用CODEHOP设计简并引物克隆B49乙酸激酶基因片段 被引量：9

1

作者 任南琪 林海龙 +4 位作者 李建政 郑国香 李永丰 于振国 张昆 《哈尔滨工业大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第8期1225-1229,共5页

利用CODEHOP设计细菌乙酸激酶的简并引物,选用1对引物ACK-J1以高效产氢菌B49基因组DNA进行PCR,得到655bp PCR产物,产物经pMD18-T载体克隆转化至DH5α大肠杆菌中,发现此DNA产物与其他乙酸激酶基因有高度的相似性.所克隆的序列为B49的乙... 利用CODEHOP设计细菌乙酸激酶的简并引物,选用1对引物ACK-J1以高效产氢菌B49基因组DNA进行PCR,得到655bp PCR产物,产物经pMD18-T载体克隆转化至DH5α大肠杆菌中,发现此DNA产物与其他乙酸激酶基因有高度的相似性.所克隆的序列为B49的乙酸激酶基因片段.用CODEHOP程序化设计的简并引物可信性强,阳性率高.该基因的成功克隆将为高效产氢菌B49代谢工程研究和降低其反应器酸化研究提供科学依据. 展开更多

关键词 引物设计 codehop 乙酸激酶基因 简并引物 高效产氢菌

在线阅读 下载PDF 职称材料

嗜血杆菌属CODEHOP PCR检测方法的建立及在树鼩检测中的应用 被引量：3

2

作者 邢进 冯育芳 +3 位作者 岳秉飞 贺争鸣 孙晓梅 代解杰 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期994-1000,共7页

目的建立树鼩中嗜血杆菌的CODEHOP PCR快速检测方法,为树鼩微生物质量控制提供参考。方法应用CODEHOP在线简并引物设计工具,比对NCBI中6株嗜血杆菌的外膜蛋白序列设计简并引物。通过4株嗜血杆菌标准菌株和24株它属菌株进行特异性和敏感... 目的建立树鼩中嗜血杆菌的CODEHOP PCR快速检测方法,为树鼩微生物质量控制提供参考。方法应用CODEHOP在线简并引物设计工具,比对NCBI中6株嗜血杆菌的外膜蛋白序列设计简并引物。通过4株嗜血杆菌标准菌株和24株它属菌株进行特异性和敏感性评价,将建立CODEHOP PCR检测方法,应用于树鼩嗜血杆菌的检测。结果简并引物HF1/HR8和HF3/HR3扩增标准菌株副鸡嗜血杆菌(ATCC 29545)、溶血嗜血杆菌(ATCC 33390)、流感嗜血杆菌(ATCC33391)、副流感嗜血杆菌(ATCC 33392)的目的片段分别为506bp^535bp和344bp^390bp,经测序和NCBI Blast比对,结果准确。两对引物组合,能够有效的区分嗜血杆菌属菌株与它属菌株,检测限最低可达2.1pg/μL。在受试的野生树鼩呼吸道样本中嗜血杆菌阳性率为33.3%(20/60)。结论所建立的方法具有较好的特异性和敏感性,操作简便,能够用于动物样品的嗜血杆菌检测。 展开更多

关键词 嗜血杆菌 codehop PCR 树鼩 简并引物 检测

在线阅读 下载PDF 职称材料

CODEHOP法设计引物克隆中华绒螯蟹5-ht_1和5-ht_2受体基因片段及序列分析 被引量：3

3

作者 徐泽文 杨筱珍 +4 位作者 黄坚 李彤 杨志刚 王春 成永旭 《生物学杂志》 CAS CSCD 2015年第1期1-5,共5页

根据已报道的中华绒螯蟹近缘物种的5-ht1r和5-ht2r氨基酸序列保守区,利用CODEHOP设计了两对简并引物,采用RT-PCR法扩增得到了中华绒螯蟹5-ht1r和5-ht2r部分片段并克隆到p MD-19T载体。测序结果表明扩增到的中华绒螯蟹5-ht1r和5-ht2r片... 根据已报道的中华绒螯蟹近缘物种的5-ht1r和5-ht2r氨基酸序列保守区,利用CODEHOP设计了两对简并引物,采用RT-PCR法扩增得到了中华绒螯蟹5-ht1r和5-ht2r部分片段并克隆到p MD-19T载体。测序结果表明扩增到的中华绒螯蟹5-ht1r和5-ht2r片段长分别为366 bp和177 bp,编码121和58个氨基酸。经BLASTp分析显示,中华绒螯蟹5-ht1r与罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)和克氏原螯虾(Procambarus clarkii)的5-ht1r同源性高达98%,而中华绒螯蟹5-HT2R与断沟龙虾(Panulirus interruptus)和克氏原螯虾(Procambarus clarkii)5-ht2r同源性高达95%。 展开更多

