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基于16SrRNA基因测序技术研究低聚异麦芽糖对奶牛瘤胃细菌菌群的影响 被引量：7
1
作者 郭成 郭婷婷 +2 位作者 胡丹丹 张力莉 徐晓锋 《四川农业大学学报》 CSCD 北大核心 2018年第6期815-821,共7页
【目的】本试验旨在利用16SrRNA基因测序技术研究低聚异麦芽糖对奶牛瘤胃菌群的影响。【方法】试验采用两阶段交叉设计方法,将4头泌乳中国荷斯坦泌乳奶牛随机分为两组,第一阶试验结束,经过恢复期后,再将试验组和对照组交叉,由之前对照... 【目的】本试验旨在利用16SrRNA基因测序技术研究低聚异麦芽糖对奶牛瘤胃菌群的影响。【方法】试验采用两阶段交叉设计方法,将4头泌乳中国荷斯坦泌乳奶牛随机分为两组,第一阶试验结束,经过恢复期后,再将试验组和对照组交叉,由之前对照组变为试验组。试验组添加60 g/(d·头)的低聚异麦芽糖。【结果】结果表明日粮添加低聚异麦芽糖后,奶牛瘤胃细菌菌群多样性无显著影响。门水平上分析,疣微菌门丰度显著增加(P<0.05)。属水平上分析,饲喂低聚异麦芽糖,奶牛瘤胃液Comamonadaceae_NA(未注释丛毛单胞菌属)丰度极显著提高(P<0.01),WCHB1-25_NA丰度极显著增加(P<0.01),Ruminobacte(瘤胃杆菌属)丰度显著增加(P<0.05),Salinibacterium(盐细菌属)丰度显著增加(P<0.05),Lactobacillus(乳酸杆菌属)丰度显著降低(P<0.05)。Acidaminococcus(氨基酸球菌属)、Aeromicrobium(气微菌属)、Actinotalea、Adlercreutzia菌属丰度有增加趋势(0.05<P<0.1),TMEG_NA菌属丰度有降低的趋势(0.05<P<0.1)。【结论】在本试验条件下,日粮添加低聚异麦芽糖对奶牛瘤胃菌群多样性无显著影响,纤维分解菌丰度影响差异不显著,淀粉分解菌丰度增加、乳酸生成菌丰度降低。 展开更多
关键词 低聚异麦芽糖 16srrna基因测序技术 奶牛 瘤胃细菌
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基于16S rRNA基因测序研究YCFA培养基对山羊瘤胃细菌富集培养的有效性
2
作者 郭萌萌 景若曦 《家畜生态学报》 北大核心 2025年第4期51-57,共7页
为了筛选利用YCFA培养基体外富集可培养的山羊瘤胃微生物菌种,为瘤胃微生物的体外培养提供可用的潜在培养基,该试验利用YCFA培养基在37℃温度下,对山羊瘤胃中的微生物分别进行厌氧和有氧条件下的富集培养,取富集的菌落提取DNA进行16S r... 为了筛选利用YCFA培养基体外富集可培养的山羊瘤胃微生物菌种,为瘤胃微生物的体外培养提供可用的潜在培养基,该试验利用YCFA培养基在37℃温度下,对山羊瘤胃中的微生物分别进行厌氧和有氧条件下的富集培养,取富集的菌落提取DNA进行16S rRNA基因测序,分析可富集培养的细菌类型。研究表明,YCFA培养基在厌氧条件下可潜在富集培养的山羊瘤胃微生物主要包括Veillonella、Streptococcus、Anaerovibrio、Selenomonas_1、Prevotella_1、Prevotellaceae_YAB2003_group、Selenomonas_1、Schwartzia、Phocaeicola;在有氧条件下可潜在富集培养的山羊瘤胃微生物主要包括Mannheimia、Bacteroides、Bacillus、Actinobacillus。该试验表明在YCFA培养基中可以培养部分山羊瘤胃中的有效微生物菌种,为山羊瘤胃细菌菌种的培养提供参考。 展开更多
关键词 山羊瘤胃菌群 16S rRNA基因测序 YCFA培养基 富集培养
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宏基因二代测序技术对胸内淋巴结结核的诊断价值 被引量：1
3
作者 齐齐 蔡青山 +2 位作者 陈园园 周丽红 周建英 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第S01期4-8,共5页
