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基于线粒体COI和18S rRNA基因构建舟山海域浮游动物DNA宏条形码数据库
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作者 冼华琳 汤昌盛 +5 位作者 张杨阳 张晓林 廖智 周钰琴 谢舒烨 严小军 《南方水产科学》 北大核心 2025年第4期85-97,共13页
为构建舟山海域浮游动物本地条形码数据库,从而为该海域浮游动物的种类鉴定、系统进化关系及种群遗传学研究提供科学依据。基于过去14年的文献报道,编制了收录23目64科96属155种浮游动物的舟山海域浮游动物物种名录,通过从NCBI GenBank... 为构建舟山海域浮游动物本地条形码数据库,从而为该海域浮游动物的种类鉴定、系统进化关系及种群遗传学研究提供科学依据。基于过去14年的文献报道,编制了收录23目64科96属155种浮游动物的舟山海域浮游动物物种名录,通过从NCBI GenBank参考数据库获取相关数据,共收集浮游动物线粒体COI基因序列195条和核糖体18S rRNA基因序列134条,初步建立了舟山海域浮游动物条形码数据库。对最优势类群桡足类进行了种间和种内遗传距离的计算分析。结果显示:桡足类COI基因序列种间平均遗传距离为0.3136,是种内平均遗传距离的34.09倍;18S rRNA基因序列的种间平均遗传距离为0.2628,是种内平均遗传距离的26.82倍。COI基因序列的种间和种内遗传距离存在明显的条形码间隔,而18S rRNA基因序列的种间和种内遗传距离存在重叠,没有明显的条形码间隔。基于COI和18S rRNA基因序列构建的系统发育树表明,2种条形码基因在目和科水平上均能有效区分不同的浮游动物类群。舟山海域浮游动物DNA宏条形码数据库的建立,有利于浮游动物种类鉴定及多样性评估,并为该海域海洋生态环境状况评价提供科学依据。 展开更多
关键词 浮游动物 COI基因 18s rRNA基因 DNA条形码数据库 舟山海域
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牛的巴贝斯虫18S rRNA基因序列比较研究 被引量:26
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作者 罗建勋 殷宏 +10 位作者 刘光远 关贵全 刘志杰 刘爱红 党志胜 马米玲 鲁炳义 孙彩琴 白启 吕文顺 陈溥言 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第9期906-911,共6页
对中国已报道的8株牛的巴贝斯虫(包括1株牛巴贝斯虫、1株双芽巴贝斯虫、1株大巴贝斯虫、3株卵形巴贝斯虫和2株巴贝斯虫未定种)的18S rRNA基因序列进行了测定与比较.自感染动物的血液中纯化虫体,提取基因组DNA,PCR扩增靶基因,然后将其连... 对中国已报道的8株牛的巴贝斯虫(包括1株牛巴贝斯虫、1株双芽巴贝斯虫、1株大巴贝斯虫、3株卵形巴贝斯虫和2株巴贝斯虫未定种)的18S rRNA基因序列进行了测定与比较.自感染动物的血液中纯化虫体,提取基因组DNA,PCR扩增靶基因,然后将其连接到pGEM-T Easy载体上,进行克隆测序.研究结果显示:牛的巴贝斯虫18S rRNA基因大小在1 653~1 699 bp之间;用所测得的和自GenBank下载的各种动物的巴贝斯虫18SrRNA基因序列构建了系统发生树,发现由刻点血蜱传播的大巴贝斯虫伊犁株与由长角血蜱传播的3株卵形巴贝斯虫存在明显差别,应属于2个独立种;由小亚璃眼蜱传播的牛巴贝斯虫未定种不同于目前已报道的任何种类,在中国应为一个新种.因而,中国存在5种牛的巴贝斯虫,即:牛巴贝斯虫,双芽巴贝斯虫、大巴贝斯虫,卵形巴贝斯虫和巴贝斯虫未定种. 展开更多
关键词 比较 系统发生树 18s RRNA 牛的巴贝斯虫
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丝瓜18S rRNA基因克隆及其作为内参基因的应用 被引量:28
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作者 朱海生 陈敏氡 +5 位作者 温庆放 蓝新隆 李永平 王彬 张前荣 吴卫东 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期35-41,共7页
