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梨亚科5个属S-RNase基因的序列特征及进化分析
1
作者 梁文杰 谢志亮 乌云塔娜 《果树学报》 北大核心 2025年第3期462-475,共14页
【目的】分析梨亚科5个属S-RNase基因序列特征及其进化规律。【方法】收集GenBank数据库中5个属S-RNase基因CDS全长、大于330 bp的外显子片段以及内含子序列,剔除重复序列后,利用MEGA11软件对其进行序列和多态性分析,并利用多序列比对... 【目的】分析梨亚科5个属S-RNase基因序列特征及其进化规律。【方法】收集GenBank数据库中5个属S-RNase基因CDS全长、大于330 bp的外显子片段以及内含子序列,剔除重复序列后,利用MEGA11软件对其进行序列和多态性分析,并利用多序列比对结果构建系统进化树;计算S-RNase基因RSCU值,以欧式平方距离作为基因间进化距离进行聚类分析。利用MEGA11软件计算梨亚科5个属S-RNase基因序列碱基组成及密码子使用偏好。【结果】GenBank数据库中剔除重复序列后,共收录梨亚科5个属S-RNase基因CDS全长序列90条,长度范围为678~711 bp;大于330 bp的外显子片段序列有140条。梨亚科5个属S-RNase基因序列各区域分析表明:C2-HV、C4-C5、C5-和HV区存在较多的共性特征;编码区、内含子、密码子使用偏好聚类的进化树均没有明显种和属的界限。S-RNase基因3个位置的碱基含量均呈现A+T大于C+G,HV区3个位置CG分布较为一致。【结论】梨亚科5个属S-RNase基因除了HV区,C2-HV、C4-C5和C5-也具备参与S位点识别的可能性。同时,梨亚科5个属S-RNase基因的分化早于5个属的分化时间且SRNase基因密码子存在一定的偏好。 展开更多
关键词 梨亚科 雌蕊S基因 序列特征 密码使用偏好 进化分析
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河南省2株牛肠道病毒全基因组序列测定与分析
2
作者 钱明珠 王申锋 +3 位作者 常晓冉 胡俊英 朱红标 王新平 《浙江农业学报》 北大核心 2025年第3期548-558,共11页
为了解牛肠道病毒(bovine enteroviruses,BEV)的分子特征和遗传特性,进一步研究病毒的毒株差异与分子流行病学,设计5对特异性引物,应用PCR扩增与序列测定技术,对BEVHeN-B78株(EV-E)和HeN-YR91株(EV-F)的全长基因组序列进行扩增、序列测... 为了解牛肠道病毒(bovine enteroviruses,BEV)的分子特征和遗传特性,进一步研究病毒的毒株差异与分子流行病学,设计5对特异性引物,应用PCR扩增与序列测定技术,对BEVHeN-B78株(EV-E)和HeN-YR91株(EV-F)的全长基因组序列进行扩增、序列测定,将序列拼接校对后获得2株BEV的全基因组序列,并分析其同源性。结果表明,BEV HeN-B78株(登录号MN598013)基因组序列全长为7453 nt,其中编码区全长6523 nt,5′UTR长812 nt,3′UTR长118 nt。BEV HeN-YR91(登录号MN598018)株基因组序列全长为7460 nt,其中编码区全长6502 nt,5′UTR长825 nt,3′UTR长133 nt。全基因组序列的同源性分析显示,HeN-B78株与其他EV-E参考株的相似性为75.9%~88.0%;HeN-YR91株与其他EV-F参考株的同源性为74.6%~82.4%。病毒分离株的全基因组、VP1~VP4、2B、2C、3A~3D基因的系统进化树分析结果均显示,HeN-B78株与其他EV-E处于同一分支,而HeN-YR91株与EV-F处于同一分支。综上,河南省牛场存在E种和F种两种肠道病毒感染,丰富了国内牛肠道病毒的基因库。 展开更多
关键词 河南省 牛肠道病毒 全基因组 序列测定与分析
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信阳市罗山县鸡滑液囊支原体PCR检测及VlhA基因序列分析
3
作者 李迎晓 尹磊 +2 位作者 胡玉曼 赵瑜 焦凤超 《家禽科学》 2025年第2期19-25,共7页
为了解信阳市罗山县MS流行状况和流行株的分子特征,本研究应用PCR方法对罗山县部分蛋鸡养殖场进行鸡滑液囊支原体病原检测,并对阳性样品VlhA基因进行序列分析。结果表明,从48份样品检测出3份MS阳性样品;VlhA基因序列分析表明,3个流行株... 为了解信阳市罗山县MS流行状况和流行株的分子特征,本研究应用PCR方法对罗山县部分蛋鸡养殖场进行鸡滑液囊支原体病原检测,并对阳性样品VlhA基因进行序列分析。结果表明,从48份样品检测出3份MS阳性样品;VlhA基因序列分析表明,3个流行株与国内流行的K基因型MS参考株具有高度相似性;VlhA基因推导氨基酸序列分析表明,3个流行株与国内流行的MS具有高度同源性;氨基酸变异位点分析发现,H2 MS阳性样品在第43、45位出现突变与缺失。研究结果为罗山地区MS流行病学研究提供了一定的参考。 展开更多
关键词 鸡滑液囊支原体 PCR检测 VlhA基因 序列分析能
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星康吉鳗LH基因的克隆、序列特征分析及原核表达 被引量：1
