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基于4D-FastDIA定量蛋白质组的富硒与非富硒鸡蛋差异表达蛋白鉴定及功能分析
1
作者 袁琳 赵文竹 +2 位作者 吴春剑 于一丁 于志鹏 《食品科学》 北大核心 2025年第12期163-170,共8页
本研究旨在利用四维快速数据非依赖性采集(4D-fast data-independent acquisition,4D-FastDIA)定量蛋白质组学技术,解析富硒鸡蛋与非富硒鸡蛋中差异表达的蛋白及其功能特性。通过液相色谱-串联质谱分析技术结合生物信息学方法,比较组间... 本研究旨在利用四维快速数据非依赖性采集(4D-fast data-independent acquisition,4D-FastDIA)定量蛋白质组学技术,解析富硒鸡蛋与非富硒鸡蛋中差异表达的蛋白及其功能特性。通过液相色谱-串联质谱分析技术结合生物信息学方法,比较组间相对定量的蛋白质,探讨蛋白质的差异表达规律,并利用基因本体论注释分析和京都基因与基因组百科全书通路富集分析法对蛋白质功能和代谢通路进行分析。蛋白质组学分析共鉴定到257种蛋白质,其中251种蛋白质被定量分析。蛋清中共鉴定到48种差异蛋白,其中28种蛋白表达下调,20种蛋白表达上调。蛋黄中共鉴定到82种差异蛋白,其中58种蛋白表达下调,24种蛋白表达上调。通过比较天然富硒鸡蛋与非富硒鸡蛋中蛋白质的表达水平,发现丝氨酸肽酶抑制剂、免疫球蛋白样结构域蛋白、卵转铁蛋白和黏蛋白-6在富硒鸡蛋中的表达水平显著高于非富硒鸡蛋。通过基因本体注释分析和京都基因与基因组百科全书通路富集分析发现,天然富硒鸡蛋中与免疫调节、抗菌、抗氧化相关的蛋白质在表达水平上显著高于非富硒鸡蛋。研究结果可为揭示富硒鸡蛋与非富硒鸡蛋在营养成分价值上的差异及其分子机制提供科学依据。 展开更多
关键词 鸡蛋 天然富硒 非富硒 蛋白质组学 四维快速数据非依赖性采集
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基于数据非依赖性采集质谱技术对注射用曲妥珠单抗及其类似药结构的表征及相似性研究
2
作者 李克 李恒 周琴 《医药导报》 CAS 北大核心 2022年第4期519-523,共5页
目的基于数据非依赖性采集(DIA)质谱技术对注射用曲妥珠单抗(赫赛汀)及其类似药进行结构表征和相似性研究。方法用液相色谱/质谱(LC/MS)对赫赛汀及其类似药的完整蛋白及轻链和重链的相对分子质量进行测定;应用DIA质谱技术进行肽图分析,... 目的基于数据非依赖性采集(DIA)质谱技术对注射用曲妥珠单抗(赫赛汀)及其类似药进行结构表征和相似性研究。方法用液相色谱/质谱(LC/MS)对赫赛汀及其类似药的完整蛋白及轻链和重链的相对分子质量进行测定;应用DIA质谱技术进行肽图分析,确定赫赛汀及其类似药的氨基酸全序列。结果LC/MS可准确测定赫赛汀的相对分子质量,赫赛汀类似药与原研药相对分子质量的偏差在1Da以内。应用DIA质谱技术对检测到的106个肽段进行肽图分析,显示赫赛汀类似药的氨基酸序列覆盖率>99%。赫赛汀类似药与原研药的相对分子质量和糖型信息相符、氨基酸序列完全一致。结论DIA质谱技术可用于赫赛汀及其类似药的结构表征和相似性比较研究,为今后其他单克隆抗体结构表征平台的建立提供了依据。 展开更多
关键词 赫赛汀 类似药 抗体药物 结构表征 数据非依赖性采集 质谱技术
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凉血退紫方治疗过敏性紫癜的作用机制
3
作者 许爽 席乐迎 +6 位作者 蔡明阳 徐炎 张霞 姜盈盈 曹佳蕾 宋纯东 任献青 《世界中医药》 北大核心 2025年第11期1912-1922,共11页
目的:基于4D-数据非依赖性采集(DIA)蛋白质组学技术探讨凉血退紫方(LXTZR)对过敏性紫癜(HSP)模型大鼠的影响及可能的作用机制。方法:将36只Wistar大鼠随机抽取9只作为空白组,其余大鼠建立HSP模型。造模成功后,随机分为模型组、复方甘草... 目的:基于4D-数据非依赖性采集(DIA)蛋白质组学技术探讨凉血退紫方(LXTZR)对过敏性紫癜(HSP)模型大鼠的影响及可能的作用机制。方法:将36只Wistar大鼠随机抽取9只作为空白组,其余大鼠建立HSP模型。造模成功后,随机分为模型组、复方甘草酸苷(CGT)组和LXTZR组,每组8只。