选择合适的内参基因是提高实时荧光定量PCR分析(q RT-PCR)准确性的重要条件。18S r RNA基因表达范围广、表达量恒定,常作为内参基因应用于实时荧光定量PCR中。为了获得丝瓜18S r RNA基因,并设计合适的荧光定量PCR内参引物,解决丝瓜实时... 选择合适的内参基因是提高实时荧光定量PCR分析(q RT-PCR)准确性的重要条件。18S r RNA基因表达范围广、表达量恒定,常作为内参基因应用于实时荧光定量PCR中。为了获得丝瓜18S r RNA基因,并设计合适的荧光定量PCR内参引物,解决丝瓜实时荧光定量PCR检测中无内参基因的现状,通过PCR和序列测定,首次克隆到了丝瓜的18S r RNA基因序列,其长度为1 862 bp,Gen Bank登录号为KM656452。在此基础上设计1对荧光定量PCR引物,该引物特异性强,扩增效率高,在丝瓜各生长发育阶段及各种非生物胁迫条件下均能稳定表达,适合在丝瓜基因表达研究中作为内参基因。该研究结果可为开展丝瓜重要功能基因的表达模式和调控机制的研究奠定基础。 展开更多
关键词 丝瓜 18s RRNA 内参基因 实时荧光定量PCR
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牛泰勒虫18S rRNA基因序列比较研究 被引量:15
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作者 刘爱红 关贵全 +6 位作者 刘军龙 李有全 马米玲 牛庆丽 任巧云 殷宏 罗建勋 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第7期1063-1068,共6页
作者对中国兽医微生物菌种保藏中心原虫资源库内收藏的3种牛源泰勒虫10个地方分离株(包括4株环形泰勒虫、3株瑟氏泰勒虫和3株中华泰勒虫)的18S rRNA基因序列进行了测定,并用所测得的牛的泰勒虫中国株基因序列和自GenBank下载的各种... 作者对中国兽医微生物菌种保藏中心原虫资源库内收藏的3种牛源泰勒虫10个地方分离株(包括4株环形泰勒虫、3株瑟氏泰勒虫和3株中华泰勒虫)的18S rRNA基因序列进行了测定,并用所测得的牛的泰勒虫中国株基因序列和自GenBank下载的各种泰勒虫18S rRNA基因序列构建了系统发生树。结果显示:牛的3种泰勒虫18S rRNA基因大小在1740-1890 bp,并有规律地分布于3个不同的进化枝上,且种内地方分离株之间的同源性明显大于种间同源性,说明采用18S rRNA基因序列测定方法对牛的泰勒虫进行分类与传统分类方法具有较好的符合性。该研究也可为建立针对18S rRNA基因为靶标的牛的泰勒虫病PCR检测方法奠定基础。 展开更多
关键词 泰勒虫 18s RRNA基因 系统发生树 分类
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棕囊藻北部湾株的18S rDNA分子鉴定 被引量:19
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作者 覃仙玲 赖俊翔 +2 位作者 陈波 姜发军 许铭本 《热带亚热带植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期176-181,共6页
为研究北部湾棕囊藻(Phaeocystis)藻华的成因,采用PCR克隆了棕囊藻北部湾株核糖体18SrDNA序列。结果表明,棕囊藻北部湾株具有游动单细胞与群体结构两种形态;其18SrDNA序列和NCBI基因库中球形棕囊藻(Phaeocystis globosa)的同源性... 为研究北部湾棕囊藻(Phaeocystis)藻华的成因,采用PCR克隆了棕囊藻北部湾株核糖体18SrDNA序列。结果表明,棕囊藻北部湾株具有游动单细胞与群体结构两种形态;其18SrDNA序列和NCBI基因库中球形棕囊藻(Phaeocystis globosa)的同源性为99%~100%,在系统进化树上与不同海域来源的球形棕囊藻聚在一大分支上,且与球形棕囊藻问的遗传距离均小于其他种。首次从分子生物学上确定棕囊藻北部湾株为球形棕囊藻。 展开更多
关键词 球形棕囊藻 北部湾 18s RDNA 分子鉴定
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基于18S rRNA和HSP70基因序列的隐孢子虫种系发育分析 被引量:14
