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80份香稻材料BADH2香味基因变异类型分析及稻瘟病抗性基因检测 被引量:1
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作者 李虎 吴子帅 +3 位作者 刘广林 陈传华 罗群昌 朱其南 《中国稻米》 北大核心 2025年第1期35-43,53,共10页
应用目前已经开发的6个香味基因变异类型功能标记及5个稻瘟病广谱抗性基因功能标记检测80份香稻材料的Badh2香味基因变异类型及稻瘟病抗性基因,同时统计供试材料中的审定品种在本省水稻区试中稻瘟病鉴定结果,并鉴定了香味及稻瘟病表型... 应用目前已经开发的6个香味基因变异类型功能标记及5个稻瘟病广谱抗性基因功能标记检测80份香稻材料的Badh2香味基因变异类型及稻瘟病抗性基因,同时统计供试材料中的审定品种在本省水稻区试中稻瘟病鉴定结果,并鉴定了香味及稻瘟病表型。结果表明,80份香稻材料均具有香味,其中第4~第5外显子803 bp缺失突变类型7份(占比8.75%),同时含有5'UTR区3 bp缺失及第7外显子8 bp缺失和3 bp突变2种变异类型材料4份(占比5.00%),其他69份为第7外显子8 bp缺失和3 bp突变的变异类型(占比86.25%)。80份香稻材料中含Pita、Pi2、Pi9、Pigm、Pi1抗性基因的材料分别为57份(占比71.25%)、12份(占比15.00%)、4份(占比5.00%)、1份(占比1.25%)和1份(占比1.25%);同时含Pi2、Pita的材料有9份(占比11.25%),同时含Pigm、Pita的材料1份(占比1.25%),同时含Pi1、Pita的材料1份(占比1.25%)。同时携带2个抗性基因的材料表现抗病的比例高于只携带1个抗性基因及不携带抗性基因的材料。研究结果为香稻材料的应用及抗稻瘟病基因聚合、分子标记辅助育种提供依据。 展开更多
关键词 香稻 香味基因 稻瘟病抗性基因
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线纹尖塘鳢性别相关的2个dmrt基因结构特征及表达规律 被引量:1
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作者 樊佳佳 马冬梅 +3 位作者 朱华平 林明辉 钟再选 田园园 《渔业科学进展》 北大核心 2025年第1期93-104,共12页
线纹尖塘鳢(Oxyeleotris lineolata)具有典型性别生长二态性,雄鱼生长优势显著,doublesex and mab-3 related transcription factor(DMRT)家族是一个与性别决定相关的转录因子家族。基于线纹尖塘鳢性腺转录组数据,共获得2个dmrt基因的c... 线纹尖塘鳢(Oxyeleotris lineolata)具有典型性别生长二态性,雄鱼生长优势显著,doublesex and mab-3 related transcription factor(DMRT)家族是一个与性别决定相关的转录因子家族。基于线纹尖塘鳢性腺转录组数据,共获得2个dmrt基因的cDNA序列,分别命名为Oxldmrt1和Oxldmrt3,并采用PCR技术扩增验证2个基因的cDNA序列。运用生物信息学方法分析2个基因序列结构特征,结果显示,Oxldmrt1和Oxldmrt3开放阅读框分别为903 bp和1363 bp,分别编码300个氨基酸和453个氨基酸;OxlDMRT1属于碱性蛋白,而OxlDMRT3属于酸性蛋白;2个基因均含有高度保守的DM结构域,OxlDMRT3还存在DMA结构域。氨基酸聚类分析显示,脊椎动物不同DMRT家族都是独立聚类,OxlDMRT1属于DMRT1家族,OxlDMRT3属于DMRT3家族,DMRT1家族最先聚类,再和DMRT3家族聚类。利用实时荧光定量PCR技术(real-time quantitative PCR,RT-qPCR)分析2个dmrt基因在雌鱼和雄鱼8个组织的表达水平,结果显示,2个基因在精巢中的表达量均显著高于其他组织(P<0.01),Oxldmrt3在脑中也有少量表达;利用RT-qPCR分析2个dmrt基因在早期不同发育时期的表达谱,显示2个基因在受精卵中的表达量均最高,Oxldmrt1在眼囊期的表达量最低,而Oxldmrt3在出膜7 d时的表达量最低。利用荧光原位杂交(fluorescencein situhybridization,FISH)对2个基因在精巢中的表达进行定位,显示2个基因在精巢中表达部位一致,均在精原细胞中有较强的表达信号。综上所述,Oxldmrt1和Oxldmrt3均在线纹尖塘鳢性腺胚胎发育阶段和精巢发育过程中起调节作用,而Oxldmrt1还可能参与胚胎后期性别决定和性别分化调控过程,Oxldmrt3还可能参与神经系统发育。本研究为线纹尖塘鳢性别决定与性别分化相关的分子机制研究提供了参考。 展开更多
关键词 线纹尖塘鳢 Oxldmrt1 Oxldmrt3 基因结构 基因表达 荧光原位杂交
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木本植物AGAMOUS-like直系同源基因研究进展
