冷胁迫下普通油茶CCCH型锌指蛋白基因家族的鉴定和分析 被引量：2

1

作者 邢凯峰 姚杏子 +5 位作者 周军 谢昊星 陈容平 赵耀 戎俊 张剑 《经济林研究》 北大核心 2024年第1期11-19,共9页

【目的】为挖掘和利用耐寒普通油茶Camellia oleifera遗传资源提供参考。【方法】基于普通油茶的冷胁迫转录组数据,对其CCCH型锌指蛋白基因进行鉴定,并对CCCH型锌指蛋白进行理化性质分析、系统发育分析、保守结构域预测、二级结构预测... 【目的】为挖掘和利用耐寒普通油茶Camellia oleifera遗传资源提供参考。【方法】基于普通油茶的冷胁迫转录组数据,对其CCCH型锌指蛋白基因进行鉴定,并对CCCH型锌指蛋白进行理化性质分析、系统发育分析、保守结构域预测、二级结构预测等相关生物信息学分析,并以庐山高海拔油茶(LSG)和栽培油茶品种赣无1(GW1)为材料,对CCCH型锌指蛋白基因在冷胁迫下的表达情况进行分析。【结果】在普通油茶的冷胁迫转录组数据中共鉴定到24个CCCH型锌指蛋白基因,参考水稻分类方法,将24个CCCH型锌指蛋白聚类到2个亚家族中。保守基序分析结果表明,在24个基因中仅有3种CCCH型锌指蛋白基序类型,即C-X8-C-X5-C-X3-H、C-X7-C-X5-C-X3-H和C-X5-C-X4-C-X3-H,数目分别为92、4和4。转录组表达谱分析结果表明:在野外冷胁迫试验中CoC3H17基因在D4、D5和D6时期的表达量高于D1、D2和D3时期,在室内冷胁迫试验中庐山高海拔油茶和赣无1的CoC3H17基因一直表现为更高的转录本丰度;CoC3H14和CoC3H24基因在野外试验的D4、D5和D6时期均表现为表达量明显上升,且在室内冷胁迫试验中庐山高海拔油茶的这2个基因的表达量高于赣无1。【结论】CoC3H17、CoC3H14和CoC3H24基因可能是普通油茶应对冷胁迫的关键基因。 展开更多

关键词 普通油茶 ccch型锌指蛋白基因家族 生物信息学分析 冷胁迫 转录组

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澳洲坚果锌指蛋白基因MiZFP11响应干旱和高温胁迫的功能分析

2

作者 杨祥燕 蔡元保 +5 位作者 曾黎明 杨为海 林玉虹 巫辅民 赵渊 胡玲 《热带作物学报》 北大核心 2025年第3期524-533,共10页

CCCH型锌指蛋白在植物生长发育及响应逆境胁迫中发挥重要的调控作用。本研究以澳洲坚果JW和桂热1号品种为试验材料,采用RT-PCR技术获得澳洲坚果锌指蛋白基因MiZFP11,分析其编码蛋白的结构特征和亚细胞定位,并利用实时荧光定量PCR技术分... CCCH型锌指蛋白在植物生长发育及响应逆境胁迫中发挥重要的调控作用。本研究以澳洲坚果JW和桂热1号品种为试验材料,采用RT-PCR技术获得澳洲坚果锌指蛋白基因MiZFP11,分析其编码蛋白的结构特征和亚细胞定位,并利用实时荧光定量PCR技术分析其在不同组织中以及干旱、高温胁迫下的表达水平。RT-PCR克隆结果表明,克隆获得的澳洲坚果锌指蛋白基因MiZFP11(GenBank注册号为MT332641),与CCCH型锌指蛋白基因较高同源。生物信息学分析表明,澳洲坚果MiZFP11蛋白相对保守的C端含有LCCL结构域,属于C3H13亚类锌指蛋白。蛋白基本性质分析表明,MiZFP11蛋白是不稳定的亲水蛋白和非分泌非跨膜蛋白,且以丝氨酸磷酸化修饰为主。蛋白高级结构分析表明,MiZFP11蛋白的二级和三级结构主要由无规则卷曲、α-螺旋和延伸链交错组成。烟草叶片的瞬时表达和共聚焦显微分析显示,MiZFP11蛋白定位于细胞核,与亚细胞定位预测结果一致。实时荧光定量PCR分析表明,澳洲坚果JW和桂热1号品种的MiZFP11基因在叶片中的表达量最高,在根、小花和小果中也有较高的表达量,在茎中的表达量则最低。干旱胁迫1~36h,叶片中的MiZFP11基因在JW品种中表现出“升-降-升-降”的表达模式,在桂热1号品种中表现出“升-降”的表达模式,2个品种整体上均受诱导上调表达。高温胁迫1~36h,叶片中的MiZFP11基因在JW和桂热1号品种中均表现出“升-降”的上调表达模式,且JW品种的表达量明显高于桂热1号品种。因此,MiZFP11基因在不同组织中均有显著差异表达,且受干旱和高温胁迫诱导后显著上调表达,推测MiZFP11基因在澳洲坚果组织生长发育,尤其在响应干旱和高温胁迫中起重要作用。 展开更多

