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半夏ARF转录因子家族的全基因组鉴定及生物信息学分析
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作者 朱志炎 张德清 +2 位作者 周厚英 何勇 田志宏 《江苏农业学报》 北大核心 2025年第6期1095-1106,共12页
半夏(Pinellia ternate)是一种重要的药用植物,其在生长过程中对光照和温度极为敏感,易发生倒苗现象,导致产量降低。本研究基于国家生物信息中心发布的半夏基因组数据,鉴定出25个PtARF家族成员,并通过系统进化分析将其划分为4个亚族。... 半夏(Pinellia ternate)是一种重要的药用植物,其在生长过程中对光照和温度极为敏感,易发生倒苗现象,导致产量降低。本研究基于国家生物信息中心发布的半夏基因组数据,鉴定出25个PtARF家族成员,并通过系统进化分析将其划分为4个亚族。蛋白质理化性质分析结果表明,半夏PtARF均为亲水性不稳定蛋白,大部分PtARF定位于细胞核中。蛋白质三级结构预测结果显示,亲缘关系较近的PtARF家族成员的三级结构高度相似,表明部分PtARF可能存在功能冗余。系统进化分析和共线性分析结果表明,半夏和水稻的ARF基因亲缘关系较近。半夏ARF家族基因启动子区域中,数量最多的顺式作用元件为生物及非生物胁迫响应元件,其次是植物激素响应元件,植物生长与发育响应元件数量最少。这一结果表明,PtARF可能广泛参与半夏对逆境胁迫的响应。进一步的研究结果表明,PtARF能够响应弱光胁迫和高温胁迫,可能参与半夏倒苗和块茎发育的调控。本研究为半夏抗逆育种及栽培技术优化提供了重要的理论依据。 展开更多
关键词 半夏 arf转录因子家族 倒苗 生物信息学
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杜鹃花ARFs转录因子RmARFgn的克隆和生物信息学分析 被引量:1
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作者 李菲 《种子科技》 2017年第7期53-54,共2页
生长素是重要的植物激素,参与调控植物生长、发育和器官分化等几乎所有生理过程。生长素响应因子家族是生长素发挥调控功能的重要基因,在生长素信号传导过程中起重要的作用。从百里杜鹃景区广泛种植的高山杜鹃中克隆了一个ARF类转录因... 生长素是重要的植物激素,参与调控植物生长、发育和器官分化等几乎所有生理过程。生长素响应因子家族是生长素发挥调控功能的重要基因,在生长素信号传导过程中起重要的作用。从百里杜鹃景区广泛种植的高山杜鹃中克隆了一个ARF类转录因子基因,命名为RmARFgn。该基因编码蛋白含700个氨基酸,与水稻生长素早期响应基因OsARF1高度相似。通过调控RmARFgn基因在杜鹃花内的表达,可以控制杜鹃花的花期和器官形态。该研究为杜鹃花的发育调控打下了基础。 展开更多
关键词 杜鹃花 花器官 arf转录因子
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狗尾草ARF基因家族的鉴定与表达分析 被引量:1
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作者 王其昕 张凌馨 +1 位作者 钟妮娜 熊王丹 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期227-235,共9页
【目的】生长素响应因子ARF(auxin response factor)可以调控生长素响应基因的表达,在植物生长发育中发挥着重要作用。从狗尾草全基因组范围内鉴定出SvARF基因家族成员,分析相关基因表达特征,为后续深入研究其与狗尾草生长发育的关系提... 【目的】生长素响应因子ARF(auxin response factor)可以调控生长素响应基因的表达,在植物生长发育中发挥着重要作用。从狗尾草全基因组范围内鉴定出SvARF基因家族成员,分析相关基因表达特征,为后续深入研究其与狗尾草生长发育的关系提供支撑。【方法】利用生物信息学方法从狗尾草基因组中鉴定了ARF转录因子成员,分析其系统进化、染色体定位和基因结构等情况。利用RT-qPCR(quantitative real-time polymerase chain reaction)分析该家族成员在生长素类除草剂2,4-D异辛酯处理后的表达响应情况。【结果】共鉴定到24个狗尾草SvARF基因家族成员,可分成4个亚家族,同一亚家族SvARF基因的结构相似且基因表达模式相近。不同SvARF基因的表达模式存在差异,且有组织特异性,III亚家族的SvARF基因在根茎分蘖处的表达量均较高。2,4-D异辛酯处理后,有9个SvARF基因的相对表达量发生显著变化,其中SvARF5、SvARF6、SvARF9、SvARF10、SvARF17和SvARF18表达量显著上调,SvARF14、SvARF22和SvARF24表达量显著下调。【结论】狗尾草SvARF基因家族有24个成员。生长素类除草剂影响SvARF基因的表达,暗示SvARF基因在抑制狗尾草植株分蘖中发挥重要作用。 展开更多
关键词 arf转录因子 狗尾草 系统进化 结构特征 表达分析 分蘖 2 4-D异辛酯
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桑树ARF基因家族的鉴定与表达分析 被引量:2
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作者 刘江 黄盖群 +9 位作者 代洁 曾益春 危玲 姚永权 佟万红 唐清霞 郑继川 李永远 莫西 刘刚 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期193-200,共8页
生长素响应因子(auxin response factor,ARF)是真核生物中普遍存在的转录因子之一,主要调控生长素应答基因的表达,与植物的生长发育和信号转导等多个生理过程密切相关。从桑树基因组数据库中共鉴定了16个ARF基因家族成员。理化性质分析... 生长素响应因子(auxin response factor,ARF)是真核生物中普遍存在的转录因子之一,主要调控生长素应答基因的表达,与植物的生长发育和信号转导等多个生理过程密切相关。从桑树基因组数据库中共鉴定了16个ARF基因家族成员。理化性质分析表明桑树ARF蛋白的氨基酸个数为606~1144,分子质量为67.35~127.75 kD,等电点为4.86~8.37,大部分表现为酸性且都为亲水蛋白。根据系统发育及蛋白质结构分析,可将桑树ARF成员分为4个亚家族,同一亚族中的成员具有相同保守基序及类似基因结构,ARF蛋白至少具备B3、Auxin_resp、AUX_IAA等结构域中的一种;表达模式分析表明,ARF基因在桑树的根、桑皮、叶、芽、花等组织中的时空表达存在显著差异,在芽中呈现较高的表达,这可能与桑树芽器官的细胞分化程度大密切相关;MnARF9、MnARF10、MnARF11、MnARF12、MnARF15和MnARF16等6个基因在桑芽不同发育阶段的转录水平呈逐渐下调趋势,表明这些基因可能在桑芽前期的生长发育和细胞分化等生理反应中发挥作用。上述结果为后续桑树ARF家族基因的功能和进化分析以及桑树分子育种及良种选育等研究工作提供了一定的理论基础。 展开更多
关键词 桑树 arf转录因子 生物信息学 基因表达
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