连续给药4周后,观察各组大鼠皮肤及肾脏组织病理形态和免疫球蛋白A(IgA)沉积情况,运用4D-DIA蛋白质组学技术比较各组大鼠皮肤组织差异表达蛋白表达变化,并进行生物信息学分析。采用蛋白质印迹法验证关键差异表达蛋白。结果:LXTZR能够明显改善HSP模型大鼠皮肤及肾脏病理损伤,减少皮肤小血管壁和肾小球系膜区IgA沉积。蛋白质组学结果显示,共鉴定出5717个蛋白质,空白组对比模型组有187个差异表达蛋白,模型组对比LXTZR组有575个差异表达蛋白。空白组对比模型组和模型组对比LXTZR组之间共同拥有的差异表达蛋白且具有回调趋势的27个;涉及血管内皮生长因子(VEGF)信号通路、细胞凋亡、大鼠肉瘤(Ras)信号通路、Ras相关蛋白1(Rap1)信号通路等16条共同富集通路。各组大鼠皮肤组织中NRAS、RALA蛋白表达变化与蛋白质组学结果一致(P<0.01)。结论:LXTZR可通过NRAS、RALA调控VEGF、细胞凋亡、Ras信号通路,从而发挥治疗HSP的作用。 展开更多
关键词 过敏性紫癜 凉血退紫方 4d-数据非依赖性采集 蛋白质组学技术 差异表达蛋白 作用机制 信号通路 大鼠
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基于DIA技术的多药耐药性捻转血矛线虫蛋白质组学分析
4
作者 李炎夫 贾晓晴 +10 位作者 马梅清 杜山 焦万明 马园 郝陆瑶 张艳妮 李倩楠 郭志凯 丁玉林 陆静 王瑞 《中国兽医杂志》 北大核心 2025年第5期65-72,共8页
为探索驱虫药耐药性产生的机制,本试验对捻转血矛线虫(Haemonchus contortus)的第3期幼虫(L3)以伊维菌素、阿苯达唑和左旋咪唑药物进行处理,采用数据非依赖性采集(DIA)蛋白质组测序技术对捻转血矛线虫L3经药物作用前后的蛋白质进行差异... 为探索驱虫药耐药性产生的机制,本试验对捻转血矛线虫(Haemonchus contortus)的第3期幼虫(L3)以伊维菌素、阿苯达唑和左旋咪唑药物进行处理,采用数据非依赖性采集(DIA)蛋白质组测序技术对捻转血矛线虫L3经药物作用前后的蛋白质进行差异表达分析,以筛选表达差异的多药耐药性相关蛋白质。结果显示,共鉴定出1 888个差异表达蛋白质,其中63个与多药耐药性相关;进一步的深入分析揭示,有36个蛋白质的表达差异显著(P <0.05),而25个是捻转血矛线虫特有的、与耐药性相关的差异表达蛋白质。基因本体论(GO)分析结果显示,共有60个差异表达耐药性蛋白质被归类于生物学领域的76个分支中;京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析结果显示,有46个表达水平不同的蛋白质富集到脂质代谢和内分泌系统等75条信号通路中。综合分析发现,有5个捻转血矛线虫特有的耐药性蛋白质表达水平差异显著,分别为含有UDP-葡萄糖醛基转移酶结构域的部分蛋白质、抗原H11、免疫球蛋白v组和i组、含有酪氨酸蛋白激酶(PTK)结构域的蛋白质及含有致命巨幼虫同源结构域2的蛋白质,这些蛋白质均参与重要的生物学过程和关键代谢通路。本试验所获结果为揭示差异表达蛋白质与捻转血矛线虫脂类代谢、内分泌系统和多药耐药性的关系提供了基础数据,对探明捻转血矛线虫多药耐药性产生的机制具有重要意义。 展开更多
关键词 多药耐药性 捻转血矛线虫 数据非依赖性采集(DIA) 蛋白质组学 耐药性相关蛋白质
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基于质谱的单细胞蛋白质组学分析
5
作者 范智瑞 方群 杨奕 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2024年第11期61-76,共16页
单细胞蛋白质组学分析能揭示细胞个体之间蛋白质的精细差异,在诸多重要领域具有重要的应用价值,已成为目前的研究热点;其难点在于单细胞内的蛋白质极其微量,需要解决样品处理过程中的损失问题、色谱质谱检测的灵敏度问题和低信号强度质... 单细胞蛋白质组学分析能揭示细胞个体之间蛋白质的精细差异,在诸多重要领域具有重要的应用价值,已成为目前的研究热点;其难点在于单细胞内的蛋白质极其微量,需要解决样品处理过程中的损失问题、色谱质谱检测的灵敏度问题和低信号强度质谱数据的解析利用问题.本文从单细胞分选、样品处理、色谱质谱采集和数据分析等方面,综合评述了目前基于质谱的单细胞蛋白质组学分析方法的研究进展及其在生物医学领域的应用,并展望了其未来的发展前景. 展开更多
关键词 质谱 蛋白质组学 单细胞 微流控 数据非依赖性采集
