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结球甘蓝CBF家族特征分析及低温诱导基因BoCBF1、BoCBF2a和BoCBF3表达分析 被引量:2
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作者 张伟 余方伟 +2 位作者 李建斌 于利 王神云 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第1期156-164,共9页
转录因子CBF在植物对低温胁迫的响应和增强植物的抗寒性方面发挥着重要作用。为分析结球甘蓝CBF家族成员的氨基酸序列特征,探究其是否受低温诱导表达,本研究利用结球甘蓝923全基因组数据库对其进行蛋白质理化特征、系统发育关系、编码... 转录因子CBF在植物对低温胁迫的响应和增强植物的抗寒性方面发挥着重要作用。为分析结球甘蓝CBF家族成员的氨基酸序列特征,探究其是否受低温诱导表达,本研究利用结球甘蓝923全基因组数据库对其进行蛋白质理化特征、系统发育关系、编码基因结构以及2℃低温胁迫下编码基因表达水平分析。结果表明,共鉴定到7个BoCBF基因,系统发育分析后分成2个亚组(Ⅰ和Ⅱ)。BoCBF蛋白的氨基酸长度为203~283 aa,全部是亲水性蛋白质。在结球甘蓝02-12中,BoCBF1、BoCBF2a和BoCBF3基因在叶、花、芽和角果中基本不表达,在愈伤组织、根和茎中表达量较低。转录组测序和实时荧光定量PCR分析发现,在耐寒结球甘蓝923和不耐寒结球甘蓝D9中,BoCBF2b、BoCBF2c基因不受低温诱导表达,BoCBF2a基因低温诱导表达最为迅速,其次是BoCBF1和BoCBF3基因。BoCBF1、BoCBF2a和BoCBF3基因的相对表达量在低温胁迫3~6 h达到最大值,相对表达量达到最大值后急剧下降,在24 h降至最低。本研究结果为后续开展BoCBF1、BoCBF2a和BoCBF3基因调控结球甘蓝响应低温胁迫机理研究奠定了基础。 展开更多
关键词 结球甘蓝 cbf基因家族 低温胁迫 基因表达
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低温胁迫下不同椰子品种AP2/ERF基因表达差异分析
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作者 李静 孙熹微 +4 位作者 刘小妹 丁浩 闫恒芳 冯紫菁 杨耀东 《西南农业学报》 北大核心 2025年第5期987-998,共12页
【目的】模拟低温环境,探讨海南高种椰子和绿矮椰子幼苗在不同低温胁迫处理下的耐寒性,旨在为耐寒椰子新品种的筛选以及培育提供数据支撑,也为探究椰子低温应答机制提供相应的理论依据。【方法】分别以抗寒性较强的海南高种椰子以及低... 【目的】模拟低温环境,探讨海南高种椰子和绿矮椰子幼苗在不同低温胁迫处理下的耐寒性,旨在为耐寒椰子新品种的筛选以及培育提供数据支撑,也为探究椰子低温应答机制提供相应的理论依据。【方法】分别以抗寒性较强的海南高种椰子以及低温较敏感材料绿矮椰子的6月龄幼苗为试验材料,8℃胁迫条件下,在0 h、2 h、8 h、2 d和7 d 5个时间点取样,并对样品进行生理生化指标测定、转录组测序和实时荧光定量PCR分析,拟从基因表达和代谢物水平研究不同品种椰子叶片对低温胁迫的响应机制。【结果】在8℃低温胁迫下,海南高种椰子和绿矮椰子叶片形态发生轻微变化,进一步的生理生化分析发现,耐寒品种海南高种椰子比寒敏感品种绿矮椰子响应低温胁迫更迅速,耐寒性更强。随着低温胁迫处理时间的延长,海南高种椰子和绿矮椰子的叶片电导率上升,而丙二醛含量随胁迫处理时间的延长下降。从海南高种椰子和绿矮椰子低温胁迫不同时间下的转录组数据中鉴定到172个AP2/ERF转录因子,对其中具有显著差异(P<0.05)的36个AP2/ERF转录因子进行结构域以及蛋白质理化性质分析发现,36个AP2/ERF转录因子包括31个ERF、2个RAV、3个AP2亚家族成员。CnAP2/ERF转录因子蛋白序列长度为150~1275 aa,亚细胞定位预测结果显示多数成员定位于细胞核。对36个AP2/ERF基因家族成员表达分析表明,在低温胁迫下,其中17个AP2/ERF基因的表达量在低温胁迫2 d时达到最高,在7 d时下降,11个AP2/ERF基因的表达量在7 d时达到最高。选取6个在海南高种椰子和绿矮椰子中差异显著的AP2/ERF基因进行定量PCR验证,发现其表达趋势与转录组数据结果一致。CBF1/DREB1B基因的相对表达量随着低温胁迫时间的延长而降低,但CBF2基因的表达量随着低温胁迫时间的延长而升高,在低温胁迫2 d时达到最高。【结论】通过探索海南高种椰子和绿矮椰子中不同AP2/ERF基因家族在低温胁迫下的表达模式,为进一步明确海南高种椰子和绿矮椰子耐寒性差异提供参考。最终挑选出6个响应低温胁迫的CnAP2/ERF候选基因,为进一步探索椰子低温应答机制及培育耐寒能力更强的椰子品种提供数据支持和理论参考。 展开更多
关键词 椰子 低温胁迫 AP2/ERF cbf 差异分析
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80份香稻材料BADH2香味基因变异类型分析及稻瘟病抗性基因检测 被引量:1
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作者 李虎 吴子帅 +3 位作者 刘广林 陈传华 罗群昌 朱其南 《中国稻米》 北大核心 2025年第1期35-43,53,共10页
