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基于拟比对CNN方法的人类p53癌症基因二级数据库构建及分析 被引量:2
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作者 王丹丹 李晨鸿 +2 位作者 徐海阳 蔡蓉 朱平 《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期15-20,共6页
以NCBI维护的一级数据库为数据源建立人类癌症p53核苷酸序列二级数据库,该数据库设计主要包括4个方面:癌症信息、p53序列信息、样本信息和参考文献信息。以XML格式为中间格式保存一级数据库数据,并通过解析提交到二级数据库,初步实现数... 以NCBI维护的一级数据库为数据源建立人类癌症p53核苷酸序列二级数据库,该数据库设计主要包括4个方面:癌症信息、p53序列信息、样本信息和参考文献信息。以XML格式为中间格式保存一级数据库数据,并通过解析提交到二级数据库,初步实现数据的检索、链接和统计分析等功能。本文提出一种拟比对CNN方法对p53癌症基因序列进行比对分析,通过改善传统CNN相似度评估公式,增强两序列全局比对相似度的敏感性和可靠性。结果表明,将改进的序列比对算法应用于乳腺癌和非小细胞肺癌p53外显子基因序列比对,发现外显子5突变后序列比对结果存在较大差异,可以作为区别这两种癌症的参考。此外,通过将一级数据库以XML形式转化成二级数据库,实现了网络数据与本地数据的动态交换。 展开更多
关键词 二级数据库 癌症 p53基因序列 细胞神经网络 序列比对
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nr数据库分析及其本地化 被引量:120
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作者 邓泱泱 荔建琦 +3 位作者 吴松锋 朱云平 陈耀文 贺福初 《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期71-73,76,共4页
通过用NCBI的blastp程序对nr数据库与IPI数据库中属于人类的蛋白质序列进行比较,论证了nr数据库整合到蛋白质注释系统中的必要性。并在此基础上,设计方案实现了nr数据库的本地化,对nr数据库的记录进行了统计分析,提供了数据库的内部访问... 通过用NCBI的blastp程序对nr数据库与IPI数据库中属于人类的蛋白质序列进行比较,论证了nr数据库整合到蛋白质注释系统中的必要性。并在此基础上,设计方案实现了nr数据库的本地化,对nr数据库的记录进行了统计分析,提供了数据库的内部访问,为蛋白质注释系统整合nr数据库做好了第一步工作。 展开更多
关键词 蛋白质序列数据库 序列比对 蛋白质注释 本地化
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利用自建的活性肽数据库搜寻食物蛋白质中潜在的生物活性肽 被引量:16
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作者 黎观红 乐国伟 +1 位作者 施用晖 乐小良 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2004年第1期85-88,共4页
利用MicrosoftOffice 2 0 0 0中的Access数据库软件建立了一个生物活性肽数据库 ,该数据库系统由生物活性肽序列及其相关信息子库、常见食物蛋白质序列子库和蛋白水解酶信息子库构成。同时数据库中引入了序列比对和酶解位点预测等 2个... 利用MicrosoftOffice 2 0 0 0中的Access数据库软件建立了一个生物活性肽数据库 ,该数据库系统由生物活性肽序列及其相关信息子库、常见食物蛋白质序列子库和蛋白水解酶信息子库构成。同时数据库中引入了序列比对和酶解位点预测等 2个自编程序 ,利用该程序可分别用来寻找蛋白质中存在的生物活性肽片段或可能含有具有某种功能的生物活性肽的蛋白质及寻找把蛋白质中潜在的生物活性肽从该蛋白质中释放出来的适宜的酶。该数据库还具有数据的输入、修改删除、查询检索等功能。 展开更多
