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15株四川地区猪圆环病毒3型全基因序列的克隆与分析
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作者 肖璐 周泷 +11 位作者 吴学婧 于吉锋 谢晶 李兴玉 叶勇刚 魏勇 林毅 曹冶 潘梦 叶健强 毛从剑 康润敏 《中国动物传染病学报》 北大核心 2025年第1期171-180,共10页
为了解四川省地区猪圆环病毒3型(PCV3)流行毒株的分子及遗传变异规律,试验采用生物学软件,设计3对特异性引物对从四川地区部分养殖场猪群中收集的15份PCV3阳性样品进行分段扩增、全基因序列遗传变异分析。结果表明:PCR分段扩增分别得到... 为了解四川省地区猪圆环病毒3型(PCV3)流行毒株的分子及遗传变异规律,试验采用生物学软件,设计3对特异性引物对从四川地区部分养殖场猪群中收集的15份PCV3阳性样品进行分段扩增、全基因序列遗传变异分析。结果表明:PCR分段扩增分别得到大小为623、803和753 bp的条带,阳性克隆菌测序结果与GenBank中PCV3的同源性均大于98.6%;15株样品毒株的全基因核苷酸序列的同源性为98.1%~99.8%,推导氨基酸序列的同源性为95.8%~99.2%,由Cap基因的遗传进化分析发现从四川地区获取的15株PCV3毒株属于3a和3b两个亚群。说明四川地区流行的PCV3毒株至少存在3a和3b 2个亚群,该亚群的变异程度低、较为保守。 展开更多
关键词 猪圆环病毒3型(PCV3) 序列分析 遗传变异 流行病学
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Subtle traps prediction using sequence stratigraphy and 3D seismic technology: A case study from Qikou depression in Huanghua basin 被引量:1
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作者 MAO Ning-bo DAI Ta-gen PENG Sheng-lin 《Journal of Central South University of Technology》 2005年第z1期141-145,共5页
Forecasting subtle traps by sequence stratigraphy and 3D seismic data is a sensitive topic in hydrocarbon exploration. Research on subtle traps by geophysical data is the most popular and difficult. Based on the suffi... Forecasting subtle traps by sequence stratigraphy and 3D seismic data is a sensitive topic in hydrocarbon exploration. Research on subtle traps by geophysical data is the most popular and difficult. Based on the sufficiently drilling data, log data, core data and 3D seismic data, sediment sequence of Qikou depression, Huanghua basin was partitioned by using sequence stratigraphy theory. Each sediment sequence system mode was built. Sediment faces of subtle traps were pointed out. Dominating factors forming subtle traps were analyzed. Sandstone seismic rock physics and its response were studied in Tertiary System. Sandstone geophysical response and elastic modulus vary laws with pressure, temperature, porosity, depth were built. Experimental result and practice shows that it is possible using seismic information forecasting subtle traps. Integrated using geology, log, drilling data, special seismic processing technique, interpretation technique, high precision horizon calibration technique, 3D seismic visualizing interpretation, seismic coherence analysis, attribute analysis, logging-constrained inversion, time frequency analysis, subtle trapsobject is identified and interpreted. Finally, advantage object of subtle trap in this area was determined. Bottomland sand stratigraphic and lithologic reservoirs in Qinan slope zone have been founded by means of high resolution 3D seismic data field technique, high resolution 3D seismic data processing technique and seismic wave impendence inversion technique. 展开更多
