西瓜AUX/LAX基因的鉴定及在芽再生过程中的表达分析

1

作者 王铎 许昕阳 +3 位作者 沈佳 寿伟松 何艳军 轩正英 《山东农业科学》 北大核心 2025年第3期1-9,共9页

生长素是最重要的植物激素之一,生长素内流载体AUX/LAX(AUXIN RESISTENT1/LIKE AUX1)与多膜跨越蛋白和氨基酸转运蛋白有关,参与生长素的主动运输过程。AUX/LAX基因已在多个物种中被鉴定,被发现在植物多个生长发育过程中发挥非常重要的作... 生长素是最重要的植物激素之一,生长素内流载体AUX/LAX(AUXIN RESISTENT1/LIKE AUX1)与多膜跨越蛋白和氨基酸转运蛋白有关,参与生长素的主动运输过程。AUX/LAX基因已在多个物种中被鉴定,被发现在植物多个生长发育过程中发挥非常重要的作用,但在西瓜中还没有相关报道。本研究在全基因组水平对西瓜AUX/LAX基因进行鉴定,并对其结构、系统发育、启动子顺式调控元件等进行了分析。结果表明,从西瓜全基因组中鉴定到5个AUX/LAX基因,都含有保守的Aa_trans结构域;对西瓜与拟南芥、水稻、黄瓜的21个AUX/LAX蛋白进行系统进化分析,它们被聚为两个亚族,而绝大多数西瓜与黄瓜的AUX/LAX蛋白存在一对一同源关系;从西瓜AUX/LAX基因启动子上鉴定到脱落酸、茉莉酸甲酯、水杨酸响应元件(TCAelement),以及赤霉素等激素和厌氧诱导、低温、干旱等防御和非生物胁迫响应元件。实时荧光定量PCR(RT-qPCR)分析发现,除了ClAUX/LAX4,其他ClAUX/LAXs均在雄花中的表达水平最低,具有显著的组织特异性;而且西瓜AUX/LAXs基因在分化能力不同的西瓜材料中的表达各不相同,其中ClAUX/LAX5在分化5 d的高再生材料中的表达水平显著高于低再生材料,暗示其可能在西瓜芽再生过程中发挥重要作用。本研究结果可为进一步研究生长素在西瓜芽再生过程中的作用提供证据,并为挖掘西瓜芽再生调控基因奠定基础。 展开更多

关键词 生长素转运载体 aux/lax基因 西瓜 芽再生过程 基因表达

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毛竹AUX1/LAX候选基因家族鉴定与表达分析 被引量：7

2

作者 杨乐 张康 李龙 《西北林学院学报》 CSCD 北大核心 2022年第1期89-95,共7页

AUX1/LAX家族是一类生长素输入载体,在植物生长发育和形态建成过程中起着重要的调控作用。利用同源比对的方法从毛竹基因组中鉴定出8个PheAUX1/LAX候选基因,进行系统进化树、基因结构、基序分析。结果表明,PheAUX1/LAX候选基因分为Clas... AUX1/LAX家族是一类生长素输入载体,在植物生长发育和形态建成过程中起着重要的调控作用。利用同源比对的方法从毛竹基因组中鉴定出8个PheAUX1/LAX候选基因,进行系统进化树、基因结构、基序分析。结果表明,PheAUX1/LAX候选基因分为ClassⅠ和ClassⅡ2个亚组,其中classⅠ的候选基因包含6~7个外显子,而ClassⅡ的候选基因包含8~10个外显子。不同组织器官转录组数据分析表明多数ClassⅠ候选成员在毛竹冬笋中高丰度表达,而ClassⅡ中的PH02Gene38722.t在跳鞭中高丰度表达。通过qRT-PCR对AUX1/LAX候选基因在不同生长发育时期笋中的表达量分析表明,有6个候选基因与对照相比呈现出不同程度的上调表达,表明PheAUX1/LAX候选基因广泛参与毛竹笋的生长发育。本研究将为进一步研究毛竹AUX1/LAX基因的功能和调控机制奠定理论基础。 展开更多