关键词 食物 蛋白质 生物活性肽 活性肽数据库 营养学 序列比对 酶解位点预测
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生物信息学数据库及其利用方法 被引量:21
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作者 姜鑫 《现代情报》 北大核心 2005年第6期185-187,共3页
阐述了生物信息学数据库在生物信息学的发展过程中发挥的巨大作用;介绍了世界上主要的生物信息学数据库及其分类和特点;论述了如何利用生物信息学数据库;最后,对利用国际生物信息学数据库促进我国生物信息学的发展做出了展望。
关键词 数据库 生物信息学 序列比对 数据挖掘 知识发现
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蛋白质结构分类数据库
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作者 于晓丽 《重庆理工大学学报(自然科学)》 CAS 2010年第11期61-65,共5页
对最具代表性,应用最为广泛的3个结构分类数据库SCOP、CATH、FSSP进行了描述和评价。针对目前的分类数据库普遍存在的不足,介绍了一种基于多结构比对的蛋白质结构分类的方法。
关键词 蛋白质结构数据库 结构分类数据库 多结构比对
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脉冲星数据比对分析和可视化系统设计与实现
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作者 张辉 王培 +8 位作者 张蕾 许余云 岳友岭 潘之辰 刘志杰 于徐红 游善平 姜家涛 谢晓尧 《天文学报》 CSCD 北大核心 2021年第1期37-52,共16页
脉冲星数据比对分析和可视化系统(PSRDB,URL:http://www.psrdb.net/),由FAST(Five-hundred-meter Aperture Spherical Radio Telescope)早期科学数据中心团队为快速开展脉冲星候选体比对分析和数据管理研发.通过前端数据提交页面,接收... 脉冲星数据比对分析和可视化系统(PSRDB,URL:http://www.psrdb.net/),由FAST(Five-hundred-meter Aperture Spherical Radio Telescope)早期科学数据中心团队为快速开展脉冲星候选体比对分析和数据管理研发.通过前端数据提交页面,接收和维护来自FAST及其他研究机构的候选体数据.目前,PSRDB已收录自1967年人类发现第1颗脉冲星以来所有公开文献发表的2811颗脉冲星样本,并采集了当前主要巡天项目尚未正式发表的源和候选体,如FAST多科学目标同时扫描巡天(CRAFTS)候选体数据.基于入库基础数据,利用位置、周期、色散等参数进行比对分析,辅助科研工作者在线检索匹配已知星表数据,最后将检索匹配、比对分析结果生成图表供进一步分析.目前,PSRDB已被应用于FAST脉冲星搜寻和候选体数据管理.未来,PSRDB可在新源认证、后随观测、观测计划制定和原始数据处理流程设计等方面提供数据和工具支撑. 展开更多
关键词 天文数据库 脉冲星:普通 方法:比对分析 可视化 FAST
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多序列比对的两种新方法 被引量:1
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作者 陈莹 王能超 《河海大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2004年第2期239-242,共4页
对两种用于多序列比对的新方法———T COFFEE和MAFFT进行了研究,结果表明:T COFFEE是迄今为止准确性最高的方法,但此方法速度较慢;而MAFFT则将FFT运用于比对中,使速度大大提高,并且与T COFFEE的准确程度相当.
