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基于CRISPR-Cas系统的多重耐药菌防治技术研究进展
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作者 周倩 唐梦君 +4 位作者 张小燕 陆俊贤 唐修君 杨星星 高玉时 《生物技术通报》 北大核心 2025年第5期42-51,共10页
动物源细菌耐药性影响动物养殖安全,同时对人类公共卫生和食品安全产生重要威胁。抗生素的滥用加剧了耐药细菌的传播,而新型抗菌药物研发日益困难,动物源细菌耐药污染已成为全球范围内的公共危机,一旦耐药菌从动物向人类扩散,将极大地... 动物源细菌耐药性影响动物养殖安全,同时对人类公共卫生和食品安全产生重要威胁。抗生素的滥用加剧了耐药细菌的传播,而新型抗菌药物研发日益困难,动物源细菌耐药污染已成为全球范围内的公共危机,一旦耐药菌从动物向人类扩散,将极大地威胁人类健康,亟须新的方法和策略应对细菌耐药。CRISPR-Cas(clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR-associated)是第三代“基因组定点编辑技术”,该技术能够靶向剪切外源性核酸,保护微生物遗传物质遗传稳定性。与传统的多重耐药菌防治策略相比,CRISPR-Cas系统具备独特的DNA序列的靶向性和灵敏度,通过精准、简便和高效的基因编辑技术,与核酸扩增技术、比色技术等相结合,可以提高灵敏度和检测时效性等性能指标。本文介绍了CRISPR-Cas系统的由来、系统分类、基因编辑的作用机理,在此基础之上,聚焦于该系统在多重耐药菌防治领域的研究进展和应用,在耐药致病菌消除、耐药基因消除以及致病菌诊断检测方面给出案例分析以及目前存在的挑战。总的来说,基于CRISPR-Cas系统的序列特异性抗菌剂能够降低细菌多重耐药性,结合核酸扩增技术和实时监控设备提升检测的精准性和效率,为动物源细菌耐药防控和监测研究提供了新思路。 展开更多
关键词 crispr-cas系统 基因编辑 多重耐药菌 耐药基因 防治技术
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CRISPR-Cas系统的小型化研究进展
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作者 董颖 马孟丹 黄卫人 《合成生物学》 北大核心 2025年第1期105-117,共13页
CRISPR-Cas基因编辑技术由于其简便性和高效性,已被广泛应用于生物学、医学、农学等领域的基础与应用研究。目前广泛使用的Cas核酸酶均具有较大的分子量(通常大于1000个氨基酸),而广泛应用于基因治疗中的腺相关病毒(AAV)载体的承载容量... CRISPR-Cas基因编辑技术由于其简便性和高效性,已被广泛应用于生物学、医学、农学等领域的基础与应用研究。目前广泛使用的Cas核酸酶均具有较大的分子量(通常大于1000个氨基酸),而广泛应用于基因治疗中的腺相关病毒(AAV)载体的承载容量却十分有限,在容纳CRISPR核酸酶与gRNA的编码序列之余往往难以承载更多其他功能元件,如碱基编辑、转录调控、多基因编辑等相应元件,这严重限制了其在基因治疗等领域的应用。使用紧凑型Cas蛋白变体的CRISPR-Cas系统可能有助于用AAV产生和传递基因组编辑和调节工具到人类细胞。因此,小型化的CRISPR-Cas系统开发是解决这一技术难题的重要途径,本文主要概括了基于Cas9、Cas12和Cas13蛋白系统在小型化方面的研究进展,包括筛选新型Cas蛋白、缩减蛋白结构域以及引导RNA的改造等,旨在为开发微型精准基因编辑和调控工具提供新思路。目前小型化的CRISPR-Cas系统的局限性主要体现在蛋白分子量的大小和基因编辑的效率、特异性不可兼得上,在未来的研究中若能解决这一问题,获得更小型化的结构域,相信不仅能够优化该系统在体内的传递,更有望为临床带来高效率且低损害的治疗方法。 展开更多
关键词 crispr-cas系统 小型化Cas蛋白 Cas蛋白工程化改造 紧凑型Cas蛋白 基因调控工具
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CRISPR-Cas系统在病原核酸检测中的研究进展 被引量:3
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作者 杜瑶 高宏丹 +4 位作者 刘家坤 刘孝荣 邢志浩 张涛 马东礼 《合成生物学》 CSCD 北大核心 2024年第1期202-216,共15页