关键词 aux1/lax 毛竹 基因表达 生物信息学

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花椒Aux/IAA基因家族鉴定及表达分析

3

作者 吴梦佳 陈磊 +1 位作者 李博通 刘永红 《西北林学院学报》 北大核心 2025年第4期117-126,共10页

Aux/IAA基因家族在植物生长素信号传导途径和植物发育中起着至关重要的调节作用。本研究从花椒(Zanthoxylum bungeanum)基因组中鉴定出51个Aux/IAA基因。系统发育树、保守基序和基因结构分析显示,花椒Aux/IAA基因被划分为7个亚家族,同... Aux/IAA基因家族在植物生长素信号传导途径和植物发育中起着至关重要的调节作用。本研究从花椒(Zanthoxylum bungeanum)基因组中鉴定出51个Aux/IAA基因。系统发育树、保守基序和基因结构分析显示,花椒Aux/IAA基因被划分为7个亚家族,同一个亚家族有着相似的基因结构,34个(67%)基因具有串联重复和片段复制。花椒Aux/IAA基因的启动子序列中包含大量与植物激素和生长发育相关的顺式作用元件。不同时期花椒刺中ZbIAA基因的表达图谱显示,ZbIAA1、ZbIAA5、ZbIAA25、ZbIAA30和ZbIAA44基因在花椒刺中的表达水平显著高于其他基因,可能在花椒刺发育过程中起重要作用。密码子偏好性分析表明,花椒Aux/IAA基因家族密码子偏好以A/T碱基结尾,ZbIAA基因中有25个密码子具有偏好性,有2个密码子没有偏好性。研究结果为深入解析花椒Aux/IAA基因家族的功能奠定了理论基础。 展开更多

关键词 花椒 aux/IAA基因家族 刺发育 密码子偏好性

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高粱全基因组生长素原初响应基因Aux/IAA的序列特征分析 被引量：20

4

作者 王益军 吕燕萍 +2 位作者 谢秦 邓德祥 卞云龙 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期688-694,共7页

生长素在生物体的生长、发育与分化过程中发挥着重要作用。Aux/IAA基因家族在生长素诱导的早期做出响应,是生长素早期应答的三大基因家族之一。采用生物信息学的方法,对高粱全基因组Aux/IAA基因进行序列特征分析表明,高粱基因组中共有25... 生长素在生物体的生长、发育与分化过程中发挥着重要作用。Aux/IAA基因家族在生长素诱导的早期做出响应,是生长素早期应答的三大基因家族之一。采用生物信息学的方法,对高粱全基因组Aux/IAA基因进行序列特征分析表明,高粱基因组中共有25个Aux/IAA基因,分布于高粱9对染色体,在高粱第6号染色体上未发现Aux/IAA基因。序列比对与系统发生分析表明,22个(88%)高粱Aux/IAA蛋白具有4个保守结构域,19对高粱/玉米Aux/IAA蛋白、2对高粱/水稻Aux/IAA蛋白处于系统进化树的同一分支。该研究结果不仅有助于生长素信号转导通路的解析,而且可以为其他作物基因家族的研究提供参考。 展开更多

关键词 高粱 生长素 aux/IAA基因家族 比较基因组学

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粗山羊草全基因组Aux/IAA基因家族的分离、染色体定位及序列分析 被引量：10

5

作者 乔麟轶 李欣 +6 位作者 畅志坚 张晓军 詹海仙 郭慧娟 李建波 常建忠 郑军 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期2059-2069,共11页

生长素是植物生长发育过程中的关键激素之一,Aux/IAA家族基因是重要的生长素原初响应基因。通过生物信息学方法从粗山羊草(Aegilops tauschii)全基因组中分离出28个Aux/IAA基因,其中20个粗山羊草Aux/IAA蛋白具有4个保守结构域;28个Aux/... 生长素是植物生长发育过程中的关键激素之一,Aux/IAA家族基因是重要的生长素原初响应基因。通过生物信息学方法从粗山羊草(Aegilops tauschii)全基因组中分离出28个Aux/IAA基因,其中20个粗山羊草Aux/IAA蛋白具有4个保守结构域;28个Aux/IAA基因分布于全部7对染色体上,5个基因分别具有位于同一位点的已知标记。粗山羊草IAA3、IAA11和IAA26的表达具有组织特异性,分别在雌蕊、种子和根中特异表达。系统发育显示,11对粗山羊草-乌拉尔图小麦Aux/IAA蛋白、5对粗山羊草-大麦Aux/IAA蛋白直系同源。共线性分析表明,粗山羊草Aux/IAA基因与短柄草、水稻中同源基因具有很好的共线性。本研究分离的相关基因不仅可用于小麦的遗传改良,也为深入研究小麦Aux/IAA基因提供了信息。 展开更多

关键词 粗山羊草 生长素 aux/IAA基因家族 染色体定位 生物信息学

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利用CODEHOP和iCODEHOP设计简并引物克隆芒果LAX基因家族片段 被引量：10

6

作者 李运合 孙光明 《热带作物学报》 CSCD 2011年第12期2278-2282,共5页

详细介绍采用CODEHOP和iCODEHOP设计简并引物的方法,并利用这2个程序设计了8对简并引物,从芒果子叶中扩增到8条不同长度的cDNA片段,测序结果表明,这些片段包含4类不同的DNA序列。经过在NCBI上进行blastx分析,这些序列与其它植物的LAX基... 详细介绍采用CODEHOP和iCODEHOP设计简并引物的方法,并利用这2个程序设计了8对简并引物,从芒果子叶中扩增到8条不同长度的cDNA片段,测序结果表明,这些片段包含4类不同的DNA序列。经过在NCBI上进行blastx分析,这些序列与其它植物的LAX基因具有高度同源性,因此推测,芒果中的LAX基因家族其至少包括4条同源基因。研究结果表明CODEHOP和iCODEHOP设计的简并引物可信性强并具有高效性。 展开更多

