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沼泽红假单胞菌(Rhodopseudomonas palustris)核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶/氧化酶基因克隆及其在大肠杆菌中的表达 被引量:3
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作者 杜翠红 刘静雯 周集体 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期315-321,共7页
核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶/氧化酶(RubisCO)(EC4.1.139)是光合细菌通过卡尔文循环固定二氧化碳的关键酶。本文采用PCR方法,从沼泽红假单胞菌株No.9中克隆到RubisCO基因(cbbM)序列(该序列已提交GenBank,登录号:GU061327)。采用同源建模法... 核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶/氧化酶(RubisCO)(EC4.1.139)是光合细菌通过卡尔文循环固定二氧化碳的关键酶。本文采用PCR方法,从沼泽红假单胞菌株No.9中克隆到RubisCO基因(cbbM)序列(该序列已提交GenBank,登录号:GU061327)。采用同源建模法,建立了该RubisCO蛋白的三维结构模型,预测其活性位点。将cbbM基因亚克隆到表达载体pTV118N上,构建表达质粒pTV-CBBM,转化大肠杆菌BL21(DE3),获得表达菌株BL21(DE3)/pTV-CBBM,该菌株经IPTG诱导表达后,进行SDS-PAGE检测。采用气相色谱法测定破菌上清中的RubisCO酶活。结果表明:①cbbM基因编码461个氨基酸,与沼泽红假单胞菌株DCP3和DH1的RubisCO蛋白序列相似性分别为98%和99%;②推测沼泽红假单胞菌No.9中RubisCO蛋白的活性中心由Asn112、Lys192、Asp194、Glu195、His288、Arg289、His322、Gly424、Ser369、Gly370和Gly394等氨基酸残基组成;③重组蛋白分子量约为50kDa左右,与预测相符;④破菌上清中的RubisCO酶比活高于原始菌株中的酶活,说明目的基因在大肠杆菌中得到了有效表达。 展开更多
关键词 沼泽红假单胞菌 核酮糖-1 5-二磷酸羧化/氧化酶(RubisCO) 基因克隆 大肠杆菌 重组表达
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凤尾蕨科植物rbcL基因的适应性进化分析 被引量:15
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作者 森林 苏应娟 +1 位作者 张冰 王艇 《热带亚热带植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期1-8,共8页
为深入理解蕨类植物辐射式物种分化的分子适应机制,在时间框架下,采用位点模型和分支-位点模型对凤尾蕨科植物rbcL基因的进化式样进行了分析。通过比较模型M1a/M2a和M7/M8,在氨基酸水平上共鉴定出6个正选择位点:149I、251M、255V、282F... 为深入理解蕨类植物辐射式物种分化的分子适应机制,在时间框架下,采用位点模型和分支-位点模型对凤尾蕨科植物rbcL基因的进化式样进行了分析。通过比较模型M1a/M2a和M7/M8,在氨基酸水平上共鉴定出6个正选择位点:149I、251M、255V、282F、359S和375F,其中位点282F对维持Rubisco功能有重要作用。分别检验凤尾蕨科的附生分支和水蕨类分支发现,前者不具适应性进化位点,而后者有两个位点(230A和247C)经历正选择。相对于荫蔽的光条件,水生生境可能对RbcL亚基的选择作用更强。另外,基于UCLD分子钟模型估算出的凤尾蕨科各分支分化时间表明,该科物种丰富度的辐射式增长发生在新生代渐新世,推测古、始新世最热事件可能对物种分化的形成也产生一定作用。这对认识薄囊蕨类如何应对被子植物兴起导致的陆地生态系统改变具重要意义。 展开更多
关键词 凤尾蕨科 RBCL基因 核酮糖-1 5-二磷酸羧化酶/加氧酶 放松分子钟模型 正选择位点
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节旋藻FACHB341 Rubisco基因部分序列的克隆和分析 被引量:8
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作者 刘金姐 茅云翔 +2 位作者 臧晓南 隋正红 张学成 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 2003年第6期87-93,共7页