CRISPR-Cas系统作为原核生物获得性免疫系统,由簇状规则间隔短回文重复序列(clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)和CRISPR相关蛋白(CRISPR-associated proteins,Cas)构成,因其识别和切割特定DNA或RNA序... CRISPR-Cas系统作为原核生物获得性免疫系统,由簇状规则间隔短回文重复序列(clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)和CRISPR相关蛋白(CRISPR-associated proteins,Cas)构成,因其识别和切割特定DNA或RNA序列,而成为分子诊断领域研究的热点。研究人员利用Cas蛋白(Cas12、Cas13、Cas14、Cas3等)结合信号放大和转化技术(荧光法、电位法、比色法、侧向流动技术等),开发了许多高灵敏度、高特异性、低成本的诊断平台,为病原核酸检测提供了新途径。本文介绍了CRISPR-Cas系统的生物学机制及分类,总结现有的基于Cas蛋白反式切割活性开发的病原核酸检测技术,描述其特点、功能和应用场景,并对该系统的未来应用前景进行展望,期望CRISPR-Cas系统成为包括核酸检测在内的多靶标的理想检测平台。 展开更多
关键词 crispr-cas系统 Cas12和Cas13 病原体 核酸检测 生物传感
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基于CRISPR-Cas系统的微生物基因编辑与调控技术 被引量:2
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作者 刘嵘明 谭慧萍 +3 位作者 王晴晴 张皓喃 孜力汗 梁丽亚 《微生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期1-14,共14页
CRISPR-Cas系统的基因编辑与调控技术为原核和真核微生物的遗传改造提供了高效且精确的工具,显著提升了工业底盘细胞的生产能力和多样性。在原核微生物中,大肠杆菌、枯草芽孢杆菌、谷氨酸棒杆菌等工业重要菌株通过CRISPR-Cas系统实现了... CRISPR-Cas系统的基因编辑与调控技术为原核和真核微生物的遗传改造提供了高效且精确的工具,显著提升了工业底盘细胞的生产能力和多样性。在原核微生物中,大肠杆菌、枯草芽孢杆菌、谷氨酸棒杆菌等工业重要菌株通过CRISPR-Cas系统实现了代谢网络的重构和多基因位点的精确编辑,显著优化了细胞工厂的生产性能。在真核微生物中,酿酒酵母、毕赤酵母、解脂耶氏酵母等模式生物也得益于CRISPR-Cas系统的发展,尤其是CRISPR-Cas9、CRISPR-Cas12a和碱基编辑工具等在基因组精确编辑和调控中的应用,实现了代谢途径的高效优化。高通量基因组编辑技术,如CHASE、CREATE、iCREATE等,结合了CRISPR-Cas系统的强大工具,能够同时对多个基因进行编辑和调控,加速了对复杂表型的优化和代谢网络的解析。本文总结了CRISPR-Cas系统在原核、真核微生物中的应用及其高通量基因组编辑技术的发展,展望了这些技术在工业微生物细胞工厂构建中的潜在应用。 展开更多
关键词 crispr-cas系统 微生物 基因编辑 碱基编辑 代谢网络 高通量基因组编辑 细胞工厂
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CRISPR-Cas系统检测病原菌的研究进展 被引量:2
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作者 林冬媛 谢龙飞 +2 位作者 梁玮珩 李芙蓉 熊文广 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2024年第5期202-212,共11页
