靶向SARS-CoV-2棘突蛋白中独特B细胞抗原表位的鲨鱼单域抗体的研制

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作者 王越 沈立军 +2 位作者 方权 张锋 罗永能 《中国人兽共患病学报》 北大核心 2025年第1期32-39,共8页

目的制备特异性识别SARS-CoV-2棘突蛋白中独特B细胞抗原表位的鲨鱼单域抗体,并探究其在靶向SARS-CoV-2棘突蛋白S的免疫学检测中的作用。方法根据SARS-CoV-2棘突蛋白独特B细胞抗原表位序列人工合成多肽S9,与载体蛋白KLH偶联后对条纹斑竹... 目的制备特异性识别SARS-CoV-2棘突蛋白中独特B细胞抗原表位的鲨鱼单域抗体,并探究其在靶向SARS-CoV-2棘突蛋白S的免疫学检测中的作用。方法根据SARS-CoV-2棘突蛋白独特B细胞抗原表位序列人工合成多肽S9,与载体蛋白KLH偶联后对条纹斑竹鲨进行背部皮下免疫。尾静脉采血并分离外周血淋巴细胞,从中提取总RNA后逆转录为cDNA,以cDNA为模板扩增条纹斑竹鲨vNAR片段,与载体pComb3XSS连接构建噬菌体文库。从噬菌体文库中淘选识别该抗原表位的阳性克隆。将抗体基因克隆至pET-28a构建表达载体,诱导大肠杆菌原核表达并纯化获得鲨鱼单域抗体,分别应用于WB、ELISA和IFA等方法检测SARS-CoV-2棘突蛋白。结果共获得1个鲨鱼单域抗体克隆T01。重组表达并纯化的鲨鱼单域抗体T01与多肽S9结合的亲和力良好,EC50为(2.050±0.064)nmol/L且可特异性结合棘突蛋白的NTD片段。WB检测显示鲨鱼单域抗体T01能特异性地识别重组SARS-CoV-2棘突蛋白S1片段,而与其他6种感染人的冠状病毒的重组棘突蛋白S1片段没有交叉反应;IFA检测提示鲨鱼单域抗体T01可特异性地结合瞬间表达于HEK293细胞内的SARS-CoV-2棘突蛋白。结论成功制备一株靶向SARS-CoV-2棘突蛋白中独特B细胞抗原表位的鲨鱼单域抗体,为新型冠状病毒抗原检测提供了有效工具。 展开更多

关键词 新型冠状病毒 棘突蛋白 b细胞抗原表位 条纹斑竹鲨 单域抗体

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B细胞抗原表位鉴定方法的研究进展

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作者 伍春平 尹苗 陈希文 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期1329-1334,共6页

抗原表位是抗原决定其抗原性的基础,是诱导机体产生免疫应答的最小功能单位。B细胞抗原表位研究对于新型疫苗和治疗性药物的研发以及诊断试剂的开发具有重要意义。本文总结了近几年应用B细胞抗原表位研究的技术,并分析了各种技术的优缺点。

关键词 b细胞抗原表位 免疫 筛选鉴定

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鲤春病毒血症病毒Shlj1株糖蛋白空间结构及其B细胞抗原表位的预测 被引量：6

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作者 纪锋 徐黎明 +4 位作者 赵景壮 刘淼 卢彤岩 贺文斌 尹家胜 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第4期440-446,共7页

