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ABEEM／MM浮动电荷力场应用于血红素结构的研究被引量：6: 1; 作者崔宝秋管清梅 +2 位作者宫利东赵东霞杨忠志《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2008年第3期585-590,共6页; 运用拟合的参数,应用ABEEM/MM浮动电荷力场对血红素分子结构进行了模拟.结果表明,该力场与CHARMM力场相比,能更好地模拟晶体结构.计算的ruffing构象能与B3LYP/6-31G*计算结果的线性相关系数在0.98以上,同时表明血红素分子中twist-angle... 展开更多; 关键词 abeem/mm力场血红素几何结构构象能电荷分布; 在线阅读下载PDF 职称材料

Sr^(2+)和Ba^(2+)水分子体系结构和结合能的从头算和ABEEM/MM研究被引量：11: 2; 作者刘燕王芳芳 +3 位作者于春阳刘翠宫利东杨忠志《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2011年第2期379-387,共9页; 应用从头算方法和ABEEM/MM浮动电荷分子力场,研究了水合碱土离子团簇Sr2+/Ba2+(H2O)n(n=1-6),构建了离子-水相互作用的ABEEM/MM势能函数,获得了水合离子团簇的稳定结构,计算了结合能.计算结果表明,ABEEM/MM方法的结果和从头算方法的结... 展开更多; 关键词水合金属离子团簇离子溶剂化从头算方法 abeem/mm浮动电荷分子力场相互作用能; 在线阅读下载PDF 职称材料

环多肽晶体的浮动电荷极化力场模拟被引量：4: 3; 作者张强张霞杨忠志《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第10期1243-1247,共5页; 利用原子键电负性均衡结合分子力场方法(ABEEM/MM)对五种环多肽晶体进行了研究.与传统力场相比,该方法中的静电势包含了分子内和分子间的静电极化作用,以及分子内电荷转移影响,同时加入了化学键等非原子中心电荷位点,合理地体现了分子... 展开更多; 关键词原子键电负性均衡结合分子力场方法(abeem/mm) 环多肽极化力场浮动电荷模型氢键; 在线阅读下载PDF 职称材料

应用ABEEM/MM模型研究水分子团簇(H_2O)_n(n=11～16)的性质被引量：9: 4; 作者钱萍杨忠志《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第5期561-568,共8页; 应用ABEEM/MM模型计算了较大的水分子团簇(H2O)n(n=11￣16)的各种性质,如:优化的几何构型,氢键个数,结合能,稳定性,ABEEM电荷分布,偶极矩,以及结构参数、平均氢键个数和强度,增加的团簇结合能等.结果表明,从立方体结构到笼状结构的过渡... 展开更多; 关键词 abeem/mm模型原子-键电负性均衡方法分子力场水分子团簇; 在线阅读下载PDF 职称材料

应用ABEEMσπ/MM模型对重组人纤溶酶原Kringle 1结构域与配体分子的对接计算被引量：4: 5; 作者张文龙陈淑玲杨忠志《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2010年第8期1630-1635,共6页; 应用原子-键电负性均衡方法的浮动电荷分子力场(ABEEMσπ/MM),对重组人纤溶酶原Kringle1结构域(K1Pg)与配体ε-Aminocaproic acid(EACA),trans-4-(Aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid(AMCHA),L-Lysine(Lys),7-Aminoheptanoic a... 展开更多; 关键词 abeemσπ浮动电荷分子力场重组人纤溶酶原Kringle1结构域结合能氢键; 在线阅读下载PDF 职称材料

应用ABEEM/MM力场探究Na^+与氮-甲基乙酰胺及水的相互作用: 6; 作者潘一鸣张静 +4 位作者田博姚菁菁宫利东刘翠杨忠志《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2018年第11期2468-2476,共9页; 应用量子化学方法 MP2/6-311++G(d,p)//B3LYP/6-31+G(d,p)和原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场(ABEEM/MM),对[Na(H_2O)n]+(n=3～8),[Na(NMA)n]+(n=3～8)和[Na(NMA)n(H_2O)m]+(n+m=4,6)(NMA=氮-甲基乙酰胺)体系的结构、结合能和电荷分... 展开更多; 关键词原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场钠离子氮-甲基乙酰胺可极化力场; 在线阅读下载PDF 职称材料

