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应用ABEEM/MM模型研究水分子团簇(H_2O)_n(n=11~16)的性质
被引量:
9
1
作者
钱萍
杨忠志
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2006年第5期561-568,共8页
应用ABEEM/MM模型计算了较大的水分子团簇(H2O)n(n=11 ̄16)的各种性质,如:优化的几何构型,氢键个数,结合能,稳定性,ABEEM电荷分布,偶极矩,以及结构参数、平均氢键个数和强度,增加的团簇结合能等.结果表明,从立方体结构到笼状结构的过渡...
应用ABEEM/MM模型计算了较大的水分子团簇(H2O)n(n=11 ̄16)的各种性质,如:优化的几何构型,氢键个数,结合能,稳定性,ABEEM电荷分布,偶极矩,以及结构参数、平均氢键个数和强度,增加的团簇结合能等.结果表明,从立方体结构到笼状结构的过渡出现在n=12的水分子团簇中,随着类似于笼状结构特点的不断增强,五元环的富集程度有所增加.
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关键词
abeem
/MM
模型
原子-键电负性均衡方法
分子力场
水分子团簇
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职称材料
ABEEM-σπ模型在典型Diels-Alder反应立体选择性上的应用
被引量:
3
2
作者
李明楠
杨忠志
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2005年第11期2082-2085,共4页
利用ABEEM-σπ模型对D iels-A lder反应进行了理论研究,通过计算原子和π键区域的局域软度值,应用局域软度理论对典型的D iels-A lder反应的较高立体选择性给出了合理解释.
关键词
abeem
—σπ
模型
Diels—Alder反应
局域软度
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职称材料
基于服务器并行求解三角形方程组的设计与实现
3
作者
刘青昆
邢芳
《计算机工程与设计》
CSCD
北大核心
2010年第18期4005-4008,共4页
针对在实际应用中超出内存容量的大规模矩阵不可调入的问题,设计并实现了一种面向A矩阵连续划分的、子文件大小可调节的求解三角形方程组的并行方案。理论上只要在不超过硬盘容量的前提下,该算法可以在小规模内存条件下求解任意规模的...
针对在实际应用中超出内存容量的大规模矩阵不可调入的问题,设计并实现了一种面向A矩阵连续划分的、子文件大小可调节的求解三角形方程组的并行方案。理论上只要在不超过硬盘容量的前提下,该算法可以在小规模内存条件下求解任意规模的矩阵。最后给出在Altix3700服务器上基于ABEEM模型的数值实验,实验结果表明了该算法的有效性。
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关键词
abeem模型
分布式存储
三角形方程组
并行算法
MPI
矩阵划分
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职称材料
Fukui函数和局域软度应用于亲电加成反应的区位选择性的研究(英文)
被引量:
1
4
作者
朱尊伟
杨巧凤
+3 位作者
徐珍珍
赵东霞
樊红军
杨忠志
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2018年第5期519-527,共9页
Fukui函数、局域软度、广义Fukui函数以及广义软度通常被称为反应描述符。使用它们研究和探讨了HCl与不对称烯烃以及溴苯硒与不对称苯乙烯的亲电加成反应的区位选择性。在MP2/6-311++G(d,p)理论水平下,采用有限差分方法计算这些反应描述...