为预测鲤春病毒血症病毒(Spring Viremia of Carp Virus,SVCV)Shlj1株糖蛋白(Glycoprotein,G)的空间结构及B细胞抗原表位,采用RT-PCR法从接种SVCV的鲤上皮细胞悬液提取的病毒总RNA中扩增糖蛋白基因,并通过序列测定获得Shlj1株糖蛋白基... 为预测鲤春病毒血症病毒(Spring Viremia of Carp Virus,SVCV)Shlj1株糖蛋白(Glycoprotein,G)的空间结构及B细胞抗原表位,采用RT-PCR法从接种SVCV的鲤上皮细胞悬液提取的病毒总RNA中扩增糖蛋白基因,并通过序列测定获得Shlj1株糖蛋白基因的核苷酸序列及氨基酸序列,利用Phyre2对Shlj1分离株的糖蛋白空间结构进行预测,使用DNAStar软件综合分析糖蛋白的柔性区域、亲水性、表面可能性和抗原指数参数。结果表明:获得的SVCV Shlj1株糖蛋白核苷酸序列长1527 bp,推导出其氨基酸序列为509aa;空间结构预测显示,SVCV Shlj1株糖蛋白存在一定数量的α-螺旋、β-折叠、β-转角及大量无规则卷曲结构,空间构象较规则;抗原指数及抗原表位指数分析显示,糖蛋白中存在许多抗原指数较高的区域,该区域平均抗原指数为1.025,最大值达1.250,其中5个区域(4~26、145~157、293~302、315~327、407~491氨基酸区段)可能是B细胞抗原表位的主要分布区域。本研究结果为SVCV糖蛋白表位疫苗的设计及单克隆抗体的制备奠定了理论基础。 展开更多

关键词 鲤春病毒血症病毒 糖蛋白 空间结构 b细胞抗原表位

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FMDV OA/58病毒株VP1蛋白结构构建与B细胞抗原表位的预测 被引量：9

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作者 周建华 丛国正 +1 位作者 高闪电 常惠芸 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2007年第4期176-179,共4页

以口蹄疫病毒株OA/58 RNA为模板,反转录并扩增目的cDNA,然后与pGEM-T easy载体连接并转化JM109菌株,提取的重组质粒用凝胶电泳、PCR和EcoR I酶切法鉴定。运用同源模建得到OA/58 VP1蛋白3D结构,并结合理化性质、亲水性、可塑性和免疫原... 以口蹄疫病毒株OA/58 RNA为模板,反转录并扩增目的cDNA,然后与pGEM-T easy载体连接并转化JM109菌株,提取的重组质粒用凝胶电泳、PCR和EcoR I酶切法鉴定。运用同源模建得到OA/58 VP1蛋白3D结构,并结合理化性质、亲水性、可塑性和免疫原性进行分析,预测OA/58 VP1的抗原表位。结果OA/58 VP1存在多个潜在的抗原表位位点,可能的蛋白质抗原表位区域:2～11,15～35,38～50,77～88,90～107,121～125,131～135,140～149,154～163,169～175,178～189,197～213。应用同源模建得到的OA/58 VP1蛋白3D模型来预测其B细胞表位,为进一步研究OA/58 VP1功能,构建突变体和选择表达新型OA/58 VP1蛋白分子提供有参考价值的信息。 展开更多

关键词 口蹄疫病毒 VP1蛋白 b细胞抗原表位

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口蹄疫OA／58病毒株VP2蛋白结构模拟与B细胞抗原表位的分析 被引量：7

5

作者 周建华 丛国正 +1 位作者 高闪电 常惠芸 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2008年第3期1-4,共4页

以口蹄疫病毒株0A／58RNA为模板，反转录并扩增目的eDNA，然后与pMD18-T载体连接并转化JM109菌株，提取的重组质粒用凝胶电泳、PCR和BarnHI，HindIII双酶切法鉴定。运用同源模建得到0A／58VP2蛋白三维空间结构，并结合理化性质、亲水性... 以口蹄疫病毒株0A／58RNA为模板，反转录并扩增目的eDNA，然后与pMD18-T载体连接并转化JM109菌株，提取的重组质粒用凝胶电泳、PCR和BarnHI，HindIII双酶切法鉴定。运用同源模建得到0A／58VP2蛋白三维空间结构，并结合理化性质、亲水性、可塑性和免疫原性进行分析，找出OA／58VP2蛋白的B细胞抗原表位。结果表明，0A／58VP2蛋白存在多个潜在的抗原表位，可能的蛋白质抗原表位区域：1～23，40～63，71～78，82～91，102～106，113～119，131～138，148～154，166～177，189～196，212～218。应用同源模建得到的OA／58VP2蛋白三维空间结构来预测其B细胞表位，为进一步研究0A／58vP2蛋白在引起易感宿主体液免疫应答方面提供了一种可视化的技术平台，并且为选择表达其他口蹄疫病毒株的VP2蛋白分子提供有参考价值的信息。 展开更多