目的:探讨宏基因二代测序技术(metagenomic next-generation sequencing,m NGS)在胸内淋巴结结核中的诊断价值。方法:采用回顾性研究方法,搜集2020年12月至2023年9月浙江省中西医结合医院结核病诊疗中心收治的122例疑似胸内淋巴结结核... 目的:探讨宏基因二代测序技术(metagenomic next-generation sequencing,m NGS)在胸内淋巴结结核中的诊断价值。方法:采用回顾性研究方法,搜集2020年12月至2023年9月浙江省中西医结合医院结核病诊疗中心收治的122例疑似胸内淋巴结结核患者临床资料,所有患者均行支气管内超声引导下经支气管针吸活检术(endobronchial ultrasound-guided transbronchial needle aspiration,EBUS-TBNA)。穿刺标本同时进行mNGS、Gene Xpert MTB/RIF(简称“Xpert”)、PCR-荧光探针法(简称“RT-PCR”)、RNA恒温扩增荧光实时检测技术(简称“TB-SAT”)、BACTEC MGIT 960分枝杆菌全自动快速液体培养(简称“MGIT 960”)和涂片抗酸染色(简称“涂片”),比较6种方法对胸内淋巴结结核的诊断效能。结果:根据诊断标准,122例疑似患者中,最终89例诊断为胸内淋巴结结核,33例为非胸内淋巴结结核患者。以综合诊断结果为参照标准,m NGS对胸内淋巴结结核诊断的敏感度为89.9%(95%CI:81.7%~95.3%)、特异度为87.9%(95%CI:71.8%~96.6%)、准确率为89.3%(95%CI:82.5%~94.2%),AUC值为0.889(95%CI:0.819~0.939),明显高于Xpert、RT-PCR、TB-SAT、MGIT 960和涂片对胸内淋巴结结核检测的敏感度(68.5%、61.8%、33.7%、49.4%和11.2%)、特异度(93.9%、97.0%、97.0%、100.0%和100.0%)、准确率(75.4%、71.3%、50.8%、63.1%和35.2%)和AUC(0.812、0.794、0.747、0.653和0.556)。结论:m NGS检测对胸内淋巴结结核具有较高的临床诊断价值,尤其在其他结核病相关检测均阴性时,该技术可给临床诊断提供重要参考,但与传统的病原学检测手段相比较,特异度仍偏低,尤其在鉴别疾病良恶性时,需结合病理结果进行综合分析。 展开更多
关键词 宏基因组二代测序 结核 胸内淋巴结 诊断技术和方法 对比研究
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高深度全基因组测序技术的产前应用进展
4
作者 孔祥东 《实用妇产科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期861-864,共4页
全基因组测序(whole genome sequencing,WGS)是一种新兴的基因检测技术,其原理为基于二代测序,使用合适的测序深度对人体基因组进行全范围的测序,分析其遗传信息,有检测类型全面、基因组覆盖度高、测序流程误差少等优点。但由于其检测... 全基因组测序(whole genome sequencing,WGS)是一种新兴的基因检测技术,其原理为基于二代测序,使用合适的测序深度对人体基因组进行全范围的测序,分析其遗传信息,有检测类型全面、基因组覆盖度高、测序流程误差少等优点。但由于其检测成本较高、产出数据量大、测序数据分析复杂等特点,在临床中的实际应用仍较少,目前主要针对临床罕见病进行病因探索研究,在产前诊断领域中的应用尚不成熟。由于产前诊断领域对检测技术的准确性和时效性要求较高,产前有对胎儿遗传病进行全面筛查的需求,近年来逐渐有研究尝试在产前诊断领域使用高深度WGS作为诊断方法,以探索其是否有作为产前诊断手段的潜力及优势,本文收集了目前国内外发表的产前WGS队列研究,浅论其在产前诊断中的应用进展。 展开更多
关键词 产前诊断 罕见病 全基因组测序 基因检测技术 队列研究 检测成本 WGS 二代测序
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基于二代测序技术的肉瘤分子特征及其在诊疗中的潜在应用 被引量：1
5
作者 范晓雯 张军良 +3 位作者 高子凡 凌冬冬 施鑫 周幸 《医学研究与战创伤救治》 北大核心 2025年第3期258-262,共5页