关键词 Huanghua BASIN sequence STRATIGRAPHY subtle TRAP SEISMIC exploration 3D SEISMIC ultrasonic wave
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基质金属蛋白酶3参与小鼠矽肺纤维化的机制研究
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作者 王宇梦 罗薇 巢杰 《解放军医学杂志》 北大核心 2025年第4期458-466,共9页
目的探究基质金属蛋白酶3(MMP3)在二氧化硅(SiO_(2))诱导的小鼠矽肺模型中的表达情况及其参与矽肺纤维化的机制。方法6只C57B/6雄性小鼠随机分为对照组与矽肺组(n=3)。矽肺组小鼠经气管滴注SiO_(2)悬液0.2 g/kg构建矽肺模型,对照组经气... 目的探究基质金属蛋白酶3(MMP3)在二氧化硅(SiO_(2))诱导的小鼠矽肺模型中的表达情况及其参与矽肺纤维化的机制。方法6只C57B/6雄性小鼠随机分为对照组与矽肺组(n=3)。矽肺组小鼠经气管滴注SiO_(2)悬液0.2 g/kg构建矽肺模型,对照组经气管滴注等量生理盐水;采用5 ng/ml转化生长因子-β_(1)(TGF-β_(1))处理人成纤维细胞(HPF-a)和小鼠成纤维细胞(MLg)构建矽肺离体细胞模型。Masson染色和天狼腥红染色观察SiO_(2)对小鼠肺组织及其细胞外基质(ECM)的影响。对小鼠肺组织进行单细胞转录组测序,采用生物信息学方法分析矽肺组小鼠ECM相关细胞成分的变化及关键基因;空间转录组测序分析关键基因的表达与分布情况。Western blotting检测小鼠肺组织和成纤维细胞中波形蛋白和MMP3蛋白表达水平的改变;免疫荧光染色检测MMP3蛋白在小鼠肺组织ECM和TGF-β_(1)处理的HPF-a、MLg中的表达,以及在小鼠肺组织ECM中的蓄积情况。结果Masson染色和天狼腥红染色结果显示,矽肺组小鼠肺组织出现纤维化样改变且ECM胶原沉积明显。单细胞和空间转录组测序及相关生物信息学分析显示,矽肺组小鼠ECM成分改变与成纤维细胞相关,MMP3是其关键基因;矽肺组小鼠肺组织MMP3 mRNA表达水平升高,且主要分布于纤维化病灶部位。Western blotting检测结果显示,与对照组比较,矽肺组小鼠肺组织MMP3蛋白表达水平升高(P<0.05);TGF-β_(1)处理后,HPF-a中MMP3蛋白表达水平呈时间依赖性升高(P<0.05)。免疫荧光染色结果显示,与对照组比较,矽肺组小鼠肺组织ECM中MMP3蛋白表达水平升高(P<0.05);将TGF-β_(1)处理后的MLg移植到正常小鼠肺组织ECM后,其MMP3表达水平升高(P<0.05),MLg移植的小鼠肺组织ECM经脱细胞处理后,其MMP3表达水平同样升高(P<0.01);矽肺组小鼠肺组织中波形蛋白和MMP3在矽结节及其周围的共定位信号明显增强(P<0.01)。结论在小鼠矽肺模型中,TGF-β_(1)可导致成纤维细胞分泌的MMP3增多并潴留在肺ECM中,从而加重胶原沉积,促进肺纤维化。MMP3可能成为矽肺纤维化的潜在治疗靶点。 展开更多
关键词 基质金属蛋白酶3 细胞外基质 矽肺 单细胞转录组测序 空间转录组测序
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DAP-seq和RNA-seq揭示转录因子APETALA3-3调控铁皮石斛花型变化机理
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作者 宋雅蓉 朱洪凤 +3 位作者 敖叠 刘安祺 陆德银 和凤美 《热带作物学报》 北大核心 2025年第5期1052-1063,共12页
兰花唇瓣是特化的花瓣,因其多样性具有极大观赏价值和生物学价值,但其形成机理迄今仍未解决。APETALA3-3(AP3-3)是花器官身份基因,与兰花唇瓣形成有关,但其如何调控兰花唇瓣多样性形成机理目前未见报道。本研究以铁皮石斛野生型植株和... 兰花唇瓣是特化的花瓣,因其多样性具有极大观赏价值和生物学价值,但其形成机理迄今仍未解决。APETALA3-3(AP3-3)是花器官身份基因,与兰花唇瓣形成有关,但其如何调控兰花唇瓣多样性形成机理目前未见报道。本研究以铁皮石斛野生型植株和铁皮石斛DoAP3-3过表达植株的花器官为研究对象,通过DAP-seq和RNA-seq联合分析,从铁皮石斛转录因子DoAP3-3调控下游靶基因的角度探讨唇瓣多样性形成机制。结果表明:共鉴定出MADS6、NAC029、NAC054、WOX3、AS2、ERECTA、AG等7个关键候选靶基因,这些靶基因可能通过特异性调控或在DoAP3-3的作用下与其他基因互作调控花器官发育和花型发育。酵母单杂交实验验证表明转录因子DoAP3-3与MADS6之间存在相互作用,影响花型发育。该研究为初步解析花器官特征基因DoAP3-3与其靶基因之间的调控机制,探究兰科植物中高度特化和多样化的花形态形成机理奠定基础。 展开更多
关键词 APETALA3-3 铁皮石斛 DNA亲和纯化测序 DAP-seq 转录组测序 花型发育
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星形胶质细胞通过Cx47调控外泌体介导的CHI3L1分泌并促进少突胶质前体细胞增殖
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作者 张笑妍 程楠楠 彭彦 《中南大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第4期573-585,共13页