应用目前已经开发的6个香味基因变异类型功能标记及5个稻瘟病广谱抗性基因功能标记检测80份香稻材料的Badh2香味基因变异类型及稻瘟病抗性基因,同时统计供试材料中的审定品种在本省水稻区试中稻瘟病鉴定结果,并鉴定了香味及稻瘟病表型... 应用目前已经开发的6个香味基因变异类型功能标记及5个稻瘟病广谱抗性基因功能标记检测80份香稻材料的Badh2香味基因变异类型及稻瘟病抗性基因,同时统计供试材料中的审定品种在本省水稻区试中稻瘟病鉴定结果,并鉴定了香味及稻瘟病表型。结果表明,80份香稻材料均具有香味,其中第4~第5外显子803 bp缺失突变类型7份(占比8.75%),同时含有5'UTR区3 bp缺失及第7外显子8 bp缺失和3 bp突变2种变异类型材料4份(占比5.00%),其他69份为第7外显子8 bp缺失和3 bp突变的变异类型(占比86.25%)。80份香稻材料中含Pita、Pi2、Pi9、Pigm、Pi1抗性基因的材料分别为57份(占比71.25%)、12份(占比15.00%)、4份(占比5.00%)、1份(占比1.25%)和1份(占比1.25%);同时含Pi2、Pita的材料有9份(占比11.25%),同时含Pigm、Pita的材料1份(占比1.25%),同时含Pi1、Pita的材料1份(占比1.25%)。同时携带2个抗性基因的材料表现抗病的比例高于只携带1个抗性基因及不携带抗性基因的材料。研究结果为香稻材料的应用及抗稻瘟病基因聚合、分子标记辅助育种提供依据。 展开更多
关键词 香稻 香味基因 稻瘟病抗性基因
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线纹尖塘鳢性别相关的2个dmrt基因结构特征及表达规律 被引量:1
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作者 樊佳佳 马冬梅 +3 位作者 朱华平 林明辉 钟再选 田园园 《渔业科学进展》 北大核心 2025年第1期93-104,共12页
线纹尖塘鳢(Oxyeleotris lineolata)具有典型性别生长二态性,雄鱼生长优势显著,doublesex and mab-3 related transcription factor(DMRT)家族是一个与性别决定相关的转录因子家族。基于线纹尖塘鳢性腺转录组数据,共获得2个dmrt基因的c... 线纹尖塘鳢(Oxyeleotris lineolata)具有典型性别生长二态性,雄鱼生长优势显著,doublesex and mab-3 related transcription factor(DMRT)家族是一个与性别决定相关的转录因子家族。基于线纹尖塘鳢性腺转录组数据,共获得2个dmrt基因的cDNA序列,分别命名为Oxldmrt1和Oxldmrt3,并采用PCR技术扩增验证2个基因的cDNA序列。运用生物信息学方法分析2个基因序列结构特征,结果显示,Oxldmrt1和Oxldmrt3开放阅读框分别为903 bp和1363 bp,分别编码300个氨基酸和453个氨基酸;OxlDMRT1属于碱性蛋白,而OxlDMRT3属于酸性蛋白;2个基因均含有高度保守的DM结构域,OxlDMRT3还存在DMA结构域。氨基酸聚类分析显示,脊椎动物不同DMRT家族都是独立聚类,OxlDMRT1属于DMRT1家族,OxlDMRT3属于DMRT3家族,DMRT1家族最先聚类,再和DMRT3家族聚类。利用实时荧光定量PCR技术(real-time quantitative PCR,RT-qPCR)分析2个dmrt基因在雌鱼和雄鱼8个组织的表达水平,结果显示,2个基因在精巢中的表达量均显著高于其他组织(P<0.01),Oxldmrt3在脑中也有少量表达;利用RT-qPCR分析2个dmrt基因在早期不同发育时期的表达谱,显示2个基因在受精卵中的表达量均最高,Oxldmrt1在眼囊期的表达量最低,而Oxldmrt3在出膜7 d时的表达量最低。利用荧光原位杂交(fluorescencein situhybridization,FISH)对2个基因在精巢中的表达进行定位,显示2个基因在精巢中表达部位一致,均在精原细胞中有较强的表达信号。综上所述,Oxldmrt1和Oxldmrt3均在线纹尖塘鳢性腺胚胎发育阶段和精巢发育过程中起调节作用,而Oxldmrt1还可能参与胚胎后期性别决定和性别分化调控过程,Oxldmrt3还可能参与神经系统发育。本研究为线纹尖塘鳢性别决定与性别分化相关的分子机制研究提供了参考。 展开更多
关键词 线纹尖塘鳢 Oxldmrt1 Oxldmrt3 基因结构 基因表达 荧光原位杂交
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基于基因及蛋白组学技术探讨HIV/AIDS湿热证的作用机制 被引量:1
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作者 王娟 张淼 +3 位作者 刘飒 马素娜 张海燕 许前磊 《中华中医药学刊》 北大核心 2025年第2期72-75,I0028,共5页
目的探索艾滋病湿热证分子机制。方法通过Agilent基因表达谱芯片及iTRAQ-MS技术对艾滋病湿热证患者进行基因组学及蛋白组学检测,以比值改变≥1.15或≤0.87,P<0.05为标准共鉴定出人类免疫缺陷病毒(HIV)/艾滋病(AIDS)湿热证差异表达基... 目的探索艾滋病湿热证分子机制。方法通过Agilent基因表达谱芯片及iTRAQ-MS技术对艾滋病湿热证患者进行基因组学及蛋白组学检测,以比值改变≥1.15或≤0.87,P<0.05为标准共鉴定出人类免疫缺陷病毒(HIV)/艾滋病(AIDS)湿热证差异表达基因20个,差异表达蛋白22个。结果HIV/AIDS湿热证与健康对照组比较,趋化因子受体4(CXCR4)、核转录因子-κB抑制因子(NFκBIA)、Tribbles同源蛋白1(TRIB1)等基因表达增加,趋化因子受体1(CX3CR1)表达降低;血清中载脂蛋白A-Ⅱ(APOA-Ⅱ)、C反应蛋白(CPR)、血小板因子4(PF4)、AAT蛋白表达增多,补体因子B(CFB)、Gelsolin表达降低。结论HIV/AIDS湿热证与炎症反应密切相关,HIV/AIDS湿热证有其特定的分子生物学基础,为中医药客观化和标准化研究提供了方法和依据。 展开更多