关键词 澳洲坚果 ccch型锌指蛋白 干旱胁迫 高温胁迫 功能分析

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水稻CCCH型锌指蛋白亚家族Ⅰ基因的表达分析 被引量：5

3

作者 刘小艳 孙艳侠 +3 位作者 王亚男 刘晓楠 刘坤 郗冬梅 《山东农业科学》 2015年第2期7-11,共5页

CCCH型锌指蛋白是一类生物体中广泛存在的转录因子,与植物的抗逆性密切相关。水稻CCCH锌指蛋白家族包括67个成员,分为8个亚家族。本研究采用实时定量PCR技术分析水稻CCCH亚家族Ⅰ基因的组织表达模式以及盐、干旱、低温、高温等多种非生... CCCH型锌指蛋白是一类生物体中广泛存在的转录因子,与植物的抗逆性密切相关。水稻CCCH锌指蛋白家族包括67个成员,分为8个亚家族。本研究采用实时定量PCR技术分析水稻CCCH亚家族Ⅰ基因的组织表达模式以及盐、干旱、低温、高温等多种非生物胁迫和脱落酸(ABA)对CCCH基因表达水平的调节。结果表明,多数CCCH基因都不同程度地受到这些非生物胁迫及ABA的诱导或抑制,其中C3H10、C3H24、C3H33、C3H37和C3H67的表达量在不同胁迫处理后表现出不同程度的升高,C3H35、C3H50和C3H52在盐、干旱、ABA、低温和高温处理后表达水平呈下降趋势,表明这些CCCH锌指蛋白可能参与水稻的非生物胁迫响应。 展开更多

关键词 ccch锌指蛋白 非生物胁迫 基因表达分析

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澳洲坚果锌指蛋白基因MiZFP9的克隆与功能分析

4

作者 杨祥燕 蔡元保 +3 位作者 黄思婕 李季东 潘如军 黄运鹏 《南方农业学报》 北大核心 2025年第2期544-552,共9页

【目的】克隆澳洲坚果CCCH型锌指蛋白基因MiZFP9,并分析其在不同组织及低温、干旱胁迫下的表达情况,为深入探究澳洲坚果锌指蛋白基因的抗寒和耐旱分子机理提供理论依据。【方法】从澳洲坚果叶片克隆MiZFP9基因,并对其进行生物信息学分... 【目的】克隆澳洲坚果CCCH型锌指蛋白基因MiZFP9,并分析其在不同组织及低温、干旱胁迫下的表达情况,为深入探究澳洲坚果锌指蛋白基因的抗寒和耐旱分子机理提供理论依据。【方法】从澳洲坚果叶片克隆MiZFP9基因,并对其进行生物信息学分析。通过实时荧光定量PCR检测MiZFP9基因在不同组织中的表达特性及低温和干旱胁迫下的表达模式。【结果】从澳洲坚果叶片中克隆获得MiZFP9基因,属于CCCH型锌指蛋白基因C3H64亚类,其编码蛋白含有活性位点、Zn2+结合位点及CCCH型锌指蛋白的典型结构域ZF_C3H,为稳定的亲水性蛋白,以丝氨酸磷酸化为主,可能定位于细胞质,属于非分泌型蛋白。MiZFP9蛋白的高级结构主要由无规则卷曲、α-螺旋和延伸链交错组成。MiZFP9基因在Own Choice品种的不同组织中均显著差异表达(P<0.05,下同),其中在刚开放和未开放小花中的相对表达量最高,其次是根和叶,而在茎的相对表达量则最低。在低温胁迫和干旱胁迫下,MiZFP9基因在Own Choice和HAES695品种的相对表达量较对照(处理0 h)均显著上调,其中MiZFP9基因在Own Choice品种中呈先升高后降低的表达模式,在HAES695品种的相对表达量呈波动式变化模式,出现2个峰值,说明其在不同品种中的响应模式存在差异。【结论】MiZFP9基因具有组织表达特异性,并在低温和干旱处理后表达水平明显升高,推测MiZFP9在澳洲坚果组织生长发育及响应低温和干旱胁迫中发挥重要的正向调控作用。 展开更多

关键词 澳洲坚果 ccch型锌指蛋白 基因克隆 功能分析

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鸡Ⅱ型角蛋白基因家族成员鉴定及其功能的生物信息学分析

5

作者 李亚芬 刀文彬 +1 位作者 范新阳 苗永旺 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2024年第6期34-47,共14页

