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基于454高通量测序的黄土高原不同乔木林土壤细菌群落特征 被引量:26
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作者 刘洋 曾全超 黄懿梅 《中国环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第11期3487-3494,共8页
选取黄土高原不同乔木林(辽东栎,LDL;侧柏,CB;刺槐,CH;油松,YS)表层土壤为研究对象,利用第二代高通量测序技术罗氏454平台对其进行16SrRNA基因V1~V3可变区测序,通过分析其Alpha多样性、物种组成和丰度、群落结构,结合土壤的理化性质研... 选取黄土高原不同乔木林(辽东栎,LDL;侧柏,CB;刺槐,CH;油松,YS)表层土壤为研究对象,利用第二代高通量测序技术罗氏454平台对其进行16SrRNA基因V1~V3可变区测序,通过分析其Alpha多样性、物种组成和丰度、群落结构,结合土壤的理化性质研究其对细菌群落结构的影响.结果表明:所有土壤样品共检测到36个门,84个纲,187个目.不同乔木林土壤中优势菌来自变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、绿弯菌(Chloroflexi)和浮霉菌门(Planctomycetes),主要的优势菌纲为放线杆菌纲(Actinobacteria)、α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)、酸杆菌(Acidobacteria)、β-变形菌纲(Betaproteobacteria)、浮霉菌纲(Planctomycetacia).不同乔木林土壤中绿弯菌门(Chloroflexi)与pH值呈极显著的正相关,总磷和蓝细菌(Cyanobacteria)呈极显著的正相关,微生物生物量碳与芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)呈极显著的负相关,土壤总磷含量可能为CB样地区别于其他土样群落组成的主要因素.LDL样地细菌群落受环境影响较小. 展开更多
关键词 454高通量测序 子午岭 不同乔木林 土壤细菌 环境因子
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用于Roche/454高通量测序的12个多重标签转录组文库的构建 被引量:1
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作者 陈志森 黄子夏 +1 位作者 陈军 柯才焕 《厦门大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期774-781,共8页
利用第二代测序技术测定海洋生物转录组已成为揭示海洋生物分子生物学机制的重要工具.以长度为10nt的不同多重标签(multiplex identifier)进行区分,构建了杂色鲍(Haliotis diversicolor)、僧帽牡蛎(Saccostrea cucullata)和亚心形扁藻(P... 利用第二代测序技术测定海洋生物转录组已成为揭示海洋生物分子生物学机制的重要工具.以长度为10nt的不同多重标签(multiplex identifier)进行区分,构建了杂色鲍(Haliotis diversicolor)、僧帽牡蛎(Saccostrea cucullata)和亚心形扁藻(Platymonas subcordiformis)3种海洋生物的12个多重标签转录组文库.以合适的比例对各文库进行混合,利用定量PCR、Qubit和NanoDrop-1000等3种DNA浓度测定方法测定每个多重标签转录组文库的DNA浓度,3种方法的数值均一化并加权平均后,按照预定比例混合.为评估文库质量,先采用传统的Sanger测序测定了混合文库的192条序列,发现191条序列具有符合Roche/454高通量测序要求的AB格式,即一端为454A序列,另一端为454B序列;其中189条序列能分辨出其带有的多重标签;插入的平均长度为348bp.然后通过Roche/454的滴定测序获得了34642条序列,其中32872条序列(94.9%)能分辨出其带有的多重标签,能够精确地分配到12个转录组,并且利用滴定测序结果计算出每个转录组文库的真实比例,对定量PCR、Qubit和NanoDrop-1000进行了评估,结果表明定量PCR是相对准确的定量方法.以上的评估表明所建立的转录组文库构建方法是稳定可靠的,可以广泛应用于转录组学研究. 展开更多
关键词 转录组 Roche/454高通量测序 多重标签 PCR抑制效应
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基于聚合酶链式反应-高通量测序(PCR-HTS)联用的cry2A基因鉴定方法 被引量:1