目的对肉瘤患者的基因突变特征进行系统分析,并探索这些特征在疾病诊断、预后评估及个性化治疗中的潜在应用价值。方法使用二代测序技术(NGS)对50例肉瘤患者的肿瘤样本进行了基因组分析,重点分析了与肉瘤发生、发展相关的基因突变及其... 目的对肉瘤患者的基因突变特征进行系统分析,并探索这些特征在疾病诊断、预后评估及个性化治疗中的潜在应用价值。方法使用二代测序技术(NGS)对50例肉瘤患者的肿瘤样本进行了基因组分析,重点分析了与肉瘤发生、发展相关的基因突变及其在不同组织学亚型中的差异性。结果研究发现TP53、PTEN、CDKN2A、MYC等基因在肉瘤中突变频率较高,且不同组织学亚型的基因突变谱存在显著差异。骨肉瘤中存在大量的基因融合和拷贝数变异,特别是TP53基因的多种突变类型揭示了其复杂的突变机制,并与不良预后密切相关。RB1通路相关基因的高突变率进一步证明了其在肉瘤发生中的关键作用。此外,该队列中存在21.9%的可操作的突变基因,与先前的研究结果一致,突出了NGS检测对识别潜在可操作突变的重要个性化治疗。结论为肉瘤的分子特征提供了全面的图谱,揭示了其异质性和复杂的突变机制,为肉瘤的精准医学提供了重要基础。 展开更多
关键词 肉瘤 基因突变 二代测序技术
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纳米孔三代测序技术在禽流感病毒全基因组测序中的应用 被引量：3
6
作者 吴炜姿 周扬 +7 位作者 徐成刚 瞿孝云 王福广 吴立炀 叶健 许秀琼 钟文霞 卢受昇 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期747-753,共7页
纳米孔(Nanopore)测序技术是一项新兴三代测序技术,具有巨大应用前景,然而在动物病原领域中的应用还处于起步阶段。为探究该技术在禽流感病毒(AIV)全基因组测序中的应用,本研究对采自农贸市场的2份AIV阳性鸡咽喉拭子样品(分别命名为AIV1... 纳米孔(Nanopore)测序技术是一项新兴三代测序技术,具有巨大应用前景,然而在动物病原领域中的应用还处于起步阶段。为探究该技术在禽流感病毒(AIV)全基因组测序中的应用,本研究对采自农贸市场的2份AIV阳性鸡咽喉拭子样品(分别命名为AIV1和AIV2)进行RNA提取,利用AIV通用引物靶向扩增其全基因组,扩增产物经末端修复、3'末端加A碱基、条形码连接和添加测序接头等步骤,完成测序文库制备。经GridION×5Mk1测序仪测序获得7.16G数据,所获得的测序数据经数据质控、过滤去除低质量reads、比对拼接得到AIV全基因组序列,整个试验流程在13 h内完成。同时,采用一代测序方法验证Nanopore测序结果的准确性。测序数据质控结果显示所有读长(reads)的质量分数均大于10,AIV1产生404474条reads,平均reads为996.7 bp,平均reads质量分数为13.8,AIV2产生76589条reads,平均reads质量分数为13.5,平均reads为1095 bp,表明测序数据质量较高;利用Samtools软件统计AIV 8个基因节段的覆盖率和各基因节段位点的测序深度,结果显示AIV1全基因组的覆盖率达100%,平均测序深度为34473×,AIV2全基因组的覆盖率达100%,平均测序深度为7470×,表明拼接结果可靠性高;所得测序结果与一代测序结果通过Geneious Prime软件对比,结果显示,二者的一致性达98.78%~100%,其中AIV1有7个基因节段测序结果的一致性为100%,AIV2有5个基因节段测序结果的一致性为100%,一致性最低的MP基因的一致性也达98.78%,表明本研究的测序方法准确性良好。本研究成功实现Nanopore三代测序技术在AIV全基因组测序中的应用,通过优化扩增条件和数据处理为AIV全基因组的测序提供了一种新方法,在新发突发禽流感疫情应急检测中将发挥重要作用。 展开更多
关键词 Nanopore测序技术 禽流感病毒 全基因组测序
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一株芽孢杆菌16SrRNA的基因序列测定和系统进化分析 被引量：12
7
作者 李瑞芳 赵玉峰 +2 位作者 薛雯雯 田泱源 张长付 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期121-122,125,共3页
从河南黄河稻区土壤中分离出一株具有较强稻瘟病菌拮抗活性的芽孢杆菌菌株BS501,经过形态观察、生理生化特性检测和电镜技术,确定其为芽孢杆菌属细菌。为进一步确定其分类学地位,扩增了BS501基因组的16S rDNA,并将测序结果提交GenBank... 从河南黄河稻区土壤中分离出一株具有较强稻瘟病菌拮抗活性的芽孢杆菌菌株BS501,经过形态观察、生理生化特性检测和电镜技术,确定其为芽孢杆菌属细菌。为进一步确定其分类学地位,扩增了BS501基因组的16S rDNA,并将测序结果提交GenBank数据库(登录号:FJ755787)。利用BLAST软件将该序列与枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌等芽孢菌属细菌及大肠杆菌16S rDNA序列进行同源性比对。系统进化树表明,BS501与芽孢菌属细菌在进化关系上组成一个大的分支,与枯草芽孢杆菌最为接近,与大肠杆菌较远。同源性分析表明该序列与枯草芽孢杆菌PRE23同源性达99%,证实该菌株的分类学地位为枯草芽孢杆菌。 展开更多