关键词 芒果 lax基因 简并引物 iCODEHOP 克隆

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Aux/IAA家族基因GhAux1沉默促进棉花幼苗的生长 被引量：1

7

作者 王丽 王俐锋 +3 位作者 赵盼盼 李用芳 王太霞 李景原 《河南农业科学》 北大核心 2019年第6期46-51,80,共7页

为明确Aux/IAA家族基因GhAux1在棉花幼苗生长发育中的功能,利用病毒诱导的基因沉默(VIGS)技术构建了重组表达载体pTRV-GhAux1,转化农杆菌并注射到棉花幼苗子叶,采用qRT-PCR检测GhAux1沉默效率,并对GhAux1沉默植株的表型、内源生长素(IAA... 为明确Aux/IAA家族基因GhAux1在棉花幼苗生长发育中的功能,利用病毒诱导的基因沉默(VIGS)技术构建了重组表达载体pTRV-GhAux1,转化农杆菌并注射到棉花幼苗子叶,采用qRT-PCR检测GhAux1沉默效率,并对GhAux1沉默植株的表型、内源生长素(IAA)含量和赤霉素(GA4)含量以及GA合成关键酶基因的表达进行了分析。结果表明,成功建立了VIGS体系,注射含pTRV-GhAux1的菌液后15d,GhAux1在沉默植株中的表达量仅为空载体对照的26%;注射含pTRV-GhAux1的菌液后24、27、30d,GhAux1沉默植株的株高较空载体对照分别显著增加了18%、27%、20%,其中注射后27d达到极显著水平;注射含pTRV-GhAux1的菌液后21、24、27d,GhAux1沉默植株的节间内源GA4含量比空载体对照分别增加了33%、20%、33%,且GA合成关键酶基因GhGA20ox1、GhGA20ox2和GhGA3ox1的表达量均显著或极显著增加,而IAA含量仅在注射后27d显著增加。表明GhAux1参与IAA与GA的互作,可调控GA合成途径下游基因的表达,抑制棉花幼苗的生长。 展开更多

关键词 棉花 病毒诱导的基因沉默 aux/IAA Ghaux1 赤霉素

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中国南瓜CmoAux/IAA基因的克隆和表达特征分析 被引量：1

8

作者 任广乾 刘正响 +3 位作者 韩圆圆 陈碧华 李新峥 李庆飞 《中国瓜菜》 CAS 北大核心 2024年第10期30-37,共8页

在前期对中国南瓜败育雌蕊和正常雌蕊进行转录组分析发现,CmoAux/IAA基因可能参与了雌花发育,为进一步探究其生物学功能,利用同源序列克隆法从中国南瓜中克隆得到全长为600 bp的CmoAux/IAA基因,该基因编码199个氨基酸;保守结构域分析结... 在前期对中国南瓜败育雌蕊和正常雌蕊进行转录组分析发现,CmoAux/IAA基因可能参与了雌花发育,为进一步探究其生物学功能,利用同源序列克隆法从中国南瓜中克隆得到全长为600 bp的CmoAux/IAA基因,该基因编码199个氨基酸;保守结构域分析结果表明,其属于Aux/IAA家族,包含结构域Ⅰ、Ⅲ、Ⅳ;该蛋白无信号肽和跨膜结构。多序列比对和系统进化树分析结果显示,CmoAux/IAA氨基酸序列与印度南瓜XP_022986212.1的氨基酸序列、美洲南瓜XP_023513171.1的氨基酸序列亲缘关系较近,相似度高达98.01%、96.50%。拟南芥原生质体亚细胞定位结果显示,CmoAux/IAA蛋白定位于细胞核和细胞质。实时荧光定量结果显示,该基因具有组织表达特异性,主要在南瓜植株生长点及雌花柱头中表达,柱头中的相对表达量是雄蕊的137倍,在叶和根中不表达,其可能在植株生长点幼嫩组织分化或雌花发育过程中发挥着重要作用。 展开更多

关键词 中国南瓜 aux/IAA 基因克隆 生物信息学分析 亚细胞定位

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龙眼Aux/IAA基因家族全基因组鉴定及表达分析 被引量：9

9

作者 梁钒 张艺勇 +3 位作者 张梦媛 方庭 郑少泉 曾黎辉 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第11期1839-1853,共15页