关键词 口蹄疫病毒 VP2蛋白 b细胞抗原表位

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绵羊肺炎支原体DnaK B细胞抗原表位预测及其蛋白结构分析 被引量：3

6

作者 王慧 罗成波 +5 位作者 贺纛 孔令萍 周碧君 文明 程振涛 王开功 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期159-164,共6页

以绵羊肺炎支原体(Mo)热休克蛋白Hsp70(DnaK蛋白)氨基酸序列为基础,运用DNAStar软件和在线服务器等生物信息学分析工具,在同源性分析的基础上,通过Jameson-Wolf法、Kyte-Doolittle法、Emini法、Karplus-Schulz法及Welling法分别预测其... 以绵羊肺炎支原体(Mo)热休克蛋白Hsp70(DnaK蛋白)氨基酸序列为基础,运用DNAStar软件和在线服务器等生物信息学分析工具,在同源性分析的基础上,通过Jameson-Wolf法、Kyte-Doolittle法、Emini法、Karplus-Schulz法及Welling法分别预测其抗原指数、亲水性、柔韧性、表面可极性等参数,综合分析、预测了该蛋白的B细胞抗原表位,并进行了蛋白的二级结构预测和3D结构模拟。结果表明,Mo贵州分离株的Hsp70蛋白与其它可致羊发病支原体的Hsp70蛋白同源性较低,说明该蛋白具有良好的特异性;Mo Hsp70蛋白整体抗原性较好,同时呈现较规则的空间结构,其中以C末端较稳定,区域也最大(第394-598区段),为优势B细胞抗原表位区域。 展开更多

关键词 绵羊肺炎支原体 DnaK蛋白 蛋白结构 b细胞抗原表位

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鸭肝炎病毒VP1蛋白B细胞抗原表位预测及变异分析 被引量：2

7

作者 黄良宗 刘鳗仪 +3 位作者 王淑敏 司兴奎 马春全 顾万军 《中国家禽》 北大核心 2011年第20期27-30,共4页

以鸭肝炎病毒(DHV)SN株VP1基因序列为基础,运用Garnier-Robson、Chou-Fasman和Karplus-Schulz方法预测VP1蛋白的二级结构,并分别运用Kyte-Doolittle方法、Jameson-Wolf方法和Emini方法预测蛋白的亲水性、抗原指数和表面可及性,最后结合... 以鸭肝炎病毒(DHV)SN株VP1基因序列为基础,运用Garnier-Robson、Chou-Fasman和Karplus-Schulz方法预测VP1蛋白的二级结构,并分别运用Kyte-Doolittle方法、Jameson-Wolf方法和Emini方法预测蛋白的亲水性、抗原指数和表面可及性,最后结合吴玉章的方法综合分析预测其B细胞抗原表位。结果显示,VP1蛋白C端第132～137、177～186、209～219区段有较好的亲水性、表面可及性和较高的抗原指数,并且在二级结构上含有易形成抗原表位的无规则卷曲和β-转角,可能是VP1蛋白的B细胞抗原优势表位;DHV SN株与弱毒疫苗株在推测的VP1B细胞抗原表位177～186和209～219两个区域氨基酸序列变异较大。 展开更多

关键词 鸭肝炎病毒 VP1蛋白 二级结构 b细胞抗原表位

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鸡传染性法氏囊病病毒VP3蛋白的原核表达及其B细胞抗原表位鉴定 被引量：1

8

作者 赵坤 郑玉姝 +4 位作者 赵德明 赵朴 赵恒章 常新耀 王选年 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第12期958-962,共5页

