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基于IPA分析自噬对大鼠肝再生中树突状细胞的调节作用 被引量:4
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作者 王棋文 靳伟 +1 位作者 常翠芳 徐存拴 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期276-282,共7页
为探讨自噬对大鼠肝再生中树突状细胞(Dendritic cells,DCs)的调节作用,文章通过Percoll密度梯度离心结合免疫磁珠分选分离大鼠DCs,Rat Genome 230 2.0芯片检测大鼠肝再生中自噬相关基因表达变化,利用IPA等软件分析自噬在DCs中的生理活... 为探讨自噬对大鼠肝再生中树突状细胞(Dendritic cells,DCs)的调节作用,文章通过Percoll密度梯度离心结合免疫磁珠分选分离大鼠DCs,Rat Genome 230 2.0芯片检测大鼠肝再生中自噬相关基因表达变化,利用IPA等软件分析自噬在DCs中的生理活动。结果表明,LC3、BECN1、ATG7和SQSTM1等关键基因在部分肝切除后不同恢复时间段有明显表达变化;芯片中对应的自噬相关基因为593个,其中210个基因发生了有意义的变化。比较分析自噬生理活动情况,发现自噬在再生早期和晚期阶段增强,增殖期减弱。与自噬相关的生理活动主要有RNA表达、RNA转录细胞分化和增殖,其中涉及的信号通路主要有PPARα/RXRα激活、急性期反应、TREM1信号通路、IL-6信号通路、IL-8信号通路和IL-1信号通路等,它们在肝再生阶段发生了不同程度的上调或下调。Cluster分析还发现,P53和AMPK信号参与调控DCs的自噬活动,在肝再生早期主要是AMPK信号,在肝再生末期P53和AMPK信号共同参与自噬的调节。以上研究结果说明DCs自噬可能在肝再生早期激活细胞免疫反应和后期清除DCs等方面发挥着重要作用。 展开更多
关键词 肝再生 自噬 树突状细胞 Rat Genome 230 2.0芯片 IPA
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氧化磷酸化相关基因在大鼠肝再生中表达模式
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作者 蔺芳 穆瑞瑞 +2 位作者 赵红艳 朱红霞 徐存拴 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期1107-1112,共6页
为在基因转录水平了解氧化磷酸化相关基因在肝再生(liver regeneration,LR)中的作用,通过搜索网站资料和查阅相关论文等方法获得上述基因,用Rat Genome 230 2.0芯片检测它们在大鼠再生肝中表达变化,初步证实上述基因中31个基因与肝再生... 为在基因转录水平了解氧化磷酸化相关基因在肝再生(liver regeneration,LR)中的作用,通过搜索网站资料和查阅相关论文等方法获得上述基因,用Rat Genome 230 2.0芯片检测它们在大鼠再生肝中表达变化,初步证实上述基因中31个基因与肝再生相关。它们表达的相似性分为均上调、上调占优势、均下调、下调占优势、上调和下调相近等5类,分别涉及9、1、15、4和2个基因,共表达上调42次、下调102次,表明肝再生中表达降低基因多于表达加强基因。它们表达的时间相关性分为12组,表明肝再生中细胞生理生化活动具有阶段性。根据芯片结果推测,肝再生早期和前期氧化磷酸化反应和ATP合成减少,中期和后期增强。其中,31个肝再生相关基因起重要作用。 展开更多
关键词 部分肝切除 RAT GENOME 230 2.0芯片 氧化磷酸化 肝再生相关基因
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大鼠再生肝8种细胞的一碳代谢相关基因转录谱研究
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作者 张春艳 于亚男 +2 位作者 宗慧 李静雯 徐存拴 《河南师范大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期181-184,共4页
为了解大鼠肝再生中8种肝脏细胞的一碳代谢相关基因转录谱及其预示的代谢活动,分离大鼠再生肝的8种细胞,检测它们的一碳代谢相关基因表达变化,分析其表达模式及预示的生理活动.结果表明,肝星形细胞的甲硫氨酸转化为S-腺苷甲硫氨酸活动... 为了解大鼠肝再生中8种肝脏细胞的一碳代谢相关基因转录谱及其预示的代谢活动,分离大鼠再生肝的8种细胞,检测它们的一碳代谢相关基因表达变化,分析其表达模式及预示的生理活动.结果表明,肝星形细胞的甲硫氨酸转化为S-腺苷甲硫氨酸活动在肝再生启动阶段增强.胆管上皮细胞的S-腺苷甲硫氨酸转化为S-腺苷高半胱氨酸、N5-甲基四氢叶酸将甲基转移给甲硫氨酸活动在进展阶段增强.肝细胞、陷窝细胞、树突状细胞的聚谷氨酸水解、四氢叶酸与N5-甲酰基四氢叶酸相互转化在肝再生3个阶段增强.结论:大鼠肝再生与一碳代谢相关. 展开更多
关键词 大鼠肝再生 RAT GENOME 230 2.0芯片 基因转录谱 一碳代谢
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大鼠再生肝8种肝脏细胞的生物氧化相关基因转录谱预示的生理活动 被引量:4
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作者 杨莹 张丽君 +1 位作者 刘焕之 徐存拴 《河南师范大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期176-180,共5页