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作者 周开颜 徐思远 +2 位作者 吴秋亭 石雨 徐启江 《林业科技》 2018年第6期26-30,共5页
决定拟南芥花器官发育的关键调节因子AGAMOUS (AG)控制生殖器官的形成和分生组织决定性,与性别分化、开花结果等过程密切相关。然而,尽管对模式植物和一些重要经济植物的AG类基因已有深入研究,但关于木本植物直系同源基因研究还有待拓... 决定拟南芥花器官发育的关键调节因子AGAMOUS (AG)控制生殖器官的形成和分生组织决定性,与性别分化、开花结果等过程密切相关。然而,尽管对模式植物和一些重要经济植物的AG类基因已有深入研究,但关于木本植物直系同源基因研究还有待拓展。深入探究AG基因在木本植物花发育进程中的调控机制对于林木遗传育种具有重要的指导意义。本文重点阐述了木本植物AG-like同源基因的系统进化和表达模式,并对需深入研究的方向进行了探讨。 展开更多
关键词 agamous-like基因 木本植物 花发育 直系同源基因
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新疆冬小麦种质资源粒重基因的分布与育种适用性分析 被引量:1
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作者 曹俊梅 周安定 +3 位作者 刘娜 哈力旦·依克热木 张新忠 刘联正 《麦类作物学报》 CAS 北大核心 2025年第1期37-44,共8页
小麦粒重是重要的产量构成因素之一,也是受遗传因素影响的数量性状。为了解粒重基因在新疆小麦的分布及相关分子标记在育种上的适用性,以253份新疆冬小麦品种为试验材料,利用KASP(竞争性等位基因特异性PCR)标记进行基因型检测,并与2个... 小麦粒重是重要的产量构成因素之一,也是受遗传因素影响的数量性状。为了解粒重基因在新疆小麦的分布及相关分子标记在育种上的适用性,以253份新疆冬小麦品种为试验材料,利用KASP(竞争性等位基因特异性PCR)标记进行基因型检测,并与2个年份的株高、穗长、穗粒数、千粒重、粒长、粒宽等育种选择性状进行关联分析。结果表明,优异等位基因TaSus1-7A-Hap1、TaCwi-A1b、TaTGW-7Aa、TaGS5-A1b、TaGS2-A1b、TaGS-D1a、TaSus2-2B-HapH、TaTGW6-A1a、TaGW2-6B-Hap3和TaSus2-2A-HapA在参试材料的分布频率分别为100%、100%、84.98%、56.92%、51.78%、39.13%、33.20%、11.07%、3.16%和1.58%;14对等位基因在参试材料中共出现118种组合;标记GS5-2334-SNP、TaGS2-A1-239IND2、TGW7-986-SNP和GW2-6B-721SNP可应用于小麦粒重的辅助选择;被检测标记的连锁基因均与1个或1个以上育种性状显著相关;GS5-2334-SNP连锁基因TaGS5-A1对粒宽的效应达36.65%,对千粒重效应次之(27.76%),GS5-2334-SNP连锁基因TaGS5-A1对株高和穗粒重、GW2-6B-721SNP连锁基因TaGW2-6B和TGW7-986-SNP连锁基因TaTGW7对粒长、Sus2-2A-20SNP连锁基因TaSus2-2A对穗粒重、千粒重和粒宽的效应均达到10%以上。本研究结果可为分子标记辅助育种奠定基础。 展开更多
关键词 新疆 小麦 粒重 KASP 基因分布 育种适用性
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基于基因及蛋白组学技术探讨HIV/AIDS湿热证的作用机制 被引量:1
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作者 王娟 张淼 +3 位作者 刘飒 马素娜 张海燕 许前磊 《中华中医药学刊》 北大核心 2025年第2期72-75,I0028,共5页
目的探索艾滋病湿热证分子机制。方法通过Agilent基因表达谱芯片及iTRAQ-MS技术对艾滋病湿热证患者进行基因组学及蛋白组学检测,以比值改变≥1.15或≤0.87,P<0.05为标准共鉴定出人类免疫缺陷病毒(HIV)/艾滋病(AIDS)湿热证差异表达基... 目的探索艾滋病湿热证分子机制。方法通过Agilent基因表达谱芯片及iTRAQ-MS技术对艾滋病湿热证患者进行基因组学及蛋白组学检测,以比值改变≥1.15或≤0.87,P<0.05为标准共鉴定出人类免疫缺陷病毒(HIV)/艾滋病(AIDS)湿热证差异表达基因20个,差异表达蛋白22个。结果HIV/AIDS湿热证与健康对照组比较,趋化因子受体4(CXCR4)、核转录因子-κB抑制因子(NFκBIA)、Tribbles同源蛋白1(TRIB1)等基因表达增加,趋化因子受体1(CX3CR1)表达降低;血清中载脂蛋白A-Ⅱ(APOA-Ⅱ)、C反应蛋白(CPR)、血小板因子4(PF4)、AAT蛋白表达增多,补体因子B(CFB)、Gelsolin表达降低。结论HIV/AIDS湿热证与炎症反应密切相关,HIV/AIDS湿热证有其特定的分子生物学基础,为中医药客观化和标准化研究提供了方法和依据。 展开更多
关键词 艾滋病 湿热证 免疫基因
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大豆FAR1/FHY3基因家族鉴定与表达分析 被引量:1