关键词 芽孢杆菌 16SrDNA 基因测序 系统进化分析
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16SrRNA基因测序确定根瘤菌的系统发育 被引量：6
8
作者 汪恩涛 曲春枫 +2 位作者 冯继东 牛天贵 陈文新 《高技术通讯》 CAS CSCD 1995年第11期55-58,共4页
采用聚合酶链反应和ＤＮＡ测序技术分析了两个新根瘤菌群的代表菌株的部分１６ＳｒＲＮＡ基因序列，并对所得序列进行了聚类分析。在系统发育树状图中，菌株ｓｈ２２６２３所代表的根瘤菌群与菜豆根瘤菌、豌豆根瘤菌及发根土壤杆菌等构... 采用聚合酶链反应和ＤＮＡ测序技术分析了两个新根瘤菌群的代表菌株的部分１６ＳｒＲＮＡ基因序列，并对所得序列进行了聚类分析。在系统发育树状图中，菌株ｓｈ２２６２３所代表的根瘤菌群与菜豆根瘤菌、豌豆根瘤菌及发根土壤杆菌等构成一个亚群，另一个菌群的代表菌株ｓｈ１９３１２与土壤杆菌的３个种构成一亚群。这些结果初步确定了两菌群的系统发育地位，并揭示了根瘤菌与土壤杆菌两属间进化上的密切关系。 展开更多
关键词 根瘤菌 系统发育 16srrna测序 基因测序
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结合宏基因组末端随机测序和16S rDNA技术分析温室黄瓜根围土壤细菌多样性 被引量：11
9
作者 赵志祥 罗坤 +4 位作者 陈国华 杨宇红 茆振川 刘二明 谢丙炎 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第14期3849-3857,共9页
土壤细菌在温室土壤环境中具有十分重要的生态功能,与温室作物以及微生物内部存在互作关系。研究土壤细菌的群落结构组成,有助于了解土地利用变化与生态环境效应之间的关系。结合16S rRNA基因克隆文库和宏基因组末端测序对温室黄瓜根围... 土壤细菌在温室土壤环境中具有十分重要的生态功能,与温室作物以及微生物内部存在互作关系。研究土壤细菌的群落结构组成,有助于了解土地利用变化与生态环境效应之间的关系。结合16S rRNA基因克隆文库和宏基因组末端测序对温室黄瓜根围土壤细菌的多样性进行了分析。在16S文库中,根据97%的序列相似性水平划分OTU,共有35个OTU,其中优势菌群是γ-Proteobacteria,其次为Firmicutes,Bacillus为优势细菌。在纲分类水平上,16S文库和宏基因组末端测序结果均包含γ-Proteobacteria、α-Proteobacteria、δ-Proteobacteria、β-Proteobacteria、Actinomycetales和Firmicutes,各纲比例有差别;在优势种群属水平上,末端测序的结果包含的属多于16S文库(40>35);在优势细菌种类上,两者反映的结果一致,均为Bacillus。但是,宏基因组末端测序包含了大多数的弱势种群,更能反映细菌多样性的真实水平。与露地土壤细菌16S文库相比较,土壤细菌多样性降低,这可能与温室多年连作,种植蔬菜种类单一直接相关。 展开更多
关键词 土壤细菌多样性 末端测序 16S rRNA基因克隆文库 宏基因组文库
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基于基因测序技术分析乳腺癌中微生物菌群的研究进展 被引量：1
10
作者 王清华 李溯 +1 位作者 杨蕊 陈道桢 《南京医科大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2024年第7期992-1001,共10页
乳腺癌中存在独特的细菌群落,与正常乳腺组织、乳腺良性疾病以及癌旁组织在数量和多样性上均存在显著差异。乳腺癌不同分子分型、病理分级和分期之间的菌群结构也不同,这表明微生物菌群可能在乳腺癌的发生、发展及治疗中发挥重要的作用... 乳腺癌中存在独特的细菌群落,与正常乳腺组织、乳腺良性疾病以及癌旁组织在数量和多样性上均存在显著差异。乳腺癌不同分子分型、病理分级和分期之间的菌群结构也不同,这表明微生物菌群可能在乳腺癌的发生、发展及治疗中发挥重要的作用。然而,受种族和地域差异、样本量、测序深度等方面的影响,目前的研究结果存在差异,且缺乏系统性的综述。因此,文章通过总结乳腺癌微生物菌群测序的最新研究进展,系统分析了乳腺癌组织与非癌组织、乳腺癌不同分子分型、病理分级和分期之间微生物的组成差异,并对微生物菌群在乳腺癌诊断及治疗中的作用进行展望和讨论,以期为基于微生物菌群的乳腺癌诊断及治疗提供全新视角。 展开更多