【目的】Aux/IAA作为重要的生长素原初响应因子参与到植物的各个生长发育阶段。为了解Aux/IAA家族基因在龙眼花芽分化过程中的作用,对DlIAA基因家族进行全基因组鉴定和分析,并研究其在外源激素处理下的表达模式。【方法】利用生物信息... 【目的】Aux/IAA作为重要的生长素原初响应因子参与到植物的各个生长发育阶段。为了解Aux/IAA家族基因在龙眼花芽分化过程中的作用,对DlIAA基因家族进行全基因组鉴定和分析,并研究其在外源激素处理下的表达模式。【方法】利用生物信息学方法对Aux/IAA基因家族进行全基因组鉴定与分析,基于RNA-seq数据库分析DlIAA基因家族的表达,利用qRT-PCR探究DlIAA基因家族在龙眼花芽分化过程中和外源IAA处理下的表达情况。【结果】利用龙眼参考基因组数据,鉴定出18个DlIAA基因,依据龙眼、苹果、拟南芥和番茄之间的系统发育关系,可将进化树分为4大类7个亚族。结果表明,DlIAA基因家族与苹果具有较高的同源性,而与拟南芥、番茄的亲缘关系较远。基因结构和结构域中同一类群的不同DlIAA基因家族成员具有较高的相似度。启动子中顺式元件的分布表明,DlIAA基因表达不仅受生长素(AuxREs、TGA-element和TGA-box)的调节,还受其他激素和生长环境的调节。DlIAA基因家族在龙眼9个不同组织中表现出不同的表达模式,且部分DlIAA基因为组织特异性基因。通过对不同品种龙眼花芽的3个RNAseq数据库筛选发现,有5个候选基因(D1IAA2、D1IAA4、D1IAA7、D1IAA15和D1IAA17)均显示出较低的表达量,表明其功能与龙眼花芽分化可能存在一定的关系。进一步的qRT-PCR分析表明,DlIAA2和DlIAA17可能在开花诱导中起作用。DlIAA对外源IAA的反应结果表明,5个候选基因在100μmol·L^(-1) IAA处理下被不同程度地诱导表达,且在500μmol·L^(-1)浓度下均显著上调。【结论】转录组数据显示DlIAA基因参与了龙眼花芽分化过程,DlIAA2和DlIAA17可能在开花诱导中起作用。 展开更多

关键词 龙眼 aux/IAA基因家族 生物信息学 定量分析

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植物生长素原初响应基因Aux/IAA研究进展 被引量：21

10

作者 司马晓娇 郑炳松 《浙江农林大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期313-318,共6页

Aux/IAA基因家族能够在生长素诱导的早期做出响应,是生长素早期应答的3类基因家族之一。ARF则是一类调控生长素响应基因表达的转录因子,Aux/IAA就是通过其响应元件与ARF特异性结合,从而调节生长素早期应答基因的转录功能。介绍了Aux/IA... Aux/IAA基因家族能够在生长素诱导的早期做出响应,是生长素早期应答的3类基因家族之一。ARF则是一类调控生长素响应基因表达的转录因子,Aux/IAA就是通过其响应元件与ARF特异性结合,从而调节生长素早期应答基因的转录功能。介绍了Aux/IAA的结构特征、调控机制以及生物学功能。植物Aux/IAA基因是由4个保守结构域组成的:结构域Ⅰ,Ⅱ,Ⅲ和Ⅳ。结构域Ⅰ主要负责Aux/IAA蛋白的阻遏作用,结构域Ⅱ因为含有一段亮氨酸基序,负责Aux/IAA蛋白的快速降解,而结构域Ⅲ和Ⅳ则介导Aux/IAA蛋白与ARF蛋白形成同源或异源二聚体。在生长素信号转导过程中,Aux/IAA主要通过与生长素响应因子ARF结合,促进早期基因转录,从而调节下游基因的表达。Aux/IAA基因因其种类不同在不同的组织和器官中的表达是有特异性的,同时通过Aux/IAA突变体的研究表明:不同的Aux/IAA还具有各自独特的功能。不论是由于时间和空间表达上的不同,还是由于其基因的启动子对生长素响应因子的亲合性差异都能产生这些功能特异性。而植物激素和外界环境因子对发挥Aux/IAA功能也具有重要的调控作用。 展开更多

关键词 生物化学与分子生物学 生长素原初响应基因aux/IAA 基因功能 调控机制 综述

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普通烟草Aux/IAA转录因子家族全基因组鉴定分析Aux/IAA 被引量：7

11

作者 王国平 周东洁 +1 位作者 牛永志 郑昀晔 《中国烟草学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第6期80-89,共10页