6
作者 唐晓飞 薛永国 +6 位作者 曹旦 孙建强 刘琦 朱梓菲 栾晓燕 王秀君 刘鑫磊 《大豆科学》 北大核心 2025年第2期40-52,共13页
FAR1/FHY3转录因子家族是光敏色素A(phyA)介导的远红光信号传导的重要因子,在植物生长发育、光信号转导、植物激素反应和抗逆性中发挥重要作用。为了探究大豆FAR1/FHY3基因家族的进化和功能,本研究采用生物信息学方法对大豆中的FAR1/FHY... FAR1/FHY3转录因子家族是光敏色素A(phyA)介导的远红光信号传导的重要因子,在植物生长发育、光信号转导、植物激素反应和抗逆性中发挥重要作用。为了探究大豆FAR1/FHY3基因家族的进化和功能,本研究采用生物信息学方法对大豆中的FAR1/FHY3基因进行全基因组鉴定,对该基因家族的编码蛋白特征、系统发育关系、基因结构、染色体位置、启动子顺式元件以及基因表达模式进行分析。结果表明:在大豆中共鉴定出72个FAR1/FHY3成员,分布在19条染色体上。系统发育分析将其与拟南芥和玉米的FRS蛋白分为5个亚组,保守蛋白质基序和基因结构分析说明蛋白质之间存在进化关系。共线性分析鉴定表明,共有24对基因存在共线性关系。对启动子中的顺式作用元件以及大豆FAR1/FHY3在不同胁迫处理下的表达谱的分析表明,FAR1/FHY3可能在逆境胁迫反应中具有潜在作用。对低温胁迫下表达量差异显著的6个家族成员(A.Glyma.09G012900;B.Glyma.11g088700;C.Glyma.12g052000;D.Glyma.13g211200;E.Glyma.15g125400;F.Glyma.20G156100)进行qRT-PCR分析表明,其表达情况与转录组分析的结果一致。本研究结果可为进一步解析大豆FAR1/FHY3在大豆生长发育及胁迫应答中的功能奠定理论基础。 展开更多
关键词 大豆 FAR1/FHY3 基因家族 表达模式
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干旱胁迫对旱地冬小麦产量及其抗旱相关基因表达的影响 被引量:1
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作者 杨虓 陈德来 +3 位作者 刘自成 李静 施万喜 孟建军 《干旱地区农业研究》 北大核心 2025年第1期69-75,共7页
为研究陇东旱地育成冬小麦品系的抗旱性与抗旱功能基因的关系,以6个旱地冬小麦新品系为试验材料,于2021—2022年、2022—2023年2个生长季在陇东学院西峰旱作农业试验站设置雨养无灌溉(CK)、旱棚防雨(干旱胁迫)和调控灌溉3个水分处理,测... 为研究陇东旱地育成冬小麦品系的抗旱性与抗旱功能基因的关系,以6个旱地冬小麦新品系为试验材料,于2021—2022年、2022—2023年2个生长季在陇东学院西峰旱作农业试验站设置雨养无灌溉(CK)、旱棚防雨(干旱胁迫)和调控灌溉3个水分处理,测定各品系冬小麦产量,评价其抗旱性,并分析了抗旱相关功能基因的相对表达量。结果表明,在水分胁迫和供水充足(含水量为70%田间持水量)情况下,6个小麦品系产量差值变化不一致,品系C(‘1576-2-0-2’)和品系D(‘15119-1-0-2’)两年试验结果的差值均最小,其余4个品系差值均超过平均差值。由雨养无灌溉试验结果可知,2022年为大旱年份,品系C、D的产量在6个供试品系中分别位居第1和第3,抗旱系数分别为0.89和1.02;2023年为相对丰水年,品系C、D的抗旱系数分别为0.77和1.12,说明这两个品系对气候异常不敏感,抗旱性良好。通过荧光定量PCR技术分析6个小麦品系在灌浆期干旱胁迫下旗叶中的相对表达量,结果显示TaCRT-D基因在6个品系中的表达水平最高,Wdreb2、XTH-7A、WIip19、TaCRT-D在品系C、D中的表达量高于其他品系。田间试验结果与PEG-6000高渗溶液模拟发芽期和苗期干旱胁迫的鉴定结果相一致,表明6个品系中‘1576-2-0-2’和‘15119-1-0-2’品系抗旱性强,且干旱胁迫下灌浆期旗叶中抗旱功能基因TaCRT-D的表达量可以作为冬小麦早期世代抗旱选择参考指标。 展开更多
关键词 旱地冬小麦 早期世代 干旱胁迫 抗旱基因 育种筛选
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基于AHP层次分析法的盘龙城遗址文化基因提取及信息图表设计研究 被引量:2
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作者 张姝 罗静懿 《包装工程》 北大核心 2025年第2期251-260,共10页
目的 旨在依托文化基因理念,探究物质文化遗产的传播方式,助力盘龙城遗址活态化传承,增强人们对盘龙城遗址的关注度与认同感。方法 通过探究文化基因的定义、研究综述与分类方式,以“十四五”时期确定的湖北省武汉市盘龙城遗址为例,提... 目的 旨在依托文化基因理念,探究物质文化遗产的传播方式,助力盘龙城遗址活态化传承,增强人们对盘龙城遗址的关注度与认同感。方法 通过探究文化基因的定义、研究综述与分类方式,以“十四五”时期确定的湖北省武汉市盘龙城遗址为例,提取盘龙城遗址的文化基因,构建盘龙城文化基因谱系图,采用AHP层次分析法进行文化基因评价。结果 运用文化基因理论有效实现了盘龙城遗址文化基因的提取与评价,为盘龙城遗址信息图表设计提供依据。结论 所提出的文化基因提取方法和信息图表设计能够帮助公众快速了解遗址并参与到遗址文化的传承中去。二者结合不仅为其他遗址的传播与推广提供了借鉴,也对未来文化遗产推广的发展方向提出展望。 展开更多
