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题名一种基于魂芯DSP的单模式位并行串匹配算法
被引量：2
- 1
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作者
陈瑞
顾乃杰
叶鸿
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机构
中国科学技术大学计算机科学与技术学院
中国科学技术大学安徽省计算与通信软件重点实验室
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出处
《计算机应用与软件》
北大核心
2020年第7期246-252,共7页
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文摘
在多媒体技术飞速发展的今天,DSP处理器以其低功耗和高性能等特点在信号处理和图像检索领域有着重要的应用。串匹配作为信号处理和图像检索应用中的基本算法,其性能和效率也因此受到越来越多的关注。通过结合DSP处理器的分簇结构和零开销循环技术,并利用字符串分段的方法提出一种基于DSP的位并行串匹配算法EPSO。该算法可有效减少条件分支语句的时钟开销和分簇执行过程中的漏配次数,加速了串匹配过程。在国产魂芯DSP的仿真结果表明:EPSO算法的匹配速度是经典Shift-Or算法的7.8倍左右,串匹配效率得到有效提升;以KMP算法为基准,英文语料下该算法的平均匹配速度是KMP算法的6.3倍左右,DNA序列下是KMP算法的10.5倍左右,相比NEW、S2BNDM算法均具有显著的性能提升。
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关键词
串匹配
移位或算法
魂芯DSP
分簇
位并行
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Keywords
String matching
Shift-or algorithm
HXDSP
Clustering
Bit-parallel
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分类号
TP3
[自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
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题名基于GPU的位并行多模式串匹配研究
被引量：2
- 2
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作者
赵光南
吴承荣
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机构
复旦大学计算机科学技术学院
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出处
《计算机工程》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第14期265-267,273,共4页
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文摘
图形处理器(GPU)具有较强的单一运算能力及高度并行的体系结构。根据上述特点,选择基于位并行技术的多模式串匹配算法M-BNDM,将其移植到GPU上加以实现和优化。通过对需要处理的数据进行预处理,将串匹配的过程简化为更适合CUDA计算数据的位操作。对基于CUDA架构的并行串匹配算法的性能影响因子进行分析。实验结果表明,与同等CPU算法相比,该算法能够获得约十几倍的加速比。
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关键词
图形处理器
多模式字符串匹配
位并行
M-BNDM算法
加速
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Keywords
Graphic Processing Unit（GPU）
multiple pattern string matching
bit-parallelism
M-BNDM algorithm
speed up
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分类号
N945
[自然科学总论—系统科学]
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题名一种高速精确单模式串匹配算法
被引量：14
- 3
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作者
范洪博
姚念民
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机构
哈尔滨工程大学计算机科学与技术学院
绥化学院计算机科学与技术系
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出处
《计算机研究与发展》
EI
CSCD
北大核心
2009年第8期1341-1348,共8页
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基金
国家自然科学基金项目(60503055)
黑龙江省博士后启动基金项目(323630217)~~
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文摘
串匹配问题是计算机科学的基础问题之一,是网络安全、信息检索与过滤、计算生物学等众多领域的核心问题,其中,高速精确单模式匹配算法设计又是各种串匹配问题的基础.基于SBNDM2,通过修改位掩码有效位到无符号整数的高位,将BNDM算法核心循环化简至最简形式(5指令/字符),并引入越界保护机制,提出S2BNDM系列精确单模式匹配算法.实验结果显示,S2BNDM系列算法在任何情况下都快于SBNDM2,对于英文语料(m<32)和DNA序列(m<8),S2BNDM系列算法为现有已知最快算法.
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关键词
串匹配
精确单模式
算法设计
位并行
文本搜索
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Keywords
string matching
exact single pattern
design of algorithm
bit parallelism
text searching
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分类号
TP391.3
[自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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题名基于非对齐双字节读机制的单模式串匹配算法
- 4
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作者
张建
范洪博
黄青松
刘利军
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机构
昆明理工大学信息工程与自动化学院
云南省计算机技术应用重点实验室
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出处
《计算机工程》
CAS
CSCD
2013年第12期157-161,共5页
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基金
云南省科技厅应用基础研究基金资助面上项目(2012FB131)
昆明理工大学人陪基金资助项目(KKSY201203091)
+1 种基金
云南省社会发展科技计划基金资助项目(2010CA016)
科技部科技型中小企业技术创新基金资助项目(10C26215305130)
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文摘
在线精确单模式匹配问题在几乎所有涉及文本和符号处理的领域中均有广泛应用。SBNDMq是目前该领域性能最高的算法之一。通过向其引入非对齐双字节读机制,对SBNDMq算法进行改进,从而提出SBNDMq_Shortb系列算法。该系列算法拥有与SBNDMq算法一致的跳跃能力,但核心循环的内存访问次数降低为原来的50%,算法性能更高。实验结果表明,在大多匹配条件下,SBNDMq_Shortb系列算法性能优于其他已知算法。
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关键词
串匹配
精确单模式
算法设计
位并行
非对齐读
SBNDMq_Shortb算法
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Keywords
string matching
exact single pattern
design of algorithms
bit-parallel
unaligned reading
SBNDMq Shortb algorithm
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分类号
TP18
[自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]
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题名针对短测序片段的基因序列拼接算法
- 5
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作者
郭佳
杨云麟
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机构
四川大学计算机学院
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出处
《计算机工程与设计》
CSCD
北大核心
2012年第5期1832-1836,共5页
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基金
国家自然科学基金项目(60903318
60832011)
+1 种基金
国家自然科学基金重点项目(60736046)
国家973重点基础研究发展计划基金项目(2009CB320803)
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文摘
为了获得高效的拼接结果,针对新测序技术产生的较短测序片段,提出了通过对测序片段编码,将其映射到能够快速查找的自定义表中,结合高效位并行字符串模糊匹配算法———BPM,从自定义表中寻找较长连通路径的方法,实现了对短测序片段的快速拼接。实验结果表明,该算法针对500M的高质量源数据,在耗时136s的情况下,准确度可达79%,覆盖度可达82%;针对错误率为0.1%的500M源数据,在耗时150s的情况下,准确度可达72%,覆盖度可达73%。在短时间内较好的完成了拼接任务。
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关键词
短测序片段
快速查找表
四进制整数
bpm(位并行匹配算法)
连通路径
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Keywords
short reads
mapping table
quaternary integer
bpm（bit-parallelism match algorithm）
connectivity path
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分类号
TP274
[自动化与计算机技术—检测技术与自动化装置]
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