环境和食品中的病原菌威胁着人类和动物的生命健康,影响社会安定与经济发展。早期准确并快速检测病原菌,对监测和治疗人类与动物疾病起至关重要的作用。目前的病原菌检测技术主要包括分离培养鉴定法、免疫诊断方法以及基于核酸的分子生... 环境和食品中的病原菌威胁着人类和动物的生命健康,影响社会安定与经济发展。早期准确并快速检测病原菌,对监测和治疗人类与动物疾病起至关重要的作用。目前的病原菌检测技术主要包括分离培养鉴定法、免疫诊断方法以及基于核酸的分子生物学诊断技术。以上检测方法的特异性和准确性高,但存在检测周期长、对检测人员和设备的要求高等问题,亟待开发更加快速稳定、价廉简便的高灵敏度与高特异性的新型快速检测技术。近年来,以成簇的有规律间隔的短回文重复序列及其相关蛋白系统(CRISPR-Cas)系统为代表的新型基因编辑技术发展迅速。CRISPR-Cas系统不仅能够作为基因编辑工具,也在不同生物学领域中广泛应用,其中基于CRISPR-Cas系统开发的病原菌检测平台具有灵敏度高、特异性强、灵活性高、成本低廉、快速稳定等优势,在病原菌的快速检测方面具有较大潜力。本文旨在对近几年基于CRISPR-Cas系统开发的多种病原菌检测平台进行综述,包括CRISPR-Cas系统的基本作用原理及相关系统在各种病原菌检测中的应用,并展望其未来所面临的技术挑战与发展前景。 展开更多
关键词 crispr-cas系统 基因编辑 病原菌检测 诊断
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CRISPR-Cas系统与细菌和噬菌体的共进化 被引量:35
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作者 李铁民 杜波 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期213-218,共6页
细菌在适应噬菌体攻击的过程中,进化了多种防御系统,噬菌体在细菌的选择压力下,也在不断进化反防御策略,双方的这种进化关系与发生机制一直尚不完全清楚。近年在细菌和古细菌中发现一种新的免疫防御系统,即CRISPR-Cas(clustered regular... 细菌在适应噬菌体攻击的过程中,进化了多种防御系统,噬菌体在细菌的选择压力下,也在不断进化反防御策略,双方的这种进化关系与发生机制一直尚不完全清楚。近年在细菌和古细菌中发现一种新的免疫防御系统,即CRISPR-Cas(clustered regularly interspaced short palindromic repeats-CRISPR-associated system)系统。在对其功能和作用机制深入研究的同时,也不断地揭示了细菌和噬菌体之间的共进化关系。为此,文章在介绍原核细胞中CRISPR-Cas系统介导的免疫机制基础上,重点综述了CRISPR系统在细菌和噬菌体进化中的作用。 展开更多
关键词 CRISPR crispr-cas系统 噬菌体 共进化 免疫防御
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基于CRISPR-Cas系统的基因组定点修饰新技术 被引量:13
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作者 王梦瑶 杨亦农 边红武 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期426-433,共8页
CRISPR(clustered regulatory interspersed short palindromic repeat)序列源于原核生物的一种获得性免疫系统,协同Cas(CRISPR-associated)蛋白家族参与抵抗噬菌体或其它病毒的二次感染,广泛存在于细菌(60%)和古菌(90%)中.病菌和宿主... CRISPR(clustered regulatory interspersed short palindromic repeat)序列源于原核生物的一种获得性免疫系统,协同Cas(CRISPR-associated)蛋白家族参与抵抗噬菌体或其它病毒的二次感染,广泛存在于细菌(60%)和古菌(90%)中.病菌和宿主的共同进化导致了CRISPR-Cas系统具有多样性,可分为3大类(Ⅰ-Ⅲ),又分为10亚类.在Ⅱ型CRISPR-Cas系统基础上建立了RNA介导的CRISPR-Cas系统来修饰(删除、添加、激活、抑制)靶细胞中特定的基因序列,现已在人类细胞、小鼠、斑马鱼、酵母、细菌、果蝇、线虫、拟南芥中得以应用.本文主要介绍了Ⅱ型CRISPR-Cas系统的结构特点、作用机理及作为新型基因组定点修饰技术的研究进展,分析该技术优势,并展望CRISPRCas系统的应用前景. 展开更多
关键词 crispr-cas系统 获得性免疫 基因组编辑
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乳酸菌CRISPR-Cas系统研究进展 被引量:4