Aux/IAA是一种生长素早期响应因子,影响生长素对植物生长发育的调控。烟草作为一种模式植物,在烟草中鉴定Aux/IAA家族基因对于研究生长素调控机制具有重要意义。本研究利用生物信息学方法,从普通烟草基因组中鉴定出77个Aux/IAA家族基因... Aux/IAA是一种生长素早期响应因子,影响生长素对植物生长发育的调控。烟草作为一种模式植物,在烟草中鉴定Aux/IAA家族基因对于研究生长素调控机制具有重要意义。本研究利用生物信息学方法,从普通烟草基因组中鉴定出77个Aux/IAA家族基因,平均氨基酸数为379,全部为亲水性蛋白,大部分为酸性蛋白。其中46个基因定位到19条连锁群上,分布最多的22号连锁群上有6个基因,其余31个基因位于Scafford上,所有基因均定位于细胞核内。Aux/IAA家族划分为2个类群,10个亚群,包括6对直系同源和40对旁系同源姐妹对,每个亚群中都分布有烟草的Aux/IAA基因。所有的烟草Aux/IAA基因均缺失了结构域Ⅰ,68个基因同时包含Aux/IAA结构域Ⅲ和Ⅳ,21个B6亚组基因包含B3、ARF和Aux/IAA结构域。内含子-外显子结构除了B6亚组基因外,都较为简单。表达模式分析结果显示,不同亚群的基因组织表达特异性不同,同一亚群的基因组织表达特异性一致。Aux/IAA家族基因主要参与细胞组成、蛋白结合、生物进程调节、信号转导、刺激反应、代谢过程等功能。 展开更多

关键词 烟草 aux/IAA 生物信息 基因家族

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芥蓝Aux/IAA家族基因生物信息学与表达分析 被引量：4

12

作者 王尤轩 王梦雨 +4 位作者 李煜博 陶晗 夏楚楚 黄凯美 汪俏梅 《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期314-324,共11页

为更好地理解芥蓝生长素(indole-3-acetic acid,IAA)的响应途径及揭示Aux/IAA基因家族在芥蓝生长和抗盐胁迫中的功能,本研究利用生物信息学的方法从芥蓝基因组中鉴定到了41个Aux/IAA家族基因。系统进化分析结果表明,芥蓝Aux/IAA基因家... 为更好地理解芥蓝生长素(indole-3-acetic acid,IAA)的响应途径及揭示Aux/IAA基因家族在芥蓝生长和抗盐胁迫中的功能,本研究利用生物信息学的方法从芥蓝基因组中鉴定到了41个Aux/IAA家族基因。系统进化分析结果表明,芥蓝Aux/IAA基因家族成员分布于9条染色体上,在染色体C01和C05上分布的基因最多,各有6个;该家族基因编码的蛋白质的氨基酸残基数在128~427之间,大多数为亲水性蛋白,仅有2个疏水性蛋白。亚细胞定位预测结果表明,Aux/IAA家族成员多位于细胞质、细胞核和叶绿体上。实时荧光定量聚合酶链式反应(real-time quantitative polymerase chain reaction,qRT-PCR)结果表明,芥蓝Aux/IAA基因家族部分成员对生长素(IAA)、脱落酸(abscisic acid,ABA)、油菜素内酯(brassinosteroids,BR)处理存在不同程度的响应,说明芥蓝Aux/IAA基因家族很可能参与植物激素信号的传导。此外,经过盐胁迫处理后,芥蓝BoIAA19-1与BoIAA2-1的表达量在处理前期均显著上调,预示Aux/IAA基因在芥蓝响应逆境的过程中也可能发挥作用。本研究结果为进一步研究Aux/IAA基因家族在芥蓝生长和抗性平衡中的功能奠定了理论基础。 展开更多

关键词 芥蓝 aux/IAA基因家族 生物信息学分析 表达分析

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桑树Aux/IAA基因家族鉴定与IBA处理下表达模式分析 被引量：5

13

作者 冯曦 豆浩 +2 位作者 孙佳佳 孙慧娟 毕会涛 《河南农业大学学报》 CAS CSCD 2023年第6期936-948,共13页

【目的】在全基因组范围内鉴定桑树Aux/IAA基因家族成员,并研究在IBA处理下对该家族基因表达模式的影响,为深入研究桑树Aux/IAA基因家族的功能提供依据。【方法】通过本地川桑全基因组数据对桑树Aux/IAA基因家族成员进行鉴定分析,包括... 【目的】在全基因组范围内鉴定桑树Aux/IAA基因家族成员,并研究在IBA处理下对该家族基因表达模式的影响,为深入研究桑树Aux/IAA基因家族的功能提供依据。【方法】通过本地川桑全基因组数据对桑树Aux/IAA基因家族成员进行鉴定分析,包括蛋白质理化性质分析、系统进化树构建、基因结构分析、蛋白质三级结构及蛋白互作关联分析、启动子顺式作用元件分析。并以“强桑1号”扦插枝为试验材料,对其进行1000 mg·L^(-1) IBA处理和清水对照处理,分析处理后10、20、30、40 d的MnAux/IAA基因家族的表达模式。【结果】MnAux/IAA基因家族共有51个成员,分为8个亚家族,AtIAA基因家族分布在其中6个亚家族中;51个基因家族成员均有外显子和内含子,仅有1个成员无UTR;顺式作用元件表明,MnAux/IAA基因家族对光、激素、逆境胁迫等都有相应的调控作用;蛋白质同族进化序列的基因结构相似度较高,但族间差异较大;IBA处理后,47个基因表达量会有不同程度的提升,而基因MnAux/IAA34、MnAux/IAA33、MnAux/IAA32在表达量上有较大程度的下降。【结论】MnAux/IAA基因家族功能相对稳定,在家族进化过程中无明显变化;IBA具有促进Aux/IAA基因表达的作用;MnAux/IAA34、MnAux/IAA33、MnAux/IAA32与AtARF2同源性较高,推测具有调控叶片衰老的作用。 展开更多

