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陆地棉CAD基因家族的进化和表达分析
被引量：
5
1
作者
张经博
李波
+4 位作者
杨洋
胡文冉
陈方圆
谢丽霞
范玲
《新疆农业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第7期1177-1187,共11页
【目的】对陆地棉CAD基因家族成员进行进化和表达分析,了解其在棉纤维发育中的作用。【方法】应用生物信息学方法,从棉花基因组中筛选出21个CAD基因,并对CAD的基因结构、染色体分布、基因倍增模式以及系统进化进行分析。利用深度表达数...
【目的】对陆地棉CAD基因家族成员进行进化和表达分析,了解其在棉纤维发育中的作用。【方法】应用生物信息学方法,从棉花基因组中筛选出21个CAD基因,并对CAD的基因结构、染色体分布、基因倍增模式以及系统进化进行分析。利用深度表达数据分析CAD基因在棉纤维发育各时期的表达。对比观察拟南芥cad5突变体和野生型根毛表型。【结果】同源性高的CAD基因复制对之间有相似的基因结构;片段重复和串联重复是CAD基因扩增的主要方式。进化分析可知,CAD基因可分为七个亚组,且功能相近的基因聚类在相同亚组。利用深度测序表达数据分析可知,CAD基因在棉纤维各个发育时期均有表达。对比拟南芥cad5突变体和野生型根毛发现,突变体相比于野生型有更长的根毛。【结论】CAD基因参与了棉纤维的发育的过程,并对棉花纤维发育起到一定的调控作用。
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关键词
棉纤维
cad基因家族
系统进化分析
表达分析
cad
5突变体
根毛
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职称材料
杨树肉桂醇脱氢酶基因序列和表达模式分析及CAD4酶活性检测
被引量：
4
2
作者
任珊珊
赵艳玲
+2 位作者
白华
蒋湘宁
盖颖
《华中农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第5期578-584,共7页
应用生物信息学方法从杨树基因组数据库中筛选出19个杨树肉桂醇脱氢酶基因,它们聚为3类。序列分析表明,杨树CAD基因家族主要通过全基因组加倍和串联复制的方式进行扩张。杨树和拟南芥CAD家族共6对旁系同源基因,在较强的净化选择压力下...
应用生物信息学方法从杨树基因组数据库中筛选出19个杨树肉桂醇脱氢酶基因,它们聚为3类。序列分析表明,杨树CAD基因家族主要通过全基因组加倍和串联复制的方式进行扩张。杨树和拟南芥CAD家族共6对旁系同源基因,在较强的净化选择压力下进化。19个基因在杨树不同组织中均有表达,表达量较高的是PoptrCAD17、PoptrCAD4、PoptrCAD10和PoptrCAD7,其他基因表达相对较少,相同亚类的CAD基因表达变化趋势接近。从毛白杨中克隆得到PoptrCAD4,体外表达的CAD4酶催化活性很强,具有明显的松柏醇底物偏好。
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关键词
杨树
肉桂醇脱氢酶(
cad
)
cad基因家族
基因
重复
组织表达
酶活检测
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职称材料
题名
陆地棉CAD基因家族的进化和表达分析
被引量：
5
1
作者
张经博
李波
杨洋
胡文冉
陈方圆
谢丽霞
范玲
机构
新疆师范大学生命科学学院
新疆农业科学院核技术生物技术研究所
出处
《新疆农业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第7期1177-1187,共11页
基金
新疆维吾尔自治区高技术项目"棉花纤维品质分子改良技术创新研究"(201111116)
国家自然科学基金项目"棉花Gh CAD6基因在棉花纤维发育中的功能及调控机制"(31460386)~~
文摘
【目的】对陆地棉CAD基因家族成员进行进化和表达分析,了解其在棉纤维发育中的作用。【方法】应用生物信息学方法,从棉花基因组中筛选出21个CAD基因,并对CAD的基因结构、染色体分布、基因倍增模式以及系统进化进行分析。利用深度表达数据分析CAD基因在棉纤维发育各时期的表达。对比观察拟南芥cad5突变体和野生型根毛表型。【结果】同源性高的CAD基因复制对之间有相似的基因结构;片段重复和串联重复是CAD基因扩增的主要方式。进化分析可知,CAD基因可分为七个亚组,且功能相近的基因聚类在相同亚组。利用深度测序表达数据分析可知,CAD基因在棉纤维各个发育时期均有表达。对比拟南芥cad5突变体和野生型根毛发现,突变体相比于野生型有更长的根毛。【结论】CAD基因参与了棉纤维的发育的过程,并对棉花纤维发育起到一定的调控作用。
关键词
棉纤维
cad基因家族
系统进化分析
表达分析
cad
5突变体
根毛
Keywords
cotton fiber
cad
gene family
phylogenic analysis
expression pattern
cad
5 mutant
root hair
分类号
S562 [农业科学—作物学]
S188 [农业科学—农业基础科学]
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职称材料
题名
杨树肉桂醇脱氢酶基因序列和表达模式分析及CAD4酶活性检测
被引量：
4
2
作者
任珊珊
赵艳玲
白华
蒋湘宁
盖颖
机构
北京林业大学生物科学与技术学院
华侨大学化工学院
出处
《华中农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第5期578-584,共7页
基金
国家自然科学基金重点项目(NSF30630053)
福建省科技计划重点项目(2010N0018)
+1 种基金
北京林业大学新进教师科研启动基金项目(2010BLX03)
中国博士后科学基金项目(20090450015)
文摘
应用生物信息学方法从杨树基因组数据库中筛选出19个杨树肉桂醇脱氢酶基因,它们聚为3类。序列分析表明,杨树CAD基因家族主要通过全基因组加倍和串联复制的方式进行扩张。杨树和拟南芥CAD家族共6对旁系同源基因,在较强的净化选择压力下进化。19个基因在杨树不同组织中均有表达,表达量较高的是PoptrCAD17、PoptrCAD4、PoptrCAD10和PoptrCAD7,其他基因表达相对较少,相同亚类的CAD基因表达变化趋势接近。从毛白杨中克隆得到PoptrCAD4,体外表达的CAD4酶催化活性很强,具有明显的松柏醇底物偏好。
关键词
杨树
肉桂醇脱氢酶(
cad
)
cad基因家族
基因
重复
组织表达
酶活检测
Keywords
poplar
cinnamyl alcohol dehydrogenase（
cad
）
cad
gene family
gene duplication
tissue expression
enzyme activity detection
分类号
Q785 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
陆地棉CAD基因家族的进化和表达分析
张经博
李波
杨洋
胡文冉
陈方圆
谢丽霞
范玲
《新疆农业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2016
5
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
杨树肉桂醇脱氢酶基因序列和表达模式分析及CAD4酶活性检测
任珊珊
赵艳玲
白华
蒋湘宁
盖颖
《华中农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2011
4
在线阅读
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职称材料
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