期刊文献+
共找到10篇文章
< 1 >
每页显示 20 50 100
转录因子结合位点生物信息学研究进展 被引量:29
1
作者 侯琳 钱敏平 +1 位作者 朱云平 邓明华 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期365-373,共9页
转录因子结合位点(Transcription factor binding site,TFBS)是与转录因子结合的DNA序列,它们与转录因子相互作用调控基因的转录过程。确定TFBS是理解转录调控机制,建立转录调控网络的关键问题。随着高通量实验技术的发展,结合ChIP-chi... 转录因子结合位点(Transcription factor binding site,TFBS)是与转录因子结合的DNA序列,它们与转录因子相互作用调控基因的转录过程。确定TFBS是理解转录调控机制,建立转录调控网络的关键问题。随着高通量实验技术的发展,结合ChIP-chip实验以及多个基因组的序列信息来预测TFBS已成为新的研究热点。本文简要概述了用于TFBS定位的实验技术,TFBS信息相关的数据库,重点评述了描述TFBS的模型以及预测TFBS的多种软件。TFBS的生物信息学研究的发展,将与相关领域相互促进,有助于进一步揭示转录调控机制。 展开更多
关键词 转录因子结合位点 生物信息学 ChIP—chip 位置权重矩阵 系统发育足迹分析法
在线阅读 下载PDF
p27^(Kip1)基因启动子区的生物信息学分析 被引量:15
2
作者 管晓翔 陈巍魏 +1 位作者 陈龙邦 王靖华 《医学研究生学报》 CAS 2010年第10期1029-1032,共4页
目的生物信息学的发展为通过在线软件预测基因启动子的相关信息提供了众多有重要价值的参考信息。文中利用生物信息学在线软件预测p27Kip1基因启动子功能。方法获取细胞周期调控因子人p27Kip1启动子全长序列,利用多种在线相关软件预测... 目的生物信息学的发展为通过在线软件预测基因启动子的相关信息提供了众多有重要价值的参考信息。文中利用生物信息学在线软件预测p27Kip1基因启动子功能。方法获取细胞周期调控因子人p27Kip1启动子全长序列,利用多种在线相关软件预测出甲基化部位和转录因子结合部位。结果该基因启动子序列全长为3568 bp,核苷酸数据库(Gen-Bank)登录号为E26053。p27Kip1启动子序列中CpG岛存在于2544~2845 bp、2876~3511 bp处,CpG岛的存在会抑制p27Kip1启动子的转录。p27Kip1启动子共有16个转录因子。结论基因启动子相关生物信息学的研究,提高了针对启动子的研究效率,并为预测基因启动子的功能研究提供了重要信息。 展开更多
关键词 p27Kip1启动子区 DNA甲基化 转录因子结合部位 生物信息学分析
在线阅读 下载PDF
关岭牛MyoDI基因启动子上转录因子结合位点的筛选 被引量:4
3
作者 张雯 许厚强 +4 位作者 陈伟 陈祥 桓聪聪 夏丹 周迪 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第7期1259-1267,共9页
本研究旨在筛选出关岭牛MyoDI基因启动子上的转录因子结合位点。根据GenBank已公布的牛MyoDI基因的启动子序列,设计特异性PCR引物,扩增贵州关岭牛MyoDI基因的启动子区,构建重组克隆载体pUCM-TMyoDI-pro,并对阳性质粒进行测序鉴定。再利... 本研究旨在筛选出关岭牛MyoDI基因启动子上的转录因子结合位点。根据GenBank已公布的牛MyoDI基因的启动子序列,设计特异性PCR引物,扩增贵州关岭牛MyoDI基因的启动子区,构建重组克隆载体pUCM-TMyoDI-pro,并对阳性质粒进行测序鉴定。再利用筛选试验和生物信息学分析筛选出关岭牛MyoDI基因启动子上的转录因子结合位点。结果,筛选出关岭牛MyoDI基因启动子上含有的转录因子结合位点有SATB1、Xbp、MEF2、Pax-3、Pbx1、PPAR、TFⅡD、COUP-TF、Gfi-1、HNF-1、HOX4C、NRF2(ARE)、MEF1、RXR、SMUC、Snail、MyoD、VDR。结合在线软件分析和文献,最终筛选出关岭牛MyoDI基因启动子上含有MyoD、TFIID、Pax3、MEF1、VDR和MEF2转录因子结合位点,这些转录因子对启动子活性起着重要的调控作用。结果显示,关岭牛MyoDI基因启动子上含有MyoD、TFIID、Pax3、MEF1、VDR和MEF2转录因子结合位点。 展开更多
关键词 MyoDI基因 转录因子结合位点 启动子 细胞核提取物 生物信息学分析
在线阅读 下载PDF
生物信息学在基因转录调控研究中的应用 被引量:10
4
作者 刘天婵 余应年 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第4期668-672,共5页