关键词 桑树 aux/IAA基因家族 进化分析 基因表达 生物信息学

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白及Aux/IAA基因的鉴定及分析 被引量：1

14

作者 刘厚伯 李春 +5 位作者 李林 上官艳妮 黄恻隐 刘怡 郑明辉 徐德林 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期11-18,共8页

基于白及〔Bletilla striata(Thunb.ex A.Murray)Rchb.f.〕的全转录组数据,采用生物信息学方法对白及Aux/IAA基因进行鉴定和序列分析,对白及Aux/IAA蛋白的一级和二级结构、基序、保守结构域、GO功能分类和KEGG富集结果进行分析,并对其... 基于白及〔Bletilla striata(Thunb.ex A.Murray)Rchb.f.〕的全转录组数据,采用生物信息学方法对白及Aux/IAA基因进行鉴定和序列分析,对白及Aux/IAA蛋白的一级和二级结构、基序、保守结构域、GO功能分类和KEGG富集结果进行分析,并对其与拟南芥〔Arabidopsis thaliana(Linn.)Heynh.〕和铁皮石斛(Dendrobium officinale Kimura et Migo)的Aux/IAA蛋白进行系统发育分析。结果表明:在白及的全转录组中共筛选出5个Aux/IAA基因,分别命名为BsAux/IAA1至BsAux/IAA5,开放阅读框(ORF)长度为492~2739 bp。5个BsAux/IAA蛋白的氨基酸残基数为163~912,理论相对分子质量为18172.97~101442.89,理论等电点为pI 4.40至pI 11.51,亚细胞定位于细胞核中,二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主。5个BsAux/IAA蛋白共有DomainⅠ、DomainⅡ、DomainⅢ和DomainⅣ4个完整的保守结构域,依次对应保守基序motif9、motif3、motif2和motif1。5个BsAux/IAA蛋白的功能均包括细胞组分、生物学过程和分子功能3个大类,并参与植物激素信号转导通路。系统发育分析结果表明:5个BsAux/IAA蛋白均属于GroupⅠ亚家族,并进一步分成a和b 2个亚群,其中,BsAux/IAA3、BsAux/IAA4和BsAux/IAA5属于a亚群,BsAux/IAA1和BsAux/IAA2属于b亚群;并且,BsAux/IAA1、BsAux/IAA2、BsAux/IAA4和BsAux/IAA5与铁皮石斛Aux/IAA的亲缘关系较近。研究结果显示:白及Aux/IAA蛋白具有一定的保守性,可能在细胞核中发挥作用,并具有组织特异性、发育依赖性和非生物胁迫应答性。 展开更多

关键词 白及 aux/IAA基因 基因鉴定 序列分析 系统发育分析

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辣椒Aux/IAA基因家族的鉴定与表达分析 被引量：6

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作者 张帆 马艳青 +5 位作者 李雪峰 杨博智 郑井元 邹学校 谢玲玲 刘峰 《湖南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期597-606,共10页

采用生物信息学的方法,共鉴定出22个辣椒Aux/IAA基因,经聚类分析,将其分为A、B、C、D、E、F、G 7个亚族。这些基因非均匀地分布在辣椒7条染色体上,其中第3条染色体上分布最多,有8个Aux/IAA基因。这些基因在辣椒的根、茎、叶、花、花蕾... 采用生物信息学的方法,共鉴定出22个辣椒Aux/IAA基因,经聚类分析,将其分为A、B、C、D、E、F、G 7个亚族。这些基因非均匀地分布在辣椒7条染色体上,其中第3条染色体上分布最多,有8个Aux/IAA基因。这些基因在辣椒的根、茎、叶、花、花蕾以及果实各个发育时期的表达模式显示:Capana03g000310在每个组织的各个发育时期都能检测到表达,且表达量较高,呈现出明显的组成型表达模式。Capana00g002758只在根和茎中检测到表达,Capana03g000311和Capana06g001465只在花和果实中检测到有较高表达量,呈现出明显的特异型表达模式。以辣椒6421高世代自交系为试验材料,用30μmol/L脱落酸处理幼叶,采用qRT–PCR进行分析,结果表明:辣椒Capana00g002644和Capana01g001423的相对表达量高于对照,而Capana09g001096、Capana06g001308、Capana03g004455、Capana00g000845、Capana03g004568、Capana03g000244和Capana03g000310的相对表达量均低于对照,说明脱落酸胁迫可以对辣椒Aux/IAA部分基因产生明显的正向或负向诱导。 展开更多