为鉴定鸡传染性法氏囊病病毒(IBDV)VP3蛋白中的B细胞抗原表位,本研究将IBDV的VP3基因亚克隆于pET-28a中,构建了表达重组质粒pETVP3,经IPTG诱导在E. coli BL21(DE3)中表达了重组蛋白(rVP3)。Western blot鉴定表明,rVP3能被IBDV抗血清特... 为鉴定鸡传染性法氏囊病病毒(IBDV)VP3蛋白中的B细胞抗原表位,本研究将IBDV的VP3基因亚克隆于pET-28a中,构建了表达重组质粒pETVP3,经IPTG诱导在E. coli BL21(DE3)中表达了重组蛋白(rVP3)。Western blot鉴定表明,rVP3能被IBDV抗血清特异性识别。同时,根据IBDVVP3的氨基酸序列,合成覆盖VP3全序列的重叠多肽,并与载体蛋白BSA藕联制备多肽人工结合抗原。Peptide-ELISA和Dot-ELISA检测结果表明VP3中有2个线性表位可以被已制备的单克隆抗体(MAb)识别,即728PRDWDRLPYLNL739和982PKPKPKPNAPTQ993;Dot-ELISA结果显示,在VP3中还存在另外4个线性多克隆抗体识别位点:818LANAPQAGSKSQRA831,851QREKD TRISKKMETMGIYFATP872,876ALNGHRGPSPGQLKYWQNTREI897和961QMKDLLLTAMEMK973。这些抗原表位的鉴定为开发IBD表位疫苗奠定了基础。 展开更多

关键词 鸡传染性法氏囊病病毒 VP3蛋白 原核表达 重叠多肽 b细胞抗原表位

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人巨细胞病毒包膜糖蛋白B的B细胞抗原表位预测 被引量：1

9

作者 彭波 谢伟岸 +6 位作者 黄超洋 刘腊兰 吴舒婷 张风华 常海艳 刘如石 李小曼 《湖南师范大学自然科学学报》 CAS 北大核心 2013年第5期65-69,共5页

目的:通过生物信息学方法分析人巨细胞病毒包膜糖蛋白B(gB)的三级结构并预测其线性B细胞抗原表位.方法:根据人巨细胞病毒gB蛋白的胞外域序列,利用DNAStar软件分析其二级结构和表面特性,联合在线B细胞表位预测程序BcePred,通过其理化特... 目的:通过生物信息学方法分析人巨细胞病毒包膜糖蛋白B(gB)的三级结构并预测其线性B细胞抗原表位.方法:根据人巨细胞病毒gB蛋白的胞外域序列,利用DNAStar软件分析其二级结构和表面特性,联合在线B细胞表位预测程序BcePred,通过其理化特性来综合预测该蛋白可能的线性B细胞抗原表位;利用SWISSMODEL服务器的同源建模方法构建gB蛋白的三级结构模型,对在生理三聚体条件下该蛋白各预测表位进行验证.结果:成功预测出人巨细胞病毒gB蛋白的多个线性B细胞抗原表位区段,其中预测出的5个表位区段不属于任何已发现的抗原区域,为后续验证其优势中和表位,研制安全、高效的表位疫苗奠定了理论基础. 展开更多

关键词 生物信息学 人巨细胞病毒 包膜糖蛋白b b细胞抗原表位

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猪细小病毒自然弱毒N株VP1蛋白二级结构及B细胞抗原表位预测 被引量：2

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作者 李斌 赵武 +5 位作者 梁家幸 梁保忠 姚瑞英 黄安国 何颖 蒋玉雯 《广西农业科学》 CSCD 2008年第6期820-824,共5页

以PPV—N株的VP1蛋白基因序列为材料，采用Chou—Fasman、Garnier—Robson和Karplus—Schultz预测VP1蛋白的二级结构，用Kyte—Doolittle法预测VP1蛋白的亲水性，用Emini法预测VP1蛋白的表面可能性，用Jameson—Wolf法预测VP1蛋白的抗... 以PPV—N株的VP1蛋白基因序列为材料，采用Chou—Fasman、Garnier—Robson和Karplus—Schultz预测VP1蛋白的二级结构，用Kyte—Doolittle法预测VP1蛋白的亲水性，用Emini法预测VP1蛋白的表面可能性，用Jameson—Wolf法预测VP1蛋白的抗原指数，然后综合分析VP1蛋白的B细胞抗原表位。结果表明，PPV—N株VP1蛋白的二级结构以β-折叠为主，并有较多的转角和无规则卷曲区域，在序列的20～56、61～80、86～130、136～188区域最有可能是B细胞抗原表位的优势区域。本研究为PPV—N株的自然弱毒分子机理以及反向疫苗学研究提供了一定的理论依据。 展开更多