关键词 艾滋病 湿热证 免疫基因
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干旱胁迫对旱地冬小麦产量及其抗旱相关基因表达的影响 被引量:1
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作者 杨虓 陈德来 +3 位作者 刘自成 李静 施万喜 孟建军 《干旱地区农业研究》 北大核心 2025年第1期69-75,共7页
为研究陇东旱地育成冬小麦品系的抗旱性与抗旱功能基因的关系,以6个旱地冬小麦新品系为试验材料,于2021—2022年、2022—2023年2个生长季在陇东学院西峰旱作农业试验站设置雨养无灌溉(CK)、旱棚防雨(干旱胁迫)和调控灌溉3个水分处理,测... 为研究陇东旱地育成冬小麦品系的抗旱性与抗旱功能基因的关系,以6个旱地冬小麦新品系为试验材料,于2021—2022年、2022—2023年2个生长季在陇东学院西峰旱作农业试验站设置雨养无灌溉(CK)、旱棚防雨(干旱胁迫)和调控灌溉3个水分处理,测定各品系冬小麦产量,评价其抗旱性,并分析了抗旱相关功能基因的相对表达量。结果表明,在水分胁迫和供水充足(含水量为70%田间持水量)情况下,6个小麦品系产量差值变化不一致,品系C(‘1576-2-0-2’)和品系D(‘15119-1-0-2’)两年试验结果的差值均最小,其余4个品系差值均超过平均差值。由雨养无灌溉试验结果可知,2022年为大旱年份,品系C、D的产量在6个供试品系中分别位居第1和第3,抗旱系数分别为0.89和1.02;2023年为相对丰水年,品系C、D的抗旱系数分别为0.77和1.12,说明这两个品系对气候异常不敏感,抗旱性良好。通过荧光定量PCR技术分析6个小麦品系在灌浆期干旱胁迫下旗叶中的相对表达量,结果显示TaCRT-D基因在6个品系中的表达水平最高,Wdreb2、XTH-7A、WIip19、TaCRT-D在品系C、D中的表达量高于其他品系。田间试验结果与PEG-6000高渗溶液模拟发芽期和苗期干旱胁迫的鉴定结果相一致,表明6个品系中‘1576-2-0-2’和‘15119-1-0-2’品系抗旱性强,且干旱胁迫下灌浆期旗叶中抗旱功能基因TaCRT-D的表达量可以作为冬小麦早期世代抗旱选择参考指标。 展开更多
关键词 旱地冬小麦 早期世代 干旱胁迫 抗旱基因 育种筛选
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小麦籽粒色泽性状的全基因组关联分析及候选基因挖掘 被引量:1
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作者 董中东 井震海 +2 位作者 裴丹 孙丛苇 陈锋 《植物遗传资源学报》 北大核心 2025年第4期784-796,共13页
小麦籽粒色泽性状亮度(L~*)、红度(a~*)和黄度(b~*)是小麦品质的重要指标。为挖掘调控小麦籽粒色泽相关性状的遗传位点,对黄淮麦区243份小麦材料组成的自然群体进行了4个环境下籽粒色泽性状表型调查,群体基因型信息由小麦660K SNP芯片表... 小麦籽粒色泽性状亮度(L~*)、红度(a~*)和黄度(b~*)是小麦品质的重要指标。为挖掘调控小麦籽粒色泽相关性状的遗传位点,对黄淮麦区243份小麦材料组成的自然群体进行了4个环境下籽粒色泽性状表型调查,群体基因型信息由小麦660K SNP芯片表征,并在此基础上进行了全基因组关联分析。结果表明,与籽粒色泽关联的显著SNP位点共有785个,可解释11.4%~23.4%的表型变异,其中与L~*关联的SNP位点主要分布在1A、1D、2B、3D、7A和7D染色体上,与a~*关联的SNP位点主要分布在2A、2B、2D、4B、5B、5D、7A和7D染色体上,与b~*关联的SNP位点主要分布在2B、5B、5D、6D、7A、7B和7D染色体上。51个显著SNP位点为一因多效位点。通过基因功能注释挖掘到了36个和籽粒色泽相关的候选基因,其中仅8个基因在籽粒中表达。进一步通过基因多态性分析发现仅有小麦硬度调控基因Pinb(TraesCS5D02G004300)和UDP-葡萄糖/GDP-甘露糖脱氢酶基因TraesCS5B02G399800与目标性状显著关联。单倍型分析挖掘到位于TraesCS5B02G399800基因内部的差异单倍型与b~*显著关联。本研究挖掘到的候选基因对小麦籽粒色泽的分子标记辅助选择和全基因组预测提供了参考。 展开更多
关键词 小麦 籽粒色泽 基因组关联分析
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腰果CBF基因家族的鉴定及响应冷胁迫的表达模式
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作者 崔恒久 曾教科 +6 位作者 李雯 黄海杰 彭世清 郭冬 蒲金基 周永凯 李辉亮 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2024年第3期473-480,共8页