关键词 辣椒 aux/IAA基因家族 脱落酸胁迫 基因表达

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Aux/IAA基因家族鉴定及对大豆茎尖发育的调控作用分析

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作者 刘婷婷 李艳燕 +3 位作者 宁晓霜 刘志华 姜振峰 李文滨 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期648-655,共8页

Aux/IAA基因家族在植物茎尖发育过程发挥重要作用。为了探究大豆Aux/IAA基因家族在大豆茎尖发育过程的调控作用,本文以拟南芥Aux/IAA基因家族蛋白序列为参照鉴定了大豆全基因组Aux/IAA家族基因,包括63个成员;然后以拟南芥、鹰嘴豆和大豆... Aux/IAA基因家族在植物茎尖发育过程发挥重要作用。为了探究大豆Aux/IAA基因家族在大豆茎尖发育过程的调控作用,本文以拟南芥Aux/IAA基因家族蛋白序列为参照鉴定了大豆全基因组Aux/IAA家族基因,包括63个成员;然后以拟南芥、鹰嘴豆和大豆的Aux/IAA家族为研究对象,比对这些基因全长氨基酸序列并构建进化树,结果表明三种作物的Aux/IAA家族成员间亲缘关系差异明显,进化过程中同源重组频率不同;进而利用RNA-seq技术分析东农594(DN)、Charleston(CH)及二者杂交后代的RIL群体的高矮秆池(WH、WS)和F2群体的高矮秆池(JH、JS)的差异表达基因及其功能,共有17个Aux/IAA基因在3组材料中差异表达。CHvsDN组有15个差异表达基因,JHvsJS组有2个,WHvsWS组只有1个;其中,Glyma.10G180100在JHvsJS组和WHvsWS组均差异表达,这些结果为进一步研究大豆Aux/IAA基因家族的功能及调控茎尖发育提供理论依据。 展开更多

关键词 大豆 aux/IAA基因家族 茎尖 发育调控

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三倍体枇杷坐果期内源激素测定及Aux/IAA基因家族表达分析 被引量：3

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作者 彭宏燕 蒋朋飞 +3 位作者 李华 郭启高 梁国鲁 何桥 《西南大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2020年第9期40-49,共10页

将三倍体枇杷坐果期材料分为子房和其他部分,测定其4种内源植物激素的含量,并对6个Aux/IAA基因家族的时空表达特点进行了初步分析.结果表明:对于IAA来说,GA3处理后子房内IAA质量分数明显高于其他部分,并在处理后第5 d和第7 d出现了2个高... 将三倍体枇杷坐果期材料分为子房和其他部分,测定其4种内源植物激素的含量,并对6个Aux/IAA基因家族的时空表达特点进行了初步分析.结果表明:对于IAA来说,GA3处理后子房内IAA质量分数明显高于其他部分,并在处理后第5 d和第7 d出现了2个高峰,推测其质量分数升高可能与外源GA3处理有关,高质量分数的IAA替代受精作用从而诱导枇杷坐果.荧光定量PCR分析发现,GA3处理后6个基因的表达量都具有变化,IAA6,IAA8,IAA10在子房中的表达量明显高于其他部分,IAA9在子房和其他部分的表达量相当,IAA11和IAA20在子房中的表达量低于其他部分.此外,在外源GA3处理前期,子房中IAA9的表达量与内源IAA质量分数变化趋势一致,推测内源IAA质量分数升高,诱导IAA9表达上调,从而诱导枇杷果实坐果.IAA8在GA3处理3 d后表达量开始升高,并显著高于对照组,推测其功能可能与IAA9相似. 展开更多

关键词 枇杷 生长素 坐果 基因克隆 aux/IAA基因家族

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百子莲2个ARF基因与2个Aux/IAA基因的全长克隆与序列分析 被引量：6

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作者 杨舟 吕可 +2 位作者 吕珊 王俊杰 张荻 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2019年第1期86-97,共12页