关键词 微生物组 乳腺癌 基因测序技术
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基于全基因组重测序技术对平菇白色变异菌株的鉴定及遗传变异研究
11
作者 夏会楠 郝刘斌 +3 位作者 田雨 李海康 王春霞 郑素月 《江苏农业科学》 北大核心 2024年第18期41-49,共9页
以生产上收集的一个平菇白色变异菌株(Po50)、黑色出发菌株(Po51)和一个白色生产菌株(Po9)为材料,采用拮抗、酯酶同工酶和全基因组重测序方法对3个菌株进行鉴定。拮抗和酯酶同工酶结果表明,白色变异菌株和黑色出发菌株之间无明显拮抗和... 以生产上收集的一个平菇白色变异菌株(Po50)、黑色出发菌株(Po51)和一个白色生产菌株(Po9)为材料,采用拮抗、酯酶同工酶和全基因组重测序方法对3个菌株进行鉴定。拮抗和酯酶同工酶结果表明,白色变异菌株和黑色出发菌株之间无明显拮抗和酶谱差异,与生产平菇白色菌株差异较大;进一步通过全基因组重测序技术鉴定结果表明,3个菌株鉴定出大量的SNP(单核苷酸多态性位点)、InDel(插入缺失位点)、SV(结构变异位点)。平菇白色变异菌株Po50检测到SNP、InDel突变总数为1504391个,生产菌株Po9检测到SNP、InDel突变总数为1371818个,黑色出发菌株Po51检测到SNP、InDel突变总数为1501877个,通过生物信息手段分析白色变异菌株黑色出发菌株以及对照菌株Po9基因组间的结构差异,获得遗传变异图谱,可以对变异菌株进行快速精准鉴定。 展开更多
关键词 平菇 变异菌株 全基因组重测序技术 酯酶同工酶
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16S核糖体RNA基因测序技术在口腔微生物多样性中的研究进展 被引量：8
12
作者 杨晓霞 阙国鹰 《中南大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期849-855,共7页
16S核糖体RNA(16S ribosomal RNA,16S r RNA)基因是鉴定微生物最常用的分子标志物,被应用于第1代、第2代和第3代测序技术。大量关于16S r RNA基因的研究使人类对口腔微生物多样性的理解更加深入。在健康口腔中,微生物多样性在不同的时... 16S核糖体RNA(16S ribosomal RNA,16S r RNA)基因是鉴定微生物最常用的分子标志物,被应用于第1代、第2代和第3代测序技术。大量关于16S r RNA基因的研究使人类对口腔微生物多样性的理解更加深入。在健康口腔中,微生物多样性在不同的时间或空间具有差异性。随着口腔疾病(如龋病、牙周病或口臭)的发生或发展,微生物多样性将发生改变。 展开更多
关键词 微生物多样性 16S rRNA基因 测序技术
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16SrRNA基因检测技术在牙周病患者的口腔微环境研究的应用及诊断探索 被引量：6
13
作者 由林 周瑞平 郭丽 《口腔医学研究》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期574-578,共5页
目的:研究16SrRNA基因检测技术在牙周病患者的口腔微环境的应用及诊断价值。方法:将医院从2020年6月~2021年10月收治的牙周病患者120例纳入研究,其中包括慢性牙周炎40例,侵袭性牙周病40例,糖尿病相关牙周病40例。另取同期于我院进行条... 目的:研究16SrRNA基因检测技术在牙周病患者的口腔微环境的应用及诊断价值。方法:将医院从2020年6月~2021年10月收治的牙周病患者120例纳入研究,其中包括慢性牙周炎40例,侵袭性牙周病40例,糖尿病相关牙周病40例。另取同期于我院进行条件的健康志愿者40例作为对照组。采集上述各组人员的口腔标本,严格遵循DNA提取试剂盒说明书对样本中的细菌进行提取,同时以NanoDrop 1000 Spectrophotometer型核酸定量仪,采用A260与A260∶A280检测DNA浓度以及质量。