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作者 王进产 菅复春 +5 位作者 张龙现 宁长申 闫文朝 孙铭飞 仇书兴 卢庆斌 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第9期947-953,共7页
为阐明河南区域隐孢子虫分子流行病学特点,用PCR技术扩增分离虫株的18S rRNA基因全序列和HSP70基因序列,并对扩增片段进行测序。用PAUP 4.0和TREEPUZZLE 4.1构建进化树,试图从分子水平证明河南省不同地区不同宿主来源隐孢子虫的遗传特征... 为阐明河南区域隐孢子虫分子流行病学特点,用PCR技术扩增分离虫株的18S rRNA基因全序列和HSP70基因序列,并对扩增片段进行测序。用PAUP 4.0和TREEPUZZLE 4.1构建进化树,试图从分子水平证明河南省不同地区不同宿主来源隐孢子虫的遗传特征,以阐明隐孢子虫病的分子流行病学特点。通过18S rRNA基因全序列和HSP70基因序列分析,其结果:河南人源隐孢子虫分离株为Cryptosporidium parvum鼠基因型;河南鹿源隐孢子虫分离株为C. parvum鹿基因型;河南猪源隐孢子虫的2个分离株均为C. parvum猪基因I型,即C. suis;河南鹌鹑源的隐孢子虫2个分离株分别为C. baileyi和C. meleagridis;河南乌鸡源隐孢子虫和鸵鸟源隐孢子虫分离株均为C. baileyi;河南牛源隐孢子虫分离株为C.andersoni。 展开更多
关键词 隐孢子虫 HSP70 18s RRNA 种系发育
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棕囊藻渤海株核糖体18SrDNA和ITS基因结构序列分析 被引量:23
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作者 曲凌云 吕颂辉 +3 位作者 高春蕾 李艳 孙萍 孙修勤 《海洋科学进展》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期200-206,共7页
对分离自渤海赤潮发生区的1株棕囊藻进行核糖体18S rDNA及ITS序列克隆测定,获得了长度为1 648bp的18S rDNA序列和长度为890 bp的ITS序列。对获得的基因序列进行同源性分析,结果表明,该棕囊藻的核糖体18S rDNA及ITS序列均与NCBI数据库中... 对分离自渤海赤潮发生区的1株棕囊藻进行核糖体18S rDNA及ITS序列克隆测定,获得了长度为1 648bp的18S rDNA序列和长度为890 bp的ITS序列。对获得的基因序列进行同源性分析,结果表明,该棕囊藻的核糖体18S rDNA及ITS序列均与NCBI数据库中登录的球形棕囊藻的相应序列同源性最高;从GenBank中获取不同地理来源的19种棕囊藻的18S rDNA序列及6种棕囊藻的ITS序列,分别以棕囊藻核糖体18S rDNA和ITS为对象构建了棕囊藻属的系统发育树,从分子生物学角度确定了棕囊藻渤海株为球形棕囊藻(Phaeocystis globosa)。 展开更多
关键词 棕囊藻 18s RDNA基因 ITS基因 系统发育分析
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汉江硅藻水华优势种的形态及18S rDNA序列分析 被引量:16
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作者 郑凌凌 宋立荣 +1 位作者 吴兴华 庄惠如 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期562-565,共4页
关键词 汉江水华 冠盘藻 小环藻 18s RDNA
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大鼠心肌组织中microRNA和18S rRNA的降解与死亡时间的相关性 被引量:18
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作者 李文灿 马开军 +6 位作者 张萍 王慧君 沈忆文 周月琴 赵子琴 马端 陈龙 《法医学杂志》 CAS CSCD 2010年第6期413-417,共5页