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作者 陈桂花 束长龙 +4 位作者 李颖 宋福平 郭媛媛 李国勋 张杰 《中国生物防治学报》 CSCD 北大核心 2014年第5期696-702,共7页
cry2基因对多种鳞翅目害虫具有高毒力,且与cry1A类基因无交互抗性,具有重要的应用价值。为了提高苏云金芽胞杆菌Bacillus thuringiensis(Bt)cry2杀虫基因资源的筛选和鉴定效率,本研究分析了所有已报到的cry2A基因的保守区,设计了4对通... cry2基因对多种鳞翅目害虫具有高毒力,且与cry1A类基因无交互抗性,具有重要的应用价值。为了提高苏云金芽胞杆菌Bacillus thuringiensis(Bt)cry2杀虫基因资源的筛选和鉴定效率,本研究分析了所有已报到的cry2A基因的保守区,设计了4对通用引物,对2000株Bt菌株基因组DNA混合样品进行了PCR扩增,并利用454高通量测序仪对这些混合扩增产物进行了测序。测序总量有280704条Reads,序列分析结果表明,这些Bt菌株中含有已知的所有9类cry2类基因,其中包括cry2Ae和cry2Ai这2类在国内Bt菌株中未见报道的基因;同时,发现了新型cry2类基因的片段;随后设计特异性引物,扩增获得了半长基因片段cry2-1和cry2-2,进一步利用重叠PCR法获得了全长新基因cry2X,该基因的编码区为1902 bp,编码633个氨基酸;其氨基酸序列与Cry2Ab13蛋白的相似性最高,为93%,属于第三等级的模式基因。建立聚合酶链式反应-高通量测序(polymerase chain reaction-high throughput sequencing,PCR-HTS)联用的基因鉴定方法,具有快速、灵敏、准确、高通量、覆盖范围广等优点,不仅可以对Bt菌株中已知杀虫基因进行鉴定,而且能够发现新的基因,将在Bt基因鉴定、发掘中发挥重要的作用。 展开更多
关键词 苏云金芽胞杆菌 聚合酶链式反应 454高通量测序 cry2基因
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基于454测序的油茶DNA序列微卫星观察与分析 被引量:23
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作者 温强 徐林初 +4 位作者 江香梅 李江 顾胤聪 徐立安 黄敏仁 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第8期43-50,共8页
采用MISA软件挖掘比较各1/4个454高通量测序反应获得的普通油茶、浙江红山茶和短柱茶EST序列及普通油茶基因组序列中的微卫星信息。结果显示:3个种的EST序列微卫星出现频率大小相近,普通油茶EST序列的微卫星出现频率高于其基因组序列的... 采用MISA软件挖掘比较各1/4个454高通量测序反应获得的普通油茶、浙江红山茶和短柱茶EST序列及普通油茶基因组序列中的微卫星信息。结果显示:3个种的EST序列微卫星出现频率大小相近,普通油茶EST序列的微卫星出现频率高于其基因组序列的;在所有被检索序列的二至六碱基微卫星中,均以二碱基微卫星最多(>55%),并以(AG)n类型为主,但三碱基微卫星在所有EST序列中以(AAG)n类型最多,而在普通油茶基因组序列中则以(AAT)n最多;除六碱基微卫星外,二至五碱基微卫星均表现为不同微卫星重复单元的丰度随着微卫星碱基长度增加而减少。在转录组序列中,除六碱基微卫星之外,不同微卫星单元重复数的变异与重复单元长度呈负相关,推测二碱基微卫星理论多态性最高,而五碱基微卫星理论多态性最低;对在无冗余独立基因各区域中的微卫星进行统计,显示分布比例依次为3'UTR>CDS>5'UTR,在相同区域内比较,UTR区域中二碱基微卫星占总数量比例最大,CDS区域内三碱基微卫星的比例最高,此外5'UTR区域的三碱基微卫星的分布比例均高于3'UTR,初步推断5'UTR区域的微卫星相对3'UTR要保守些。 展开更多
关键词 山茶属 454高通量测序 微卫星
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海洋沉积物氨氧化菌群落结构的测序分析 被引量:2
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作者 贺惠 陈阳阳 +4 位作者 王勋功 甄毓 米铁柱 于志刚 李迎 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第8期22-29,共8页