微过氧化物酶水溶液的ABEEM/MM动力学模拟被引量：5: 7; 作者崔宝秋宫利东赵东霞《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2008年第6期1035-1040,共6页; 应用原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场(ABEEM/MM),对微过氧化物酶水溶液进行了分子动力学模拟.研究了水溶液对微过氧化物酶的结构,血红素的皱裂构象以及轴配体咪唑基的取向的影响.结果表明,在水溶液中微过氧化物酶的骨架氨基酸是稳定... 展开更多; 关键词 abeem/mm浮动电荷分子力场微过氧化物酶血红素构象分子动力学模拟; 在线阅读下载PDF 职称材料

从头算和ABEEMσπ/MM对(CH_3OH)_n(n=3～12)和[Na(CH_3OH)_n]^+(n=3～6)体系的研究被引量：1: 8; 作者于泳博刘翠宫利东《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2016年第8期1468-1475,共8页; 采用从头算方法(ab initio)和原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场方法(ABEEMσπ/MM),对甲醇团簇(CH_3OH)n(n=3~12)和[Na(CH_3OH)_n]^+(n=3~6)体系的结构、电荷分布和结合能进行研究.依据从头算结果构建上述体系的ABEEMσπ/MM浮动电荷... 展开更多; 关键词从头算原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场方法甲醇钠离子分子间相互作用; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名ABEEM／MM浮动电荷力场应用于血红素结构的研究被引量：6: 1; 作者崔宝秋管清梅宫利东赵东霞杨忠志; 机构辽宁师范大学化学化工学院; 出处《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2008年第3期585-590,共6页; 基金国家自然科学基金(批准号:20633050,20403007)资助; 文摘运用拟合的参数,应用ABEEM/MM浮动电荷力场对血红素分子结构进行了模拟.结果表明,该力场与CHARMM力场相比,能更好地模拟晶体结构.计算的ruffing构象能与B3LYP/6-31G*计算结果的线性相关系数在0.98以上,同时表明血红素分子中twist-angle对ruffing构象具有明显影响.ABEEM/MM力场计算的细胞色素c552中血红素分子的电荷分布与CHARMM固定电荷力场的比较,更准确地反映了血红素分子的电荷分布以及极化现象.; 关键词 abeem/mm力场血红素几何结构构象能电荷分布; Keywords abeem/mm method Heme Geometry Conformational energy Charge distribution; 分类号 O641 [理学—物理化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名Sr^(2+)和Ba^(2+)水分子体系结构和结合能的从头算和ABEEM/MM研究被引量：11: 2; 作者刘燕王芳芳于春阳刘翠宫利东杨忠志; 机构辽宁师范大学化学化工学院济南大学化学化工学院; 出处《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2011年第2期379-387,共9页; 基金国家自然科学基金(20633050 20703022 +1 种基金 21011120087) 辽宁省教育厅基金(2009T057)资助项目~~; 文摘应用从头算方法和ABEEM/MM浮动电荷分子力场,研究了水合碱土离子团簇Sr2+/Ba2+(H2O)n(n=1-6),构建了离子-水相互作用的ABEEM/MM势能函数,获得了水合离子团簇的稳定结构,计算了结合能.计算结果表明,ABEEM/MM方法的结果和从头算方法的结果有很好的一致性.进一步应用ABEEM/MM对Sr2+和Ba2+水溶液进行了分子动力学模拟.对Sr2+水溶液,得到的Sr2+-水中氧原子的径向分布函数的第一和第二最高峰分别位于0.257和0.464nm处,第一和第二水合层的配位水分子数分别为9.2和11.4;对Ba2+水溶液,得到的Ba2+与水中氧原子的径向分布函数的第一和第二最高峰分别位于0.269和0.467nm处,第一和第二水合层的配位水分子数分别为9.9和12.4.这与实验值或其它理论模拟结果有较好的一致性.对比外层的水分子,金属离子的极化作用使得溶液中第一水合层中水分子的O―H键长增长,HOH键角减小.; 关键词水合金属离子团簇离子溶剂化从头算方法 abeem/mm浮动电荷分子力场相互作用能; Keywords Hydrated metal cation cluster Ion solvation Ab initio method abeem/mm fluctuating charge molecular force field Interaction energy; 分类号 O641.1 [理学—物理化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名环多肽晶体的浮动电荷极化力场模拟被引量：4: 3; 作者张强张霞杨忠志; 机构渤海大学化学化工学院辽宁师范大学化学化工学院; 出处《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第10期1243-1247,共5页; 基金国家自然科学基金(20173025和20373021)资助项目; 文摘利用原子键电负性均衡结合分子力场方法(ABEEM/MM)对五种环多肽晶体进行了研究.与传统力场相比,该方法中的静电势包含了分子内和分子间的静电极化作用,以及分子内电荷转移影响,同时加入了化学键等非原子中心电荷位点,合理地体现了分子中的电荷分布.