关键词 codehop 中华绒螯蟹 5-ht1r 5-ht2r 克隆

在线阅读 下载PDF 职称材料

CODEHOP RT-PCR方法在汉坦病毒基因型别鉴定和分子溯源中的应用 被引量：3

4

作者 胡群 马思杰 童淑梅 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第9期854-857,共4页

目的分析CODEHOP RT-PCR方法对于汉坦病毒(HV)基因型别鉴定和分子溯源中的应用效果。方法选取实验室保存的汉滩型病毒阳性鼠肺样品DX0901和汉城型病毒阳性鼠肺样品DX1101,用CODEHOP RT-PCR扩增HV病毒L基因片段并测序,进行Blast同源性比... 目的分析CODEHOP RT-PCR方法对于汉坦病毒(HV)基因型别鉴定和分子溯源中的应用效果。方法选取实验室保存的汉滩型病毒阳性鼠肺样品DX0901和汉城型病毒阳性鼠肺样品DX1101,用CODEHOP RT-PCR扩增HV病毒L基因片段并测序,进行Blast同源性比对和系统发生分析。结果两份样品均获得478bp大小的RT-PCR扩增产物,汉滩病毒DX0901与汉滩病毒株Nc167同源性最为接近,遗传距离为0.142。汉城病毒DX1101与汉城病毒株ZT10,ZT71,Z37同源性最为接近,遗传距离为0.049。结论 CODEHOP RT-PCR方法可以有效的用于对汉坦病毒进行基因型别鉴定和分子溯源。 展开更多

关键词 汉坦病毒 codehop RT-PCR 基因型别 分子溯源

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于CODEHOP克隆杉木种子14-3-3基因片段 被引量：1

5

作者 李春映 仇伟 +2 位作者 杨立伟 施季森 甄艳 《林业科技开发》 北大核心 2015年第1期13-16,共4页

对于未测序的物种,利用常规的引物设计很难扩增出蛋白质组获得的蛋白质基因。利用CODEHOP设计杉木种子14-3-3蛋白质的简并引物来进行反转录PCR,从杉木未成熟的种子中扩增出1 000 bp左右的产物。将PCR产物构建p MD-19Vector载体上并转化J... 对于未测序的物种,利用常规的引物设计很难扩增出蛋白质组获得的蛋白质基因。利用CODEHOP设计杉木种子14-3-3蛋白质的简并引物来进行反转录PCR,从杉木未成熟的种子中扩增出1 000 bp左右的产物。将PCR产物构建p MD-19Vector载体上并转化JM109菌感受态细胞中,菌落PCR扩增测序。结果显示,利用CODEHOP方法设计简并引物扩增的目标片段的大小及序列与预期的一致。这将为杉木其他蛋白质基因的克隆和研究提供参考。 展开更多

关键词 codehop 杉木 14-3-3蛋白质 简并引物

在线阅读 下载PDF 职称材料

CODEHOP在线简并引物设计与杉木4CL基因片段克隆 被引量：7

6

作者 佘朝文 蒋向辉 +2 位作者 许栋 张青桦 赵旺 《湖南林业科技》 2009年第6期26-29,共4页

利用CODEHOP设计4CL酶的简并引物,利用设计的3对简并引物进行RT—PCR,从杉木幼茎中克隆到2个长度分别为502 bp和536 bp的PCR产物,产物经pMD18—T载体克隆转化至DH5α大肠杆菌中,序列通过Blastx检索与Genbank进行同源性比对后,发现2片段... 利用CODEHOP设计4CL酶的简并引物,利用设计的3对简并引物进行RT—PCR,从杉木幼茎中克隆到2个长度分别为502 bp和536 bp的PCR产物,产物经pMD18—T载体克隆转化至DH5α大肠杆菌中,序列通过Blastx检索与Genbank进行同源性比对后,发现2片段都与其它植物的4—CL基因具有较高的氨基酸序列同源性。研究表明,该程序设计的简并引物可信性强,阳性率高。该基因的成功克隆将为研究杉木木质素的合成提供科学依据。 展开更多