目的探讨大鼠死后心肌组织中microRNA和18S rRNA的含量变化与死亡时间的关系。方法将SD大鼠断颈处死后置于25℃室温、50%湿度的环境中,于死后不同时间提取心肌组织中总RNA。利用实时荧光定量PCR检测大鼠心肌组织中miR-1-2和18S rRNA的... 目的探讨大鼠死后心肌组织中microRNA和18S rRNA的含量变化与死亡时间的关系。方法将SD大鼠断颈处死后置于25℃室温、50%湿度的环境中,于死后不同时间提取心肌组织中总RNA。利用实时荧光定量PCR检测大鼠心肌组织中miR-1-2和18S rRNA的含量变化,结果用循环阈值(Ct值)表示,分析死亡时间与Ct值的关系,最终建立死亡时间推断的回归分析方程。结果大鼠死后120h内心肌组织中miR-1-2含量无明显变化,此后开始下降;而18S rRNA含量在96 h内逐渐增多,随后开始缓慢下降。大鼠死后不同时间18S rRNA的Ct值以及18S rRNA和miR-1-2的ΔCt值与PMI呈非线性相关,二次曲线拟合的R2值分别为0.9487、0.8072。结论 18S rRNA的Ct值和18S rRNA与miR-1-2的ΔCt值与PMI之间存在明显非线性关系,可以作为早期死亡时间推断的指标。 展开更多
关键词 法医病理学 微RNAS RNA 核糖体 18s 死亡时间 聚合酶链反应 大鼠
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鸡球虫18S rRNA基因序列的测定与分析 被引量:7
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作者 王鑫 韩红玉 +4 位作者 姜连连 赵其平 董辉 韩静芳 黄兵 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第S1期305-309,共5页
为了利用18S rRNA基因进行鸡球虫系统进化分析,对巨型艾美耳球虫(Eimeria maxima)、柔嫩艾美耳球虫(E. tenella)、堆形艾美耳球虫(E.acervulina)3种共8个不同来源的虫株,分别提取总DNA进行18S rRNA基因的扩增和测序;将得到的序列登录Gen... 为了利用18S rRNA基因进行鸡球虫系统进化分析,对巨型艾美耳球虫(Eimeria maxima)、柔嫩艾美耳球虫(E. tenella)、堆形艾美耳球虫(E.acervulina)3种共8个不同来源的虫株,分别提取总DNA进行18S rRNA基因的扩增和测序;将得到的序列登录GenBank进行同源性和趋异性分析,并结合GenBank中其它原虫的18S rRNA基因序列构建进化树。结果显示扩增获得8株鸡球虫18S rRNA基因长度为1 746~1 756 bp,序列比对显示同种不同株间的同源性大于不同种间的同源性,其中3株E.maxima株间同源性在98.7%~99.3%之间,4株E.tenella株间同源性在99.7%~99.9%之间;不同种间同源性为96.5%~98.1%,其中E.maxima与E.tenella的遗传距离最大,为0.038;E.maxima与E.acervulina的遗传距离最小,为0.021。顶复器门9个不同属所构建的进化树结果显示,E.imeria和等孢属(Isospora)聚为一支,说明亲缘关系比较近。与GenBank中其它5株不同鸡球虫的18S rRNA基因共同构建的进化树显示,3株E.maxima聚为一支,与E.brunetti、E.mitis、E.mivati、E.praecox和E. acervulina聚为一大分支;4株E.tenella与1株E.necatrix共同形成一个分支,说明E.tenella与E.necatrix的亲缘关系最近。本研究证实了在鸡球虫系统进化研究中,18S rRNA基因不仅可以区分不同种,而且有可能成为区分同种不同株的理想靶基因。 展开更多
关键词 球虫 艾美耳球虫 18s RRNA 序列分析 系统进化
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伊氏锥虫、马媾疫锥虫、布氏锥虫、刚果锥虫的18S rDNA部分序列测定与系统发育关系 被引量:6
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作者 周勇志 周金林 +3 位作者 沈杰 龚海燕 向飞宇 黄兵 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期178-180,共3页