腰果(Anacardium occidentalie Linn)属于典型的热带果树,主要在我国的云南省、海南省等地种植。腰果具有重要的经济价值、社会价值、生态价值,为农民增产创收,实现共同富裕和乡村振兴战略具有重要价值。腰果对于低温十分敏感,在8℃时... 腰果(Anacardium occidentalie Linn)属于典型的热带果树,主要在我国的云南省、海南省等地种植。腰果具有重要的经济价值、社会价值、生态价值,为农民增产创收,实现共同富裕和乡村振兴战略具有重要价值。腰果对于低温十分敏感,在8℃时就会受到严重伤害,生长停止。所以低温胁迫是制约腰果生长的重要非生物胁迫。CBF转录因子是植物在应对低温、干旱、盐等非生物胁迫下中发挥重要作用的转录因子。然而CBF基因家族在腰果中的作用尚未阐明,该家族在低温胁迫下的表达模式尚不清楚。本研究对腰果AoCBF基因家族的基本特性进行探究,通过生物信息学方法,在腰果转录组中鉴定并获得6个AoCBF基因家族成员,分别对其系统发育、理化性质、蛋白结构、低温诱导下表达模式和启动子作用元件进行分析。理化性质分析结果表明:6个AoCBF蛋白长度为189~334 aa,蛋白分子量为21.31~37.89 kDa,等电点均小于7,表明该蛋白呈酸性,且均包含AP2/ERF结构域。基序分析表明:AoCBF基因存在5个基序,不同AoCBF基因Motif的缺失暗示着相关功能的缺失性。系统发育树分析表明:6个AoCBFs可分为A、B两个亚组,其中A组包含1个基因,B组仅包含5个基因。启动子顺势作用元件分析得出,AoCBF可能参与激素响应及非生物胁迫响应过程。荧光定量表达分析显示,AoCBFs对低温冷胁迫均有不同程度的响应,表明AoCBF在响应低温胁迫生物学过程中发挥着一定的作用。本研究分析了AoCBF基因家族的基本特性,为后续AoCBF的深入研究和应用积累基础数据。 展开更多
关键词 腰果 低温响应 cbf转录因子 基因家族 QRT-PCR
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基于AHP层次分析法的盘龙城遗址文化基因提取及信息图表设计研究 被引量:1
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作者 张姝 罗静懿 《包装工程》 北大核心 2025年第2期251-260,共10页
目的 旨在依托文化基因理念,探究物质文化遗产的传播方式,助力盘龙城遗址活态化传承,增强人们对盘龙城遗址的关注度与认同感。方法 通过探究文化基因的定义、研究综述与分类方式,以“十四五”时期确定的湖北省武汉市盘龙城遗址为例,提... 目的 旨在依托文化基因理念,探究物质文化遗产的传播方式,助力盘龙城遗址活态化传承,增强人们对盘龙城遗址的关注度与认同感。方法 通过探究文化基因的定义、研究综述与分类方式,以“十四五”时期确定的湖北省武汉市盘龙城遗址为例,提取盘龙城遗址的文化基因,构建盘龙城文化基因谱系图,采用AHP层次分析法进行文化基因评价。结果 运用文化基因理论有效实现了盘龙城遗址文化基因的提取与评价,为盘龙城遗址信息图表设计提供依据。结论 所提出的文化基因提取方法和信息图表设计能够帮助公众快速了解遗址并参与到遗址文化的传承中去。二者结合不仅为其他遗址的传播与推广提供了借鉴,也对未来文化遗产推广的发展方向提出展望。 展开更多
关键词 文化基因 盘龙城遗址 文化基因提取 AHP层次分析法 信息图表设计
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南瓜果胶含量的全基因组关联分析与候选基因预测
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作者 陶鹏 丁小雅 +5 位作者 岳智臣 赵彦婷 雷娟利 胡齐赞 臧运祥 李必元 《浙江农业学报》 北大核心 2025年第6期1244-1251,共8页
为探究南瓜果胶含量的遗传调控机制,挖掘关键基因,为南瓜口感品质的遗传改良提供理论依据,该研究采用硫酸-咔唑比色法测定208份南瓜种质资源果肉的果胶含量,利用果胶含量数据与重测序获得的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphi... 为探究南瓜果胶含量的遗传调控机制,挖掘关键基因,为南瓜口感品质的遗传改良提供理论依据,该研究采用硫酸-咔唑比色法测定208份南瓜种质资源果肉的果胶含量,利用果胶含量数据与重测序获得的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)进行全基因组关联分析(genome-wide association study, GWAS),对显著关联区间进行候选基因筛选与功能注释。结果显示,南瓜果胶含量呈正态分布,在南瓜2、4、12、20号染色体上共获得了21个与南瓜果胶含量显著关联的SNP位点,其中有13个位于2号染色体8330664~8436445区间。筛选获得40个候选基因,其中3个基因(基因号为CmoCh02G014160、CmoCh02G014170、CmoCh02G014260)涉及糖代谢通路。这3个候选基因在南瓜种质资源中存在着大量的SNP和InDel变异,并且在南瓜果实中均有表达,可能参与南瓜果实中果胶的合成。该研究结果可以为优化南瓜果胶含量,改良南瓜品质提供新的标记与候选基因。 展开更多
关键词 南瓜 果胶 基因组关联分析 基因 糖代谢
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鸡生长性状相关SH3RF2、LncFAM及IGF2BP1基因SV变异的聚合效应分析
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作者 刘阳 马浩翔 +9 位作者 王文韬 刘树立 唐燕飞 蒋华连 苏立燧 韩瑞丽 刘小军 田亚东 王香南 李转见 《中国家禽》 北大核心 2025年第1期8-14,共7页
