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猕猴桃AcHSP20基因家族的鉴定及表达分析 被引量：2
1
作者 侯雅琼 郎红珊 +3 位作者 闻蒙蒙 谷易云 朱润洁 汤晓丽 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期167-178,共12页
【目的】鉴定分析了猕猴桃的小热休克蛋白(HSP20s/sHSPs)基因家族,为猕猴桃AcHSP20基因的生物学功能研究和猕猴桃的抗性育种奠定基础。【方法】基于猕猴桃全基因组数据,利用生物信息学方法对猕猴桃AcHSP20基因家族进行鉴定,并分析了家... 【目的】鉴定分析了猕猴桃的小热休克蛋白(HSP20s/sHSPs)基因家族,为猕猴桃AcHSP20基因的生物学功能研究和猕猴桃的抗性育种奠定基础。【方法】基于猕猴桃全基因组数据,利用生物信息学方法对猕猴桃AcHSP20基因家族进行鉴定,并分析了家族成员的理化性质、系统进化、染色体定位、基因结构、亚细胞定位及启动子。同时利用荧光定量PCR技术分析了猕猴桃AcHSP20基因在非生物胁迫和激素处理后的表达变化情况。【结果】鉴定获得34个AcHSP20基因家族成员。其编码蛋白的氨基酸数目为85-371,分子量介于9.93-40.18 kD,等电点介于4.4-9.3,AcHSP20s多定位于细胞质和叶绿体。34个基因分布在17条染色体上,多数没有或只有一个内含子。基因的启动子含有植物激素和非生物胁迫响应元件。所有测定的AcHSP20基因在猕猴桃的根茎叶中均有表达且在高温及其他多种非生物胁迫和植物激素处理下差异表达显著。【结论】AcHSP20基因家族成员在猕猴桃的高温、ABA、MeJA、NaCl等逆境胁迫响应中发挥重要作用。 展开更多
关键词 猕猴桃 achsp20基因家族 基因特征 生物信息学
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藜麦 HSP20 基因家族全基因组分析及其对非生物胁迫的响应
2
作者 卢秋巍 常雅琴 +4 位作者 王晴 张晔荷 张丽 张鸿苑 郭富烨 《安徽农业科学》 2025年第18期110-117,共8页
在全基因组分析的基础上鉴定了CqHSP20基因家族,获得83个CqHSP20s基因,系统发育分析表明,CqHSP20可分为7个亚组。重复事件分析表明,串联重复(21.3%)和片段重复(56.3%)事件在促进CqHSP20基因家族的扩展中起着至关重要的作用。转录组分析... 在全基因组分析的基础上鉴定了CqHSP20基因家族,获得83个CqHSP20s基因,系统发育分析表明,CqHSP20可分为7个亚组。重复事件分析表明,串联重复(21.3%)和片段重复(56.3%)事件在促进CqHSP20基因家族的扩展中起着至关重要的作用。转录组分析表明,83个CqHSP20s基因中有35个在根或苗中响应高温胁迫,其中18个CqHSP20s基因显著上调,18个CqHSP20s基因显著下调。此外,83个CqHSP20s基因中有17个在根或苗中响应干旱胁迫,7个响应缺磷胁迫,10个响应高盐胁迫。 展开更多
关键词 藜麦 HSP20 基因家族 全基因组分析 非生物胁迫
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燕麦sHSP基因家族的鉴定及其响应高温及老化的表达分析
3
作者 马圆 刘欢 +3 位作者 赵桂琴 王敬龙 张然 姚瑞瑞 《草业学报》 CSCD 北大核心 2024年第8期145-158,共14页
