组成1个支系,系统树中每个节点均得到很高的支持率(〉70%)。统计分析表明,支系Ⅰ中株系间的平均遗传距离高于其它微藻种的种内变异程度,差异极显著(P〈0.01)。上述分析结果证实C.closterium实际上是1个种复合体(species complex),可以被细分为若干个种。 展开更多
关键词 复合体 藻种 RBCL基因 RDNA基因 核苷酸序列 序列变异 平均遗传距离 氨基酸残基
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应用蛋白工程开发新的筛选法
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作者 孙国凤 《生物技术通报》 CAS CSCD 1992年第8期5-5,共1页
蛋白工程研究所(PERI)第4研究部金谷茂则等运用蛋白工程开发了高效率筛选因置换氨基酸残基而提高耐热性的大肠杆菌RNaseHI的方法,12月17日在福冈市召开的日本分子生物学会上发表这项研究。这种方法是高效率地选拔出提高了耐热性的衍生物... 蛋白工程研究所(PERI)第4研究部金谷茂则等运用蛋白工程开发了高效率筛选因置换氨基酸残基而提高耐热性的大肠杆菌RNaseHI的方法,12月17日在福冈市召开的日本分子生物学会上发表这项研究。这种方法是高效率地选拔出提高了耐热性的衍生物,有可能大大加快与结构活性有关的研究。用聚合酶链反应法改变氨基酸残基的方法已普及。现在日本很多研究室又都计划在天然蛋白质的氨基酸序列中导入变异基因,利用蛋白工程了解其活性。但是要找出具有目的特性的导入变异蛋白,不得不测定所有衍生物活性,而花费大量劳力。金谷等的方法会逐渐得到适应。温度感受性依附于RNaseH的大肠杆菌MIC3001株是第一种办法。这种菌株如不用野生型大肠杆菌RNaseHI的表达载体转化,在42℃下不能生长。 展开更多
关键词 蛋白工程 异蛋白 变异基因 聚合酶链反应法 天然蛋白质 氨基酸残基 金谷 表达载体 野生型 氨基酸序列
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