4
作者 陈彦 史宝 +5 位作者 王成刚 薄万军 晏科文 陶美君 赵新宇 马晓东 《渔业科学进展》 北大核心 2025年第3期40-52,共13页
促黄体生成素(luteinizing hormone,LH)在鱼类配子成熟、排卵和类固醇激素合成方面发挥重要作用。通过同源克隆获得星康吉鳗(Conger myriaster)LH基因CDS区序列,利用生物信息学软件分析该基因编码蛋白的结构与特征,并成功构建原核表达... 促黄体生成素(luteinizing hormone,LH)在鱼类配子成熟、排卵和类固醇激素合成方面发挥重要作用。通过同源克隆获得星康吉鳗(Conger myriaster)LH基因CDS区序列,利用生物信息学软件分析该基因编码蛋白的结构与特征,并成功构建原核表达重组质粒对LH蛋白进行表达。克隆获得LH基因CDS区为423 bp,编码140个氨基酸。分析LH蛋白理化性质可知,其相对分子质量为15.56 kDa,理论等电点为5.85;经亲疏水性分析发现,LH蛋白为亲水性蛋白;对信号肽和跨膜区分析结果显示,其前1~22个氨基酸为信号肽,无跨膜区;经结构域分析,其存在保守性较强的GHB结构域(由27~132位的105个氨基酸组成);亚细胞定位分析表明,LH蛋白主要定位于细胞核;对糖基化位点及磷酸化位点分析发现,其存在1个N-糖基化位点和3个O-糖基化位点,共含有17个潜在的磷酸化位点;LH蛋白二级结构主要含有α-螺旋(13.6%)、β-折叠(25%)和无规则卷曲(61.4%);通过三级结构分析发现,其与日本鳗鲡(Anguilla japonica)LH蛋白三级结构较为相似,与人(Homo sapiens)LH蛋白的三级结构存在一定差异。多序列比对及系统发育树分析结果显示,LH与欧洲鳗鲡(A.anguilla)、花鳗鲡(A.marmorata)和日本鳗鲡进化关系较近,同源性分别为92.14%、91.43%和90.71%。构建的重组质粒pET-28a-LH在Rosetta(DE3)感受态细胞中成功表达,其表达的可溶性LH重组融合蛋白条带在SDS-PAGE电泳检测及Western Blot结果中约为26.5 kDa,与预期表达的分子量相符。该研究为揭示星康吉鳗LH基因的分子特征及蛋白功能奠定了基础,为后续星康吉鳗人工繁育技术的优化提供了理论参考。 展开更多
关键词 星康吉鳗 促黄体生成素基因 基因克隆 序列特征分析 原核表达
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丽江猪HMOX 2基因扩增、序列分析及组织表达研究
5
作者 李天秀 李昕鹏 +3 位作者 董新星 兰国湘 严达伟 朱家位 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第5期2219-2231,共13页
【目的】旨在扩增并探究丽江猪血红素加氧酶2(HMOX2)基因编码区(CDS)序列特征,分析在丽江猪不同生长阶段、不同组织中的表达情况,为利用HMOX 2基因进行分子标记辅助育种奠定基础。【方法】利用PCR扩增丽江猪HMOX 2基因序列,采用生物信... 【目的】旨在扩增并探究丽江猪血红素加氧酶2(HMOX2)基因编码区(CDS)序列特征,分析在丽江猪不同生长阶段、不同组织中的表达情况,为利用HMOX 2基因进行分子标记辅助育种奠定基础。【方法】利用PCR扩增丽江猪HMOX 2基因序列,采用生物信息学软件分析其理化性质和密码子偏好性,预测其蛋白结构;采用实时荧光定量PCR检测HMOX 2基因在2月龄丽江猪心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏和背最长肌,以及2、4、6月龄丽江猪皮下脂肪中的表达水平,并对HMOX 2基因在2月龄丽江猪和杜洛克猪皮下脂肪中的表达水平进行比较分析。【结果】丽江猪HMOX 2基因CDS序列长为951 bp,编码316个氨基酸,密码子偏好以C或G结尾。丽江猪HMOX 2基因与黄牛、水牛、山羊和绵羊的相似性较高(90.1%~91.2%),与原鸡的相似性最低(71.3%)。在6个地方猪种中,除八眉猪和荣昌猪外,丽江猪HMOX 2基因与中国地方猪相似性为100%,与5个外种猪的相似性均为99.8%。与杜洛克猪相比,丽江猪HMOX 2基因CDS区存在两处碱基同义突变。HMOX2蛋白属于稳定的跨膜亲水性蛋白,无信号肽,具有1个跨膜结构,主要在细胞质中发挥作用,含21个磷酸化位点和33个糖基化位点。二级结构主要由α-螺旋(54.43%)和无规则卷曲(42.00%)组成。蛋白互作网络分析表明,HMOX2蛋白可能与FECH、HMOX1等10个蛋白互作,主要在脂质代谢中发挥作用。实时荧光定量PCR结果表明,HMOX 2基因在丽江猪心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌和皮下脂肪中均有表达,且在皮下脂肪中随月龄增长表达量增加。与杜洛克猪相比,丽江猪HMOX 2基因在皮下脂肪中的表达量显著高于杜洛克猪(P<0.05)。【结论】本研究成功扩增了丽江猪HMOX 2基因并分析了其分子特征,其在肺脏、肝脏和皮下脂肪等7个组织中均有表达,在皮下脂肪组织中随月龄增长表达量显著增加。研究结果可为进一步探究HMOX 2基因在丽江猪脂肪沉积中的作用奠定基础。 展开更多