关键词 PPV—N株 VP1蛋白 二级结构 b细胞抗原表位

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Ⅰ型与Ⅱ型IBDV前体多聚蛋白B细胞抗原表位的预测与比较 被引量：1

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作者 肖治军 张改平 +8 位作者 乔松林 赵东 李学伍 邓瑞广 杨艳艳 邢广旭 郅玉宝 杨继飞 柴书军 《中国家禽》 北大核心 2009年第21期22-24,28,共4页

用生物信息学方法比较了GenBank中9株Ⅰ型IBDV与2株Ⅱ型IBDV基因片段A前体多聚蛋白的推导氨基酸(aa)序列,预测并分析了上述两型IBDV毒株前体多聚蛋白的线性B细胞抗原表位。结果表明,两型IBDV毒株的前体多聚蛋白有75个aa残基的差异,其上... 用生物信息学方法比较了GenBank中9株Ⅰ型IBDV与2株Ⅱ型IBDV基因片段A前体多聚蛋白的推导氨基酸(aa)序列,预测并分析了上述两型IBDV毒株前体多聚蛋白的线性B细胞抗原表位。结果表明,两型IBDV毒株的前体多聚蛋白有75个aa残基的差异,其上大多数预测B细胞抗原表位的位置及其指数值均无明显差异;但两型IBDV在第3～10位中的aa残基差异影响了该序列肽的预测指数和结构,以及与Ⅰ型IBDV多抗的反应性。 展开更多

关键词 IbDV 氨基酸序列 b细胞抗原表位 比较分析

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日本斑点热立克次体安徽120株ompB基因及其编码蛋白的生物信息学和B细胞抗原表位分析 被引量：1

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作者 刘伯玉 罗婉蓉 +6 位作者 陈振 余冬阳 高越 朱禹 洪颖 杨莉 柳燕 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2020年第6期819-824,共6页

目的对从我国临床患者血液中新发现和分离出的日本斑点热立克次体安徽120株ompB基因及其编码蛋白进行系统的结构与功能预测,为深入了解其在立克次体致病机制中的作用、研发斑点热临床诊断试剂和疫苗提供理论基础。方法基于日本斑点热立... 目的对从我国临床患者血液中新发现和分离出的日本斑点热立克次体安徽120株ompB基因及其编码蛋白进行系统的结构与功能预测,为深入了解其在立克次体致病机制中的作用、研发斑点热临床诊断试剂和疫苗提供理论基础。方法基于日本斑点热立克次体安徽120株ompB基因及其编码的氨基酸序列,应用生物信息学方法预测其信号肽、跨膜区、疏水性等性质和可能的B细胞抗原表位。结果日本斑点热立克次体安徽120株ompB基因在3 297~3 311处存在连续15个碱基的缺失,除此之外,该分离株还有4个碱基突变。该基因编码的氨基酸数目为1 651个,蛋白质分子量为167.69 ku,共由20种氨基酸组成,其中含量较多的氨基酸是Gly;理论等电点pI为5.15,消光系数为58 805或58 680,蛋白不稳定指数为7.15,脂肪指数为88.86,总平均亲水性(GRAVY)为0.06,为疏水性蛋白;Signal peptide (Sec/SPI) Likelihood为0.567 7,有信号肽序列;存在一个Pfam区域和自转运体区,分别与细菌黏附宿主和蛋白质转运有关;蛋白二级结构中以无规卷曲为主,其次为β-折叠和α-螺旋,分别占到53.73%、30.83%和15.45%。同源模建蛋白的三级结构中,第1 308~1 651氨基酸部分在蛋白表面形成桶状结构,可能具有丝氨酸蛋白酶的作用;蛋白分子内抗原表位较丰富,共有159个可能的抗原表位,预测分数最高(0.94)的为1 269~1 284位序列。结论成功分析和预测了日本斑点热立克次体安徽120株ompB基因及其编码蛋白的组成、蛋白质的二级结构、三级结构和B细胞抗原表位,为研究日本斑点热立克次体的致病机制、临床诊断试剂和亚单位疫苗的研发提供了理论支持。 展开更多