目的:神经退行性变性疾病与髓鞘缺失紧密相关,而少突胶质前体细胞(oligodendrocyte precursor cells,OPCs)的增殖和分化是髓鞘修复的关键,但其调控机制尚未完全明确。本研究旨在探讨星形胶质细胞(astrocytes,ASTs)通过间隙连接蛋白47(co... 目的:神经退行性变性疾病与髓鞘缺失紧密相关,而少突胶质前体细胞(oligodendrocyte precursor cells,OPCs)的增殖和分化是髓鞘修复的关键,但其调控机制尚未完全明确。本研究旨在探讨星形胶质细胞(astrocytes,ASTs)通过间隙连接蛋白47(connexin 47,Cx47)调控外泌体介导的几丁质酶3样蛋白1(chitinase-3-like protein 1,CHI3L1)分泌及其对OPCs增殖的影响机制。方法:采用清洁的出生后第1天斯普拉格-道利(postnatal day 1 Sprague-Dawley,P1SD)乳鼠原代细胞,建立OPCs与ASTs上清液共培养组(A组)、ASTs与OPCs直接接触培养组(C组)及OPCs单独培养组(O组)。采用光学显微镜、5-乙炔基-2'-脱氧尿苷(5-ethynyl-2'-deoxyuridine,EdU)掺入及流式细胞术评估细胞状态和增殖能力。采用转录组测序(RNA sequencing,RNA-Seq)和生物信息学分析(bioinformatics analysis,BA)筛选3组中OPCs的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)。采用蛋白质印迹(Western blotting,WB)和流式细胞术分析各培养组蛋白质表达和细胞周期。采用差速离心法分离、提纯外泌体,通过纳米颗粒追踪分析(nanoparticle tracking analysis,NTA)、透射电子显微镜分析观察OPCs分泌的外泌体数量和质量,采用WB验证外泌体中CHI3L1的表达水平。采用小干扰RNA(small interfering RNA,siRNA)技术敲除Cx47,评估敲除后OPCs增殖能力和外泌体分泌情况。构建包裹CHI3L1的小单层脂质体(single unilamellar vesicles,SUVs)作为人工外泌体模型,采用NTA和电子显微镜鉴定其结构和尺寸。在敲除Cx47后,补充人工外泌体并采用流式细胞术和EdU试验检测OPCs增殖情况。结果:在直接接触共培养条件下,相较于O组和A组,C组OPCs增殖最为显著(P<0.05)。RNA-Seq和WB分析结果显示,ASTs通过Cx47显著促进OPCs的增殖,并增强富含CHI3L1的外泌体的分泌。在采用siRNA技术抑制Cx47表达后,OPCs增殖活性以及外泌体释放量均显著降低(P<0.05);再次补充分离提纯的外泌体和外源性CHI3L1后,采用siRNA技术敲除Cx47对OPCs细胞增殖的抑制作用被削弱。结论:本研究揭示了ASTs通过Cx47调控OPCs增殖的新途径,ASTs在直接接触OPCs时通过Cx47增强富含CHI3L1的外泌体分泌,将细胞间接触信号转化为分泌信号,从而促进OPCs增殖。CHI3L1作为外泌体中的关键分子,在神经系统中的功能和髓鞘修复中的作用机制值得深入研究。 展开更多
关键词 少突胶质前体细胞 星形胶质细胞 间隙连接蛋白47 外泌体 几丁质酶3样蛋白1 5-乙炔基-2'-脱氧尿苷 转录组测序 差异表达基因 细胞增殖
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祖先序列重建增强D-阿洛酮糖3-差向异构酶的热稳定性 被引量:2
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作者 管立军 朱玲 +7 位作者 王崑仑 李家磊 高扬 严松 张馨笛 陈晴 季妮娜 李波 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2024年第21期121-128,共8页
为解决现有D-阿洛酮糖3-差向异构酶(DAEase)热稳定性差的产业问题,本文采用系统发育指导的大数据挖掘、合理修饰和祖先序列重建策略(ASR),重建了具有不同催化结构域DAEase的祖先序列,构建了表达载体,通过重组表达与分子对接筛选出了DAEa... 为解决现有D-阿洛酮糖3-差向异构酶(DAEase)热稳定性差的产业问题,本文采用系统发育指导的大数据挖掘、合理修饰和祖先序列重建策略(ASR),重建了具有不同催化结构域DAEase的祖先序列,构建了表达载体,通过重组表达与分子对接筛选出了DAEase A13并进行酶学性质表征,此外,还基于结构分析与分子动力学模拟揭示了DAEase A13热稳定性增强的分子机制。结果表明,基于ASR策略所构建的A13 70℃时半衰期可达8.4 h,其热稳定性较野生(WT)酶显著增强,最大转化率为31%,催化活性也略高于WT酶。立体结构模拟与分子动力学模拟揭示了ASR A13中大量氢键和疏水作用的增加维持了高温下酶分子结构的稳定性,是其热稳定性增强的主要因素。研究结果证实了ASR策略可以改造DAEase使其稳定性、活性和混杂性增强,可以为D-阿洛酮糖工业生产提供良好的生物催化剂。 展开更多
关键词 祖先序列重建 D-阿洛酮糖 D-阿洛酮糖3-差向异构酶 热稳定性
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优化MRI重T_2 3D-SPACE-STIR序列在臂丛神经扫描中的临床应用价值 被引量:16
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作者 赵凌云 刘琴 +1 位作者 谈晓飞 刘栋 《放射学实践》 北大核心 2019年第5期560-564,共5页
目的:探讨优化MRI重T_2 3D-SPACE-STIR序列在臂丛神经显示方面的可行性及临床应用价值。方法:回顾性分析行磁共振臂丛神经扫描的50例患者的临床及影像资料,所有患者均行常规臂丛神经平扫(方法 A)、增强扫描(方法 B)及优化MRI重T_2 3D-SP... 目的:探讨优化MRI重T_2 3D-SPACE-STIR序列在臂丛神经显示方面的可行性及临床应用价值。方法:回顾性分析行磁共振臂丛神经扫描的50例患者的临床及影像资料,所有患者均行常规臂丛神经平扫(方法 A)、增强扫描(方法 B)及优化MRI重T_2 3D-SPACE-STIR序列(方法 C)扫描。比较三种成像方法的图像质量、图像背景抑制、信噪比(SNR)、对比噪声比(CNR)和臂丛神经锁骨上、下段的显示率,并进行统计学分析。结果:三种成像方法的图像质量评分分别为3.51±0.42、3.76±0.47、3.75±0.43,方法B和C明显优于方法 A,差异有统计学意义(方法 A与C比较P=0.024,方法A与B比较P=0.043),但B与C之间差异无统计学意义。