关键词 丽江猪 血红素加氧酶2基因 序列分析 组织表达
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淇河鲫Runx2b基因克隆、序列分析及时空表达
6
作者 闪金研 连凯琪 +5 位作者 马峻 刘玉玲 聂竹兰 李斌顺 彭仁海 魏杰 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第6期2717-2728,共12页
【目的】成骨分化特异转录因子2b(Runx2b)基因在调节鱼类骨骼发育方面具有重要作用。本研究旨在探究淇河鲫(Qihe crucian carp,Carassius auratus)Runx2b基因的特征和表达情况。【方法】参考银鲫Runx2b基因序列(GeneBank登录号:NC_06841... 【目的】成骨分化特异转录因子2b(Runx2b)基因在调节鱼类骨骼发育方面具有重要作用。本研究旨在探究淇河鲫(Qihe crucian carp,Carassius auratus)Runx2b基因的特征和表达情况。【方法】参考银鲫Runx2b基因序列(GeneBank登录号:NC_068415.1)结合本地基因组数据进行BLAST比对设计引物,通过PCR分段克隆Runx2b基因,并分别通过DNAStar和Mega 11.0软件进行序列相似性比对及系统发育树构建。通过ORF finder和ProtParam等在线网站进行生物信息学分析。利用实时荧光定量PCR技术检测Runx2b基因在淇河鲫不同发育时期和不同组织中的表达水平。【结果】测序拼接比对后得到Runx2b-A和Runx2b-B基因,其CDS区均为1 392 bp,编码463个氨基酸。两基因的CDS序列相似性为95.33%,Runx2b-A和Runx2b-B氨基酸序列均与银鲫对应的氨基酸序列相似性最高,分别为98.0%和99.1%。系统进化树分析显示,淇河鲫与银鲫亲缘关系最近。生物信息学分析表明,两个Runx2b蛋白分子式分别为C_(2206)H_(3409)N_(637)O_(685)S_(18)和C_(2196)H_(3395)N_(633)O_(695)S_(16),均属于亲水性不稳定蛋白,且蛋白质结构主要以无规则卷曲为主,两个蛋白质序列中都存在Runx家族蛋白特征性的Runt-dom和RunxⅠ保守结构域。实时荧光定量PCR检测结果表明,Runx2b-A和Runx2b-B基因在淇河鲫整个肌间刺发育阶段整体表达趋势较为一致,肌间刺发育前期(1~5 dph)表达量较高,在肌间刺开始发育后(5~13 dph)表达量逐渐降低,在后期表达量出现上升趋势,尤其在肌间刺发育晚期(25~45 dph)仍有较高的表达量;Runx2b-A和Runx2b-B基因在淇河鲫脑、肝脏、背部肌肉、尾部肌肉等9个组织中均有表达,二者均在脑和肝脏中表达量较高,且显著高于其他组织(P<0.05),二者在尾部肌肉中的相对表达量均显著高于背部(P<0.05),但在不同组织中呈现差异表达,具有不同的表达水平。【结论】本研究成功克隆获得两条淇河鲫同源基因Runx2b-A和Runx2b-B的CDS序列,二者氨基酸序列与鲤科鱼类的相似较高,蛋白质序列中存在Runx家族蛋白特征性的Runt-dom和RunxⅠ保守结构域。淇河鲫两个Runx2b基因表达具有广泛的组织分布,但在不同组织中呈现差异表达,具有不同的表达模式;在不同发育时期整体表达趋势较为一致,在肌间刺发育晚期仍有较高的表达量,可为后续深入研究肌间刺发育机制和创制无肌间刺淇河鲫奠定基础。 展开更多
关键词 淇河鲫 Runx2b基因 克隆 序列分析 时空表达
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火龙果叶绿体基因组结构与序列分析
7
作者 吴民富 李莎 +3 位作者 谭艺涵 罗林 吴民华 黄琼林 《中国南方果树》 北大核心 2025年第2期103-107,113,共6页
为解析火龙果Selenicereus undatus叶绿体基因组结构和序列特征,并探讨其系统进化关系,运用高通量测序技术开展火龙果叶绿体基因组测序,使用生物学信息技术对其组装和注释,分析其密码子偏好性、简单重复序列、与近缘物种间序列变异的关... 为解析火龙果Selenicereus undatus叶绿体基因组结构和序列特征,并探讨其系统进化关系,运用高通量测序技术开展火龙果叶绿体基因组测序,使用生物学信息技术对其组装和注释,分析其密码子偏好性、简单重复序列、与近缘物种间序列变异的关系,并构建系统进化树。结果表明,火龙果叶绿体基因组133071 bp,呈环状双链四段式结构,包括大单拷贝区(LSC)68001 bp,小单拷贝区(SSC)21716 bp和两个12477 bp的反向重复区(IR)。火龙果叶绿体基因组共注释到基因118个,其中蛋白编码基因76个,rRNA基因4个、tRNA基因38个。火龙果叶绿体基因组密码子偏好以A/U(T)结尾,在检测到的66个简单重复序列(SSR)中,大多数是A/T碱基形成的单核苷酸重复基序。序列对比和系统进化分析显示,火龙果与同科的硫磺团扇和长枪团扇具有较近的亲缘关系。本研究首次测得火龙果叶绿体基因组全序列,明确其叶绿体基因组结构和序列特征,为火龙果的种植栽培和资源开发等研究提供了基因组信息。 展开更多
关键词 火龙果 叶绿体 基因组 序列分析 系统进化关系