关键词 多序列比对 T—COFFEE MAFFTT balibase比对数据库
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BLAST序列比对与生物医学文献检索 被引量:9
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作者 丁六松 张宇伟 《情报杂志》 CSSCI 北大核心 2003年第4期74-75,共2页
生物信息学的急速发展及其数据库的急剧增长给文献检索提出了新课题。利用生物信息相关数据库需要结合生物信息学知识。本研究从新基因的名词与序列入手 ,介绍NCBI的ENTREZ、BLAST检索 ,阐明与基因相关的文献检索的方法与技巧 ,着重介绍... 生物信息学的急速发展及其数据库的急剧增长给文献检索提出了新课题。利用生物信息相关数据库需要结合生物信息学知识。本研究从新基因的名词与序列入手 ,介绍NCBI的ENTREZ、BLAST检索 ,阐明与基因相关的文献检索的方法与技巧 ,着重介绍了BLAST序列比对在信息检索中的步骤和作用。 展开更多
关键词 BLAST序列比对 生物医学文献检索 生物信息学 数据库 基因
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生物多序列比对的并行算法 被引量:2
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作者 陈宁涛 王能超 施保昌 《计算机应用与软件》 CSCD 北大核心 2005年第10期118-119,共2页
多序列比对是生物信息学中的基本问题。由于生物序列数据库的快速增长,即使优秀的串行算法已不能满足实际的需要。研究了Gusfield提出的星型比对模型的串行算法,进行了空间和时间上的改进,基于cluster结构的某并行机提出了一种并行算法... 多序列比对是生物信息学中的基本问题。由于生物序列数据库的快速增长,即使优秀的串行算法已不能满足实际的需要。研究了Gusfield提出的星型比对模型的串行算法,进行了空间和时间上的改进,基于cluster结构的某并行机提出了一种并行算法,并对大量基因数据进行了测试,结果表明对于大规模的多序列比对,算法能达到较高的加速比。 展开更多
关键词 多序列比对 并行算法 星型比对模型 生物信息学 cluster结构 串行算法 序列数据库 基因数据 并行机 加速比
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基于网格的生物序列比对与分析系统 被引量:1
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作者 刘艳云 《计算机工程与设计》 CSCD 北大核心 2009年第23期5556-5559,共4页
提出了一个基于网格的生物基因序列比对与分析平台BioSA,详细描述了BioSA系统的各个组成模块,通过各个模块的分工与合作,BioSA系统可以给计算密集型基因序列比对提供一个统一与可扩展的计算环境。使用网格平台中的Web Services技术、消... 提出了一个基于网格的生物基因序列比对与分析平台BioSA,详细描述了BioSA系统的各个组成模块,通过各个模块的分工与合作,BioSA系统可以给计算密集型基因序列比对提供一个统一与可扩展的计算环境。使用网格平台中的Web Services技术、消息通知机制,序列比较分析与查询匹配也可以实现。BioSA不仅支持系统定义的序列比对和分析,而且支持用户定义的、远程的序列分析。通过对实际序列比对的案例实现,验证了BioSA系统的正确性与高效性。 展开更多
关键词 网格计算 序列比对 生物信息学 序列分析 生物数据库
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基于WINCC的条形码自动比对控制系统设计 被引量:2
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作者 傅雪磊 郭栋 +5 位作者 王柏雄 王文昌 何红 陶海东 李萌 朱代辉 《包装工程》 CAS 北大核心 2017年第5期152-156,共5页
目的设计一套应用于包装生产线的比对控制系统,达到简化控制流程、保证控制的精度与速度的目的。方法首先对系统的结构组成进行设计,然后设置硬件之间的通讯连接,最后建立数据库和编写比对程序,并通过实例对系统进行测试和对操作流程进... 目的设计一套应用于包装生产线的比对控制系统,达到简化控制流程、保证控制的精度与速度的目的。方法首先对系统的结构组成进行设计,然后设置硬件之间的通讯连接,最后建立数据库和编写比对程序,并通过实例对系统进行测试和对操作流程进行说明。结果该系统借助WINCC工控组态软件和SQL数据库系统可实现对生产线上产品以50个/min的速度对条形码信息进行准确读取和反馈给PLC去执行相应的操作。结论由于系统的组成硬件个数少、软件结构简单,所以可靠性高、维护方便、操作简单灵活,对不同的自动化生产线有很强的适应性。 展开更多