方法 B的背景抑制效果最佳,三种成像方法两两之间差异均有统计学意义(方法 A与B比较P=0.000,方法 A与C比较P=0.024,方法B与C比较P=0.010)。方法 A与C之间的SNR和CNR差异均有统计学意义(P值均=0.000)。三种成像方法对锁骨上段的显示率分别为66.0%、88.0%、84.0%,方法 A与C之间差异有统计学意义(P=0.035),方法B与C之间差异无统计学意义(P=0.727);三种成像方法对锁骨下段的显示率分别为52.0%、80.0%、74.0%,方法 A与C之间差异有统计学意义(P=0.027),方法B与C之间差异无统计学意义(P=0.607)。结论:优化MRI重T_2 3D-SPACE-STIR序列与常规增强扫描在臂丛神经的显示上无明显差异,且均优于常规臂丛神经平扫。优化MRI重T_2 3D-SPACE-STIR序列不需要注射对比剂,对不适合使用对比剂的患者具有较高的临床应用价值。 展开更多
关键词 3d-space-stir序列 磁共振成像 磁共振增强扫描 臂丛神经 图像质量
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绵羊肺炎支原体GH3-3株全基因组测序及生物信息学分析 被引量:1
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作者 田彤彤 葛家振 +4 位作者 高鹏程 李学瑞 宋国栋 郑福英 储岳峰 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期323-334,共12页
【目的】全面了解绵羊肺炎支原体GH3-3株的基因序列,研究其潜在的致病机制及其复制、转录、翻译过程的调控机制。【方法】采用体外培养,利用细菌基因组DNA提取试剂盒提取绵羊肺炎支原体GH3-3株基因组DNA,进行全基因组测序。【结果】绵... 【目的】全面了解绵羊肺炎支原体GH3-3株的基因序列,研究其潜在的致病机制及其复制、转录、翻译过程的调控机制。【方法】采用体外培养,利用细菌基因组DNA提取试剂盒提取绵羊肺炎支原体GH3-3株基因组DNA,进行全基因组测序。【结果】绵羊肺炎支原体GH3-3株基因组大小为1060772 bp,GC含量为29.66%,基因组组分分析后发现,GH3-3株的基因组含有730个编码基因,总长度为914379 bp,平均长度为1252.57 bp,占基因组全长的86.2%。串联重复序列共149个,总长为20926 bp,占基因组全长的1.97%。微卫星DNA序列102个,tRNA 30个,rRNA 3个。在NR、SwissProt、GOG、KEGG、GO、CARD、CAZy、PHI、TCDB、RMS数据库中,分别有719、459、473、394、449、33、5、180、113、59个基因被注释;在VFDB数据库中,共注释到了76个毒力因子相关的基因。将基因组序列提交至NCBI网站,获得登录号为:PRJNA1051969。【结论】获得了绵羊肺炎支原体GH3-3株完整的基因组信息,预测和注释了其基因的功能,明确了GH3-3株以及与国内外其他绵羊肺炎支原体菌株之间的遗传进化关系。 展开更多
关键词 绵羊肺炎支原体 GH3-3 全基因组测序 毒力因子 耐药基因
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宫颈上皮内瘤变3级患者凋亡相关长链非编码RNA表达谱的鉴定
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作者 刘朝阳 罗伶俐 +3 位作者 吴欣仪 王冰琦 王敏 李先平 《中南大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期1095-1108,共14页
目的:长链非编码RNA(long non-coding RNAs,lncRNAs)在肿瘤的发生和发展中发挥重要作用。宫颈上皮内瘤变3级(cervical intraepithelial neoplasia grade 3,CIN3)是宫颈癌中最严重的癌前病变。然而,lncRNAs在CIN3中的作用机制尚未明确。... 目的:长链非编码RNA(long non-coding RNAs,lncRNAs)在肿瘤的发生和发展中发挥重要作用。宫颈上皮内瘤变3级(cervical intraepithelial neoplasia grade 3,CIN3)是宫颈癌中最严重的癌前病变。然而,lncRNAs在CIN3中的作用机制尚未明确。本研究旨在总结CIN3中的lncRNAs表达谱特征,并筛选出凋亡相关lncRNAs。方法:收集CIN3患者的癌组织及癌旁组织标本。通过RNA测序(RNA sequencing,RNA-Seq)鉴定CIN3的lncRNAs差异表达谱,并采用实时反转录聚合酶链反应(real-time reverse transcription PCR,real-time RT-PCR)进行验证。利用基因本体(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)对差异表达分子进行功能富集。通过对lncRNAs的顺式和反式调控分析获得潜在的靶基因。此外,本研究通过CuffLinks分析预测了新的转录本和lncRNAs以期发现新的肿瘤调节分子。结果:在CIN3中共发现1555个差异表达基因、1562个差异表达mRNAs、241个差异表达ncRNAs和6616个新预测的差异表达lncRNAs,其中上调和下调最显著的lncRNAs分别是NR_145433.1和ENST00000513672.1。KEGG分析显示lncRNAs潜在靶基因与细胞凋亡通路、代谢通路、p53等肿瘤相关通路密切相关。5个凋亡相关lncRNAs(NR_145433.1、ENST00000510610.2、UC001Kfo、ENST00000602964.1和NR_123733.1)的real-time RT-PCR验证结果与测序结果相符合。结论:提供了全面的CIN3患者lncRNAs表达谱,特别是凋亡相关的lncRNAs表达谱,为宫颈癌的促癌分子机制研究和治疗靶点寻找提供了新的方向和线索。 展开更多
关键词 长链非编码RNA RNA测序 宫颈上皮内瘤变3 宫颈癌 细胞凋亡