关键词 文化基因 盘龙城遗址 文化基因提取 AHP层次分析法 信息图表设计
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小麦籽粒色泽性状的全基因组关联分析及候选基因挖掘 被引量:1
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作者 董中东 井震海 +2 位作者 裴丹 孙丛苇 陈锋 《植物遗传资源学报》 北大核心 2025年第4期784-796,共13页
小麦籽粒色泽性状亮度(L~*)、红度(a~*)和黄度(b~*)是小麦品质的重要指标。为挖掘调控小麦籽粒色泽相关性状的遗传位点,对黄淮麦区243份小麦材料组成的自然群体进行了4个环境下籽粒色泽性状表型调查,群体基因型信息由小麦660K SNP芯片表... 小麦籽粒色泽性状亮度(L~*)、红度(a~*)和黄度(b~*)是小麦品质的重要指标。为挖掘调控小麦籽粒色泽相关性状的遗传位点,对黄淮麦区243份小麦材料组成的自然群体进行了4个环境下籽粒色泽性状表型调查,群体基因型信息由小麦660K SNP芯片表征,并在此基础上进行了全基因组关联分析。结果表明,与籽粒色泽关联的显著SNP位点共有785个,可解释11.4%~23.4%的表型变异,其中与L~*关联的SNP位点主要分布在1A、1D、2B、3D、7A和7D染色体上,与a~*关联的SNP位点主要分布在2A、2B、2D、4B、5B、5D、7A和7D染色体上,与b~*关联的SNP位点主要分布在2B、5B、5D、6D、7A、7B和7D染色体上。51个显著SNP位点为一因多效位点。通过基因功能注释挖掘到了36个和籽粒色泽相关的候选基因,其中仅8个基因在籽粒中表达。进一步通过基因多态性分析发现仅有小麦硬度调控基因Pinb(TraesCS5D02G004300)和UDP-葡萄糖/GDP-甘露糖脱氢酶基因TraesCS5B02G399800与目标性状显著关联。单倍型分析挖掘到位于TraesCS5B02G399800基因内部的差异单倍型与b~*显著关联。本研究挖掘到的候选基因对小麦籽粒色泽的分子标记辅助选择和全基因组预测提供了参考。 展开更多
关键词 小麦 籽粒色泽 基因组关联分析
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基因工程人血清白蛋白的研发与应用 被引量:1
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作者 高沿航 牛俊奇 《临床肝胆病杂志》 北大核心 2025年第3期415-419,共5页
人血清白蛋白(HSA)是血浆中最丰富的蛋白质,具有多种生物学功能及临床用途。易于储存、半衰期长且充足、稳定的功能性HSA分子供应,一直是未被满足的临床需求,因此,亟需开发大规模生产HSA的替代方法。基因工程技术可将HSA基因克隆到微生... 人血清白蛋白(HSA)是血浆中最丰富的蛋白质,具有多种生物学功能及临床用途。易于储存、半衰期长且充足、稳定的功能性HSA分子供应,一直是未被满足的临床需求,因此,亟需开发大规模生产HSA的替代方法。基因工程技术可将HSA基因克隆到微生物、动物、植物宿主上进行高效表达,为HSA的大规模生产提供了新的可能。本文通过对重组HSA(rHSA)在不同表达系统以及利用异种动物如猪、牛等生产rHSA的研究进展进行综述,以期引发对基因工程技术在HSA生产中的应用潜力以及rHSA在未来生物医药领域重要性的关注。 展开更多
关键词 人血清白蛋白 肝疾病 基因工程
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南瓜果胶含量的全基因组关联分析与候选基因预测
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作者 陶鹏 丁小雅 +5 位作者 岳智臣 赵彦婷 雷娟利 胡齐赞 臧运祥 李必元 《浙江农业学报》 北大核心 2025年第6期1244-1251,共8页
为探究南瓜果胶含量的遗传调控机制,挖掘关键基因,为南瓜口感品质的遗传改良提供理论依据,该研究采用硫酸-咔唑比色法测定208份南瓜种质资源果肉的果胶含量,利用果胶含量数据与重测序获得的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphi... 为探究南瓜果胶含量的遗传调控机制,挖掘关键基因,为南瓜口感品质的遗传改良提供理论依据,该研究采用硫酸-咔唑比色法测定208份南瓜种质资源果肉的果胶含量,利用果胶含量数据与重测序获得的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)进行全基因组关联分析(genome-wide association study, GWAS),对显著关联区间进行候选基因筛选与功能注释。结果显示,南瓜果胶含量呈正态分布,在南瓜2、4、12、20号染色体上共获得了21个与南瓜果胶含量显著关联的SNP位点,其中有13个位于2号染色体8330664~8436445区间。筛选获得40个候选基因,其中3个基因(基因号为CmoCh02G014160、CmoCh02G014170、CmoCh02G014260)涉及糖代谢通路。这3个候选基因在南瓜种质资源中存在着大量的SNP和InDel变异,并且在南瓜果实中均有表达,可能参与南瓜果实中果胶的合成。该研究结果可以为优化南瓜果胶含量,改良南瓜品质提供新的标记与候选基因。 展开更多