对伊氏锥虫(Trypanosomaevansi):新疆株(XJCA)、湖北株(HBM)、云南株(YNB)、广东株(GDB2);马媾疫锥虫(Trypanosomaequiperdum)、布氏锥虫(Trypanosomabrucei)、刚果锥虫(Trypanosomacongolense)提取基因组DNA,根据已报道的伊氏锥虫株18S... 对伊氏锥虫(Trypanosomaevansi):新疆株(XJCA)、湖北株(HBM)、云南株(YNB)、广东株(GDB2);马媾疫锥虫(Trypanosomaequiperdum)、布氏锥虫(Trypanosomabrucei)、刚果锥虫(Trypanosomacongolense)提取基因组DNA,根据已报道的伊氏锥虫株18SrDNA基因序列设计合成引物,用PCR扩增了锥虫虫株基因组DNA,伊氏锥虫新疆株、湖北株、云南株、广东株、布氏锥虫、刚果锥虫均为373bp的片段;马媾疫锥虫为372bp的片段,PCR产物经电泳鉴定后用试剂盒回收纯化,纯化后PCR产物经连接、转化后测序,将测得的序列用DNAMAN软件分析并与国外已发表的相应序列进行了同源性比较,并绘制了系统发育进化树。结果与国外AJ009153、AJ223564、D89527株同源性达到99%~100%,与另外11株同源性75%。本研究为锥虫分子流行病学研究及分类研究打下基础。 展开更多
关键词 伊氏锥虫 马媾疫锥虫 布氏锥虫 刚果锥虫 18s RDNA PCR
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泥鳅和黄鳝18S rRNA基因的克隆与序列分析 被引量:5
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作者 张际峰 蒋磊 +2 位作者 牛坤 汪承润 程滨 《吉林大学学报(理学版)》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期846-851,共6页
通过自行设计引物,扩增且测定了泥鳅和黄鳝18S rRNA基因部分序列,并讨论了后生动物18S rRNA基因的碱基含量变化情况.结果表明,泥鳅和黄鳝的18S rRNA基因部分序列长度均为1204 bp,泥鳅该基因序列GC含量为53.74%,黄鳝该基因序列GC skew为0... 通过自行设计引物,扩增且测定了泥鳅和黄鳝18S rRNA基因部分序列,并讨论了后生动物18S rRNA基因的碱基含量变化情况.结果表明,泥鳅和黄鳝的18S rRNA基因部分序列长度均为1204 bp,泥鳅该基因序列GC含量为53.74%,黄鳝该基因序列GC skew为0.082,两条序列同源性为99.67%.将它们和大西洋鲑3个物种的18S rRNA基因与其线粒体12S rRNA,16S rRNA,Cytb和D-loop区4基因进行序列比较,发现核18S rRNA最保守,而线粒体D-loop区基因进化速率最快.从GenBank中选择已测定的4种鱼纲动物和11种脊索动物的同源序列,分别运用NJ法、MP和ML法,构建6种鱼纲动物和13种脊索动物的分子系统树,结果均显示,在鱼纲动物系统树中,6种鱼纲动物被分为软骨鱼类和硬骨鱼类两大支;在脊索动物的系统树中,鱼纲与脊椎动物的四足类形成姐妹群,表明它们在系统发育过程中具有同等重要地位. 展开更多
关键词 泥鳅 黄鳝 18s RRNA基因 序列分析
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5种沙漠微藻的分离鉴定及其18S rDNA保守区片段差异分析 被引量:13
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作者 李芳芳 隋正红 +2 位作者 龚春霞 陈芳 高剑峰 《石河子大学学报(自然科学版)》 CAS 2012年第3期265-270,共6页
为了研究古尔班通古特沙漠中微藻的种类,采用96孔板有限稀释法,从该沙漠采集的沙样中分离出5种不同的微藻,并通过形态学特征初步鉴定为绿藻门。根据GenBank中绿藻门不同科属藻类的18S核糖体RNA基因(18S rDNA)保守区设计18S特异性引物,... 为了研究古尔班通古特沙漠中微藻的种类,采用96孔板有限稀释法,从该沙漠采集的沙样中分离出5种不同的微藻,并通过形态学特征初步鉴定为绿藻门。根据GenBank中绿藻门不同科属藻类的18S核糖体RNA基因(18S rDNA)保守区设计18S特异性引物,分别对5种微藻的基因组进行PCR扩增18S rDNA片段,经克隆测序、blast n比对、系统发育树构建及遗传距离值分析,将5种微藻初步鉴定到属。结果表明:从该沙漠分离得到的5个微藻物种分别来自绿藻门不同的科属,其中一个物种极可能为新物种。 展开更多