试验旨在对生长性状大效应基因SH3RF2、LncFAM及IGF2BP1的3个突变位点进行聚合效应分析,选出最优组合基因型。试验以鸡7个群体(固始-安卡F2代资源种群、AA肉鸡、哈伯德肉鸡、科宝肉鸡、817肉鸡、广西金陵麻鸡和卢氏绿壳蛋鸡)中的2228个... 试验旨在对生长性状大效应基因SH3RF2、LncFAM及IGF2BP1的3个突变位点进行聚合效应分析,选出最优组合基因型。试验以鸡7个群体(固始-安卡F2代资源种群、AA肉鸡、哈伯德肉鸡、科宝肉鸡、817肉鸡、广西金陵麻鸡和卢氏绿壳蛋鸡)中的2228个个体为研究对象,检测三个基因位点的基因型变异,利用F2资源群和广西金陵麻鸡研究鸡SH3RF2、LncFAM及IGF2BP1基因的遗传效应,对三个基因组合位点的聚合效应进行分析。结果显示:在分析群体中共有54种可能的组合基因型,通过基因型频率和生长性状关联分析发现,在7个群体中,等位基因Sh-I、Lnc-I和Ig-L1的频率均明显高于Sh-D、Lnc-D、Ig-L2及Ig-W;在F2资源群体和广西金陵麻鸡中,IIIIL1L1基因型在三个基因聚合效应中具有较高的基因频率和较高的体重。结果表明,在提高生长性状方面,IIIIL1L1基因型既能提高体重,又有较高的基因型频率,可以作为选择推荐联合标记。 展开更多
关键词 生长性状 SH3RF2基因 LncFAM基因 IGF2BP1基因 聚合效应 关联分析
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遗传性痉挛性截瘫家系的临床表现与致病基因分析
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作者 张钏 惠玲 +6 位作者 周秉博 郑雷 王玉佩 田芯瑗 马盼盼 郝胜菊 达振强 《中国神经精神疾病杂志》 北大核心 2025年第3期129-134,共6页
目的对3个遗传性痉挛性截瘫(hereditary spastic paraplegia,HSP)患者家系的临床表现及致病基因进行分析。方法对甘肃省妇幼保健院(甘肃省中心医院)收集的3个HSP患者家系进行基因分析。结果家系1中先证者为FA2H c.159_176delGGCGGGCCAGG... 目的对3个遗传性痉挛性截瘫(hereditary spastic paraplegia,HSP)患者家系的临床表现及致病基因进行分析。方法对甘肃省妇幼保健院(甘肃省中心医院)收集的3个HSP患者家系进行基因分析。结果家系1中先证者为FA2H c.159_176delGGCGGGCCAGGACATCAG(p.Arg53_Ser59delinsSer)纯合变异导致的常染色体隐性痉挛性截瘫35型,家系2中的先证者为AP4B1 c.1399G>T(p.Glu467Ter)纯合变异导致的常染色体隐性痉挛性截瘫47型,家系3中先证者为SPG11 c.7023C>G(p.Tyr2341Ter)的纯合变异导致的常染色体隐性痉挛性截瘫11型。其中,AP4B1 c.1399G>T(p.Glu467Ter)位点为尚未报告的变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会(American College of Medical Genetics and Genomics,ACMG)指南,该变异的致病性评级为致病性变异。结论本研究丰富了HSP致病基因AP4B1的变异谱,为提高临床对HSP患者的认识与诊断能力提供了基础性数据。 展开更多
关键词 遗传性痉挛性截瘫 基因变异 基因诊断 干预治疗 临床诊断 常染色体隐性 FA2H基因 AP4B1基因 SPG11基因
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基于GEO数据库筛选结核病关键基因及信号通路的研究
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作者 石洁 常文静 +6 位作者 郑丹薇 苏茹月 马晓光 朱岩昆 王少华 孙建伟 孙定勇 《中国防痨杂志》 北大核心 2025年第6期769-778,共10页
目的:利用生物信息学方法鉴定结核病表达差异基因及相关信号通路,以发现可用于结核病诊断的生物标志物。方法:从高通量基因表达数据库(GEO)中搜索结核病患者样本及健康人群的基因表达芯片数据集,下载GSE139825基因芯片微阵列数据集作为... 目的:利用生物信息学方法鉴定结核病表达差异基因及相关信号通路,以发现可用于结核病诊断的生物标志物。方法:从高通量基因表达数据库(GEO)中搜索结核病患者样本及健康人群的基因表达芯片数据集,下载GSE139825基因芯片微阵列数据集作为分析数据集,使用R语言中的limma包对测序数据进行标准化校正和鉴定差异基因(DEGs),使用clusterProfiler包进行基因本体论(GO)及京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路分析。使用STRING在线数据库进行差异基因的蛋白互作网络(PPI)分析并用Cytoscape软件进行可视化和筛选核心基因。下载GSE19439基因芯片微阵列数据集作为表达差异的核心基因的验证数据集,同时使用酶联免疫吸附试验验证候选生物标记物,并使用受试者工作特征曲线下面积(AUC)评估其诊断能力。结果:通过分析GSE139825数据库共筛选出206个差异基因,其中172个基因表达上调,34个基因表达下调,其中,下调50%以上的基因有PDK4和CABLES1,上调8倍以上的有IL1B、LOC728835、CXCL10和IL8。GO和KEGG分析表明,差异基因的生物过程主要集中在细胞因子介导的信号通路、白细胞细胞间黏附、对脂多糖的应答反应等方面,主要发挥细胞因子受体结合、细胞因子的活性等分子功能,并在细胞因子之间的相互作用、TNF信号通路、结核病相关通路等信号通路上富集显著。PPI分析鉴定出10个核心基因,分别为IL1B、TNF、IL6、IL1A、CCL20、CXCL1、CXCL10、CXCL8、CCL3和CCR7。通过GSE19439验证数据集分析,发现10个核心基因中CXCL10和IL1B同样表达上调;酶联免疫吸附实验验证也发现健康对照和结核病患者的CXCL10蛋白的ELISA平均值分别为0.570和0.827,IL1B蛋白分别为1.245和2.067,差异均有统计学意义(t=25.353,P<0.001;t=11.840,P=0.002);logistic回归模型分析显示,CXCL10和IL1B在区分健康组和结核病组方面均表现良好(AUC CXCL10=0.854,AUC IL1B=0.818)。结论:研究揭示了结核病发病相关基因间的相关作用,发现CXCL10和IL1B均能较好的区分健康对照和结核病患者,可作为新型结核病诊断的生物标志物。 展开更多