【目的】深入探讨鸡(Gallus gallus)Ⅱ型角蛋白(keratin,KRT)家族基因的分子特征和功能。【方法】利用生物信息学方法对鸡基因组中的Ⅱ型KRT家族成员进行鉴定,并比较分析其分子特征、染色体分布、种内和种间的共线性以及分子功能。【结... 【目的】深入探讨鸡(Gallus gallus)Ⅱ型角蛋白(keratin,KRT)家族基因的分子特征和功能。【方法】利用生物信息学方法对鸡基因组中的Ⅱ型KRT家族成员进行鉴定,并比较分析其分子特征、染色体分布、种内和种间的共线性以及分子功能。【结果】共鉴定出14个鸡Ⅱ型KRTs,它们成簇分布于第34号染色体。KRT8、LOC107055419和LOC768978基因各具有2个可变剪接异构体。基因间编码区的碱基组成相似,但序列差异较大。各基因转录区的结构、外显子和内含子数量及位置具有一定的可变性。共线性分析显示:在鸡物种内以及鸡与孔雀(Pavo muticus)间无基因的片段重复(无共线性);鸡与火鸡(Meleagris gallopavo)之间存在2个基因的片段重复;鸡与野鸭(Anas platyrhynchos)、鸡与日本鹌鹑(Coturnix japonica)之间各存在1个基因的片段重复。鸡Ⅱ型KRTs均为不稳定的亲水性蛋白,氨基酸组成差异较大,等电点为5.10~8.89;其保守基序数量为9~10个,含有Filament、Filament superfamily和Keratin_2_head保守结构域;其结构以α-螺旋为主。相较于人(Homo sapiens)和鼠(Mus muscμlus),鸡的Ⅱ型KRT基因家族成员较少。功能分析表明:该家族蛋白在细胞核和细胞质内参与角化和中间丝的形成等生物学路径,在表皮及其附属物结构的完整性方面发挥作用。【结论】鸡Ⅱ型KRT基因家族序列一致性差异较大,但其编码蛋白结构相似。鸡Ⅱ型KRTs编码的蛋白质作为细胞骨架的主要组分,可能与鸡羽毛的生长发育和结构完整性密切相关。 展开更多

关键词 鸡 Ⅱ型角蛋白基因家族 生物信息学分析 结构与功能 共线性 进化分析

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普通烟草CCCH类锌指蛋白家族的全基因组鉴定和表达分析 被引量：6

6

作者 唐春闺 邓兆龙 +5 位作者 刘琼 金维环 向世鹏 谢鹏飞 郭红祥 刘卫群 《河南农业科学》 北大核心 2022年第4期48-58,共11页

为了解烟草CCCH类锌指蛋白家族特性,利用拟南芥CCCH类锌指蛋白结构域比对烟草基因组数据库,共鉴定到86个CCCH类锌指蛋白基因家族成员,并对其进行蛋白质理化性质、系统进化、染色体分布、基序、启动子顺式作用元件、基因表达模式分析以... 为了解烟草CCCH类锌指蛋白家族特性,利用拟南芥CCCH类锌指蛋白结构域比对烟草基因组数据库,共鉴定到86个CCCH类锌指蛋白基因家族成员,并对其进行蛋白质理化性质、系统进化、染色体分布、基序、启动子顺式作用元件、基因表达模式分析以及对激素的响应分析。结果显示,烟草CCCH类锌指蛋白家族86个基因中37个成员分布在17条不同的染色体上;基序分析显示,该家族所有成员均含有C-X_(7/8)-C-X_(5)-C_(3)-H基序,除此之外,在烟草中也发现了一些新的CCCH基序,如C-X_(6)-C-X_(4)-C-X_(3)-H等;系统进化树显示,86个CCCH类锌指蛋白中的51个成员分为9个亚家族;启动子分析表明,NtC3H-39基因含有多个应激响应元件和激素响应元件。基因表达模式和激素响应分析表明,NtC3H-39具有明显的组织表达特异性,并对激素和干旱胁迫具有明显响应。 展开更多

关键词 烟草 ccch类锌指蛋白基因家族 NtC3H-39 胁迫应答 生物信息学

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核桃Q型C2H2锌指蛋白基因家族全基因组鉴定及表达分析 被引量：2

7

作者 马乃膺 雒宏佳 +5 位作者 李建红 辛国 张瑞 王双成 张仲兴 王延秀 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期920-934,共15页