采用不同浓度外源生长素类调节物质毒莠定(PIC)对百子莲(Agapanthus praecox ssp. orientalis)进行继代培养,并对其胚性愈伤组织进行比较转录组学研究,获得了百子莲生长素信号转导途径中的2个ARF和2个Aux/IAA家族基因,推测其为体胚发生... 采用不同浓度外源生长素类调节物质毒莠定(PIC)对百子莲(Agapanthus praecox ssp. orientalis)进行继代培养,并对其胚性愈伤组织进行比较转录组学研究,获得了百子莲生长素信号转导途径中的2个ARF和2个Aux/IAA家族基因,推测其为体胚发生过程中生长素信号传导途径相关的重要调控因子。采用RACE技术获得Ap ARF1、Ap ARF2、Ap Aux/IAA2与Ap Aux/IAA3的c DNA全长,分别为2 343、2 888、1 034和821 bp,开放阅读框(ORF)长度分别为1 770、2 349、480和549 bp,分别编码589、782、159和182个氨基酸残基。生物学分析表明,Ap ARF1与Ap ARF2蛋白均具有ARF家族的典型结构,Ap Aux/IAA2蛋白结构域Ⅳ不完整,Ap Aux/IAA3结构域Ⅱ部分缺失,但仍具有Aux/IAA蛋白的典型功能。转基因实验表明,Ap Aux/IAA过表达植株表现出生长延缓及发育受阻的表型,Ap ARF过表达植株表现出生长促进、花期提前的表型,验证了百子莲Ap ARF和Ap Aux/IAA家族蛋白对植物生长发育的调控作用。 展开更多

关键词 百子莲 生长素信号 ARF aux/IAA 基因克隆 胚性愈伤组织

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尼泊尔黄堇Aux/IAA基因家族的鉴定与UVB处理下表达模式分析 被引量：1

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作者 梁佳林 赵爽 +2 位作者 李幸儿 赵成周 李萍 《生物技术通报》 CSCD 北大核心 2024年第12期182-192,共11页

【目的】鉴定尼泊尔黄堇Aux/IAA基因家族,为尼泊尔黄堇Aux/IAA基因功能研究及抵御逆境胁迫提供理论基础。【方法】基于尼泊尔黄堇全长转录组数据,鉴定和分析尼泊尔黄堇Aux/IAA(ChAux-IAA)基因家族成员,并对其蛋白质理化性质、系统进化... 【目的】鉴定尼泊尔黄堇Aux/IAA基因家族,为尼泊尔黄堇Aux/IAA基因功能研究及抵御逆境胁迫提供理论基础。【方法】基于尼泊尔黄堇全长转录组数据,鉴定和分析尼泊尔黄堇Aux/IAA(ChAux-IAA)基因家族成员,并对其蛋白质理化性质、系统进化树、基因结构、蛋白质三级结构及蛋白质互作关系、启动子顺式作用元件进行分析。此外,对尼泊尔黄堇进行不同时间(0.5 h、48 h)UV-B处理,检测ChAux/IAA基因家族的表达模式。【结果】尼泊尔黄堇ChAux/IAA基因家族共有20个成员,大多数位于细胞核中,少数位于叶绿体、线粒体和细胞壁中。ChAux/IAA基因家族编码蛋白属于亲水性蛋白。ChAux/IAA基因家族的顺式作用元件中存在光响应元件,表明该基因家族可能参与植物的生长发育和抵御紫外胁迫。通过RT-qPCR分析发现,在UV-B处理下,20个ChAux/IAA的表达量均较对照组增加,其中ChIAA2、ChIAA3、ChIAA4、ChIAA10、ChIAA13和ChIAA21表达量增加更加显著,表明ChAux/IAA基因家族在其抵御紫外线胁迫方面具有重要功能。【结论】共鉴定出20个ChAux/IAA基因家族成员,ChAux/IAA基因家族在UV-B胁迫中发挥重要作用。 展开更多

关键词 尼泊尔黄堇 aux/IAA基因家族 UV-B胁迫 全长转录组 生物信息学 基因表达分析

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花生生长素原初响应基因PNIAAs的表达模式分析

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作者 任怡怡 戴绍军 刘炜 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期467-472,共6页

Aux/IAA基因能够在生长素诱导的早期做出响应。本研究通过筛选花生未成熟种子的cDNA文库,分离并获得了4个可能的Aux/IAA基因,分别命名为PNIAA1、PNIAA2、PNIAA3和PNIAA4。RT-PCR对表达模式的研究显示,四个基因在花生各组织中为组成型表... Aux/IAA基因能够在生长素诱导的早期做出响应。本研究通过筛选花生未成熟种子的cDNA文库,分离并获得了4个可能的Aux/IAA基因,分别命名为PNIAA1、PNIAA2、PNIAA3和PNIAA4。RT-PCR对表达模式的研究显示,四个基因在花生各组织中为组成型表达,且具有不同的时空表达模式和特征,PNIAA1、PNIAA2和PNIAA4主要在叶中表达,而PNIAA3在种子中表达量较高,推测其可能在种子发育过程中行使功能;IAA对花生诱导表达模式分析显示,四个基因经IAA诱导后在根部的表达模式均有变化,其中PNIAA1、PNIAA2和PNIAA3能被生长素迅速诱导。 展开更多

关键词 花生 生长素原初响应基因 aux IAA 表达模式

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