相对其他极化力场模型,具有计算量较小的特点.该模型下计算得到的环多肽分子单元相对实验测得的结构的原子位置、氢键长度和二面角的均方根偏差分别为0.009nm、0.013nm和5.16°,能够很好地重复实验结果.总体上,其结果优于或相当于其他力场模型,适用于对实际蛋白质体系的模拟和研究.; 关键词原子键电负性均衡结合分子力场方法(abeem/mm) 环多肽极化力场浮动电荷模型氢键; Keywords Atom-bond electronegativity equalization fused into molecular mechanic（abeem/mm）, Cyclic peptides, Polarized force field, Fluctuating charge model, Hydrogen bond; 分类号 O629.72 [理学—有机化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名应用ABEEM/MM模型研究水分子团簇(H_2O)_n(n=11～16)的性质被引量：9: 4; 作者钱萍杨忠志; 机构辽宁师范大学化学化工学院; 出处《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第5期561-568,共8页; 基金国家自然科学基金(20373021)资助项目; 文摘应用ABEEM/MM模型计算了较大的水分子团簇(H2O)n(n=11￣16)的各种性质,如:优化的几何构型,氢键个数,结合能,稳定性,ABEEM电荷分布,偶极矩,以及结构参数、平均氢键个数和强度,增加的团簇结合能等.结果表明,从立方体结构到笼状结构的过渡出现在n=12的水分子团簇中,随着类似于笼状结构特点的不断增强,五元环的富集程度有所增加.; 关键词 abeem/mm模型原子-键电负性均衡方法分子力场水分子团簇; Keywords abeem/mm model, The atom-bond electronegativity equalization method, Molecular mechanics, Water clusters; 分类号 O641.1 [理学—物理化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名应用ABEEMσπ/MM模型对重组人纤溶酶原Kringle 1结构域与配体分子的对接计算被引量：4: 5; 作者张文龙陈淑玲杨忠志; 机构辽宁师范大学化学化工学院; 出处《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2010年第8期1630-1635,共6页; 基金国家自然科学基金(批准号:20633050)资助; 文摘应用原子-键电负性均衡方法的浮动电荷分子力场(ABEEMσπ/MM),对重组人纤溶酶原Kringle1结构域(K1Pg)与配体ε-Aminocaproic acid(EACA),trans-4-(Aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid(AMCHA),L-Lysine(Lys),7-Aminoheptanoic acid(7-AHA)和Benzylamine进行了半柔性对接计算.用ABEEMσπ/MM模型优化得到的复合物K1Pg/EACA和K1Pg/AMCHA的结构很接近实验晶体结构.此外通过对5种配体与K1Pg结合能的计算,得出5种配体与K1Pg结合能的大小顺序为AMCHA>EACA>7-AHA>Lys>Benzy-lamine,与实验中测得5种配体与K1pg的平衡结合常数K值大小顺序相一致.; 关键词 abeemσπ浮动电荷分子力场重组人纤溶酶原Kringle1结构域结合能氢键; Keywords abeemσπ/mm method Recombinant Kringle 1 domain of human plasminogen Binding energy Hydrogen bond; 分类号 O641 [理学—物理化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名应用ABEEM/MM力场探究Na^+与氮-甲基乙酰胺及水的相互作用: 6; 作者潘一鸣张静田博姚菁菁宫利东刘翠杨忠志; 机构辽宁师范大学化学化工学院; 出处《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2018年第11期2468-2476,共9页; 基金国家自然科学基金(批准号:21133005 21603091) +1 种基金辽宁师范大学创新实践项目(批准号:cx201801012)资助~~; 文摘应用量子化学方法 MP2/6-311++G(d,p)//B3LYP/6-31+G(d,p)和原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场(ABEEM/MM),对[Na(H_2O)n]+(n=3～8),[Na(NMA)n]+(n=3～8)和[Na(NMA)n(H_2O)m]+(n+m=4,6)(NMA=氮-甲基乙酰胺)体系的结构、结合能和电荷分布进行研究.在计算结果的基础上,构建上述体系的ABEEM/MM可极化势能函数,优选并确定相关参数.结果表明,ABEEM/MM的计算结果与量子化学的计算结果相符:Na+与配体间距离的平均绝对偏差(AAD)小于0. 007 nm,相对均方根偏差(RRMSD)小于3. 5%,夹角的AAD小于2. 4°,RRMSD小于2. 0%,结合能的AAD小于8. 9 k J/mol,RRMSD小于12. 4%;ABEEM/MM电荷分布与量子力学(QM)电荷分布的线性相关系数在0. 