【目的】Q型C2H2锌指蛋白在植物抵抗非生物胁迫中起重要作用。为深入了解核桃Q型C2H2锌指蛋白基因家族在核桃全基因组中的特征,对核桃Q型C2H2锌指蛋白(JrZFP)基因家族进行全基因组鉴定与分析,并研究其在核桃干旱和盐胁迫应答过程中的表... 【目的】Q型C2H2锌指蛋白在植物抵抗非生物胁迫中起重要作用。为深入了解核桃Q型C2H2锌指蛋白基因家族在核桃全基因组中的特征,对核桃Q型C2H2锌指蛋白(JrZFP)基因家族进行全基因组鉴定与分析,并研究其在核桃干旱和盐胁迫应答过程中的表达模式。【方法】利用生物信息学方法鉴定了核桃全基因组中的Q型C2H2锌指蛋白基因家族成员,并对其理化性质、染色体定位、进化关系和基因结构进行分析;根据JrZFP基因家族进化树随机挑选15个JrZFP基因,并通过实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR,qRT-PCR)方法检测15个基因在干旱和盐胁迫下的响应特性。【结果】在核桃中共鉴定出82个Q型C2H2锌指蛋白基因,其蛋白质序列长度介于59~636个氨基酸之间,亚细胞定位主要位于细胞核中;该基因家族成员不均匀分布在15条染色体上,其中有11对JrZFPs基因为串联重复基因,63个JrZFP基因参与片段重复事件;基因结构分析表明,75个JrZFP基因无内含子,其余成员含有1~10个外显子;上游启动子区分析发现,该基因家族成员含有参与逆境胁迫和激素响应相关的顺式作用元件。表达分析结果显示,在盐胁迫下15个JrZFP基因均显著上调,以JrZFP55最为明显,推测JrZFP55在核桃NaCl胁迫中起正向调节作用;在干旱胁迫下15个JrZFP基因中上调6个,其中JrZFP12上调最为显著,下调9个,以JrZFP4、JrZFP55和JrZFP57下调程度最大,推测这3个基因在核桃干旱胁迫中起负调控作用。【结论】核桃全基因组中有82个JrZFP家族成员都具有Q型C2H2锌指蛋白典型结构域,且通过qRT-PCR对随机挑选基因进行分析以发现可能参与干旱和盐胁迫的JrZFPs基因,为深入研究核桃JrZFP参与干旱胁迫和盐胁迫提供理论依据。 展开更多

关键词 核桃 Q型C2H2锌指蛋白基因家族 基因表达

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基于转录组的油茶DHHC型锌指蛋白基因家族的鉴定及分析 被引量：2

8

作者 徐嘉娟 朱亚艳 +2 位作者 李芳 许杰 王港 《西北林学院学报》 CSCD 北大核心 2022年第1期81-88,共8页

DHHC型锌指蛋白参与细胞内蛋白质的棕榈酰化修饰,对植物的生长发育、器官形成、生殖发育及胁迫响应等生命活动具有重要的调控作用。基于油茶叶片转录组数据,筛选出23个DHHC型锌指蛋白基因,应用生物信息学方法对其蛋白理化性质、结构域... DHHC型锌指蛋白参与细胞内蛋白质的棕榈酰化修饰,对植物的生长发育、器官形成、生殖发育及胁迫响应等生命活动具有重要的调控作用。基于油茶叶片转录组数据,筛选出23个DHHC型锌指蛋白基因,应用生物信息学方法对其蛋白理化性质、结构域、系统进化等进行了分析。结果表明,23个DHHC型锌指蛋白的序列大小为195~725 aa,均包含一个保守的DHHC-CRD结构域,大部分DHHC型锌指蛋白具有4个跨膜区,主要定位于细胞核和细胞膜中。系统进化分析将其分为4类,与拟南芥和水稻均有不同程度的同源关系,DHHC型锌指蛋白在不同物种间具有遗传保守性。23个DHHC型锌指蛋白基因在结实量大和结实量小的单株的不同发育时期叶片中均有不同程度的表达。CoDHHC9、CoDHHC13、CoDHHC22在油茶抽梢生长期的叶片中表达上调;CoDHHC6、CoDHHC12、CoDHHC18、CoDHHC23在花芽分化时期和果实成熟时期的叶片中表达量较高,且在结实量较小而开花较多的单株中表达上调更为明显,这些基因可能参与油茶花芽分化及花朵发育过程;CoDHHC5、CoDHHC11、CoDHHC15在不同时期的叶片中表达量均较低。研究结果为进一步对油茶DHHC型锌指蛋白家族基因的克隆和功能分析提供依据,有助于进一步研究该基因家族在油茶生殖发育中的调控功能。 展开更多

关键词 油茶 DHHC型锌指蛋白家族 蛋白质酰基转移酶 生物信息学分析

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大豆C_2H_2型锌指蛋白基因SCTF-1的克隆及功能分析 被引量：10

9

作者 宋冰 王丕武 +7 位作者 付永平 范旭红 夏海峰 高玮 洪洋 王贺 张卓 马建 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期749-756,共8页

