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关中奶山羊CSN1S1基因克隆、生物信息学及组织表达谱分析
1
作者
侯金星
王战航
+3 位作者
朱俊儒
江悦
刘淑娟
安小鹏
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2022年第3期857-865,共9页
【目的】通过分析关中奶山羊αs1-酪蛋白(alpha-s1 casein,CSN1S1)基因组织表达谱及其生物信息学功能,初步探究CSN1S1基因在奶山羊乳成分合成中发挥的作用。【方法】以关中奶山羊为研究对象,利用PCR扩增并克隆CSNIS1-1和CSN1S1-22个突...
【目的】通过分析关中奶山羊αs1-酪蛋白(alpha-s1 casein,CSN1S1)基因组织表达谱及其生物信息学功能,初步探究CSN1S1基因在奶山羊乳成分合成中发挥的作用。【方法】以关中奶山羊为研究对象,利用PCR扩增并克隆CSNIS1-1和CSN1S1-22个突变形态,并利用ProtParam、NetPhos、SingalP 4.1 Server、NPS和Phyre2等多种生物信息软件和在线工具对CSN1S1基因及其突变形态的蛋白质结构、理化性质、磷酸化位点等进行分析,通过实时荧光定量PCR检测CSNIS1-1和CSN1S1-2在关中奶山羊肝脏、脾脏、乳腺、肾脏、子宫、输卵管6个组织中的相对表达量。【结果】关中奶山羊乳腺上皮细胞中存在CSN1S1-1和CSN1S1-22种突变形态。对测序结果比对显示,CSN1S1-1存在3个碱基的突变,CSN1S1-2不仅存在3个碱基的突变,还存在6个碱基的缺失。CSN1S1-1与CSN1S1蛋白相似性为99.07%,CSN1S1-2与CSN1S1蛋白相似性为97.20%。蛋白理化性质分析显示,CSN1S1-1中碱基的突变导致第31位亮氨酸变成脯氨酸、第92位谷氨酰胺变成谷氨酸;CSN1S1-2除上述改变之外,第83位由丝氨酸变成半胱氨酸、第84位由谷氨酸变成谷氨酰胺,还存在第81和82位2个丝氨酸的缺失。实时荧光定量PCR结果显示,CSN1S1-1和CSN1S1-2在关中奶山羊各组织中相对表达趋势基本相同,其中在乳腺、子宫、输卵管中相对表达量较高,在肝脏、脾脏和肾脏中基本不表达,在子宫中CSN1S1-2的表达量显著高于CSN1S1-1(P<0.05)。【结论】关中奶山羊乳腺上皮细胞中存在CSN1S1-1和CSN1S1-22种突变形态,且2种突变形态与CSN1S1的蛋白相似性均达到97%以上。CSN1S1-1在蛋白结构上与CSN1S1已有明显区别,而CSN1S1-2中6个碱基的缺失是导致氨基酸改变、磷酸化位点缺失与移位的直接原因。CSN1S1-2在子宫中表达显著高于CSN1S1-1,其可能在子宫中发挥潜在功能,还有待进一步探索。
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关键词
关中奶山羊
csn1s1基因
克隆
组织表达谱
生物信息学分析
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题名
关中奶山羊CSN1S1基因克隆、生物信息学及组织表达谱分析
1
作者
侯金星
王战航
朱俊儒
江悦
刘淑娟
安小鹏
机构
杨凌职业技术学院
西北农林科技大学动物科技学院
出处
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2022年第3期857-865,共9页
基金
陕西省重点研发计划(2021NY-001)
杨凌职业技术学院科学研究基金(A2017003)。
文摘
【目的】通过分析关中奶山羊αs1-酪蛋白(alpha-s1 casein,CSN1S1)基因组织表达谱及其生物信息学功能,初步探究CSN1S1基因在奶山羊乳成分合成中发挥的作用。【方法】以关中奶山羊为研究对象,利用PCR扩增并克隆CSNIS1-1和CSN1S1-22个突变形态,并利用ProtParam、NetPhos、SingalP 4.1 Server、NPS和Phyre2等多种生物信息软件和在线工具对CSN1S1基因及其突变形态的蛋白质结构、理化性质、磷酸化位点等进行分析,通过实时荧光定量PCR检测CSNIS1-1和CSN1S1-2在关中奶山羊肝脏、脾脏、乳腺、肾脏、子宫、输卵管6个组织中的相对表达量。【结果】关中奶山羊乳腺上皮细胞中存在CSN1S1-1和CSN1S1-22种突变形态。对测序结果比对显示,CSN1S1-1存在3个碱基的突变,CSN1S1-2不仅存在3个碱基的突变,还存在6个碱基的缺失。CSN1S1-1与CSN1S1蛋白相似性为99.07%,CSN1S1-2与CSN1S1蛋白相似性为97.20%。蛋白理化性质分析显示,CSN1S1-1中碱基的突变导致第31位亮氨酸变成脯氨酸、第92位谷氨酰胺变成谷氨酸;CSN1S1-2除上述改变之外,第83位由丝氨酸变成半胱氨酸、第84位由谷氨酸变成谷氨酰胺,还存在第81和82位2个丝氨酸的缺失。实时荧光定量PCR结果显示,CSN1S1-1和CSN1S1-2在关中奶山羊各组织中相对表达趋势基本相同,其中在乳腺、子宫、输卵管中相对表达量较高,在肝脏、脾脏和肾脏中基本不表达,在子宫中CSN1S1-2的表达量显著高于CSN1S1-1(P<0.05)。【结论】关中奶山羊乳腺上皮细胞中存在CSN1S1-1和CSN1S1-22种突变形态,且2种突变形态与CSN1S1的蛋白相似性均达到97%以上。CSN1S1-1在蛋白结构上与CSN1S1已有明显区别,而CSN1S1-2中6个碱基的缺失是导致氨基酸改变、磷酸化位点缺失与移位的直接原因。CSN1S1-2在子宫中表达显著高于CSN1S1-1,其可能在子宫中发挥潜在功能,还有待进一步探索。
关键词
关中奶山羊
csn1s1基因
克隆
组织表达谱
生物信息学分析
Keywords
Guanzhong dairy goat
s
csn
1
s
1
gene
cloning
ti
s
s
ue expre
s
s
ion profile
bioinformatic
s
analy
s
i
s
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
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1
关中奶山羊CSN1S1基因克隆、生物信息学及组织表达谱分析
侯金星
王战航
朱俊儒
江悦
刘淑娟
安小鹏
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2022
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