关键词 南瓜 果胶 基因组关联分析 基因 糖代谢
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急性髓系白血病患者基因突变特征及预后生存分析 被引量:1
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作者 何苗 田红娟 +4 位作者 毛东锋 赵霄晨 张姝婷 赵芳卿 吴涛 《中国实验血液学杂志》 北大核心 2025年第3期691-697,共7页
目的:对初诊急性髓系白血病(AML)患者进行二代测序基因检测分析,探讨AML患者的基因突变特点及生存时间。方法:回顾性分析2018年1月至2022年5月本院收治的92例初诊AML(非APL)患者的临床资料。基于二代测序进行AML相关基因检测,分析AML患... 目的:对初诊急性髓系白血病(AML)患者进行二代测序基因检测分析,探讨AML患者的基因突变特点及生存时间。方法:回顾性分析2018年1月至2022年5月本院收治的92例初诊AML(非APL)患者的临床资料。基于二代测序进行AML相关基因检测,分析AML患者的基因突变特点及生存时间。结果:92例患者中,男性41例,女性51例。共检测到38种基因突变。62例患者至少携带1个基因突变,30例患者未检测到基因突变。14例预后良好组患者基因突变频率较高的为NRAS、KIT(21.43%,n=3),KRAS(14.29%,n=2);64例预后中等患者基因突变频率较高的为DNMT3A(18.75%,n=12)、NPM1(17.19%,n=11)、IDH2、FLT3-ITD、CEBPA(12.50%,n=8)、TET2(10.94%,n=7);14例预后不良组患者基因突变频率较高的为ASXL1、TP53、EZH2、NRAS(14.29%,n=2)。经统计学分析发现,KIT在中危组中变异相对热点,DNMT3A在高危组的变异相对热点(P<0.05)。将在不同预后组中突变率较高的基因NRAS、KIT、IDH2、DNMT3A、NPM1、FLT3-ITD与预后进行相关性分析,发现KIT是影响患者OS的因素(P<0.05),其余均未见显著性差异(P>0.05)。结论:AML患者基因突变频率较高,本研究中67.4%的患者至少携带1个基因突变,不同基因在不同的染色体核型患者中突变频率不一致,存在明显的优势突变,并且KIT、DNMT3A可以作为评估预后的因素之一。 展开更多
关键词 急性髓系白血病 突变基因 二代测序 预后
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鸡生长性状相关SH3RF2、LncFAM及IGF2BP1基因SV变异的聚合效应分析
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作者 刘阳 马浩翔 +9 位作者 王文韬 刘树立 唐燕飞 蒋华连 苏立燧 韩瑞丽 刘小军 田亚东 王香南 李转见 《中国家禽》 北大核心 2025年第1期8-14,共7页
试验旨在对生长性状大效应基因SH3RF2、LncFAM及IGF2BP1的3个突变位点进行聚合效应分析,选出最优组合基因型。试验以鸡7个群体(固始-安卡F2代资源种群、AA肉鸡、哈伯德肉鸡、科宝肉鸡、817肉鸡、广西金陵麻鸡和卢氏绿壳蛋鸡)中的2228个... 试验旨在对生长性状大效应基因SH3RF2、LncFAM及IGF2BP1的3个突变位点进行聚合效应分析,选出最优组合基因型。试验以鸡7个群体(固始-安卡F2代资源种群、AA肉鸡、哈伯德肉鸡、科宝肉鸡、817肉鸡、广西金陵麻鸡和卢氏绿壳蛋鸡)中的2228个个体为研究对象,检测三个基因位点的基因型变异,利用F2资源群和广西金陵麻鸡研究鸡SH3RF2、LncFAM及IGF2BP1基因的遗传效应,对三个基因组合位点的聚合效应进行分析。结果显示:在分析群体中共有54种可能的组合基因型,通过基因型频率和生长性状关联分析发现,在7个群体中,等位基因Sh-I、Lnc-I和Ig-L1的频率均明显高于Sh-D、Lnc-D、Ig-L2及Ig-W;在F2资源群体和广西金陵麻鸡中,IIIIL1L1基因型在三个基因聚合效应中具有较高的基因频率和较高的体重。结果表明,在提高生长性状方面,IIIIL1L1基因型既能提高体重,又有较高的基因型频率,可以作为选择推荐联合标记。 展开更多
关键词 生长性状 SH3RF2基因 LncFAM基因 IGF2BP1基因 聚合效应 关联分析
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遗传性痉挛性截瘫家系的临床表现与致病基因分析
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作者 张钏 惠玲 +6 位作者 周秉博 郑雷 王玉佩 田芯瑗 马盼盼 郝胜菊 达振强 《中国神经精神疾病杂志》 北大核心 2025年第3期129-134,共6页
