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胶州湾浮游桡足类18S核糖体RNA基因(18S rDNA)扩增及序列变异初步研究 被引量:9
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作者 门荣新 杨官品 +1 位作者 刘永健 管晓菁 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2005年第1期88-96,共9页
采用PCR扩增、文库构建、限制性片段长度多态性分析、序列分析和系统学分析等方法,初步研究了夏季胶州湾上层海水浮游桡足类核糖体小亚基RNA基因(18SrDNA)约1.5kb片段的序列变异。从浮游生物混合DNA中选择性扩增桡足类18SrDNA,建立桡足... 采用PCR扩增、文库构建、限制性片段长度多态性分析、序列分析和系统学分析等方法,初步研究了夏季胶州湾上层海水浮游桡足类核糖体小亚基RNA基因(18SrDNA)约1.5kb片段的序列变异。从浮游生物混合DNA中选择性扩增桡足类18SrDNA,建立桡足类18SrDNA变异类型文库,并从文库中随机挑选的30个克隆进行分析。结果表明,VspI限制性内切酶能将这些克隆分成频率分别为0.17、0.23和0.6的3种操作分类单元(OTUs),遗传多样性指数达到0.95。3条OTU代表克隆序列与甲壳纲桡足亚纲核苷酸差异数在75.4—97.8之间,而与其他亚纲的差异都高于100。3条OTU代表克隆序列均属于桡足亚纲,其中,AY437861和AY437862属于哲水蚤目。3条OTU代表克隆序列可分为2个高变异区和3个相对保守区,其GC%分别为47.37%、48.16%和48.57%。研究结果表明,混合DNA提取方法简单,设计的引物可选择性地扩增浮游桡足类18SrDNA,根据18SrDNA序列序列变异描述浮游桡足类多样性是可行的。研究结果也为在浮游桡足类分类中引入18SrDNA序列奠定了基础。 展开更多
关键词 18s核糖体rna基因 桡足类 序列变异
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胶州湾浮游桡足类18S核糖体RNA基因序列变异分析
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作者 门荣新 杨官品 +2 位作者 沈锡权 廖梅杰 管晓菁 《中国海洋大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期392-396,共5页
设计了桡足类特异引物,从胶州湾浮游生物混合DNA中选择性扩增了浮游桡足类18S核糖体RNA基因片段,建立了该基因片段变异类型文库。从文库中随机选择83个克隆,对所含的18S核糖体RNA基因片段进行了V .spI和BshNIRFLP分析,发现5种操作分类单... 设计了桡足类特异引物,从胶州湾浮游生物混合DNA中选择性扩增了浮游桡足类18S核糖体RNA基因片段,建立了该基因片段变异类型文库。从文库中随机选择83个克隆,对所含的18S核糖体RNA基因片段进行了V .spI和BshNIRFLP分析,发现5种操作分类单元(OTU) ,并对这些OTU的代表克隆进行了测序。分析发现获得的克隆均属于桡足亚纲。根据各OTU覆盖的克隆数计算的胶州湾浮游桡足类遗传多样性指数为0 .96。特定基因序列分析能提供易整合、易比较的多样性数据,也是建立浮游生物群落结构分子生物学剖分方法的基础和形态分类的补充。 展开更多
关键词 桡足亚纲 生物多样性 18s核糖体rna基因
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拟南芥18srRNA参与隐花色素介导的信号传导途径的研究 被引量:1
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作者 汪启明 屠小菊 +2 位作者 唐冬英 赵小英 刘选明 《湖南大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2010年第12期66-71,共6页