关键词 codehop 简并引物 4-CL基因 克隆

在线阅读 下载PDF 职称材料

用CODEHOP法设计简并引物克隆草鱼多聚免疫球蛋白受体基因片段 被引量：1

7

作者 许国晶 王超 +3 位作者 孟庆磊 刘峰 刘飞 陈秀丽 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期138-142,共5页

为克隆草鱼Ctenopharyngodon idellus多聚免疫球蛋白受体p IgR基因,本研究中借助于NCBI、Blast等数据库及Primer Premier 5.0、DNAMAN等生物软件,利用CODEHOP法设计了简并引物,并对克隆基因进行同源性比较和系统发生分析。结果表明:用CO... 为克隆草鱼Ctenopharyngodon idellus多聚免疫球蛋白受体p IgR基因,本研究中借助于NCBI、Blast等数据库及Primer Premier 5.0、DNAMAN等生物软件,利用CODEHOP法设计了简并引物,并对克隆基因进行同源性比较和系统发生分析。结果表明:用CODEHOP法设计的简并引物特异性强,试验成功率高;草鱼p IgR基因属于整个脊椎动物的p IgR基因群,与鲤Cyprinus carpio同源性最高,为84%。 展开更多

关键词 草鱼 codehop 多聚免疫球蛋白受体(p IgR)

在线阅读 下载PDF 职称材料

利用CODEHOP设计简并引物并克隆玫瑰LAZY1基因片段

8

作者 李政宏 李勇 +3 位作者 邹凯 李忠健 赵兰勇 徐宗大 《山东林业科技》 2018年第3期7-10,共4页

为克隆玫瑰LAZY1基因,介绍使用CODEHOP设计简并引物的方法。本文使用CODEHOP设计出10条简并引物,以玫瑰幼茎提取的RNA反转录所得到的cDNA为模板,经RT-PCR扩增得到长度为410bp的基因片段,将该产物连接到pMD-18T载体中,转化至Trans1-T1大... 为克隆玫瑰LAZY1基因,介绍使用CODEHOP设计简并引物的方法。本文使用CODEHOP设计出10条简并引物,以玫瑰幼茎提取的RNA反转录所得到的cDNA为模板,经RT-PCR扩增得到长度为410bp的基因片段,将该产物连接到pMD-18T载体中,转化至Trans1-T1大肠杆菌中进行测序,测序片段在Genbank中通过Blastx检索与其他物种LAZY1基因的同源性,发现产物片段与其他植物中的LAZY1基因具有较高的相似性和同源性。研究结果表明CODEHOP在线设计简并引物方法简单实用,且具有较高阳性率。 展开更多

关键词 玫瑰 同源克隆 简并引物 codehop LAZY1基因

在线阅读 下载PDF 职称材料

CODEHOP法设计简并引物克隆鲫鱼肌钙蛋白C(TnC)基因及序列分析

9

作者 卢玉婷 张雅斌 +4 位作者 王建超 吉尚雷 杜晓燕 张培军 李月红 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2015年第1期91-93,96,共4页

本文结合生物信息学资源和生物软件的使用,针对特定的氨基酸序列设计简并引物,利用CODEHOP法设计简并引物克隆鲫鱼肌钙蛋白C(Tn C)基因,并构建系统进化树。证明该基因片段与其他鱼类Tn C基因具有较高的同源性,其中与斑马鱼同源性最高达... 本文结合生物信息学资源和生物软件的使用,针对特定的氨基酸序列设计简并引物,利用CODEHOP法设计简并引物克隆鲫鱼肌钙蛋白C(Tn C)基因,并构建系统进化树。证明该基因片段与其他鱼类Tn C基因具有较高的同源性,其中与斑马鱼同源性最高达到96%,与大西洋鲑、白斑狗鱼、虹鳟、斜带石斑鱼、斑点叉尾鮰的同源性分别为92%、92%、91%、91%、85%。研究表明,应用此种方法设计出的引物简并度相对较低,Tm值的修改较为灵活,产物特异性强。 展开更多

关键词 鲫鱼 简并引物 肌钙蛋白C(TnC)