本文以氨氧化细菌(ammonia-oxidizing bacteria,AOB)特征基因氨单加氧酶(ammonia monooxygenase,AMO)α亚基基因(amoA)为目标基因(~491bp),分别采用克隆文库、454高通量测序和illumina测序技术对其群落结构进行了比较研究。结果表明, ... 本文以氨氧化细菌(ammonia-oxidizing bacteria,AOB)特征基因氨单加氧酶(ammonia monooxygenase,AMO)α亚基基因(amoA)为目标基因(~491bp),分别采用克隆文库、454高通量测序和illumina测序技术对其群落结构进行了比较研究。结果表明, 454高通量测序和illumina测序技术得到的菌群多样性及丰富度均高于克隆文库技术。在菌群组成方面,虽然3种测序技术检测到的优势类群均为亚硝化螺菌,但在菌群丰度方面存在差异。3种测序技术中,克隆文库技术在很大程度上可能高估物种丰度,且对部分低丰度类群的检测能力有限;illumina单端测序由于其测序片段较短,可能存在物种注释错误、不能准确区分各物种间序列差异等问题;比较而言, 454高通量测序技术能较为全面和准确地反映海洋沉积物中AOB的菌群结构特征。 展开更多
关键词 氨氧化细菌 454高通量测序技术 illumina技术 克隆文库 沉积物
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A/O生物膜法强化处理石化废水及生物膜种群结构研究 被引量:38
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作者 张楠 初里冰 +3 位作者 丁鹏元 王星 杨琦 王建龙 《中国环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第1期80-86,共7页
采用A/O生物膜反应器处理石化综合废水.反应器在O段添加装有改性聚氨酯泡沫的多孔塑料球载体,强化有机物的降解效率.反应器进水分别为水解酸化池出水(阶段Ⅰ),石化工业废水与生活污水比例为3∶1(阶段Ⅱ)以及单纯的石化工业废水(阶... 采用A/O生物膜反应器处理石化综合废水.反应器在O段添加装有改性聚氨酯泡沫的多孔塑料球载体,强化有机物的降解效率.反应器进水分别为水解酸化池出水(阶段Ⅰ),石化工业废水与生活污水比例为3∶1(阶段Ⅱ)以及单纯的石化工业废水(阶段Ⅲ).结果表明,尽管进水COD和氨氮波动较大,但出水COD和氨氮的去除率保持稳定,说明生物膜反应器具有较好的抗冲击负荷能力.在HRT为30h,COD和氨氮的去除率为74%~77%和96%~93%,总氮和总磷的去除率为58%和79%.第Ⅱ阶段进水为工业废水和生活污水混合的处理效果最好,出水COD和氨氮浓度分别为(63&#177;12)mg/L和(0.75&#177;0.28)mg/L.出水总氮主要为硝酸氮,亚硝酸氮的浓度很低(小于0.1mg/L),表明硝化作用进行得较为完全.进水中有机物的分子量主要分布在小于1 kDa(70.9%)和大于100kDa(10.4%).出水中大于10kDa的有机物所占比例减小,分子量主要分布在小于1 kDa(56.6%)和1~5kDa(26.2%),表明A/O生物膜反应器对大分子有机物的降解较好.454高通量测序结果表明:生物膜中变形菌门菌群所占比例最大(60.0%),其次是浮霉菌门(16.9%)和拟杆菌门(9.8%).在属的水平检测到氨氧化菌(AOB)Nitrosomonas和亚硝酸盐氧化菌(NOB) Nitrospiraceae Nitrospira以及反硝化菌Azospira和Thermomonas.NOB的比例较高,这与反应器较好的硝化作用相一致. 展开更多
关键词 石化废水 A/O生物膜工艺 454高通量测序 污水处理
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厌氧消化过程稳定性与微生物群落的相关性 被引量:28
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作者 李蕾 何琴 +4 位作者 马垚 赵小飞 瞿莉 王小铭 彭绪亚 《中国环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第11期3397-3404,共8页
为探析厌氧消化过程稳定性与微生物群落的相关性,在餐厨垃圾厌氧消化反应器中引入负荷扰动以诱导不同的运行状态,理化分析和高通量测序相结合用于研究各个状态下的状态参数响应及微生物群落动态.结果表明,均衡的群落结构保证了反应器的... 为探析厌氧消化过程稳定性与微生物群落的相关性,在餐厨垃圾厌氧消化反应器中引入负荷扰动以诱导不同的运行状态,理化分析和高通量测序相结合用于研究各个状态下的状态参数响应及微生物群落动态.结果表明,均衡的群落结构保证了反应器的稳定运行,稳定状态下反应器的甲烷产率和挥发性固体(VS)去除率分别高达(0.50±0.01)LCH_4/g VS和(89.58±0.08)%.高负荷下产酸细菌(柔膜菌门、放线菌门)大量增殖,诱导互养脂肪酸降解菌(梭菌纲)的相对丰度剧增,然而与之互营的氢型产甲烷菌的丰度和活性却下降了.产甲烷菌与互养脂肪酸降解菌的失衡导致它们不能有效的互养合作,从而引起挥发性脂肪酸(VFA)积累和过程失稳.积累的VFA和氨使比乙酸产甲烷活性(SAMA)和比产甲烷活性(SMA)分别下降60.12%和72.51%,进一步加剧了过程失稳.扰动停止后,尽管反应器恢复了原有运行条件和性能,但微生物群落达到了新的平衡. 展开更多