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基于免疫组库测序的肝硬化典型证候患者外周血T细胞受体β链CDR3多样性分析
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作者 王佳 胡宇婷 +3 位作者 龚跃峰 朱健 苏式兵 陆奕宇 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2024年第7期1916-1924,共9页
目的 本研究通过免疫组库测序,分析肝硬化不同典型证候患者外周血TCR β链CDR3的多样性,探讨肝硬化证候的物质基础及其规律。方法 20例肝硬化患者为病例组,包括肝胆湿热(LGHD)、肝郁脾虚(LDSD)、肝肾阴虚(LKYD)3种证型,10例健康患者为... 目的 本研究通过免疫组库测序,分析肝硬化不同典型证候患者外周血TCR β链CDR3的多样性,探讨肝硬化证候的物质基础及其规律。方法 20例肝硬化患者为病例组,包括肝胆湿热(LGHD)、肝郁脾虚(LDSD)、肝肾阴虚(LKYD)3种证型,10例健康患者为正常对照组。从外周血样品中提取DNA,对TCRβ链CDR3进行多重PCR扩增,然后对产物进行高通量测序,分析其TCR β链CDR3的多样性。结果 肝硬化证候LDSD的CDR3独有nt序列数与CDR3独有aa序列数均少于LKYD(P<0.05);LGHD和LKYD的Clonality、Pielous、Shannon.Index和DE50具有显著性差异(P<0.05);3种证型的V和J区基因中多个片段使用频率及V-J基因重组有显著性差异:在LGHD和LDSD中,TRBV21-1、TRBV12-4、TRBV11-1亚型及7对V-J重组有统计学差异(P<0.05);在LGHD和LKYD中,TRBV10-2、TRBV7-6、TRBV5-8亚型及30对V-J重组有统计学差异(P<0.05);在LDSD和LKYD中,TRBJ1-5亚型及18对V-J重组有统计学差异(P<0.05)。结论本研究通过挖掘肝硬化不同证候的免疫学特征,发现肝硬化证候TCR CDR3的多样性具有显著差异且符合由实向虚的证型变化规律,为寻找“病证结合”“辨证论治”的客观依据提供新的支撑,以期发现肝硬化不同证候人群适应性免疫基因重排的表达差异和特异性标记。 展开更多
关键词 肝硬化 中医证候 免疫组库测序 T细胞受体 互补决定区3
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干扰素调节因子3促结直肠癌细胞增殖与侵袭相关探索
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作者 徐文晖 杨畅 +3 位作者 李瑞卿 卞京 李夏伊 郑磊贞 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期301-311,共11页
目的·分析结直肠癌中干扰素调节因子3(interferon regulatory factor 3,IRF3)表达水平与临床病理特征及患者预后的关系,观察IRF3过表达对结直肠癌细胞增殖与侵袭能力的影响及其相关蛋白通路。方法·下载癌症基因组图谱(The Can... 目的·分析结直肠癌中干扰素调节因子3(interferon regulatory factor 3,IRF3)表达水平与临床病理特征及患者预后的关系,观察IRF3过表达对结直肠癌细胞增殖与侵袭能力的影响及其相关蛋白通路。方法·下载癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据,分析IRF3表达水平与恶性肿瘤患者(肾癌、结直肠癌、肝癌、前列腺癌)预后的关系。采用免疫组织化学法检测10例结直肠癌或肾癌患者的癌组织与癌旁正常组织切片中IRF3表达水平的差异。针对IRF3蛋白的C端残基位点进行改造,构建拟磷酸化IRF3-5D(396/398/402/404/405-D)高表达的HEK-293T细胞。分别在细胞培养12、24 h时,采用TANK结合激酶1(TANK-binding kinase 1,TBK1)抑制剂进行处理,并采用蛋白质印迹法检测细胞IRF3、p-IRF3(Ser386)蛋白表达水平。采用RNA测序技术探索IRF3-5D高表达与肿瘤相关蛋白表达水平的相关性。构建野生型IRF3(IRF3-WT)和IRF3-5D过表达的结直肠癌细胞CT26、COLON26,采用细胞计数法、细胞划痕试验和克隆形成试验检测细胞增殖及迁移能力。结果·TCGA数据分析提示癌组织中IRF3蛋白表达水平与患者的不良预后呈正相关。癌症患者病理组织免疫组织化学法显示,结直肠癌、肾癌组织中IRF3的表达水平显著上调,且蛋白表达集中于细胞核内。TBK1抑制剂分别在细胞培养12、24 h时间点作用后,HEK-293T细胞p-IRF3(Ser386)蛋白表达减弱。RNA测序和蛋白质印迹法结果显示,多个与癌症预后不良相关的蛋白[IRF9、细胞程序性死亡-配体1(programmed cell death 1-ligand 1,PD-L1)等]表达水平在IRF3-5D高表达的条件下显著上调。结直肠癌细胞中过表达IRF3-5D,可导致癌细胞的增殖、迁移能力显著上调。结论·结直肠癌中IRF3表达水平与患者不良预后呈正相关。IRF3-5D蛋白在结直肠癌细胞内高表达后,促进癌细胞恶性生物学行为。此外,IRF3-5D依赖于TBK1介导的IRF3活化激活通路,并上调多个肿瘤相关蛋白的表达水平。 展开更多
关键词 结直肠恶性肿瘤 靶向治疗 干扰素调节因子3 TANK结合激酶1 RNA测序
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香蕉ELF3的克隆与表达分析
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作者 郝思怡 张君珂 +3 位作者 王斌 曲朋燕 李瑞得 程春振 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期131-140,共10页