关键词 日本斑点热立克次体安徽120株 ompb b细胞抗原表位 生物信息学

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生物信息学对扩展莫尼茨绦虫cDNA文库Cavβ基因分析与B细胞抗原表位预测

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作者 赵文娟 康立超 +2 位作者 王正荣 薄新文 王新华 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期735-742,共8页

【目的】分离和鉴定扩展莫尼茨绦虫(Moniezia expansa)电压门控钙通道β亚基(Cavβ)基因,预测蛋白二级结构和B细胞抗原表位,从而探讨Cavβ在寄生虫病治疗中所起的作用。【方法】构建扩展莫尼茨绦虫成虫cDNA文库,随机挑取重组阳性克隆进... 【目的】分离和鉴定扩展莫尼茨绦虫(Moniezia expansa)电压门控钙通道β亚基(Cavβ)基因,预测蛋白二级结构和B细胞抗原表位,从而探讨Cavβ在寄生虫病治疗中所起的作用。【方法】构建扩展莫尼茨绦虫成虫cDNA文库,随机挑取重组阳性克隆进行测序,对部分序列进行引物步移法测序,获取全长cDNA序列;采用生物信息学方法对其对应的蛋白进行二级结构和B细胞抗原表位的预测。【结果】获得扩展莫尼茨绦虫Cavβ基因,全长946 bp,编码180个氨基酸,理论分子质量为19.788 8 kD,等电点为5.06,属于Cachannel B超家族。二级结构以无规则卷曲为主,结构预测存在4个可能的B细胞抗原表位。【结论】研究对于扩展莫尼茨绦虫Cavβ基因的获得和B细胞抗原表位的预测,为该基因功能的试验性鉴定工作奠定了基础。 展开更多

关键词 扩展莫尼茨绦虫 Cavβ 二级结构 b细胞抗原表位 功能预测

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山羊无浆体MSP4全长基因的克隆测序与B细胞抗原表位预测

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作者 周作勇 曹立亭 +2 位作者 彭开政 王芝英 胡世君 《西南大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2012年第10期17-24,共8页

该试验对重庆忠县感染山羊的无浆体主要表面蛋白4(MSP4)基因进行克隆测序,并对其系统进化、基因型以及推导蛋白的B细胞抗原表位进行分析.结果表明:所克隆的MSP4基因片段大小为870bp,CDS序列全长852bp,编码283个氨基酸,GenBank登录号为HQ... 该试验对重庆忠县感染山羊的无浆体主要表面蛋白4(MSP4)基因进行克隆测序,并对其系统进化、基因型以及推导蛋白的B细胞抗原表位进行分析.结果表明:所克隆的MSP4基因片段大小为870bp,CDS序列全长852bp,编码283个氨基酸,GenBank登录号为HQ840746.该序列与已公布的羊无浆体MSP4(AY702923,HQ456347,HQ661165)同源性最高,均达99.8%.系统发育分析发现,该序列被聚类到羊无浆体群.抗原表位预测表明忠县山羊无浆体MSP4蛋白的优势B细胞抗原表位在N端第77-82(AGTALS),93-98(APSLSG),216-220(TAGLV)和244-249(GSTLAI)4个区段.本研究从分子水平证实重庆存在羊无浆体感染,我国羊无浆体至少有5个基因型,重庆山羊无浆体MSP4蛋白具有4个优势B细胞抗原表位,为羊无浆体病亚单位疫苗的研发提供了参考. 展开更多

关键词 山羊 羊无浆体 MSP4 序列分析 b细胞抗原表位

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猪水肿病大肠杆菌FedF的B细胞抗原表位预测 被引量：1

