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不同引物及数据分析方法对定量PCR结果的影响
被引量：
17
1
作者
刘正霞
徐阳
+3 位作者
徐进梅
杨明夏
马磊
朱昌亮
《南京医科大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2009年第8期1112-1117,共6页
目的:研究不同引物及数据分析方法对实时荧光定量PCR SYBR Green染料法检测基因表达差异结果分析的影响。方法:通过Primer Express 2.0软件对目的基因CCND1、C-JUN分别设计4对不同引物进行SYBR Green染料法定量PCR扩增,并分别使用2-△...
目的:研究不同引物及数据分析方法对实时荧光定量PCR SYBR Green染料法检测基因表达差异结果分析的影响。方法:通过Primer Express 2.0软件对目的基因CCND1、C-JUN分别设计4对不同引物进行SYBR Green染料法定量PCR扩增,并分别使用2-△△CT法、Pfaffl法及相对标准曲线法计算肺癌紫杉醇敏感细胞株及耐药细胞株间目的基因的表达差异,分析不同引物和数据计算方法对实验结果的影响。结果:统计学分析表明,引物的扩增效率对定量PCR结果分析有显著影响,不同引物特异性扩增得到的样本间表达倍数有显著差异(P<0.05)。3种计算方法中,Pfaffl法与相对标准曲线法无统计学差异(P>0.05),而2-△△CT法与其他2种方法均有显著差异(P<0.05)。结论:引物的选择对于定量PCR结果有显著影响;Pfaffl法是更准确,更合理的相对定量计算方法。
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关键词
实时荧光定量PCR
2
^-
△△ct
法
Pfaffl
法
相对标准曲线
法
扩增效率
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职称材料
亚洲韧皮杆菌在单株脐橙病树的分布情况
被引量：
4
2
作者
卢占军
赵培娅
+4 位作者
刘映雪
丁鹏
苏华楠
易龙
钟八莲
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第9期1512-1516,共5页
【目的】研究亚洲韧皮杆菌(CLas)在纽荷尔脐橙病树的分布情况,为柑橘黄龙病(HLB)的防控提供参考依据。【方法】以1~3个枝条表现斑驳黄化叶片症状的纽荷尔脐橙病树为研究对象,对主干发出的5个主枝(A、B、C为斑驳黄化枝条,D、E为无症状枝...
【目的】研究亚洲韧皮杆菌(CLas)在纽荷尔脐橙病树的分布情况,为柑橘黄龙病(HLB)的防控提供参考依据。【方法】以1~3个枝条表现斑驳黄化叶片症状的纽荷尔脐橙病树为研究对象,对主干发出的5个主枝(A、B、C为斑驳黄化枝条,D、E为无症状枝条)的叶片分别取样,运用PCR和实时荧光定量PCR(qPCR)分别检测,用2^(-ΔΔCr)法分析树体各部分黄龙病菌含量。对于果树上表现典型HLB病果但叶片无症状的结果枝,分别检测典型病果和相应叶片的感病情况。【结果】PCR对A、B、C、D、E的阳性检出率分别为88.57%、61.11%、54.17%、6.67%和0,qPCR对A、B、C的阳性检出率均为100.00%,对D、E的阳性检出率分别为40.00%和13.33%;2^(-ΔΔCr)法分析发现,斑驳黄化叶片中病原菌含量更高,病果的阳性检出率高于相应的无症状叶片样品。【结论】CLas在表现典型斑驳黄化症状的叶片和果实中的含量及阳性检出率均较高,病原菌在病树中分布不均匀。在进行HLB检测时,应选取典型或疑似症状样品,并运用qPCR进行检测,一旦发现树体局部发病,应当整株销毁。
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关键词
柑橘黄龙病
亚洲韧皮杆菌
实时荧光定量PCR
2
^-
△△ct
法
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职称材料
题名
不同引物及数据分析方法对定量PCR结果的影响
被引量：
17
1
作者
刘正霞
徐阳
徐进梅
杨明夏
马磊
朱昌亮
机构
南京医科大学病原生物学系
出处
《南京医科大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2009年第8期1112-1117,共6页
基金
国家自然科学基金项目(30671827和30628022)
