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题名鱼类环境DNA保存条件的比较研究
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作者
刘洋
应方
杨俊
王焕英
洪文杰
王庭璋
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机构
浙江天科高新技术发展有限公司浙江省微生物技术与生物信息研究重点实验室
浙江省杭州生态环境监测中心
杭州市西湖水域管理处
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出处
《生物学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第3期114-120,共7页
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基金
国家重点研发计划项目(2022YFE0128600)
杭州市农业与社会发展科研引导项目(20220919Y182)。
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文摘
为探索环境水样中鱼类DNA的最佳保存方法和保存时间,选取饲养鱼的水样为研究对象,在无核酸污染的环境中,采用0.45μm孔径滤膜对相同体积的水样进行预处理,并对富集环境DNA(eDNA)的滤膜进行不同保存方法和不同保存时间捕获的eDNA质量、鱼类12S rRNA基因文库浓度、基于ASVs方法的鱼类12S rRNA扩增子测序结果的比较研究。研究结果显示:-20℃冷冻、-80℃冷冻、无水乙醇-常温、75%乙醇-常温、Longmire’s保存液-常温以及TK保存液-常温等6种保存方法捕获的eDNA效果最好的是TK保存液-常温,其次为冷冻保存(-20℃、-80℃)。-20℃冷冻、-80℃冷冻和TK保存液-常温等3种保存方法在同一保存时间下具有良好的稳定性,且在保存时间2周内的测试条件下,也能稳定保存滤膜,最大程度还原水样中鱼类的遗传信息。研究对eDNA样本最佳保存条件的探索,将为第三方基因检测实验室对鱼类eDNA保存策略提供技术基础,便于eDNA宏条形码技术的开展。
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关键词
EDNA
保存条件
DNA提取
扩增子测序
asvs方法
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Keywords
environmental DNA
preservation conditions
DNA extraction
amplicon sequencing
available amplicon sequence variant method
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分类号
Q78
[生物学—分子生物学]
Q958.8
[生物学—动物学]
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