以节旋藻FACHB341为材料,对所克隆Rubisco基因进行了核苷酸序列测定和分析,由此推导出相应的氨基酸序列,并与部分其他蓝藻的同源基因进行了同源性分析。结果表明:所克隆DNA片段包含Rubisoo大小亚基基因部分序列及rbcX基因序列,长度为207... 以节旋藻FACHB341为材料,对所克隆Rubisco基因进行了核苷酸序列测定和分析,由此推导出相应的氨基酸序列,并与部分其他蓝藻的同源基因进行了同源性分析。结果表明:所克隆DNA片段包含Rubisoo大小亚基基因部分序列及rbcX基因序列,长度为2073 bp,其中rbcL和rbcX基因之间存在两个转录茎环结构;大小亚基酸性氨基酸和碱性氨基酸的比例分别为13.14%和14.51%,疏水氨基酸的比例为42.16%;rbcL核苷酸序列与集胞藻PCC6803、Prochlorothrix hollandica、聚球藻PCC6301、Agmenellum quadruplicatum和鱼腥藻PCC7120同源序列的相似性分别为91.7%、79.9%、74.8%、77.2%和76.1%;rbcS核苷酸序列与鱼腥藻PCC7120同源序列的相似性为67.6%,而与PCC6301和集胞藻PCC7002同源序列的相似性分别为30.1%和63.8%。 展开更多
关键词 节旋藻 基因序列 克隆 “l 5-二磷酸核酮糖羧化酶/加氧酶” 核苷酸 同源性分析 氨基酸 RUBISCO基因 密码子
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木兰门作物RubisCO大亚基的分子适应性进化研究 被引量:2
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作者 刘晗 王丽坤 熊冬金 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2009年第32期15756-15758,共3页
[目的]研究玉米、水稻等木兰门作物RubisCO大亚基的分子适应性进化。[方法]以玉米、水稻等木兰门作物为研究对象,利用利用密码子替换模型和位点间取不同ω值的最大似然法模型对叶绿体rbcL基因进行分子适应性进化分析。[结果]RubisCO受... [目的]研究玉米、水稻等木兰门作物RubisCO大亚基的分子适应性进化。[方法]以玉米、水稻等木兰门作物为研究对象,利用利用密码子替换模型和位点间取不同ω值的最大似然法模型对叶绿体rbcL基因进行分子适应性进化分析。[结果]RubisCO受到正选择作用,并鉴定出了6个正选择位点。[结论]该研究鉴定的6个正选择位点对于研究RubisCO大亚基催化活性和作物改良具有重要的指导意义。 展开更多
关键词 木兰门作物 核酮糖.1 5-二磷酸羧化酶/加氧酶 RBCL基因 正选择
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PIK3CA基因突变在子宫颈癌中的研究进展 被引量:1
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作者 黄慧娴(综述) 滕银成(审校) 《实用妇产科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期272-276,共5页
磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸3-激酶催化亚基α(PIK3CA)基因的突变在子宫颈癌、头颈部鳞癌、乳腺癌中均有报道且较为常见。PIK3CA突变促进了子宫颈上皮细胞的恶性转化,使肿瘤细胞有更强的迁移能力。增加肿瘤细胞对放化疗的抵抗,导致子宫颈癌... 磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸3-激酶催化亚基α(PIK3CA)基因的突变在子宫颈癌、头颈部鳞癌、乳腺癌中均有报道且较为常见。PIK3CA突变促进了子宫颈上皮细胞的恶性转化,使肿瘤细胞有更强的迁移能力。增加肿瘤细胞对放化疗的抵抗,导致子宫颈癌患者更差的治疗效果和生存预后。突变的PIK3CA可能成为子宫颈癌治疗的新靶点,阿培利司、库潘尼西等PI3K抑制剂在携带PIK3CA突变的子宫颈癌中体现出一定抗肿瘤作用,与泛-人表皮生长因子受体(HER)抑制剂、自噬抑制剂、聚腺苷二磷酸核糖聚合酶(PARP)抑制剂等药物联用可产生更好的抗肿瘤效果。深入研究有望增加晚期、复发性子宫颈癌患者的治疗手段。 展开更多
关键词 磷脂酰肌醇-4 5-二磷酸3-激酶催化亚基α 磷酯酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B信号通路 子宫颈癌 阿培利司 基因突变
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海州湾条斑紫菜养殖对浮游藻类群落结构及遗传多样性的影响 被引量:3
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作者 王洪斌 李信书 +3 位作者 宋秀梅 吴言 李士虎 阎斌伦 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期103-109,共7页