为了解大鼠肝再生中8种肝脏细胞的生物氧化相关基因转录谱及其预示的生理活动,用Percoll密度梯度离心结合免疫磁珠分选方法分离大鼠再生肝的肝细胞、胆管上皮细胞、卵圆细胞、星形细胞、窦内皮细胞、库普弗细胞、陷窝细胞和树突状细胞等... 为了解大鼠肝再生中8种肝脏细胞的生物氧化相关基因转录谱及其预示的生理活动,用Percoll密度梯度离心结合免疫磁珠分选方法分离大鼠再生肝的肝细胞、胆管上皮细胞、卵圆细胞、星形细胞、窦内皮细胞、库普弗细胞、陷窝细胞和树突状细胞等8种细胞,用Rat Genome2302.0芯片等检测生物氧化相关基因在上述细胞中表达变化,用H-Cluster等软件及生物信息学和系统学生物等方法分析它们的表达模式及预示的生理活动.结果表明:38个生物氧化相关基因在大鼠肝再生中发生了有意义表达变化,相应细胞的基因数为6,32,0,2,3,1,3,2个.肝再生启动阶段和进展阶段的NAD+合成增强,从NADH到O2的电子传递及ATP合成增强.终止阶段的FADH2分解减弱,从FADH2到O2的电子传递减弱.结论:大鼠肝再生与生物氧化密切相关. 展开更多
关键词 大鼠肝再生 Rat Genome 230 2.0芯片 基因转录谱 生物氧化
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多实验平台下基因及异构体表达分析综述 被引量:2
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作者 王凯莉 张礼 刘学军 《中国生物医学工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期211-218,共8页
转录组学研究近几年成为生命科学和医学领域的研究热点,基因表达水平测量则是转录组学研究的基础。差异基因表达分析对于了解基因功能具有重要作用,而差异异构体表达分析则能够反映选择性剪切变化的情况。当前大规模测量基因表达水平的... 转录组学研究近几年成为生命科学和医学领域的研究热点,基因表达水平测量则是转录组学研究的基础。差异基因表达分析对于了解基因功能具有重要作用,而差异异构体表达分析则能够反映选择性剪切变化的情况。当前大规模测量基因表达水平的实验平台主要包括基因芯片,以及基于高通量测序技术的RNA-Seq。首先介绍广泛使用的Affymetrix传统3'基因芯片、外显子芯片、较新的全转录组芯片,以及基于RNA-Seq技术的Illumina平台4个主流实验平台的技术原理;其次从基因表达水平计算和差异表达分析两方面介绍每个平台下一些主流数据分析方法和该研究设计的方法,分析每个平台下各数据分析方法的优劣,并进一步展示在标准数据集上一些代表性方法的对比结果。 展开更多
关键词 传统3’基因芯片 外显子芯片 HTA2.0芯片 RNA-SEQ 基因表达分析
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新基因BM390716、BI274487和AA963863与大鼠再生肝8种细胞的细胞外基质代谢
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作者 王泽 文园园 +3 位作者 程振朝 郭学强 张新胜 徐存拴 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期378-388,共11页
为了解新基因BM390716、BI274487、AA963863在细胞外基质代谢中的作用及其与大鼠肝再生的相关性,文章用Percoll密度梯度离心结合免疫磁珠分选分离大鼠再生肝的8种细胞,用Rat Genome 230 2.0芯片检测它们的基因表达变化,用Microsoft Exce... 为了解新基因BM390716、BI274487、AA963863在细胞外基质代谢中的作用及其与大鼠肝再生的相关性,文章用Percoll密度梯度离心结合免疫磁珠分选分离大鼠再生肝的8种细胞,用Rat Genome 230 2.0芯片检测它们的基因表达变化,用Microsoft Excel、BLAST等软件分析基因的共表达关系、序列同源性及参与的代谢活动。结果表明,BM390716与pparα同源和共表达,BI274487与timp2同源和共表达,AA963863与csgalnact1同源和共表达。根据上述基因的同源性和共表达推测,新基因BM390716、BI274487和AA963863参与大鼠再生肝8种细胞的细胞外基质代谢。 展开更多
关键词 大鼠肝再生 RatGenome 230 2.0芯片 基因的同源性和共表达 细胞外基质代谢
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基于CMOS图像传感器的高速印刷机数字图像监测系统 被引量:2
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作者 孙旭生 徐耀良 +1 位作者 李渝曾 王大伟 《上海大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期166-169,共4页
在简单介绍了高速印刷机图像监测系统的基础上,分析了传统的图像监测系统的缺点,论述了用CMOS图像传感器、高速单片机、CPLD控制器、USB2.0接口芯片以及SRAM帧存储器设计的新型数字式图像监测系统及其设计要点.该系统目前已经安装在高... 在简单介绍了高速印刷机图像监测系统的基础上,分析了传统的图像监测系统的缺点,论述了用CMOS图像传感器、高速单片机、CPLD控制器、USB2.0接口芯片以及SRAM帧存储器设计的新型数字式图像监测系统及其设计要点.该系统目前已经安装在高速印刷机上使用,取得了令人满意的结果. 展开更多
关键词 图像传感器 高速印刷机 USB2.0接口芯片 图像监测系统
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