关键词 餐厨垃圾 厌氧消化 过程稳定性 微生物群落 454高通量测序
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不同磷肥用量对水稻土有机碳矿化和细菌群落多样性的影响 被引量:14
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作者 李霞 田光明 +1 位作者 朱军 张志剑 《土壤学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期360-372,共13页
以水稻田田间定位试验为研究对象,利用三维荧光光谱技术(3D EEMs)和454测序技术,采集4个施磷水平(0、30、60、90 kg hm-2a-1)土壤,测定其有机碳矿化、溶解有机碳(DOC)组成和结构特征及细菌群落结构和丰度的变化。结果显示:水... 以水稻田田间定位试验为研究对象,利用三维荧光光谱技术(3D EEMs)和454测序技术,采集4个施磷水平(0、30、60、90 kg hm-2a-1)土壤,测定其有机碳矿化、溶解有机碳(DOC)组成和结构特征及细菌群落结构和丰度的变化。结果显示:水田施磷增加了土壤速效磷(Olsen-P),从而提高了土壤DOC含量,加速了有机碳的矿化速率和累积矿化量。3D EEMs 结果表明,施磷分别显著增加了荧光指数和鲜度指数值1%~10%和3%~21%,而降低了腐殖化指数,且与土壤生化性质(Olsen-P、DOC和β-葡萄糖苷酶)具有显著相关性。说明施磷通过提高Olsen-P,促进了微生物源DOC的生成,同时降低了DOC的芳香化程度、分子量及腐殖化程度,从而提高了DOC生物可降解性。同时,施磷提高了细菌群落的丰度和多样性,特别是磷诱导了多种具有碳降解功能细菌的增加,从而加速了复杂有机碳的降解和甲烷氧化。此外,主成分分析表明稻田磷素施用量在30~60 kg hm-2a-1时对土壤有机碳矿化及细菌群落多样性的提高作用最为明显。因此,适度施磷能显著提高涉碳降解微生物的活性,从而提高DOC的生物可降解性,加速有机碳的矿化速率,促进稻田土壤有机碳循环。 展开更多
关键词 有机碳 三维荧光光谱 腐殖化 细菌群落 454高通量测序
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宁波沿海陆源排污口放线菌(Actinomycetales sp.)的分布特点 被引量:4
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作者 司开学 夏长革 +8 位作者 王朝阳 张迪骏 何珊 周君 张红燕 韩姣姣 崔晨茜 董丽莎 苏秀榕 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期400-406,共7页
利用454高通量测序技术对宁波沿海10个陆源排污口20个站位的放线菌的时空分布及5个工业排污口的放线菌的种类作了整体分析。成功鉴定出了83个属,84个种。研究结果显示:放线菌在陆源排污口的分布呈现季节性分布,从3月份到10月份,放线菌... 利用454高通量测序技术对宁波沿海10个陆源排污口20个站位的放线菌的时空分布及5个工业排污口的放线菌的种类作了整体分析。成功鉴定出了83个属,84个种。研究结果显示:放线菌在陆源排污口的分布呈现季节性分布,从3月份到10月份,放线菌数量呈现先升高后下降的变化,5月份和8月份数量居高,在3月份和10月份偏低;在综合排污口(S4,S6,S8和S9)检测频次较高,在工业排污口(S1,S3,S5,S7和S10)检测频次居中,在市政排污口(S2)检出频次最低。不同类型的排污口,氨氮浓度的排出量不同,放线菌的种类和数量也不同。在5个工业排污口中,S7和S10检出的共同菌最多;在S7独自检出短双歧杆菌(Bifidobacterium breve)、长双歧杆菌(B.longum)和两岐双岐杆菌(B.bifidum),表明存在粪源污染物;在S5检出皱孢链霉菌(Streptomyces scabrisporus)和硫藤黄链霉菌(S.thioluteus),显示有石油降解物和重金属的污染。总体上看,放线菌数量在距排污口外50m处略高于排污口处。排放指标越相似,菌的种类越接近。 展开更多
关键词 放线菌 排污口 454高通量测序 16S RRNA
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雉鸡SSR分子标记开发
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作者 赵乐乐 邢磊 +1 位作者 袁红艳 陆雪林 《畜禽业》 2019年第10期4-6,共3页