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作者 李婉 边鑫 +2 位作者 王娜娜 李柏良 霍贵成 《中国乳品工业》 CAS CSCD 北大核心 2016年第12期22-25,35,共5页
对乳酸菌CRISPR-Cas系统(即:成簇的、规律间隔的短回文重复序列及相关Cas蛋白系统)抗噬菌体机制以及噬菌体进化出的相应免疫逃逸机制进行综述,旨为进一步研究噬菌体抗性乳酸菌发酵剂奠定基础。
关键词 乳酸菌 crispr-cas系统 噬菌体
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空肠弯曲菌CRISPR-Cas系统生物信息学分析 被引量:2
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作者 张博 姚学萍 +2 位作者 曹随忠 王印 杨泽晓 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第10期960-964,共5页
为分析GenBank中登录的国内外空肠弯曲菌及其亚种中所含CRISPR-Cas系统的结构特征及同源关系,本研究利用生物信息学方法预测GenBank中已登录的空肠弯曲菌所含的CRISPR-Cas系统的基因序列,对其进行比对、保守性分析、RNA二级结构预测、... 为分析GenBank中登录的国内外空肠弯曲菌及其亚种中所含CRISPR-Cas系统的结构特征及同源关系,本研究利用生物信息学方法预测GenBank中已登录的空肠弯曲菌所含的CRISPR-Cas系统的基因序列,对其进行比对、保守性分析、RNA二级结构预测、重复序列的GC含量分析及其遗传进化分析。结果显示,空肠弯曲菌及其亚种中所含CRISPR-Cas系统的重复序列高度保守、GC含量较低(28.57%以下),差异性主要呈现于两端游离部分;CRISPR中的间隔序列差异性较大致使CRISPR具有多态性;Cas蛋白序列同源性较高(96.8%以上),遗传动态变化较低,与基因水平转移产生的趋同进化有潜在相关性。空肠弯曲菌CRISPR-Cas系统中的间隔序列具有多态性与该菌的遗传进化差异有关,重复序列及cas基因保守性较强,与其共同进化有潜在相关性。通过对不同空肠弯曲菌CRISPR-Cas系统生物信息学分析,为进一步研究该菌CRISPR-Cas系统结构特征、基因进化关系奠定了基础。 展开更多
关键词 空肠弯曲菌 crispr-cas系统 重复序列 间隔序列 生物信息学
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CRISPR-Cas系统介导的基因组编辑和基因转录调控
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作者 郭芳 彭利军 +1 位作者 符民桂 姜志胜 《生理科学进展》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期331-334,共4页
CRISPR是一个特殊的DNA重复序列家族,其基因结构的主体是由同向重复序列(repeat)与间隔序列(spacer)构成的多段R-S结构组成,称为CRISPR基因座(CRISPR locus)。在CRISPR位点的一端存在几组编码蛋白质的基因序列,称为CRISPR相关(CRISPR-as... CRISPR是一个特殊的DNA重复序列家族,其基因结构的主体是由同向重复序列(repeat)与间隔序列(spacer)构成的多段R-S结构组成,称为CRISPR基因座(CRISPR locus)。在CRISPR位点的一端存在几组编码蛋白质的基因序列,称为CRISPR相关(CRISPR-associated,Cas)基因,其编码的蛋白质称为CAS蛋白。利用CRISPR-Cas9系统对DNA分子的靶向切割特性,使其可被用于定向的基因修饰。除用于定点的基因编辑,CRISPR-Cas系统也可用于干扰目的基因的转录。 展开更多
关键词 基因组编辑 基因转录 crispr-cas系统
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血流感染肺炎克雷伯菌中CRISPR-Cas系统的分布及其与毒力基因和耐药的关系 被引量:5
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作者 杜芳玲 黄先琪 +4 位作者 魏丹丹 梅艳芳 刘盼盼 刘洋 万腊根 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 2019年第5期586-590,共5页