【目的】早花基因3(EARLY FLOWERING3,ELF3)是生物钟系统核心振荡器的重要组成成员,在植物生物钟和开花调控及逆境胁迫等过程扮演重要角色。目前尚无香蕉ELF3的相关报道,为揭示ELF3在香蕉抵御逆境胁迫中的功能对其进行了鉴定、克隆和表... 【目的】早花基因3(EARLY FLOWERING3,ELF3)是生物钟系统核心振荡器的重要组成成员,在植物生物钟和开花调控及逆境胁迫等过程扮演重要角色。目前尚无香蕉ELF3的相关报道,为揭示ELF3在香蕉抵御逆境胁迫中的功能对其进行了鉴定、克隆和表达分析。【方法】克隆了从香蕉基因组鉴定获得的4个MaELF3成员(MaELF3-1-MaELF3-4),利用生物信息学手段分析了它们的序列特征,基于转录组数据和实时荧光定量PCR研究了它们在高低温胁迫、香蕉枯萎病菌FocTR4侵染及茉莉酸甲酯(MeJA)和脱落酸(ABA)处理后的表达模式。【结果】4个MaELF3的CDS长度介于2 058-2 301 bp,可编码685-766 aa。除MaELF3-4含3个外显子外,其余MaELF3s均含4个外显子。4个MaELF3s均为定位于细胞核的不稳定碱性蛋白;与温带植物ELF3s不同,MaELF3s和多种热带植物的ELF3均无朊病毒样结构域(PrD)。系统进化结果显示,MaELF3-2和MaELF3-4与拟南芥ELF3(At2g25930)亲缘关系最近;MaELF3-1和MaELF3-3分别与粗柄象腿蕉(Ensete ventricosum)和野蕉(Musa balbisiana)ELF3亲缘关系最近。MaELF3s启动子上存在一些光、激素(MeJA、ABA等)和逆境胁迫(干旱、低温等)响应相关元件。基因表达分析结果显示,所有4个MaELF3s在香蕉叶片中的表达均受ABA和JA影响,且它们在香蕉根系中的表达受FocTR4显著抑制;除MaELF3-4外其他成员的表达均受高低温显著抑制。【结论】MaELF3s参与了香蕉对不同逆境胁迫的响应。 展开更多
关键词 早花基因3 香蕉 基因克隆 序列和表达分析 逆境响应
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2014年11月22日康定M6.3级地震序列发震构造分析 被引量:88
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作者 易桂喜 龙锋 +2 位作者 闻学泽 梁明剑 王思维 《地球物理学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2015年第4期1205-1219,共15页
2014年11月22日在NW向鲜水河断裂带中南段四川康定县发生M6.3级地震,11月25日在该地震震中东南约10 km处再次发生M5.8级地震. 基于中国国家数字地震台网和四川区域数字地震台网资料,采用多阶段定位方法对本次康定M6.3级地震序列进行了... 2014年11月22日在NW向鲜水河断裂带中南段四川康定县发生M6.3级地震,11月25日在该地震震中东南约10 km处再次发生M5.8级地震. 基于中国国家数字地震台网和四川区域数字地震台网资料,采用多阶段定位方法对本次康定M6.3级地震序列进行了重新定位; 利用gCAP(generalized Cut And Paste) 矩张量反演方法获得了M6.3和M5.8级地震的震源机制解与矩心深度,分析了本次地震序列的发震构造,并结合历史强震破裂时空分布和2001年以来小震重新定位结果,对鲜水河断裂带中段强震危险性进行了初步探讨. 获得的主要结果如下:(1) M6.3级主震震中位于101.69°E、30.27°N,震源初始破裂深度约10 km,矩心深度9 km; M5.8级地震震中位于101.73°E、30.18°N,初始破裂深度约11 km,矩心深度9 km. gCAP矩张量反演结果揭示这两次地震双力偶分量占主导,M6.3级地震的最佳双力偶解节面Ⅰ走向143°/倾角82°/滑动角-9°,节面Ⅱ走向234°/倾角81°/滑动角-172°. M5.8级地震最佳双力偶解节面Ⅰ走向151°/倾角83°/滑动角-6°,节面Ⅱ走向242°/倾角84°/滑动角-173°. 依据余震分布长轴展布与断裂走向,判定节面Ⅰ为发震断层面,M6.3和M5.8级地震均为带有微小正断分量的左旋走滑型地震. (2) 序列中重新定位的459个地震平均震源深度约9 km,地震主要集中分布在6~11 km深度区间,余震基本发生在M6.3和M5.8级地震震源上部. 依据余震密集区展布范围,推测本次康定地震的震源体尺度长约30 km、宽约4 km、深度范围约6 km. M6.3级主震震源附近的余震稀疏区可能是一个较大的凹凸体(asperity),在主震中能量得以充分释放. (3) 最初3天的余震主要分布在M6.3级地震NW侧;而M5.8级地震之后的余震主要集中在其震中附近. M6.3级地震以及最初3天的绝大部分余震发生在倾角约82°近直立的NW走向色拉哈断裂上;M5.8级地震与其后的多数余震发生在倾角约83°近直立的NW走向折多塘断裂北端走向向北偏转部位, M5.8级地震可能是M6.3级地震触发相邻的折多塘断裂活动所致. (4) 康定M6.3与M5.8级地震发生在鲜水河断裂带乾宁与康定之间的色拉哈强震破裂空段,本次地震破裂尺度较小,尚不足以填补该强震空段. 色拉哈段以及相邻的乾宁段7级地震平静时间均已超过其平均复发周期估值,未来几年存在发生7级地震的危险. 康定M6.3级地震序列基本填补了震前存在于塔公与康定之间的深部小震空区,未来强震发生在塔公至松林口段深部小震稀疏区内的可能性很大. 展开更多
关键词 康定M6.3级地震序列 重新定位 震源机制 发震构造 强震危险性
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福建省新发猪圆环病毒3型流行病学调查及遗传变异分析 被引量:22
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作者 刘建奎 魏春华 +6 位作者 陈小燕 虞慧芸 刘佳悦 范佳霖 戴爱玲 吴昌标 杨小燕 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期160-163,共4页