目的进行雉鸡SSR分子标记的开发。方法在雉鸡分子标记未知的情况下,采用454测序平台结合SSR富集文库测序的高通量测序方法进行雉鸡SSR分子标记的开发,对测序数据进行分析与筛选。结果获得如下结果:①原始数据经质量过滤后的总reads数为2... 目的进行雉鸡SSR分子标记的开发。方法在雉鸡分子标记未知的情况下,采用454测序平台结合SSR富集文库测序的高通量测序方法进行雉鸡SSR分子标记的开发,对测序数据进行分析与筛选。结果获得如下结果:①原始数据经质量过滤后的总reads数为289008条,总碱基数为109667298个,含有SSR位点的序列数为48168条;②单核苷酸重复SSR到六核苷酸重复SSR在雉鸡基因组中均有分布。其中单核苷酸重复SSR数目最多,达25648个,占SSR位点总数的39.33%;双核苷酸和三核苷酸SSR数量亦较丰富,分别为19618和9299个,占SSR位点总数的30.08%和14.26%;而四核苷酸至六核苷酸重复SSR数目较少,三者的总和为10651个,其中六核苷酸重复序列最少,仅为603个。结论通过雉鸡SSR分子标记数据库的构建,为雉鸡种质资源遗传多样性分析、分子标记辅助育种、遗传图谱构建和功能基因的挖掘等提供了有利工具。 展开更多
关键词 雉鸡 SSR分子标记 SSR富集文库 454高通量测序
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溶解氧对输水管道生物膜微生物群落结构及出水水质影响 被引量:6
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作者 雒江菡 贾瑞宝 +3 位作者 于瑞洪 阎力君 李圭白 梁恒 《哈尔滨工业大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第8期24-30,共7页
为提高微污染原水输水安全性,采用生物膜环状反应器(biofilm annular reactor,BAR)模拟原水输水管网,研究溶解氧(DO)对出水水质及生物膜微生物的影响,运用454-高通量测序技术对生物膜的微生物多样性和丰度进行分析.结果表明:随着溶解氧... 为提高微污染原水输水安全性,采用生物膜环状反应器(biofilm annular reactor,BAR)模拟原水输水管网,研究溶解氧(DO)对出水水质及生物膜微生物的影响,运用454-高通量测序技术对生物膜的微生物多样性和丰度进行分析.结果表明:随着溶解氧浓度的提高,反应器出水浊度、总铁、氨氮大幅度下降,该过程对总氮和CODMn去除的影响并不明显;生物膜中的铁细菌、硫酸盐还原菌的量均随溶解氧浓度的提高而降低,而微生物多样性和丰度(如硝化细菌)随溶解氧质量浓度的提高而升高.提高溶解氧能够缓解管道腐蚀,提高管壁生物膜的净水作用. 展开更多
关键词 原水 溶解氧 生物膜 454-高通量技术 微生物群落结构
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黄河三角洲盐碱地土壤真菌多样性及其与土壤理化性质的关系 被引量:16
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作者 王艳云 郭笃发 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2016年第11期1901-1907,共7页
米用454高通量测序(454 high throughput sequencing)分析方法,研究不同覆被(光板地和柽柳群落以及白茅群落)类型下土壤真菌组成、多样性及与理化性质的关系.该研究共获得5门174属真菌,不同土样中真菌种类和多样性有所不同,其中,白... 米用454高通量测序(454 high throughput sequencing)分析方法,研究不同覆被(光板地和柽柳群落以及白茅群落)类型下土壤真菌组成、多样性及与理化性质的关系.该研究共获得5门174属真菌,不同土样中真菌种类和多样性有所不同,其中,白茅群落真菌的种类较多,尤其是HZ3A(白茅0.20cm)中真菌属数量最多,其真菌属分别是HZ1A(光板地0.20cm)、HZ1B(光板地20.40cm)、HZ2A(柽柳0.20cm)、HZ2B(柽柳20.40cm)、HZ3B(白茅20.40cm)的2.23、1.74、1.24、2.18和1.38倍.此外,白茅群落真菌多样性高于柽柳群落和光板地.碱解氮对土壤真菌多样性和分布的影响最大,其与Kunfia、旋孢腔菌属(Cochliobo-lus)、毛霉属(Mwcor)、马拉色氏霉菌属(Malassezia)的相对丰度呈负相关,与其余真菌属的相对丰度呈正相关. 展开更多
关键词 黄河三角洲 454高通量测序 土壤真菌 真菌多样性 碱解氮
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