在线阅读 下载PDF 职称材料

巴斯德杆菌属CODEHOP PCR检测方法的建立与初步应用

10

作者 邢进 冯育芳 +3 位作者 岳秉飞 贺争鸣 孙晓梅 代解杰 《中国比较医学杂志》 CAS 北大核心 2017年第1期85-90,共6页

目的建立巴斯德杆菌的CODEHOP PCR快速检测方法,为实验动物的呼吸道细菌的控制提供参考。方法应用CODEHOP在线简并引物设计工具,比对Genbank中13株巴斯德杆菌的RNA聚合酶β亚基(rpo B)氨基酸序列设计简并引物。对建立CODEHOP PCR方法用2... 目的建立巴斯德杆菌的CODEHOP PCR快速检测方法,为实验动物的呼吸道细菌的控制提供参考。方法应用CODEHOP在线简并引物设计工具,比对Genbank中13株巴斯德杆菌的RNA聚合酶β亚基(rpo B)氨基酸序列设计简并引物。对建立CODEHOP PCR方法用21株参考菌株进行特异性和敏感性评价,并应用于实验动物中的巴斯德杆菌检测。结果简并引物Past F6/PastR5扩增标准菌株的目的片段为200 bp左右。能够区分受试的巴斯德杆菌和主要的实验动物呼吸道病原菌。敏感性为0.2 pg/μL^2 pg/μL。在受试的609只实验动物中呼吸道样品中检测出巴斯德杆菌阳性率为19.1%。样品阳性片段经测序验证,准确率为100%。结论所建立的方法具有良好的特异性和敏感性,可用于动物样品中巴斯德杆菌的检测。 展开更多

关键词 巴斯德杆菌 共有序列简并杂合寡核苷酸引物 PCR检测 实验动物

在线阅读 下载PDF 职称材料

CODEHOP设计简并引物克隆花羔红点鲑肌钙蛋白及其生物信息分析

11

作者 茆安婷 焦雪 +1 位作者 巴翠玉 李月红 《黑龙江水产》 2017年第2期33-36,共4页

本实验通过无性生殖的方法得到了花羔红点鲑肌钙蛋白(Tnc)基因,并在使用生物信息学资源和生物软件的条件下,通过CODEHOP的方法对特定的氨基酸序列设计简并引物,并对得出的结果进行同源性分析同时构建其相对系统进化树。结果表明:通过COD... 本实验通过无性生殖的方法得到了花羔红点鲑肌钙蛋白(Tnc)基因,并在使用生物信息学资源和生物软件的条件下,通过CODEHOP的方法对特定的氨基酸序列设计简并引物,并对得出的结果进行同源性分析同时构建其相对系统进化树。结果表明:通过CODEHOP的方法所设计出的引物简并度较其他方法得到的引物简并度低,DNA熔解温度(Tm值)修改较方便,产物具有较强的特异性;肌钙蛋白具有高度的保守性,将肌钙蛋白基因片断做结果比对,其编码的氨基酸序列与斑马鱼同源性可达96%,与大西洋鲑Salmo salar同源性为92%,白斑狗鱼Esoxlucius同源性为92%,虹鳟Oncorhynchus mykiss同源性为91%,斜带石斑鱼Epinepheluscoioides同源性为91%,斑点叉尾鮰Ictalurus punctatus同源性为85%。 展开更多

关键词 花羔红点鲑 简并引物 codehop 肌转蛋白

在线阅读 下载PDF 职称材料

利用简并PCR克隆烟草节杆菌02181肌酸酶基因 被引量：4

12

作者 智强 李淑慧 +5 位作者 高利宏 李鹏 周玉 易维京 王源 胡川闽 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第12期1221-1223,共3页

目的用简并PCR从烟草节杆菌02181中扩增出肌酸酶部分序列,以期获得其全长编码基因。方法从NCBI查询已发表的肌酸酶蛋白质序列,将其递交到Block Maker服务器,利用工具软件CODEHOP设计简并引物,以烟草节杆菌02181基因组DNA为模板做PCR。... 目的用简并PCR从烟草节杆菌02181中扩增出肌酸酶部分序列,以期获得其全长编码基因。方法从NCBI查询已发表的肌酸酶蛋白质序列,将其递交到Block Maker服务器,利用工具软件CODEHOP设计简并引物,以烟草节杆菌02181基因组DNA为模板做PCR。结果将所得目的片段(414bp)在NCBI上BLASTx,结果表明,所得序列与不同菌种来源的肌酸酶高度同源,其中与节杆菌属肌酸酶基因的同源性最高,一致性达到了71%。结论从烟草节杆菌02181中成功克隆出了肌酸酶基因的部分序列。 展开更多