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云南省某鹅场鹅细小病毒检测与全基因组序列分析
8
作者 董路 杜润 +6 位作者 何依蓉 相德才 赵珍 曾邦权 杨丽珠 林尊诚 段博芳 《中国动物检疫》 2025年第1期111-115,共5页
2023年12月,云南省腾冲市某地鹅场雏鹅突然发病死亡,怀疑为鹅细小病毒(GPV)感染。为确定致病原,通过荧光定量PCR对临床病料样品进行了GPV核酸检测,并通过宏基因组测序对阳性样品全基因组进行了序列分析。结果显示;临床样品中检出GPV阳... 2023年12月,云南省腾冲市某地鹅场雏鹅突然发病死亡,怀疑为鹅细小病毒(GPV)感染。为确定致病原,通过荧光定量PCR对临床病料样品进行了GPV核酸检测,并通过宏基因组测序对阳性样品全基因组进行了序列分析。结果显示;临床样品中检出GPV阳性核酸,将阳性样品命名为YN-2024;经测序,YN-2024基因组全长5049 bp,与GPV强毒株Virulent B和疫苗株SYG61v相比,有4段14 bp的基因缺失;进化树分析显示,YN-2024与鹅源分离株SQ0412、DY16、RC16、BD、DX的亲缘关系较近,与强毒株和鸭源细小病毒分离株的遗传关系较远。结果说明;该鹅场存在GPV弱毒株流行,流行毒株存在部分基因缺失,这可能会对病毒毒力和致病性产生影响。 展开更多
关键词 鹅细小病毒 小鹅瘟 全基因组 荧光定量PCR 序列分析
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霜斑素猎蝽线粒体基因组全序列测定及分析
9
作者 胡凯 刘童童 +3 位作者 张念念 冉景丞 苏云宁 杨再华 《西部林业科学》 北大核心 2025年第3期110-119,共10页
为了探究霜斑素猎蝽线粒体基因组结构特征、进化地位及真猎蝽亚科内部属间系统发育关系,以贵州从江县采集的霜斑素猎蝽成虫为研究对象,采用二代高通量测序获得霜斑素猎蝽线粒体基因组全序列,并基于13个蛋白编码基因(PCGs)核苷酸和氨基... 为了探究霜斑素猎蝽线粒体基因组结构特征、进化地位及真猎蝽亚科内部属间系统发育关系,以贵州从江县采集的霜斑素猎蝽成虫为研究对象,采用二代高通量测序获得霜斑素猎蝽线粒体基因组全序列,并基于13个蛋白编码基因(PCGs)核苷酸和氨基酸序列,利用贝叶斯法(Bayesian Inference)和最大似然法(Maximum Likelihood)重建了真猎蝽亚科内部的系统发生关系。结果显示:霜斑素猎蝽线粒体基因组序列全长16 135 bp,编码了37个典型的昆虫线粒体基因,且并未发生重排和丢失的现象。此外,整个线粒体基因组AT含量高达73.9%。13个PCGs均以典型的起始密码子ATN(A/T/G/C)开始和终止于TAA/G(或者其不完整的形式单T-)。在所有PCGs中,cox1的保守性最高。除了trnS1外,其余21个tRNA基因均可折叠为三叶草二级结构。所有系统发育分析强烈支持了刺猎蝽属、瑞猎蝽属和犀猎蝽属的单系性(BS=100;PP≥0.99),此外Euagoras、瑞猎蝽属、猛猎蝽属和Pahabengkakia之间的关系被恢复为(Euagoras+(瑞猎蝽属+(猛猎蝽属+Pahabengkakia)))(BS≥97;PP≥0.99);而素猎蝽属与刺猎蝽属的姊妹群关系同时获得了核苷酸数据的ML和BI树的支持。 展开更多
关键词 霜斑素猎蝽 真猎蝽亚科 线粒体基因组 序列分析 系统发育分析
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苍山潜穴虻线粒体基因组全序列测定与分析
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作者 李佳玲 黄星颖 +1 位作者 王义琳 王吉申 《西南农业学报》 北大核心 2025年第1期192-199,共8页
【目的】了解苍山潜穴虻(Vermiophis cangshanensis Li, Zhao&Wang, 2024)的线粒体基因组特征,进一步确立苍山潜穴虻的分类归属,探究苍山潜穴虻与穴虻科其他昆虫的系统发育关系。【方法】利用Illumina Novaseq 6000二代测序技术测... 【目的】了解苍山潜穴虻(Vermiophis cangshanensis Li, Zhao&Wang, 2024)的线粒体基因组特征,进一步确立苍山潜穴虻的分类归属,探究苍山潜穴虻与穴虻科其他昆虫的系统发育关系。【方法】利用Illumina Novaseq 6000二代测序技术测定苍山潜穴虻线粒体全部基因组,对其进行注释和分析;选取线粒体细胞色素氧化酶I基因(cox1)序列,应用贝叶斯法(Bayesian inference, BI)构建系统发育树。【结果】苍山潜穴虻线粒体基因组(GenBank登录号:PP454204)全长为17 428 bp,其中非编码区(D-Loop区)和编码区共编码37个基因,编码区共包括蛋白质编码基因13个,rRNA基因2个和tRNA基因22个。平均测序深度为3076.48 X,GC含量为20.0%,碱基含量分别为A 39.0%、C 12.0%、G 8.0%、T 41.0%。除trnS1外,其余21个tRNA的二级结构均为典型的三叶草结构。【结论】本研究结果支持穴虻科和潜穴虻属的单系性,苍山潜穴虻确应置于潜穴虻属。 展开更多
关键词 穴虻科 苍山潜穴虻 线粒体基因组 序列分析 系统发育