猪圆环病毒3型(PCV3)是新发现的一种猪圆环病毒,该病毒可以引起猪皮炎与肾病综合征(PDNS)、母猪繁殖障碍和全身多器官的炎症反应。为了解福建省PCV3流行株的现状、分子生物学特征和遗传演化规律,本研究采集福建地区规模化猪场120份临床... 猪圆环病毒3型(PCV3)是新发现的一种猪圆环病毒,该病毒可以引起猪皮炎与肾病综合征(PDNS)、母猪繁殖障碍和全身多器官的炎症反应。为了解福建省PCV3流行株的现状、分子生物学特征和遗传演化规律,本研究采集福建地区规模化猪场120份临床表现繁殖障碍和呼吸道疾病的组织样品,采用PCR方法对其进行PCV3检测。结果显示福建省猪场PCV3的感染率为12.5%。对福建省5株PCV3全基因组进行序列分析,结果显示,5株PCV3间核苷酸同源性为98.2%~99.6%,与国内PCV3分离株的核苷酸同源性为97.6%~100%,与美国分离株(PCV3-US/MO2015、PCV3-US/MN2016、PCV3-US/SD2016、PCV3 2164和PCV3 29160)的核苷酸同源性为97.8%~99.3%,而与PCV2的核苷酸同源性为43.8%~44.1%,与我国蝙蝠圆环病毒的核苷酸同源性为49.2%~51.1%。PCV3系统进化树结果显示,福建省5株PCV3处于3大亚群,1株属于3a亚群,1株属于3b亚群,3株属于3c亚群。其氨基酸序列分析显示PCV3 Cap蛋白比较保守,仅存在个别位点的氨基酸突变。本研究为福建省PCV3的分子流行病学、疫苗研究和有效防控提供实验依据。 展开更多
关键词 猪圆环病毒3 序列分析 Cap基因 遗传变异
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苦荞黄烷酮3-羟化酶基因F3H的克隆及序列分析 被引量:18
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作者 张华玲 黄元射 +3 位作者 杨春贤 吴觐宇 陆俊 张启堂 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期447-452,共6页
为提高黄酮代谢途径中的关键酶活性,增加苦荞黄酮类化合物的合成量,根据已知植物的F3H基因同源序列,采用RT-PCR和RACE结合的方法,克隆了苦荞黄酮代谢途径中关键酶基因F3H,命名为FtF3H(GenBank登录号:FJ456858)。序列分析结果表明,FtF3H... 为提高黄酮代谢途径中的关键酶活性,增加苦荞黄酮类化合物的合成量,根据已知植物的F3H基因同源序列,采用RT-PCR和RACE结合的方法,克隆了苦荞黄酮代谢途径中关键酶基因F3H,命名为FtF3H(GenBank登录号:FJ456858)。序列分析结果表明,FtF3H基因长1369bp,编码367个氨基酸,该氨基酸序列及其cDNA序列与葡萄、牵牛F3H等的同源性约80%。二级结构预测表明,随机卷曲是FtF3H蛋白最大量的结构元件,而α-螺旋和β-片层则散布于整个蛋白质中;三维结构建模预测FtF3H蛋白具有铁离子结合位点及2-O-酮戊二酸结合位点等F3H蛋白典型结构。 展开更多
关键词 苦荞 黄烷酮-3-羟化酶 基因克隆 序列分析
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高等植物F3′HcDNA及其氨基酸序列的生物信息学分析 被引量:5
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作者 苏丽 赵昶灵 +2 位作者 杨晓娜 李会容 李云 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期316-326,共11页
用生物信息学方法对GenBank中拟南芥、油菜、大豆、矮牵牛和高梁等的类黄酮3′-羟化酶基因的cD-NA序列及其编码氨基酸序列的结构、理化性质、信号肽、疏水性/亲水性、亚细胞定位、跨膜结构域、功能域和进化关系进行了初步预测和分析。... 用生物信息学方法对GenBank中拟南芥、油菜、大豆、矮牵牛和高梁等的类黄酮3′-羟化酶基因的cD-NA序列及其编码氨基酸序列的结构、理化性质、信号肽、疏水性/亲水性、亚细胞定位、跨膜结构域、功能域和进化关系进行了初步预测和分析。结果表明:不同植物类黄酮3′-羟化酶基因cDNA序列的相似性为69.5%,其起始密码子均为ATG,终止密码子均为TAA、TAG或TGA,包括5,′3′非翻译区和一个开放阅读框;不同植物类黄酮3′-羟化酶基因cDNA序列编码的氨基酸序列的理化性质基本一致,相似性为72.5%,含有6段保守氨基酸序列,是"PPGR"、"AGTDT"、"RPPN"、"AYNY"、"IKALLL"、"TPLS";在进化关系上可划分为两大类;不同植物类黄酮3′-羟化酶具有一个跨膜结构域、定位于内质网上,并有一段与细胞色素P450功能区相匹配的功能域;类黄酮3′-羟化酶属具转运肽的亲水性稳定分泌蛋白,其二级结构为α-β型,α-螺旋和无规卷曲为最主要的结构元件,延伸链和β-转角散布于整个结构。可为类黄酮3′-羟化酶基因的克隆和遗传操作提供理论参考。 展开更多
关键词 高等植物 类黄酮3′-羟化酶基因 CDNA序列 氨基酸序列 生物信息学分析
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4株SARS冠状病毒中国分离株3′非编码区的序列测定及分析 被引量:7
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作者 范宝昌 姜涛 +8 位作者 于曼 邓永强 彭文明 常国辉 司炳银 刘伯华 杨保安 祝庆余 秦鄂德 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第3期273-277,共5页
分别对 4株SARS冠状病毒中国株基因组 3′非编码区序列进行测定和分析 ,然后应用Blast、DNAstarGeneQuest等软件对中国株的这段序列与其它SARS和非SARS冠状病毒的序列进行比较 .结果显示 ,所测 4株SARS冠状病毒中国分离株的 3′非编码... 分别对 4株SARS冠状病毒中国株基因组 3′非编码区序列进行测定和分析 ,然后应用Blast、DNAstarGeneQuest等软件对中国株的这段序列与其它SARS和非SARS冠状病毒的序列进行比较 .结果显示 ,所测 4株SARS冠状病毒中国分离株的 3′非编码区长度均为 339nt,与其它已测序SARS冠状病毒的相应序列完全一致 .SARS冠状病毒的非编码区含有冠状病毒保守的“伪结”结构 .在距末端 138nt处还存在 1个长约 32nt的Ⅱ型茎 环结构的序列 ,该序列在其它已知人冠状病毒中并不存在 ,而与禽传染性支气管炎病毒和星状病毒中的对应序列高度同源 . 展开更多