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作者 任文凯 刘建飞 彭远义 《吉林畜牧兽医》 2009年第10期8-10,共3页

目的是预测致猪水肿病主要毒力因子FedF的B细胞抗原表位。方法为基于FedF的蛋白基因组序列,采用Garnier-Robson法、Chou-Fasman法和Karplus-Schulz法预测其结构蛋白的二级结构柔性区域,Kyte-Doolittle方案预测其蛋白的亲水性,Emini方案... 目的是预测致猪水肿病主要毒力因子FedF的B细胞抗原表位。方法为基于FedF的蛋白基因组序列,采用Garnier-Robson法、Chou-Fasman法和Karplus-Schulz法预测其结构蛋白的二级结构柔性区域,Kyte-Doolittle方案预测其蛋白的亲水性,Emini方案预测其蛋白结构的表面可能性,Jameson-Wolf方案预测其蛋白结构的抗原指数,同时使用BepiPred在线分析预测其可能的B细胞抗原表位,综合以上方法最终预测FedF可能的B细胞表位。结果显示,经过分析推测FedF最有可能的B细胞表位位于FedF蛋白N端第51-57、115-122、148-153、199-206、225-232、254-259区段内。 展开更多

关键词 猪水肿病 毒力因子 b细胞抗原表位

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猪传染性胃肠炎病毒N蛋白的二级结构和B细胞抗原表位的预*测

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作者 姜宁朋 孙健全 +1 位作者 黄庆华 王可 《家畜生态学报》 2009年第5期19-23,共5页

以TGEV基因组序列为基础，运用Garnier—Robson、Chou—fasman和Karplus—Schulz方法预测猪传染性胃肠炎病毒N蛋白的二级结构。运用Kyte—Doolitte方法对N蛋白的疏水性进行了分析，Jameson-Wolf方法预测了结构蛋白的抗原指数，Emini方... 以TGEV基因组序列为基础，运用Garnier—Robson、Chou—fasman和Karplus—Schulz方法预测猪传染性胃肠炎病毒N蛋白的二级结构。运用Kyte—Doolitte方法对N蛋白的疏水性进行了分析，Jameson-Wolf方法预测了结构蛋白的抗原指数，Emini方法预测了N蛋白的表面可能性，最后结合吴玉章的方法综合分析预测B细胞抗原表住。结果显示柔性区域主要集中在N-端第11～31、52～65、128～147、155～188、210～227、313～319、331～347区段，α-螺旋和β-折叠数量少且分散。N蛋白可能的B细胞抗原位点是N-端12～31，154～191，204～243，309～320，329～354区段，而这些区段内部或附近都有柔性区域存在，可作为N蛋白的抗原优势表位。本研究为TGEV抗原优势表位的试验研究和反向疫苗的研制奠定了基础。 展开更多

关键词 猪传染性胃肠炎病毒 二级结构 b细胞抗原表位

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B细胞抗原表位预测方法的研究进展 被引量：43

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作者 马凡舒 张蕾 +2 位作者 王洋 孙彦刚 闫喜军 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2016年第1期63-67,共5页

抗原表位是抗原分子的主要功能单位。B细胞抗原表位的准确定位对疫苗设计、诊断试剂的研发及高通量抗体的制备均具有重要意义。作者对目前常用的B细胞线性表位预测方法和B细胞构象表位预测方法进行概述,并对不同预测方法进行比较,旨在... 抗原表位是抗原分子的主要功能单位。B细胞抗原表位的准确定位对疫苗设计、诊断试剂的研发及高通量抗体的制备均具有重要意义。作者对目前常用的B细胞线性表位预测方法和B细胞构象表位预测方法进行概述,并对不同预测方法进行比较,旨在为病原微生物抗原表位研究提供一定的理论参考。 展开更多

关键词 b细胞抗原表位 线性表位 构象表位 表位预测

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猪水肿病大肠杆菌SLT-IIeB蛋白的B细胞抗原表位预测

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作者 任文凯 刘建飞 彭远义 《四川畜牧兽医》 2009年第8期24-25,共2页