关键词 WINCC SQL数据库 PLC 条形码 比对
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《DNA和蛋白质序列数据分析工具》一书再版
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《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期523-523,共1页
在众多生物基因组测序项目完成之际,我们面临的最大挑战是如何对DNA和蛋白质数据进行科学的分析和注释。本书分三个层次解读基因数据库和网络丁具:基因组学层面重点介绍序列比对丁具BLAST和Clustal X的使用、真核生物基因结构的预测... 在众多生物基因组测序项目完成之际,我们面临的最大挑战是如何对DNA和蛋白质数据进行科学的分析和注释。本书分三个层次解读基因数据库和网络丁具:基因组学层面重点介绍序列比对丁具BLAST和Clustal X的使用、真核生物基因结构的预测、电子克隆及分子进化遗传分析T具(MEGA4)的使用; 展开更多
关键词 蛋白质序列 数据分析工具 DNA 真核生物 基因组测序 BLAST 基因数据库 序列比对
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基于RSS空时处理的指纹定位算法 被引量:7
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作者 王顶 马娟 赵颐轩 《计算机应用研究》 CSCD 北大核心 2012年第12期4726-4728,共3页
为提高移动台定位算法的精度,研究了基于接收信号强度(received signal strength,RSS)空时处理的指纹定位算法。该算法包含指纹数据库的建立和指纹比对,在指纹数据库建立过程中,利用空时处理的方法克服无线信号的衍射﹑散射等影响;指纹... 为提高移动台定位算法的精度,研究了基于接收信号强度(received signal strength,RSS)空时处理的指纹定位算法。该算法包含指纹数据库的建立和指纹比对,在指纹数据库建立过程中,利用空时处理的方法克服无线信号的衍射﹑散射等影响;指纹比对时,研究了相同邻小区个数的选择对定位误差的影响,得出相同邻小区个数的最优选择。仿真结果表明,算法减小了RSS的波动性,具有低运算复杂度和高精度。 展开更多
关键词 移动台定位 指纹算法 RSS空时处理 指纹数据库 指纹比对
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Vector NTI Suite在分子生物学领域的应用 被引量:3
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作者 刘泽隆 于发科 《生物学杂志》 CAS CSCD 2006年第4期46-49,共4页
有许多软件可以帮助分子生物学工作者解决一些他们日常实验室工作中遇到的问题。Vector NTI Su ite是一种高度集成、功能齐全的分子生物学应用软件,它可以对核酸、蛋白质等分子进行大量的操作和分析,以及建立和管理生物数据库。重点对Ve... 有许多软件可以帮助分子生物学工作者解决一些他们日常实验室工作中遇到的问题。Vector NTI Su ite是一种高度集成、功能齐全的分子生物学应用软件,它可以对核酸、蛋白质等分子进行大量的操作和分析,以及建立和管理生物数据库。重点对Vector NTI Su ite软件的概况、应用现状及其在分子生物学领域的应用进行综述与探讨。 展开更多
关键词 VECTOR NTI SUITE 软件包 数据库 序列比对 序列拼接
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条纹斑竹鲨鱼再生肝组织cDNA质粒文库的构建和鉴定 被引量:6
15
作者 赵艳景 胡亚楠 +5 位作者 刘睿 王颖 余江河 叶波平 王旻 吴梧桐 《高技术通讯》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期82-86,共5页
建立了鲨鱼肝脏的部分切除模型,获得了再生24h的鲨鱼肝组织,分离了再生肝组织的总RNA,纯化了mRNA,利用含BamHI酶切位点的Oligo(dT)16为引物合成cDNA第一链,通过末端转移酶在cDNA第一链3'末端加入Oligo(dC)尾,进而以Oligo(dT)16和含H... 建立了鲨鱼肝脏的部分切除模型,获得了再生24h的鲨鱼肝组织,分离了再生肝组织的总RNA,纯化了mRNA,利用含BamHI酶切位点的Oligo(dT)16为引物合成cDNA第一链,通过末端转移酶在cDNA第一链3'末端加入Oligo(dC)尾,进而以Oligo(dT)16和含HindIII酶切位点的Oligo(dG)10为引物,通过LD-PCR (long- distance-PCR)方法合成双链cDNA,将双链cDNA经BamHI和HindIII双酶切,通过T4DNA连接酶连接到经相同酶切的pUC19载体后构建成cDNA文库.对文库质量的分析结果表明,通过本方法构建的鲨鱼再生肝组织cDNA文库容量至少为4.92×105个/μg dscDNA,重组率达96.7%.对随机提取30个克隆的质粒进行分析,获得了其中25个插入片段的序列,未见重复序列,经与GenBank和dbEST数据库比对分析发现新基因在其中占较大的比例(76%).鲨鱼再生肝组织cDNA文库的成功构建为进一步通过差异显示技术筛选、克隆肝再生过程中差异表达的相关功能基因奠定了一个良好的基础. 展开更多