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犬细小病毒临床病例中VP2基因序列分析
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作者 王艳红 赵勇 +1 位作者 付朋飞 洪军 《特产研究》 2025年第2期84-88,共5页
为了解犬细小病毒临床分离株VP2基因的遗传进化规律。本研究采集1例疑患细小病毒病的犬粪便样品,通过提取样品中的病毒基因组,采用PCR扩增及测序,将序列与不同种的细小病毒VP2基因序列进行核苷酸和氨基酸比对,并进行遗传进化分析。结果... 为了解犬细小病毒临床分离株VP2基因的遗传进化规律。本研究采集1例疑患细小病毒病的犬粪便样品,通过提取样品中的病毒基因组,采用PCR扩增及测序,将序列与不同种的细小病毒VP2基因序列进行核苷酸和氨基酸比对,并进行遗传进化分析。结果显示,该粪便样品CPV/LS-01中扩增出的VP2核苷酸序列为CPV-2c型,与参考毒株MF467242(CPV-2c)的核苷酸同源性最高为99.9%,与M38245(CPV-2)同源性较低(98.8%),与其它参考毒株的同源性为99.0%~99.7%。对VP2蛋白中氨基酸变异情况分析显示,CPV/LS-01样品中的VP2蛋白的I447M位氨基酸位点出现了CPV-2c型细小病毒的独特突变。本研究中所鉴定的犬腹泻粪便中的细小病毒属于CPV-2c型,与目前河南分离毒株(ON322797)VP2中具有相同的突变位点(A5G和I447M),该研究为犬细小病毒流行趋势的研究提供了一定的理论依据。 展开更多
关键词 犬细小病毒 鉴定 VP2基因 序列分析
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苏丹草叶绿体基因组特征及系统发育分析 被引量：1
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作者 尹明华 李文婷 +9 位作者 欧阳茜 王美暄 徐子林 张钦荣 张牧彤 黄添慧 何凡凡 乐芸 张嘉欣 柴桑雪 《草业科学》 北大核心 2025年第1期101-118,共18页
为了解析苏丹草(Sorghum sudanense)叶绿体基因组信息序列特征并确定其在高粱属的系统位置,通过DNBSEQ-T7测序平台对苏丹草叶绿体基因组进行测序,并对其基因组成、简单序列重复、长重复序列、IR区边界结构、中性绘图、ENC-plot、PR2-plo... 为了解析苏丹草(Sorghum sudanense)叶绿体基因组信息序列特征并确定其在高粱属的系统位置,通过DNBSEQ-T7测序平台对苏丹草叶绿体基因组进行测序,并对其基因组成、简单序列重复、长重复序列、IR区边界结构、中性绘图、ENC-plot、PR2-plot和系统进化进行分析。结果表明,苏丹草叶绿体基因组为典型的四分体结构,长度为140754 bp,共注释了86个蛋白编码(CDS)基因、38个转运RNA(tRNA)基因和8个核糖体RNA(rRNA)基因,缺失ccD和ycf1基因;在苏丹草叶绿体基因组中,简单序列重复(SSR)有27个,长重复序列(Longrepeat)有47个;大单拷贝(LSC)区和小单拷贝(SSC)区的核苷酸多态性显著高于反向重复(IR)区,LSC区的变异性大于SSC区和IR区,核苷酸多样性(Pi)变化范围为0~0.01852,通过Pi(≥0.01215)筛选出10个高变异区域,均位于LSC区;苏丹草及其11个近缘种叶绿体基因组密码子各位置GC含量不同,偏好以A/U结尾,平均ENC值为47.50,密码子偏性较弱;在苏丹草及其11个近缘种中,自然选择是影响其密码子使用偏性的主要因素,突变压力对其的影响较小;CAA、AAA、UUU、UAU、AUU、UAA、GCA、CCA、ACU、GUA、AGA、CGA、CUU、UCC、UCU共15个密码子是苏丹草叶绿体基因的最优密码子,均以A、U结尾;苏丹草与高粱双色亚种(S.bicolor subsp.drummondii)(MW999225)亲缘关系较近。研究结果能为苏丹草分子标记的开发、遗传多样性以及进一步研究高粱属植物的保护生物学和种群遗传学提供参考。 展开更多
关键词 苏丹草 叶绿体基因组 简单序列重复 IR区边界结构 中性绘图分析 ENC-plot分析 PR2-plot分析
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野桑蚕蛹滞育时期的转录组测序分析与蛹滞育关联基因筛选
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作者 孟刚 楚渠 +4 位作者 王瑞娴 刘强 彭云武 陈安利 凌君 《西北农业学报》 北大核心 2025年第3期559-569,共11页