关键词 结核 基因组文库 数据挖掘 表达基因 生物学标记
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父母情感温暖、自我控制与青少年亲社会行为的关系:多基因的调节作用及父母差异 被引量:2
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作者 聂衍刚 陈沛 +2 位作者 王林欣 喻承甫 利振华 《心理学报》 北大核心 2025年第4期599-613,共15页
本研究构建“环境×多基因−内表型−行为”理论框架,对880名中学生进行为期半年的追踪研究,考察了自我控制在父母情感温暖与青少年亲社会行为之间的中介作用;进一步地,采用多基因累加分数的研究范式,探讨多巴胺系统、血清素系统和催... 本研究构建“环境×多基因−内表型−行为”理论框架,对880名中学生进行为期半年的追踪研究,考察了自我控制在父母情感温暖与青少年亲社会行为之间的中介作用;进一步地,采用多基因累加分数的研究范式,探讨多巴胺系统、血清素系统和催产素系统基因(COMT基因rs6269、HTR2A基因rs6313、OXTR基因rs53576、OXTR基因rs2254295和OXTR基因rs2254298)如何调节该中介机制,并检验其中的父母差异。结果显示:(1)控制亲社会行为基线水平后,父母情感温暖不仅正向预测亲社会行为,还可以通过自我控制对亲社会行为产生影响;(2)多基因累加分数与父母情感温暖的交互作用不能直接预测亲社会行为,而是通过自我控制影响亲社会行为,且该机制不存在父母差异。在多基因累加分数较高的青少年群体中,父母情感温暖显著正向预测自我控制,进而影响亲社会行为;而在多基因累加分数较低的青少年群体中,该中介作用路径不显著。研究结果阐明父母情感温暖对青少年自我控制、亲社会行为的影响如何因多基因累加分数的不同而产生差异,有助于深化对亲社会行为发生机制的认识。 展开更多
关键词 亲社会行为 父母情感温暖 自我控制 基因累加分数 父母差异
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山西地区鸽圆环病毒全基因组序列的测定与分析 被引量:1
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作者 张娟 任鹏飞 +3 位作者 李兴 高振 王仲兵 梁立滨 《中国预防兽医学报》 北大核心 2025年第1期96-101,共6页
为了解山西地区鸽圆环病毒(PiCV)的遗传演化特征,本研究从山西太原、晋中等地区鸽养殖场采集10份疑似感染PiCV的病料样品经常规处理后进行Cap基因的PCR检测。结果显示,从10份病料样品中检测到1份PiCV阳性样品,将鉴定的PiCV命名为SX01/Sh... 为了解山西地区鸽圆环病毒(PiCV)的遗传演化特征,本研究从山西太原、晋中等地区鸽养殖场采集10份疑似感染PiCV的病料样品经常规处理后进行Cap基因的PCR检测。结果显示,从10份病料样品中检测到1份PiCV阳性样品,将鉴定的PiCV命名为SX01/Shanxi/2023株。通过PCR分段扩增SX01/Shanxi/2023株的全基因组序列并测序,利用SeqMan软件将序列拼接。结果显示,分别获得759bp和1560bp的目的片段,经测序拼接后获得了PiCV全长2038bp的全基因组序列。利用MegAlign软件分析PiCV全基因组序列的同源性;采用IQ-tree软件构建PiCV全基因组的遗传进化树;利用ClusterW软件分析PiCV全基因组编码氨基酸序列的变异;利用Simplot和RDP4软件对SX01/Shanxi/2023株进行重组分析。结果显示:SX01/Shanxi/2023株与国内外PiCV全基因组序列的同源性在84.6%~96.3%,其中与德国PiCVCoCV株同源性最高达95.1%,与我国陕西TF1/SN/2016株的同源性最高达96.3%。进化树结果显示,SX01/Shanxi/2023株与国内陕西TF1/SN/2016株及DS1/GS/2018株处于同一进化分支,亲缘关系较近。氨基酸序列分析结果显示,SX01/Shanxi/2023株Cap蛋白及Rep蛋白氨基酸序列与PiCV参考株相比均发生了部分氨基酸位点的插入、缺失或突变,其中Cap蛋白氨基酸序列变异多于Rep蛋白。重组分析结果显示,该株病毒是由陕西TF1/SN/2016株为主要亲本,陕西WL1/SN/2018株为次要亲本形成的重组病毒,重组断点位于nt520。基于IQ-tree软件构建的重组断裂点位点前后(nt1~nt520、nt521~nt2038)的进化树进一步验证了上述结果。本研究首次在山西地区检测到PiCV,丰富了PiCV分子生物学特征和流行病学研究内容,也为山西地区PiCV感染的防控提供了重要参考依据。 展开更多
关键词 鸽圆环病毒 基因 遗传进化分析 重组分析
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1株猪源动物联合乳杆菌S7全基因组测序及生物信息学分析
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作者 刘辉 季海峰 +2 位作者 王四新 陈美霞 张董燕 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第1期25-38,共14页