锌指蛋白是一类具有手指型结构的蛋白质,其中一些锌指蛋白是转录因子,对真核生物的生长发育及非生物逆境胁迫的耐受能力都有着重要作用。文章从大豆(Glycine max(L.)Merr.)中克隆了一个新的C2H2型锌指蛋白基因SCTF-1(GenBank登录号:JQ69... 锌指蛋白是一类具有手指型结构的蛋白质,其中一些锌指蛋白是转录因子,对真核生物的生长发育及非生物逆境胁迫的耐受能力都有着重要作用。文章从大豆(Glycine max(L.)Merr.)中克隆了一个新的C2H2型锌指蛋白基因SCTF-1(GenBank登录号:JQ692081),该基因包含一个699 bp的开放阅读框,编码233个氨基酸,无内含子,有两个典型的C2H2型锌指结构。锌指结构中有植物锌指蛋白特有的保守氨基酸序列QALGGH。经软件预测分析,其等电点pI=8.33,分子量24.9 kDa。农杆菌介导的洋葱表皮细胞GFP瞬时表达实验结果表明,SCTF-1蛋白能够定位到细胞核中。通过RT-PCR检测发现该基因在大豆叶和花中的表达量较高,在茎和根的表达量相对较低。在对大豆幼苗的低温胁迫中,SCTF-1基因的表达量明显增加。将SCTF-1基因转入烟草(Nicotiana tabacum L.)中,发现SCTF-1基因的过量表达能够明显提高转基因烟草的耐冷能力。 展开更多

关键词 大豆 锌指蛋白 C2H2型 SCTF-1基因 亚细胞定位 耐冷能力

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青花菜锌指蛋白基因BoCCCH1的克隆和表达分析 被引量：3

10

作者 蒋明 刘青娥 +3 位作者 管铭 张雪 陈雅 左诗璇 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期444-450,共7页

CCCH锌指蛋白广泛存在于真核生物中,在植物的生长、发育和逆境胁迫响应中起着重要作用。为获知青花菜CCCH转录因子基因的序列特征和表达特性,从青花菜叶片中克隆到1个CCCH基因,命名为Bo CCCH1,同时,利用RT-PCR方法研究了其在不同器官及... CCCH锌指蛋白广泛存在于真核生物中,在植物的生长、发育和逆境胁迫响应中起着重要作用。为获知青花菜CCCH转录因子基因的序列特征和表达特性,从青花菜叶片中克隆到1个CCCH基因,命名为Bo CCCH1,同时,利用RT-PCR方法研究了其在不同器官及霜霉菌侵染叶片中的表达模式。序列分析结果表明,Bo CCCH1的基因组全长为1 568 bp,包含1个长度为599 bp的内含子,2个长度分别为627 bp、342 bp的外显子,编码322个氨基酸,蛋白质的分子量与等电点分别为35 296.42 Da和8.47;Bo CCCH1有2个锌指结构,类型均为C-X8-C-X5-C-X3-H。系统发育分析结果表明,Bo CCCH1与其它植物的21条同源序列在进化树上分为6组,来自十字花科的CCCH与Bo CCCH1处于同一分支。基因表达结果表明,Bo CCCH1在叶、花茎、嫩角果、花蕾和花中表达,其中花茎和嫩角果的表达量最高,但在根中未检测到表达;在霜霉菌侵染下,叶片Bo CCCH1的表达量升高,到24 h和36 h时达到最大,推测Bo CCCH1与霜霉病抗性相关。本研究为进一步探明Bo CCCH1在霜霉病抗性反应中的功能奠定了基础。 展开更多

关键词 ccch锌指蛋白 霜霉病 基因表达 青花菜

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野生大豆(Glycine soja)C2H2型锌指蛋白基因的克隆与序列分析 被引量：8

11

作者 白晶 张必弦 +1 位作者 李新玲 徐香玲 《大豆科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第1期21-25,共5页

根据大豆SCOF-1的CDs区设计特异引物,通过PCR和RT-PCR从野生大豆01-197中克隆到含两个锌指的C2H2型锌指蛋白基因,命名为GjC2H2,GenBank登录号为FJ172776。对其进行核苷酸和氨基酸同源性分析及系统发生分析,结果表明:该基因内部无内含子... 根据大豆SCOF-1的CDs区设计特异引物,通过PCR和RT-PCR从野生大豆01-197中克隆到含两个锌指的C2H2型锌指蛋白基因,命名为GjC2H2,GenBank登录号为FJ172776。对其进行核苷酸和氨基酸同源性分析及系统发生分析,结果表明:该基因内部无内含子,长度为702bp,分子量为25.13KD,与其他锌指蛋白基因有很高的同源性,推测其与植物抗逆性有关。 展开更多

关键词 野生大豆 C2H2型锌指蛋白 基因克隆

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核盘菌和灰葡萄孢菌CCCH锌指蛋白基因的鉴定和比较分析 被引量：1

12

作者 蒋明 管铭 +2 位作者 潘小翠 张金国 胡佳渭 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第8期1118-1124,共7页