关键词 古尔班通古特沙漠 微藻 绿藻门 18s RDNA
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广西红壤区甘蔗根际土壤丛枝菌根真菌种类的18S rDNA基因序列分析鉴定及多样性分析 被引量:7
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作者 覃晓娟 廖楠 +4 位作者 张金莲 李冬萍 李松 袁照年 陈廷速 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2018年第11期2241-2249,共9页
为探明广西红壤区甘蔗根际土壤丛枝菌根(Arbuscularmycorrhizal,AM)真菌多样性特点,本研究通过18S rDNA基因序列分析对来自广西红壤蔗区33个样地的甘蔗根系和根际土壤样品的AM真菌种属进行了鉴定,并分析了土壤理化性质对AM真菌侵染率和... 为探明广西红壤区甘蔗根际土壤丛枝菌根(Arbuscularmycorrhizal,AM)真菌多样性特点,本研究通过18S rDNA基因序列分析对来自广西红壤蔗区33个样地的甘蔗根系和根际土壤样品的AM真菌种属进行了鉴定,并分析了土壤理化性质对AM真菌侵染率和多样性的影响。结果表明:3类红壤类土壤中,赤红壤的根外菌丝量、根内菌丝和丛枝平均侵染率最高,分别为13.59%、24.18%、1.29%;砖红壤的泡囊平均侵染率最高,为19.17%。所构建的AM真菌克隆文库中共发现了24个OTU,分别属于AM真菌的7科12属24种,其中球囊霉科含5属10种,多样孢囊霉科含1属2种、无梗囊霉科含1属1种、巨孢囊霉科含2属2种,近明囊霉科含1属5种,原囊霉科和类球囊霉科各含1属2种;3类土壤的优势科和优势属分别为球囊霉科和根生囊霉属。红壤的AM真菌物种丰富度和香浓维纳指数最高,砖红壤最低。3类土壤的理化因子与AM真菌的物种丰富度均无显著相关。3类土壤的根内菌丝侵染率与pH值均呈正相关,与有机质、总氮及有效磷含量呈负相关。 展开更多
关键词 甘蔗 红壤类土壤 AM真菌 18s RDNA 多样性
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通过核糖体18S rDNA探讨柳珊瑚分子系统发育关系 被引量:6
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作者 李秀保 黄晖 +2 位作者 张俊彬 董志军 黄良民 《海洋通报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期10-19,共10页
通过对南海3种柳珊瑚的18SrDNA序列的测序,结合Genebank中搜索到的其他26种柳珊瑚的18SrDNA序列,构建了NJ和MP系统发育树,结果表明柳珊瑚可分为两个类群,系统树清楚表明了钙轴珊瑚类群的系统发育关系,但未能很好反映全轴珊瑚类群的系统... 通过对南海3种柳珊瑚的18SrDNA序列的测序,结合Genebank中搜索到的其他26种柳珊瑚的18SrDNA序列,构建了NJ和MP系统发育树,结果表明柳珊瑚可分为两个类群,系统树清楚表明了钙轴珊瑚类群的系统发育关系,但未能很好反映全轴珊瑚类群的系统发育关系。钙轴珊瑚类群的系统发育关系较为清晰,其中枝鳃珊瑚科(Dendrobrachiidae)、红珊瑚科(Coralliidae)和拟柳珊瑚科(Paragorgiidae)的遗传关系非常紧密,三爪珊瑚科(Briareidae)、鞭柳珊瑚科(Ellisellidae)和Erythropodiumcaribaeorum分类地位还待商榷,需要选取更多的样品构建系统树才能弄清楚它们准确的分类地位。全轴珊瑚类群的系统关系非常混乱,可见18SrDNA并不能提供有效的遗传信息,这就需要寻求其他遗传标记来解决全轴珊瑚类群的系统关系。 展开更多
关键词 柳珊瑚 18s RDNA 分子系统关系
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双壳纲贝类18S rRNA基因序列变异及系统发生 被引量:6
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作者 孟学平 申欣 +1 位作者 程汉良 赵娜娜 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期1393-1403,共11页