关键词 肝组织 鲨鱼 构建 质粒文库 cDNA第一链 T4DNA连接酶 cDNA文库 GENBANK 鉴定 斑竹 条纹 EST数据库 差异显示技术 酶切位点 末端转移酶 总RNA mRNA 分析结果 重复序列 比对分析 功能基因 差异表达 再生过程 双酶切 库容量
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实用生物信息技术课程教学实例 被引量:4
16
作者 罗静初 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期102-111,共10页
介绍"实用生物信息技术"研究生课程的5个教学实例。以血红蛋白序列和结构为例,介绍常用生物信息技术和分析方法,包括蛋白质和核酸序列相似性比对、蛋白质和核酸序列数据库检索、Blast数据库相似性搜索、分子系统发生树构建,... 介绍"实用生物信息技术"研究生课程的5个教学实例。以血红蛋白序列和结构为例,介绍常用生物信息技术和分析方法,包括蛋白质和核酸序列相似性比对、蛋白质和核酸序列数据库检索、Blast数据库相似性搜索、分子系统发生树构建,以及蛋白质结构比较分析等。 展开更多
关键词 生物信息技术 血红蛋白 序列比对 数据库检索 Blast数据库搜索 系统发生树构建 蛋白质结构比较分析
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全球台站信息自动更新软件设计与实现
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作者 张志强 叶松涛 孙超 《计算机应用》 CSCD 北大核心 2013年第A02期276-278,317,共4页
传统的以手工方式从世界气象组织每周在其FTP平台上发布的台站信息文件进行数据的收集、归档、管理已经无法满足实时更新的需求,且人工方式极易产生信息的错漏。为此,结合全球台站信息表的特性和FTP协议,集台站信息文件发现与下载、信... 传统的以手工方式从世界气象组织每周在其FTP平台上发布的台站信息文件进行数据的收集、归档、管理已经无法满足实时更新的需求,且人工方式极易产生信息的错漏。为此,结合全球台站信息表的特性和FTP协议,集台站信息文件发现与下载、信息自动对比、实时资料更新与归档等任务模块于一体,设计并实现了全球台站信息自动更新软件。通过软件在国家气象信息中心的实际运行效果显示,采用此软件后全球台站信息的更新周期从数月缩短为十五分钟以内,可为入库资料的完整性、实时性和准确性提供基础保障。 展开更多
关键词 国际气象组织 气象资料数据库 全球台站信息表 比对方法
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基于改进Hamming距离的虹膜识别算法 被引量:2
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作者 张攀 张莲 +1 位作者 陈大孝 李云昊 《重庆理工大学学报(自然科学)》 CAS 2017年第1期118-123,共6页
针对虹膜特征匹配速度较慢的问题,提出了一种改进的Hamming距离算法来缩短匹配的时间。传统的特征匹配是采用8次移位比对的方式,选择其中最小的一次Hamming距离与阈值进行比较,这种方法会带来计算量的增加,影响实时性。为此提出一种新... 针对虹膜特征匹配速度较慢的问题,提出了一种改进的Hamming距离算法来缩短匹配的时间。传统的特征匹配是采用8次移位比对的方式,选择其中最小的一次Hamming距离与阈值进行比较,这种方法会带来计算量的增加,影响实时性。为此提出一种新的方法。在进行特征移位比对的同时,将每次得到的Hamming距离与阈值进行比较,若小于阈值,则结束移位比对,判定这2个虹膜来自同一采集者;若不小于阈值,则继续移位比对,直到移位8次为止。在mini2440开发板上,使用CASIA虹膜数据库对该算法进行了大量的实验。结果表明:该方法比传统的Hamming距离匹配法更快,并且准确率有所提高,说明该方法可行有效。 展开更多
关键词 特征匹配 HAMMING距离 移位比对 CASIA虹膜数据库
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