科技部自然资源平台项目(2005DKA21104)
文摘
目的:研究不同引物及数据分析方法对实时荧光定量PCR SYBR Green染料法检测基因表达差异结果分析的影响。方法:通过Primer Express 2.0软件对目的基因CCND1、C-JUN分别设计4对不同引物进行SYBR Green染料法定量PCR扩增,并分别使用2-△△CT法、Pfaffl法及相对标准曲线法计算肺癌紫杉醇敏感细胞株及耐药细胞株间目的基因的表达差异,分析不同引物和数据计算方法对实验结果的影响。结果:统计学分析表明,引物的扩增效率对定量PCR结果分析有显著影响,不同引物特异性扩增得到的样本间表达倍数有显著差异(P<0.05)。3种计算方法中,Pfaffl法与相对标准曲线法无统计学差异(P>0.05),而2-△△CT法与其他2种方法均有显著差异(P<0.05)。结论:引物的选择对于定量PCR结果有显著影响;Pfaffl法是更准确,更合理的相对定量计算方法。
关键词
实时荧光定量PCR
2
^-
△△ct
法
Pfaffl
法
相对标准曲线
法
扩增效率
Keywords
quantitative real-time PCR
2
（-DehaDeltaC（T）） method
Pfaffl method
relative standand curve method
amplification efficiency
分类号
R781 [医药卫生—口腔医学]
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职称材料
题名
亚洲韧皮杆菌在单株脐橙病树的分布情况
被引量：
4
2
作者
卢占军
赵培娅
刘映雪
丁鹏
苏华楠
易龙
钟八莲
机构
赣南师范大学
国家脐橙工程技术研究中心
出处
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第9期1512-1516,共5页
基金
国家自然科学基金项目(31560602)
江西省科技计划重大项目(20152ACF60003
+1 种基金
20143ACF60012)
江西省自然科学基金项目(20122BAB204024)
文摘
【目的】研究亚洲韧皮杆菌(CLas)在纽荷尔脐橙病树的分布情况,为柑橘黄龙病(HLB)的防控提供参考依据。【方法】以1~3个枝条表现斑驳黄化叶片症状的纽荷尔脐橙病树为研究对象,对主干发出的5个主枝(A、B、C为斑驳黄化枝条,D、E为无症状枝条)的叶片分别取样,运用PCR和实时荧光定量PCR(qPCR)分别检测,用2^(-ΔΔCr)法分析树体各部分黄龙病菌含量。对于果树上表现典型HLB病果但叶片无症状的结果枝,分别检测典型病果和相应叶片的感病情况。【结果】PCR对A、B、C、D、E的阳性检出率分别为88.57%、61.11%、54.17%、6.67%和0,qPCR对A、B、C的阳性检出率均为100.00%,对D、E的阳性检出率分别为40.00%和13.33%;2^(-ΔΔCr)法分析发现,斑驳黄化叶片中病原菌含量更高,病果的阳性检出率高于相应的无症状叶片样品。【结论】CLas在表现典型斑驳黄化症状的叶片和果实中的含量及阳性检出率均较高,病原菌在病树中分布不均匀。在进行HLB检测时,应选取典型或疑似症状样品,并运用qPCR进行检测,一旦发现树体局部发病,应当整株销毁。
关键词
柑橘黄龙病
亚洲韧皮杆菌
实时荧光定量PCR
2
^-
△△ct
法
Keywords
citrus Huanglongbing
Candidatus Liberibaeter asiaticus
quantitative real-time PCR
2
^-ΔΔ
ct
method
分类号
S432.42 [农业科学—植物病理学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
不同引物及数据分析方法对定量PCR结果的影响
刘正霞
徐阳
徐进梅
杨明夏
马磊
朱昌亮
《南京医科大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2009
17
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
亚洲韧皮杆菌在单株脐橙病树的分布情况
卢占军
赵培娅
刘映雪
丁鹏
苏华楠
易龙
钟八莲
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016
4
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