通过Miseq测序平台完成PCR扩增、回收、定量、Miseq文库构建以及测序等操作,最后完成16SrRNA高通量测序数据优化统计和生物信息学分析。结果:相较于对照组以及治疗前相比,慢性牙周炎患者治疗后的Microbacterium-chocolatum相对丰度显著升高,其他种类微生物相对丰度下降;糖尿病相关牙周病患者的Rothia-dentocariosa相对丰度明显高于其他牙周病组;慢性牙周病患者和对照组相比,Selenomonas-noxia相对丰度较低。糖尿病相关牙周病患者的Paracoccus、Flavobacterium、Microbacterium、Agrobacterium、Azospirllum相较于其他牙周病组以及对照组存在明显差异。结论:16SrRNA基因检测技术在牙周病患者的口腔微环境的应用及诊断价值均较高,值得临床推广应用,可能成为对牙周病患者口腔微生物全面认知的有效手段。 展开更多
关键词 牙周病 口腔微环境 诊断价值 16srrna基因检测技术
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基于16S rDNA高通量测序技术研究转基因作物对根际细菌群落结构的影响 被引量：5
14
作者 梁晋刚 刘鹏程 张秀杰 《江苏农业科学》 2018年第6期5-8,共4页
近几年,随着分子生物学的发展,以16S rDNA基因为分子标记的高通量测序技术凭借低成本、高通量、流程自动化的优势为研究转基因作物对根际细菌群落结构的影响提供了新的技术平台。归纳介绍了基于16S rDNA扩增子高通量测序技术在评价转基... 近几年,随着分子生物学的发展,以16S rDNA基因为分子标记的高通量测序技术凭借低成本、高通量、流程自动化的优势为研究转基因作物对根际细菌群落结构的影响提供了新的技术平台。归纳介绍了基于16S rDNA扩增子高通量测序技术在评价转基因作物对根际细菌群落结构及多样性等方面应用的研究进展,总结了16S rDNA扩增子高通量测序技术应用中存在的问题,并分析展望其在土壤微生物多样性研究中的发展趋势。 展开更多
关键词 转基因作物 根际细菌 16S RDNA基因 高通量测序 土壤微生物
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基于16S rRNA基因扩增子测序技术研究云南野生小型哺乳动物肠道菌群多样性 被引量：3
15
作者 苏佳 何锴 +2 位作者 连春盎 张雪 余珂 《北京大学学报（自然科学版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第2期326-336,共11页
以生活在同一生境,但具有不同进化关系和不同食性的野生哺乳类动物(鼠科、猬科和鼩鼱科)为研究对象,通过16S rRNA基因扩增子测序,分析和比较其肠道菌群。共识别出5378个操作分类单位(OTUs),主要隶属Firmicutes(40.55%),Proteobacteria(3... 以生活在同一生境,但具有不同进化关系和不同食性的野生哺乳类动物(鼠科、猬科和鼩鼱科)为研究对象,通过16S rRNA基因扩增子测序,分析和比较其肠道菌群。共识别出5378个操作分类单位(OTUs),主要隶属Firmicutes(40.55%),Proteobacteria(34.60%)和Bacteroidetes(13.67%)。Firmicutes和Bacteroidetes是鼠科的优势菌门,Proteobacteria是猬科和鼩鼱科的优势菌门。多样性分析表明,鼠科、猬科与鼩鼱科的肠道微生物多样性及群落结构具有显著性差异;LEfSe分析表明,鼠科中存在更多与复杂碳水化合物发酵相关的细菌,猬科和鼩鼱科中含较多氨基酸发酵菌;益生菌(如Lactobacillus和Lactococcus等)共存于这3类野生小型哺乳类动物中,起调控宿主健康的作用。研究结果揭示,宿主食性与进化关系影响着野生小型哺乳动物肠道菌群结构,而肠道菌群可能在多种方面对宿主起益生作用。 展开更多
关键词 野生小型哺乳动物 肠道菌群 16S rRNA基因扩增子测序 宿主饮食
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16S rRNA基因测序技术在肝脓疡细菌鉴定中的作用(英文) 被引量：2
16
作者 宋伦圭 Yun Gyu Song +11 位作者 Sang Gun Shim Kwang Min Kim Dae Soo Kim Sang Haeng Choi Jae Young Song Kon Ho Lee Hyung-Lyun Kang Seung-Chul Baik Woo-Kon Lee Myung Je Cho Kwang Ho Rhee Dong Hae Lee 《介入放射学杂志》 CSCD 北大核心 2014年第10期906-912,共7页