通过筛选以拟南芥蓝光受体隐花色素双突变体cry1cry2为遗传背景的激活标签突变体库,得到一株SCC98-D株系,该突变体具有早开花,下胚轴变短,并具有花瓣数目增加等表型,彻底恢复了cry1cry2的晚开花和长下胚轴表型.通过Tail-PCR的方法克隆得... 通过筛选以拟南芥蓝光受体隐花色素双突变体cry1cry2为遗传背景的激活标签突变体库,得到一株SCC98-D株系,该突变体具有早开花,下胚轴变短,并具有花瓣数目增加等表型,彻底恢复了cry1cry2的晚开花和长下胚轴表型.通过Tail-PCR的方法克隆得到SCC98-D突变体中激活标签插入位点的侧翼序列,通过对该侧翼序列测序发现插入位点在18srRNA的1751bp处,运用RT-PCR方法分析插入位点周围基因的表达,发现只有18srRNA的表达被激活,由此证实了18srRNA参与隐花色素介导的信号传导途径. 展开更多
关键词 拟南芥 隐花色素 激活标签突变体 18s核糖体rna
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海链藻目核糖体RNA基因片段的扩增及多样性分析 被引量:1
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作者 李海涛 杨官品 刘永健 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期40-44,共5页
海链藻目(Thalassiosirales)的海链藻属(Thalassiosira)和骨条藻属(Skeletonema)微藻是形成春季赤潮的主要种类。为利用分子生物学方法分析表层海水主要赤潮形成藻的动态变化、快速鉴定赤潮形成藻种,设计了海链藻目特异引物,扩增了胶州... 海链藻目(Thalassiosirales)的海链藻属(Thalassiosira)和骨条藻属(Skeletonema)微藻是形成春季赤潮的主要种类。为利用分子生物学方法分析表层海水主要赤潮形成藻的动态变化、快速鉴定赤潮形成藻种,设计了海链藻目特异引物,扩增了胶州湾近岸表层海水海链藻目18S核糖体RNA基因片断。随机测定10个序列,其中4个与海链藻属的Thalassiosi-ra concaviuscula的完全相同,其余的可确定属于海链藻属。表明该引物对能选择性地扩增海链藻目18S核糖体RNA基因片断。 展开更多
关键词 海链藻目(Thalassiosirales) 18s核糖体rna基因 多样性
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大鼠心肌组织中microRNA和18S rRNA的降解与死亡时间的相关性 被引量:18
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作者 李文灿 马开军 +6 位作者 张萍 王慧君 沈忆文 周月琴 赵子琴 马端 陈龙 《法医学杂志》 CAS CSCD 2010年第6期413-417,共5页
目的探讨大鼠死后心肌组织中microRNA和18S rRNA的含量变化与死亡时间的关系。方法将SD大鼠断颈处死后置于25℃室温、50%湿度的环境中,于死后不同时间提取心肌组织中总RNA。利用实时荧光定量PCR检测大鼠心肌组织中miR-1-2和18S rRNA的... 目的探讨大鼠死后心肌组织中microRNA和18S rRNA的含量变化与死亡时间的关系。方法将SD大鼠断颈处死后置于25℃室温、50%湿度的环境中,于死后不同时间提取心肌组织中总RNA。利用实时荧光定量PCR检测大鼠心肌组织中miR-1-2和18S rRNA的含量变化,结果用循环阈值(Ct值)表示,分析死亡时间与Ct值的关系,最终建立死亡时间推断的回归分析方程。结果大鼠死后120h内心肌组织中miR-1-2含量无明显变化,此后开始下降;而18S rRNA含量在96 h内逐渐增多,随后开始缓慢下降。大鼠死后不同时间18S rRNA的Ct值以及18S rRNA和miR-1-2的ΔCt值与PMI呈非线性相关,二次曲线拟合的R2值分别为0.9487、0.8072。结论 18S rRNA的Ct值和18S rRNA与miR-1-2的ΔCt值与PMI之间存在明显非线性关系,可以作为早期死亡时间推断的指标。 展开更多
关键词 法医病理学 rnas rna 核糖体 18s 死亡时间 聚合酶链反应 大鼠
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海南橡胶藻18S rDNA与16S rDNA二级结构构建及分析 被引量:1
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作者 常凯军 谭德冠 +2 位作者 李定琴 孙雪飘 张家明 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2009年第27期12965-12967,共3页