目的对3个遗传性痉挛性截瘫(hereditary spastic paraplegia,HSP)患者家系的临床表现及致病基因进行分析。方法对甘肃省妇幼保健院(甘肃省中心医院)收集的3个HSP患者家系进行基因分析。结果家系1中先证者为FA2H c.159_176delGGCGGGCCAGG... 目的对3个遗传性痉挛性截瘫(hereditary spastic paraplegia,HSP)患者家系的临床表现及致病基因进行分析。方法对甘肃省妇幼保健院(甘肃省中心医院)收集的3个HSP患者家系进行基因分析。结果家系1中先证者为FA2H c.159_176delGGCGGGCCAGGACATCAG(p.Arg53_Ser59delinsSer)纯合变异导致的常染色体隐性痉挛性截瘫35型,家系2中的先证者为AP4B1 c.1399G>T(p.Glu467Ter)纯合变异导致的常染色体隐性痉挛性截瘫47型,家系3中先证者为SPG11 c.7023C>G(p.Tyr2341Ter)的纯合变异导致的常染色体隐性痉挛性截瘫11型。其中,AP4B1 c.1399G>T(p.Glu467Ter)位点为尚未报告的变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会(American College of Medical Genetics and Genomics,ACMG)指南,该变异的致病性评级为致病性变异。结论本研究丰富了HSP致病基因AP4B1的变异谱,为提高临床对HSP患者的认识与诊断能力提供了基础性数据。 展开更多
关键词 遗传性痉挛性截瘫 基因变异 基因诊断 干预治疗 临床诊断 常染色体隐性 FA2H基因 AP4B1基因 SPG11基因
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基于GEO数据库筛选结核病关键基因及信号通路的研究
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作者 石洁 常文静 +6 位作者 郑丹薇 苏茹月 马晓光 朱岩昆 王少华 孙建伟 孙定勇 《中国防痨杂志》 北大核心 2025年第6期769-778,共10页
目的:利用生物信息学方法鉴定结核病表达差异基因及相关信号通路,以发现可用于结核病诊断的生物标志物。方法:从高通量基因表达数据库(GEO)中搜索结核病患者样本及健康人群的基因表达芯片数据集,下载GSE139825基因芯片微阵列数据集作为... 目的:利用生物信息学方法鉴定结核病表达差异基因及相关信号通路,以发现可用于结核病诊断的生物标志物。方法:从高通量基因表达数据库(GEO)中搜索结核病患者样本及健康人群的基因表达芯片数据集,下载GSE139825基因芯片微阵列数据集作为分析数据集,使用R语言中的limma包对测序数据进行标准化校正和鉴定差异基因(DEGs),使用clusterProfiler包进行基因本体论(GO)及京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路分析。使用STRING在线数据库进行差异基因的蛋白互作网络(PPI)分析并用Cytoscape软件进行可视化和筛选核心基因。下载GSE19439基因芯片微阵列数据集作为表达差异的核心基因的验证数据集,同时使用酶联免疫吸附试验验证候选生物标记物,并使用受试者工作特征曲线下面积(AUC)评估其诊断能力。结果:通过分析GSE139825数据库共筛选出206个差异基因,其中172个基因表达上调,34个基因表达下调,其中,下调50%以上的基因有PDK4和CABLES1,上调8倍以上的有IL1B、LOC728835、CXCL10和IL8。GO和KEGG分析表明,差异基因的生物过程主要集中在细胞因子介导的信号通路、白细胞细胞间黏附、对脂多糖的应答反应等方面,主要发挥细胞因子受体结合、细胞因子的活性等分子功能,并在细胞因子之间的相互作用、TNF信号通路、结核病相关通路等信号通路上富集显著。PPI分析鉴定出10个核心基因,分别为IL1B、TNF、IL6、IL1A、CCL20、CXCL1、CXCL10、CXCL8、CCL3和CCR7。通过GSE19439验证数据集分析,发现10个核心基因中CXCL10和IL1B同样表达上调;酶联免疫吸附实验验证也发现健康对照和结核病患者的CXCL10蛋白的ELISA平均值分别为0.570和0.827,IL1B蛋白分别为1.245和2.067,差异均有统计学意义(t=25.353,P<0.001;t=11.840,P=0.002);logistic回归模型分析显示,CXCL10和IL1B在区分健康组和结核病组方面均表现良好(AUC CXCL10=0.854,AUC IL1B=0.818)。结论:研究揭示了结核病发病相关基因间的相关作用,发现CXCL10和IL1B均能较好的区分健康对照和结核病患者,可作为新型结核病诊断的生物标志物。 展开更多
关键词 结核 基因组文库 数据挖掘 表达基因 生物学标记
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产蛋白酶芽孢杆菌的筛选鉴定、生长特性及全基因组分析
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作者 车建美 王阶平 +3 位作者 郑雪芳 陈燕萍 陈冰星 刘波 《中国饲料》 北大核心 2025年第17期34-45,共12页