目的评价16S核糖体RNA(rRNA)基因测序在肝脓疡中细菌鉴定中的应用价值。方法2012年1月—2013年12月间共20例肝脓疡行经皮置管引流的患者,分别行脓液培养,血培养和16S rRNA基因测序。利用454 GS Junior System对脓液基因组DNA行PCR和16S ... 目的评价16S核糖体RNA(rRNA)基因测序在肝脓疡中细菌鉴定中的应用价值。方法2012年1月—2013年12月间共20例肝脓疡行经皮置管引流的患者,分别行脓液培养,血培养和16S rRNA基因测序。利用454 GS Junior System对脓液基因组DNA行PCR和16S rRNA基因测序。脓液培养,血液培养和16S rRNA基因测序结果进行分别评价。结果脓液和血液培养阳性的患者分别是9例(45%)和4例(20%)。16S rRNA基因测序细菌鉴定率为90%,明显高于传统的培养方法。结论 16S rRNA基因测序方法较传统的培养方法能更准确和有效对肝脓疡进行细菌鉴定。 展开更多
关键词 肝脓疡 脓肿培养 宏基因组学 16S rRNA基因测序
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16S rRNA测序技术在肠道微生物中的应用研究进展 被引量：58
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作者 李东萍 郭明璋 许文涛 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期71-77,共7页
16S rRNA测序是高通量测序依赖的肠道微生物研究方法之一,该方法可以对肠道微生物中的所有菌种进行精确定量,因此正逐渐成为研究肠道微生物菌种丰度变化的主流。肠道微生物16S rRNA测序的应用过程中有两个问题至关重要,一是如何根据需... 16S rRNA测序是高通量测序依赖的肠道微生物研究方法之一,该方法可以对肠道微生物中的所有菌种进行精确定量,因此正逐渐成为研究肠道微生物菌种丰度变化的主流。肠道微生物16S rRNA测序的应用过程中有两个问题至关重要,一是如何根据需要选择测序方案;二是面对高通量测序得到的海量数据,如何进行生物信息学分析,以得到具有生物学意义的结果。从测序平台、测序片段、测序数据量的选择3个方面讨论了如何选择测序方案,并从序列聚类与注释、群落结构分析、关键分类单位的筛选与功能分析等方面对目前常用的生物信息学分析手段进行综述。 展开更多
关键词 肠道微生物 16srrna 高通量测序
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16SrRNA高通量测序研究有龋者唾液微生物群落结构及多样性 被引量：10
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作者 王少果 游祥磊 +4 位作者 车春晓 曾飒 周建业 李志强 何祥一 《口腔医学研究》 CAS CSCD 北大核心 2015年第5期461-465,共5页
目的:通过16SrRNA高通量测序研究有龋和无龋者唾液的微生物群落结构及其差异。方法:在甘肃省康乐县景古镇居民口腔检查中随机选取14位汉族居民,其中,7例有龋(caries-active,CA组,DMFT≥4)、7例无龋(caries-free,CF组)。采取唾液样本,提D... 目的:通过16SrRNA高通量测序研究有龋和无龋者唾液的微生物群落结构及其差异。方法:在甘肃省康乐县景古镇居民口腔检查中随机选取14位汉族居民,其中,7例有龋(caries-active,CA组,DMFT≥4)、7例无龋(caries-free,CF组)。采取唾液样本,提DNA,PCR扩增,利用Illumina Miseq测序平台对16SrRNA V4区进行双端测序;利用Mothur、MEGAN4、Cluster 3.0和Java Treeview等软件进行细菌群落结构及多样性的差异分析。结果:共得到118151条优质序列,发现5738个OTUs,2795个物种,归属27个门,218个属。CA组和CF组唾液微生物群落结构有差异,其中,门水平上,Firmicutes和SR1在CA组显著低于CF组(P<0.05)。属水平上,Rothia、Alistipes和Catonella在CA组显著低于CF组(P<0.05),Scardovia在CA组显著高于CF组(P<0.05);CA组和CF组OTUs分别为(550.2±26.48),(597.4±66.07),CA组和CF组Simpson多样性指数分别为(0.73±0.03),(0.49±0.01),均无统计学差异。结论:人类口腔唾液有复杂的微生物群落结构;在门水平和属水平上,有龋者的微生物种类较无龋者稍有减少;Firmicutes和SR1菌门,Rothia、Alistipes和Catonella菌属的存在与龋病呈负相关;相反地,Scardovia等菌属的存在与龋病呈正相关。 展开更多