[目的]对海南橡胶藻的新属、新种地位进行确认。[方法]对海南橡胶藻这一重要生物资源的18S核编码核糖体RNA序列和16S叶绿体编码核糖体RNA序列进行分析,对18S核编码核糖体RNA进行近缘物种间的序列比对及2个I类内含子二级结构模型的构建。... [目的]对海南橡胶藻的新属、新种地位进行确认。[方法]对海南橡胶藻这一重要生物资源的18S核编码核糖体RNA序列和16S叶绿体编码核糖体RNA序列进行分析,对18S核编码核糖体RNA进行近缘物种间的序列比对及2个I类内含子二级结构模型的构建。[结果]橡胶藻16S rRNA在639位点(E.coli序列编号)有一个46 bp的插入片段,该片段能形成一个完美的双发夹结构,对16SrRNA的正常折叠不会产生影响。[结论]这一双发夹结构在其他物种的叶绿体rDNA中还未见报道过。 展开更多
关键词 18s核编码核糖体rna 16s叶绿体编码核糖体rna I类内含子 双发夹结构
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小鼠死后脑RNA降解与死亡时间的相关性 被引量:9
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作者 朱怡 董迎春 +1 位作者 梁伟波 张林 《法医学杂志》 CAS CSCD 2011年第3期161-163,177,共4页
目的探讨小鼠死后不同时间和温度下脑组织β-actin mRNA、18S rRNA的降解规律与死亡时间的关系。方法将24只健康成年C57BL/6小鼠随机分为2组,每组12只,断颈法处死后分别置于不同的环境温度中(4℃、37℃),恒定环境湿度为80%。分别于死后... 目的探讨小鼠死后不同时间和温度下脑组织β-actin mRNA、18S rRNA的降解规律与死亡时间的关系。方法将24只健康成年C57BL/6小鼠随机分为2组,每组12只,断颈法处死后分别置于不同的环境温度中(4℃、37℃),恒定环境湿度为80%。分别于死后即刻和0.5、2、6、24、48h取小鼠脑组织进行总RNA提取。利用RT-PCR技术和实时荧光定量PCR技术测定每一样本中β-actin mRNA和18S rRNA的Ct值,进一步计算每个样本中18S rRNA与β-actin mRNA的含量比值,对二者含量比值与死亡时间的关系进行统计学回归分析。结果 37℃下,RNA降解速度明显快于4℃,表明温度与死后RNA的降解速度呈正相关。与β-actin mRNA的稳定性相比,18S rRNA更为稳定。结论通过采用实时荧光定量PCR技术研究小鼠死后脑组织中β-actin mRNA和18S rRNA的降解规律,可为法医学死亡时间推断提供新的理论基础。 展开更多
关键词 法医病理学 聚合酶链反应 rna 核糖体 18s Β-ACTIN 死亡时间 小鼠
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油菜秸秆还田对土壤真菌群落结构和功能影响的研究 被引量:12
8
作者 胡洪涛 胡时友 +5 位作者 周荣华 张舒 曹春霞 张佑宏 夏贤格 杨靖钟 《环境科学与技术》 CAS CSCD 北大核心 2020年第S01期6-10,共5页
油菜是中国乃至世界重要的油料作物之一,油菜秸秆还田能改善土壤性质、提高土壤肥力,是农业废弃物综合利用的主要途径。文章为阐明油菜秸秆还田对土壤微生物群落的影响,特进行了2年油菜秸秆还田试验,并提取试验区土壤基因组DNA,利用真菌... 油菜是中国乃至世界重要的油料作物之一,油菜秸秆还田能改善土壤性质、提高土壤肥力,是农业废弃物综合利用的主要途径。文章为阐明油菜秸秆还田对土壤微生物群落的影响,特进行了2年油菜秸秆还田试验,并提取试验区土壤基因组DNA,利用真菌18S核糖体RNA基因高通量测序方法,研究不同处理土壤真菌组成、结构和功能的变化。试验结果表明,油菜秸秆还田(SR)和对照(CK)处理高通量测序分别获得135824和100582条高质量序列,分别代表1129和964个OTUs,简并后得到1498个OTUs,其中595(35.6%)个为两处理共有。两处理OTU丰度分布较为均匀,但SR处理OTU种类较CK多。两处理真菌群落在门水平较为类似,均以子囊菌门丰度最高,其次为担子菌门和罗兹菌门,仅新丽鞭毛菌门只在CK中检出。在检出的212个属中,126个属(59.4%)为两处理共有,同CK比较,SR处理部分属丰度发生较大变化。