97以上.; 关键词原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场钠离子氮-甲基乙酰胺可极化力场; Keywords Atom-bond electronegativity equalization method fused into molecular mechanics(abeem/mm) Sodium ion N-Methylacetamide Polarizable force field; 分类号 O641 [理学—物理化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名微过氧化物酶水溶液的ABEEM/MM动力学模拟被引量：5: 7; 作者崔宝秋宫利东赵东霞; 机构辽宁师范大学化学化工学院; 出处《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2008年第6期1035-1040,共6页; 基金国家自然科学基金(20633050和20703022) 高等学校博士学科点专项科研基金(20040165001)资助项目; 文摘应用原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场(ABEEM/MM),对微过氧化物酶水溶液进行了分子动力学模拟.研究了水溶液对微过氧化物酶的结构,血红素的皱裂构象以及轴配体咪唑基的取向的影响.结果表明,在水溶液中微过氧化物酶的骨架氨基酸是稳定的,而血红素的皱裂构象在水分子的作用下趋于平面.与血红素轴配体咪唑基键连的组氨酸决定着咪唑基的空间取向,而咪唑基与血红素侧链的丙酸基的静电作用对其取向仅起次要作用.; 关键词 abeem/mm浮动电荷分子力场微过氧化物酶血红素构象分子动力学模拟; Keywords abeem/mm fluctuating charge molecular force field Microperoxidase Heme Conformation Molecular dynamics simulation; 分类号 Q55 [生物学—生物化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名从头算和ABEEMσπ/MM对(CH_3OH)_n(n=3～12)和[Na(CH_3OH)_n]^+(n=3～6)体系的研究被引量：1: 8; 作者于泳博刘翠宫利东; 机构辽宁师范大学化学化工学院; 出处《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2016年第8期1468-1475,共8页; 基金国家自然科学基金(批准号:21133005) 辽宁省高等学校优秀人才支持计划项目(批准号:LJQ2013111) 辽宁省教育厅一般项目(批准号:L2014426)资助~~; 文摘采用从头算方法(ab initio)和原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场方法(ABEEMσπ/MM),对甲醇团簇(CH_3OH)n(n=3~12)和[Na(CH_3OH)_n]^+(n=3~6)体系的结构、电荷分布和结合能进行研究.依据从头算结果构建上述体系的ABEEMσπ/MM浮动电荷势能函数,并确定相关参数.结果表明,ABEEMσπ/MM所获得的结构和结合能等均优于OPLS/AA力场,并与从头算结果相符,其中键长的平均绝对偏差(AAD)小于0.004 nm,键长、键角和结合能的相对均方根偏差(RRMSD)分别小于3.8%,1.7%和6.8%;电荷分布与从头算结果的线性相关系数均大于0.99.; 关键词从头算原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场方法甲醇钠离子分子间相互作用; Keywords Ab initio abeemσπ/mm Methanol Sodium ion Molecular interaction; 分类号 O641 [理学—物理化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	ABEEM／MM浮动电荷力场应用于血红素结构的研究	崔宝秋管清梅宫利东赵东霞杨忠志	《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心	2008	6	在线阅读下载PDF 职称材料
2	Sr^(2+)和Ba^(2+)水分子体系结构和结合能的从头算和ABEEM/MM研究	刘燕王芳芳于春阳刘翠宫利东杨忠志	《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心	2011	11	在线阅读下载PDF 职称材料
3	环多肽晶体的浮动电荷极化力场模拟	张强张霞杨忠志	《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心	2006	4	在线阅读下载PDF 职称材料
4	应用ABEEM/MM模型研究水分子团簇(H_2O)_n(n=11～16)的性质	钱萍杨忠志	《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心	2006	9	在线阅读下载PDF 职称材料
5	应用ABEEMσπ/MM模型对重组人纤溶酶原Kringle 1结构域与配体分子的对接计算	张文龙陈淑玲杨忠志	《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心	2010	4	在线阅读下载PDF 职称材料
6	应用ABEEM/MM力场探究Na^+与氮-甲基乙酰胺及水的相互作用	潘一鸣张静田博姚菁菁宫利东刘翠杨忠志	《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心	2018	0	在线阅读下载PDF 职称材料
7	微过氧化物酶水溶液的ABEEM/MM动力学模拟	崔宝秋宫利东赵东霞	《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心	2008	5	在线阅读下载PDF 职称材料
8	从头算和ABEEMσπ/MM对(CH_3OH)_n(n=3～12)和[Na(CH_3OH)_n]^+(n=3～6)体系的研究	于泳博刘翠宫利东	《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心	2016	1	在线阅读下载PDF 职称材料