小热激蛋白(sHSPs)是植物体中普遍存在的由核基因编码的一类蛋白,具有保守的ACD结构域,能够在高温、干旱以及老化等胁迫刺激中发挥重要作用。本研究利用生物信息学方法在燕麦基因组中鉴定得到24个HSP20(AsHSP20.1~AsHSP20.24)基因,并对A... 小热激蛋白(sHSPs)是植物体中普遍存在的由核基因编码的一类蛋白,具有保守的ACD结构域,能够在高温、干旱以及老化等胁迫刺激中发挥重要作用。本研究利用生物信息学方法在燕麦基因组中鉴定得到24个HSP20(AsHSP20.1~AsHSP20.24)基因,并对AsHSP20家族成员的理化性质、蛋白结构、亚细胞定位、系统进化、保守基序和保守结构域、基因染色体位置以及响应高温及老化基因的表达等进行系统分析。研究发现AsHSP20基因分布在17条染色体上。编码氨基酸数目136~529 aa,分子量大小14.9~58.1 kDa,理论等电点5.30~8.79。HSP20成员多定位在核、胞质和叶绿体上,部分定位在质膜、线粒体、过氧化物酶体以及胞外。蛋白质二级结构和三级结构分析表明AsHSP20成员确定有β-折叠结构。根据保守基序组成与系统发育关系分析,AsHSP20基因家族被分为11个亚组,同一亚组成员之间具有相似或相同的保守基序,表明这些蛋白之间具有功能的相似性。进一步分析自然老化和人工老化处理下AsHSP20基因的表达情况,结果表明AsHSP20.20、AsHSP20.24基因在自然老化处理与人工老化处理下共同下调表达,推测AsHSP20.20和AsHSP20.24在两种老化方法下共同参与调控燕麦种子活力降低的过程,可作为燕麦种子寿命及抗老化种质育种研究的候选基因。研究为AsHSP20基因家族在燕麦种质老化过程中的调控机制提供了有价值的信息,也为进一步探究燕麦HSP20基因的功能及种子抗衰老分子机制提供了理论支撑。 展开更多
关键词 燕麦 种子老化 HSP20基因家族 系统进化 表达分析
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圆齿野鸦椿Hsp20基因家族鉴定及功能分析 被引量：2
4
作者 李一凡 丁乐 +3 位作者 陈淑颖 曾姣艳 蔡丽娟 邹双全 《福建农林大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2023年第2期211-221,共11页
为了探究圆齿野鸦椿Hsp20基因在强光、高温胁迫中的作用,利用生物信息学的方法对圆齿野鸦椿Hsp20基因家族进行全基因组鉴定,并从理化性质、系统进化、保守基序及基因结构、染色体定位及物种间共线性、顺式作用元件预测、蛋白网络互作和... 为了探究圆齿野鸦椿Hsp20基因在强光、高温胁迫中的作用,利用生物信息学的方法对圆齿野鸦椿Hsp20基因家族进行全基因组鉴定,并从理化性质、系统进化、保守基序及基因结构、染色体定位及物种间共线性、顺式作用元件预测、蛋白网络互作和表达模式等方面进行分析.结果表明:圆齿野鸦椿含有32个Hsp20基因,分布在9条染色体中,分为5个大家族和12个亚家族,多数基因有1个内含子.EkHsp20家族的主要扩增方式为片段复制.圆齿野鸦椿含有多个非生物胁迫响应元件和激素类响应元件,如光响应元件、脱落酸响应元件等.表达量分析结果表明,圆齿野鸦椿Hsp20基因与Hsp101基因有蛋白网络互作关系.ER家族是一类提高植株的抗冷性的基因,圆齿野鸦椿基因组中缺失ER基因家族,这可能与其不耐寒相关.根据高温、持续强光导致叶片蜷缩的现象,结合EkHsp20-04、EkHsp20-20、EkHsp20-25在系统发育树中与拟南芥Hsp17.6b聚合在一起、与拟南芥Hsp101呈现蛋白互作关系,且均为CⅠ家族成员,推测EkHsp20-20、EkHsp20-04、EkHsp20-25可能是促使圆齿野鸦椿在高温条件下产生自我防御行为的主要基因. 展开更多
关键词 圆齿野鸦椿 Hsp20 生物信息学 基因家族
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坛紫菜HSP20基因家族成员的全基因组鉴定及生物信息学分析 被引量：3
5
作者 张宛晨 朱静 易乐飞 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期1527-1535,共9页
