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基于16S rRNA基因序列对不同土壤细菌群落的差异性分析 被引量：4
1
作者 宋国庆 李辉 +4 位作者 马克 赵雪莹 沈忆文 谢建辉 周怀谷 《法医学杂志》 CAS CSCD 2019年第2期187-193,共7页
目的研究不同土壤细菌群落的结构和差异,探索16S rRNA基因测序技术在不同土壤鉴定中的有效性。方法采集上海市7个地区的土壤样本,提取土壤细菌基因组DNA,采用高通量测序技术对16S rRNA基因序列高变区片段进行测序,测序结果通过生物信息... 目的研究不同土壤细菌群落的结构和差异,探索16S rRNA基因测序技术在不同土壤鉴定中的有效性。方法采集上海市7个地区的土壤样本,提取土壤细菌基因组DNA,采用高通量测序技术对16S rRNA基因序列高变区片段进行测序,测序结果通过生物信息学软件量化或可视化后,比较分析草地、树林和沙滩3类土壤样本间细菌群落多样性和丰度的差异。结果草地、树林和沙滩土壤样本细菌群落的alpha多样性指数差异具有统计学意义,三类土壤细菌群落的物种相对丰度和多样性差异明显,草地土壤中酸杆菌门相对丰度较高,树林土壤中变形菌门相对丰度较高,沙滩土壤中放线菌门相对丰度较高。但人工草地、天然草地和工业区草地土壤细菌群落差异无统计学意义。结论基于16S rRNA基因序列测序可以有效区分不同类别土壤,该方法有望为刑事案件第一犯罪现场判读提供线索。 展开更多
关键词 法医病理学 法医遗传学 土壤微生物学 DNA 细菌 rna 核糖体 16s 生物多样性 高通量测序
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油菜秸秆还田对土壤真菌群落结构和功能影响的研究 被引量：12
2
作者 胡洪涛 胡时友 +5 位作者 周荣华 张舒 曹春霞 张佑宏 夏贤格 杨靖钟 《环境科学与技术》 CAS CSCD 北大核心 2020年第S01期6-10,共5页
油菜是中国乃至世界重要的油料作物之一,油菜秸秆还田能改善土壤性质、提高土壤肥力,是农业废弃物综合利用的主要途径。文章为阐明油菜秸秆还田对土壤微生物群落的影响,特进行了2年油菜秸秆还田试验,并提取试验区土壤基因组DNA,利用真菌... 油菜是中国乃至世界重要的油料作物之一,油菜秸秆还田能改善土壤性质、提高土壤肥力,是农业废弃物综合利用的主要途径。文章为阐明油菜秸秆还田对土壤微生物群落的影响,特进行了2年油菜秸秆还田试验,并提取试验区土壤基因组DNA,利用真菌18S核糖体RNA基因高通量测序方法,研究不同处理土壤真菌组成、结构和功能的变化。试验结果表明,油菜秸秆还田(SR)和对照(CK)处理高通量测序分别获得135824和100582条高质量序列,分别代表1129和964个OTUs,简并后得到1498个OTUs,其中595(35.6%)个为两处理共有。两处理OTU丰度分布较为均匀,但SR处理OTU种类较CK多。两处理真菌群落在门水平较为类似,均以子囊菌门丰度最高,其次为担子菌门和罗兹菌门,仅新丽鞭毛菌门只在CK中检出。在检出的212个属中,126个属(59.4%)为两处理共有,同CK比较,SR处理部分属丰度发生较大变化。Alpha多样性分析显示,SR处理真菌群落丰富度、均匀度、Shannon指数和Simpson指数均显著增加(P<0.1),而Beta多样性分析显示SR处理土壤真菌群落与对照显著不同(P<0.05)。同对照比较,SR处理21个属(8.7%)丰度发生显著性改变(P<0.1),包括核盘菌属在内的17个属显著增加,倍数变化(FC)在0.09~7.76之间,而源杯梗孢属等4个属丰度则显著下降,FC在-1.6^-5.3之间。SR处理中编码与纤维素分解相关酶的基因,包括纤维素分解酶、纤维二糖脱氢酶、葡聚糖1,3-beta-葡萄糖糖苷酶,其丰度在还田处理中有较大幅度增加,倍数变化在1.95~3.29之间,而与编码木质素分解酶相关基因,L-木酮糖还原酶基因丰度显著增加(P<0.05)、漆酶基因则小幅下降。综合结果表明,油菜秸秆还田有利于增加土壤真菌群落的丰度和多样性、促进土壤纤维素分解相关基因丰度增加,但土壤核盘菌数量也相应显著增加,提示有可能增加油菜菌核病发生风险。 展开更多
关键词 油菜秸秆还田 18s核糖体rna基因高通量测序 核盘菌 油菜菌核病 alpha多样性 秸秆分解相关基因
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地布覆盖能有效提升桃果实品质 被引量：1
3
作者 王世明(摘录) 《中国果业信息》 2021年第8期55-55,共1页
据《中国果树》2021年第8期《园艺地布覆盖对桃园土壤和桃果实品质的影响》(作者杨熠路等)报道,为探究园艺地布覆盖对桃园根际土壤理化性质、微生物和果实品质的影响,在江苏省南京地区桃园以不覆盖为对照,研究桃树树盘覆盖地布后土壤环... 据《中国果树》2021年第8期《园艺地布覆盖对桃园土壤和桃果实品质的影响》(作者杨熠路等)报道,为探究园艺地布覆盖对桃园根际土壤理化性质、微生物和果实品质的影响,在江苏省南京地区桃园以不覆盖为对照,研究桃树树盘覆盖地布后土壤环境的变化,利用16S r RNA基因高通量测序对土壤细菌群落进行分析,探究覆盖对土壤微生物的影响。 展开更多
关键词 土壤微生物 果实品质 桃果实 根际土壤 树盘覆盖 16s rna基因 高通量测序
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