旨在筛选野桑蚕蛹滞育的调控关联基因,为在分子水平揭示该昆虫蛹滞育调控机制提供理论基础。以野桑蚕蛹滞育不同时期的全蛹样本为研究对象,采用高通量测序平台Illumina HiSeq TM 2000进行转录组测序分析;利用KAAS在线pathway比对分析工... 旨在筛选野桑蚕蛹滞育的调控关联基因,为在分子水平揭示该昆虫蛹滞育调控机制提供理论基础。以野桑蚕蛹滞育不同时期的全蛹样本为研究对象,采用高通量测序平台Illumina HiSeq TM 2000进行转录组测序分析;利用KAAS在线pathway比对分析工具对筛选出的满足padj<0.05且fold change≥32或padj<0.05且fold change≤1/32条件的差异表达基因进行KEGG通路富集分析;利用stem软件对差异表达基因进行时间序列分析。选取前滞育期和滞育解除期低表达,滞育时期高表达的基因为蛹滞育关联基因,并进行GO和KEGG富集分析。结果表明,在滞育前期、滞育中期、滞育晚期和滞育解除期分别检测到13764、13765、13765和13764个表达转录本。样本组的两两比较发现差异表达基因4621个。与滞育前期相比,滞育中期、滞育晚期和解除滞育期的上调表达基因分别是1921、451和38个,下调表达的基因分别是1143、171和59个。利用时间序列分析方法在差异表达基因中发现290个蛹滞育关联基因,GO富集分析将202个基因映射到52项二级GO类目,KEGG通路富集分析将67个基因映射到126个三级代谢通路。 展开更多
关键词 野桑蚕 转录组 时间序列分析 蛹滞育关联基因
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三角鲤线粒体基因组全序列测定及分析 被引量：3
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作者 李强 李文俊 +3 位作者 韩崇 鲁同富 龚剑 桂林 《安徽农业科学》 CAS 2024年第5期108-111,120,共5页
[目的]三角鲤(Cyprinus multitaeniata)是我国具有重要经济价值的鱼类之一,了解三角鲤线粒体基因的结构和特点,为三角鲤的种群遗传多样性研究提供基础资料。[方法]采用26对引物扩增三角鲤的线粒体全基因,通过生物软件识别和分析各基因... [目的]三角鲤(Cyprinus multitaeniata)是我国具有重要经济价值的鱼类之一,了解三角鲤线粒体基因的结构和特点,为三角鲤的种群遗传多样性研究提供基础资料。[方法]采用26对引物扩增三角鲤的线粒体全基因,通过生物软件识别和分析各基因和非编码序列的位置和特点,并通过与GeneBank数据库已发表鲤科鱼类序列进行比较和构建系统发育树进行分析。[结果]三角鲤线粒体全基因总长度为16 573 bp,碱基含量A为32.2%、T为24.9%、C为27.3%、G为15.6%;包括37个编码基因(编码蛋白基因13个、tRNA基因22个和rRNA基因2个)和2个非编码序列区(OL区和控制区)。13个蛋白编码基因中,COX1的起始密码子为GTG,其他均为ATG;终止密码子包括TAG(ATP8)、TA(COX3、ATP6)、T(ND2、COX2、ND3、ND4、Cty b)和TAA(ND1、COX1、ND4L、ND5、ND6)3种。22个tRNA基因中,除了tRNASer(AGC)外其余都能折叠成典型的三叶草结构;三角鲤控制区序列可以识别出3个典型保守区域;系统发育分析表明,三角鲤与大眼鲤(C.megalophthalmus)亲缘关系较近。[结论]三角鲤线粒体基因组成、长度和排列顺序与典型的脊椎动物相同,在亲缘关系上与大眼鲤最近;线粒体基因组序列适用于三角鲤的系统发育分析。 展开更多
关键词 三角鲤 线粒体基因组 全序列分析 系统发育
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青花菜线粒体基因组组装与序列特征分析 被引量：1
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作者 唐征 昂海燕 +1 位作者 裴徐梨 荆赞革 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期1074-1082,共9页
为更好地从分子水平了解青花菜,对青花菜进行线粒体基因组组装,并对其序列特征进行分析。青花菜线粒体基因组大小为219964 bp,GC含量为45.25%。线粒体基因组注释到61个基因,包括33个编码蛋白基因,23个tRNA基因,3个rRNA基因和2个假基因... 为更好地从分子水平了解青花菜,对青花菜进行线粒体基因组组装,并对其序列特征进行分析。青花菜线粒体基因组大小为219964 bp,GC含量为45.25%。线粒体基因组注释到61个基因,包括33个编码蛋白基因,23个tRNA基因,3个rRNA基因和2个假基因。其中8个基因的核苷酸多样性较高;24个基因无核酸多样性。变异数量最多的基因是rrn26、rrn18和atp1,其变异数量分别为326、277和136。密码子偏好性分析结果显示RSCU值>1的密码子有29个,大多以A/U碱基结尾,表明其密码子更偏向于A/U结尾。基因组序列中共检测到345个重复序列,包括170个正向重复序列和175个回文重复序列。青花菜与花椰菜的线粒体基因组具有极好的共线性,且基因的位置基本一致。青花菜线粒体和叶绿体基因组中共检测到22条同源片段。同源片段总长度为13355 bp,平均607bp。 展开更多
关键词 青花菜 线粒体基因组 组装 序列分析
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济南市两株输入性登革热3型病例病毒基因组全序列测定及分析
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作者 韩莹 焦海涛 +2 位作者 刘子薇 武晶晶 刘岚铮 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期253-256,共4页