关键词 肌酸酶 简并PCR Block MAKER codehop

在线阅读 下载PDF 职称材料

鹅CAT-4基因的简并引物设计及克隆 被引量：3

13

作者 高安崇 史旭升 +2 位作者 孙永峰 薛冲 杨连玉 《中国家禽》 北大核心 2010年第13期15-18,共4页

CAT-4是生物体内重要的氨基酸转运蛋白,通过CodeHop法来克隆鹅CAT-4基因片段,为今后对CAT-4基因的研究提供依据。结合BlockMaker、CodeHop、NCBI、Blastp、ClustalW2等生物信息学资源和DNAMAN、Oligo6.0等生物软件,设计鹅CAT-4基因的简... CAT-4是生物体内重要的氨基酸转运蛋白,通过CodeHop法来克隆鹅CAT-4基因片段,为今后对CAT-4基因的研究提供依据。结合BlockMaker、CodeHop、NCBI、Blastp、ClustalW2等生物信息学资源和DNAMAN、Oligo6.0等生物软件,设计鹅CAT-4基因的简并引物,对所涉及的CAT-4基因片段进行克隆。此次试验成功地克隆了鹅脑组织中的CAT-4基因,并且获得了CAT-4基因编码的cDNA部分序列,其长度为450 bp。结果表明,CodeHop法设计简并引物,能够提高引物特异性,减少假阳性率,有利于试验成功。 展开更多

关键词 CAT-4 简并引物 鹅 codehop

在线阅读 下载PDF 职称材料

E.tenella端粒酶逆转录酶基因3′端序列的克隆及分析

14

作者 杨桂连 李建华 +5 位作者 张西臣 赵权 宫鹏涛 蔡亚南 任保彦 张国才 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2009年第12期3-6,共4页

为了获得E.tenellaTERT全长cDNA序列,本试验根据已报道的其他,原虫TERT氨基酸序列,利用CODEHOP方法设计简并引物,同时利用Trizol法提取总RNA并反转录为cDNA,然后采用3-′RACE方法克隆获得E.tenellaTERT 3′cDNA序列,并采用生物信息学技... 为了获得E.tenellaTERT全长cDNA序列,本试验根据已报道的其他,原虫TERT氨基酸序列,利用CODEHOP方法设计简并引物,同时利用Trizol法提取总RNA并反转录为cDNA,然后采用3-′RACE方法克隆获得E.tenellaTERT 3′cDNA序列,并采用生物信息学技术进行序列分析。结果表明,该序列具有TERT蛋白家族特征性基序,证明成功克隆了E.tenellaTERT 3′cDNA序列。 展开更多

关键词 E.TENELLA 端粒酶逆转录酶基因 3′cDNA codehop

在线阅读 下载PDF 职称材料

硝普钠(SNP)和茉莉酸甲酯(MeJA)诱导的白桦Ty1-copia类逆转座子的克隆及分析 被引量：2

15

作者 梁楠松 曾凡锁 +2 位作者 李博 郭梁 詹亚光 《东北林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第10期69-74,共6页

利用Tvl—copia类逆转座子逆转录酶（RT）的保守区域设计引物，优化了扩增条件后利用RT—PCR从白桦愈伤组织中得到了1条逆转录酶序列。利用硝普钠（SNP）和茉莉酸甲酯（MeJA）诱导后分别扩增克隆了11条和9条逆转录酶序列。这2l条逆转录... 利用Tvl—copia类逆转座子逆转录酶（RT）的保守区域设计引物，优化了扩增条件后利用RT—PCR从白桦愈伤组织中得到了1条逆转录酶序列。利用硝普钠（SNP）和茉莉酸甲酯（MeJA）诱导后分别扩增克隆了11条和9条逆转录酶序列。这2l条逆转录酶序列（命名Bprtl-21）变化范围为205—290bp，一致性为71．93％，异质性为1．1％。50．9％，翻译成氨基酸的异质性为0～57．1％。经SNP和MeJA处理的样品中，获得的逆转录酶序列基本是分别聚类．初步证明不同的Tvl-copia类逆转座子能够分别响应不同的信号而被转录激活。分析所获得的21逆转录酶序列和苹果中19务逆转录转座子序列（DQ410748-DQ410766）进化关系发现．逆转录酶基本各自聚类。但是Bprt9、Bprtll和OQ4m750进化关系比较接近，Bprt15、Bprt19、DQ410751和DQ410753聚为一类，证明逆转座子存在水平传递。 展开更多

关键词 白桦 Tyl-copia类逆转座子 逆转录酶 转录活性 系统进化 异质性 简并杂交寡核苷酸引物

在线阅读 下载PDF 职称材料