Alpha多样性分析显示,SR处理真菌群落丰富度、均匀度、Shannon指数和Simpson指数均显著增加(P<0.1),而Beta多样性分析显示SR处理土壤真菌群落与对照显著不同(P<0.05)。同对照比较,SR处理21个属(8.7%)丰度发生显著性改变(P<0.1),包括核盘菌属在内的17个属显著增加,倍数变化(FC)在0.09~7.76之间,而源杯梗孢属等4个属丰度则显著下降,FC在-1.6^-5.3之间。SR处理中编码与纤维素分解相关酶的基因,包括纤维素分解酶、纤维二糖脱氢酶、葡聚糖1,3-beta-葡萄糖糖苷酶,其丰度在还田处理中有较大幅度增加,倍数变化在1.95~3.29之间,而与编码木质素分解酶相关基因,L-木酮糖还原酶基因丰度显著增加(P<0.05)、漆酶基因则小幅下降。综合结果表明,油菜秸秆还田有利于增加土壤真菌群落的丰度和多样性、促进土壤纤维素分解相关基因丰度增加,但土壤核盘菌数量也相应显著增加,提示有可能增加油菜菌核病发生风险。 展开更多
关键词 油菜秸秆还田 18s核糖体rna基因高通量测序 核盘菌 油菜菌核病 alpha多样性 秸秆分解相关基因
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鸡组织滴虫病PCR病原学诊断方法的建立 被引量:7
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作者 曲昌宝 王尚尚 +5 位作者 侯照峰 宿世杰 刘丹丹 曹李琴 陶建平 许金俊 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期160-163,共4页
为建立鸡组织滴虫(H.meleagridis)的PCR检测方法,本研究以确诊的感染火鸡组织滴虫的阳性鸡的肝组织DNA为模板,设计针对18S rRNA基因高度保守的特异性引物,建立组织滴虫病的PCR诊断方法。敏感性试验显示阳性样品组织DNA的最低检出限为4 ... 为建立鸡组织滴虫(H.meleagridis)的PCR检测方法,本研究以确诊的感染火鸡组织滴虫的阳性鸡的肝组织DNA为模板,设计针对18S rRNA基因高度保守的特异性引物,建立组织滴虫病的PCR诊断方法。敏感性试验显示阳性样品组织DNA的最低检出限为4 ng/μL。特异性试验表明与其他常见鸡寄生虫的DNA样品均无交叉反应。该PCR方法对临床样品的检出率为100%,与组织病理学诊断结果符合率为100%。该诊断方法敏感、特异,可以用于组织滴虫病的临床诊断。 展开更多
关键词 火鸡组织滴虫 18s核糖体rna基因 PCR 诊断
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山羊腔阔盘吸虫的形态学观察和分子鉴定 被引量:3
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作者 张卫兴 王龙 +5 位作者 田守龙 张炳顺 梁楚瑶 黄福强 刘全 张浩吉 《动物医学进展》 北大核心 2019年第2期34-38,共5页
为了从形态学和分子水平对山羊腔阔盘吸虫(Eurytrema coelomaticum)的种类鉴定提供依据,对采集自广东佛山发病山羊胰脏的阔盘吸虫在形态学观察的基础上,抽提虫体基因组DNA,通过PCR方法对虫体核糖体18SrRNA基因和线粒体cox1基因进行扩增... 为了从形态学和分子水平对山羊腔阔盘吸虫(Eurytrema coelomaticum)的种类鉴定提供依据,对采集自广东佛山发病山羊胰脏的阔盘吸虫在形态学观察的基础上,抽提虫体基因组DNA,通过PCR方法对虫体核糖体18SrRNA基因和线粒体cox1基因进行扩增,将产物与pMD18-T载体连接,转化到大肠埃希菌DH5α感受态细胞进行克隆、测序和序列分析。结果获得虫体18SrRNA基因的大小为1 922bp,线粒体cox 1基因大小为444bp。序列分析显示,获得的18SrRNA基因与GenBank收录的腔阔盘吸虫(E.coelomaticum,登录号为DQ401035)同源性高达99%;线粒体cox1基因与GenBank收录的胰阔盘吸虫(E.pancreaticum,登录号为KC535544)的同源性仅为90%。研究结果从分子水平证明采集自广东佛山山羊体的阔盘吸虫为腔阔盘吸虫(E.coelomaticum),对山羊阔盘吸虫病的防控有指导意义。 展开更多
关键词 山羊 腔阔盘吸虫 18s核糖体rna基因 细胞色素C氧化酶第1亚基基因 序列分析
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