目的对济南市两株输入性登革热病例进行血清学和基因检测,获取全基因数据并进行分子特征分析。方法采集济南市2例登革热疑似阳性病例的全血样本,通过Real-time PCR对病毒进行分型检测。离心分离血清,用于胶体金法检测登革病毒NS1抗原、... 目的对济南市两株输入性登革热病例进行血清学和基因检测,获取全基因数据并进行分子特征分析。方法采集济南市2例登革热疑似阳性病例的全血样本,通过Real-time PCR对病毒进行分型检测。离心分离血清,用于胶体金法检测登革病毒NS1抗原、IgM抗体和IgG抗体;同时扩增病毒全基因序列,将序列与国内外分离株序列进行比对,Mega 7.0软件构建进化树,RDP4软件进行基因重组分析。结果2例病例核酸分型检测结果为DENV3型,胶体金检测结果显示NS1抗原均为阳性,IgG抗体结果均为阴性;测序后拼接序列长度分别为10707 nt和10706 nt,两条序列仅在末端有6个核苷酸的差异,经系统进化分析,这两例病毒株属于DENV3型基因1型,与2017年孟加拉国流行株具有高度同源性。结论济南市登革热的防控依旧需要加强输入性病例的监测。 展开更多
关键词 登革病毒 全基因序列 系统进化分析
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1株新型鹅星状病毒的全基因序列分析
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作者 赵瑞宏 胡晓苗 +3 位作者 侯宏艳 周学利 潘孝成 戴银 《安徽农业科学》 CAS 2024年第16期87-90,共4页
为研究新型鹅星状病毒(Novel goose astroviruses,N-GAstV)的遗传进化特征,获得了鹅星状病毒安徽分离株AstV/AHHX的全长基因,为7251 nt。测序分析显示:AstV/AHHX具有典型的新型鹅星状病毒基因组特征。AstV/AHHX与分离株GDZJ37以及山东... 为研究新型鹅星状病毒(Novel goose astroviruses,N-GAstV)的遗传进化特征,获得了鹅星状病毒安徽分离株AstV/AHHX的全长基因,为7251 nt。测序分析显示:AstV/AHHX具有典型的新型鹅星状病毒基因组特征。AstV/AHHX与分离株GDZJ37以及山东分离株G538和G576的遗传距离较近;同时与毒株GDZJ37、G538和G576的ORF2氨基酸序列同源性达100%,ORF1a和ORF1b的同源性也有99.6%以上,推测它们由同一毒株演化而来。ORF2氨基酸序列位点分析显示有12高变异位点,分别是第36(Y/S/H)、60(V/I)、224(T/A)、228(A/S/T)、229(P/Q)、289(T/A)、376(T/A)、456(D/E)、540(Q/L)、608(S/T)、610(E/D/G)、614(N/A/T)位氨基酸。其中第224、228、229、608、614位的氨基酸突变可能导致病毒蛋白质的构象及功能发生变化,进而改变病毒的致病能力。 展开更多
关键词 新型鹅星状病毒 全基因 序列分析 组织分布
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花生YABBY基因家族的鉴定与表达分析
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作者 张万年 牛海龙 +3 位作者 王伟 刘红欣 李伟堂 李玉发 《花生学报》 北大核心 2025年第1期1-9,35,共10页
YABBY基因家族是一类植物特异性转录因子,在植物形态建成、生殖器官的形成和发育、植物对激素信号的反应、光周期反应等生理过程中起着关键作用。本研究对花生YABBY基因家族进行挖掘和鉴定,分析其理化性质、保守结构、系统进化树和组织... YABBY基因家族是一类植物特异性转录因子,在植物形态建成、生殖器官的形成和发育、植物对激素信号的反应、光周期反应等生理过程中起着关键作用。本研究对花生YABBY基因家族进行挖掘和鉴定,分析其理化性质、保守结构、系统进化树和组织表达模式。研究发现花生的17个YABBY基因家族成员分布在10条花生染色体上,亚细胞定位预测其大部分基因定位于细胞核。系统进化树分析结果表明,花生YABBY基因家族成员与拟南芥、大豆相同,分为5个亚族,且每个亚族均包含与拟南芥、大豆的同源基因。花生YABBY基因的表达分析结果表明,YABBY家族参与花生不同生长阶段的生长发育,表明了每个YABBY基因普遍参与组织发育。通过对花生YABBY基因家族启动子顺式作用元件分析,发现花生YABBY基因家族启动子中含有多个顺式作用元件,表明花生YABBY基因家族参与花生的生长发育和多种逆境响应过程。以上结果为花生YABBY基因的后续功能研究奠定了基础。 展开更多
关键词 花生 YABBY基因家族 生物信息学 序列分析 表达模式
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A、B、J亚群禽白血病病毒混合感染的鉴定及gp85基因序列分析 被引量：5
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作者 窦俊峰 汪最 +5 位作者 李丽 卢琴 金鑫鑫 凌小淳 罗青平 翟新国 《中国畜牧兽医》 CSCD 北大核心 2024年第1期302-311,共10页