关键词 龋病 微生物群落结构 16srrna高通量测序 唾液
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大规模并行基因组测序技术应用于无创产前诊断染色体非整倍体的研究 被引量：63
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作者 李玉芝 任景慧 +7 位作者 林琳华 姚秋璇 袁红 郭辉 李启运 何薇 张红云 王威 《华中科技大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期475-480,共6页
目的利用大规模并行基因组测序技术检测孕妇外周血浆中的游离DNA,行胎儿染色体非整倍体的无创产前诊断。方法选择2009年1月到2010年7月在深圳市人民医院产前诊断中心就诊,孕龄在8～30周之间高龄妊娠、唐氏综合征生化筛查高风险和(或)彩... 目的利用大规模并行基因组测序技术检测孕妇外周血浆中的游离DNA,行胎儿染色体非整倍体的无创产前诊断。方法选择2009年1月到2010年7月在深圳市人民医院产前诊断中心就诊,孕龄在8～30周之间高龄妊娠、唐氏综合征生化筛查高风险和(或)彩超显示胎儿异常等同意介入产前诊断的孕妇941例,抽取孕妇外周静脉血,提取血浆DNA,制备测序文库,应用Illumina HiSeq2000高通量基因测序仪检测,测得的基因序列与人类的参考基因组比对并作统计分析。同时采集胎儿羊水或脐血,经细胞培养后行羊水或脐血细胞染色体核型分析确定染色体非整倍体。结果①941例孕妇血浆样本处理后经大规模并行基因组测序技术检测判定胎儿为唐氏综合征高风险共27例,非唐氏综合征914例;以羊水或脐血染色体核型分析的结果为金标准进行结果对照,检测出的27例唐氏综合征高风险中2例误诊,其中一例核型为47,XXY,一例核型分析正常。经统计分析胎儿唐氏综合征的检出率为100%,检出正确率99.78%,误诊率0.22%;②941例样本中,检出18-三体高风险14例,18-三体低风险927例。与染色体核型分析相比,统计分析显示无创产前基因检测18-三体胎儿的检出率为93.33%(14/15),漏诊率为6.67%(1/15)、误诊率为0。结论利用大规模并行基因组测序技术检测孕妇外周血浆中的游离DNA行无创产前诊断胎儿染色体非整倍体,其敏感性、特异性与染色体核型分析技术具有较高的一致性。该技术具有无创性、高准确性、高通量等优势,具有临床实际应用价值。 展开更多
关键词 唐氏综合征 大规模并行基因组测序技术 染色体 无创产前诊断
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复杂基因组测序技术研究进展 被引量：24
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作者 高胜寒 禹海英 +4 位作者 吴双阳 王森 耿佳宁 骆迎峰 胡松年 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2018年第11期944-963,共20页
复杂基因组指的是无法使用常规测序和组装手段直接解析的一类基因组,通常指包含高比例重复序列、高杂合度、极端GC含量、存在难消除异源DNA污染的基因组。为了解决复杂基因组的测序和组装问题,需要分别从基因组测序实验方法、测序技术... 复杂基因组指的是无法使用常规测序和组装手段直接解析的一类基因组,通常指包含高比例重复序列、高杂合度、极端GC含量、存在难消除异源DNA污染的基因组。为了解决复杂基因组的测序和组装问题,需要分别从基因组测序实验方法、测序技术平台、组装算法与策略3个方面进行深入研究。本文详细介绍了复杂基因组测序组装相关的现有技术与方法,并结合复杂基因组经典实例介绍了复杂基因组测序的技术解决途径和发展历程,可为制订合适的复杂基因组测序策略提供参考。 展开更多
关键词 复杂基因组 基因组组装 基因组测序技术
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