本研究通过产蛋白酶培养基筛选具有产蛋白酶能力的芽孢杆菌并进行菌株鉴定;利用生长曲线、培养温度、pH及NaCl耐受性测定,研究该菌株的生长特性;采用全基因组分析挖掘其产蛋白基因。结果表明:筛选获得产蛋白酶能力的菌株FJAT-26384,该... 本研究通过产蛋白酶培养基筛选具有产蛋白酶能力的芽孢杆菌并进行菌株鉴定;利用生长曲线、培养温度、pH及NaCl耐受性测定,研究该菌株的生长特性;采用全基因组分析挖掘其产蛋白基因。结果表明:筛选获得产蛋白酶能力的菌株FJAT-26384,该菌株的蛋白酶活性为66.67 U/mL。经鉴定,该菌株为侧孢短芽孢杆菌(Brevibacillus laterosporus)。该菌株在30~50℃,pH 7~9及NaCL浓度为0~2%时均可生长。菌株FJAT-26384的基因组由1条环状染色体组成,大小约为5523271 bp,GC含量为40.72%。经Antismash 5.1.2预测和分析,菌株FJAT-26384基因组具有19个次级代谢产物基因簇;通过对菌株FJAT-26384全基因组上蛋白酶相关基因的筛查与统计发现,共筛查到33个与蛋白酶相关的基因。 展开更多
关键词 蛋白酶 侧孢短芽孢杆菌 生长特性 基因 基因
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父母情感温暖、自我控制与青少年亲社会行为的关系:多基因的调节作用及父母差异 被引量:2
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作者 聂衍刚 陈沛 +2 位作者 王林欣 喻承甫 利振华 《心理学报》 北大核心 2025年第4期599-613,共15页
本研究构建“环境×多基因−内表型−行为”理论框架,对880名中学生进行为期半年的追踪研究,考察了自我控制在父母情感温暖与青少年亲社会行为之间的中介作用;进一步地,采用多基因累加分数的研究范式,探讨多巴胺系统、血清素系统和催... 本研究构建“环境×多基因−内表型−行为”理论框架,对880名中学生进行为期半年的追踪研究,考察了自我控制在父母情感温暖与青少年亲社会行为之间的中介作用;进一步地,采用多基因累加分数的研究范式,探讨多巴胺系统、血清素系统和催产素系统基因(COMT基因rs6269、HTR2A基因rs6313、OXTR基因rs53576、OXTR基因rs2254295和OXTR基因rs2254298)如何调节该中介机制,并检验其中的父母差异。结果显示:(1)控制亲社会行为基线水平后,父母情感温暖不仅正向预测亲社会行为,还可以通过自我控制对亲社会行为产生影响;(2)多基因累加分数与父母情感温暖的交互作用不能直接预测亲社会行为,而是通过自我控制影响亲社会行为,且该机制不存在父母差异。在多基因累加分数较高的青少年群体中,父母情感温暖显著正向预测自我控制,进而影响亲社会行为;而在多基因累加分数较低的青少年群体中,该中介作用路径不显著。研究结果阐明父母情感温暖对青少年自我控制、亲社会行为的影响如何因多基因累加分数的不同而产生差异,有助于深化对亲社会行为发生机制的认识。 展开更多
关键词 亲社会行为 父母情感温暖 自我控制 基因累加分数 父母差异
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山西地区鸽圆环病毒全基因组序列的测定与分析 被引量:1
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作者 张娟 任鹏飞 +3 位作者 李兴 高振 王仲兵 梁立滨 《中国预防兽医学报》 北大核心 2025年第1期96-101,共6页
为了解山西地区鸽圆环病毒(PiCV)的遗传演化特征,本研究从山西太原、晋中等地区鸽养殖场采集10份疑似感染PiCV的病料样品经常规处理后进行Cap基因的PCR检测。结果显示,从10份病料样品中检测到1份PiCV阳性样品,将鉴定的PiCV命名为SX01/Sh... 为了解山西地区鸽圆环病毒(PiCV)的遗传演化特征,本研究从山西太原、晋中等地区鸽养殖场采集10份疑似感染PiCV的病料样品经常规处理后进行Cap基因的PCR检测。结果显示,从10份病料样品中检测到1份PiCV阳性样品,将鉴定的PiCV命名为SX01/Shanxi/2023株。通过PCR分段扩增SX01/Shanxi/2023株的全基因组序列并测序,利用SeqMan软件将序列拼接。结果显示,分别获得759bp和1560bp的目的片段,经测序拼接后获得了PiCV全长2038bp的全基因组序列。利用MegAlign软件分析PiCV全基因组序列的同源性;采用IQ-tree软件构建PiCV全基因组的遗传进化树;利用ClusterW软件分析PiCV全基因组编码氨基酸序列的变异;利用Simplot和RDP4软件对SX01/Shanxi/2023株进行重组分析。结果显示:SX01/Shanxi/2023株与国内外PiCV全基因组序列的同源性在84.6%~96.3%,其中与德国PiCVCoCV株同源性最高达95.1%,与我国陕西TF1/SN/2016株的同源性最高达96.3%。进化树结果显示,SX01/Shanxi/2023株与国内陕西TF1/SN/2016株及DS1/GS/2018株处于同一进化分支,亲缘关系较近。氨基酸序列分析结果显示,SX01/Shanxi/2023株Cap蛋白及Rep蛋白氨基酸序列与PiCV参考株相比均发生了部分氨基酸位点的插入、缺失或突变,其中Cap蛋白氨基酸序列变异多于Rep蛋白。重组分析结果显示,该株病毒是由陕西TF1/SN/2016株为主要亲本,陕西WL1/SN/2018株为次要亲本形成的重组病毒,重组断点位于nt520。基于IQ-tree软件构建的重组断裂点位点前后(nt1~nt520、nt521~nt2038)的进化树进一步验证了上述结果。本研究首次在山西地区检测到PiCV,丰富了PiCV分子生物学特征和流行病学研究内容,也为山西地区PiCV感染的防控提供了重要参考依据。 展开更多