双壳纲贝类栖息于环境多变的海域,是一个形态学和生态学都具有多样性的类群,清晰而可靠的进化关系对于养殖与相关种类的管理具重要意义。然而,目前对双壳类宏观分子系统学研究的报道较少。研究用18S rRNA基因(18S)分析了双壳类3个亚纲... 双壳纲贝类栖息于环境多变的海域,是一个形态学和生态学都具有多样性的类群,清晰而可靠的进化关系对于养殖与相关种类的管理具重要意义。然而,目前对双壳类宏观分子系统学研究的报道较少。研究用18S rRNA基因(18S)分析了双壳类3个亚纲贝类的系统发育关系。从GenBank下载帘蛤目、海螂目、贻贝目、胡桃蛤目、蚶目、珍珠贝目6个目94个种类的18S全/部分序列107个,通过ClustalX软件进行序列比对,用MEGA4.1软件和PHyML软件计算遗传距离,构建系统发育树,研究了双壳类18S变异规律及其在系统发生研究中的应用。结果显示18S有插入/缺失序列,存在长度多态性。序列比对显示有5段约30 70bp的保守区,4段约130 550bp的高变区。碱基组成平均为T:24.4%,C:23.6%,A:24.5%,G:27.5%。G+C含量为51.1%。在1796个比对位点中,变异位点占31.7%,简约信息位点占24.0%。目内科间遗传距离为0.003 0.043,目间遗传距离为0.026 0.093。NJ树和ML树显示贻贝目、珍珠贝目、胡桃蛤目、蚶目和海螂目的缝栖蛤科先分别聚为支持率很高(BPN=94 100)的单系支,后聚为一大支(BPN=100)。蛤蜊科与帘蛤目的其他科分离形成一置信度很高的单系支(BPN=93)。帘蛤科种类聚为置信度较低(BPN=60)的一支。海螂目、帘蛤目的种类没能完全聚到所属支系,彼此嵌套,缝栖蛤科的种类从海螂目中分离出来。18S资料揭示帘蛤目的蛤蜊科、海螂目的缝栖蛤科已经进化为独立的支系。 展开更多
关键词 双壳纲 18s RRNA基因 序列分析 系统发生
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火鸡隐孢子虫18S核糖体DNA部分序列测定与系统发育分析 被引量:5
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作者 李建华 张西臣 +3 位作者 田宗成 尹继刚 何宏轩 杨举 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第4期267-269,共3页
从长春地区鸭的粪便中分离纯化了火鸡隐孢子虫 (Cryptosporidiummeleagridis )卵囊 ,根据隐孢子虫 18SrDNA基因序列设计合成引物 ,用PCR扩增了卵囊基因组DNA大小 5 86bp的片段 ,PCR产物经电泳鉴定后用试剂盒回收纯化 ,纯化后PCR产物直... 从长春地区鸭的粪便中分离纯化了火鸡隐孢子虫 (Cryptosporidiummeleagridis )卵囊 ,根据隐孢子虫 18SrDNA基因序列设计合成引物 ,用PCR扩增了卵囊基因组DNA大小 5 86bp的片段 ,PCR产物经电泳鉴定后用试剂盒回收纯化 ,纯化后PCR产物直接测序。将测得的序列用Dnastar软件分析并与国外已发表的相应序列进行了同源性比较 ,并绘制了系统发育进化树。结果初步建立了火鸡隐孢子虫的PCR检测方法 ,序列分析显示长春鸭源火鸡隐孢子虫与国外 9株隐孢子虫相应序列同源性在 82 7%~ 99.8%之间 ,其中与国外火鸡源火鸡隐孢子虫相应序列同源性为 85 .3% ;与C .felis同源性最低 ,与C .muris同源性最高。 展开更多
关键词 隐孢子虫 18s RDNA PCR
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带鱼(Trichiurus haumela)鱼卵DNA的提取及其18S rDNA初步分析 被引量:5
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作者 张继民 刘霜 +2 位作者 赵建民 马兆党 张洪亮 《海洋通报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期62-65,共4页