目的了解血流感染肺炎克雷伯菌中CRISPR-Cas系统的分布特征并分析其与毒力基因和耐药的关系。方法收集非重复血流感染肺炎克雷伯菌248株,使用Vitek2-Compact全自动微生物分析系统进行菌株鉴定及药物敏感性分析,PCR检测CRISPR-Cas系统3... 目的了解血流感染肺炎克雷伯菌中CRISPR-Cas系统的分布特征并分析其与毒力基因和耐药的关系。方法收集非重复血流感染肺炎克雷伯菌248株,使用Vitek2-Compact全自动微生物分析系统进行菌株鉴定及药物敏感性分析,PCR检测CRISPR-Cas系统3个相关基因(CRISPR1、CRISPR2和cas1)、筛查6种常见高毒力荚膜血清型(K1、K2、K5、K20、K54和K57)、12种毒力基因及检测13种耐药基因,用x”检验比较携带有CRISPR-Cas系统菌株与不携带CRISPR-Cas系统菌株毒力及耐药差异。结果CRISPR-Cas系统的检出率为29.8%(74/248);K1型是携带CRISPR-Cas系统肺炎克雷伯菌的主要荚膜血清型,占28.4%(21/74);除kpn基因外,携带CRISPR-Cas系统菌株的毒力基因检出率均大于不携带CRISPR-Cas系统菌株,其中7种差异有统计学意义;除对氨苄西林耐药率达100%外,携带有CRISPR-Cas系统菌株的其他抗菌药物耐药率均小于不携带有CRISPR-Cas系统菌株,其中13种差异有统计学意义;携带CRISPR-Cas系统菌株的耐药基因阳性率小于不携带CRISPR-Cas系统的菌株,且blape、blasy、qnrS基因差异有统计学意义。结论高毒力荚膜血清型肺炎克雷伯菌中主要为K1型携带CRISPR-Cas系统,携带CRISPR-Cas系统的肺炎克雷伯菌相对于不携带CRISPR-Cas系统菌株的毒力基因阳性率高,耐药率低,耐药基因的阳性率低。CRISPR-Cas系统可能能降低耐药基因在肺炎克雷伯菌中的水平传播,尤其是在K1型肺炎克雷伯菌。 展开更多
关键词 肺炎克雷伯菌 crispr-cas系统 毒力基因 耐药
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CRISPR-Cas系统在核酸检测中的应用研究 被引量:4
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作者 胡秀文 刘华 +5 位作者 王宇 唐雪明 王金斌 曾海娟 蒋玮 李红 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第9期266-273,共8页
CRISPR-Cas系统是一种高效、实用的基因编辑工具,被广泛应用于基因组编辑和调控机制研究。目前发现的Cas系列核酸酶工具为开发用于各种目的的不同类型核酸检测,具有广阔的应用前景。CRISPR-Cas系统的高灵敏度和高特异性,使其在病原体检... CRISPR-Cas系统是一种高效、实用的基因编辑工具,被广泛应用于基因组编辑和调控机制研究。目前发现的Cas系列核酸酶工具为开发用于各种目的的不同类型核酸检测,具有广阔的应用前景。CRISPR-Cas系统的高灵敏度和高特异性,使其在病原体检测、单核苷酸多态性(SNP)分析以及基因突变检测等发挥了极其重要的作用;另外,CRISPR-Cas系统在核酸检测领域的精确、高效性,间接推动了基础生物学和应用生物学研究的进展。概述了不同类型的靶向特定核酸检测的CRISPR-Cas系统的最新进展和用途,以及与之对应的新一代的体外检测平台,旨为核酸检测领域提供新的研究思路和理论依据。 展开更多
关键词 基因编辑 crispr-cas系统 Cas蛋白核酸酶 核酸检测
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基于CRISPR-Cas系统的病原体检测研究进展 被引量:6
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作者 张庆勋 钟震宇 +2 位作者 郭青云 何宏轩 白加德 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2022年第8期3190-3199,共10页