为了研究条斑紫菜(Porphyra yezoensis)养殖对江苏海州湾浮游藻类群落结构及遗传多样性的影响,于江苏省海州湾条斑紫菜养殖及非养殖海区各设置4个采样位点,采集表层海水,提取海水中浮游藻类的总DNA,PCR扩增浮游藻类核酮糖1,5-二磷酸羧化... 为了研究条斑紫菜(Porphyra yezoensis)养殖对江苏海州湾浮游藻类群落结构及遗传多样性的影响,于江苏省海州湾条斑紫菜养殖及非养殖海区各设置4个采样位点,采集表层海水,提取海水中浮游藻类的总DNA,PCR扩增浮游藻类核酮糖1,5-二磷酸羧化/氧化酶大亚基(rbc L)基因片段,构建了养殖及非养殖海区rbc L片段质粒文库。在文库中随机选择50个阳性克隆并测序。经比对分析,在条斑紫菜非养殖区发现8种海洋微藻,隐鞭藻占总克隆数22%,海链藻和骨条藻分别占6%和2%;养殖海区发现10种微藻,其中异丝藻占总克隆数22%,优势度明显,仅3种微藻为二海区共有(骨条藻、隐鞭藻及小球藻),表明紫菜养殖及非养殖区浮游藻类群落组成差异显著。条斑紫菜非养殖区及养殖区的浮游藻类香农指数均值分别为3.273和3.654,均匀度指数均值分别为1.090和1.040,显示养殖区浮游藻类遗传多样性较丰富,而群落的成熟度与稳定性非养殖区高。研究证实,表层海水浮游藻类群落结构及组成是动态的,条斑紫菜的养殖行为形成浮游藻类群落结构及遗传多样性较大差异性。 展开更多
关键词 条斑紫菜(Porphyra yezoensis) 浮游藻类 核酮糖l 5-二磷酸羧化/氧化酶大亚基基因 遗传多样性
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胶州湾浮游植物分子遗传多样性初步研究 被引量:5
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作者 刘永健 杨官品 门荣新 《青岛海洋大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2003年第6期907-916,共10页
用聚合酶链式反应扩增海洋浮游植物总体的核酮糖 1 ,5 -二磷酸羧化 /氧化酶大亚基基因(rbc L)片段 ,建立该基因变异类型文库 ,并随机测定了 38个 rbc L大亚基基因片段序列 ,初步分析了海洋浮游植物分子遗传多样性。将≥ 97%的氨基酸序... 用聚合酶链式反应扩增海洋浮游植物总体的核酮糖 1 ,5 -二磷酸羧化 /氧化酶大亚基基因(rbc L)片段 ,建立该基因变异类型文库 ,并随机测定了 38个 rbc L大亚基基因片段序列 ,初步分析了海洋浮游植物分子遗传多样性。将≥ 97%的氨基酸序列相似性定义为种内变异 ,38个片段分别代表1 3个不同的物种 ,或称为不同的操作分类单元。与数据库序列比较发现 ,PPJZ0 1 ,PPJZ1 1和 PPJZ2 0可能是已报道的 rbc L基因序列代表的物种 ,其它克隆在数据库中没有对应的近缘物种序列存在。系统学分析表明分离的克隆分别属于隐藻门、硅藻门、绿藻门和 streptophyta等的浮游植物 ,极少数克隆来源于异鞭毛藻类、定鞭藻纲和原细菌。根据各操作分类单元克隆数计算得胶州湾浮游植物分子遗传多样性指数为 1 .97。研究结果为利用分子生物学方法剖分海洋浮游植物群落结构。 展开更多
关键词 胶州湾 浮游植物 分子遗传多样性 核酮糖1 5-二磷酸羧化/氧化酶大亚基基因
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胶州湾浮游植物遗传多样性及其季节变化研究 被引量:6
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作者 刘永健 杨官品 +1 位作者 管晓菁 门荣新 《海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期103-111,共9页
分别于春、夏、秋三季提取了胶州湾浮游生物总DNA,用PCR方法扩增了浮游植物核酮糖1,5-二磷酸羧化/氧化酶大亚基(rbcL)基因片段,构建了三季节rbcL基因片段质粒文库.随机从各文库中选择约50个克隆,测定了这些克隆的序列.以氨基酸序列相同... 分别于春、夏、秋三季提取了胶州湾浮游生物总DNA,用PCR方法扩增了浮游植物核酮糖1,5-二磷酸羧化/氧化酶大亚基(rbcL)基因片段,构建了三季节rbcL基因片段质粒文库.随机从各文库中选择约50个克隆,测定了这些克隆的序列.以氨基酸序列相同为标准,共获得59个分类操作单元(OTUs),其中春季特有的21个,夏季特有的13个,秋季特有的23个.有两个OTUs为春、夏季表层海水共有.基于OTU丰度计算的香农氏指数能反映遗传多样性水平.胶州湾春、夏、秋三季的香农氏指数分别为2.69,2.44和2.76,表明秋季胶州湾浮游植物遗传多样性最丰富.春、夏、秋三季浮游植物群落组成差异显著.除夏秋季有两个OTUs相同外,其他OTUs在季节间完全不同.表层海水浮游植物群落结构是动态的,随时间、空间的不同而变化. 展开更多
关键词 浮游植物 核酮糖1 5-二磷酸羧化 氧化酶大亚基基因 群落结构 季节变化
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