CCCH锌指蛋白(zinc finger proteins)广泛分布于动物、植物和微生物之中,在RNA代谢过程中起着重要作用,通过鉴定核盘菌和灰葡萄孢菌Zf基因,为基因克隆、表达分析和功能研究奠定基础。本研究以核盘菌和灰葡萄孢菌全基因组序列为材料,运... CCCH锌指蛋白(zinc finger proteins)广泛分布于动物、植物和微生物之中,在RNA代谢过程中起着重要作用,通过鉴定核盘菌和灰葡萄孢菌Zf基因,为基因克隆、表达分析和功能研究奠定基础。本研究以核盘菌和灰葡萄孢菌全基因组序列为材料,运用生物信息学的手段开展Zf基因的全基因组鉴定和分析。经分析,核盘菌和灰葡萄孢菌各有11个Zf基因,它们的开放性阅读框全长分别为633～3741bp和633～3486bp;共检测到55个CCCH锌指基序,以C-X7-C-X5-C-X3-H(22个)和C-X8-C-X5-C-X3-H(21个)最为常见,其中C-X8-C-X6-C-X3-H和C-X7-C-X6-C-X3-H为2种新发现的基序类型;进化分析结果表明,22个Zf基因聚为4组,除SS1G_13631、SS1G_09360、BC1T_00310和BC1T_05217外,核盘菌和灰葡萄孢菌的Zf基因分别位于不同的小分支,该结果与Zf基因的基因结构、基序数量和分布情况一致。 展开更多

关键词 ccch锌指蛋白 核盘菌 灰葡萄孢菌 基因组

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水稻TFⅢA型锌指蛋白基因ZFP207的克隆和表达分析 被引量：6

13

作者 孟繁君 黄骥 +2 位作者 鲍永美 江燕 张红生 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期387-392,共6页

锌指蛋白是一类重要的转录因子,广泛参与植物的生长发育和胁迫应答过程。文章使用生物信息学方法从水稻中预测并克隆了一个TFⅢA型锌指蛋白基因ZFP207(GenBank登陆号:AK063147.1),该基因包含一个567bp的开放阅读框,编码一条188个氨基酸... 锌指蛋白是一类重要的转录因子,广泛参与植物的生长发育和胁迫应答过程。文章使用生物信息学方法从水稻中预测并克隆了一个TFⅢA型锌指蛋白基因ZFP207(GenBank登陆号:AK063147.1),该基因包含一个567bp的开放阅读框,编码一条188个氨基酸组成的多肽,其编码产物的预测分子量为20.72kDa,等电点为9.67。锌指蛋白ZFP207含有一个典型的TFⅢA型锌指结构,并且在C端含有一个可能具有转录抑制功能的EAR-motif,但不具有任何已知的核定位信号。系统发生分析结果表明,ZFP207与植物中已经发现的单锌指蛋白亲缘关系较近。通过RT-PCR方法分析了ZFP207基因在成株期水稻不同组织中的表达,发现ZFP207在茎和叶中表达量较高,而在穗和根中表达量较低。在酵母中的转录激活实验结果显示,ZFP207在酵母中不具有转录激活功能。 展开更多

关键词 水稻 锌指蛋白 TFⅢA型 ZFP207基因

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沙冬青RING型锌指蛋白基因AmRFP1的克隆与功能初步分析 被引量：2

14

作者 任美艳 杨晓茹 +4 位作者 殷玉梅 郭慧琴 张艳霞 薛敏 王茅雁 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第12期2317-2324,共8页

利用RT-PCR方法,从强抗逆植物蒙古沙冬青克隆到1个受寒旱诱导的锌指蛋白基因AmRFP1。预测其编码蛋白由366个氨基酸残基组成,其中含有1个C3H2C3型锌指结构域,故属于RING-H2(C3H2C3)型锌指蛋白。该蛋白还含有2个跨膜区,很可能定位于细胞... 利用RT-PCR方法,从强抗逆植物蒙古沙冬青克隆到1个受寒旱诱导的锌指蛋白基因AmRFP1。预测其编码蛋白由366个氨基酸残基组成,其中含有1个C3H2C3型锌指结构域,故属于RING-H2(C3H2C3)型锌指蛋白。该蛋白还含有2个跨膜区,很可能定位于细胞质膜。半定量RT-PCR分析表明,在不同季节野外生长沙冬青植株嫩叶中,AmRFP1在夏季只有低水平表达,进入秋季后表达量明显增加,尤其在秋末冬初其表达量迅速增加并达到全年最高峰,但在进入最寒冷的隆冬后又回落至秋季水平并维持到翌年春季基本未变。将该基因在拟南芥中超表达,则明显降低了转基因拟南芥的抗冻性。 展开更多

关键词 沙冬青 RING型锌指蛋白 基因克隆 野外表达 功能分析

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骨形成蛋白Ⅱ型受体基因R491W突变导致家族性原发性肺动脉高压 被引量：6

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作者 陆立鹤 荆志成 +2 位作者 邹玉宝 张芊 惠汝太 《中国循环杂志》 CSCD 北大核心 2002年第5期380-382,共3页