开发快速、灵敏、特异的检测方法对于新发突发人兽共患病、动物疫病的监测及防控至关重要。规律成簇的间隔短回文重复序列及相关蛋白(CRISPR-Cas)系统以高敏感性、特异性及可扩展性的DNA和RNA识别为特点,已成为新一代的分子诊断工具,在... 开发快速、灵敏、特异的检测方法对于新发突发人兽共患病、动物疫病的监测及防控至关重要。规律成簇的间隔短回文重复序列及相关蛋白(CRISPR-Cas)系统以高敏感性、特异性及可扩展性的DNA和RNA识别为特点,已成为新一代的分子诊断工具,在病原体快速检测技术研发中得到广泛应用。在新型冠状病毒肺炎疫情中,基于CRISPR-Cas系统开发的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)检测试剂盒(SHERLOCK和DETECTR)在美国相继获批,中国研发的基于CRISPR-Cas12系统的SARS-CoV-2检测试剂盒也已获批上市,这表明基于CRISPR-Cas系统的病原体检测方法在未来的应用前景非常可观。文章首先简述了CRISPR-Cas系统类型,尤其是常用于病原体检测的Cas9、Cas12和Cas13;介绍了CRISPR-Cas系统的作用机理以及广泛应用。同时分析了CRISPR-Cas检测平台研发的关键技术问题,包括靶标基因的序列保守性、靶标基因的富集与扩增、终信号不同的读取方式等,并对CRISPR-Cas系统的未来发展及应用前景进行了展望。 展开更多
关键词 crispr-cas系统 病原体检测 诊断 应用
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血流感染肺炎克雷伯菌毒力基因分布及与CRISPR-CAS系统相关性研究 被引量:11
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作者 宋国滨 王刚 +1 位作者 黄颖 徐元宏 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2020年第3期427-431,共5页
目的分析该院血流感染阳性肺炎克雷伯菌的常见荚膜血清型和毒力基因分布特征,探讨毒力基因与成簇的规律间隔的短回文重复序列及其相关序列(CRISPR-CAS)系统的相关性。方法收集Bac T/ALERT 3D全自动培养仪报告阳性的血培养瓶并经鉴定为... 目的分析该院血流感染阳性肺炎克雷伯菌的常见荚膜血清型和毒力基因分布特征,探讨毒力基因与成簇的规律间隔的短回文重复序列及其相关序列(CRISPR-CAS)系统的相关性。方法收集Bac T/ALERT 3D全自动培养仪报告阳性的血培养瓶并经鉴定为肺炎克雷伯菌61株,运用纸片扩散法和Vitek-compact2仪器法检测菌株对临床常用抗生素的敏感性,用拉丝实验筛选高黏液型肺炎克雷伯菌,聚合酶链式反应(PCR)检测6种常见荚膜血清型(K1、K2、K5、K20、K54、K57)、7种毒力相关基因(rmpA、aerobactin、alls、Kfu、wcaG、magA、fimH)及3种CRISPR-CAS系统基因(CRISPR-1、CRISPR-2、CAS1)。结果荚膜血清型以K1、K2型为主,检出率分别是19.7%、13.1%。K5、K20、K57各检出1例,未检出K54型。毒力基因rmpA、aerobactin、alls、Kfu、wcaG、magA、fimH检出率分别是32.8%、23.0%、9.8%、31.1%、19.7%、19.7%、98.4%。高黏液表型筛选出14株。CRISPR-CAS系统阳性检出11株,检出率为18%,与CRISPR-CAS系统阴性菌株相比,其毒力基因携带率高,经χ~2检验,差异有统计学意义(P<0.05)。结论血流感染肺炎克雷伯菌荚膜血清型以K1、K2为主,毒力基因主要存在于表型为高黏液型的菌株,CRISPR-CAS系统阳性菌株毒力基因携带率高。 展开更多
关键词 高毒力肺炎克雷伯菌 crispr-cas系统 毒力基因
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CRISPR-Cas系统在食品微生物中的应用研究进展 被引量:4
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作者 张玉洁 宋育阳 +1 位作者 秦义 刘延琳 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第11期269-275,共7页