Gene transcriptional regulation research is one of the major challenges in the post-genome era. Bioinformatics has become more important with the rapid accumulation of complete genome sequences and the advances of com... Gene transcriptional regulation research is one of the major challenges in the post-genome era. Bioinformatics has become more important with the rapid accumulation of complete genome sequences and the advances of computational methods and related databases. The current computational approaches in promoter prediction, transcription factor binding site identification, composite elements prediction, co-regulation of gene expression analysis and phylogenetic footprinting in the regulatory region analysis are discussed in this review. 展开更多
关键词 生物信息学 转录因子结合部位 基因 调节
在线阅读 下载PDF
miRNA-21转录调控因子的生物信息学分析 被引量:2
5
作者 刘海荣 谢斌辉 黄国红 《中山大学学报(医学科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期148-154,共7页
【目的】探讨mi RNA-21转录调控因子AP-1、STAT3、NFI1、CBP、EBP、TGF-β、BMP-6、GFI1的结构特征及其与mi RNA-21转录结合位点。【方法】利用生物信息学工具分析mi RNA-21转录调控因子的理化性质、三级结构、跨膜区、信号肽、亚细胞... 【目的】探讨mi RNA-21转录调控因子AP-1、STAT3、NFI1、CBP、EBP、TGF-β、BMP-6、GFI1的结构特征及其与mi RNA-21转录结合位点。【方法】利用生物信息学工具分析mi RNA-21转录调控因子的理化性质、三级结构、跨膜区、信号肽、亚细胞定位及预测与mi RNA-21转录结合位点。【结果】等电点分析表明STAT3等电点小于7.0,其余7个转录调控因子等电点大于7.0;脂溶指数分析显示,EBP脂溶指数大于100,为亲水性蛋白,其余7个转录调控因子脂溶指数均小于100,为疏水性蛋白;从不稳定指数分析结果可知,EBP不稳定指数小于40,为稳定蛋白,其余7个转录调控因子不稳定指数大于40,为不稳定蛋白。所有转录调控因子二级结构均由α-螺旋、无规则卷曲和扩展链结构3种形式组成;EBP有跨膜区,BMP-6有信号肽,其余均无跨膜区或信号肽。亚细胞定位分析发现BMP-6位于细胞质中,EBP则位于质膜上,其余转录调控因子位于细胞核中;所有转录调控因子三级结构呈现发夹型结构,并预测出6个转录调控因子与mi RNA-21转录结合位点。【结论】mi RNA-21转录调控因子呈现多样性特征,拥有典型的发夹型结构特征,可能有助于对mi RNA-21转录表达调控,研究结果将有助于开展研究基于mi RNA-21的癌症治疗及其相关治疗药物的筛选。 展开更多
关键词 MIRNA-21 转录调控因子 生物信息学分析 结合位点
在线阅读 下载PDF
牛Gtl2基因cDNA序列分析及启动子预测 被引量:2
6
作者 苏红 侯晓慧 李世杰 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期75-80,共6页
利用RT-PCR和RACE方法,克隆得到了牛Gtl2基因cDNA全序列,生物信息学分析表明:该序列有8个外显子,含有一个最长645 bp的开放读码框,但没有发现与Kozak规则相匹配的翻译起始序列。Gtl2基因在物种间具有保守性,尤其是第1个外显子表现出了... 利用RT-PCR和RACE方法,克隆得到了牛Gtl2基因cDNA全序列,生物信息学分析表明:该序列有8个外显子,含有一个最长645 bp的开放读码框,但没有发现与Kozak规则相匹配的翻译起始序列。Gtl2基因在物种间具有保守性,尤其是第1个外显子表现出了较强的保守性。基因进化树分析表明,牛Gtl2基因与绵羊Gtl2基因的亲缘关系最近。使用启动子预测,在线软件对牛Gtl2基因的5′侧翼序列进行分析,得出了潜在的启动子区域,这些区域含有TATA,CAAT框和GC框,并存在一些转录因子结合位点,而且在5′侧翼区域发现有3个CpG岛。转录因子结合位点和CpG岛可能与牛Gtl2基因的转录及其表达调控有关。 展开更多
关键词 牛Gtl2基因 生物信息学分析 启动子 转录因子结合位点
在线阅读 下载PDF
转录因子结合位点识别算法的研究 被引量:1
7
作者 王峻 郭茂祖 《电子学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第B12期83-89,共7页