【目的】了解湖北地区禽白血病病毒(Avian leukosis virus, ALV)亚群之间混合感染及其gp85基因遗传变异情况,为进一步研究ALV混合感染的流行病学提供参考。【方法】对来自湖北宜昌疑似感染ALV的一只病死鸡进行病理剖检,无菌采集病变组... 【目的】了解湖北地区禽白血病病毒(Avian leukosis virus, ALV)亚群之间混合感染及其gp85基因遗传变异情况,为进一步研究ALV混合感染的流行病学提供参考。【方法】对来自湖北宜昌疑似感染ALV的一只病死鸡进行病理剖检,无菌采集病变组织接种DF-1细胞进行病毒分离,通过PCR、ELISA及间接免疫荧光试验(IFA)等方法进行亚群鉴定,进一步对分离株gp85基因的相似性和变异情况进行分析。【结果】剖检结果可见病死鸡肾脏、脾脏肿大,肺脏出血,表面可见灰白色肿瘤结节;组织匀浆接种DF-1细胞后,ELISA检测发现细胞上清P27抗原呈阳性;IFA检测发现,感染细胞里有特异性绿色荧光;PCR鉴定能同时扩增出A(692 bp)、B(847 bp)和J(545 bp)亚群的特异性条带。鉴定结果表明,从该病死鸡中分离到A、B和J亚群ALV毒株,分别命名为HBYC2022-A、HBYC2022-B和HBYC2022-J。分离株gp85基因核苷酸相似性分析显示,HBYC2022-A与江苏株JS-A1201相似性最高,为99.6%;HBYC2022-B与江苏株JS-B1204相似性最高,为99.7%;而HBYC2022-J与黑龙江株PK19FA01、广西株GX20YL12 J及安徽株AHaq02相似性均为100%。此外,分离株gp85基因高突变区域(hr1、hr2)氨基酸序列并未出现特殊点突变。【结论】鸡群存在A、B和J不同亚群ALV的混合感染情况,提示国内养禽场需提高警惕并加强针对ALV各亚群的流行病学调查。 展开更多
关键词 禽白血病病毒(ALV) 分离鉴定 混合感染 GP85基因 序列分析
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2020-2023年福建省猪繁殖与呼吸综合征病毒分子流行病学调查及ORF5基因变异分析
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作者 黄文琳 于慧 +5 位作者 蓝欣 杨圆 陈洪博 范克伟 魏春华 刘建奎 《动物医学进展》 北大核心 2025年第5期9-16,共8页
为了研究2020-2023年福建省猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的流行和变异规律,采用荧光定量RT-PCR方法,对福建不同地区收集的240份疑似PRRSV的组织样品和血清进行PRRSV-1和PRRSV-2检测,对阳性样品采用RT-PCR方法扩增PRRSV ORF5基因,应用... 为了研究2020-2023年福建省猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的流行和变异规律,采用荧光定量RT-PCR方法,对福建不同地区收集的240份疑似PRRSV的组织样品和血清进行PRRSV-1和PRRSV-2检测,对阳性样品采用RT-PCR方法扩增PRRSV ORF5基因,应用分子生物学软件进行同源性和遗传变异分析。结果显示,福建省PRRSV总体阳性率为18.8%(45/240),其中PRRSV-2的阳性率为16.3%(39/240),PRRSV-1的阳性率为2.5%(6/240)。经RT-PCR成功扩增35个PRRSV-2 ORF5基因和3个PRRSV-1 ORF5基因。序列比对分析表明,35个PRRSV-2 ORF5基因核苷酸同源性为81.3%~99.8%,与代表毒株VR2332、NADC30、NADC34、QYYZ和JXA1的核苷酸同源性为80.9%~99.3%。3个PRRSV-1 ORF5基因核苷酸同源性为82.8%~98.5%,与代表毒株LV、Amervac PRRS、FJQEU14、FJEU13等的核苷酸序列同源性为81.5%~99.7%。遗传进化分析表明,福建省PRRSV-2可分为Lineage1、Lineage3和Lineage8,其中Lineage1占比最高,为68.6%(24/35,18株为NADC30-like毒株,6株为NADC34-like毒株),PRRSV-1均属于SubtypeⅠ。氨基酸分析表明,PRRSV-1 GP5蛋白氨基酸变异主要集中于信号肽区域(aa 1-33)和2个胞外域(aa 33-67和aa 89-109);PRRSV-2 GP5蛋白氨基酸变异主要集中于信号肽区域(aa 1-25)、aa 27-36区域和抗原表位C(aa 52-62)。综上表明,PRRSV-1和PRRSV-2同时在福建省流行,NADC30-like PRRSV-2为优势流行毒株且呈现遗传多样性,NADC34-like PRRSV-2和PRRSV-1可能已在福建省潜在流行。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 ORF5基因 序列分析 遗传进化分析 NADC34
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