目前应用显微镜技术很难进行鱼卵种类的准确鉴定,本文尝试采用DNA技术开展鱼卵的鉴定工作。以带鱼(Trichiurus haumela)鱼卵为研究对象,采用苯酚-氯仿法提取了其DNA基因组,并采用PCR及克隆测序的方法,对其18S rDNA序列进行了测定与初步... 目前应用显微镜技术很难进行鱼卵种类的准确鉴定,本文尝试采用DNA技术开展鱼卵的鉴定工作。以带鱼(Trichiurus haumela)鱼卵为研究对象,采用苯酚-氯仿法提取了其DNA基因组,并采用PCR及克隆测序的方法,对其18S rDNA序列进行了测定与初步分析。结果表明,提取的带鱼(T.haumela)鱼卵DNA基因组片段长度约23kb,PCR扩增片段长度约1.8kb;带鱼(T.haumela)鱼卵18S rDNA与其它已知鱼类的18S rDNA序列具有一定的差异性,可以用其进行带鱼(T.haumela)鱼卵的初步鉴定。 展开更多
关键词 带鱼 鱼卵 18s RDNA
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中国南瓜内参基因18S rRNA的克隆及其引物开发 被引量:6
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作者 朱海生 王彬 +6 位作者 陈敏氡 李永平 张前荣 刘建汀 李大忠 吴卫东 温庆放 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2017年第3期118-125,共8页
【目的】克隆获得中国南瓜18SrRNA,并设计合适的荧光定量PCR内参,为开展中国南瓜重要功能基因的表达模式和调控机制研究奠定基础。【方法】以中国南瓜‘密本’品种的基因组DNA为模板,通过PCR方法克隆中国南瓜18SrRNA基因序列,再利用Prim... 【目的】克隆获得中国南瓜18SrRNA,并设计合适的荧光定量PCR内参,为开展中国南瓜重要功能基因的表达模式和调控机制研究奠定基础。【方法】以中国南瓜‘密本’品种的基因组DNA为模板,通过PCR方法克隆中国南瓜18SrRNA基因序列,再利用Primer Premier软件设计荧光定量PCR引物,对该内参基因在中国南瓜不同组织、生长阶段及非生物胁迫条件下的表达稳定性进行检测。【结果】首次克隆得到中国南瓜18SrRNA基因序列,其长度为1 857bp,GenBank登录号为KM979454,该基因与西瓜、西葫芦等瓜类蔬菜18SrRNA基因同源性大都在90%以上;以中国南瓜内参基因18SrRNA核苷酸全长序列为基础设计1对荧光定量PCR引物,以中国南瓜果肉总RNA逆转录的cDNA第一链为模板进行PCR扩增,该引物扩增的片段大小为132bp,扩增效率高,特异性强;18SrRNA基因在中国南瓜不同组织、生长发育阶段及非生物胁迫条件下均能稳定表达。【结论】克隆获得中国南瓜18SrRNA基因,该基因适合在中国南瓜基因表达研究中作为内参基因。 展开更多
关键词 中国南瓜 18s RRNA 内参基因 实时荧光定量PCR
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Pycnoporus sp. SYBC-L1 18S rDNA序列分析及其固态发酵水葫芦产漆酶的研究 被引量:6
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作者 王志新 蔡宇杰 +2 位作者 廖祥儒 钱丽园 张大兵 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2009年第8期5-10,共6页
从朽木上筛选到一株产漆酶的白腐真菌SYBC-L1,该菌株在PDA-Guaiacol培养基上显红色,通过18S rDNA序列测定和进化树聚类分析,表明其属于密孔菌属,命名为Pycnoporus sp. SYBC-L1。以水葫芦为基本培养基质,以漆酶活力为指标,对其产酶培养... 从朽木上筛选到一株产漆酶的白腐真菌SYBC-L1,该菌株在PDA-Guaiacol培养基上显红色,通过18S rDNA序列测定和进化树聚类分析,表明其属于密孔菌属,命名为Pycnoporus sp. SYBC-L1。以水葫芦为基本培养基质,以漆酶活力为指标,对其产酶培养基进行了初步优化,得其适宜的培养基为:水葫芦12.5%,可溶性淀粉与豆粕质量比1∶1,起始含水量65%,Cu2+浓度1.5mmol/L,没食子酸20μmol/L,30℃,培养9d,漆酶活力可达19.17U/g,为优化前的8.75倍。Pycnoporus sp. SYBC-L1漆酶提取的适宜条件为:20mmol/L,pH6.0的磷酸盐-柠檬酸缓冲液,浸提3h。 展开更多
关键词 Pycnoporus sp.SYBC—L1 18s rDNA 漆酶 水葫芦 固态发酵
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