成簇的规律间隔的短回文重复序列(clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)及其关联蛋白(CRISPR-associated proteins,Cas)构成CRISPR-Cas系统,该系统作为高效、灵活、易于操作的基因编辑技术,开始广泛应用... 成簇的规律间隔的短回文重复序列(clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)及其关联蛋白(CRISPR-associated proteins,Cas)构成CRISPR-Cas系统,该系统作为高效、灵活、易于操作的基因编辑技术,开始广泛应用于微生物基因组位点的靶向编辑中。本文针对CRISPR-Cas9系统在食品微生物领域,特别是在食品酿造微生物和食品病原微生物中的应用进行综述,并进一步讨论影响该系统基因编辑效率的主要因素及发展方向,为CRISPR-Cas9系统在食品微生物中的应用提供参考和依据。 展开更多
关键词 crispr-cas系统 食品微生物 基因编辑
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Class2 CRISPR-Cas系统发掘及分析方法 被引量:1
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作者 朱晓菲 黄娇媚 +1 位作者 原昊 万逸 《热带生物学报》 2021年第1期115-123,共9页
近年来,规律间隔成簇短回文系统(CRISPR-Cas)作为基因编辑手段在动植物基因编辑中已广泛应用。现已被证实的Class2类CRISPR-Cas系统CRISPR-Cas12、CRISPR-Cas14等均通过生物信息学手段被发掘出来,因此,生物信息学成为发现新CRISPR-Cas... 近年来,规律间隔成簇短回文系统(CRISPR-Cas)作为基因编辑手段在动植物基因编辑中已广泛应用。现已被证实的Class2类CRISPR-Cas系统CRISPR-Cas12、CRISPR-Cas14等均通过生物信息学手段被发掘出来,因此,生物信息学成为发现新CRISPR-Cas系统及其子类型的重要方法。笔者综述了Cas酶两类生物信息学发掘手段,一类方法是通过已知Cas酶建立隐马尔科夫模型(HMM)预测可能的同类Cas酶;另一类方法是以标志序列Cas1或CRISPR识别为基础分析上下游可能的Cas酶,同时讨论了两种方法的限制。在此基础上,综述了Cas蛋白和CRISPR序列进一步分析方法,包括Cas蛋白同源性、进化分析及CRISPR序列间隔序列(spacers)、前间隔序列(protospacers)前间隔序列临近基序(PAM)分析。 展开更多
关键词 Cas酶发掘 crispr-cas系统 生物信息学分析
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Ⅰ型CRISPR-Cas系统效应物的结构特征及其在基因编辑领域的应用 被引量:3
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作者 张钰雯 俞晨霖 +2 位作者 戴心忱 肖易倍 陆美玲 《中国药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期675-683,共9页
CRISPR-Cas(clustered regularly interspaced short palindromic repeats and CRISPR-associated)系统是在细菌和古细菌基因组中发现的一种由RNA介导、抵挡外源核酸入侵的适应性免疫系统。通过对靶标位点的特异性识别,结合细胞自身的DN... CRISPR-Cas(clustered regularly interspaced short palindromic repeats and CRISPR-associated)系统是在细菌和古细菌基因组中发现的一种由RNA介导、抵挡外源核酸入侵的适应性免疫系统。通过对靶标位点的特异性识别,结合细胞自身的DNA修复功能或转录调控机制,CRISPR-Cas系统可高效编辑靶标序列或精准调控基因的表达,目前已被开发成为基因编辑领域的有力工具。根据效应复合物组成形式的不同,CRISPR-Cas系统分为1类(Ⅰ型、Ⅳ型和Ⅲ型)和2类(Ⅱ型、Ⅴ型和Ⅵ型)两大类。2类中的CRISPR-Cas9系统作为最早发现且被研究透彻的系统之一,应用范围已十分广泛;而1类系统虽占整个CRISPR-Cas系统的90%,但目前还未有开发成熟的应用工具。本综述以1类中的Ⅰ型系统为例,从亚型分类、效应复合物组装与结构、Cas3蛋白的切割降解机制以及近几年在基因编辑中的应用等方面进行总结,为更好地研究该类别的作用机制及后期的开发应用提供新的思路和方法。 展开更多
关键词 crispr-cas系统 效应复合物 Cas3蛋白 基因编辑 细菌免疫
