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河流型与沼泽型水牛CSN3基因密码子使用特征分析
被引量:
3
1
作者
范新阳
邱立华
+3 位作者
罗国祥
张永云
滕晓红
苗永旺
《云南农业大学学报(自然科学版)》
CSCD
北大核心
2017年第2期238-245,共8页
本研究以54头河流型水牛和70头沼泽型水牛为研究对象,并以从NCBI数据库中下载的普通牛、野牦牛、野牛、绵羊、小鼠和人的序列作对照,对乳成分中重要的κ-酪蛋白(kappa casein)编码基因CSN3的密码子使用偏好性及水牛与其他物种间CSN3基...
本研究以54头河流型水牛和70头沼泽型水牛为研究对象,并以从NCBI数据库中下载的普通牛、野牦牛、野牛、绵羊、小鼠和人的序列作对照,对乳成分中重要的κ-酪蛋白(kappa casein)编码基因CSN3的密码子使用偏好性及水牛与其他物种间CSN3基因密码子使用的差异和进化关系进行了深入分析。结果表明:两种类型水牛CSN3基因密码子使用特征相似,河流型水牛CSN3基因共有26个偏好使用的密码子,而沼泽型水牛共有27个;其中,两类水牛偏好性较强的密码子均为GUU、UCA、AGU、CCA、AGG、GGU和GGA(RSCU≥2),河流型水牛对Asp的两种密码子GAU、GAC没有使用偏好性,而沼泽型水牛偏好使用GAC;河流型水牛编码Asp和Cys的同义密码子RSCU值为1,而沼泽型水牛只有编码Cys的同义密码子RSCU值为1。研究发现,所有物种CSN3基因均偏好使用以A/U结尾的密码子,但不同物种之间偏好使用密码子种类和数目均有差异。在密码子使用频率上,水牛CSN3基因与其他牛科物种的差异小于与小鼠、人的差异。密码子使用偏好聚类分析表明,河流型与沼泽型水牛亲缘关系最近,聚为一类,然后依次与其他牛、绵羊、小鼠和人等物种相聚。
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关键词
河流型水牛
沼泽型水牛
牛科物种
csn3基因
密码子偏好性
聚类分析
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题名
河流型与沼泽型水牛CSN3基因密码子使用特征分析
被引量:
3
1
作者
范新阳
邱立华
罗国祥
张永云
滕晓红
苗永旺
机构
云南农业大学动物科学技术学院
云南省大理州家畜繁育指导站
云南农业大学
出处
《云南农业大学学报(自然科学版)》
CSCD
北大核心
2017年第2期238-245,共8页
基金
国家自然科学基金项目(31460582,30660024)
云南省应用基础研究重点项目(2014FA032,2007C0003Z)
文摘
本研究以54头河流型水牛和70头沼泽型水牛为研究对象,并以从NCBI数据库中下载的普通牛、野牦牛、野牛、绵羊、小鼠和人的序列作对照,对乳成分中重要的κ-酪蛋白(kappa casein)编码基因CSN3的密码子使用偏好性及水牛与其他物种间CSN3基因密码子使用的差异和进化关系进行了深入分析。结果表明:两种类型水牛CSN3基因密码子使用特征相似,河流型水牛CSN3基因共有26个偏好使用的密码子,而沼泽型水牛共有27个;其中,两类水牛偏好性较强的密码子均为GUU、UCA、AGU、CCA、AGG、GGU和GGA(RSCU≥2),河流型水牛对Asp的两种密码子GAU、GAC没有使用偏好性,而沼泽型水牛偏好使用GAC;河流型水牛编码Asp和Cys的同义密码子RSCU值为1,而沼泽型水牛只有编码Cys的同义密码子RSCU值为1。研究发现,所有物种CSN3基因均偏好使用以A/U结尾的密码子,但不同物种之间偏好使用密码子种类和数目均有差异。在密码子使用频率上,水牛CSN3基因与其他牛科物种的差异小于与小鼠、人的差异。密码子使用偏好聚类分析表明,河流型与沼泽型水牛亲缘关系最近,聚为一类,然后依次与其他牛、绵羊、小鼠和人等物种相聚。
关键词
河流型水牛
沼泽型水牛
牛科物种
csn3基因
密码子偏好性
聚类分析
Keywords
river buffalo
swamp buffalo
bovine species
csn
3
codon usage bias
cluster analysis
分类号
S823.2 [农业科学—畜牧学]
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作者
出处
发文年
被引量
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1
河流型与沼泽型水牛CSN3基因密码子使用特征分析
范新阳
邱立华
罗国祥
张永云
滕晓红
苗永旺
《云南农业大学学报(自然科学版)》
CSCD
北大核心
2017
3
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