关键词 鸽圆环病毒 基因 遗传进化分析 重组分析
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Cas9和PE介导湖羊骨骼肌卫星细胞MSTN基因敲除的研究 被引量:3
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作者 周磊 李东旭 +3 位作者 冒魏佳 刘孜斐 高雪 万永杰 《南京农业大学学报》 北大核心 2025年第2期419-426,共8页
[目的]本文利用CRISPR/Cas9系统和先导编辑(prime editor, PE)对湖羊骨骼肌卫星细胞中的肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因外显子进行敲除,旨在比较2种技术敲除MSTN基因的效率,以验证新型基因编辑工具PE用于湖羊骨骼肌卫星细胞上的可... [目的]本文利用CRISPR/Cas9系统和先导编辑(prime editor, PE)对湖羊骨骼肌卫星细胞中的肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因外显子进行敲除,旨在比较2种技术敲除MSTN基因的效率,以验证新型基因编辑工具PE用于湖羊骨骼肌卫星细胞上的可行性。[方法]针对湖羊MSTN基因的3个外显子分别设计向导RNA(single guide RNA,sgRNA)以及引导RNA(prime editing guide RNA,pegRNA),构建相应的质粒后将含有Cas9/sgRNA或PE/pegRNA的质粒共同转染湖羊骨骼肌卫星细胞。24 h后观察细胞荧光,48 h后再将细胞消化,使用流式细胞分选仪根据荧光强度筛选出转染成功的强阳性细胞,收集细胞,获得基因组DNA后进行桑格测序,检测2种基因编辑工具对MSTN基因的打靶效率。[结果]成功构建了分别针对湖羊骨骼肌卫星细胞MSTN基因3个外显子敲除的基因编辑工具,质粒测序结果显示序列插入正确;CRISPR/Cas9的编辑效率(65%、88%、91%)显著高于PE的编辑效率(57%、29%、33%),而PE的插入缺失率显著低于CRISPR/Cas9。[结论]在转染效率相近的情况下,CRISPR/Cas9相比于PE对于湖羊骨骼肌卫星细胞MSTN基因的敲除有更高的编辑效率。 展开更多
关键词 基因编辑 CRISPR/Cas9 先导编辑(PE) MSTN 湖羊 骨骼肌卫星细胞
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肉种鸭抗沙门氏菌感染受选择基因分析
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作者 朱春红 刘宏祥 +9 位作者 王志成 顾昊天 陶志云 曾涛 宋卫涛 徐文娟 章双杰 古丽娜·艾山 王逸飞 李慧芳 《中国家禽》 北大核心 2025年第10期148-154,共7页
为探讨鸭抗沙门氏菌感染可能机制,试验使用选择信号分析方法鉴定与抗沙门氏菌感染相关的候选基因,为肉鸭抗病育种提供参考。试验选择肉种鸭群体中沙门氏菌抗体高低差异的肉种鸭80只(沙门氏菌抗体高低组各40只)个体,采集翅静脉血,利用T7... 为探讨鸭抗沙门氏菌感染可能机制,试验使用选择信号分析方法鉴定与抗沙门氏菌感染相关的候选基因,为肉鸭抗病育种提供参考。试验选择肉种鸭群体中沙门氏菌抗体高低差异的肉种鸭80只(沙门氏菌抗体高低组各40只)个体,采集翅静脉血,利用T7基因测序仪进行10×深度测序,采用XP-EHH方法对获得的高质量SNPs位点鉴定基因组显著差异区域,挖掘全基因组范围内潜在的抗沙门氏菌感染相关基因。结果显示:对SNPs位点质控后共获得445530个SNPs,XP-EHH方法筛选到288个受选择基因;GO富集分析发现基因ANAPC5、CDK1、MYO6、DCTN1、PPP2R2D、HSPA2、SCX、TWF2、DCUN1D1、PTPRS、HIF1A、PTPRS、HAGHL被富集到生物学过程、细胞组分或分子功能前10条通路中;KEGG富集通路中与细菌感染或者免疫系统相关的通路主要有沙门氏菌感染、c型凝集素受体信号通路、RIG-I样受体信号通路、Toll样受体信号通路、NOD样受体信号通路,涉及的基因有AKT3、PIK3C2B、ITPR3、MYO6、DCTN1、CALML4、AZI2。综上所述,在肉种鸭中筛选到可能与鸭抗沙门氏菌抗性相关基因20个,初步从全基因组学角度揭示肉种鸭抗沙门氏菌感染遗传机制,为后续肉鸭抗病育种奠定了基础。 展开更多
关键词 肉种鸭 抗沙门氏菌感染 基因 受选择基因
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