基于SLT-IIeB的蛋白基因组序列,采用Garnier-Robson法、Chou-Fasman法和Karplus-Schulz法预测其结构蛋白的二级结构柔性区域,利用Kyte-Doolittle方案预测其蛋白的亲水性,Emini方案预测其蛋白结构的表面可能性,Jameson-Wolf方案预测其蛋... 基于SLT-IIeB的蛋白基因组序列,采用Garnier-Robson法、Chou-Fasman法和Karplus-Schulz法预测其结构蛋白的二级结构柔性区域,利用Kyte-Doolittle方案预测其蛋白的亲水性,Emini方案预测其蛋白结构的表面可能性,Jameson-Wolf方案预测其蛋白结构的抗原指数,同时使用BepiPred在线分析预测其可能的B细胞抗原表位,综合以上方法最终预测SLT-IIeB可能的B细胞抗原表位。经过分析推测,SLT-IIeB最有可能的B细胞抗原表位位于N端第31-36区段内。 展开更多

关键词 猪水肿病 毒力因子 b细胞抗原表位

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PEDV N蛋白的原核表达纯化及B细胞抗原表位预测分析 被引量：4

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作者 郭富城 金丽 +4 位作者 苏强 粟雨芯 李方琳 陈士恩 马晓霞 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2020年第5期762-769,共8页

本研究旨在对猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)N基因进行克隆构建、表达与其B细胞抗原表位性质的预测。将PEDV的N基因进行PCR扩增,克隆到原核表达载体pET-28a(+)中,经酶切验证获得阳性克隆,将阳性克隆在表达菌E.... 本研究旨在对猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)N基因进行克隆构建、表达与其B细胞抗原表位性质的预测。将PEDV的N基因进行PCR扩增,克隆到原核表达载体pET-28a(+)中,经酶切验证获得阳性克隆,将阳性克隆在表达菌E.coli BL21(DE3)中表达。通过对表达条件及纯化条件的优化,获得高纯度表达蛋白。利用生物信息同源模型化软件Swiss-Pdb Viewer建立PEDV-N蛋白的3D结构,并根据生物信息学软件DNA-Star预测PEDV-N蛋白的二级结构、抗原性、亲水性和表面可及性分析,综合分析预测其B细胞抗原表位。经预测PEDV-N蛋白氨基酸序列中存在13个B细胞优势抗原表位区域。研究结果将进一步为PEDV-N蛋白体外表达产物的应用及研制基因工程疫苗提供理论基础。 展开更多

关键词 猪流行性腹泻病毒 N蛋白 纯化 二级结构 b细胞抗原表位预测

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猪附红细胞体ORF5蛋白的空间结构与B细胞抗原表位预测 被引量：3

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作者 吕晴 单思 +1 位作者 王丽君 巴彩凤 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期251-254,259,共5页

目的预测猪附红细胞体(Mycoplasma suis,M.suis)ORF5基因编码蛋白的二级结构及其B细胞抗原表位。方法联合应用生物信息学软件DNAstar与在线分析软件IEDB的B Cell Epitope Prediction Tools预测M.suis ORF5蛋白的二级结构及其亲水性区域... 目的预测猪附红细胞体(Mycoplasma suis,M.suis)ORF5基因编码蛋白的二级结构及其B细胞抗原表位。方法联合应用生物信息学软件DNAstar与在线分析软件IEDB的B Cell Epitope Prediction Tools预测M.suis ORF5蛋白的二级结构及其亲水性区域、柔韧性区域、抗原指数、表面可及性等结构特征,经综合分析后预测其B细胞优势抗原表位。结果经分析可见,M.suis ORF5蛋白具有较为规则的二级结构,潜在的优势B细胞抗原表位为GGVDGGRD、GMRLPEDSR、EGHPDLESAR氨基酸区段。结论预测出M.suis ORF5蛋白二级结构和B细胞抗原表位,为M.suis免疫原性研究提供新手段,为病原微生物免疫原性研究提供新思路。 展开更多

关键词 猪附红细胞体 ORF5 二级结构 b细胞抗原表位

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