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标志物研究中常用蛋白组学质谱方法的定量准确性评估
6
作者 张磊 申华莉 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2024年第11期191-199,共9页
在疾病发生过程中,蛋白质的表达水平、修饰状态或相互作用模式的变化有可能反映病理状态或疾病进展,因此蛋白质常被用作疾病标志物.基于质谱的蛋白质组学发现了大量的潜在疾病标志物,这些标志物及其质谱检测方法能否进一步推广至临床检... 在疾病发生过程中,蛋白质的表达水平、修饰状态或相互作用模式的变化有可能反映病理状态或疾病进展,因此蛋白质常被用作疾病标志物.基于质谱的蛋白质组学发现了大量的潜在疾病标志物,这些标志物及其质谱检测方法能否进一步推广至临床检测,定量准确性和稳定性是关键.本文合成了32条标准肽段,对数据非依赖性采集(DIA)、多反应监测(MRM)及平行反应监测(PRM) 3种有潜力在临床质谱方面大规模应用的定量方法进行了比较和评估.将肽段稀释成4个不同的浓度来模拟不同丰度的实际样本,用以上3种质谱方法采集数据后,比较了肽段发现率、标准曲线线性、日间和日内精密度及保留时间(RT)漂移等情况,总结了3种定量方法各自的优缺点和潜在应用方向.结果表明,MRM定量方法最适合临床应用,在于其优异的日间日内稳定性、灵敏度和定量精度;PRM适合科研方向靶向定量,因其拥有最高灵敏度和较高稳定性定量精度;而DIA由于高通量而依赖于软件和算法解析,定量数目多的同时,对于特定肽段定量准确性比PRM/MRM差. 展开更多
关键词 临床质谱 蛋白质组学 平行反应监测 多反应监测 数据非依赖性采集
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超高效液相色谱-四极杆-飞行时间质谱法快速辨识芪玉三龙汤化学成分 被引量：12
7
作者 黄梦文 吴欢 +5 位作者 于伟 王影 汪逢灿 张纯纯 周龙生 李泽庚 《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2021年第7期730-743,共14页
利用超高效液相色谱-四极杆-飞行时间质谱(UPLC-QTOF-MS)的数据非依赖性采集(DIA)技术,结合靶向筛查方法,快速辨识芪玉三龙汤(Qi-Yu-San-Long decoction,QYSLD)化学成分。以Waters ACQUITY UPLC BEH C18柱(100 mm×2.1 mm,1.7μm)... 利用超高效液相色谱-四极杆-飞行时间质谱(UPLC-QTOF-MS)的数据非依赖性采集(DIA)技术,结合靶向筛查方法,快速辨识芪玉三龙汤(Qi-Yu-San-Long decoction,QYSLD)化学成分。以Waters ACQUITY UPLC BEH C18柱(100 mm×2.1 mm,1.7μm)为色谱柱,流速为0.2 mL/min,柱温为35℃,进样量为2μL,以0.1%(v/v)甲酸水溶液-乙腈为流动相进行梯度洗脱。采用电喷雾电离(ESI)源,以全信息串联质谱(MSE)技术在正、负离子模式下分别采集QYSLD复杂组分的质谱数据。通过检索文献和在线数据库,建立QYSLD中各单味药材化学成分库。将采集到的样品原始质谱数据与QYSLD化学成分库导入天然产物后处理筛查(UNIFI)平台;在UNIFI平台中设置参数(保留时间偏差为±0.1 min,精确质量数偏差阈值为±5×10^(-6),正离子模式下,选择[M+H]^(+)和[M+Na]^(+)为准分子离子或加合离子,负离子模式下,选择[M-H]^(-)和[M+HCOO]^(-))。经UNIFI平台对MSE模式下采集的质谱数据与自建数据库中成分作靶向筛查,结合化合物准分子离子、质谱裂解途径及部分对照品进行结构确认。从QYSLD中共识别出166种化学成分,其中皂苷类22种,生物碱类13种,黄酮类27种,萜类32种,氨基酸类20种,苯丙素类16种,有机酸类9种,甾醇类6种,蒽醌类6种,其他类15种。其中16种成分使用对照品作验证。研究建立的方法能够快速、可靠的表征QYSLD中的化学成分,为该复方的药效物质及质量控制研究奠定了基础。 展开更多
关键词 超高效液相色谱-四极杆-飞行时间质谱 数据非依赖性采集 靶向筛查 芪玉三龙汤
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