转录因子结合位点的识别是生物信息学中的一个重要领域.本文从计算机等信息科学的角度,对转录因子结合位点的识别方法进行了综合分析,包括该问题的生物学意义、主要算法思想以及每种算法的优缺点.使用TRANSFAC数据库中几组样例对具... 转录因子结合位点的识别是生物信息学中的一个重要领域.本文从计算机等信息科学的角度,对转录因子结合位点的识别方法进行了综合分析,包括该问题的生物学意义、主要算法思想以及每种算法的优缺点.使用TRANSFAC数据库中几组样例对具有代表性的6种主要软件进行测试,对其结果进行了详细地比较分析.最后,在总结分析现有算法的基础上探讨了该领域进一步的研究方向. 展开更多
关键词 转录因子结合位点 模体 基于字串 期望最大化(EM)算法 吉布斯采样
在线阅读 下载PDF
基于吉布斯采样的TFBS识别算法研究
8
作者 何彩升 戴宪华 +3 位作者 向倩 王江 邓泱泱 戴智明 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2007年第2期178-180,共3页
计算机方法识别转录因子结合位点(TFBS,也称“模式”)是目前生物信息学的一个很有吸引性和挑战性的课题。吉布斯采样识别模式的算法本质上是一个启发式搜索方法,容易陷入非全局最优的局部最大值。为此,提出了一种改进的吉布斯采样策略YG... 计算机方法识别转录因子结合位点(TFBS,也称“模式”)是目前生物信息学的一个很有吸引性和挑战性的课题。吉布斯采样识别模式的算法本质上是一个启发式搜索方法,容易陷入非全局最优的局部最大值。为此,提出了一种改进的吉布斯采样策略YGMS(Yeast Gibbs Motif Sampler)来识别酿酒酵母共表达基因调控区域转录因子结合位点。在酵母的共调控基因序列的数据集测试中,YGMS比其他几个基于吉布斯采样算法更有效地识别出真实模式序列,在一定程度上提高了算法的性能。 展开更多
关键词 生物信息学 吉布斯采样 转录因子结合位点
在线阅读 下载PDF
转录因子相关数据库 被引量:8
9
作者 陈鸿飞 王进科 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2010年第10期1009-1017,共9页
转录水平的调控是基因调控的重要环节,其中转录因子(Transcription Factor,TF)和转录因子结合位点(Transcription Factor Binding Site,TFBS)是转录调控的重要组成部分。为了解析基因转录调控过程中TF与其TFBS相互作用的分子机理,鉴定T... 转录水平的调控是基因调控的重要环节,其中转录因子(Transcription Factor,TF)和转录因子结合位点(Transcription Factor Binding Site,TFBS)是转录调控的重要组成部分。为了解析基因转录调控过程中TF与其TFBS相互作用的分子机理,鉴定TFBS及构建基因转录调控网络,需要对已发现的TF及其TFBS信息进行系统的收集、整理和分析。目前,国际上已经出现不少关于TF及其TFBS的专业数据库,这些数据库对基因转录调控及TF相关的分子生物学、系统生物学及生物信息学的研究非常重要,对这些领域的研究起到了显著的推进作用。文章对7个目前比较著名的TF及其TFBS相关数据库,包括TRANSFAC、JASPAR、TFDB、TRRD、TRED、PAZAR、MAPPER的特点、数据种类和数量及使用方法进行了详细综述,并简要介绍了其他相关数据库。 展开更多
关键词 转录因子 DNA结合位点 数据库 生物信息学
在线阅读 下载PDF
hsa-miR-1908上游启动子区的生物信息学分析 被引量:2
10
作者 匡仟卉柠 李景云 +3 位作者 季晨博 郭锡镕 倪毓辉 徐美玉 《临床儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期379-383,共5页
目的利用各种生物信息学工具预测hsa-miR-1908上游启动子功能,以进一步研究其在人脂肪细胞中的转录调控机制。方法应用Ensemble数据库获取hsa-miR-1908上游启动子序列,利用多种在线相关软件预测出甲基化部位和转录因子结合部位。结果... 目的利用各种生物信息学工具预测hsa-miR-1908上游启动子功能,以进一步研究其在人脂肪细胞中的转录调控机制。方法应用Ensemble数据库获取hsa-miR-1908上游启动子序列,利用多种在线相关软件预测出甲基化部位和转录因子结合部位。结果获取hsa-miR-1908上游启动子序列全长1458bp。miR-1908启动子序列中CpG岛位于(438~756)bp、(836937)bp、(979~1374)bp处,CpG岛的存在会抑制miR-1908启动子的转录。miR-1908有15个转录因子的结合位点。结论miRNA启动子相关生物信息学的研究,提高对启动子的研究效率,为进一步研究miR-1908的转录调控机制提供了重要的信息。 展开更多
关键词 miR-1908启动子区 生物信息学分析 转录因子结合部位
在线阅读 下载PDF
上一页 1 下一页 到第
使用帮助 返回顶部