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肠球菌CRISPR-Cas系统基因结构的分析及其与耐药基因的关系
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作者 兰蕾 郑旭 +4 位作者 迟媛媛 王雪婷 王梦园 朱元祺 闫志勇 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2022年第2期58-64,共7页
CRISPR-Cas系统是一种细菌的适应性免疫系统,参与特异性防御不同类型的可移动遗传元件,如质粒、噬菌体、转座子等的入侵。旨在分析肠球菌(Enterococcus)基因组中该系统的基因结构,并探讨其与细菌耐药基因之间的关系。NCBI数据库中下载1... CRISPR-Cas系统是一种细菌的适应性免疫系统,参与特异性防御不同类型的可移动遗传元件,如质粒、噬菌体、转座子等的入侵。旨在分析肠球菌(Enterococcus)基因组中该系统的基因结构,并探讨其与细菌耐药基因之间的关系。NCBI数据库中下载10种肠球菌的全基因组信息,利用软件对CRISPR-Cas系统的分布、cas1基因、重复序列、间隔序列等进行比对分析;查找耐药相关基因,分析其与CRISPR-Cas系统之间的关系。235株肠球菌中含完整CRISPR-cas系统的有35株(14.9%),含确定CRISPR阵列196个和cas基因簇46个。肠球菌基因组中CRISPR系统主要为II-A型(80.4%),其次是II-C型(15.2%),cas1基因序列的系统发育分析结果与CRISPR-cas系统的分型基本一致。肠球菌CRISPR-Cas系统的分布在不同菌种之间差异较大;CRISPR-Cas系统可能阻碍肠球菌某些耐药基因的水平转移。 展开更多
关键词 肠球菌属 基因结构 crispr-cas系统 耐药基因 免疫防御
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对CRISPR-Cas系统的简单介绍 被引量:1
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作者 张瑞 《农业与技术》 2015年第2期8-8,17,共2页
基因敲除是一种遗传工程基因修饰技术,针对某个感兴趣的遗传基因,通过一定的基因改造过程,令特定的基因功能丧失,并研究可能进一步对相关生命现象造成的影响,进而推测该基因的生物学功能的一种技术手段。CRISPR的全称为成簇的、规律间... 基因敲除是一种遗传工程基因修饰技术,针对某个感兴趣的遗传基因,通过一定的基因改造过程,令特定的基因功能丧失,并研究可能进一步对相关生命现象造成的影响,进而推测该基因的生物学功能的一种技术手段。CRISPR的全称为成簇的、规律间隔的短回文重复序列。CRISPR-Cas系统可用于基因敲除和敲入。本文主要从其结构、工作原理、在定点修饰中的应用及研究进展等各个方面来介绍CRISPR/Cas9系统。 展开更多
关键词 基因敲除 crispr-cas系统 定点切割 建立疾病模型 细胞替代治疗
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CRISPR-Cas系统的抗耐药菌应用 被引量:3
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作者 杨萍 孙兵兵 +2 位作者 杨俊杰 杨晟 蒋宇 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 2018年第8期927-931,共5页
病原菌对抗生素的耐受对临床治疗造成严重威胁。CRISPR-Cas系统具有高度的靶标基因序列特异性与方便的可编程性,已被尝试用来控制耐药病原细菌。用噬菌体传递CRISPR-Cas系统切割耐药细菌特有靶标,可恢复其对抗生素的敏感或直接致其死亡... 病原菌对抗生素的耐受对临床治疗造成严重威胁。CRISPR-Cas系统具有高度的靶标基因序列特异性与方便的可编程性,已被尝试用来控制耐药病原细菌。用噬菌体传递CRISPR-Cas系统切割耐药细菌特有靶标,可恢复其对抗生素的敏感或直接致其死亡。更吸引人的应用则是用CRISPR-Cas系统编辑噬菌体基因组,使其具备期望的抗菌性能。 展开更多
关键词 crispr-cas 噬菌体 抗菌治疗
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