【目的】鉴定坛紫菜(Pyropia haitanensis)HSP20基因家族成员(PhHSP20s),并进行生物信息学及表达谱分析,为揭示PhHSP20s基因在坛紫菜生长发育和非生物胁迫下的调控机理提供理论依据。【方法】对坛紫菜基因组序列进行基因结构预测,利用... 【目的】鉴定坛紫菜(Pyropia haitanensis)HSP20基因家族成员(PhHSP20s),并进行生物信息学及表达谱分析,为揭示PhHSP20s基因在坛紫菜生长发育和非生物胁迫下的调控机理提供理论依据。【方法】对坛紫菜基因组序列进行基因结构预测,利用隐马尔可夫模型在坛紫菜蛋白序列中搜索含有ACD结构域且分子量为12~43 kD的HSP20家族蛋白,并对其理化性质、系统进化及编码基因启动子顺式作用元件和表达特性进行分析。【结果】从坛紫菜全基因组鉴定出8个PhHSP20s基因,其不均匀地分布在5条Scaffolds上,均只含有1个外显子,无内含子,开放阅读框(ORF)长度为402~930 bp,其编码蛋白的氨基酸残基数量为133~309个,分子量为13.7~31.9 kD,理论等电点(pI)为5.50~10.49,多数蛋白呈酸性。系统发育进化树分析结果显示,陆生植物(拟南芥)、红藻(脐形紫菜和坛紫菜)和细菌(大肠杆菌)HSP20分别聚类为独立的一支,但绿藻(莱茵衣藻)HSP20聚类为2个分支,分别与陆生植物和红藻HSP20聚类在一起;红藻(脐形紫菜和坛紫菜)HSP20蛋白高度相似,亲缘关系近,可分为2个小分支,均与陆生植物HSP20的亲缘关系较远,不属于陆生植物中已报道过的任何HSP20亚族。PhHSP20s基因启动子上除了含有保守的通用元件外,还含有非生物胁迫响应元件。在PhHSP20s基因中,除PhHSP32基因几乎不在任何条件下表达外,其余PhHSP20s基因至少在1种条件下高表达,且部分PhHSP20s基因表现出相似的表达模式;部分PhHSP20s基因在不同生长阶段、光质培养条件、失水胁迫和盐胁迫下具有表达特异性,即在生殖细胞发育阶段和单性生殖孢子发育期高表达,在低盐胁迫下高表达。【结论】坛紫菜HSP20家族基因在基因数目、基因结构及系统进化上明显不同于陆生植物HSP20家族基因,推测HSP20基因复制事件在红藻和陆生植物分化之后独立发生,且在坛紫菜生长发育和非生物胁迫应答中发挥作用。 展开更多
关键词 坛紫菜 HSP20基因家族 系统发育进化 表达谱 启动子 RNA-SEQ
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甜瓜热激蛋白HSP20基因家族鉴定及生物信息学分析 被引量：2
6
作者 杨森要 张修月 +6 位作者 毛文文 戴晋 高杉 王丹 刘勇鹏 胡建斌 李丽丽 《中国蔬菜》 北大核心 2023年第12期26-34,共9页
热激蛋白20(heat shock protein 20,HSP20)是植物生长发育过程中的一种必需蛋白,在植物响应逆境中起着至关重要的作用。以甜瓜(Cucumis melo L.)全基因组数据为基础,采用生物信息学手段对Cm HSP20家族成员进行鉴定,并对其理化性质、共... 热激蛋白20(heat shock protein 20,HSP20)是植物生长发育过程中的一种必需蛋白,在植物响应逆境中起着至关重要的作用。以甜瓜(Cucumis melo L.)全基因组数据为基础,采用生物信息学手段对Cm HSP20家族成员进行鉴定,并对其理化性质、共线性关系、基因结构、进化关系和顺式作用元件等进行分析。结果表明:在甜瓜基因组数据中共鉴定到42个Cm HSP20s基因,随机分布在12条染色体上;蛋白分子量在8390.40~57350.14 Da之间,均为疏水性蛋白。共线性分析中,32个Cm HSP20s基因与黄瓜、西瓜和南瓜中同源基因存在共线性关系。系统发育分析中,Cm HSP20家族成员中存在9对直系同源基因对和8对旁系同源基因对。在Cm HSP20s基因的启动子区域鉴定到多种激素响应、应激响应、光响应和植物发育等相关的顺式作用元件。 展开更多