目的 :验证骨形成蛋白Ⅱ型受体 (BMPR2 )基因突变是否能导致中国汉族人家族性原发性肺动脉高压 (PPH)。　　方法 :对一个独立的家族性PPH家系和 1 0例散发患者及 1 0 0例正常人进行BMPR2基因突变扫描 ,外周血白细胞中提取基因组脱氧核... 目的 :验证骨形成蛋白Ⅱ型受体 (BMPR2 )基因突变是否能导致中国汉族人家族性原发性肺动脉高压 (PPH)。　　方法 :对一个独立的家族性PPH家系和 1 0例散发患者及 1 0 0例正常人进行BMPR2基因突变扫描 ,外周血白细胞中提取基因组脱氧核糖核酸 (DNA) ,聚合酶链反应扩增BMPR2基因 1～ 1 3号外显子 ,自动测序仪检测突变。　　结果 :此家系先证者BMPR2基因第 4 91密码子位置发生C→T转换 ,使精氨酸 (R)变为色氨酸 (W)。家系中另两例患者也携带此突变 ,而其他家系成员和散发病例以及正常人均未发现BMPR2基因 1～ 1 3号外显子的异常改变。　　结论 :BMPR2基因R4 91W错义突变能导致家族性PPH ,这与国外研究结果一致。 展开更多

关键词 骨形成蛋白Ⅱ型受体 基因变异 家族性 原发性肺动脉高压

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条锈菌诱导的小麦C3HC4型锌指蛋白基因的克隆及其特征分析 被引量：2

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作者 张毅 张岗 +3 位作者 徐进 郭军 黄丽丽 康振生 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第10期49-54,共6页

应用电子克隆和RT-PCR方法,从小麦叶片中首次分离出1个条锈菌诱导的编码C3HC4型锌指蛋白基因的cDNA序列,暂被命名为TaZFP1。TaZFP1包含一个完整的849 bp的开放阅读框,编码282个氨基酸,具有C3HC4保守结构域;小麦TaZFP1氨基酸序列与水稻Os... 应用电子克隆和RT-PCR方法,从小麦叶片中首次分离出1个条锈菌诱导的编码C3HC4型锌指蛋白基因的cDNA序列,暂被命名为TaZFP1。TaZFP1包含一个完整的849 bp的开放阅读框,编码282个氨基酸,具有C3HC4保守结构域;小麦TaZFP1氨基酸序列与水稻OsZFP1相似性达89%,与玉米ZmZFP1相似性达81%。TaZFP1在小麦根、茎、叶组织中表达量基本一致。在小麦与条锈菌的亲和、非亲和互作中,TaZFP1基因均受条锈菌诱导高水平表达,且非亲和组合表达量高于亲和组合,表明TaZFP1可能参与小麦对条锈菌的防御反应。 展开更多

关键词 条锈菌 小麦 C3HC4型锌指蛋白 电子克隆 基因表达

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甘蓝型油菜TFⅢA型锌指蛋白基因鉴别和表达模式 被引量：1

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作者 柳琼 黄毅 +4 位作者 陶章生 黄顺谋 王新发 黄邦全 刘贵华 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期562-571,共10页

植物TFⅢA型锌指蛋白的锌指区含有保守的QALGGH区,属于C2H2型转录因子,参与调控植物生长发育和逆境胁迫应答.参照拟南芥AtZFP基因的C2H2结构域氨基酸序列,采用生物信息学方法鉴定了46个甘蓝型油菜TFⅢA型锌指蛋白基因,分析了基因结构、... 植物TFⅢA型锌指蛋白的锌指区含有保守的QALGGH区,属于C2H2型转录因子,参与调控植物生长发育和逆境胁迫应答.参照拟南芥AtZFP基因的C2H2结构域氨基酸序列,采用生物信息学方法鉴定了46个甘蓝型油菜TFⅢA型锌指蛋白基因,分析了基因结构、生化特性、进化关系和基因表达模式.结果表明：42个基因为单锌指蛋白基因,4个为多锌指蛋白基因;40个基因不含内含子,6个基因含内含子;46个基因的氨基酸序列同源性变幅为9.0% ～99.2%,氨基酸序列保守性差异明显,亚类成员间包含相同的保守基序,亚类间的保守基序不同;PlantCARE分析发现其启动子区富含激素、非生物胁迫及特定生理过程响应的顺式作用元件;RNA-seq分析表明,部分基因在甘蓝型油菜品种中双11号的根、初花期雌蕊和角果中特异表达. 展开更多

关键词 甘蓝型油菜 TFⅢA型锌指蛋白基因 基因结构 保守基序 表达模式

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基于RNA-seq数据发掘响应干旱的谷子C2H2型锌指蛋白基因 被引量：4

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作者 齐帆 范兴 +3 位作者 陈义 王晶慧 许慧晶 马芳芳 《江苏农业科学》 2019年第2期41-45,共5页