Fukui函数、局域软度、广义Fukui函数以及广义软度通常被称为反应描述符。使用它们研究和探讨了HCl与不对称烯烃以及溴苯硒与不对称苯乙烯的亲电加成反应的区位选择性。在MP2/6-311++G(d,p)理论水平下,采用有限差分方法计算这些反应描述符,同时也使用ABEEMσπ方法进行了计算。ABEEMσπ模型下的局域软度和广义局域软度,分别结合局域硬-软酸碱(HSAB)原理,得出亲电试剂氯化氢与溴苯硒,更容易进攻不对称乙烯和苯乙烯中的马氏碳原子,符合马氏规则。而有限差分方法不能完全地解释该系列反应的区位选择性。此外,主要产物所对应的马氏碳原子的广义局域软度值,就能够预测出此类反应的活性序列,所得结果与速率常数有很好的关联。
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关键词
Fukui函数
局域软度
局域硬-软酸碱原理
亲点加成反应
有限差分近似
abeem
ΣΠ
模型
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职称材料
GPU加速分子动力学模拟中的电荷分布计算
被引量:
1
5
作者
张德好
刘青昆
宫利东
《计算机应用与软件》
CSCD
北大核心
2012年第10期79-81,93,共4页
在集群与GPU组成的异构并行计算平台上,使用MPI+CUDA混合编程模型,实现基于ABEEMσπ模型的分子动力学模拟中电荷分布的计算。通过对电荷分布分布求解中的计算部分移植到GPU上进行,并针对算法中通信开销大和资源未充分利用的问题,通过...
在集群与GPU组成的异构并行计算平台上,使用MPI+CUDA混合编程模型,实现基于ABEEMσπ模型的分子动力学模拟中电荷分布的计算。通过对电荷分布分布求解中的计算部分移植到GPU上进行,并针对算法中通信开销大和资源未充分利用的问题,通过异构平台的异步并发方法进行优化,提高了求解效率。性能测试结果表明,相比于单纯MPI并行算法,优化后GPU加速的异构并行算法,在化学大分子模型电荷分布计算上,有着明显的性能优势。
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关键词
GPU通用计算
集群系统
分子动力学
电荷分布
abeem
ΣΠ
模型
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职称材料
题名
应用ABEEM/MM模型研究水分子团簇(H_2O)_n(n=11~16)的性质
被引量:
9
1
作者
钱萍
杨忠志
机构
辽宁师范大学化学化工学院
出处
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2006年第5期561-568,共8页
基金
国家自然科学基金(20373021)资助项目
文摘
应用ABEEM/MM模型计算了较大的水分子团簇(H2O)n(n=11 ̄16)的各种性质,如:优化的几何构型,氢键个数,结合能,稳定性,ABEEM电荷分布,偶极矩,以及结构参数、平均氢键个数和强度,增加的团簇结合能等.结果表明,从立方体结构到笼状结构的过渡出现在n=12的水分子团簇中,随着类似于笼状结构特点的不断增强,五元环的富集程度有所增加.
关键词
abeem
/MM
模型
原子-键电负性均衡方法
分子力场
水分子团簇
Keywords
abeem
/MM model, The atom-bond electronegativity equalization method, Molecular mechanics, Water clusters
分类号
O641.1 [理学—物理化学]
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职称材料
题名
ABEEM-σπ模型在典型Diels-Alder反应立体选择性上的应用
被引量:
3
2
作者
李明楠
杨忠志
机构
辽宁师范大学化学化工学院
出处
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2005年第11期2082-2085,共4页
基金
国家自然科学基金(批准号:20373021)资助
文摘
利用ABEEM-σπ模型对D iels-A lder反应进行了理论研究,通过计算原子和π键区域的局域软度值,应用局域软度理论对典型的D iels-A lder反应的较高立体选择性给出了合理解释.