关键词 甜瓜 热激蛋白20 基因家族 生物信息学
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大豆HSP20基因的鉴定及表达分析
7
作者 陈丽娟 张斌 《湖南农业科学》 2021年第12期1-4,12,共5页
HSP20是一种小分子热激蛋白,在植物生长发育和抗胁迫过程中发挥重要作用。研究利用生物信息学方法对大豆中56个GmHSP20家族基因进行了鉴定,并对其理化性质、基因结构、进化关系、启动子原件以及表达模式进行了分析。56个家族基因分为11... HSP20是一种小分子热激蛋白,在植物生长发育和抗胁迫过程中发挥重要作用。研究利用生物信息学方法对大豆中56个GmHSP20家族基因进行了鉴定,并对其理化性质、基因结构、进化关系、启动子原件以及表达模式进行了分析。56个家族基因分为11个亚族,分布在18条染色体上;氨基酸长度不一、分子量和等电点变化范围比较大;启动子原件分析发现含有植物胁迫相关的元件。基因表达模式显示:GmHSP20家族基因在种子发育第42天表达水平较高。此外,研究还发现GmHSP18.5A和GmHSP18.5B在大豆不同部位和各生长发育阶段都有表达且表达水平较高,具有相似的表达模式。 展开更多
关键词 大豆 HSP20基因家族 生物信息学分析 基因表达模式
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绿豆C3H和NBS转录因子家族成员鉴定及盐胁迫响应分析 被引量：5
8
作者 刘金洋 林云 +5 位作者 陈景斌 闫强 薛晨晨 吴然然 陈新 袁星星 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第5期1097-1109,共13页
NBS和C_(3)H是植物体内2个重要的转录因子家族,在调控植物抗病与耐盐方面不可或缺。本研究通过转录组数据分析、qRT-PCR分析,分别鉴定出30个和289个绿豆C_(3)H和NBS家族成员,2个基因家族各有13个基因受到纯化选择,并且C_(3)H和NBS基因... NBS和C_(3)H是植物体内2个重要的转录因子家族,在调控植物抗病与耐盐方面不可或缺。本研究通过转录组数据分析、qRT-PCR分析,分别鉴定出30个和289个绿豆C_(3)H和NBS家族成员,2个基因家族各有13个基因受到纯化选择,并且C_(3)H和NBS基因家族种内共线性关系均为片段重复。耐盐材料的转录组数据分析结果表明,VrC_(3)H5、VrC_(3)H7、VrC_(3)H10和VrC_(3)H13等4个基因的表达量在盐胁迫后发生显著改变。VrC_(3)H5,VrC_(3)H7和VrC_(3)H133个基因对脱落酸(ABA)处理、氯化钠(NaCl)处理、干旱胁迫都有不同程度的响应,VrC_(3)H5在ABA处理后基因表达量上调超过了10倍。在NBS基因中,有85个基因在盐胁迫10 d和15 d后出现显著差异表达,其中9个NBS基因表达变化值|log_(2)FC|(FC为表达倍数变化)大于2。VrNBS20转录因子通过调控EVM0022385参与绿豆的耐盐功能,VrNBS20可能是绿豆抗病与耐盐调控网络中的交叉点。本研究结果为绿豆耐盐与抗病研究提供了丰富的基因资源。 展开更多
关键词 绿豆 NBS基因家族 C_(3)H基因家族 盐胁迫 VrNBS20转录因子
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特发性脊柱侧凸病因学中遗传学研究进展 被引量：1
9
作者 邱旭升 邱勇 王亚平 《中国脊柱脊髓杂志》 CAS CSCD 2005年第10期628-630,共3页
关键词 特发性脊柱侧凸 病因学 遗传学研究 家族聚集现象 遗传因素 发病过程 20世纪 临床报道 相关基因
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