C2H2型锌指蛋白在植物响应逆境胁迫以及激素信号转导过程中起着重要作用,为了发掘响应干旱胁迫的谷子C2H2型锌指蛋白基因(SiC2H2),利用转录组测序技术构建谷子聚乙二醇(PEG)处理前后转录组文库,根据表达谱数据鉴定出11个SiC2H2差异表达... C2H2型锌指蛋白在植物响应逆境胁迫以及激素信号转导过程中起着重要作用,为了发掘响应干旱胁迫的谷子C2H2型锌指蛋白基因(SiC2H2),利用转录组测序技术构建谷子聚乙二醇(PEG)处理前后转录组文库,根据表达谱数据鉴定出11个SiC2H2差异表达基因,对其进行理化性质、启动子元件等部分生物信息学分析和进化树及基因结构分析。实时荧光定量逆转录PCR(RT-PCR)验证结果表明,随机选取的4个基因在PEG胁迫前后的表达特点与表达谱数据基本一致。研究结果为后续进一步研究C2H2型锌指蛋白在谷子抗旱性中的作用以及谷子抗旱分子育种提供了理论依据。 展开更多

关键词 谷子 C2H2型锌指蛋白 干旱胁迫 差异表达基因

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普通白菜C3H类锌指蛋白基因家族鉴定及表达分析

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作者 田文杰 侯瑞泽 +3 位作者 杜泽光 李改珍 侯雷平 李梅兰 《河北农业科学》 2023年第5期65-75,共11页

植物CCCH(C3H)锌指蛋白是一种可识别并结合RNA的蛋白,在植物生长发育、胁迫响应中发挥重要作用。为了了解普通白菜C3H类锌指蛋白家族的特性,通过比对拟南芥C3H类锌指蛋白成员和普通白菜数据库,鉴定普通白菜中C3H类锌指蛋白家族成员,并... 植物CCCH(C3H)锌指蛋白是一种可识别并结合RNA的蛋白,在植物生长发育、胁迫响应中发挥重要作用。为了了解普通白菜C3H类锌指蛋白家族的特性,通过比对拟南芥C3H类锌指蛋白成员和普通白菜数据库,鉴定普通白菜中C3H类锌指蛋白家族成员,并分析其蛋白质理化性质、系统进化、染色体分布以及在花芽分化阶段不同时期的表达模式。结果显示,共鉴定到84个普通白菜C3H类锌指蛋白家族成员,根据在染色体上的顺序分别命名为BrcC3H1~84,这些成员不均匀地分布在10条染色体上,其中在3号染色体上分布最多,有15名成员;蛋白质理化性质分析表明,该家族成员编码蛋白质氨基酸数量为156~1542个,理论等电点为4.96~10.84。通过构建系统进化树可将其分为3个亚族,各亚族间基因结构及保守基序差异明显,不同的C3H模型可能是导致差异的重要因素。基因结构分析表明,BrcC3H成员多数含有1个或7个CDS。通过转录组数据对BrcC3H成员在白菜花芽分化不同阶段的表达模式进行分析,发现有21个BrcC3H基因在花芽分化临界期高表达,而在后期表达逐渐降低,其可能参与帮助启动花芽分化。这为进一步研究BrcC3H基因在普通白菜的开花机制提供了理论基础。 展开更多

关键词 普通白菜 锌指蛋白 生物信息学 基因家族 表达分析

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烟草C2H2锌指蛋白转录因子家族成员的鉴定与表达分析 被引量：16

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作者 杨明磊 晁江涛 +4 位作者 王大伟 胡军华 吴华 龚达平 刘贯山 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期337-349,共13页

C2H2锌指蛋白转录因子家族在真核生物中具有重要的生物学功能,广泛参与植物叶的发生、花器官的调控、侧枝的形成及逆境胁迫等生命过程。植物C2H2锌指蛋白不仅结合DNA和RNA,而且与蛋白质之间相互作用。本研究利用普通烟草(Nicotiana taba... C2H2锌指蛋白转录因子家族在真核生物中具有重要的生物学功能,广泛参与植物叶的发生、花器官的调控、侧枝的形成及逆境胁迫等生命过程。植物C2H2锌指蛋白不仅结合DNA和RNA,而且与蛋白质之间相互作用。本研究利用普通烟草(Nicotiana tabacum)基因组数据库,运用Blastp比对,结合Pfam和SMART分析,鉴定了118条普通烟草C2H2锌指蛋白家族成员;对烟草C2H2锌指蛋白家族进行了进化树分析、结构域分析、物理化学性质分析、染色体定位、基因结构分析、三维结构分析及组织表达分析等。结果表明:不同成员的氨基酸长度差异较大;系统进化及结构域分析显示,所有C2H2家族成员可以被分为5个亚家族,同一亚家族成员之间在结构域和理化性质上呈现较高一致性;每个成员都含有C2H2结构域,在数量上存在较大差异;将所有基因家族成员定位在22条染色体上;组织表达分析表明,每个C2H2亚家族都有成员在不同组织中表达,在叶及根中有些基因的表达量较高。 展开更多

关键词 C2H2锌指蛋白转录因子 烟草 基因家族

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