[目的]旨在对1株具有较强耐酸耐胆盐特性的猪源动物联合乳杆菌S7进行全基因组测序及生物信息学分析。[方法]结合三代PacBio RSⅡ和二代Illumina HiSeq 2000测序技术对动物联合乳杆菌S7进行了全基因组测序,在此基础上使用GO、EggNOG、KEG... [目的]旨在对1株具有较强耐酸耐胆盐特性的猪源动物联合乳杆菌S7进行全基因组测序及生物信息学分析。[方法]结合三代PacBio RSⅡ和二代Illumina HiSeq 2000测序技术对动物联合乳杆菌S7进行了全基因组测序,在此基础上使用GO、EggNOG、KEGG、CAZy、VFDB和CARD等数据库注释功能基因,利用TYGS(Type Strain Genome Server)构建系统发育树,并与2株同源模式菌株进行了共线性分析。[结果]动物联合乳杆菌S7的基因组大小为2.03 Mb, GC含量为44.14%,共预测到1 993个编码基因,包含65个tRNA、19个rRNA、35个sRNA、29个持家基因、11个基因组岛、6个前噬菌体、4个CRISPR-Cas、8个插入序列和10个转座子;分别有1 521、1 567、1 185和60个基因在GO、EggNOG、KEGG和CAZy数据库中得到注释;在VFDB和CARD数据库中注释到181个毒力基因和110个耐药基因;另外有14个基因参与耐酸,2个基因参与耐胆盐,22个基因参与黏附和聚集;基因组中还包括与温度应激、氧化应激和细菌素合成等多种与益生功能相关的基因。系统发育树和共线性分析发现,该菌株与模式菌株Ligilactobacillus animalis P38的进化关系最近。[结论]动物联合乳杆菌S7基因组中具有与耐酸、耐胆盐、黏附和聚集、温度应激、氧化应激和细菌素等相关的功能基因,可为菌株在饲料添加剂中的科学应用提供理论依据。 展开更多
关键词 动物联合乳杆菌 基因组测序 基因注释
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甘薯抗病基因及其功能的研究进展
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作者 杨冬静 高方园 +5 位作者 马居奎 唐伟 陈晶伟 梁昭 张成玲 孙厚俊 《江苏农业学报》 北大核心 2025年第5期1021-1030,共10页
甘薯是重要的粮食、饲料和能源作物,中国是世界上最大的甘薯种植国,甘薯在中国国民经济中占有十分重要的地位。近年来随着气候变化和种薯、种苗地频繁调运,甘薯病害发生日趋严重,新病害不断产生,严重影响甘薯的产量和品质,制约了中国甘... 甘薯是重要的粮食、饲料和能源作物,中国是世界上最大的甘薯种植国,甘薯在中国国民经济中占有十分重要的地位。近年来随着气候变化和种薯、种苗地频繁调运,甘薯病害发生日趋严重,新病害不断产生,严重影响甘薯的产量和品质,制约了中国甘薯产业的健康发展。分子生物技术的快速发展给甘薯抗病分子育种研究提供了新的技术支撑和研究思路。本文主要从甘薯抗真菌病、抗细菌病、抗线虫病以及抗病毒病相关基因等方面概述了近年来甘薯抗病相关基因及其功能的研究进展,为甘薯抗病基因的进一步研究和抗病分子育种提供参考。 展开更多
关键词 甘薯 基因克隆 真菌 细菌 线虫 基因功能 抗病性
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临床分离高黏液肺炎克雷伯菌耐药性及基因组特征分析
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作者 李兵兵 陈大伟 +5 位作者 刘靓 孙敏 李双姝 李洁 杨鹏飞 邢亚东 《中国感染控制杂志》 北大核心 2025年第1期113-120,共8页
目的分析临床分离高黏液肺炎克雷伯菌(hmKp)的耐药情况及基因组特征。方法收集2019—2023年分离自淮安市国家致病菌识别网哨点医院临床标本的肺炎克雷伯菌,使用VITEK 2 Compact对菌株进行鉴定,拉丝试验判断黏液表型,微量肉汤稀释法测定h... 目的分析临床分离高黏液肺炎克雷伯菌(hmKp)的耐药情况及基因组特征。方法收集2019—2023年分离自淮安市国家致病菌识别网哨点医院临床标本的肺炎克雷伯菌,使用VITEK 2 Compact对菌株进行鉴定,拉丝试验判断黏液表型,微量肉汤稀释法测定hmKp的耐药性。应用全基因组测序技术进行分子分型,并对菌株携带的毒力和耐药基因进行注释。结果共收集hmKp 60株,主要分离自痰标本(33.33%)和血标本(28.33%)。60株菌株基因组平均大小为5.6 Mb,平均GC含量为57.09%。多位点序列分型(ST)显示,有28种ST型,优势ST型为ST11(11.67%)、ST15(11.67%)和ST412(10.00%)。核心基因组多位点序列分型(cgMLST)分析发现,部分菌株高度同源,未发现暴发菌株。多重耐药菌株占60.00%,耐亚胺培南菌株占28.33%。共携带64种耐药基因,其中84.38%的耐药基因位于可移动原件上,磷霉素相关耐药基因、超广谱β-内酰胺类抗生素相关耐药基因在菌株中携带率较高,分别为100%、98.33%。碳青霉烯类耐药基因blaKPC-2,21.67%由ST11、ST1和ST15菌株携带;blaNDM-5基因3.33%由ST76菌株携带。共携带101种毒力基因,其中Colibactin和Ⅵ型分泌系统相关毒力基因种类最多。所有菌株均携带荚膜合成调节相关基因(rcsA、rcsB)、外排泵相关基因(acrA、acrB)和肠杆菌素相关基因(entABCEF、fepABCDFG、fes)。结论淮安地区临床分离的hmKp呈现多重耐药,优势ST型为ST11、ST15和ST412,携带多种能够进行水平转移的耐药基因和毒力基因,应加强防控措施。 展开更多
关键词 高黏液肺炎克雷伯菌 耐药性 耐药基因 毒力基因 基因组测序 高毒力
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一株产纤维素酶菌株的筛选、鉴定及全基因组分析