关键词
abeem
—σπ
模型
Diels—Alder反应
局域软度
Keywords
abeem
-σπ model
Diels-Alder reaction
Local softness
分类号
O641 [理学—物理化学]
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职称材料
题名
基于服务器并行求解三角形方程组的设计与实现
3
作者
刘青昆
邢芳
机构
辽宁师范大学计算机与信息技术学院
出处
《计算机工程与设计》
CSCD
北大核心
2010年第18期4005-4008,共4页
基金
国家自然科学基金项目(20633050)
辽宁省博士科研启动基金项目(20051058)
文摘
针对在实际应用中超出内存容量的大规模矩阵不可调入的问题,设计并实现了一种面向A矩阵连续划分的、子文件大小可调节的求解三角形方程组的并行方案。理论上只要在不超过硬盘容量的前提下,该算法可以在小规模内存条件下求解任意规模的矩阵。最后给出在Altix3700服务器上基于ABEEM模型的数值实验,实验结果表明了该算法的有效性。
关键词
abeem模型
分布式存储
三角形方程组
并行算法
MPI
矩阵划分
Keywords
abeem
απ model
distributed-memory
triangular solver
parallel algorithm
MPI
division of Matrix
分类号
TP316 [自动化与计算机技术—计算机软件与理论]
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职称材料
题名
Fukui函数和局域软度应用于亲电加成反应的区位选择性的研究(英文)
被引量:
1
4
作者
朱尊伟
杨巧凤
徐珍珍
赵东霞
樊红军
杨忠志
机构
辽宁师范大学化学化工学院
中国科学院大连化学物理研究所
出处
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2018年第5期519-527,共9页
基金
supported by the National Natural Science Foundation of China(21483083,21133005)
the Natural Science Foundation of Liaoning Province,China(2014020150)~~
文摘
Fukui函数、局域软度、广义Fukui函数以及广义软度通常被称为反应描述符。使用它们研究和探讨了HCl与不对称烯烃以及溴苯硒与不对称苯乙烯的亲电加成反应的区位选择性。在MP2/6-311++G(d,p)理论水平下,采用有限差分方法计算这些反应描述符,同时也使用ABEEMσπ方法进行了计算。ABEEMσπ模型下的局域软度和广义局域软度,分别结合局域硬-软酸碱(HSAB)原理,得出亲电试剂氯化氢与溴苯硒,更容易进攻不对称乙烯和苯乙烯中的马氏碳原子,符合马氏规则。而有限差分方法不能完全地解释该系列反应的区位选择性。此外,主要产物所对应的马氏碳原子的广义局域软度值,就能够预测出此类反应的活性序列,所得结果与速率常数有很好的关联。
关键词
Fukui函数
局域软度
局域硬-软酸碱原理
亲点加成反应
有限差分近似
abeem
ΣΠ
模型
Keywords
Fukui function
Local softness
Local hard-soft and acids-bases (HSAB) principle
Electrophilic addition reactions
Finite difference approximation
abeem
σπ model
分类号
O641 [理学—物理化学]
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职称材料
题名
GPU加速分子动力学模拟中的电荷分布计算
被引量:
1
5
作者
张德好
刘青昆
宫利东
机构
辽宁师范大学计算机与信息技术学院
出处
《计算机应用与软件》
CSCD
北大核心
2012年第10期79-81,93,共4页
基金
国家自然科学基金项目(21133005
20703022)
文摘
在集群与GPU组成的异构并行计算平台上,使用MPI+CUDA混合编程模型,实现基于ABEEMσπ模型的分子动力学模拟中电荷分布的计算。通过对电荷分布分布求解中的计算部分移植到GPU上进行,并针对算法中通信开销大和资源未充分利用的问题,通过异构平台的异步并发方法进行优化,提高了求解效率。性能测试结果表明,相比于单纯MPI并行算法,优化后GPU加速的异构并行算法,在化学大分子模型电荷分布计算上,有着明显的性能优势。
关键词
GPU通用计算
集群系统
分子动力学
电荷分布
abeem
ΣΠ
模型
Keywords
General purpose computation on GPU Cluster system Molecular dynamics Charge distribution
abeem
cr^r model
分类号
TP391 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
应用ABEEM/MM模型研究水分子团簇(H_2O)_n(n=11~16)的性质
钱萍
杨忠志
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2006
9
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
ABEEM-σπ模型在典型Diels-Alder反应立体选择性上的应用
李明楠
杨忠志
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2005
3
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
基于服务器并行求解三角形方程组的设计与实现
刘青昆
邢芳
《计算机工程与设计》
CSCD
北大核心
2010
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
4
Fukui函数和局域软度应用于亲电加成反应的区位选择性的研究(英文)
朱尊伟
杨巧凤
徐珍珍
赵东霞
樊红军
杨忠志
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2018
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
5
GPU加速分子动力学模拟中的电荷分布计算
张德好
刘青昆
宫利东
《计算机应用与软件》
CSCD
北大核心
2012
1
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职称材料
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