关键词 SARS冠状病毒 中国分离株 序列测定 3′非编码区 重症急性呼吸综合征 非典型肺炎
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我国登革3型病毒广西80-2株基因组全序列分析 被引量:7
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作者 苑锡同 耿丽卿 +7 位作者 于曼 胡志君 赵卫 陈水平 王鹏程 范宝昌 杨佩英 秦鄂德 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第5期621-625,共5页
对我国登革 3型病毒 80 2株基因组进行全序列测定 ,为了解其基因组结构与功能的关系提供依据 .根据登革 3型病毒H87株的序列设计并合成引物 ,应用RT PCR和RACE法 ,对 80 2株基因组RNA进行扩增、克隆测序后获得我国登革 3型病毒广西株... 对我国登革 3型病毒 80 2株基因组进行全序列测定 ,为了解其基因组结构与功能的关系提供依据 .根据登革 3型病毒H87株的序列设计并合成引物 ,应用RT PCR和RACE法 ,对 80 2株基因组RNA进行扩增、克隆测序后获得我国登革 3型病毒广西株基因组序列 .该株病毒基因组全长10 696nt ,不含poly(A)尾 ,4种碱基数分别为A :3 4 3 7,C :2 2 15,G :2 773 ,U :2 2 71.包含一个读码框架 ,自 95至 10 2 67位 ,共 10 170个碱基 ,编码 3 3 90个氨基酸 ,5′和 3′非编码区长度分别为 94nt和4 3 2nt.与H 87株比较 ,核苷酸和氨基酸序列同源性均在 99%以上 ,有 2 8个碱基发生改变 ,其中 2 6个碱基突变发生在读码框架内 ,碱基转换 18个 ,颠换 10个 ;碱基突变引起 14个氨基酸的改变 .80 2株与H87株病毒的基因组全序列同源性高 ,变异度小 . 展开更多
关键词 登革3型病毒 广西株 全序列分析 基因组
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柠条GDP-甘露糖-3′,5′-异构酶基因的克隆、序列分析及其植物表达载体的构建 被引量:8
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作者 王美珍 王学敏 +2 位作者 王赞 高洪文 刘磊 《中国草地学报》 CSCD 北大核心 2009年第5期75-83,共9页
L-抗坏血酸是一种抗氧化剂,能够保护植物免受活性氧的伤害,GDP-甘露糖-3′,5′-异构酶基因(GME)是L-抗坏血酸合成途径中的关键基因。根据其他植物GME的氨基酸保守序列设计简并引物,通过RT-PCR结合RACE扩增技术,从柠条叶片中克隆了1个编... L-抗坏血酸是一种抗氧化剂,能够保护植物免受活性氧的伤害,GDP-甘露糖-3′,5′-异构酶基因(GME)是L-抗坏血酸合成途径中的关键基因。根据其他植物GME的氨基酸保守序列设计简并引物,通过RT-PCR结合RACE扩增技术,从柠条叶片中克隆了1个编码GME的基因,命名为CkGME,Genebank登录号为FJ603689。基因全长1604bp,开放阅读框1134bp,编码377个氨基酸,氨基酸同源性比对分析表明,该基因编码的氨基酸与其他植物GME基因具有较高的同源性。进化树分析表明,该基因编码的氨基酸序列与豆科植物大豆和截型苜蓿的亲缘关系最近,与十字花科植物拟南芥的亲缘关系次之,与禾本科植物水稻和玉米的亲缘关系较远。利用4℃和GA3处理不同时间的柠条植株进行半定量RT-PCR分析结果表明,该基因在4℃处理不同时间后表达量没有明显变化,在GA3处理不同时间后表达量显著下降。利用pCAMBIA-1300质粒构建含35S启动子的正义表达载体,酶切图谱和PCR检测结果证明该表达载体构建成功。 展开更多
关键词 克隆 GDP-甘露糖-3 5’-异构酶 柠条 序列分析
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植物F3'H基因的序列与进化分析 被引量:5
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作者 胡利宗 张佳慧 +2 位作者 王秋霞 李俐俐 王红星 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期41-49,共9页
类黄酮-3'-羟化酶(F3'H)催化二氢堪非醇生成二氢栎皮黄酮,是花青素合成途径关键酶之一,主要参与决定植物花色、种皮和茎叶着色等性状。利用生物信息学手段对植物类黄酮-3'-羟化酶基因的序列和进化特征进行系统性分析。基因结构分... 类黄酮-3'-羟化酶(F3'H)催化二氢堪非醇生成二氢栎皮黄酮,是花青素合成途径关键酶之一,主要参与决定植物花色、种皮和茎叶着色等性状。利用生物信息学手段对植物类黄酮-3'-羟化酶基因的序列和进化特征进行系统性分析。基因结构分析表明,植物F3'H基因外显子数变异范围为2~7,单子叶植物包括2个外显子,绝大多数双子叶与陆生低等植物具有3或4个外显子。蛋白序列分析显示,植物F3'H蛋白具有13个保守基序,其中10个保守基序与结构域p450相互重叠,其他3个保守基序具有种属特异性。进化分析表明,植物F3'H蛋白具有4个类群,在GroupⅠ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ亚群中分别检测到4、6、1、7个正选择位点(P〉0.05),这些位点主要分布在F3'H蛋白不规则卷曲区,说明植物F3'H蛋白主要受控于纯净选择。利用滑动窗口方法发现,5对直系同源基因受到负选择作用,但4对旁系同源基因受到正选择作用,发生适应性进化。试验结果可为进一步研究植物F3'H基因功能及其关键氨基酸位点提供参考。 展开更多
关键词 植物 花青素 类黄酮-3'-羟化酶 序列特征 进化
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