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作者 车建美 郑雪芳 +3 位作者 王阶平 陈燕萍 陈冰星 刘波 《生物技术通报》 北大核心 2025年第3期294-307,共14页
【目的】筛选纤维素降解酶活性强的微生物菌株,用于青贮饲料的高效发酵。【方法】从已有菌种库中,利用羧甲基纤维素钠平板筛选产纤维素酶菌株,测定其纤维素酶活性;采用形态观察、生理生化及16S rRNA对菌株进行鉴定;测定该菌株的生长曲... 【目的】筛选纤维素降解酶活性强的微生物菌株,用于青贮饲料的高效发酵。【方法】从已有菌种库中,利用羧甲基纤维素钠平板筛选产纤维素酶菌株,测定其纤维素酶活性;采用形态观察、生理生化及16S rRNA对菌株进行鉴定;测定该菌株的生长曲线、生长温度及pH、耐盐性等,研究其生长特性;对该菌株的全基因组数据进行生物信息学分析,探究其产纤维素酶基因。【结果】根据透明圈和菌落直径比值D/d,从菌种库中筛选获得比值最大的菌株为FJAT-25102,其48 h时纤维素酶活性为221.81 U/mL,此外,该菌株具有产蛋白酶和淀粉酶能力。经形态特征、生理生化特征及系统发育分析,将菌株FJAT-25102鉴定为藤黄微球菌(Micrococcus luteus)。菌株FJAT-25102在培养2 h后进入生长起始期,在培养26 h时,OD600值达到最大。该菌株在20-50℃、pH 5-11及NaCl浓度为0%-5%时均能生长,具有一定的耐高温性和耐盐碱性。菌株FJAT-25102的基因组由1条环状染色体组成,大小约为2570649 bp,GC含量为72.98%。基因组包含2378个预测的蛋白质编码序列。菌株FJAT-25102中所有可能参与纤维素降解的基因和推定编码的酶包括可能的α-葡萄糖苷酶GH13、内切葡聚糖酶GH74和乙酰木聚糖酯酶CE1、CE7和CE3,其中在FJAT-25102的糖苷水解酶家族中GH13、GH74调控的酶在其降解纤维素的过程中可能起重要作用。菌株FJAT-25102处理的巨菌草青贮饲料的粗纤维、酸性洗涤纤维及中性洗涤纤维含量均显著降低。【结论】所筛选的藤黄微球菌FJAT-250102可为青贮饲料的发酵提供微生物菌株资源,其全基因组的测定及纤维素酶基因的探究可为后续该菌株产纤维素酶机理研究提供基础。 展开更多
关键词 纤维素酶 藤黄微球菌 生长特性 基因 纤维素降解基因
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基于全基因组关联分析筛选冬季项目运动员睾酮水平相关遗传标记
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作者 梅涛 李燕春 +2 位作者 杨贤罡 杨晓琳 何子红 《体育科学》 北大核心 2025年第3期78-88,共11页
目的:分析冬季项目运动员睾酮水平特征,通过全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)筛选与冬季项目运动员睾酮水平相关的遗传标记,并采用生物信息学方法分析遗传标记的可能作用机制,以期为冬季项目运动员选材和科学化训... 目的:分析冬季项目运动员睾酮水平特征,通过全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)筛选与冬季项目运动员睾酮水平相关的遗传标记,并采用生物信息学方法分析遗传标记的可能作用机制,以期为冬季项目运动员选材和科学化训练提供依据。方法:以冬季项目运动员作为研究对象(n=456),分析不同水平运动员(普通运动员、精英运动员)睾酮水平的分布和差异。应用PLINKv1.9软件,以冬季项目运动员(n=190)的睾酮水平作为表型变量,性别、年龄以及基因组主成分分析中特征值最大的前5个主成分作为协变量进行GWAS分析,采用3D SNP对纳入模型的单核苷酸多态性位点(single nucleotide polymorphism,SNPs)进行生物功能注释。结果:1)精英运动员的睾酮水平显著高于普通运动员(P<0.01)。2)男性精英运动员的睾酮水平符合正态分布(P=0.09),睾酮水平范围为14.04~35.65 nmol/L,男性普通运动员的睾酮水平符合正态分布(P=0.20),睾酮水平范围为9.27~28.07 nmol/L;女性精英运动员的睾酮水平不符合正态分布(P=0.01),睾酮水平范围为0.88~4.44 nmol/L,女性普通运动员的睾酮水平符合正态分布(P=0.20),睾酮水平范围为0.19~3.04 nmol/L。3)rs7092867、rs9423319、rs9423320等413个SNPs与睾酮水平显著关联(P<1×10^(-5)),其中位于10号染色体ACADSB基因上的6个SNPs(rs7092867、rs9423319、rs9423320、rs9423321、rs9423322、rs9423252)达到了全基因组水平上的显著性(P<5×10^(-8))。4)在冬季项目中,ACADSB基因6个SNPs的aa基因型男性运动员的睾酮浓度显著高于Aa基因型男性运动员(P=0.014),而6个SNPs的aa基因型女性运动员的睾酮浓度有高于Aa基因型女性运动员的趋势,但未达到统计学意义(P=0.055)。5)3D SNP注释结果显示,6个SNPs在10号染色体上具有共同的3D互作基因(BUB3、C10orf88、HMX2、HMX3、IKZF5、PSTK)。结论:在冬季项目中,精英运动员的睾酮水平高于普通运动员。ACADSB基因上6个SNPs与冬季项目运动员的睾酮水平相关联,aa基因型男性运动员的睾酮浓度高于Aa基因型男性运动员。 展开更多
关键词 运动员 基因选材 冬季项目 睾酮 基因组关联分析
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